NCBI中Blast序列比对小总结
NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性Blast导航主页面主体包括三部分BLAST Assembled Gen omes选择你要对比的物种,点击物种之后即可进入对比页面Basic BLAST包含5个常用的Blast,每一个都附有简单介绍Specialized BLAST是一些特殊目的的Blast,女口Primer-BLAST、IgBLAST根据需要做出选择本学期学习了
最基本的核苷酸序列的比对点击Basic BLAST部分的nucleotide 链接到一个新的页面,打开后的页面特征:大体上包括三个部分En ter Query Seque nee
部分可以让我们输入序列,其中的Job Title 部分可以为本次工作命一个名字Choose Search Set部分可以选择要与目的序列比对的物种或序列种类。其中的Entrez Query可以对比对结果进行适当的限制。Program Selection部分可以选择
本次对比的精确度,种内种间等等。其次Blast按钮下面有一个“ Algorithm parameters ”算法参数,可设置参数。点击Blast后,出现的页面大体上包括四个
部分一?所询问和比对序列的简单信息 1 ?询问序列的简单信息——名称、描述、
分子类型、序列长度 2 ?所比对数据库的名称、描述和所用程序二. Graphic Summary— blast结果图形显示相似度颜色图(黑、蓝、绿、粉红、红,相似度由低到高)三.Descriptions ---------- blast结果描述区1 .到其他数据库的链接2 .描
述以表格的形式呈现(以匹配分值从大到小排序) (l)Accessi on 下程序比对的序
列名称,点击相应的可以进入更为详细的mapviewer (2)Descriptions 下是对所比
对序列的简单描述接下来是5个结果数值:(3)Max score 匹配分值,点击可进入
第四部分相应序列的blast的详细比对结果(4)Total score 总体分值(5)Query coverage覆盖率(6)E value ---- E (Expect )值,表示随机匹配的可能性。E值越大,随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时,具本上就是完全匹配了。
(7)Max ide nt ――匹配一致性,即匹配上的碱基数占总序列长的百分数。
(8)Links ――到其他数据库的链接。四.各序列blast的详细比对结果数据库中不
同序列比对的详细结果,每一个结果大体上包括3部分1.所比对序列的名称、简单描述、长度。到其他数据库的链接。2?比对结果的5个数值:(1)score 打分矩阵
计算出来的值,由搜索算法决定的,值越大说明询问序列跟目标序列匹配程度越大
(2)Expect是输入序列
被随机搜索出来的概率,该值越小越好。(3)ldentities 是
相似程度,即输入序列和搜索到序列的匹配率(4)Gaps就是空白,即比对序列只有
一条链上有碱基(5)strand二plus/minus 即询问序列和数据库里面序列的互补链匹
配3 .输入序列和库中对比到的序列每个碱基的详细对比NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性
Blast导航主页面主体包括三部分
BLAST Assembled Geno mes选择你要对比的物种,点击物种之后即可进入对比页面Basic BLAST包含5个常用的Blast,每一个都附有简单介绍
Specialized BLAST 是一些特殊目的的Blast,女口Primer-BLAST、IgBLAST 根据需要做出选择
本学期学习了最基本的核苷酸序列的比对点击Basic BLAST部分的nucleotide 链接到一个新的页面,打开后的页面特征:大体上包括三个部分
Enter Query Sequenee部分可以让我们输入序列,其中的Job Title 部分可以为本次工作命一个名字
Choose Search Set部分可以选择要与目的序列比对的物种或序列种类。其中的Entrez Query可以对比对结果进行适当的限制。
Program Selection 部分可以选择本次对比的精确度,种内种间等等。
其次Blast 按钮下面有一个“ Algorithm parameters ”算法参数,可设置参数。点击Blast 后,出现的页面大体上包括四个部分一.所询问和比对序列的简单信息1.询问序列的简单信息——名称、描述、分子类型、序列长度2.所比对数据库的名称、描述和所用程序
二.Graphic Summary ——blast 结果图形显示相似度颜色图(黑、蓝、绿、粉红、红,相似度由低到高) 三.Descriptions ——blast 结果描述区1.到其他数据库的链接2.描述以表格的形式呈现(以匹配分值从大到小排序)
(1)Accession 下程序比对的序列名称,点击相应的可以进入更为详细的mapviewer
(2)Descriptions 下是对所比对序列的简单描述接下来是5 个结果数值:
(3)Max score 匹配分值,点击可进入第四部分相应序列的blast 的详细比对结果
(4)Total score 总体分值
(5)Query coverage 覆盖率
(6) E value ——E(Expect )值,表示随机匹配的可能性。
E值越大,随机匹配的可能性也越大。
E值接近零或为零时,具本上就是完全匹配了。
(7)Max ident ——匹配一致性,即匹配上的碱基数占总序列长的百分数。
(8)Links ——到其他数据库的链接。
四.各序列blast 的详细比对结果数据库中不同序列比对的详细结果,每一个结果大体上包括3 部分
1.所比对序列的名称、简单描述、长度。到其他数据库的链接。
2.比对结果的5 个数值:
(1)score 打分矩阵计算出来的值,由搜索算法决定的,值越大说明询问序列跟目标序列匹配程度越大
(2)Expect 是输入序列被随机搜索出来的概率,该值越小越好。
(3)Identities 是相似程度,即输入序列和搜索到序列的匹配率
(4)Gaps 就是空白, 即比对序列只有一条链上有碱基
(5)strand=plus/minus 即询问序列和数据库里面序列的互补链匹配3.输入序列和库中对比到的序列每个碱基的详细对比
NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性
Blast 导航主页面主体包括三部分
BLAST Assembled Geno mes选择你要对比的物种,点击物种之后即可进入对比页面Basic BLAST 包含5 个常用的Blast ,每一个都附有简单介绍
Specialized BLAST 是一些特殊目的的Blast ,如Primer-BLAST、IgBLAST 根据需要做出选择
本人本学期学习了最基本的核苷酸序列的比对
点击Basic BLAST 部分的nucleotide 链接到一个新的页面,打开后的页面特征:大体上包括三个部分
Enter Query Sequence 部分可以让我们输入序列,其中的Job Title 部分可以为本次工作命一个名字
Choose Search Set 部分可以选择要与目的序列比对的物种或序列种类。
其中的Entrez Query 可以对比对结果进行适当的限制。
Program Selection 部分可以选择本次对比的精确度,种内种间等等。
其次Blast 按钮下面有一个“ Algorithm parameters ”算法参数,可设置参数。
点击Blast 后,出现的页面大体上包括四个部分
一.所询问和比对序列的简单信息1.询问序列的简单信息——名称、描述、分子类型、序列长度2.所比对数据库的名称、描述和所用程序
Graphic Summary ——blast 结果图形显示相似度颜色图(黑、蓝、绿、粉红、红,相似度由低到高) 三.Descriptions ——blast 结果描述区
1.到其他数据库的链接
2.描述以表格的形式呈现(以匹配分值从大到小排序)
(1)Accession 下程序比对的序列名称,点击相应的可以进入更为详细的mapviewer
(2)Descriptions 下是对所比对序列的简单描述
接下来是5 个结果数值:
(3)Max score 匹配分值,点击可进入第四部分相应序列的blast 的详细比对结果
(4)Total score 总体分值
(5)Query coverage 覆盖率
(6) E value ——E(Expect )值,表示随机匹配的可能性。
E值越大,随机匹配的可能性也越大。
E值接近零或为零时,具本上就是完全匹配了。
(7)Max ident ——匹配一致性,即匹配上的碱基数占总序列长的百分数。
(8)Links ——到其他数据库的链接。
四.各序列blast 的详细比对结果数据库中不同序列比对的详细结果,每一个结果大体上包括3 部分
1.所比对序列的名称、简单描述、长度。到其他数据库的链接。
2.比对结果的5 个数值:
(1)score 打分矩阵计算出来的值,由搜索算法决定的,值越大说明询问序列跟目标
序列匹配程度越大
(2)Expect 是输入序列被随机搜索出来的概率,该值越小越好。
(3)Identities 是相似程度,即输入序列和搜索到序列的匹配率
(4)Gaps 就是空白, 即比对序列只有一条链上有碱基
(5)strand=plus/minus 即询问序列和数据库里面序列的互补链匹配
3.输入序列和库中对比到的序列每个碱基的详细对比