长链非编码解读15.1.14
【国家自然科学基金】_长链非编码rnas_基金支持热词逐年推荐_【万方软件创新助手】_20140802
2013年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47
科研热词 长链非编码rna 肿瘤 消化系统肿瘤 基因表达 高表达 靶向治疗 非编码 雄激素受体 长链非编码rnas 遗传修饰 逆转录聚合酶链反应 转录调控 调控机制 调控 表达水平 血管新生 膀胱尿路上皮癌 肿瘤标记 肝硬化,胆汁性 研究进展 研究现状 研究方法 疾病 生物标志物 生物学标记 生物学功能 染色体 易感性 子宫内膜癌 妇科恶性肿瘤 天然反义转录物 基因表达调控 基因芯片 发生机制 卵巢癌 单核苷酸多态性 功能 前列腺肿瘤 作用机制 tie-1as sone rna选择性剪接 rna编辑 microrna meg3 hotair ahif
推荐指数 4 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2012年 科研热词 推荐指数 长链非编码rna 4 肿瘤 4 基因表达调控 3 非编码rna 2 长链非编码rnas 2 转录调控 2 非编码长链rna 1 非编码rnas 1 转录物 1 转录后调控 1 表观遗传学 1 表观遗传 1 肿瘤转移 1 肿瘤标志物 1 肿瘤形成过程 1 组氨酸 1 竞争性内源rna(cerna) 1 真核生物 1 甲基化 1 炎症-肿瘤 1 微小rna 1 微rnas 1 干细胞相关分子 1 干细胞 1 内含子衍生长链非编码rna 1 作用机制 1 tumour 1 sr蛋白家族 1 microrna应答元件 1 mechanism 1 mascrna 1 malat1 1 long noncoding rnas 1 hotair基因 1 hotair 1
长链非编码RNA研究现状与趋势的文献计量分析
Ｃ ｉ Ｍｅ ｉ ｎ ｅ， ｏ．１Ｎ ． Ｓｐｅ ｂｒ２ １ ｈｎＪ ｄＬｂ ｆ ｉＶ １２ ｏ９ ｅ ｔ ｅ ，０２ ｒＩ Ｓ ｍ
ＤＩ０９／ｉ．７ ３２０．．４ Ｏ１３９．ｎ６－８２２９ １ ：．６ｊｓ１１９ ．１００ ｓ
［ 中图分类号 ］ ０ ８ Ｒ－ ５ ［ 文献标 志码 】 Ａ ［ 文章编号 ］６ １ ３ ８ （０ ２ ０ — ０ ４ ０ １７ — ９ ２ ２ １ ）９ ０ ５ — ３
Ｃｕｒ ｅ ｅ ｅ ｒ ｈ ｏ ｌ ｇ ｎｏ ｒ ｎｔｒ ｓ ａ ｃ ｎ ｏｎ ｎ－ｃ ｄ ｎｇ ＲＮＡ ｄ ｔ ｒ ｎｄ：Ａ ｂ ｉ ｍｅ ｒｃ ａ ｌ ｓｓ ｏｉ ａｎ ｉｓｔ ｅ ｂｉ ｌｏ ｔ ｉ ｎａ ｙ ｉ
重点 强调 的是某 个 主题或 某一 类 专业 领 域 的文 献 在
一
１７篇文献涉及 ３ ２ ２个学科 ， 排名前 １ ０的学科依 次
ＣｅｌＢｉｌ ｇ Ｏｎ ｏｏ ｙ， ｖ ｌ ｐ ｎａ ｏ ｏ ， ｏ ｅ ｈ ｌ ｏｏ ｙ， ｃ ｌｇ Ｄｅ ｅｏ ｍｅ ｔｌＢｉｌｇ Ｂｉｔｃ － ｙ ｎ ｌ ｇ ｐ ｉｄ Ｍｉｒ ｂｉｌｇ ， ｆ ｃ ｅ ｃ ｓＢｉ ｍｅ ｉｉ ｅ ｏｏ Ａｐ ｌｅ ｃ ｏ ｏ ｏ ｙ ｙ Ｌｉ Ｓ ｉｎ ｅ ｏ ｄ ｃｎ ｅ Ｏｔ ｒ Ｔｏ ｃ ｈｅ ｐｉｓ， Ｓ ｉ ｎ ｅ ｅ ｈ ｌ ｇ Ｏｔ ｒ ｏ ｉ ｓ ｃｅ ｃ ｔ ｃ ｎｏｏ ｙ ｈｅ Ｔ ｐ ｃ ，Ｒｅ —
２４ 机构分布 ．
的 ８家机构见表 ３ 。除了中国科学 院外 ， 其余均为大
１７篇 文 献 来 源 于 １０个 机 构 。 发 文 量 ≥４篇 学 ， 明大学是 ｌｃ Ｎ ２ ０ 表 ｎＲ Ａ研 究 的主要 机构 。
长链非编码RNA
长链非编码RNA（lncRNA）简介什么是长链非编码RNA?长链非编码RNA（Long non-coding RNA, lncRNA）是一类本身不编码蛋白、转录本长度超过200nt的长链非编码RNA分子，它可在多层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达。
lncRNA最初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物，是一种“噪音”，不具有生物学功能。
然而，今年来的研究表面，lncRNA参与了X染色体沉默、染色体修饰和基因组修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等过程，其调控作用正在被越来越多的人研究。
lncRNA的分布据统计，哺乳动物蛋白编码基因占总RNA的1%，长链非编码RNA占总RNA的比例可达4%-9%，这些长链非编码RNA是基因功能研究的又一座宝库。
目前发现的许多lncRNA都具有保守的二级结构，一定的剪切形式以及亚细胞定位。
它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置，可以分为5种：正义链（sense）、反义链（antisense）、双向（bidirectional）、内含子间（intronic）、基因间（intergenic），其所在的位置与其功能有一定的相关性。
lncRNA的作用机制长链非编码RNA的作用机制非常复杂，至今尚未完全清楚。
根据目前的研究，lncRNA的作用机制如要有以下几种（如图）。
编码蛋白的基因上游启动子区（橙色）转录，干扰下游基因（蓝色）的表达；抑制RNA聚合酶II或者介导染色质重构以及组蛋白修饰，影响下游基因（蓝色）的表达；与编码蛋白基因的转录本形成互补双链（紫色），干扰mRNA的剪切，形成不同的剪切形式；与编码蛋白基因的转录本形成互补双链（紫色），在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA；与特定蛋白质结合，lncRNA转录本（绿色）可调节相应蛋白的活性；作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体；结合到特定蛋白质上，改变该蛋白质的细胞定位；作为小分子RNA（如miRNA、piRNA）的前体分子。
《METTL14通过m6A修饰调节LINC02747在非小细胞肺癌的作用研究》范文
《METTL14通过m6A修饰调节LINC02747在非小细胞肺癌的作用研究》篇一一、引言非小细胞肺癌（NSCLC）是肺癌的主要类型，其发病率和死亡率居高不下，已成为全球关注的健康问题。
因此，探究非小细胞肺癌的发生发展机制及其有效治疗策略具有重大的医学价值。
近年来，长链非编码RNA（lncRNA）在肿瘤发生发展中的调控作用逐渐受到关注。
其中，LINC02747作为一种新发现的lncRNA，在多种癌症中表现出重要的生物学功能。
而甲基转移酶相关蛋白14（METTL14）则是参与m6A（N6-甲基腺嘌呤）修饰的关键酶。
本文旨在探讨METTL14通过m6A修饰对LINC02747在非小细胞肺癌中的作用及机制。
二、研究背景与目的m6A修饰是一种常见的RNA修饰方式，对基因的表达具有重要影响。
METTL14作为m6A甲基转移酶的核心成分，其在RNA上的修饰作用广泛。
而LINC02747作为一种新发现的lncRNA，在多种癌症中表现出异常表达，其具体功能尚不明确。
因此，本研究旨在探讨METTL14通过m6A修饰对LINC02747在非小细胞肺癌中的调控作用及机制，以期为非小细胞肺癌的诊治提供新的思路和靶点。
三、研究方法本研究采用细胞实验、分子生物学实验及生物信息学分析等方法，首先通过生物信息学分析预测METTL14与LINC02747的关联；其次，通过细胞实验验证METTL14与LINC02747的相互作用；最后，探讨METTL14通过m6A修饰对LINC02747的表达及功能的影响。
四、研究结果1. 通过生物信息学分析，我们发现METTL14与LINC02747存在关联，提示两者可能在非小细胞肺癌中具有相互作用。
2. 细胞实验证实，METTL14与LINC02747在非小细胞肺癌细胞中存在相互作用，且这种相互作用受到m6A修饰的调控。
3. 分子生物学实验表明，METTL14通过m6A修饰调节LINC02747的表达，进而影响非小细胞肺癌细胞的增殖、迁移和侵袭等生物学行为。
长链非编码RNA的概述
长链非编码RNA的概述聊聊跟科研有关的感想心得，如基金，文章和实验。
长链非编码RNA（lncRNA）是一类长度大于200nt的非编码RNA，其在转录沉默、转录激活、染色体修饰、核内运输等均具有重要的功能。
一、lncRNA的简介不同的lncRNA参与多种生物学进程RNA是以一条DNA链为模板，以碱基互补配对原则转录形成的单链。
RNA分为mRNA、miRNA、tRNA、rRNA、ncRNA等。
非编码RNA包含短链非编码RNA和长链非编码RNA。
起初，lncRNA是被认为是基因组转录的“噪音”，无生物学功能。
随着研究的深入，已经发现lncRNA是一类参与多种生物学进程的非编码RNA。
lncRNA 包含多种类型的转录本，在结构上类似mRNA，有时也转录成编码基因的反义转录本。
lncRNA被认为执行了重要的调控功能，也与疾病发展息息相关。
有些lncRNA在物种之间相当保守，可以调控一些共有的信号通路。
二、lncRNA的产生lncRNA和mRNA一样是由对应的基因转录而成，具有5'帽子和poly尾巴，通过剪接形成成熟体的lncRNA；同一基因可以形成不同的转录本的lncRNA。
lncRNA的产生有几种方式：1、编码基因发生框插入，转成一个与先前编码序列合并的lncRNA；2、染色质重排后，两个不转录并且原来可能间隔的很远的序列区合并到了一起，产生了一个含多个外显子的lncRNA；3、非编码基因通过反转录转座作用复制，产生一个有功能的非编码逆转基因，或产生一个无功能的反转录基因；4、两次连续的重复时间在ncRNA内部产生相邻的重复序列产生lncRNA；5、转位因子插入产生一个有功能的lncRNA。
三、lncRNA的分类lncRNA分为以下几种：1、Antisense lncRNA (反义长链非编码RNA)2、Intronic transcript (内含子非编码RNA)3、Large intergenic noncoding RNA (lincRNA，基因区间的lncRNA)4、Promoter-associated lncRNA(启动子相关lncRNA)5、UTR associated lncRNA (非翻译区lncRNA)四、lncRNA的特点1、lncRNA的长度在200-100000nt之间，具有mRNA相似的结构，经剪接，具有ployA尾巴以及启动子结构，分化过程中有动态的表达以及不同的剪接方式，形成不同的lncRNA；2、lncRNA一般无蛋白编码能力，但是有很多lncRNA能编码一些短肽；3、lncRNA的保守性较低；4、lncRNA的表达具有组织特异性以及时空特性。
植物生长调控的非编码RNA
植物生长调控的非编码RNA 植物生长调控是一个复杂而精细的过程，其中非编码RNA （noncoding RNA）在调控基因表达和生物发育中起到了重要的作用。
非编码RNA是指不编码蛋白质的RNA分子，包括长链非编码RNA、短链非编码RNA和微小RNA等多种类型。
在植物中，非编码RNA通过多种机制参与调控细胞生长、发育和适应环境等生理过程。
一、长链非编码RNA的调控作用长链非编码RNA是指长度超过200个核苷酸的RNA分子，常见的类型包括天然反义RNA（natural antisense RNA）和长链内含子RNA （long intronic RNA）等。
这些长链非编码RNA可以与编码蛋白质的mRNA形成双链结构，从而调节基因表达。
例如，天然反义RNA可以通过互相碱基配对，形成双链RNA，从而影响靠近的基因的转录和翻译过程。
长链内含子RNA在基因表达中的作用还不太清楚，但研究发现它们与染色质构象和DNA甲基化有关，可能参与基因座的表观遗传调控。
二、短链非编码RNA的调控作用短链非编码RNA是指长度在20-200个核苷酸之间的RNA分子，常见的类型包括小核RNA（small nuclear RNA）、小核仁RNA（small nucleolar RNA）、外显子环状RNA（exonic circRNA）和滨核RNA （intergenic RNA）等。
它们在植物细胞中广泛存在，并参与多种生物过程的调控。
例如，小核RNA和小核仁RNA在剪接和修饰mRNA的过程中起到重要的作用。
外显子环状RNA是一种特殊类型的短链非编码RNA，其具有环状结构，可以与核糖体结合并抑制蛋白质的合成。
滨核RNA是指位于基因间区域的短链非编码RNA，其功能还在进一步研究中探索。
三、微小RNA的调控作用微小RNA（miRNA）是一类长度约为20-24个核苷酸的非编码RNA。
在植物中，miRNA参与调控基因表达的主要机制是通过与靶基因的mRNA结合，并导致其降解或抑制其翻译过程。
ＲＮＡ结合基序蛋白１５的功能及其在肿瘤中的研究进展
国际老年医学杂志 ２０２３年１１月 第４４卷第６期 ＩｎｔＪＧｅｒｉａｔｒ，Ｎｏｖｅｍｂｅｒ２０２３，Ｖｏｌ．４４Ｎｏ．６ ２０２３国际老年医学杂志编辑部 ２０２３ｂｙｔｈｅＥｄｉｔｏｒｉａｌＯｆｆｉｃｅｏｆＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＪｏｕｒｎａｌｏｆＧｅｒｉａｔｒｉｃｓ甘肃省自然科学基金项目（２２ＪＲ５ＲＡ００７） 通讯作者：张百红，电子邮箱ｂｈｚｈａｎｇ１９９９＠１２６ ｃｏｍＲＮＡ结合基序蛋白１５的功能及其在肿瘤中的研究进展谈元郡１ 王 霞１ 张百红２ 岳红云３１甘肃中医药大学第一临床医学院，兰州 ７３００００；２中国人民解放军联勤保障部队第九四 医院肿瘤科，兰州 ７３００５０；３中国人民解放军联勤保障部队第九四 医院眼科，兰州 ７３００５０ ［摘 要］ ＲＮＡ结合基序蛋白１５（ＲＢＭ１５）是一类有Ｎ端ＲＮＡ识别基序（ＲＲＭ）和Ｃ端Ｓｐｅｎ旁系／直系同源物（ＳＰＯＣ）结构的蛋白质。
ＲＢＭ１５以Ｎ６－甲基腺苷（ｍ６Ａ）修饰依赖性方式或独立于ｍ６Ａ修饰的方式调节ｍＲＮＡ表达、神经干细胞分化、营养物质代谢和遗传稳态等过程。
近年研究发现，ＲＢＭ１５与肿瘤发生发展密切相关。
本文详细阐述了ＲＢＭ１５的功能，及其与多种肿瘤发生发展的关系，为临床上探讨靶向ＲＢＭ１５作为肿瘤治疗的新策略提供可靠依据。
［关键词］ ＲＮＡ结合基序蛋白１５；肿瘤；ｍＲＮＡ；Ｎ６－甲基腺苷 ｄｏｉ：１０ ３９６９／ｊ ｉｓｓｎ １６７４－７５９３ ２０２３ ０６ ０２２ＲｅｃｅｎｔＡｄｖａｎｃｅｓｉｎＵｎｒａｖｅｌｉｎｇｔｈｅＦｕｎｃｔｉｏｎｓｏｆＲＢＭ１５ａｎｄＩｔｓＳｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅｉｎＴｕｍｏｒｉｇｅｎｅｓｉｓＴａｎＹｕａｎｊｕｎ１，ＷａｎｇＸｉａ１，ＺｈａｎｇＢａｉｈｏｎｇ２，ＹｕｅＨｏｎｇｙｕｎ３１ｔｈｅＦｉｒｓｔＣｌｉｎｉｃａｌＭｅｄｉｃｉｎｅＣｏｌｌｅｇｅｏｆＧａｎｓｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＣｈｉｎｅｓｅＭｅｄｉｃｉｎｅ，Ｌａｎｚｈｏｕ ７３００００；２ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＯｎｃｏｌｏｇｙ，ｔｈｅ９４０ｔｈＨｏｓｐｉｔａｌｏｆＪｏｉｎｔＬｏｇｉｓｔｉｃｓＳｕｐｐｏｒｔＦｏｒｃｅｏｆＰｅｏｐｌｅ′ｓＬｉｂｅｒａｔｉｏｎＡｒｍｙ，Ｌａｎｚｈｏｕ ７３００５０；３ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＯｐｈｔｈａｌｍｏｌｏｇｙ，ｔｈｅ９４０ｔｈＨｏｓｐｉｔａｌｏｆＪｏｉｎｔＬｏｇｉｓｔｉｃｓＳｕｐｐｏｒｔＦｏｒｃｅｏｆＰｅｏｐｌｅ′ｓＬｉｂｅｒａｔｉｏｎＡｒｍｙ，Ｌａｎｚｈｏｕ ７３００５０Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇａｕｔｈｏｒ：ＺｈａｎｇＢａｉｈｏｎｇ，ｅｍａｉｌ：ｂｈｚｈａｎｇ１９９９＠１６３ ｃｏｍ ［Ａｂｓｔｒａｃｔ］ ＲＮＡｂｉｎｄｉｎｇｍｏｔｉｆｐｒｏｔｅｉｎ１５（ＲＢＭ１５）ｂｅｌｏｎｇｓｔｏａｃｌａｓｓｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄｂｙａｎＮ－ｔｅｒｍｉｎａｌＲＮＡｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎｍｏｔｉｆ（ＲＲＭ）ａｎｄａＣ－ｔｅｒｍｉｎａｌＳｐｅｎｐａｒａｌｏｇａｎｄｏｒｔｈｏｌｏｇＣ－ｔｅｒｍｉｎａｌ（ＳＰＯＣ）ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．ＲＢＭ１５ｐｌａｙｓｐｉｖｏｔａｌｒｏｌｅｓｉｎｍｏｄｕｌａｔｉｎｇｍＲＮＡｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，ｇｕｉｄｉｎｇｎｅｕｒａｌｓｔｅｍｃｅｌｌｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ，ｒｅｇｕｌａｔｉｎｇｎｕｔｒｉｅｎｔｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ，ａｎｄｍａｉｎｔａｉｎｉｎｇｇｅｎｅｔｉｃｈｏｍｅ ｏｓｔａｓｉｓ．ＩｔｓｉｎｆｌｕｅｎｃｅｏｎｔｈｅｓｅｃｅｌｌｕｌａｒｐｒｏｃｅｓｓｅｓｃａｎｅｉｔｈｅｒｂｅｄｅｐｅｎｄｅｎｔｏｎＮ６－ｍｅｔｈｙｌａｄｅｎｏｓｉｎｅ（ｍ６Ａ）ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓｏｒｏｃｃｕｒｉｎ ｄｅｐｅｎｄｅｎｔｌｙｏｆｍ６Ａ．Ｉｎｒｅｃｅｎｔｙｅａｒｓ，ＲＢＭ１５ｈａｓｅｍｅｒｇｅｄａｓａｋｅｙｐｌａｙｅｒｃｌｏｓｅｌｙａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈｔｕｍｏｒｉｇｅｎｅｓｉｓａｎｄｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌｐｒｏｃｅｓｓｅｓ．ＴｈｉｓｐａｐｅｒｄｅｌｖｅｓｉｎｔｏｉｎｔｒｉｃａｔｅｄｅｔａｉｌｓｒｅｇａｒｄｉｎｇｔｈｅｍｕｌｔｉｆａｃｅｔｅｄｆｕｎｃｔｉｏｎｓｏｆＲＢＭ１５ａｎｄｉｔｓｉｎｔｒｉｃａｔｅｉｎｔｅｒｐｌａｙｗｉｔｈｔｈｅｄｅ ｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆｖａｒｉｏｕｓｔｕｍｏｒｓ．ＴｈｅｓｅｆｉｎｄｉｎｇｓｏｆｆｅｒａｒｏｂｕｓｔｆｏｕｎｄａｔｉｏｎｆｏｒｔｈｅｐｏｔｅｎｔｉａｌｃｌｉｎｉｃａｌｅｘｐｌｏｉｔａｔｉｏｎｏｆＲＢＭ１５ａｓａｎｏｖｅｌｔｈｅｒａ ｐｅｕｔｉｃｔａｒｇｅｔｉｎｔｈｅｆｉｇｈｔａｇａｉｎｓｔｃａｎｃｅｒ． ［Ｋｅｙｗｏｒｄｓ］ ＲＮＡｂｉｎｄｉｎｇｍｏｔｉｆｐｒｏｔｅｉｎ１５；Ｔｕｍｏｒ；ｍＲＮＡ；Ｎ６－ｍｅｔｈｙｌａｄｅｎｏｓｉｎｅ ＲＮＡ结合基序蛋白１５（ＲＮＡｂｉｎｄｉｎｇｍｏｔｉｆｐｒｏ ｔｅｉｎ１５，ＲＢＭ１５）的编码基因位于人类染色体１ｐ１３ ３区域，最早在ｔ（１；２２）（ｐ１３；ｑ１３）易位的急性巨核细胞白血病婴儿体内发现［１］。
血清LncRNA MALAT1和microRNA-124水平检测对非小细胞肺癌患者预后的评估价值
血清LncRNA MALAT1和microRNA-124水平检测对非小细胞肺癌患者预后的评估价值梁亚海;李金媚;彭晓霞;张丽花;刘美莲;郑伟珍;杨志雄;赖振南【期刊名称】《现代肿瘤医学》【年(卷),期】2024(32)7【摘要】目的:探究长链非编码RNA-转移相关肺腺癌转录本1(LncRNA MALAT1)和微小RNA-124(microRNA-124)对非小细胞肺癌(NSCLC)患者预后的预测效能。
方法:选取2020年06月至2022年06月我院收治的124例NSCLC患者作为研究对象,入院后,收集患者的病历资料,检测入院时外周血LncRNA MALAT1、microRNA-124的相对表达量。
电话随访12个月记录患者的死亡率,分为生存组和死亡组,分析NSCLC患者预后的影响因素,评估血清LncRNA MALAT1、microRNA-124对NSCLC患者预后的预测效能。
结果:死亡组患者的IV期占比及LncRNA MALAT1相对表达量高于生存组,microRNA-124相对表达量低于生存组。
Logistic遂步分析显示,病理分期IV期(OR=12.342,95%CI:4.295~36.765)、LncRNA MALAT1(OR=5.371,95%CI:1.836~15.714)及microRNA-124(OR=0.257,95%CI:0.089~0.752)是NSCLC患者死亡的影响因素(P<0.05)。
LncRNA MALAT1与microRNA-124呈负相关(P<0.05)。
受试者工作特性曲线(ROC)分析显示,LncRNA MALAT1及microRNA-124单一及联合预测NSCLC患者预后的灵敏度分别为0.741(95%CI:0.601~0.846)、0.759(95%CI:0.621~0.861)、0.815(95%CI:0.682~0.903),特异度分别为0.825(95%CI:0.705~0.906)、0.762(95%CI:0.635~0.856)、0.841(95%CI:0.723~0.917),曲线下面积(AUC)分别为0.781、0.760、0.839。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
内容提纲
1 3 2
LncRNA研究简介 LncRNA实验流程 LncRNA生物信息分析
3
LncRNA测序实验流程
rRNA去除
lncRNA建库原理
转录组建库原理
链特异性测序建库原理
内容提纲
1 3 2
LncRNA研究简介 LncRNA实验流程 • 转录本构建工具
LncRNA生物学功能
lncRNA 功能
Xist
染色质重塑：Xist广泛地覆盖在X染色体上，占据RNA pol Ⅱ的结 合位点，募集PRC2诱导异染色质化的形成，通过组蛋白类似物 macroH2A催化CpG岛甲基化，导致X染色体失活
Fenderr
组蛋白修饰：分别与PRC2和wdr5相互作用，形成抑制性和激活性 的组蛋白标记，参与心脏的发育进程 DNA甲基化：招募DNMT到DHRS4L2基因的启动子区，诱导DNA 甲基化的形成，抑制DHRS4L2基因的转录
LncRNA特征
mRNA与lncRNA的长度比较分析
LncRNA特征
mRNA与lncRNA的exon个数比较分析
LncRNA特征
mRNA与lncRNA的isoform个数比较分析
LncRNA特征
mRNA与lncRNA表达水平比较分析
LncRNA生物学功能
LncRNA生物学功能
COOLAIR 是一个来自 FLC 位点反义链的 长非编码 RNA 。在受到寒冷刺激后， COOLAIR 上调表达，通过影响染色质 修饰来下调正链编码的 FLC基因的表达 (Swiezewski et al., 2009)。 COLDAIR 也是一个来自FLC 位点的长非 编码RNA，COLDAIR 来自 FLC 基因的第 一个内含子。同样在受到寒冷刺激后 上调表达， COLDAIR 被证明是通过与 PRC2 复合体相互作用，增加 FLC基因 染色质位点上 H3K27me3 修饰来抑制 FLC 基因的表达 (Heo et al, 2011)。
长链非编码研究
内容提纲
1 3 2
LncRNA研究简介 LncRNA实验流程 LncRNA生物信息分析
3
LncRNA简介
◆ 长度在200nt以上的RNA。 ◆不编码蛋白。 ◆哺乳动物基因组中4~9%的序列转录本是lncRNA
（mRNA占1%)。
LncRNA分类
根据lncRNA 在基因组上的位置，可将其分为 5 种类型： 1. sense, 2. antisense, 3. bidirectional, 4. intronic, 5. intergenic。
– Cufflinks（最少可变剪切组合，转录本更长）
– Scripture（最多可变剪切组合，转录本更全）
区分编码RNA和非编码RNA的工具
CPC ：基于预测基因的开放阅读框
PhyloCSF：基于物种间的保守性
CNCI：基于二联密码子频率
Pfam：基于蛋白结构域分析
LncRNA靶基因预测
Cis靶基因预测：取同一条染色体上的lncRNA上下 游10kb范围内的基因利用基因组注释和基因组浏览 器鉴定lncRNA的可能的靶基因。 Trans靶基因预测：不同染色体的靶基因预测利用 RNAplex或WGCNA等鉴定lncRNA的可能的靶基因。
AS1DHRS4
玉米lncRNA的全基因组挖掘和特征分析
研究数据
• NCBI EST数据；
• 全基因组测序注释文件；
• 30个不同实验转录组测序数据。
分析流程
研究结果
• 全基因组 lncRNA 筛选：筛选标准：大于 200bp ；
ORF 长 度 小 于 100aa ； CPC 分 析 :swiss-port 比 对 Evalue ≤ 0.001 。共得到 20,163 潜在的 lncRNA, 其中基 因组测序得到12,431个位点（12,647 isoforms）,转 录组测序得到7,177个位点（7,515 isoforms）。
研究结果
• 18,459个位点是pre-lncRNAs,作为small RNA的前体。
1,704 个 与 已 知 非 编 码 种 类 不 同 的 序 列 作 为 HClncRNAs 。 24 个 lncRNA 利用 RT-PCR 的方法进行了验 证。
研究结果
• 玉米 lncRNA 的特征分析： 74% 的 pre-lncRNAs 来自
于重复序列区间，98%的HC-lncRNAs不包含重复序 列（ 68% 的潜在 lncRNAs 来自于重复序列，与哺乳 动物类似）。仅有 7% 的 lncRNA 与编码的 mRNA 序 列重叠。81%的lncRNA仅具有一个外显子。
研究结果
• 组织间lncRNAs的表达分析：30个转录组数据分析
了 13 个不同组织的表达， 54% 的 lncRNAs 仅在一个 组织中检测到，仅有8%的基因在一个组织中检测 到。10%的lncRNAs 在5个以上组织中检测到，74% 的基因在5个以上组织中检测到。13个组织中，基 因的表达量显著的高于lncRNAs。
差异表达LncRNA靶基因KEGG注释
差异表达LncRNA靶基因KEGG通路富集分析
差异表达LncRNA-mRNA调控网络分析
LncRNA-miRNA调控网络分析
• • • • • lncRNA中endo-siRNA分析； lncRNA中miRNA前体分析； miRNA靶向lncRNA分析； miRNA decoy功能的lncRNA分析； miRNA-mRNA-lncRNA调控网络分析。
差异表达LncRNA筛选
•差异表达LncRNA的检测：
DESeq 适应于有生物学重复样品的差异分析 EBSeq 适应于无生物学重复样品的差异分析
差异表达lncRNA筛选标准：FDR<0.01且Fold Change>=2
差异表达LncRNA靶基因的GO分类
差异表达LncRNA靶基因GO富集层次分析