Clustalx的中文使用说明书
Clustalx的中文使用说明书
https://www.360docs.net/doc/306345903.html, 生物
用ClustalX做多序列比对分析图示
1、打开程序如下图所示：
2、Load Sequnce, 载入序列如下图所示：
3、选择序列文件,FASTA格式的如下图所示：
4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容,这里用的是记事本,推荐用EditPlus或者Ultraedit 如下图所示：
5、序列Load进去之后如下图所示：
6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可,无须修改比对参数如下图所示：
7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框,.dnd的是输出的指导树文件,.aln 的是序列比对结果,它们都是纯文本文件如下图所示：
点“ALIGN”之后开始等待,如果序列不多,很快就可以算完,如果数据很多,可能要等一段时间,这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏,那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息,看看可以消磨时间。。。
8、比对结束之后,我们可以看到这个结果如下图所示：
9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件,仍然用文本编辑器打开来看,这时.aln文件,这个文件可以用Mega2做进一步的bootstrap进化树分析如下图所示：
10、这是.dnd文件(指导树) 如下图所示：
11、可以用Treeview打开dnd文件,看上去就像这样子如下图所示
图3-15 ClustalX所识别的文件输入格式
Clustalx_实验指南(一步一步很详细)
实验三：多条序列比对——Clustalx （一）ClustalX Clustal是一种利用渐近法（progressive alignment）进行多条序列比对的软件。即从多条序列中最相似（距离最近）的两条序列开始比对，按照各个序列在进化树上的位置，由近及远的将其它序列依次加入到最终的比对结果。（Figure 3.1） https://www.360docs.net/doc/306345903.html,/ 1.安装clustalx程序。 双击安装clustalx-2.0.12-win.msi.exe文件到自己的电脑上。 也可从https://www.360docs.net/doc/306345903.html,/download/current/下载，列表中的倒数第二个文件。clustalx-2.0.12-win.msi Figure 3.1 clustal 算法 2.准备要比对的序列 请查找至少存在于5个物种中的同源序列（核酸或蛋白质皆可），并保存为fasta格式，存为文本文件（所有的序列请粘贴到同一个文本文件中）。选择NM、XM或NP打头的序列，不要选择NC或NW打头的序列，那是全基因组序列。 做法可参照邮箱中的preparations for practice3.doc文件。 3.打开clustalX程序 开始菜单－程序－clustalX2- clustalX2 4.载入序列 点最上方的File菜单，选择Load Sequence-选择你刚保存的序列文件，点打开。 在左侧窗口里是fasta格式序列的标识号，取自序列第一行“>”后的字符。(Figure 3.2) 注意：ClustalX程序无法识别汉字，无法识别带空位的文件夹名，如 my document。各位同学保存的序列文件不要保存在桌面上或带汉字的文件夹中，推荐保存在D盘根目录下。 常见文件打开错误原因： １．序列格式有问题，非正确的fasta格式。 ２．文件中有序列重复粘贴。 TIPS: 想要方便识别序列所属物种，可在每条序列“>”后输入物种名，加空位即可。EXAMPLE：原格式：>gi|262050536|ref|NM_002218.4| Homo sapiens inter-alpha (globulin) inhibitor H4 (plasma Kallikrein-sensitive glycoprotein) (ITIH4), transcript variant 1, mRNA
DNAStar详细中文使用说明书
Sequence Analysis Software for Macintosh and Windows GETTING STARTED Introductory Tour of the LASERGENE System MAY 2001
DNASTAR, Inc. 1228 South Park Street Madison, Wisconsin 53715 (608) 258-7420 Copyright . 2001 by DNASTAR, Inc. All rights reserved. Reproduction, adaptation, or translation without prior written permission is prohibited,except as allowed under the copyright laws or with the permission of DNASTAR, Inc. Sixth Edition, May 2001 Printed in Madison, Wisconsin, USA Trademark Information DNASTAR, Lasergene, Lasergene99, SeqEasy, SeqMan, SeqMan II, EditSeq, MegAlign, GeneMan, Protean,MapDraw, PrimerSelect, GeneQuest, GeneFont , and the Method Curtain are trademarks or registered trademarks of DNASTAR, Inc. Macintosh is a trademark of Apple Computers, Inc. Windows is a trademark of Microsoft Corp. ABI Prism are registered trademarks of Pharmacopeia, Inc. Disclaimer & Liability DNASTAR, Inc. makes no warranties, expressed or implied, including without limitation the implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose, regarding the software. DNASTAR does not warrant, guaranty, or make any representation regarding the use or the results of the use of the software in terms of correctness, accuracy, reliability, currentness, or otherwise. The entire risk as to the results and performance of the software is assumed by you. The exclusion of implied warranties is not permitted by some states. The above exclusion may not apply to you. In no event will DNASTAR, Inc. and their directors, officers, employees, or agents (collectively DNASTAR) be liable to you for any consequential, incidental or indirect damages (including damages for loss of business profits, business interruption, loss of business information and the like) arising out of the use of, or the inability to use the software even if DNASTAR Inc. has been advised of the possibility of such damages. Because some states do not allow the exclusion or limitation of liability for consequential or incidental damages, the above limitations may not apply to you. DNASTAR, Inc. reserves the right to revise this publication and to make changes to it from time to time without obligation of DNASTAR, Inc. to notify any person or organization of such revision or changes. The screen and other illustrations in this publication are meant to be representative of those that appear on your monitor or printer.
DM中文使用说明书
DMX512中文使用说明书 (2009-03-20 16:07:26) 转载 分类：灯光设备使用和技巧 标签： 灯光设备 一、四位数码管说明： XXXX *第一位代表CHASE，共有6个 *第二位代表SCENSE，共有8个 *第三四位代表BANK，共有30个 *设置MIDI通道时第三四位代表MIDI通道，共有16个MIDI通道 *一个CHASE最多可以包含240个SCENSE *一个BANK最多可以包含8个SCENSE *一个SCENSE最多可以包含192个通道(也可以说是12个SCANNER) SCANNER1：通道1~通道16 SCANNER2：通道17~通道32 以此类推 SCANNER12：通道181~通道192 *一个SCANNER最多可以包含16个通道 *调节滑杆时显示数值或者百分比 二、操作时请注意数码屏的指示灯在什么状态。 *BLANKOUT *STEP *PROGRAM *MUSIC TIGGER *AUTO TIGGER 三、DMX512面板功能说明 1、SCANNERS 按下SCANNER键，其旁边的LED灯亮，其中连接8个通道的输出可被调节，在SCENS运行时，如果可调电位器控制为OFF，则调节电位器不会影响通道输出，但如果可调电位器控制为ON，则通道输出会随相应的可调电位器的改变而改变； 2、SCENS按健 按下一个SCENS键可触发SCENS或存入一个SCENS，第二个数码管头显示SCENS1-8； 3、可调电位器 调节可调电位器改变DMX的通道输出大小，最小是0最大为255或者从0%-100%，可调电位器1-8控制连续的八个通道；
4、PAGE/SELECT键 选择PAGE A或PAGE B，PAGE A为每个SCANNER的前八个通道PAGE B为每个SCANNER的后八个通道 5、SPEED SLIDER 推动这个推杆调整走灯速度； 6、FADE TIME SLIDER 推动这个推杆调整FADE TIME； 7、LED DISPLAY 8、BANK按键（↑/↓） 第三位和第四位数码管显示BANKS（01-30），按下↑/↓键，BANK增大或减小，显示的SCENS为该BANK里的SCENS； 9、CHASE 1-CHASE 6键 用于CHASES编程或CHASES运行的选择； 10、PROGRAM键 上电本机在走动运行状态，按下PROGRAM键盘2秒，编程指示灯闪动可编程SCENSR和CHASER，再按下PROGRAM键2秒，编程指示灯灭回到运行状态； 11、MIDI/ADD键 A、在运行状态按住MIDI键2秒，第3及第4位数码管闪动，通过↑或↓选择MIDI通道，再按MIDI键2秒结束MIDI通道的设置选择的MIDI通道被存贮；或者除↑/↓键以外的任何键都可结束MIDI通道的设置，不存贮所选取的MIDI通道； B、在编程状态，用于编辑； 12、AUTO/DEL键 A、在运行状态，按下AUTO/DEL键，自动触发指示灯亮，表示在自动触发状态，再按下AUTO键退出自动触发状态，自动触发指示灯灭； B、在编程状态，用于SCENS及CHASE编程； 13、MUSIC/BANK COPY键 A、在运行状态，按下MUSIC键，声音触发指示灯亮，可由声音触发SCENS，再按一下MUSIC键，声音触发指示灯灭，退出声音触发状态； B、在编程状态，用于SCENS及CHASE编程；
Clustalx 多重序列比对图解教程(图解使用)
Clustalx 多重序列比对图解教程(By Raindy) 本帖首发于Raindy'blog,转载请保留作者信息，谢谢！欢迎有写生物学软件专长的战友，加入生信教程写作群：，接头暗号：你所擅长的生物学软件名称 软件简介: CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 主要功能： 你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序； 你可以选择序列子集进行比对； 你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中； 可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。 当前版本:1.83 PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx 1.81版链接地址::ist&ID=7435(请完整复制) 应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提 实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例 流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果 1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“Load Sequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序列(Replace existing sequences)，根据具体情形选择操作。
图1
图2 2.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘贴)、Select All sequences(选定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列选定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(仅移除选定序列的空位)
RTKLIB中文说明书
1.文件目录结构 \app-- APs构建环境 \bin --可执行二进制APs和windows链接库 \data-- APs样本数据 \doc --文档文件 \lib --库生成环境 \src --RTKLIB库的源程序 \test--测试程序和数据 \util-- 实用程序工具 2.\bin\rtklaunch.exe 应用程序启动器 3.RTKNAVI实时定位结算 输入GPS / GNSS接收机原始观测数据，实时进行导航处理。 3.1执行\bin\rtknavi.exe
3.2用RTKNAVI进行实时定位必须输入GPS/GNSS接收机原始观测数据和卫星星历，点击I进入输入流对话框 检查设置Rover、Basestation、Correction三个选项的设置，如果设 置定位模式，只选择一个，基站和校正并不需要。 流类型可有从以下选项中选择 (a)Serial ：串口输入数据 (b)TCP Client ：连接到一个TCP服务器，通过TCP连接输入数 据 (c)TCP Server ：接受一个TCP客户端连接和通过TCP连接的输 入数据 (d)NTRIP Client ：连接一个NTRIP caster输入数据 (e)File ：日志文件中输入数据。[.conf] (f)FTP ：通过FTP下载一个文件后输入数据 （g）HTTP ：通过(a) HTTP 下载一个文件后输入数据 3.3选择流类型为?Serial?（连续的）点击...按钮设置选项
3.4在流类型中如果你选择了SerialTCP Client或者TCP Server作为类型，你可以通过流设置GPS / GNSS接收机启动和关闭命令，设置命令，按下“Cmd?标签下的…按钮。在?Serial/TCP Commands?对话框中进行设置，可以加载和保存命令 3.5流类型中设置类型为?File?可以设置文件输入路径，数据为原始数据，还可以设置时间 3.6设置输出流格式，点击O按钮，弹出 ?Output Streams?对话框，设置类型，
绕膜机中文使用说明书
目录 一：拉伸薄膜缠绕包装机 (2) 二：主要技术参数 (2) 三：产品保修 (3) 四：拆箱、安装、调试 (3) 五：控制板操作说明 (5) 六：设备维护 (7) 七：使用 (9) 八：功能使用及其它 (9) 8-1、记数误差10 8-2、光电开关的使用10 8-3、薄膜操作简图11 8-4、预拉伸薄膜导出11 8-5、可移动限位块11 8-6、薄膜拉伸12 九：使用安全 (13) 附设备可能出现的故障及排除方法 电气原理图
一：拉伸薄膜缠绕包装机 1. 拉伸薄膜缠绕包装机是以LLDPE拉伸薄膜为包装材料，对多种货 物进行裹包的专业包装机器。 2. 使用我公司出品的系列薄膜缠绕拉伸包装机器，可以降低包装成 本，方便存储与运输，易于对包装材料（薄膜）进行回收，减少环境污染。这是一种现今较普遍流行的绿色运输包装方式之一。 3. 这种包装方式已经广泛应用于玻璃制造业、纸业、化工业、机械 制造业、食品业等各种不同行业，特别是在出口贸易货物运输中的集装箱已经得到广泛的应用。 4. 我公司出品全面的拉伸薄膜裹包机，除托盘基本型外，还出品圆 筒纸/帘子布型，线缆型，水平型、圆筒径向包装等多种机型。另外我们还出品牛皮纸、珍珠棉、普通PE膜等裹包机，如有需要请向我们的销售部门索取更详尽的说明和资料。 二：主要技术参数 1．包装规格: 型号最大货高（mm）最大托板尺寸(mm) TP1650F-L 2000 1200╳1200 2．承重：≤2000 kg 3．使用包装材料： 材料宽度厚度膜卷内芯孔膜卷外径LLDPE拉伸膜500 mm 17-35μm76.2mm(3英吋) ≤280 mm 4．工作电源：AC220V/50HZ 20A -1p。 务必使用单独固定电源，严禁使用临时线或与其他设备合用电源，电压不得低于200V，或高于250V,接线时请核对火线零线和地线（因电源不正确引起的电气损坏和其他损坏不在保修之
中文使用说明书
用户使用说明
目录 1．手机外观和按键说明2．使用手机存储卡做为U盘3．WLAN 4．蓝牙 5．电子邮件 GMAIL 电子邮件 6．拨号 7．信息 8. 通讯录 9. 浏览器 10．录音机 11．时钟 12.计算器 13．相机 相机 摄像机 14．图库 15．音乐 16.日历 17.收音机 18. 设置 19. 手机使用注意安全
1 .手机外观和按键说明 在任何的应用程序或界面上，按下此键可返回首页界面。 按下此键可开启动作清单，让您在目前的界面或选项菜单中执行动 作。 按下此键可返回前一个界面，或是关闭对话框、选项菜单、通知面板 或屏幕键盘。 按住此键可开启电话的选项菜单，然后您可以选择要锁定屏幕、关闭 手机，或将手机设成静音模式。 按此键可以增大音量。 按此键可以减小音量。 静音状态时按此键可以将手机调为振动状态。 进入相机界面，可切换至前摄像头自拍 2.使用手机存储卡做为U盘 若要从计算机传送音乐、相片和其它档案到您的储存卡，您必须先将手机储存卡设成U盘。
将手机储存卡设成U盘 1)选择“USB已连接”，可以装载U盘，可将音乐、相片和其它档案到您的储存卡或内置存储卡中。 2)选择“作为USB存储设备使用”可以打开右边的选项。 具体如下图所示： 3：有截图会显示的状态栏 3）插入SD卡。 打开USB连接。1 2 3 4 5 1：USB已连接电脑（当连接360手机助手）2：作为USB存储设备使用 4：已连接到 USB调试 5：已连接USB
3）连接后可以直接在PC端查看相机拍摄的图片 ?注意：不同的个人电脑操作系统如何操作正常使用U盘。 1)这个主题可以直接使用 2)xp更新windows媒体播放器到11 3)安装wpdmtp。inf司机 4)vista未经证实的 ?注意:在个人电脑业务助理工具如手机,必须打开USB调试。 WLAN提供最远300英尺(100M)的无线网络接入范围。若要使用手机上的WLAN，您必须连接到无线接入点或「热点」。 注意：WLAN信号的可用性与涵盖范围需视数量、基础结构，以及其它信号穿透的对象而定。 开启WLAN并连接到无线网络 1)按下首页>菜单，然后触碰设置 2)在无线和网络下。点击WLAN开关按钮，以开启WLAN。手机会自动扫描可用无线网络。 3)触碰WLAN，进入WLAN设置。接着WLAN网络列表会显示查找到的WLAN网络的网络名称和安全性设置(开 放网络或以WEP、WPA/WPA2加密)。默认启用WLAN高级设置中的网络通知，手机会在查找到有可用的 开放无线网络时在状态栏显示图标。 4)触碰其中一个WLAN网络，以进行连接。当您选取开放网络时，手机会自动连接到该网络。如果选取的 是WEP、WPA/WPA2加密网络，则必须先输入相应的密码，然后再触碰连接。 注意：当手机连接到无线网络后，状态栏会显示
Vector_NTI_中文使用说明书
Vector NTI 7.0 User's Manual 软件包中文翻译者：宋厚辉（浙江大学） 前言（Introduction） 1.程序附带的数据库（Vector NTI database）包括：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷 酸、凝胶mark。此外程序还提供数据库开发（Database Explorer）功能，用户可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。 2.创建新分子（有四种方法） A．用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII等格式输入DNA 或氨基酸。 B．手工粘帖，然后保存到数据库中 C．从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键 D．从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质 3.关于新分子的序列特征图谱：利用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA等 格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑 第一章Chapter 1 Tutorial: Display Windows（显示窗口） 目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作 ? 1.登录Vector NTI 安装后首次登录，系统将提示是否允许填充空库，点OK。这样DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers将组成NTI的数据库。并出现下列两个窗口。 ? 2. 观察出现的Vector NTI 工作窗口和Database Explorer窗口
上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条的功能。 第二个窗口为exlporing——local vector NTI database,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。 3. Create a Display Window for pBR322 激活exlporing——local vector NTI database窗口中的DNA/RNA Molecules (MAIN) 数据库，找到pBR322分子并双击打开。显示如下窗口：
Winplas中文使用说明书
本程序用来绘制发表质量的质粒图，可广泛应用与论文、教材的质粒插图。其特性包括： ●知道序列或不知序列结构均能绘制质粒图 ●可读入各种流行序列格式文件引入序列信息。 ●自动识别限制位点 ●可构建序列结构，功能包括：从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删 除等。 ●绘图功能强大，功能包括：位点标签说明、任意位置文字插入、生成彩图、线性或 环形序列绘制、可输出到剪贴板、可输出到图像文件。 ●限制酶消化分析报告输出与序列输入报告功能。 1. 不知序列结构绘制质粒图 从菜单或工具栏选择File New，出现一个空白文件，再在菜单或工具栏选择Insert Blank，出现一个对话框，如下： 输入质粒标题与碱基对数，选择为线性或环形序列，单击OK键，便出现质粒图，可继续进行编辑，但因为不知其序列，所以有一些功能无法进行。 2. 从一个GenBank文件建立一个质粒图 选择File New后，在菜单或工具条中选择Insert GenBank File，便打开对话框，由你选择一个指定文件，确定后，便根据此序列生成质粒图，进行进一步编辑。 3. 从一个其它序列格式文件建立质粒图 选择File New后，在菜单或工具条中选择Insert Sequence File，便打开对话框，由你选择一个指定文件，确定后，便根据此序列生成质粒图，进行进一步编辑。支持的序列格式包括：Stanford, NRBF, EMBL, Fasta, GCG, DNAStrider, Fitch, Pearson, Zuker, Olsen, Phylip, ASXII/RAW, PIR, CODA TA, MSF, DNAStar，若是多序列文件，将由你选择哪一条序列进行作图。 4. 标记限制酶切位点 菜单或工具条中中选择Restriction Enzymes命令，用来标记目前序列中发现的限制酶切位点。出现以下窗口：
pajek 中文使用手册
Pajek 分析和可视化大型网络的程序 参考手册 List of commands with short explanation version 1.16 Vladimir Batagelj and Andrej Mrvar 翻译：先红、一生有我、傻大师、沧海回眸、AndyChang、comp network、遥遥、大头、三叶草 整理：饭团 Ljubljana, October 4, 2006 1996, 2006 V. Batagelj, A. Mrvar. Free for noncommercial use. PdfLaTex version October 1, 2003
Vladimir Batagelj Department of Mathematics, FMF University of Ljubljana, Slovenia http://vlado.fmf.uni-lj.si/ vladimir.batagelj@fmf.uni-lj.si Andrej Mrvar Faculty of Social Sciences University of Ljubljana, Slovenia http://mrvar.fdv.uni-lj.si/ andrej.mrvar@fdv.uni-lj.si
目录 1.Pajek介绍 (1) 2.数据对象 (3) 3 主窗口工具栏 (7) 3.1 File（文件） (7) 3.2 Net（网络） (11) 3.3 Nets(网) (26) 3.4 Operation（操作） (28) 3.5 Partition（分类） (34) 3.6 Partitions（分类） (35) 3.7 Vector（向量） (35) 3.8 Vectors（向量） (36) 3.9 Permutation（排序） (37) 3.10 Cluster（类） (37) 3.11 Hierarchy（层次） (37) 3.12 Options（选项） (38) 3.13 Info(信息) (40) 3.14 Tools(工具) (40) 4 绘图窗口工具 (42) 4.1 主窗口绘图工具 (42) 4.2 Layout（布局） (42) 4.3 Layers（图层） (43) 4.4 GraphOnly（仅图形） (44) 4.5 Previous（退回到前一次操作） (44) 4.6 Redraw（重绘） (44) 4.7 Next（下一步） (44) 4.8 Options（选项） (45) 4.9 Export (导出) (47) 4.10 Spin（旋转） (49) 4.11 Move（移动） (49) 4.12 Info (信息) (49) 5 Exports to EPS/SVG/VRML (50) 5.1 Defaults (默认值) (50) 5.2 Parameters in EPS,SVG and VRML Defaults Window（在EPS/SVG/VRML默认窗口中 的参数） (50) 5.3 Exporting Pictures to EPS/SVG — 在输入文件中定义参数 (52) 6 在Pajek中使用Macros（宏） (57) 6.1 什么是Macro（宏）？ (57) 6.2 怎样标明一段宏？ (57) 6.3 如何运行宏？ (57) 6.4 例子 (57) 6.5 重复最后的命令 (57) 附加信息 (59)
Mapmaker3.0 winQTLCart2.0简单中文教程和举例
内 部使 用 Mapmaker3.0 winQTLCart2.0简单中文教程 和举例 胡磊 （新疆农业大学农学院棉花遗传育种2006级研究生） 本文是笔者自己的试验方法记录里得来的，尽量使用通俗易懂的语言，配合截图，基本上看过的人都可以学会使用。但是由于时间紧促，难免存在疏漏和错误的地方，欢迎指正！ 此资料仅供参考，因此引起的后果概不负责，特此声明。 一、前期数据准备 1 数据调查和采样 数据调查：我们把群体中的每个材料种成行，比如3m 一行，在这一行里选取10株做调查，已果枝始节为例，调查10株，并记录在记录本或者电脑里备用。 采 样：在上面说的3m 一行的里取指甲盖大小的叶片，回实验室提NDA ，跑电泳，和读带。 2 数据输入 2.1 大田数据 先把你的田间调查数据输入excel ，以f2代果枝始节调查数据为例。在最后一列算出平均数。注意！我们需要用的就是这个平均数！数据输入的时候，材料编号那里不能出错。 2.2 实验室数据 然后就是我们采回来的叶片跑的电泳记录，这里的叶片都是大田里取来的，全部需要提取DNA 和跑电泳。最后在所跑出来的电泳条带上读取数据，读取数据的方法如下： 如图所示，此图显示的是凝胶上的带型。
内 部使 用 共显性标记：母本带型记为“B ”，父本带型记为“A ”，杂合带型记为“H ”。显性标记记载有两种情况：若母本等位基因为显性，则父本带型记为“A ”，杂种带型记为“D ”；若父本等位基因为显性，则母本带型记为“B ”，杂种带型记为“C ”。无论在显性标记还是共显性标记中，由于某些原因造成的带型不清或数据缺失均用“–”表示。 而我们在读取的时候一般用数字表示，即：1=A 2=B 3=H 4=C 5=D 。在读带后的数据输入也要注意编号，编号一定不能出错。 3 数据处理 3.1 数据核对 将DNA 的编号和大田数据进行对比，如果DNA 里有的编号，在材料编号里没有，就把那一行数据用“-”表示，单元格下移。如果材料编号里有的数据，而DNA 里没有。那就把材料编号和平均数数据一起删除，原则是以DNA 数据为主，同时和大田调查的农艺性状数据一一对应。如图： 3.2 检验数据 调查的数据如果不符合正态分布是不能引用的，数据是否符合正态分布可以用EXCEL
Openbravo中文使用手册
1.1权限管理 定制权限操作演示： 在游览器中输入openbravo后台的登陆用户名和密码，进行操作。 在进行采购管理操作前，先设置下权限，使得你有更大权限进行操作。点击左上角的Openbravo进行权限设定。 在作用这一栏里选择big bazaar admin，在点击OK。这样你拥有最大的权限了。
1.2采购管理 采购管理(Procurement Management) 采购管理是计划下达、采购单生成、采购单执行、到货接收、检验入库、采购发票的收集到采购结算的采购活动的全过程，对采购过程中物流运动的各个环节状态进行严密的跟踪、监督，实现对企业采购活动执行过程的科学管理。 以下是Openbravo采购管理的操作演示。 采购管理—交易操作演示 在采购管理模块下包含有两个子菜单分别为：交易和报表。在交易菜单下的一级目录有：申请、采购申请管理、采购申请、采购订单、物料收货、发票（供应商）、已匹配采购订单、已匹配发票、发货产生的发票、待审收料单 提示：解释下交易和报表这两个菜单的关系，报表菜单的产生是附于交易菜单，报表菜单是可查看交易菜单中的内容。 请购管理—操作演示 是对企业的采购计划进行制定和管理，为企业提供及时准确的采购计划和执行路线。采购计划包括定期采购计划（如周、月度、季度、年度）、非定期采购任务计划（如系统根据销售和生产需求产生的）。通过对多对象多元素的采购计划的编制、分解，将企业的采购需求变为直接的采购任务，系统支持企业以销定购、以销定产、以产定购的多种采购应用模式，支持多种设置灵活的采购单生成流程，采购申请单是分公司根据业务需要，要求总公司进货的单据。采购申请也是采购订单的形成前提。 点击一级菜单“采购管理”，在点击二级菜单“交易”，再点击“交易”下的子菜单“请购管理”，进入“请购管理”页面。 点击左上角上的新建，对请购管理管理表进行编辑，输入：客户、公司、是否有效、业务伙伴、价目表、货币种类、描述信息、等信息后，点击保存 注1：在进行编辑时，可不用手动录入信息，直接下拉选框进行选择。 注2：若在进行编辑时，对于存在的信息还存在一定疑问，在保存时请选择好文档的状态、可保存为草稿的状态。 注3：文档一经删除，将无法恢复，请谨慎操作。 采购订单—操作演示 以采购单为源头，对从供应商确认订单、发货、到货、检验、入库等采购订单流转的各个环节进行准确的跟踪，实现全过程管理。通过流程配置，可进行多种采购流程选择，如订单直接入库，或经过到货质检环节后检验入库等，在整个过程中，可以实现对采购存货的计划状态、订单在途状态、到货待检状态等的监控和管理。采购订单可以直接通过电子商务系统发向对应的供应商，进行在线采购。 点击一级菜单“采购管理”，在点击二级菜单“交易”，再点击“交易”下的子菜单“采购申订单”，进入“采购订单”页面。 点击左上角上的新建，对采购订单进行编辑，输入：业务伙伴、用户/联系人、发票接收地址、价目表、仓库服务点、销售代表、货币、付款规则、打折折扣、付款规则、付款条款、引用的信息、状态的信息后，一切确认无误后，点击保存。 注1：在进行编辑时，可不用手动录入信息，直接下拉选框进行选择。 注2：若在进行编辑时，对于存在的信息还存在一定疑问，在保存时请选择好文档的状态、可保存为草稿的状态。 注3：文档一经删除，将无法恢复，请谨慎操作。 功能按钮说明
clustalx的应用
利用clustalx 2.1对蛋白进行多序列比对目录 1. 方法介绍 1.1概念 1.2理论基础 1.3任务 1.4目的 2研究内容 3. 工具 3.1 clustalx简介 3.2 clustalx 后台运作流程 3.3 clustalx的下载 3.4 clustalx菜单设置 4.操作步骤 4.1获取目标序列 4.2执行比对 4.3 treeview软件制作进化树 5. 结果分析 正文
1. 方法介绍：多序列比对 1.1 概念：多序列比对即通过多个核苷酸或氨基酸的序列进行比较，确定 序列之间可能由于功能、结构或进化上的关联而形成的相似片 段。 1.2 理论基础：1）生物学一个最基本的假设是地球上所有物种都有共同的 祖先，从这个祖先开始以树状形式发展，通常称为生命 之树。 2）基于序列比对的同源即具有共同祖先。同源序列一般相 似；相似可以用百分比来描述。序列不一定是同源的， 相似序列在进化上具有趋同性。序列决定结构，结构决 定功能。 3）现有的基因、蛋白质等携带生物学信息、具有生物学功 能的分子都是由原有的分子演化而来；现有的基因及其 他核酸序列，都是由已经存在的基因或其他序列经过复 制、转移、合并、删减等方式形成的；不同物种的基因、 蛋白质在结构、序列上的相似性与其进化上亲缘关系密 切相关。 1.3 任务：发现序列之间的相似性，找出序列之间共同的区域，辨别序列 之间的差异。 1.4 目的：通过“相似序列→相似的结构→相似的功能“来判别序列之 间的同源性，进而推测序列之间的进化关系。 2. 研究内容：通过对人类、家鼠、大鼠和鸡体内BMP-2（bone morphogenetic protein 2）即骨形态发生蛋白2的多序列比对得到的dnd结果文 件来揭示在四种生物中的该蛋白的同源性。 3. 工具：clustalx 2.1 3.1 clustalx简介：Clustal是用来对核酸与蛋白序列进行多序列比对的软 件，可以用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列 间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确 定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助。 Clustal包括Clustalw和Clustalx和Clustal omega。
序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南
序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南 这几天实验需要做多序列比对，很久不做了，一时之间不知道如何使用clustal这个工具了。在网上搜集了一些资料，做个整理，总结了Clustalx和Clustalw的使用，省得以后久不使用又生疏了，又要去整理了，在此分享给大家，希望有所帮助。 1.先提供下载地址： 官方下载地址：https://www.360docs.net/doc/306345903.html,/download/current/ Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到，包括linux、Win、Mac... 2.原理：序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等; Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。 CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。 3.操作 3.1 Clustalx的操作 第一步：输入序列文件。
第二步：设定比对的一些参数。 参数设定窗口。
第三步：开始序列比对。
第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式 --------------------------------------------
Vector NTI7.0中文使用说明书
Vector NTI7.0 User's Manual 软件包中文翻译者：宋厚辉（浙江大学），记住这个伟大的人物吧！ 前言（Introduction） 1.程序附带的数据库（V ector NTI database）包括：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷 酸、凝胶mark。此外程序还提供数据库开发（Database Explorer）功能，用户可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。 2.创建新分子（有四种方法） A．用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII等格式输入DNA 或氨基酸。 B．手工粘帖，然后保存到数据库中 C．从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键 D．从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质 3.关于新分子的序列特征图谱：利用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA等 格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑 第一章Chapter 1 Tutorial: Display Windows（显示窗口） 目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作 ? 1.登录Vector NTI 安装后首次登录，系统将提示是否允许填充空库，点OK。这样DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers将组成NTI的数据库。并出现下列两个窗口。 ? 2. 观察出现的Vector NTI 工作窗口和Database Explorer窗口
上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条的功能。 第二个窗口为exlporing——local vector NTI database,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。 3. Create a Display Window for pBR322 激活exlporing——local vector NTI database窗口中的DNA/RNA Molecules (MAIN) 数据库，找到pBR322分子并双击打开。显示如下窗口：
mapchart使用说明
1.连锁图的绘制 格式标记名称遗传位置颜色（C1、C2、C3等）如不显示标记名称则加o TG580_1.131 0.000c2 b I E36/M51-9p 6.600 TG255_1.117 9.000 E36/M54-2p 18.200 E35/M47-12e 20.200 E35/M47-9p 21.400 TG220_6.100 24.000 TG465_1.90 29.500 TG71_1.58 49.200 TG59_1.52 49.200 E35/M61-13e 56.700 TG273_1.36 56.700 E35/M48-5e 59.000 如让连锁图某个区域，或整段高亮则用命令：segments 区域（起止位置）颜色，如： TG580_1.131 0.000c2 b I E36/M51-9p 6.600 TG255_1.117 9.000 E36/M54-2p 18.200 E35/M47-12e 20.200 E35/M47-9p 21.400 TG220_6.100 24.000 TG465_1.90 29.500 TG71_1.58 49.200 TG59_1.52 49.200 E35/M61-13e 56.700 TG273_1.36 56.700 segments 6.6 49.2 c3
QTL的标注： 格式： Qtls QTL名称外层区域起点内层区域起点内层区域止点外层区域止点，如： TG580_1.131 0.000c2 b I E36/M51-9p 6.600 TG255_1.117 9.000 E36/M54-2p 18.200 E35/M47-12e 20.200 E35/M47-9p 21.400 TG220_6.100 24.000 TG465_1.90 29.500 TG71_1.58 49.200 TG59_1.52 49.200 E35/M61-13e 56.700 TG273_1.36 56.700 segments 6.6 49.2 c3 Qtls pb-4 25.5 30.9 43.3 50.5 BI C2 L3 vg-1 10.0 15.0 35.0 40.0 C3 F4
如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树
如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树 MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，从3.1版本到后来的4.0版本一直都广为大家熟悉，现在推出了Mega5.0版本。功能比以前多有改进。现主要介绍使用Mega 5.0构建系统进化树的方法。供大家参考。 用MEGA构建进化树有以下步骤： 1、测序： 将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。 2、NCBI上做Blast https://www.360docs.net/doc/306345903.html,/blast/Blast.cgi 找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后寻找相似性最高的细菌，通常把该属的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSA TA 格式，整合在一个*.txt文档中（单独建立一个文件夹存放，后面的很多文件会自动装入该文件夹），如 >XXXX AGGCTTAACACA TGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCG GACGGGTGAGTAA TGCTTAGGAA TCTGCCTA TTAGTGGGGGACAACA TTCCGAAAGGA A TGCTAA TACCGCA TACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGA TCTTCGGACCTTGCGCTAA TAGA TGAGCCTAAGTCGGA TTAGCTAGTTGGTGGG >gi|289469964|gb|GU388381.1| Acinetobacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequence ACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAA TGCTTAGGAA TCTGCCTA TTAGTGGGGGACAACA TTCCGAAAGGGA TGCTAA TACCGCA TACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGA TCTTCGG ACCTTGCGCTAA TAGA TGAGCCTAAGTCGGA TTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTAC CAAGGCGACGA TCTGTAGCGGGTCTGAGAGGA TGA…… ……………………. 参考序列选择注意事项： 1、不选非培养(unclutured)微生物为参比； 2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。 3、使用clustalx1.83进行序列比对 打开压缩文件clustalx1.83，运行其中的clustalx.exe文件，如图：