杂合性缺失、纯合性缺失、点突变的原理与检测方法

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纯合体鉴定的原理及方法_

纯合体鉴定的原理及方法_

1.T-DNA插入突变体的鉴定T-DNA插入突变体从拟南芥资源中心(Ohio State University,Columbus)索要。

种子被播种在含有卡那霉素(Kan+)的MS筛选培养基上,待萌发后10天左右,把生长正常的幼苗移置营养土中。

然后取10天后的叶片提取DNA,PCR进一步鉴定。

其原理如下图所示(图5-1):LP,RP分别为基因的左边界和右边界,LB为T-DNA上的序列。

用三条引物进行PCR扩增,结果如右图所示。

用LP和RP扩不出条带,而用RP和LB能扩出条带的为突变体纯合株。

图5-1 突变体鉴定原理图纯合体鉴定的原理及方法图1:T-DNA插入的位置图2:纯合体鉴定所示条带By using the three primers (LBb1.3+LP+RP) for SALK lines, users for WT (Wild Type - no insertion)should get a product of about 900-1100 bps ( from LP to RP ), for HM (Homozygous lines - insertions in both chromosomes) will get a band of 410+N bps ( from RP to insertion site 300+N bases, plus 110 bases from LBb1.3 to the left border of the vector), and for HZ (Heterozygous lines - one of the pair chromosomes with insertion) will get both bands. The product size should be 200 base larger if using LBa1 instead of LBb1.3. However, the protocol requires the same or similiar TM values for all the LB, LP and RP primers.纯合体鉴定共需两次才能判定是否是真正的纯合体。

基因检测报告单解读

基因检测报告单解读

基因检测报告单解读基因检测报告单是一种通过检测个体基因组的技术手段,可以为我们提供关于个体遗传信息的重要数据。

在当今医学领域,基因检测已经成为了一种非常重要的辅助诊断手段,可以帮助医生更好地了解患者的遗传状况,从而为患者提供更加精准的治疗方案。

因此,对于一份基因检测报告单的解读是非常重要的,下面我们就来详细解读一份典型的基因检测报告单。

首先,我们可以看到报告单中包含了一系列基因位点的检测结果,通常会包括基因型、杂合性、纯合性等信息。

基因型是指个体在某个基因位点上所拥有的基因类型,通常用字母符号来表示,比如A/A表示纯合子,A/G表示杂合子,G/G也表示纯合子。

而杂合性和纯合性则是指个体在某个基因位点上所拥有的两个基因的组合类型,杂合性表示个体拥有两种不同的基因,纯合性表示个体拥有两种相同的基因。

在解读基因检测报告单时,我们需要关注的是报告单中所列出的每一个基因位点的检测结果。

首先,我们可以根据基因型来判断个体在该位点上的遗传类型,比如是否存在突变、缺失、重复等异常情况。

其次,我们可以根据杂合性和纯合性来判断个体在该位点上的遗传稳定性,比如是否存在杂合子或者纯合子,以及这种情况可能对个体健康造成的影响。

除了单个基因位点的检测结果,基因检测报告单还会对一些常见遗传病风险进行评估。

通过分析个体在一系列基因位点上的遗传信息,可以预测个体患某种遗传病的风险程度。

比如,有些基因变异可能会增加个体患乳腺癌、糖尿病、心血管疾病等疾病的风险,而有些基因变异则可能会降低这些疾病的风险。

因此,基因检测报告单中的遗传病风险评估也是非常重要的内容。

在解读基因检测报告单时,我们需要综合考虑报告单中所列出的所有基因位点的检测结果,从而得出个体的遗传状况和遗传病风险。

需要注意的是,基因检测报告单只是提供了个体遗传信息的一部分数据,对于个体的遗传状况和遗传病风险的评估还需要结合个体的临床表现、家族史等其他信息来进行综合分析。

总之,基因检测报告单的解读是一项复杂而又重要的工作,需要我们对基因检测技术和遗传学知识有着深入的了解。

PCR技术在突变基因检测中的应用

PCR技术在突变基因检测中的应用

PCR技术在突变基因检测中的应用基因突变(gene mutation)是遗传病和肿瘤发生的根本原因,检测与遗传病及恶性肿瘤发生有关的突变基因(mutant gene)是分子生物学,医学遗传学及肿瘤学研究的热点,它对阐明遗传病和肿瘤发生的分子生物学基础及其诊断和早期诊断具有重要\意义,分子生物学技术的发展,尤其是PCR技术的出现及近年来以PCR技术为基础,结合传统技术的突变基因分析方法为人们提供了许多快速、简便、准确的基因分析途径,并取得了令人瞩目的成果.基因突变是癌基因激活,抗癌基因失活及遗传病发生的根本原因,从广义的角度来看,基因突变包括点突变,染色体突变和基因组突变三种形式,只是它仍所涉及的范围不同,后两种基因突变涉及的基因较多,可通过光学显微镜分析细胞有丝分裂中期的染色体而检出.亦可在间期用标记探针检出,点突变通常的涉及的范围较少,它是肿癌和遗传病发生的主要分子改变,因此,它是基因分析的主要研究内容.不同类型的基因突变有不同的检测途径,大致方法包括:应用基因探针直接检测;应用PCR 技术检测;利用探针技术进行分析。

PCR在突变基因检测时的应用利用核酸探针及Southern印迹杂交技术进行基因突变分析时由于诸多限制难以满足这际工作的需要,自从PCR技术问世以来,建立于PCR技术基础上的突变基因检测技术发展迅速,它不仅能在短时间内检出发生突变的基因,而且即使获得极微量的组织亦可经PCR扩增而进行中种检测,加上PCR技术与探针杂交技术,RFLP技术及PCR直接测序的结合,改换方法得以迅速发展和推广,大大的促进了遗传病及肿瘤有关的基因的研究进展.一、点突变的PCR直接检出(一)用PCR直接检测缺失:当基因内缺失时,可用已知的该基因DNA序列在缺失片段的两侧设计一对引物,然后进行PCR,对其产物行琼糖凝胶电泳,溴乙锭染色,紫外检测仪下检测有无特异性的扩增产物,即可非常容易的判断待检称本中有无DNA片段的缺失.1.一对引物PCR检测缺失如果一个基因的DNA序列已经清楚,其缺失部位亦较为固定,即可根据缺失发生区域的DNA序列在缺失片段的两侧合成一对合适的引物进行PCR,然后琼脂糖凝胶电泳及溴乙锭染色,短波紫外灯下观察有无特异性的扩增片段,该方法是检测基因片段缺失最为快速的方法,在实际应用中,为了避光因某些原因引起的扩增失败而导致假阴性结果的出现,常在反应体系中加入一对与缺失片段无关的基因引物,同时加以扩增,以确定无特异性扩增带并非因反应体系的原因的引起.如在应用PCR技术进行X地贫Bartα基因胎儿水肿综合征义基因缺失检测时,常用一对引物扩增缺失区域,同时同一对β基因引物扩增β基因的一个片段,然后电泳检测.若同时即有α和β基因的特异性扩增产物,则说明α基因的扩增产物则说明模板DNA中有α 基因的缺失,为Bart胎儿水肿综合征.2.多对引物的多重PCR检测缺失:对于某些遗传病的致病基因来说,其缺失具有明显的异质性,即在不同患者其缺失片段有所不同,因而难以用一对缺失部位的引物将所有的缺失检出,在这种情况下,我们可设计多对引物检测该基因的不同外显子区域,即用同一PCR体系扩增多个外显子然后用琼糖凝胶电泳检测有无缺失的片段,若某一特异性的扩增产物带缺如,则可判定为该片段的缺失,该检测方法是对已知结构基因有无缺失片段的最快速可行的检测途径,目前已用于多种遗传病基因缺的检测.如在DMD/BMD缺失型突变的检测中,用23对引物分为三组进行多重PCR可改98%的缺失得以检出,另外还有人用9对物进行两组多重PCR,大约可检出DMD/BMD92%的缺失型突变.3.用PCR技术进行杂合性丢失的检测:有报道,PCR技术尚可用于检测杂合性丢失可采用PCR-SSCP及PCR定量技术进行检测.(二)单个碱量置换的PCR直接检出1.直接检测限制性内切酶切点的变化-PCR产物酶解分析PCR产物的酶解分析,主要用于检测可引起酶切位点改变--包括所增加的酶切位点及原有的酶切点消失的单碱是量置换性点突变.当某一点突变引起DNA片段中酶切位点发生改变时,则可用酶切位点两侧的引物扩增一含该切点的DNA片段,然后用相应的内切酶进行处理,电泳检测,与正常的无改变的段进行对片分析即可确定有无酶切位点的改变.比如状细胞贫血的发生即是由一酶切位点的改变的改,正常情况下靶DNA 的扩增产物为294bp,经OxaNI消化后产生191bp和103bp二个片段,但镰状细胞贫血的突变使该切点消失,OxaNI消化后仍为294bp的片段,而杂合子则是有294、191和103 三个片段。

211081158_CTCF基因突变致胎儿不良妊娠结局的遗传学分析

211081158_CTCF基因突变致胎儿不良妊娠结局的遗传学分析

·论著·《中国产前诊断杂志(电子版)》 2023年第15卷第1期犆犜犆犉基因突变致胎儿不良妊娠结局的遗传学分析谢潇潇1 蒋晓莹2 胡凌云1 周红辉3 汪龙霞4 游艳琴1 卢彦平1 (1.解放军总医院第一医学中心妇产科,北京 100853;2.解放军医学院,北京 100853;3.解放军总医院第一医学中心创新医学部,北京 100853;4.解放军总医院第一医学中心超声科,北京 100853)【摘要】 目的 探讨犆犜犆犉基因致病突变的产前遗传学分析及咨询。

方法 运用染色体核型分析、荧光原位杂交技术(FISH)、染色体微阵列分析(CMA)及全外显子组测序技术(WES)对一例产前超声发现双侧肾脏回声增强结构模糊的胎儿进行产前遗传学检测。

结果 核型分析、荧光原位杂交技术、染色体微阵列分析未见异常,家系全外显子测序检测到胎儿犆犜犆犉基因存在新发变异c.944_951dup,为移码突变,导致318位甘氨酸密码子(GGT)被替换为组氨酸密码子(CAC),并在第18个密码子后终止(p.Gly318Hisfs 18),产生截短蛋白质。

犆犜犆犉基因突变可致罕见常染色体显性智力障碍21型,胎儿期尚未见报道。

结论 本例为首次在胎儿期检出犆犜犆犉基因致病突变,推测双肾回声增强结构模糊为该基因突变相关的一种新的胎儿期表型。

全外显子组测序技术在产前检测出罕见致病突变的病例需重视检测前后的咨询。

【关键词】 犆犜犆犉基因;双肾回声增强;全外显子组测序;胎儿【中图分类号】 R715.5 【文献标识码】 A犇犗犐:10.13470/j.cnki.cjpd.2023.01.004 通信作者:卢彦平,Email:luyp301@163.com基金项目:1、国家重点研发计划(2021YFC1005300);2、军队育龄家庭出生缺陷的遗传病学研究(19JSZ16)犌犲狀犲狋犻犮犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳犪犮犪狊犲狅犳犆犜犆犉犵犲狀犲犿狌狋犪狋犻狅狀犻狀犳犲狋狌狊犪狊狊狅犮犻犪狋犲犱狑犻狋犺犪犱狏犲狉狊犲狅狌狋犮狅犿犲犡犻犲犡犻犪狅狓犻犪狅1,犑犻犪狀犵犡犻犪狅狔犻狀犵2,犎狌犔犻狀犵狔狌狀1,犣犺狅狌犎狅狀犵犺狌犻1,犠犪狀犵犔狅狀犵狓犻犪1,犢狅狌犢犪狀狇犻狀1,犔狌犢犪狀狆犻狀犵1 (1犜犺犲犳犻狉狊狋犿犲犱犻犮犪犾犮犲狀狋犲狉狅犳犆犺犻狀犲狊犲犘犔犃犌犲狀犲狉犪犾犎狅狊狆犻狋犪犾,犅犲犻犼犻狀犵100853,犆犺犻狀犪;2犕犲犱犻犮犪犾狊犮犺狅狅犾狅犳犆犺犻狀犲狊犲犘犔犃,犅犲犻犼犻狀犵100853,犆犺犻狀犪)【犃犫狊狋狉犪犮狋】 犗犫犼犲犮狋犻狏犲 Toexplorethegeneticanalysisandcounselingofpathogenic犆犜犆犉mutationinfetus.犕犲狋犺狅犱狊 Chromosomekaryotypeanalysis,Fluorescenceinsituhybridization(FISH),chromosomemicroarrayanalysis(CMA)andwholeexomesequencing(WES)wereusedtodetectthefetuswithpoorlystructuredbilateralhyperechogenickidneys.犚犲狊狌犾狋狊 Karyotypeanalysis,FISHandCMAwerenormal.Adenovoframeshiftmutationc.944_951dup(p.G318Hfs 18)of犆犜犆犉wasdetectedbyWESresultingtruncatedprotein.Itcancause“Mentalretardation,autosomaldominant21”,whichhasnotbeenreportedinfetuses.犆狅狀犮犾狌狊犻狅狀 Inthiscase,thepathogenicmutationin犆犜犆犉wasfirstdetectedinfetus.Thepoorlystructuredbilateralhyperechogenickidneysmaybeanovelfetalclinicalfeatureassociatedwiththemutationin犆犜犆犉.Pretestandprotestcounselingshouldbewelldone,especiallywhentherarepathogenicmutationsaredetectedbyWES.【犓犲狔狑狅狉犱狊】 犆犜犆犉;Bilateralhyperechogenickidneys;Wholeexomesequencing;Fetus81Copyright ©博看网. All Rights Reserved.《中国产前诊断杂志(电子版)》 2023年第15卷第1期·论著· 犆犜犆犉基因是脊椎动物体内染色质结构组成和调控的重要参与者之一,位于染色体16q22.1区域,对于染色体三维立体结构的形成和协调起着重要的作用,同时还参与许多基因调控,其编码的蛋白含有11个高度保守的锌指结构,通过这些锌指结构绑定多种DNA从而发挥多元调控作用,在人类基因中其DNA的绑定位点超过30000个,所发挥的作用包括基因调节、阻断异染色质的传播、基因印记、X染色体失活等[1,2]。

医学遗传学名词解释

医学遗传学名词解释

第一章绪论无第二章遗传的细胞学基础1.常染色质:间期核内纤维折叠盘曲程度小、分散度大、能活跃地进行转录的染色质。

异染色质:间期核内纤维折叠盘曲紧密、呈凝聚状态,一般无转录活性的染色质,又分为结构异染色质和兼性异染色质两大类。

兼性异染色质:是在特定细胞的某一发育阶段由原来的常染色质失去转录活性,转变成凝缩状态的异染色质,二者的转化可能与基因的表达调控有关。

Lyon假说:(1)雌性哺乳动物体细胞内仅有一条X染色体有活性,其他的X染色体在间期细胞核中螺旋化而呈异固缩状态的X染色质,在遗传上失去活性。

(2)失活发生在胚胎发育的早期(人胚第16天);在此之前所有体细胞中的X染色体都具有活性。

(3)X染色体的失活是随机的,但是是恒定的。

剂量补偿:由于正常女性体细胞中的1条X染色体发生了异固缩,失去了转录活性,这样就保证了男女性个体X染色体上的基因产物在数量上基本一致,这称为X染色体的剂量补偿。

遗传的分子基础外显子和内含子:真核生物的基因为断裂基因,即结构基因是不连续排列的,中间被不编码的插入序列隔开,编码序列称为外显子,编码序列中间的插入序列称为内含子。

单一序列和高度重复序列:单一序列是在一个基因组中只出现一次或少数几次,大多数编码蛋白质和酶类的基因即结构基因为单一序列。

重复序列是指在基因组中有很多拷贝的DNA序列,有些重复序列与染色体的结构有关。

基因突变:是指基因在结构上发生碱基对组成或排列顺序的改变。

转换和颠换:转换是指一个嘌呤被另一个嘌呤所取代,或是一个嘧啶被另一个嘧啶所取代。

颠换指嘌呤取代嘧啶,或嘧啶取代嘌呤。

同义突变:是指碱基替换使某一密码子发生改变,但改变前后的密码子都编码同一氨基酸,实质上并不发生突变效应。

错义突变:是指碱基替换导致改变后的密码子编码另一种氨基酸,结果使多肽链氨基酸种类和顺序发生改变,产生异常的蛋白质分子。

无义突变:是指碱基替换使原来为某一个氨基酸编码的密码子变成终止密码子,导致多肽链合成提前终止。

1例9p-四体综合征嵌合型胎儿的遗传学分析

1例9p-四体综合征嵌合型胎儿的遗传学分析

1.2.3 CMA 抽取羊水10mL,采用 QIAampDNA Mini试剂盒(德国 Qiagen公司)提取和纯化全基因组 DNA,应 用 Affymetrix 750K 试 剂 盒 (美 国 ThermoFisher公司)对 DNA 进 行 酶 切、连 接、PCR 扩 增、 纯化、片 段 化、标 记、杂 交 等 处 理,最 后 应 用 配 套 的 ChAS软件 分 析 染 色 体 的 拷 贝 数 变 异 (CNV)。CNV 的分析标准是以 50 个 标 记、100kb 为 最 佳 临 界 值 进 行分析;杂合性缺 失 或 纯 合 状 态 以 5 Mb 的 分 辨 率 进 行分析,包含明确印记致 病 基 因 的 纯 合 状 态 区 域 报 告 标准染色体片段≥5 Mb,不包含明确印记致病基因的 纯合状态区域报告片段为染色体片段≥10 Mb。 1.2.4 荧 光 原 位 杂 交 技 术 (FISH)分 析 采 用 广 州 和能生物 科 技 有 限 公 司 生 产 的 GSPPD-L1(Red)和 CSP9(Green)探 针 进 行 原 位 杂 交,经 Zeise荧 光 显 微 镜观察,FISH 软件照相分析荧光信号。 2结 果 2.1 NIPT 检测结果 21、18、13-三 体 综 合 征 筛 查 低 风 险 ,但 9 号 染 色 体 异 常 。 2.2 核 型 分 析 结 果 胎 儿 核 型 为 47,Xn,+der(9) del(9)(q21q34)dup(9)(p12p24)[10]/46,Xn[90]。 2.3 CMA 检 测 结 果 对 羊 水 行 CMA,胎 儿 在 chr9p24.3p13.2 位 置 检 出 一 段 约 64.9 Mb 的 2.43 拷贝 重 复,检 测 结 果 为 arr[GRCH37]9P24.3P13.2 (208454-68216577)x2-3,涉 及 DOCK8、KANAK1、 DMRT1等164个 OMIM 基因。 2.4 FISH 验证结果 为9号染色体短臂定制探针, 对 CMA 测 序 结 果 提 示 的 chr9p24.3p13.2 重 复 片 段 进 行 验 证 ,发 现 二 者 结 论 一 致 ,见 图 1。

HLA-I型分型影响免疫检查点抑制剂治疗应答

HLA-I型分型影响免疫检查点抑制剂治疗应答

Patient HLA class I genotype influences cancer response to checkpoint blockade immunotherapy背景以CTLA-4、PD-1、PDL-1为靶点的免疫检查点抑制剂(ICB:immune checkpoint blockade,以下简称ICB )能显著提高晚期癌症患者的治疗效果。

但是对这些药物的应答个体间差异很大,并且治疗耐药性普遍存在。

如今,大多数预测免疫检查点抑制剂治疗疗效的研究关注在肿瘤免疫表型、体细胞突变特征、或肠道微生物,但胚系基因如何影响治疗应答尚不明确。

免疫检查点抑制剂治疗的抗肿瘤活性与CD8+ T细胞有关。

癌细胞被CD8+ T 细胞识别是通过HLA-I (I 型人类白细胞抗原)分子呈递肿瘤抗原实现的。

然而,HLA与免疫治疗响应程度之间的关系还不明确。

MSKCC的临床医学科学家Timothy A. Chan团队提出两点假设:1、HLA-I 型基因的纯杂合性影响接受ICB治疗患者的生存情况;2、个体间不同HLA-I 胚系等位基因影响ICB治疗的生存情况。

纳入分析队列信息研究人员找到了两个接受ICB治疗的患者队列,并分析了所有患者的HLA-I 基因分型信息。

队列样本信息见下表:HLA-I杂合患者使用ICB治生存情况更好HLA等位基因具有多态性、共显性等特征,HLA-I 类可以细分为HLA-A、HLA-B和HLA-C 。

当某患者的HLA-I 在至少一个基因座呈纯合状态时,相较于在三个基因座均杂合的其他患者,该患者预计会向T细胞呈现更少、更非多样化的肿瘤新抗原。

研究人员用Cox比例风险回归模型对HLA-I 纯杂合性(即至少存在一个等位基因纯合VS 完全杂合)对患者生存情况影响进行分析,发现HLA-I杂合患者使用ICB治疗生存情况更好。

(两队列中,HLA-I杂合患者生存情况优于存在纯合等位基因患者)HLA-B\C纯合患者生存风险最大研究人员在两队列中分析了共1535名患者,发现在任一基因座纯合都会减少总生存期。

一视网膜母细胞为例说明二次突变论

一视网膜母细胞为例说明二次突变论

以视网膜母细胞瘤为例,说明肿瘤的二次突变论学说和抑癌基因的杂合性丢失现象视网膜母细胞瘤(retinoblastoma, RB)发病情况:1/15000~1/28000;大多在2岁前发病;恶性程度高。

临床症状:早期猫眼;后期失明。

基因定位:13q14.1-q14.2。

可分为遗传型和非遗传型。

癌基因:癌基因(oncogene,onc)是指正常人体和动物细胞以及致癌病毒体内所固有的能引起细胞恶性转化的核苷酸序列(DNA片段或RNA片段)。

抑癌基因:肿瘤抑制基因,是人类正常细胞中存在的能够抑制肿瘤发生的一类基因,也称抗癌基因。

抑癌基因杂合丢失现象:当抑癌gene的杂合子(如RB/rb)再发生一次突变成为隐性纯合子(rb/rb)时(即两个等位gene都发生突变或缺失而丧失功能),细胞内正常的抑癌作用消失,最终导致细胞的恶性转化,此即抑癌gene的杂合性丢失(细胞癌变的关键)二次突变论学说:二次突变学说:一些细胞的恶性转化需要两次或两次以上的突变。

第一次突变可能发生在生殖细胞或由父母遗传得来(合子前突变),也可能发生在体细胞。

第二次突变则均发生在体细胞本身。

二次突变学说对一些遗传性肿瘤的发生做出了很好的解释。

视网膜母细胞瘤具有遗传性(约40%为家族性母细胞瘤)和散发性;遗传性视网膜母细胞瘤家族连续传递时,已经携带了一个生殖细胞的RB1突变,此时若在体细胞内再发生一次体细胞突变,即可产生肿瘤,这种时间较易发生,所以发病年龄较早,通常累及双眼;而散发性的视网膜母细胞瘤是一个细胞内的两次体细胞RB1突变,发生率较低,所以发病一般较晚,通常单眼发病。

某些视网膜母细胞瘤患者基因突变是由于13q14.1—q14.2区域缺失或易位。

这些患者其他组织或正常细胞中许多基因是杂合的,但相同基因再肿瘤细胞中却是纯合的,所以肿瘤组织中DNA样本中只含有一对13号同源染色体中的一条染色体上的等位基因,表现出杂合性丢失或缺失积阴德完全表现,在遗传性视网膜母细胞瘤中,这个缺失或获得保留的异常13号chr基因往往从患病双亲中遗传而来。

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杂合性缺失、纯合性缺失、点突变的原理与检测方法
缺失,就是基因缺失,简单地说是没有了,实际上是不能表达某一蛋白了,或者
干脆少了这一个位置。
杂合性缺失:实际就是杂合子,一对染色体上某一个染色体上基因缺失,与之配
对的染色体上仍然存在。
纯合性缺失:实际就是纯合子,一对染色体上两个基因都缺失。
根据这个基因的特点,表现出来的形状完全不同,
比如人类一些疾病就是这样,如果这个缺失基因是隐性基因,杂合子或杂合性缺
失会表现出来缺失。实际上这个基因不能继续表达。因为隐性基因只能在纯合子
中表现(个别例外,如性染色体)。
如果这个基因是显性基因,那么这种缺失可能不表现出来。因为显性基因不仅在
纯合子中表现,在杂合子也表现。
具体应用过程,杂合子可以通过回交等方式,获得纯合子。

一般来说,对于一个确定的基因要检测在某种病中的突变情况,方法
比较成熟,PCR-测序、PCR-SSCP、PCR-RFLP等。如果样本量较少且你所研究的
目的基因较小,采用PCR或RT-PCR的方法获得目的片段后直接测序是很可行的
方法(目前测序一个反应只有不到60元人民币);但如果样本量较大且所研究
的目的基因较大的话,直接测序可能费用较高,一般可采用PCR-SSCP、PCR-RFLP。
不管采用哪种方法检测基因的点突变都涉及到PCR扩增目的片段,因而涉及到
引物设计,引物设计由你的研究材料、研究方法、目的基因等决定:如果你能
得到患者的病灶部位组织材料的话(从这些材料中提取RNA),可根据基因的
cDNA序列设计引物(如果目的基因太大,则需要设计多条引物;如果采用
PCR-SSCP的方法检测突变,则需要每200bp左右设计一对引物);如果你只能
获得患者的血样的话,就从血样中提取基因组DNA,检测基因突变时,必须每个
外显子设计一对引物,对于较大的外显子,还需设计多条引物,当然如果采用
PCR-SSCP的方法检测突变,同样需要在基因的外显子上每200bp左右设计一对
引物。如果你想检测外显子内含子之间的剪接位点突变,可根据目的基因所在
的基因组序列设计引物。
对于缺失(杂合缺失或纯合缺失)的检测方法,一般来说,就是PCR或
RT-PCR,然后进行普通的琼脂糖凝胶电泳即可。首先根据缺失部位两侧设计一
对引物,然后以基因组DNA或RNA为模板,进行PCR或RT-PCR扩增,普通的琼
脂糖凝胶电泳后,可通过扩增产物及大小直接判断:只得到一条扩增产物且扩
增产物与目的片段大小一致的患者,为不存在此部位缺失的患者;只得到一条
扩增产物且扩增产物较小的患者,即为纯合缺失;有2条扩增产物,一条与野
生型大小相同,另一条与缺失的相同,即为杂合缺失。

关于杂合性缺失的检测
vitzj:
检测杂合性缺失通常用定量荧光检测str不同重复次数的峰值.
如果两个峰值之前的比例是1:1,说明一对等位基因都存在,未缺失;
如果比值不是1:1,且差别比较大,说明可能有杂合性缺失;
如果只有一个峰,有两种可能:
1.正常基因组是有两个峰的,那么有缺失.
2.正常基因组只有一个重合峰,则看标本的峰是不是将近两倍高,如果是说明是
正常,如果峰值比较低,不到两倍,那有可能是缺失,但这样判断不精确,通常需
要换一个位点再看.
vitzj:
纯合性缺失,就是染色体上的一对等位基因一起缺失;
杂合性缺失,顾名思义就是只丢失了一条同源染色体上的基因,另一条还在,通
常如果另一条上的基因突变或者甲基化了就使基因彻底不能表达,如果发生在
抑癌基因上就可能导致肿瘤.
检测方法有FISH,str,和snp
fish就不多说了,结果判断简洁明了,但贵,而且操作难度大.
str
一对同源染色体上同一str位点的重复次数不一定相同,pcr扩增str全长,再跑
胶,如果出现两条带,就说明该str位点是杂合子,假如你在肿瘤细胞中只看到一
条带,那说明有杂合性缺失发生了.
但如果该位点本来就是纯合子,那该位点被认为是信息不够丰富,需要结合其他
位点来看,所以做str需要多个位点.
从上面分析可以知道,如果没有正常DNA做对照,就算你跑出来全都是单峰,也不
能说明问题,万一他就是个全纯合子呢?
以上说得是跑page胶的方法,用测序仪做会简单些,但原理一样的.结果判断上
面的帖子讲了.
snp原理也类似,不多说了
自己的电脑不在身边,只能大概相关地推荐你看看.
Genome-Wide Genetic Characterization of Bladder Cancer: A Comparison of
High-Density Single-Nucleotide Polymorphism Arrays and PCR-based
Microsatellite Analysis
这篇文章讲到了检测杂合性缺失比较常用的方法snp和str
做snp可能需要MGB探针,会贵些,做str如果你有测序仪就比较方便.如果没有
的话就pcr再跑page胶,麻烦但很便宜
纯合性缺失,就是染色体上的一对等位基因一起缺失;
杂合性缺失,顾名思义就是只丢失了一条同源染色体上的基因,另一条还在,通
常如果另一条上的基因突变或者甲基化了就使基因彻底不能表达,如果发生在
抑癌基因上就可能导致肿瘤.
这个说法不太准确吧,杂合性丢失,
是vitzj 所说的丢失了一条,一对抑癌基因丢失了其中之一,变成了杂合子,
这是第一次突变,一般发生在出生前,后来再发生第二次突变时,就是杂合子
变成了纯合子,也就是杂合性缺失,抑癌基因缺失,与肿瘤的发生相关。指肿
瘤基因组中特定染色体上的某种DNA多态标记的等位基因片段,由同一患者正常
组织基因组的两种变成一种,即等位基因型由杂合子变成纯合子.而不是丢失了
一条同源染色体的基因。其实这个也就是肿瘤发生学中的“二次突变学说”

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