细菌分类鉴定规程
细菌分类鉴定规程
细菌分类鉴定规程细菌分类鉴定规程杜艳、余翔、罗国升新菌鉴定主要流程：1、潜在新菌的确定拿到拼接好的16Sr RNA gene序列后，进入NCBI blastN ()或EzTaxon server 2.1() 进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。
2、选择标准菌株构建进化树选择参考菌株构建三种进化树(NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E. coli。
3、购买标准菌株根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。
具体信息可以在上查找。
标准菌株的选择需遵循以下几点：1) 如果要用到不同的属但不是用这些属的所有的种，则要选择这些属的模式种，并且要选择模式种的模式菌株。
2) 一个属的模式种是最重要的参照微生物，如果一个新种被认为属于这个属，就一定要与该属的模式种进行比较，而其他的种可能分类时出现错误，可能将来会被重新分类。
总之，进行种、属、甚至是科的比较研究时，都要用模式微生物，这就涉及到模式属的模式种，模式种的模式菌。
4、表型特征实验培养特征：菌落特征(如菌落的形状、大小、颜色、隆起、表面状况、质地、光泽、水溶性色素等)。
细胞形态：形态(球形、杆状、弧形、螺旋形、丝状、分枝及特殊形状)，大小，排列(单个、成对、成链或其他特殊排列方式)。
特殊的细胞结构：鞭毛(着生位置、数量)，芽胞(形状、着生位置、是否膨大)，孢子(孢子形状、着生位置、数量、排列)，其它 (荚膜、细胞附属物为柄、丝状物、鞘、蓝细菌的异形胞、静止细胞和连鞘体等)。
超微结构：细胞壁、细胞内膜系统、放线菌抱子表面特征等。
各类细菌的分类鉴定
④V~W变异：失去全部Vi抗原的变异。
变形 杆菌 属
G-b
有周身鞭 毛（摩根 菌属的部 分菌株在 30℃以上 不形成鞭 毛） 无芽孢 无荚膜
营养琼脂和血琼脂平板：迁徙扩散生 长（普通变形和奇异变形），可被0.1% 苯酚、4%硼酸、5%~6%琼脂及同型血清 或胆盐所抑制。普罗威登斯菌和摩根 菌属无迁徙生长现象。
H2O2（+）；多数致病性葡萄球菌能分 解甘露醇产酸、液化明胶和产生血浆 凝固酶。
①蛋白抗原：SPA蛋白 （存在于葡萄球菌表 面，结合在细胞壁的黏 肽部分，具有抗吞噬作 用），有种属特异性。
②多糖抗原：有型特异 性。
1.侵袭性疾病：①皮肤及软组织感 染（毛囊炎、疖、痈）；②全身性 感染（败血症、心内膜炎）；③呼 吸道感染；④医院内感染
伯菌
属
G-b
无鞭毛 无芽孢 有荚膜
血平板：圆形，凸起，灰白色，不溶血的菌 落。有时菌落呈黏液性，用接种环挑取时呈 长丝状。
肠道选择培养基：乳糖产酸菌落。
液体培养基：浑浊生长，可形成菌膜与黏性 沉淀物。
糖类发酵：发酵乳糖；h2o2（+）；脲酶（+）；OX（-）；鸟氨酸（-）；动力（-）。
本菌对氨苄西林天然耐药。 对产ESBLs菌株的治疗可用 碳青酶烯类、B-内酰胺类抗 生素/酶抑制剂或头孢菌素 类进行治疗。
糖类发酵：发酵乳糖；
OX（-）；DNA酶（-）；
^夫
尼亚
菌属
G-b
无荚膜 无芽孢 有周鞭毛
糖类发酵：发酵葡萄糖产酸产气； 可利用枸橼酸盐、乙酸盐和丙二酸 盐作为唯一碳源；
H2S（-）；山梨醇（-）；DNA酶（-）；赖氨酸（ +）；
细菌培养与鉴定操作规范
细菌培养与鉴定操作规范一、目的与适用范围本规范旨在确保医院细菌培养与鉴定操作的科学、规范和安全，保障患者的健康和利益，适用于医院各临床科室的细菌培养与鉴定工作。
二、术语定义1.细菌培养：指将细菌分别、培养到可见菌落的过程。
2.鉴定：指确定细菌菌种的过程。
三、细菌培养操作规范1.培养基的准备与使用–全部培养基都应标注菌名、日期和操作人员，并按规定保管。
–检查培养基的使用期限和质量指标，过期或有破损的不得使用。
–培养基的制备应依照操作规程进行，确保无菌条件，料子应经过高压灭菌处理。
–确保培养基的pH值符合要求，并严格掌控培养基的成调配比。
2.样本手记与处理–样本手记前，应确保患者知情并取得同意。
–样本手记器械应满足无菌要求，手记过程应避开污染。
–不同类型的样本应依照规定的方法进行处理，避开交叉感染。
–对于带有抗菌药物的样本，应妥当保管并标注抗菌药物名称及浓度。
3.培养条件与方法–培养箱和培养条件应定期检查，确保温度、湿度和气体环境符合要求。
–不同类型的细菌应依据其生长需求选择合适的培养基和培养条件。
–培养过程中，应避开传染性菌株的扩散，严禁用手接触培养基。
–培养时间视具体要求而定，依照标按时间进行察看。
四、细菌鉴定操作规范1.鉴定方法的选择与准备–依据不同类型的细菌和鉴定要求，选择适当的鉴定方法。
–依据鉴定方法的要求，准备所需的培养基、试剂和药物。
–确保鉴定方法的操作流程清楚，依照标准规定进行操作。
2.鉴定试剂和培养基质量掌控–对鉴定试剂和培养基进行质量掌控，保证准确性和全都性。
–试剂和培养基使用前应检查标签，过期或变质的应严禁使用。
–掌控试剂和培养基的保管条件，避开受潮、变质等情况。
3.鉴定操作步骤–依照鉴定方法的操作步骤进行操作，严格依照规定的操作时间和温度进行处理。
–操作前确保操作区域的清洁，准备必需的消毒工具和器材。
–小心操作，避开手指直接接触试剂。
4.鉴定结果的记录与报告–鉴定结果应准确记录，包含菌名、培养时间和鉴定方法等关键信息。
食品细菌的分类和鉴定
食品细菌的分类和鉴定一、细菌的分类细菌是一类微生物，广泛存在于自然界中的各个环境中，包括土壤、水体、空气以及人类和动物的体内。
根据细菌的形态、生理特征和遗传特征，可以将细菌分为不同的分类群。
目前，细菌的分类主要基于其形态特征、代谢方式和基因组序列等方面。
1. 形态分类根据细菌的形态特征，细菌可以分为球菌（如链球菌、葡萄球菌）、杆菌（如大肠杆菌、结核杆菌）、弯曲菌（如弯曲菌属）和螺旋菌（如梅毒螺旋菌）等。
形态分类是最早也是最常见的细菌分类方法之一。
2. 代谢分类根据细菌的代谢方式，细菌可以分为厌氧菌和好氧菌。
厌氧菌是指只能在无氧条件下生长和繁殖的细菌，而好氧菌则是指只能在有氧条件下生长和繁殖的细菌。
此外，还有一类兼性厌氧菌，即可以在有氧或无氧条件下生长的细菌。
3. 基因组分类近年来，随着基因测序技术的发展，基因组序列成为细菌分类的重要依据之一。
通过比较不同细菌的基因组序列，可以确定它们之间的亲缘关系，进而将它们分为不同的分类群。
这种基于基因组序列的分类方法被称为系统发育分类。
二、细菌的鉴定细菌的鉴定是指通过对细菌进行一系列的实验和观察，以确定其属于哪个分类群的过程。
细菌的鉴定对于食品安全和疾病防控具有重要意义。
1. 形态鉴定形态鉴定是最直观、最常用的细菌鉴定方法之一。
通过观察细菌的形态特征，如大小、形状、颜色等，可以初步确定细菌的分类群。
例如，链球菌是一种球形细菌，呈成串状排列；大肠杆菌是一种杆状细菌，呈短杆状。
2. 生理鉴定生理鉴定是通过观察细菌的生理特征，如代谢产物、酶活性等，来判断其分类群的方法。
例如，大肠杆菌可以产生酸和气体，而结核杆菌则不能。
这种方法需要在实验室中进行一系列的生理实验，需要一定的实验技巧和经验。
3. 分子鉴定随着分子生物学技术的进步，分子鉴定成为了细菌鉴定的重要手段之一。
通过提取细菌的基因组DNA，并使用特定的引物扩增目标基因，然后通过测序和比对，可以确定细菌的分类群。
常用的分子鉴定方法包括PCR、16S rRNA测序等。
微生物、细菌分类鉴定方案
细菌分类签定方案在这次我们对几个酒厂的采样分离中，得到上百株的细菌，由于菌株数量庞大限制了我们对每株菌作详细系统的分类签定实验，所以我们将根据伯杰氏手册有选择性有针对性的做签定实验，以达到分类签定的目的。
首先根据取样来来源可初步断定这批菌为好氧或廉性厌氧的化能异氧菌。
据此，我们分为两个部分进行签定，将首先对各菌作菌落形态¸菌落颜色¸是否产色素等宏观特征作初步签定，然后将对各菌种作以下更详细具体的生理生化实验的签定：第一部分1 革兰氏染色利用光学显微镜和革兰氏染色技术，对菌体进行细胞染色，然后观察并确定细菌的形态（杆状或球状）和分别所属革兰阴性还是阳性类别。
同时可以利用测微尺测定细菌菌体的大小。
方法制做装片，菌体固定。
草酸铵结晶紫染1分钟。
自来水冲洗。
加碘液覆盖涂面染3分钟。
水洗，用吸水纸吸去水分。
加95%酒精数滴，并轻轻摇动进行脱色，20秒后水洗，吸去水分。
蕃红梁色液染10秒钟后，自来水冲洗。
干燥。
镜检。
革兰氏阳性菌体都呈紫色，阴生菌体都呈红色。
2 芽孢染色利用光学显微镜和芽孢染色技术，确定细菌芽孢的类属。
方法将培养24小时左右菌，作涂片、干燥、固定。
滴加3—5滴孔雀绿染液于已固定的涂片上。
玻片在火焰上加热，使染液冒蒸汽但勿沸腾，切忌使染液蒸干，必要时可添加少许染液。
加热时间从染液冒蒸汽时开始计算约4—5分钟。
倾去染液，待玻片冷却后水洗至孔雀绿不再褪色为止。
用番红水溶液复染1分钟，水洗。
待干燥后，置油镜观察，芽孢呈绿色，菌体呈红色。
3 葡萄糖氧化发酵通过本实验确定该细菌是发酵型还是氧化型，同时还可利用软硬合适的琼脂同时观察细菌的运动性（琼脂的浓度以倒放试管不流动，轻轻敲打则琼脂柱破碎为宜，一般为0.5%～0.6%的琼脂）。
方法以18～24小时的幼龄菌作种子，穿刺接种，每株四支。
其中2支用灭菌的凡士林石蜡油封盖，约0.5～1cm厚，以隔绝空气。
另两支不封油为开管，同时还要有不接种的闭管和开管作对照。
02 实验二 常见细菌种属的鉴定
3、MR（甲基红试验）
用来检测由葡萄糖产生的有机酸， 如甲酸、乙酸、乳酸等。当细菌代谢糖产 酸时，甲基红试剂会由橘黄色（6.3）变 为红色（4.2），即为甲基红阳性反应。
4、V-P VP试验是用来测定某些细菌利用葡萄糖产
1、传统分类法
也称描述分类，主要指以形态特征、培养 特征以及生理生化特征等表观分类指征，对微 生物分类单元进行的描述分类。
传统分类是认识微生物实际重要性和研究 生物进化的基础。
2、数值分类
是随着信息数字化时代的发展，根据微生 物分类学信息，应用计算数学原理和技术辅助 定义微生物分类单元的一种方法。
1、淀粉水解实验 不同微生物对不同大分子的水解能
力不同，说明它们有着不同的酶系统。
淀粉遇到碘液会产生蓝色，但是细 菌水解淀粉的区域，用碘测试不再产生 蓝色，表明细菌产生淀粉酶。
2、糖发酵试验
糖发酵试验是常用的鉴别微生物的生化反应， 在肠道菌的鉴定上尤为重要。
绝大多数细菌都能利用糖类作为碳源和能源， 产气。
实验二 常见细菌种属的鉴定
一、目的要求 二、基本原理 三、器材 四、操作步骤 五、实验报告
一、目的要求
1、了解常见细菌种属的鉴定程序 2、掌握细菌的生理生化指标鉴定方法
二、基本原理
（一）微生物分类鉴定的方法—多相分类法 多相分类法：Colwell1970年提出，指利用微生物
多种不同的信息，包括表型的、基因型的和系统发育 的信息，综合研究微生物分类和系统进化的过程。多 相分类法几乎包括了现代分类中所有的方面，如传统 分类、化学分类、分子分类、数值分类等，被认为是 目前研究各级分类单元最有效的手段，可用于所有水 平上的分类单元的描述和定义。
16SrDNA鉴定菌株的标准操作规程
16SrDNA鉴定菌株的标准操作规程1.适用范围本标准规定了通过特定引物对细菌的16SrDNA片段进行PCR扩增，然后对扩增片段进行序列分析比对，快速获得细菌种属信息的操作规程。
本标准适用于未知细菌的快速种属分析，以及为细菌的生化鉴定提供指导信息。
2.方法和原理16SrDNA鉴定是指用利用细菌16SrDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。
包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA测序、序列比对等步骤。
是一种快速获得细菌种属信息的方法。
细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。
16S rDNA 是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列。
16S rDNA由于大小适中，约1.5Kb左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。
在 16S rRNA 分子中，可变区序列因细菌不同而异，恒定区序列基本保守，所以可利用恒定区序列设计引物，将16S rDNA片段扩增出来，利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定。
16SrDNA序列的前500bp序列变化较大，包含有丰富的细菌种属的特异性信息，所以对于绝大多数菌株来说，只需要第一对引物测前500bp序列即可鉴别出细菌的菌属。
针对科学论文发表或是前500bp无法鉴别的情况，需要进行16SrDNA的全序列扩增和测序，得到较为全面的16SrDNA 的序列信息。
由于测序仪一次反应最多只能测出700bp的有效序列，为了结果的可靠性，通常将16SrDNA 全长序列分成3部分进行测序。
3. 设备和材料1.1 器材移液器（1000μL 、200μL 、100μL 、10μL ）；涡旋振荡器；Eppendorf MixMate ；离心机；水浴锅；电泳仪；制冰机；低温冰箱；PCR 仪：Veriti 96 Well Thermal Cycler ； 凝胶成像仪：VersaDoc MP 4000；基因分析仪：AB3500、AB3130 1.2 试剂DNA 快速提取试剂：PrepMan Ultra ；琼脂糖；PCR 试剂：Taq 酶，10×Taq Buffer(Mg 2+)，dNTPs ，ddH 2O 等； ExoSAP-IT ；测序试剂：BigDye Terminator ，5×Sequencing Buffer ；BigDye XTerminator Purification Kit ； 1.3 耗材移液器吸头：1000μL 、200μL 、10μL ；离心管：1.5mL 、200μL ；Micro Amp TM Optical 96-Well Reaction Plate ；Micro Amp TM Optical Adhesive Film ； 1.4 引物16SrDNA名称 序列扩增长度第1部分正向引物27F5'-AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG-3'500 bp 左右 反向引物519R 5'- GWA TTA CCG CGG CKG CTG -3' 第2部分正向引物357F5'- CTC CTA CGG GAG GCA GCA G-3'750bp 左右反向引物1115R 5'-AGG GTT GCG CTC GTT GC-3' 第3部分正向引物926F5'- AAA CTY AAA KGA ATT GAC GG-3'560 bp 左右反向引物1492R5'-TAC GGC TAC CTT GTT ACG ACT T-3' 其中M=C:A, Y=C:T. K=G:T, R=A:G, S=G:C. W=A:T; all 1:14. 操作流程1.5 核酸提取：挑取单菌落，然后置于装有100μLPrepMan Ultra 的离心管中，涡旋震荡混匀30s 左右，然后100℃水浴10min 后，以离心机最大转速离心3min ，取10μL 上清液与490μL ddH 2O （即稀释50倍），混匀作为下步PCR 的模板DNA 。
微生物检验实验室细菌鉴定操作规程
微生物检验实验室细菌鉴定操作规程
1．目的
规范细菌鉴定标准操作规程。
2．适用范围
革兰阴性菌、革兰阳性菌等。
3．职责
检验人员严格执行本程序。
4．程序
4.1 观察菌落大小、颜色、气味、溶血、形态特征等，观
察内容应记录在《细菌鉴定流程表》。
4.2 涂片，革兰染色，观察染色性及细菌形态、大小和排列，球菌、杆菌或螺形菌等，观察内容记录在《细菌鉴定流程表》。
4.3 初步生化反应根据菌落特征和涂片结果选择初步生化反应，如氧化酶、触酶、凝固酶（玻片法）等。
4.4 制定细菌鉴定方案
4.4.1 仪器鉴定方案（以VITEK2为例）
革兰阴性杆菌：选择GN卡（阴性菌鉴定卡）。
革兰阳性球菌：选择GP卡（阳性菌鉴定卡）。
酵母菌：选择YST卡（酵母菌鉴定卡）。
需氧芽孢杆菌：选择BBL卡（需氧芽孢杆菌卡）。
4.4.2 手工细菌鉴定法
氧化酶阳性革兰阴性杆菌，选择非发酵鉴定生化反应组合：葡萄糖O/F、木糖、麦芽糖、硝酸盐、动力、七叶苷等生化反应。
氧化酶阴性革兰阴性杆菌，选择肠杆菌科细菌鉴定生化反应组合：触酶、硝酸盐、葡萄糖O/F、动力、乳糖、VP、吲哚、甲基红、枸橼酸盐、精氨酸、鸟氨酸、赖氨酸等生化反应。
疑不动杆菌氧化酶阴性革兰阴性杆菌，选择非发酵鉴定生化反应组合。
革兰阳性球菌，选择革兰阳性球菌鉴定生化反应组合：触酶、葡萄糖O/F、胆汁七叶苷、蔗糖、木糖、甘露醇、硝酸盐、脲酶等。
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细菌分类鉴定规程细菌分类鉴定规程杜艳、余翔、罗国升新菌鉴定主要流程：1、潜在新菌的确定拿到拼接好的16Sr RNA gene序列后，进入NCBI blastN ()或EzTaxon server 2.1() 进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。
2、选择标准菌株构建进化树选择参考菌株构建三种进化树(NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E. coli。
3、购买标准菌株根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。
具体信息可以在上查找。
标准菌株的选择需遵循以下几点：1) 如果要用到不同的属但不是用这些属的所有的种，则要选择这些属的模式种，并且要选择模式种的模式菌株。
2) 一个属的模式种是最重要的参照微生物，如果一个新种被认为属于这个属，就一定要与该属的模式种进行比较，而其他的种可能分类时出现错误，可能将来会被重新分类。
总之，进行种、属、甚至是科的比较研究时，都要用模式微生物，这就涉及到模式属的模式种，模式种的模式菌。
4、表型特征实验培养特征：菌落特征(如菌落的形状、大小、颜色、隆起、表面状况、质地、光泽、水溶性色素等)。
细胞形态：形态(球形、杆状、弧形、螺旋形、丝状、分枝及特殊形状)，大小，排列(单个、成对、成链或其他特殊排列方式)。
特殊的细胞结构：鞭毛(着生位置、数量)，芽胞(形状、着生位置、是否膨大)，孢子(孢子形状、着生位置、数量、排列)，其它 (荚膜、细胞附属物为柄、丝状物、鞘、蓝细菌的异形胞、静止细胞和连鞘体等)。
超微结构：细胞壁、细胞内膜系统、放线菌抱子表面特征等。
细胞内含物：异染颗粒、聚β-羟基丁酸等类脂颗粒、硫粒、气泡、伴胞晶体等。
染色反应：革兰氏染色、抗酸性染色。
运动性：鞭毛泳动、滑行、螺旋体运动方式，注意区别鞭毛泳动和滑动。
生长特征：生长温度、pH、盐耐受性范围。
5、生理生化试验营养类型：光能自养、光能异养、化能自养、化能异养及兼性营养型；对氮源的利用能力：对蛋白质、蛋白胨、氨基酸、含氮无机盐、N2等的利用；对碳源的利用能力：对各种单糖、双糖、多糖以及醇类、有机酸等的利用；对生长因子的需要：对特殊维生素、氨基酸等的依赖性；需氧性：好氧、微好氧、厌氧、兼性厌氧；对温度及pH的适应性：最适、最低及最高生长温度及致死温度；对渗透压的适应性：对盐浓度的耐受性或嗜盐性；对抗生素及抑菌剂的敏感性：对抗生素、氰化钾(钠)、胆汁、弧菌抑制剂或某些染料的敏感性；代谢产物：各种特征性代谢产物；与宿主的关系：共生、寄生、致病性等。
6、化学分类特征目前经常使用的特异性细胞化学特性包括：细胞壁化学组分、枝菌酸、脂肪酸、磷酸类脂、甲基萘醌、全细胞蛋白及核糖体蛋白电泳分析等。
其分析技术涉及光谱、色谱、生物化学及分子遗传学的分析技术。
常用的化学分类指标1) 细胞壁组分分析：细胞壁氨基酸组分可用于属的区分，而糖组分则可用于种的区分。
2) 脂肪酸组分分析脂类是细胞膜的主要组分。
在原核生物中，细菌具有酰基脂(酯键连接)，最常见的是磷脂和甘油脂。
在某些放线菌和棒杆菌中有特异的磷脂，即磷脂酸肌醇甘露糖苷。
鞘磷脂则发现于某些革兰氏阴性菌，如拟杆菌。
古菌具有醚脂(醚键连接)。
某些特殊组分只在特定的细菌中存在，如多不饱和脂肪酸是蓝细菌的特征组分，甲基化的分枝脂肪酸为革兰氏阳性菌所特有，羟基化脂肪酸为革兰氏阴性菌的特征。
3) 异戊二烯醌型分析三大类即泛醌(Q)、甲基萘醌(MK)和酰甲基萘醌，类异戊二烯的数目和侧链的双氢键表明了醌的种类。
异戊二烯醌的分析方法有两种，色谱法和物理化学法。
分类意义主要在于某类组分的有无。
多数严格好氧的革兰氏阴性菌仅产泛醌，兼性厌氧的革兰氏阴性菌则不定，而多数好氧和兼性厌氧的革兰氏阳性菌仅产甲基萘醌。
7、基因型特征1) 16S rRNA同源性分析原核生物的rRNA分为3种，分别为5S rRNA (约120bp)、16S rRNA (约1540bp)、23S rRNA (约2900bp)，位于同一操纵子中。
对16S rRNA基因序列的分析，适用于确定属及属以上分类单位的亲缘关系；而对23S rRNA基因序列的分析，则适合对临床常见致病微生物鉴别诊断；16S～23S rRNA基因序列(ITS)被认为是细菌分型探针合成的合适部位，所以更适合种内菌株间的鉴别。
大量证据表明，两个菌株16S rRNA基因序列相似性＜97%则不是同一个种。
单靠16S rRNA基因序列是不能描绘一个新种的，但是它是分离出新种的首要标志。
两个菌株16S rRNA基因序列相似性＞97%，则要用DNA-DNA杂交或更高分辨率的基因序列分析等方法进行进一步的研究。
16S rRNA基因序列相似性＜ 95%，则要结合其他方法以便确定是否为新属。
如果是新种，作者要指出新种与其所属的属中的其他种的不同点。
如果这个属包含很多不同的种，则要科学的选择一部分进行比较，但必须是模式种。
如果是新属，则要区分新属和其相近的属。
近年来发表的文章中属的描述没有和已存在的属进行区分，违反了分类学的基本原则。
这些界限在实践中不一定准确，化学分类的数据也是关键，还要结合其他方面的鉴定，不能单凭16SrRNA基因序列下结论。
2) G+C mol%测定每一个微生物种的 DNA中G+C mol%的数值是恒定的，不会随着环境条件、培养条件等的变化而变化，而且在同一个属不同种之间，DNA中G+C mol%的数值不会差异太大，可以某个数值为中心成簇分布，显示同属微生物种的 G+C mol% 范围。
DNA中G+C mol% 分析主要用于区分细菌的属和种，因为细菌 DNA中G+C mol%含量的变化范围一般在 25％～75％；而放线菌DNA中的G+C比例范围非常窄(37％～51%)。
通常认为，种内菌株间相差不超过4%，属间菌株间相差不超过10%，相差低于2%没有分类学意义。
因此可利用G+C mol％来鉴别各种微生物种属间的亲缘关系及其远近程度。
值得注意的是，亲缘关系相近的菌，其G+C mol％含量相同或者近似，但G+C mol％相同或近似的细菌，其亲缘关系并不一定相似，这是因为这一数据还不能反映出碱基对的排列序列，而且如放线菌的DNA的G+C mol% 在37～51之间，企图在这么小的范围内区分放线菌的几十个属显然是不现实的。
要比较两种细菌的DNA碱基对排列序列是否相同，以及相同的程度如何，就需做核酸杂交试验。
3) DNA-DNA杂交DNA杂交法的基本原理是用DNA解链的可逆性和碱基配对的专一性，将不同来源的DNA在体外加热解链，并在合适的条件下，使互补的碱基重新配对结合成双链DNA，然后根据能生成双链的情况，检测杂合百分数。
如果两条单链 DNA的碱基顺序全部相同，则它们能生成完整的双链，即杂合率为100% 。
如果两条单链DNA的碱基序列只有部分相同，则它们能生成的“双链”仅含有局部单链，其杂合率小于 100% 。
由此；杂合率越高，表示两个DNA之间碱基序列的相似性越高，它们之间的亲缘关系也就越近。
如两株大肠埃希氏菌的DNA 杂合率可高达100%，而大肠埃希氏菌与沙门氏菌的 DNA 杂合率较低，约有70%。
G+C mol% 的测定和 DNA 杂交实验为细菌种和属的分类研究开辟了新的途径，解决了以表观特征为依据所无法解决的一些疑难问题，但对于许多属以上分类单元间的亲缘关系及细菌的进化问题仍不能解决。
菌株间16S rRNA基因序列相似性＞97%需要做DNA-DNA杂交，＜97% DNA-DNA杂交可做可不做。
DNA-DNA杂交同源性与其亲缘性关系的判断标准：杂交同源性为70-100%，属于同一个种的细菌；同源性20-70%，属于属内紧密相关的种；同源性小于20%，则属于相关的不同属。
目前DNA-DNA杂交的标准方法为固相膜杂交。
8、序列的提交向NCBI提交16S rRNA gene序列。
具体步骤见资料介绍部分。
9、菌株的保藏向至少两个不同国家的世界公认的保藏机构保藏菌株，国内选择CGMCC、CCTCC等，国外的选择KCTC、KACC、DSMZ、NRRL、JCM、ATCC等。
菌种保藏要有菌株名称，所用培养基，菌株的生长特性(最适生长温度、pH等)，16S rRNA gene序列等信息。
新菌鉴定相关资料：一、菌种命名专家：Dr. Jean Euzeby(IJSEM List Editor，Jean Euzéby,Laboratoire de Bactériologie, École Nationale Vétérinaire, 23 chem in des Capelles, 31076, Toulouse cedex 03, France；Fax: + 33 (0)5 61 19 39 75; E-mail: jean.euzeby @ gmail.co m或者)。
二、菌种保藏：我们实验室保藏过菌的机构有：1．CCTCC(China Center for Type Culture Collection) 中国典型培养物保藏中心(武汉大学)。
网址：。
2. CGMCC (China General Microbiological Culture Collection Center) 中国普通微生物菌种保藏管理中心(北京微生物所)。
网址。
3. KACC(Korean Agricultural Culture Collection) 韩国国家农业生物技术研究所——农业微生物菌种保藏。
网址：。
4. KCTC (Korean Collection for Type Cultures) 韩国典型培养物保藏中心。
网址：。
5. NRRL (Agricultural Research Service Culture Collection) 美国农业研究菌种保藏中心。
网址：。
6.DSMZ Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (Ger man Collection of Microorganisms and Cell Cultures) 德国微生物菌种保藏中心。
网址：。
三、购买菌种(我们实验室已从下列机构购买过菌种)1、CCTCC(China Center for Type Culture Collection) 中国典型培养物保藏中心(武汉大学)。