Clustalx的中文使用说明书
clustalx的应用讲解
可以选择输出任意几条序列的比对打分 并保存。文件形式如左图所示，默认保 存在clustal所在文件夹下。
打开此文件后选择写字板显示如 左图。其中五条序列相应位置上 残基的比对得分在右侧显示，当 五个残基完全一致时，分值为 100分；当有不同残基时，根据 选择的矩阵打分方式，不同的残 基种类和不同的个数，其得分也 不尽相同。
➢Step4-treeview制作进化树
Dnd文件载入方式
dnd文件用treeview打开。
Treeview软件可以将多序列 比对结果以进化树的形式展 示，其默认前提是所有蛋白 源自同一祖先。枝的长度代 表进化距离。在其中两种树 状图的左下角有标尺，可根 据它来计算进化距离。
自动列出所有的dnd 文件，选中目标文件 直接可以载入
Clustalx的工作原理
Clustalx输入多个序列 快速的序列两两比对，计算序列 间的距离，获得一个距离矩阵。
邻接法(NJ)构建一个树（引导树）
根据引导树，渐进比对多个序列。
多序列比对的意义
➢ 用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了 解一个分子家族的基本特征，寻找motif，保 守区域等。
采取open的方式载入dnd文件： 浏览dnd文件存放位置并打开
根据进化树可以分析 其进化关系和进化距 离。
实例操作：
Step1 clustalx的下载 Step2 执行完全序列比对 Step3 输出aln和dnd文件 Step4 treeview软件制作进化 树
➢Step1 clustalx的下 载
➢Step2-执行序列比 对
实行序列比对操作
执行序列比对命令后的界面
EMBL-EBI < Help < Tools < Clustal Omega FAQ
ClustalX使用方法解读
第一步：输入序列文件。
第二步：设定比对的一些参数。
参数设定窗口。
第三步：开始序列比对。
第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式
在线的clustalw分析
1.EBI提供的在线clustalw服务
/clustalw/
2.我们构建的在线clustalw服务
• 使用clustalx程序，对给定的多序列， 选择合适的参数，进行多序列比对，输 出结果文件维phylip格式。 • 相同的文件，使用ebi和我们提供的在线 服务，进行多序列比对。
• 对上述计算机程序比对的结果进行手工 改动（bioedit，seaview），使得多序 列比对结果跟符合要求。
1.同步法 将序列两两比对时的二维动态规划矩 阵扩展到三维矩阵。即用矩阵的维数来 反映比对的序列数目。这种方法的计算 量很大，对于计算机系统的资源要求比 较高，一般只有在进行少数的较短的序 列的比对的时候才会用到这个方法。
自动多序列比对的算法
2.其基本思想就是基于相似序列通常具 有进化相关性的这一假设。
Clustalx的工作界面 （多序列比对模式）
Clustalx的工作界面 （剖面(profile)比对模式）
Clustal的工作原理
Clustal输入多个序列 快速的序列两两比对，计算序列间的 距离，获得一个距离矩阵。 邻接法(NJ)构建一个树（引导树） 根据引导树，渐进比对多个序列。
Clustal的应用
/biopro/clustalw.html
EBI提供
的在线
Clustalw
服务
更为详细的教程
可以在这里得到更多关于clustal的帮助：
trasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
JModeltest使用说明
工具：JModeltest下载地址：http://darwin.uvigo.es/补充工具：Clustalx下载地址：/1.使用Clustalx 工具进行多序列比对，将结果存储为FASTA 格式2.Clustalx 工具是一种多序列比对工具。
本次实验我使用的是2.0.12 版本，和以前的输出格式相比，又多了一种新的输出格式——FASTA 格式，这个格式是将比对结果中的gap 用“- ”替换，然后存储成一般的序列格式，这个格式对接下去JModeltest 的使用十分重要。
一般情况下FASTA 格式并不是默认的输出格式，需要在设置中添加。
首先，打开Clustalx, 再选择Alignment -> Output Format Options ，在弹出的对话框中将FASTA format 打上勾即可。
另外，Jmodeltest 也可以使用NEXUS 格式。
下面是一个例子，假设有两条序列（虽然是个多序列比对工具，还是举个两条序列的简单例子比较容易理解）：>P1ATGGGGTTTAGA TAA>P2ATGTTTAGTTAA比对之后存储的FASTA 结果应该是：>P1ATGGGGTTTAGA TAA>P2- - - ATGTTTAGTTAA注意事项：A. 输出时记得要对输出的文件名进行修改，否则会把原来的文件替换掉；B. 进行比对时，比对文件必须放在纯英文的路径下，否则软件无法读取；2. JModeltest 的使用：JModeltest 下载下来后不需要再安装，直接运行即可。
使用起来也简单易懂。
首先，点击File -> Load DNA alignment ，读取比对结果的FASTA 格式文件文件，之后选择需要进行测试的模型，点击Analysis -> Compute likelihood scores ，弹出对话框：对话框提供了4 种不同模式进行计算，每种模式包含的模型具体如下：3 schemes: JC, HKY and GTR.5 schemes: JC, HKY, TN, TPM1, and GTR.7 schemes: JC, HKY, TN, TPM1, TIM1, TVM and GTR.11 schemes: JC, HKY, TN, TPM1, TPM2, TPM3, TIM1, TIM2, TIM3, TVM and GTR.选择好这后就可以点击开始计算。
Clustal多重序列比对图解教程图解使用
C l u s t a l x多重序列比对图解教程(B y R a i n d y) 本帖首发于Raindy'blog软件简介:CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。
ClustalX为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。
序列将显示屏幕的窗口中。
采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。
窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。
主要功能：你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；你可以选择序列子集进行比对；你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。
当前版本:1.83PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx1.81版链接地址:ist&ID=7435(请完整复制)应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“LoadSequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序列(Replaceexistingsequences)，根据具体情形选择操作。
图1图22.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cutsequences(剪切序列)、Pastesequences(粘贴)、SelectAllsequences(选定所有序列)，ClearsequenceSelection(清除序列选定)、Searchforstring(搜索字串)、RemoveAllgaps(移除序列空位)、RemoveGap-OnlyColumns(仅移除选定序列的空位)图33.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。
Clustalx 的实例操作1(1)
距离依靠法是指迚化树的拓扑形状由两两序列的迚化距离决定的。迚 化树枝条的长度代表着迚化距离。独立元素法包括最大简约性法 （Maximum Parsimony methods）和最大可能性法（Maximum Likelihood methods）；距离依靠法包括除权配对法（UPGMAM） 和邻位相连法（Neighbor-joining）。
将clustal比 对结果.ALN 文件转换
将比对好的ALN文件转换成meg格式
转换好的meg格式，会弹出提示信息，点击ok
保存前无效字 符要删除
点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录。
关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的 “Click me to activate a data file”
Clustalx 的实例操作
蛋白质序列分析二班 陈雯 2010602128
Why to use it ？
在寻找基因和致力于収现新蛋白的努力中，人们习惯于把新的 序列同已知功能的蛋白序列作比对。由于这些比对通常都希望能够 推测新蛋白的功能，丌管它们是双重比对还是多序列比对，都可以 回答大量的其它的生物学问题。 丼例来说，面对一堆搜集的比对序列，人们会研究隐含于蛋白 之中的系统収生的关系，以便于更好地理解蛋白的迚化。人们并丌 只是着眼于某一个蛋白，而是研究一个家族中的相关蛋白，看看迚 化压力和生物秩序如何结合起来创造出新的具有虽然丌同但是功能 相关的蛋白。研究完多序列比对中的高度保守区域，我们可以对蛋 白质的整个结构迚行预测，并且猜测这些保守区域对于维持三维结 构的重要性。
原始树
数字表示该树 枝可信度的百 分比
迚化树的优化：
得到丌 同树形
对迚化树迚行优化
Clustalx多重序列比对现用图解教程(现用图解使用)
Clustalx 多重序列比对图解教程(By Raindy)本帖首发于Raindy'blog,转载请保留作者信息，谢谢！欢迎有写生物学软件专长的战友，加入生信教程写作群：13559330，接头暗号：你所擅长的生物学软件名称软件简介:CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。
Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。
序列将显示屏幕的窗口中。
采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。
窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。
主要功能：你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；你可以选择序列子集进行比对；你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。
当前版本:1.83PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx 1.81版链接地址:/index.php?Go=Show:ist&ID=7435 (请完整复制)应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“Load Sequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序列(Replace existing sequences)，根据具体情形选择操作。
图1图22.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘贴)、Select All sequences(选定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列选定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(仅移除选定序列的空位)图33.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。
clustalx中文说明
ClustalX Help可以在下列地址得到 ClustalX 的最新版本:ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/General help for CLUSTAL X (1.8)Clustal X 是一个windows 界面多序列对比程序。
可以用剪切和粘贴的方法改变对比的顺序；可以在比对中选择较小的区域重新比对，并将比对的结果插回到原来的比对结果中。
能够进行比对质量评定，低分片断和多余的残基将突出显示。
序列输入序列和轮廓（已经存在的比对）利用菜单文件输入，所有的序列必须放到一个文件中，7种序列可以被自动识别： NBRF/PIR, EMBL/SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG/MSF (Pileup), 除用于表示间隙的"-" 例外 ("." in MSF/RSF)，所有的非字母字符将被忽略。
序列和轮廓比对Clustal X 有两种比对格式: 多重比对格式和轮廓比对格式。
做一系列序列的多重比对时要保证选择多重比对模式，然后展示单一序列数据。
比对菜单既可以产生比对的指导树又可根据指导树进行比对，还可以做全多重比对。
在轮廓比对模式下，出现两个序列数据区，允许对两个比对结果进行比对。
轮廓允许添加新序列到旧的比对中，或者应用二级结构指导比对进程。
旧比对中的间隙用 "-"表示。
轮廓可以用以下任何一种格式输入，只有用 "-" (or "." for MSF/RSF) 代表每一个间隙位置。
在轮廓比对状态下， "Lock Scroll"按钮 is displayed which allows you to scroll the two profiles together using a single scroll bar. When the Lock Scroll is turned off, the two profiles can be scrolled independently.进化树进化树可以从旧的比对或新比对中产生。
序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南
序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南这几天实验需要做多序列比对，很久不做了，一时之间不知道如何使用clustal这个工具了。
在网上搜集了一些资料，做个整理，总结了Clustalx和Clustalw的使用，省得以后久不使用又生疏了，又要去整理了，在此分享给大家，希望有所帮助。
1.先提供下载地址：官方下载地址：/download/current/Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到，包括linux、Win、Mac...2.原理：序列同源性分析：是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。
这是理论分析方法中最关键的一步。
完成这一工作必须使用多序列比较算法。
常用的程序包有CLUSTAL等;Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G.等开发。
有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。
CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。
3.操作3.1 Clustalx的操作第一步：输入序列文件。
第二步：设定比对的一些参数。
参数设定窗口。
第三步：开始序列比对。
第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式--------------------------------------------3.2 Clustalw的使用(一)第一步：按屏幕提示选择1，输入序列文件注意：请把你需要比对的多条序列合并为一条，放在一个文件中第二步：选择保存文件的形式，按提示选择，你会的!第三步：参数设置好后，按Enter返回主界面，开始比对!EBI提供的在线clustalw服务/clustalw/可以在这里得到更多关于clustal的帮助：http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html。
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Clustalx的中文使用说明书
生物
用ClustalX做多序列比对分析图示
1、打开程序如下图所示：
2、Load Sequnce, 载入序列如下图所示：
3、选择序列文件,FASTA格式的如下图所示：
4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容,这里用的是记事本,推荐用EditPlus或者Ultraedit 如下图所示：
5、序列Load进去之后如下图所示：
6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可,无须修改比对参数如下图所示：
7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框,.dnd的是输出的指导树文件,.aln 的是序列比对结果,它们都是纯文本文件如下图所示：
点“ALIGN”之后开始等待,如果序列不多,很快就可以算完,如果数据很多,可能要等一段时间,这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏,那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息,看看可以消磨时间。
8、比对结束之后,我们可以看到这个结果如下图所示：
9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件,仍然用文本编辑器打开来看,这时.aln文件,这个文件可以用Mega2做进一步的bootstrap进化树分析如下图所示：
10、这是.dnd文件(指导树) 如下图所示：
11、可以用Treeview打开dnd文件,看上去就像这样子如下图所示
图3-15 ClustalX所识别的文件输入格式。