利用重组自交系定位棉花第22染色体短臂的纤维品质性状的QTL

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陆地棉重组自交系群体纤维品质性状遗传多样性分析及育种应用

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利用重组自交系进行陆地棉(Gossypium hirsutum L.)棉籽油分含量和蛋白质含量的QTL定位

步提高两者在棉籽的的含量较为困难。基于包含１８６个标记，总长８２７．８４ｃＭ，标记问平均距离４．４５ｃＭ，覆
盖棉花基因组１８．６％的遗传连锁图谱，应用ＷｉｎＱＴＬｃａｒｔ２．５软件对四个环境下的棉籽油分含量和蛋白质含
１湖南农业大学农学院，长沙，４１０１２８；２中国农业科学院棉花研究所，棉花生物学国家重点实验室，安阳，４５５０００通讯作者。ｙｏｕｌｕｙｕａｎ＠ｈｏｔｍａｉｌ．ｃｏｎｒ
摘要
本研究利用以０ — １５３为父本和ＳＧＫ９７０８为母本构建的１９６个陆地棉重组自交系（Ｆ８）为材料对棉籽
Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇａｕｔｈｏｒ，ｙｏｕｌｕｙｕａｎ＠ｈｏｔｍａｉｌ．ｅｏｍ
ＤＯＩ：１０．３９６９／ｍｐｂ．０１１．０００５２０
ＡｂｓｔｒａｃｔＩｎｔｈｅｓｔｕａｙ，ｔｈｅｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｏｆ１９６ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔｉｎｂｒｅｄｌｉｎｅｓ（Ｆ６：８）ｏｆｕｐｌａｎｄｃｏｔｔｏｎｄｅｒｉｖｅｄｆｒｏｍｔｈｅ
油分含量和蛋Ａ质含量进行了遗传分析和ＱＴＬ定位。通过四个环境下的群体材料的棉籽油分含量和蛋白质含量分析表明棉籽油分含量和蛋白质含量均为典型数量性状，其中棉籽油分含量存在超低亲本的超亲分离，

棉花纤维长度、油份和株高性状QTL定位及候选基因鉴定

棉花纤维长度、油份和株高性状QTL定位及候选基因鉴定棉花是最重要的纤维作物,同时也是主要的油料作物。

随着人们对纺纱、棉籽油利用及棉花机械化收获等要求的不断增加,培育纤维长、油份高和株型好的新品种成为当前棉花育种的主要目标。

利用分子标记辅助选择育种可以更加高效准确的改良目标性状。

棉花中RFLP、AFLP和SSR等分子标记的利用在一定时期内对棉花分子育种起到促进作用。

但由于特异标记少、标记密度小,以上标记已无法满足当今科研的需求。

随着高通量测序技术的发展,高密度SNPs标记已经在棉花起源进化、种群分类、全基因组关联分析、遗传图谱构建、相关性状的QTL定位及基因挖掘等研究中被广泛应用。

本研究利用棉花63K Illumina SNP芯片和SLAF-seq高通量分子标记开发技术分别对陆地棉群体和陆海回交自交系群体进行测序,并对自然群体的动态纤维长度和油份含量性状及陆海回交自交系群体的株高性状进行QTL定位,为进一步挖掘、鉴定影响相关性状的的候选基因奠定基础,具体结果如下:1、通过对83份陆地棉材料的10、15、20、25 DPA（day post anthesis）和成熟时期纤维长度进行连续3年两重复测定,发现从10 DPA到成熟期纤维长度变异系数分别为11.29%,10.09%,7.56%,7.69%和6.45%。

此外,五个动态发育时期纤维长度性状遗传力分别为49.14%,47.56%,60.63%,71.06%和92.45%。

以上数据显示该群体纤维发育前期的长度变异较大、遗传力较低,说明纤维发育前期易受环境影响;而成熟期纤维长度遗传力为92.45%,说明棉花纤维最终的长度主要受基因型控制。

2、利用63K Illumina SNP芯片对83份陆地棉材料进行基因型分析,获得15,369个多态性SNP,结合开花后10、15、20、25 DPA和成熟时期纤维长度性状数据进行GWAS分析,分别得到25,38,57,89和88个显著相关的SNPs位点,SNPs位点对表型解释率11.06%-60.01%。

作物QTL分析的原理与方法

作物QTL定位方法与技术作物QTL定位的方法主要有传统连锁分析、基因芯片技术和深度学习等。连锁分析通过群体遗传学手段，鉴定两个或多个基因位点间的连锁关系，进而确定控制性状的QTL。基因芯片技术利用基因组wide的标记分布，对大量基因位点进行同时检测，高效地定位QTL。深度学习则利用神经网络等算法，自动化学习和识别数据中的特征，实现对QTL的精准定位。
四、自然群体
自然群体是指在没有人为干预下自然形成的群体，如野生种、地方品种、自然变异群体等。这些群体通常具有丰富的遗传变异和复杂的遗传结构，对于研究作物的适应性、抗逆性和产量等性状的遗传基础非常有用。此外，自然群体还可以用于发现和克隆稀有或特殊的QTL。
五、基于基因组的作图群体
随着基因组学技术的发展，基于基因组的作图群体越来越受到重视。这种群体可以通过重测序技术获得大量的SNP（单核苷酸多态性）标记，并利用这些标记构建高密度的遗传图谱。这种图谱可以用于精细定位和克隆QTL，以及研究基因组中的结构变异和非编码区基因组。
2、QTL分析的具体步骤
（1）数据采集：收集作物的基因型和表型数据。基因型数据可以通过高通量测序技术获得，而表型数据则可以通过田间试验和室内分析等方法获得。
（2）作图：利用作图软件将基因型和表型数据组装成图，以展示它们之间的关系。常用的作图软件包括QTL Cartographer、QTL IciMapping等。
原理
1、QTL的概念及定义
QTL是指作物基因组中控制数量性状的基因座位，它们可以通过影响表型变异来影响作物的农艺性状。QTL通常分为两类：主效QTL和微效QTL。主效QTL是指对表型变异起主要作用的QTL，而微效QTL则是指对表型变异起较小作用的 QTL。

利用重组自交系群体定位水稻茎粗QTL

利用重组自交系群体定位水稻茎粗QTL
朱小平;李传旭;宁卫东;张建国;曾静;毛毳;李永洪;林拥军
【期刊名称】《华中农业大学学报》
【年(卷),期】2022(41)4
【摘要】为开展水稻茎粗相关基因的精细定位,利用岗46B/A232的高世代重组自交系群体和基于重测序构建的高密度遗传连锁图谱,采用复合区间作图法(CIM),利用R/qtl软件包对水稻倒二节的节间直径(RSID)和倒三节的节间直径(RTID)进行QTL分析,共检测到3个控制倒二节茎粗的QTL和7个倒三节茎粗的QTL,分布在第2、3、4、7、11号染色体上。

其中2号染色体上的qRSID2-1和qRTID2-1距离较近,qRSID2-2/qRTID2-2和qRTID2-3可能是同一位点,并在多次试验中被重复检测到,表型贡献率为7.89%~12.36%,物理区间在100 kb之内。

【总页数】6页(P178-183)
【作者】朱小平;李传旭;宁卫东;张建国;曾静;毛毳;李永洪;林拥军
【作者单位】华中农业大学生命科学技术学院/作物遗传改良全国重点实验室;农业农村部西南水稻生物学与遗传育种重点实验室
【正文语种】中文
【中图分类】S511.21
【相关文献】
1.利用回交重组自交系群体(BIL)和染色体片断置换系群体(CSSL)检测水稻生物量相关性状的QTL
2.应用重组自交系群体检测水稻茎秆和剑叶硅含量QTL
3.利用日本晴
/9311重组自交系群体定位水稻成熟期叶形相关性状 QTL4.应用重组自交系群体检测控制水稻糙米粗蛋白和粗脂肪含量的QTL5.利用重组自交系群体定位水稻品质相关性状的QTL
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陆地棉重组近交系“中G6”QTL的初步定位

（中国农业科学院棉花研究所，业部棉花遗传改良重点实验室，农河南安阳４５０）５００摘要：用２个陆地棉种质材料爱字棉１１利５７与德州０７构建了重组近交系。田间调查显示，４两亲本田问性状差异多数达到显著或极显著，体性状数据完全符合受多位点控制的数量性群
ＡｂｔａｔＴｗｏｔｐｃｌｕｌｎｏｔｎ（ａａ１ｎｚｏ４）ｗｅｅａｐｉｄｔｏｓｒｃｉｎｏｎｓｒｃ：ｙｉａｐａｄｃｔｏＡｃｌｌ７ａｄＤｅｈｕ０５７ｒｐｌｏｃｎｔｕｔｆｉ— ｅｏｔａｐｃｆｃｒｃｍｂｎｎｎｒｄｌｅ（Ｌ）ｒｓｅｉｅｏｉａｔｉｂｅｉｓＲＩ．ＴｈｇｏｏｃｔａｔｏＬｗｅｅｓｕｉｄｉｎｅａｒｎｍｉｒｉｆＲＩｒｔｄｅ．Ｔｈｒｉｄｆｅ — ｅｔａｔｉｒｆ
状遗传的特征。分子标记多态性筛选结果表明，亲本亲缘关系相对较近，用ＳＲ构建高两利Ｓ
密度遗传连锁图有一定困难，对于所定位的ＱＴＬ位点，准确性将会有一定程度提高。试但其验构建了一张包括５１个标记分为１５个连锁群的遗传连锁图，长５４０Ｍ，总０．５ｃ覆盖棉花基因组总长度的１．８。利用两年田间数据检测到ＱＴＬ位点１ＯＯ５个，中生育期性状３个，其纤维品质性状７个，量性状５个。与标记图距在１Ｍ以内的ＱＴ产ｃＬ位点７个，将对分子标记辅这

中棉所70分离群体农艺性状相关QTL定位

ＷｉｎＱＴＬＣａｒｔ２．５复合区间作图法对Ｆ：。群体的株高、单株结铃数和单株果枝数性状进行ＱＴＬ定位。【结果】在
Ｆ２群体中共获得３４２个ＳＳＲ标记位点，并构建了包括３１２个标记、３５个连锁群，总长１９２９．９ｃＭ的遗传连锁图谱（标记间平均距离为９．２ｃＭ，覆盖棉花基因组的４３．４％）。经ＱＴＬ定位，共检测到１９个ＱＴＬ，其中涉及株
棉花学报Ｃｏ￣ｏｎＳｃｉｅｎｃｅ２０１７，２９（３）：２３３ —２４０
中棉所７Ｏ分离群体农艺性状相关ＱＴＬ定位
邓晓英，龚举武，石玉真，李俊文，刘爱英，巩万奎，陈婷婷，商海红，葛群。，王艳玲，蒋梦婷，杨玉娥，吴玉香，袁有禄 ’
中图分类号：￥５６２．０３５文献标志码：Ａ
文章编号：１００２ — ７８０７（２０１７）０３ — ０２３３．０８
ＤＯＩ：１０．１１９６３／１００２．７８０７．ｄｘｙｙｙ１．２０１７０４０５
Ｊｉｎｇｚｈｏｕ，Ｈｕｂｅｉ４３４０２５，Ｃｈｎａｉ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：［Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ］Ｔｈｅａｉｍｏｆ￣ｉｓｓｔｕｄｙｗａｓｔｏｍａｐｑｕａｎｔｉｍｔｉｖｅｔｒａｉｔｌｏｃｉ（ＱＴＬ）ｏｆｙｉｅｌｄ — ｒｅｌａｔｅｄｔｒａｉｔｓｉｎｃｏｔｔｏｎ．［Ｍｅｔｈｏｄ】ＴｈｅＦ２ｓｅｇｒｅｇａｔｉｏｎｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｏｆｕｐｌａｎｄｃｏＲｏｎｈｙｂｒｉｄＣＣＲＩ７０ｗａｓｕｓｅｄ．Ｗｅｕｓｅｄａｔｏｔａｌｏｆ１４８２０ｓｉｍｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｐｅａｔｓ（ＳＳＲ）ｐｒｉｍｅｒｐａｉｒｓｔｏｓｃｒｅｅｎｔｈｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｂｅｔｗｅｅｎｈｅｔｐａｒｅｎｔｓ（ｓＧＫ１５６ａｎｄ９０１ — ０ｏ１）ｏｆＣＣＲＩ７０，ａｎｄ２６７ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃｐｉｒｍｅｒ

两个RIL群体中小麦籽粒品质相关性状QTL定位及KASP标记开发

两个RIL群体中小麦籽粒品质相关性状QTL定位及KASP标记开发毕俊鸽;曾占奎;李琼;洪壮壮;颜群翔;赵越;王春平【期刊名称】《作物学报》【年(卷),期】2024(50)7【摘要】本研究利用小麦55K SNP(55K single-nucleotide polymorphism)芯片和DArT(diversity array technology)标记对Avocet/Chilero和Avocet/Huites 构建的两个F6重组自交系群体(recombinant inbred line,RIL)进行了小麦籽粒蛋白质含量(grain protein content,GPC)、湿面筋含量(wet gluten content,WGC)和沉降值(sedimentation value,SV)的QTL(quantitative trait loci)定位。

共鉴定到68个与小麦籽粒蛋白质含量、湿面筋含量和沉降值相关的QTL,表型贡献率为3.60%~22.53%,其中,位于3A(2)、4D、5D(2)、6A(8)和7B染色体上的14个QTL可在多环境下被重复检测到。

此外,在3A、3D、4B、5D、6A(2)和7B染色体上检测到7个QTL簇,位于3AS染色体9.32~60.01 Mb和6AS染色体38.47~82.95 Mb的稳定QTL簇C3A和C6A.2,同时与小麦籽粒蛋白质含量、湿面筋含量和沉降值显著相关,分别解释了6.55%~14.21%和3.83%~22.53%的表型变异。

同时,在2个QTL簇中筛选到16个可能与籽粒蛋白质含量相关的候选基因,并根据候选基因开发了可供育种利用的KASP标记CGPC-6A-KASP-1和CGPC-6A-KASP-2。

本研究为小麦籽粒品质相关性状的遗传改良提供了新的QTL位点和KASP标记,为分子标记辅助育种提供依据与参考。

【总页数】15页(P1669-1683)【作者】毕俊鸽;曾占奎;李琼;洪壮壮;颜群翔;赵越;王春平【作者单位】河南科技大学农学院/河南省旱地作物种质资源利用工程研究中心;神农种业实验室【正文语种】中文【中图分类】S51【相关文献】1.小麦RIL群体中籽粒蛋白质组分的分离与主要品质性状的相关分析2.波兰小麦品系XN555×普通小麦品系中13衍生重组自交系(RILs)群体中籽粒品质相关性状QTL定位3.波兰小麦×普通小麦品系“中13”RIL群体籽粒特性的QTL定位4.甜玉米RIL群体籽粒可溶性糖相关性状的QTL定位因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

棉花分子遗传图谱构建和纤维品质QTL定位的开题报告

棉花分子遗传图谱构建和纤维品质QTL定位的开题报告一、选题背景棉花是最重要的纺织原料之一，全球最大的纤维作物之一。

但由于其基因组复杂、染色体数量多，同时与环境互作的复杂性，棉花分子遗传图谱和纤维品质的遗传基础仍然较为模糊，阻碍了其进一步的遗传改良。

因此，构建一个完整的棉花分子遗传图谱并定位可量化的纤维品质性状的QTL，有助于加深对棉花遗传基础的理解，进一步提高棉花的品质和产量。

二、研究内容本研究将设计并构建棉花分子遗传图谱，并利用该图谱定位纤维品质相关性状的QTL，以探究棉花品种间基因多样性和纤维品质的遗传基础。

具体研究内容包括：1.选取种质材料和分子标记：采用包括基于SSR和SNP分子标记的杂种授粉群体，对群体中的个体进行基因型分析，寻找携带变异的个体作为进一步研究的种质材料。

2.建立连锁图：通过对种质群体的基因型分析，敲定分子标记间的连锁关系，建立棉花分子遗传图谱。

3.筛选分子标记：采用决策论筛选法剔除低频标记，挑选出高频、信息量丰富的分子标记，以提高QTL的精度和准确度。

4.纤维品质性状测定：收集种质材料的纤维品质性状数据，包括纤维长度、强度、外观和成熟度等方面的指标。

5.定位QTL：将群体的基因型和纤维品质性状数据结合起来，利用QTL分析方法，定位与纤维品质相关的QTL。

三、预期成果1. 构建完整的棉花分子遗传图谱，丰富棉花种质资源的遗传基础2. 定位与纤维品质相关的QTL，为棉花纤维品质的遗传改良提供理论基础四、研究意义本研究有助于深入了解棉花的遗传基础和复杂的纤维品质形成过程，在提高棉花品质和产量方面具有重要的指导作用。

同时，该研究也为其他作物的分子遗传图谱构建和QTL定位提供了参考。

【国家自然科学基金】_数量性状基因座(qtl)_基金支持热词逐年推荐_【万方软件创新助手】_20140730

推荐指数 8 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2011年序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38
2009年序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42
科研热词数量性状基因座水稻数量性状基因座(qtl) 黄体重组频率重组自交系遗传图谱近交系小鼠赤禾茧质性状耐性指标耐光氧化纹枯病抗性穗部性状稻米品质种间杂交直播深水稻水稻纹枯病抗性栽培稻株高标记辅助选择标记辅助导入果蝇数量性状座位数量性状基因座(qtl)定位敏感性指标扩增片段长度多态性性别效应小粒野生稻小体重家蚕定位克隆大豆花叶病毒大豆基因渗入系图位克隆回交选择导入系回交后代分子育种 ssr f2群体
科研热词数量性状基因座粳稻水稻非结构碳水化合物重组自交系遗传学连锁图谱连锁图赤霉素质核互作谷壳硅含量节间长统合分析直播百粒重油菜素内酯水稻苗期气孔长度气孔密度气孔宽度比较分析株高柱头外露率数量性状座位(qtl) 数量性状基因座位大豆多标记联合分析基因定位图位克隆剩余杂合体剑叶关联图分析低氮耐性 meta分析 boxcox变换
推荐指数 4 4 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

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２２ｓｈｉｎＣｏｔｔｏｎ
ＹＡＯＪｉｎ．ｂｏ，ＣＨＥＮＷｅｉ，ＺＨＡＮＧＹｏｎｇ — ｓｈａｎ，ＧＵＯＸｉａｎｇ — ｍｏ，ＣＨＵＬｉ，ＬＩＵＨａｉ－ｊｕ
摘要：以ＴＭ一１的染色体片段代换系ＣＳＢ２２ｓｈ和ＴＭ一１杂交，构建了包含１０４个家系的重组自交系（ＲＩＬｓ）群体。利用７４对具有多态性位点的Ｉ物进行检测，构建了包含６１个多态性位点，长度为７６．９３ｃＭ的遗传图谱，平均标记间距离１．２６ｃＭ。利用此遗传图谱结合重组自交系群体４个环境下的５个纤维品质性状进行ＱＴＬ定位．共定位出１２个ＱＴＬｓ，解释性状表型变异的２．４５％￣２１．１１％；在１，２，３，４个环境中同时检测到的ＱＴＬｓ分别有９，１，ｌ，１个。而利用４个环境平均值进行联合分析定位出个４个ＱＴＬｓ，纤维长度和纤维整齐度的ＱＴＬｓ均为２个，解释性状表型变异的１４．３７％～１９．９７％，并且纤维长度和整齐度的ＱＴＬ在相同的位置。多环境下检测到的ＱＴＬ可能对标记辅助选择有实际应用价值。关键词：重组自交系；置换系；遗传连锁图谱；纤维品质性状；ＱＴＬ
棉花学报ＣｏＲｏｎＳｃｉｅｎｃｅ２０１３，
利用重组自交系定位棉花第２２染色体短臂的纤维品质性状的ＱＴＬ
姚金波，陈伟，张永山，郭香墨，褚丽，刘海菊
（中国农业科学院棉花研究所／棉花生物学国家重点实验室，河南安阳４５５０００）
中图分类号：￥５６２．０３５文献标志码：Ａ
文章编号：１００２ — ７８０７（２叭３）０ｌ一００２４－０６
ＱＴＬＭａｐｐｉｎｇｏｆＦｉｂｅｒＱｕａｌｉｔｙＴｒａｉｔｓｆｏｒＥｌｉｔｅＨｙｂｒｉｄＤｅｒｉｖｅｄ — ＲＩＬｓｏｎＣｈｒｏｍｏｓｏｍｅ
ｖａｌｍａｐｐｉｎｇｗａｓｕｓｅｄｔｏｉｄｅｎｔｉｆｙｔｈｅｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅｔｒａｉｔｌｏｃｉ（ＱＴＬ）ｉｎＲＩＬｓ，１２ＱＴＬｓｆｏｒｉｆｂｅｒｑｕａｌｉｔｙｗｅｒｅｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔｌｙｄｅｔｅｃｔｅｄｉｎｆｏｕｒｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ，ｗｈｅｒｅａｓ４ＱＴＬｓｗｅｒｅｏｕｆｎｄｉｎｊｏｉｎｔａｎａｌｙｓｉｓ．ＴｈｅｓｅＱＴＬｓｅｘｐｌａｉｎｅｄ２．４５％￣２１．１１％ｏｆｔｈｅｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃ
Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ａｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｏｆ１０４ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔｉｎｂｒｅｄｌｉｎｅｓ（ＲＩＬｓ）ｗａｓｄｅｖｅｌｏｐｅｄｂｙｓｉｎｇｌｅｓｅｅｄｄｅｓｃｅｎｄｅｄｆｒｏｍｔｈｅｃｒｏｓｓｏｆｕｐｌａｎｄｃｏｔｔｏｎ（ＧｏｓｓｙｐｉｕｍｈｉｒｓｕｔｕｍＬ．１ＴＭ一１ａｎｄｉｔｓｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎｌｉｎｅ，ＣＳＢ２２ｓｈ．Ａｇｅｎｅｔｉｃｌｉｎｋａｇｅｍａｐｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇｏｆ６１ｌｏｃｉａｎｄｃｏｖｅｒ —
ｉｎｇ７６．９３ｃＭｗａｓｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄｕｓｉｎｇＳＳＲｍａｒｋｅｒｓ，ｗｉｔｈｔｈｅａｖｅｒａｇｅｄｉｓｔａｎｃｅｏｆ１．２６ｃＭｂｅｔｗｅｅｎｗｏｔｍａｒｋｅｒｓ．Ｃｏｍｐｏｓｉｔｅｉｎｔｅｒ —
（ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＣｏｔｔｏｎＲｅｓｅａｒｃｈ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｕｒｔａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ／ＳｔａｔｅＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＣｏｔｔｏｎＢｉｏｌｏｇｙ，Ａｎｙａｎｇ，Ｈｅｎａｎ４５５０００，Ｃｈｉｎａ）