宏基因组二代测序报告、标本类型、送检保存要求、标本运输、内容解释及微生物致病概率分级
宏基因二代测序技术在感染性疾病患者病原微生物鉴定中的临床应用
宏基因二代测序技术在感染性疾病患者病原微生物鉴定中的临床应用感染性疾病是临床常见的病症，及时准确地鉴定感染源对于制定合理的治疗方案和预防传播至关重要。
传统的微生物学方法在病原微生物的鉴定上存在一些局限性，例如需要耗时较长、对于非培养微生物无法检测等问题。
宏基因二代测序技术的出现为感染性疾病患者病原微生物鉴定带来了更多可能性。
本文将介绍宏基因二代测序技术在感染性疾病患者病原微生物鉴定中的临床应用。
首先，宏基因二代测序技术具有快速高通量的特点，能够在较短的时间内获得大量的DNA序列信息。
这项技术不受细菌的培养与生长的限制，可以直接对样本中的DNA进行测序，大大缩短了传统方法中需要培养细菌的时间。
这对于急性感染病例的诊断与治疗具有重要意义，能够在更短的时间内获得鉴定结果，为医生提供更及时的决策依据。
其次，宏基因二代测序技术能够对多样本进行高通量测序，从而获得更加全面的病原微生物信息。
在传统微生物学方法中，通常只能根据症状和临床表现选择少数几种可能的病原微生物进行检测。
而宏基因测序技术不仅可以对病原微生物进行全面的筛查，还能够鉴定出潜在的未知病原微生物。
这有助于更全面地了解感染源，为临床提供更准确的治疗建议。
第三，基因序列分析技术还能够对病原微生物进行定量分析，为感染疾病患者的治疗和预后提供帮助。
通过宏基因测序技术，可以分析病原微生物的相对数量和进化情况，进而了解感染的程度以及微生物的耐药性情况等。
这有助于医生选择合适的抗生素治疗方案，并及时调整治疗以提高疗效。
此外，宏基因二代测序技术还可以用于病原微生物的全基因组测序，从而深入了解病原微生物的遗传特征和致病机理。
这将有助于对病原微生物的进化和抗药性的研究，为新的抗菌药物的开发提供技术支持，并为感染性疾病的防控提供更多可能性。
然而，目前宏基因二代测序技术在临床应用中还存在一些挑战。
首先，技术门槛较高，需要专业的实验室和设备支持，以及有经验的技术人员进行数据分析和解读；其次，数据分析和解读也面临一定的困难，如大规模数据处理、数据的准确性和结果的可靠性等；此外，宏基因测序技术的成本较高，需要进一步降低检测费用才能在临床中广泛应用。
二代测序报告放行标准
二代测序报告放行标准一、测序质量测序质量是评估二代测序数据质量的重要指标。
高质量的测序数据对于后续的变异检测和分析至关重要。
在放行标准中，要求测序数据的质量得分大于Q30，以确保变异检测的准确性。
二、样本完整性样本完整性是指测序得到的DNA序列与原始样本DNA的一致性。
在二代测序中，由于PCR扩增和建库等操作可能导致DNA序列的偏移和丢失，因此需要评估样本的完整性。
在放行标准中，要求样本完整性大于90%，以避免由于序列偏移或丢失导致变异检测的误差。
三、测序深度测序深度是指测序得到的总碱基数与参考基因组的碱基总数的比值。
足够的测序深度是确保变异检测灵敏度和特异性的前提。
在放行标准中，要求测序深度大于10X，以满足大多数变异检测的需求。
四、测序覆盖率测序覆盖率是指测序得到的碱基序列与参考基因组的碱基序列的比值。
在放行标准中，要求基因组覆盖率大于95%，以确保变异检测的全面性和准确性。
五、检测变异检测变异是二代测序的主要目的之一。
在放行标准中，要求准确检测到已知的变异位点，并且变异位点的检测灵敏度和特异性均大于99%。
同时，要求对未知变异进行合理注释和解读。
六、数据分析数据分析是二代测序报告的重要组成部分。
在放行标准中，要求数据分析过程符合科学和规范的要求，并且分析结果准确可靠。
同时，要求对数据进行合理的解读和解释。
七、可重复性可重复性是指实验结果的稳定性和可靠性。
在二代测序中，由于操作复杂和数据量大等因素，实验结果的可重复性可能受到影响。
在放行标准中，要求实验结果具有较好的可重复性，以确保数据的可靠性和准确性。
八、生物信息学分析生物信息学分析是二代测序数据处理的重要环节。
在放行标准中，要求生物信息学分析过程符合规范和标准的要求，并且分析结果准确可靠。
同时，要求对生物信息学分析结果进行合理的解读和解释。
九、报告格式报告格式是二代测序报告的重要组成部分。
在放行标准中，要求报告格式规范、清晰、易于理解，并且包括必要的实验和数据分析过程、结果和结论等信息。
宏基因组测序检测病原微生物技术要求
Metagenomic sequencing, also known as shotgun sequencing, is like being a super-sleuth for tiny, sneaky pathogens! It's a high-tech way of peeking into a sample and uncovering all the DNA secrets hiding within. This technique gives us a full-on sneak peek at the awesome and sometimes creepy world of microbialmunities. In the world of medical detective work, metagenomic sequencing can help us spot any trouble-making bacteria, viruses, fungi, or other microscopic troublemakers that might be causing trouble in the human body. It's like giving the bad guys nowhere to hide!基因组测序法，又称猎枪测序法，就像对细小，狡猾的病原体的超沉睡法！这是一种高科技的方法偷看样本并发现所有隐藏在DNA内部的秘密。
这个技术让我们能完全地偷偷地窥视着令人毛骨悚然的微生物世界在医学侦探工作的世界里，量子学测序可以帮助我们发现任何制造麻烦的细菌，病毒，真菌，或其他微缩的麻烦制造者可能给人体带来麻烦。
这就像给坏人无处藏身！When ites to playing DNA detective to find sneaky pathogens, there are a few technical tricks up our sleeves. First off, we need a super-efficient DNA extraction method that can snatch DNA from both the host and microbial cells in the sample. Then, we need a sequencing platform that can dive deep enough to spotthose low-abundance troublemakers. And let's not forget about the cool bioinformatics tools and databases we use to decode the sequencing data and unmask those potential pathogens. It's like a high-stakes game of hide-and-seek, but with DNA!当它扮演DNA侦探寻找狡猾的病原体，我们的袖子里有一些技术技巧。
宏基因组二代测序技术在血液病患者感染病原诊断中的应用中国专家共识(2023年版)解读PPT课件
mNGS技术与其他检测方法的比 较和选择：共识认为，mNGS技 术虽然具有诸多优点，但也存在 一定的局限性和不足，如假阳性 率较高、无法准确定量等。因此 ，在实际应用中，应根据患者的 具体情况和实验室条件等因素， 综合考虑选择最合适的检测方法 。
未来研究方向和展望
mNGS技术的进一步优化和改进
共识提出，未来应继续加强mNGS技术的研发和优化工作，提高检测的准确性、特异 性和灵敏度等性能指标。
02
宏基因组二代测序技术概述
技术原理及流程
原理
宏基因组二代测序技术（mNGS）通过 对临床样本中的微生物群落进行无偏倚 的高通量测序，能够快速、全面地检测 样本中的微生物组成，包括细菌、真菌 、病毒等。该技术不依赖于传统的微生 物培养方法，能够直接对临床样本中的 微生物DNA/RNA进行测序分析。
3
分子生物学方法
虽然具有较高的灵敏度和特异性，但操作复杂， 成本较高。
宏基因组二代测序技术的应用前景
01
高通量测序
可时检测多种病原微生物，提 高检测效率。
03
精准诊断
通过对测序数据的分析，可准确 鉴定病原菌种类及其丰度，为临
床精准治疗提供依据。
02
无偏性检测
不依赖于已知微生物基因组信息 ，可发现新的或未知的病原微生
物。
04
个性化治疗
针对不同患者的感染病原谱和药 物敏感性，制定个性化的治疗方
案，提高治疗效果。
04
宏基因组二代测序技术在血液 病患者感染病原诊断中的应用
样本采集、处理与质量控制
样本采集
根据感染部位和病原体特性选择 合适的样本类型，如血液、脑脊 液、尿液等，确保样本具有代表 性且不受污染。
病原微生物检测 宏基因组
病原微生物检测宏基因组1 宏基因组技术简介宏基因组技术是一种高通量、高效率的DNA测序技术，可以快速获取整个生态系统或生物样本中的所有基因组信息。
相比于传统的微生物检测方法，宏基因组技术不仅可以检测到已知的微生物种类，还可以发现未知的微生物物种，从而更全面、准确地评估样本中的微生物群落结构。
2 病原微生物检测的重要性微生物是引起人类疾病的主要原因之一。
传统的微生物检测方法主要依靠培养技术和PCR技术，但是这些方法存在局限性，如只能检测特定的菌种、需要特殊的生长条件等。
而宏基因组技术则可以检测到样本中所有的微生物DNA序列，从而可以更快速、准确地诊断病原微生物并判断其数量和种类。
3 应用领域宏基因组技术在疾病诊断、环境监测、食品安全等领域广泛应用。
在疫情防控中，宏基因组技术可以用于新冠肺炎等疾病的检测、病原微生物的快速鉴定等方面。
在环境监测中，宏基因组技术可以评估水源、土壤、空气等环境中微生物的种类和数量，从而帮助预防和控制疾病的传播。
在食品安全监测中，宏基因组技术可以检测到食品中的微生物污染情况，从而保障食品的安全。
4 宏基因组技术的发展前景随着宏基因组技术的不断进步和降低成本，其在研究生态系统、人类健康、食品安全等领域的应用将越来越广泛。
同时，宏基因组技术也在逐步向实用化方面发展，发展出更方便、更快速、更经济的检测方法，以提高其在实际应用中的效率和准确性。
5 结论宏基因组技术的出现为病原微生物的快速检测和鉴定提供了一种新的方法。
其具有快速、准确、全面等优势，将推动微生物检测领域的发展。
未来，宏基因组技术有望在医疗诊断、健康管理、环境保护等领域发挥更重要的作用。
基于二代测序技术的宏基因组学研究
基于二代测序技术的宏基因组学研究引言：宏基因组学研究是对环境样品中的微生物群落进行整体性的基因组测序和分析。
相比于传统的分离培养方法，宏基因组学能够获得更全面和准确的微生物信息，从而更好地理解微生物的生态功能和生物多样性。
随着二代测序技术的广泛应用，宏基因组学研究取得了突破性进展。
本文将介绍二代测序技术在宏基因组学研究中的应用以及其带来的优势。
二代测序技术的应用：二代测序技术，包括Illumina HiSeq、Illumina MiSeq和Ion Torrent PGM等，以其高通量、高灵敏度和较低成本的特点，已经成为宏基因组学研究领域的主流技术。
它可以同时测序大量的DNA片段，并通过信息处理和生物信息学分析还原出原始宏基因组信息。
优势：相比于传统的Sanger测序技术，二代测序技术在宏基因组学研究中有如下优势：1.高通量：二代测序技术可以同时测序大量的DNA片段，可以快速获得大规模的宏基因组数据。
2.高灵敏度：二代测序技术可以检测到微生物群落中低丰度的微生物，从而更全面地了解微生物的组成和功能。
3.构建很多样的文库：二代测序技术可以通过不同的文库构建方法，对不同类型的微生物进行详细的研究，包括环境样品中的细菌、真菌、古菌等。
4.可组装长序列：通过二代测序技术，可以获得长序列，从而更好地了解微生物的基因组结构和功能。
5. 低成本：相对于传统的Sanger测序技术，二代测序技术的成本更低，更适合大规模的宏基因组学研究。
应用：二代测序技术在宏基因组学研究中有多个应用。
首先，通过测序环境样品中的16SrRNA基因，可以对微生物群落进行结构和组成的分析。
其次，通过全基因组测序，可以了解微生物的基因组结构和功能，从而揭示微生物的生态功能和代谢途径。
此外，二代测序技术也可以用于病原体的鉴定和微生物耐药基因的检测。
结论：二代测序技术已经成为宏基因组学研究领域的主流技术，通过快速、高通量和低成本的特点，可以获得大规模的宏基因组数据，从而更好地了解微生物的组成和功能。
标本送检生物安全要求
标本送检生物安全要求为确保实验室生物安全，标本送检前需进行一系列预处理工作。
本文将从标本采集、标本处理、标本存储和标本发送过程中的生物安全要求四个方面进行介绍。
标本采集在采集动植物标本时，应选择疾病自然发生的期间，采集时应注意不损伤标本，并标示采集时间、地点、物种等基本信息。
对于带有传染性病原体的标本，应连同标本信息和样品化学信息一起密封保存，分开存放，并进行特殊处理（如灭菌或放射性消毒等）。
标本处理标本送检前的处理有助于提高实验准确性和加强生物安全措施，可采取以下措施：1.对于标本表面杂质等直接对实验有影响的杂质，可用无菌棉球或洗涤液、酒精等对其进行清除。
2.对于组织块标本，需进行切片处理，确保实验时组织彼此独立，避免不必要错误发生。
3.对于组织标本的处理,应采用玻片切片，并完全固定处理，以保证完好和稳定。
标本存储标本的存储是影响实验稳定性和准确性的重要因素，存在标本时应注意：1.带有传染病原体或危险化学品的标本应程序化地加以处理，采取完全密闭密封措施，并加标警告标示。
2.标本应尽量选择高品质的冷藏或冰下条件，确保标本保存在最佳极限时限内。
3.对于冻存标本，应保持冻存瓶密闭，避免不必要的震荡和过度运输，以免影响标本的完整性和冷库相对湿度等环境条件。
标本发送标本的发送过程往往是标本送检生物安全的缺陷点，建议在发送前：1.标本必须严格杜绝因打包不当而造成的泄漏等情况。
2.标本的外包装必须清晰标明难见物性质、数量、分量和特殊回收或销毁要求。
3.标本的寄送必须尽可能避免使用普通快递方式，建议选择专业或优势能够真正保障标本送检生物安全的快递方式，如专业生物样品运输及物流服务供应商。
总结在标本送检生物安全管理实际操作中，应确立防范控制方式、积极应对各种化学品、生物危害物质等突发事件，做好事故报告、处理、调查等相关工作，为实验室和人员生命财产安全提供可靠的保障。
以上就是标本送检生物安全要求的相关介绍。
在标本处理过程中，应严格把控生物安全措施，确保最大限度地减少生物危害物质对实验安全的威胁。
采集、运输、保存、使用高致病性病原微生物标本的规定
采集、运输、保存、使用高致病性病原微生物标本的规定***采集、运输、保存、使用高致病性病原微生物标本的规定1、目的为了加强病原微生物实验室(以下称实验室)生物安全管理，保护中心实验室工作人员和公众的健康，制定本规定。
2、适用范围****实验室及其从事实验活动的技术人员。
3、高致病性微生物定义第一类、第二类病原微生物统称为高致病性病原微生物。
第一类病原微生物，是指能够引起人类或者动物非常严重疾病的微生物，以及我国尚未发现或者已经宣布消灭的微生物。
第二类病原微生物，是指能够引起人类或者动物严重疾病，比较容易直接或者间接在人与人、动物与人、动物与动物间传播的微生物。
4、样本采集4.1病原微生物样本应当具备下列条件：（1）具有与采集病原微生物样本所需要的生物安全防护水平相适应的设备，包括个人防护用品（隔离衣、帽、口罩、鞋套、手套、防护眼镜等）、防护材料、器材和防护设施等根据病原微生物实验活动进行危害评估，确定防护要求。
（2）具有掌握相关专业知识和操作技能的工作人员；熟练掌握采样的操作规程(血样、尿样、分泌物等）。
（3）具有有效的防止病原微生物扩散和感染的措施；如防刺穿的垃圾桶、紧急处置意外的药物和器具。
（4）具有保证病原微生物样本质量的技术方法和手段。
（5）采集过程中应对样本的来源、采集过程和方法等应作详细记录。
5、样本的运输5.1总体原则我国民航部门目前提出，通过民航运输菌（毒）种及样本，统一按国际标准进行包装、标识。
5.2样本运输的审批程序：（1）运输高致病性病原微生物菌（毒）种或样本，必须经省级以上卫生主管部门批准。
（2）固定单位间多次运输相同品种高致病性病原微生物菌（毒）种或样本的可申请多次运输，有效期6个月。
（3）本省行政区域内运输高致病性病原微生物菌（毒）种或样本，属省直、高校单位的由省卫计委生物安全领导小组办公室审批。
省辖市、扩权县及驻豫有关单位，由所在地卫生行政部门进行初审，报省卫计委审批。
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送检mNGS宏基因组二代测序报告情况、标本类型、送检保存要求、标本运输要求、测序情况、内容解释、微生物致病概率分级及解读宏基因组二代测序(mNGS) 是基于核酸检测的微生物鉴定技术其非预设性、高通量等优点而得到广泛应用。
下呼吸道感染主要包括社区获得性肺炎、医院获得性肺炎、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等类型，临床表现多样，感染微生物种类复杂，感染和定植鉴别困难，加之mNGS 技术本身存在的局限性，mNGS 诊断效力的发挥有赖于选择恰当患者、采用适宜标本以及进行合理解读。
需送检mNGS情况(1) 免疫抑制宿主疑似发生LRTI 且临床表现提示非CAP 常见病原微生物所致者；(2) LRTI 患者发病初期即出现需要使用血管活性药物的感染性休克、需要有创机械通气的呼吸衰竭、多脏器功能不全等危及生命的状况时；LRTI 经规范经验性抗感染治疗48—72 h 后，感染症状仍持续加重或影像学快速进展者；(3) 聚集性发病疑似具有传染性、但无法明确病原体的LRTI；有特殊病史且经验性治疗无效，病情较为严重的LRTI；临床考虑特殊病原体(感染且病势迅疾或迁延者，常规培养困难或所在医疗机构无法提供可靠的传统检测方案时；(4) 患者有LRTI 症状或影像表现，经规范抗感染治疗后病灶吸收延迟、病程迁延，需鉴别是否由非感染性疾病所致，可以在常规病原微生物检测、感染生物标志物、病理等相关检查同时送检mNGS 以帮助鉴别诊断。
不建议送检 mNGS情况(1) 免疫功能健全宿主罹患LRTI（包括重症肺炎)，经过规范的经验性抗感染治疗病情已好转；(2) LRTI 已通过其他方法获得病原学结果，与临床特点相符，或针对性治疗有效；(3) 无法获取优质标本。
mNGS 标本类型在LRTI 的病原微生物诊断中，可用于mNGS 检测的标本包括痰(含诱导痰)、气管吸引物、支气管肺泡灌洗液（BALF）、经支气管肺活检（TBLB）标本、经支气管内超声（EBUS）活检标本、经皮肺穿刺活检标本、血液等。
mNGS 送检及保存要求(1)下呼吸道标本：包括痰 (含诱导痰)、BALF、肺炎旁胸腔积液等，原则上应在采集后立即送检。
若标本不能立即送检，标本采集时间与检测时间间隔≤24 h，可在 2—8 ℃保存。
若标本采集时间与检测时间间隔 >24 h，DNA 测序标本保存时间≤2周时可储存在-20 ℃冰箱，保存时间超过 2 周则需储存在 -80 ℃冰箱；需要进行 RNA 测序的标本如果保存时间 > 24 h，均应保存在 -80 ℃冰箱。
对于短期不做检测的液体样本，冻存前应分装保存在冻存管 (≥ 500 μL/管) 中。
(2)血标本：采集后 4 ℃保存不超过 8 h，如果需要长期保存，分离血浆后 4 ℃可保存 24 h，长期保存于 -80 ℃冰箱。
(3)组织标本：来自感染部位的穿刺或手术切除组织标本，应保存在无菌生理盐水或者 Hank′s 液中，4 ℃保存不超过 24 h 。
如果需要长期保存，小块组织可以不加保存液立即 -80 ℃冻存，穿刺活检标本置于无菌生理盐水 -80 ℃冻存。
标本运输要求(1)24 h 内送抵实验室并开始检测，可考虑冰袋低温运输；(2)24—72 h 内送抵应干冰运输，送抵后应立即进行标本前处理和核酸提取。
需要进行去宿主核酸处理的标本保存和运输注意事项：除了上述注意事项外，此类标本一般要尽量保证病原微生物完整性，避免碾磨或多次冻融。
需要在DNA测序时送检RNA测序情况RNA 病毒引起LRTI 有一定季节性、流行性或地域性。
建议检测方法首选单重或多重 PCR 检测或相应的抗原检测。
若当地医疗机构无相应检测能力，或 PCR 检测阴性但依然高度怀疑时，可在送检mNGS DNA 测序的同时进行 RNA 测序。
下列临床情况可供参考：(1)呼吸道 RNA 病毒感染流行季节有相应流行病学史的患者出现疑似呼吸道病毒感染的临床和 (或) 影像表现。
(2)LRTI 合并以下情况时：免疫抑制宿主；发热伴严重血小板减少或凝血功能障碍; 急性肝肾功能损害；急性神经系统症状。
mNGS 报告中内容及解释mNGS 检测报告从检测技术角度应包括如下内容：标准化后的微生物特异性读长数/序列数、标准化中英文名称、相对丰度、阈值、基因组覆盖度图。
可选内容有：相应部位病原微生物列表、微生物序列与人源核酸序列的比值、测得总序列数、质量合格序列数、可比对至微生物数据库序列数、测序质控图、耐药基因、毒力基因等。
报告微生物的版块可按细菌、病毒、真菌、寄生虫、特殊病原体(支原体、衣原体、立克次体等）5 大类分别列举。
主要参数定义及其意义：(1) reads：测序仪单个测序反应所得到的碱基序列，二代测序平台一般长度为50—75 bp 的片段。
(2) reads 数：指测序获得的某种微生物属/种碱基序列的数量。
病原微生物属/种水平上检出的reads 数与当次实验的总测序数据量直接相关，为避免总测序数据量高低的干扰，应对检出reads 数进行标准化之后进行报告。
(3) 覆盖率：指达到给定深度的测序碱基占整个基因组或目标区域的百分比。
没有达到给定深度的部分称为盲隙(gap)。
通常同时使用覆盖率和深度描述测序结果。
(4) 相对丰度：指除去宿主序列之后，某微生物序列在相应5 大类微生物类别中的分布比例。
丰度越高，表示该微生物所占比例越高。
它只能指示同一样本中某微生物的相对数量，不能用于不同样本之间的比较。
(5) Q 值：指质量分值，用于衡量测序准确度，公式为Q =- 10log10P，其中P 代表该碱基被测序错误的概率。
如Q20 表示该碱基检测错误的概率为1%。
(6) RPM：每一百万条测得序列包含的阳性reads 数。
(7) RPTM：每一千万条测得序列包含的阳性reads 数。
mNGS报告流程解读(1) 分析报告质量，判断结果可信程度：根据送检标本类型、报告形式及内容判断检测结果是否规范可信。
(2) 对mNGS 检测出的微生物进行分级：判断mNGS 检出的微生物为致病性微生物、条件致病微生物还是定植微生物。
致病性微生物在肺内定植可能性低，阳性结果多考虑为导致感染的病原。
条件致病微生物需结合患者的宿主因素、血液理化指标和影像学特征、抗感染药物用药史及治疗反应、传统微生物学检测结果综合分析进一步判断是否致病。
定植微生物引起LRTI 可能性低，多不考虑致病，但吸入性肺炎、肺脓肿、脓胸等混合性感染时，口腔定植微生物也可能致病。
经皮穿刺肺活检标本或胸腔积液标本检出的皮肤定植微生物，通常不致病。
根据临床特征，结合mNGS 微生物分级进行临床决策(图1)：如确定为致病病原体 (注：此处致病病原体为临床决策后的微生物分级，不同于上文致病性微生物），可根据该结果进行针对性治。
（3）如判断为可能致病病原体，则需评估患者病情状况：危重症患者，可结合临床特征先根据mNGS 结果调整抗感染方案，同时寻求其他支持证据(如临床微生物室涂片/培养结果、抗原/抗体检测结果、PCR 检测结果等) 综合判断其致病的可能性和进行针对性治疗的必要性；非危重症患者可先寻求其他支持证据，再调整治疗方案。
(4) mNGS 阴性结果的临床决策：若mNGS 结果为阴性，但综合临床特征，仍强烈怀疑为感染性疾病，则建议对报告中的背景微生物、原始数据列表或其他病原微生物检测结果进行分析。
若临床特征支持非感染性疾病，应对原发疾病进行诊治。
(5) 组织多学科会诊（MDT）：若经过以上流程，仍无法确认致病病原体，可组织MDT 讨论。
mNGS报告微生物致病概率分级根据微生物在下呼吸道的致病性特征，初步分为致病性微生物、条件致病微生物和定植微生物。
条件致病微生物的判断，需要结合患者的宿主因素、血液理化指标和影像学特征、抗感染药物用药史及治疗反应、传统微生物学检测结果综合分析。
mNGS 阴性报告如何处理？mNGS 可能出现阴性结果，即未报告明确病原体。
对此应结合临床和常规微生物实验室检测结果，综合判断是真阴性还是假阴性。
真阴性指患者肺内病灶并非是感染性疾病所致，如弥漫性间质性改变可能为结缔组织疾病肺累及或其他弥漫性实质性肺疾病（DPLD）假阴性是指未能检出感染致病微生物。
通常见于以下情况：(1) 技术原因而导致的假阴性，例如部分呼吸道病原微生物外壁很厚或脂质成分高，核酸提取过程中难以破壁，致核酸未彻底释放，如曲霉属、毛霉目、隐球菌属和诺卡菌属、分枝杆菌属等；标本储存或者运输问题致样本核酸降解，如流感病毒等RNA 病毒易出现该情况；(2) 所使用的数据库不全，导致检出病原微生物序列未准确注释；(3) 生信分析错误而致漏报致病微生物；(4) 标本中人源核酸过高；(5) 样本中病原微生物载量低于mNGS 最低检测下限，或测序数据量太低未能覆盖到该病原微生物，例如已接受有效抗微生物药物治疗而导致病原微生物负荷显著降低而难以被检出；(6) 采样不规范或标本类型不合适。
mNGS 报告中多种病原微生物解读mNGS 检测中出现多种病原微生物时，推荐首先通过显微镜检查、培养、抗原、PCR 等方法确认，并结合临床特征解读。
必要时可通过不同部位标本mNGS 检测结果进行相互印证。
mNGS 可在一份标本中检测到多种微生物，当出现以下情况时，考虑其中一种或多种微生物为假阳性结果：(1) 标本质量不合格；(2) 标本采集、送检过程受呼吸道定植菌、皮肤定植菌、环境菌、工程菌的污染；(3) 检测过程中背景菌的质量控制不严格；(4) 患者的职业和生活环境、基础疾病、临床特点和影像特征与检出的微生物不相符；(5) 无法用其他微生物学方法验证；(6) 治疗反应和疾病转归与检出的微生物不相符。
以下临床场景多支持mNGS 检出的多病原微生物为真阳性结果：(1) 误吸风险或明确误吸史的患者，出现多种常见口腔定植菌，需考虑吸入性肺炎/肺脓肿。
此类病例常可同时在下呼吸道标本涂片和(或) 培养中检出相应的混杂菌群。
(2) CAP 患者有时会出现细菌、非典型病原体、呼吸道病毒等混合感染。
(3) 免疫缺陷宿主LRTI 常发生细菌、真菌、病毒、分枝杆菌等病原微生物的混合感染。