ClustalX做多序列比对分析图示

一、实验目的：1、了解用ClustalX软件做多序列比对分析

2、掌握并实际操作用ClustalX做多序列比对分析

二、实验过程：

用ClustalX做多序列比对分析图示

1、打开程序

如下图所示：

2、Load Sequnce, 载入序列

如下图所示：

3、选择序列文件，FASTA格式的如下图所示：

4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容，这里用的是记事本，推荐用EditPlus或者Ultraedit 如下图所示：

5、序列Load进去之后如下图所示：

6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可，无须修改比对参数如下图所示：

7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框，.dnd的是输出的指导树文件，.aln的是序列比对结果，它们都是纯文本文件

如下图所示：

点“ALIGN”之后开始等待，如果序列不多，很快就可以算完，如果数据很多，可能要等一段时间，这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏，那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息，看看可以消磨时间。。。

8、比对结束之后，我们可以看到这个结果

如下图所示：

二、在NCBI搜索CO1基因1．NCBI首页：

2．搜索

3．下载序列：

三、用clustal X软件对下载的学列进行多学列对比：1．用记事本查看序列：

2．序列对比结果：

3．生成的dnd和aln文件（用记事本打开）：