pajek 中文使用手册

Pajek分析和可视化大型网络的程序参考手册List of commands with short explanationversion 1.16Vladimir Batagelj and Andrej Mrvar翻译：先红、一生有我、傻大师、沧海回眸、AndyChang、comp network、遥遥、大头、三叶草整理：饭团Ljubljana, October 4, 20061996, 2006 V. Batagelj, A. Mrvar. Free for noncommercial use.PdfLaTex version October 1, 2003Vladimir BatageljDepartment of Mathematics, FMF University of Ljubljana, Slovenia http://vlado.fmf.uni-lj.si/ vladimir.batagelj@fmf.uni-lj.siAndrej MrvarFaculty of Social Sciences University of Ljubljana, Slovenia http://mrvar.fdv.uni-lj.si/ andrej.mrvar@fdv.uni-lj.si目录1.Pajek介绍 (1)2.数据对象 (3)3 主窗口工具栏 (7)3.1 File（文件） (7)3.2 Net（网络） (11)3.3 Nets(网) (26)3.4 Operation（操作） (28)3.5 Partition（分类） (34)3.6 Partitions（分类） (35)3.7 Vector（向量） (35)3.8 Vectors（向量） (36)3.9 Permutation（排序） (37)3.10 Cluster（类） (37)3.11 Hierarchy（层次） (37)3.12 Options（选项） (38)3.13 Info(信息) (40)3.14 Tools(工具) (40)4 绘图窗口工具 (42)4.1 主窗口绘图工具 (42)4.2 Layout（布局） (42)4.3 Layers（图层） (43)4.4 GraphOnly（仅图形） (44)4.5 Previous（退回到前一次操作） (44)4.6 Redraw（重绘） (44)4.7 Next（下一步） (44)4.8 Options（选项） (45)4.9 Export (导出) (47)4.10 Spin（旋转） (49)4.11 Move（移动） (49)4.12 Info (信息) (49)5 Exports to EPS/SVG/VRML (50)5.1 Defaults (默认值) (50)5.2 Parameters in EPS,SVG and VRML Defaults Window（在EPS/SVG/VRML默认窗口中的参数） (50)5.3 Exporting Pictures to EPS/SVG — 在输入文件中定义参数 (52)6 在Pajek中使用Macros（宏） (57)6.1 什么是Macro（宏）？ (57)6.2 怎样标明一段宏？ (57)6.3 如何运行宏？ (57)6.4 例子 (57)6.5 重复最后的命令 (57)附加信息 (59)1.Pajek介绍Pajek 运行在Windows环境，用于带上千及至数百万个结点大型网络的分析和可视化操作。

在斯洛文尼亚语中Pajek 是蜘蛛的意思。

最新Pajek版本通过以下途径获取，但限于非商业用途：http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/我们于1996年11月应用Delphi(Pascal)语言，开始开发Pajek，其中的一些程序由Matjaz Zaversnik提供。

当看到现有的几种大型网络已有机器可读格式时，我们萌发了开发Pajek的动机。

Pajek 向以下网络提供分析和可视化操作工具：合著网、化学有机分子、蛋白质受体交互网、家谱、因特网、引文网、传播网（AIDS，新闻，创新）、数据挖掘（2-mode网）等。

大型网络集在这里也可找到：http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/对Pajek的设计工作，得益于我们先前的开发经历：包括开发gragh数据结构，以及Gragh和X-graph的算法库，集成Stran, RelCalc, Draw, Energ，以及基于SGML的图形描述语言 NetML等的经历。

http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/default.htm图1：Pajek / 蜘蛛图2：处理大型网络的途径设计Pajek的主要目的：z支持将大型网络分解成几个较小的网络，以便使用更历久的方法进一步处理；z向作用者提供一些强大的可视化操作工具；z执行分析大型网络有效算法（subquadratic）。

通过Pajek可完成以下工作：在一个网络中搜索类（组成，重要结点的邻居，核等）；析取属于同一类的结点，并分别地显示出来，或者反映出结点的连接关系（更具体的局域视角）；在类内收缩结点，并显示类之间的关系（全局视角）。

除普通网络（有向、无向、混合网络）外，Pajek还支持多关系网络，2-mode网络（二分（二值）图—网络由两类异质结点构成），以及暂时性网络（动态图—网络随时间演化）。

图3：Pajek 教材此手册简单地解释了运行于最新版本Pajek上的所有程序。

我们建议初学者阅读以下Pajek教材：de Nooy W., Mrvar A., Batagelj V. (2002) Exploratory Social Network Analysis With Pajek. Structural Analysis in the Social Sciences 27, Cambridge University Press, 2005.希望对使用Pajek进行网络分析有一个概览，请阅读NICTA 工作室的幻灯片：Batagelj V.: Workshop on Network Analysis, Sydney, Australia: 14th to 17th June 2005; at Nicta (National ICT Australia). http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/doc/#NICTA2.数据对象Pajek是专门用来分析大型网络（含有成百上千个结点）的专用程序。

包含如下六种参数：图4：Pajek主窗口works（网络）－主要对象（结点和边）。

默认扩展名为：.net。

在输入文件中，网络有多种表现方法：·利用弧线/边（如：1 2－从1到2的连线）·利用弧线列表/边序列（如：1 2 3－从1到2的连线和从1到3 的连线）·矩阵格式·UCINET，GEDCOM，化学式关于网络绘制的更详细的信息包含在输入文件中，在'Exports to EPS/SVG/VRML'章节中对此有相关介绍。

2.Partitions（分类）－它指明了每个结点分别属于哪个类，默认扩展名为:.clu。

3.Permutations（排序）－将结点重新排列，默认扩展名：.per。

4.Clusters（类）－结点的子集（如：来自分类中的一个类）。

默认扩展名：.cls。

5.Hierarchies（层次）－按层次关系排列的结点，例：根结点Root下面有两个子群－g1和g2。

g2是一个叶结点，包含v5、v6、v7三个结点。

g1又包含两个子群---g11和g12...默认扩展名：.hie。

6.Vectors（向量）－指明每个结点具有的数字属性（实数）。

默认扩展名：.vec。

双击所选的网络、分类…就可以在屏幕上显示这个对象。

pajek主窗口中的程序(见图4)是根据输入时的数据类型来组织编排的。

排序、分类和向量用于分别从不同角度反映结点的性质，例如结点组织顺序、类别和数字特性。

3 主窗口工具栏3.1 File（文件）六种数据对象的输入/输出操作：z网络network－N－ Read（读）－从Ascii文件中读取网络。

－ Edit（编辑网络）－选择结点，显示其邻居，然后：* 添加新边到选定结点（在新边上双击鼠标左键）* 删除边（双击左键）* 更改边的属性值（单击右键）* 通过增加不可见的新结点将边细分为两条相互垂直的边（单击鼠标中键）－Save －保存网络为Ascii文件－Export Matrix to EPS（将矩阵输出为EPS）－用EPS格式生成矩阵* Original（普通）－利用默认的计数方法（适合1-Mode和2-Mode网络）* Using Permutation（排序）－利用当前排序。

通过绘制附加线来区分选中的分类中不同的类。

此选项适合于1-Mode和2-Mode网络。

如果在2-Mode网络中绘制附加线，则需要首先定义从属分类和以包含的类作为第二个分区的分区（在分类菜单中）。

* Using Partition（分类）－利用当前的分类。

在记录窗口中列出了不同的类中边的数目和密度（以及所选的两个类中的结点）。

另外，当密度用阴影图表示时，矩阵被输出到EPS。

1.Structural（结构化）－根据类间最大可能的连边数目来定义密度（适合于密度网络图）2.Delta（三角化）－根据拥有最大的输入和输出邻居结点数来定义密度（适合于稀疏网络）。

* only black borders（只有黑色边框）－如果被检测到，则矩阵中的所有方阵都将有黑色边框，否则，黑色边框将会变成白的，明亮的边框会变成黑色的。

－Change Label修改选定网络的标签。

－dispose从内存中删除所选的网络。

表1：时间事件列表事件注释TI t 原始事件－后续事件从时间点t开始发生TE t 终止事件－当时间点t结束后发生A V vns 添加标签为n，属性为s结点vHV v 隐藏结点vSV v 显示结点vDV v 删除结点vAA uvs 添加具有属性s的弧线（u，v）HA uv 隐藏弧线（u，v）SA uv 显示弧线（u，v）DA uv 删除弧线（u，v）AE uvs 添加具有属性为s的边（u：v）HE uv 隐藏边（u：v）SE uv 显示边（u：v）DE uv 删除边（u：v）CV vs 改变结点属性－将结点v 的性质改为sCA uvs 改变弧线属性－将弧线（u，v）的属性改为sCE uvs 改变边的属性－将边（u：v）的属性改为sCT uv 改变类型－改变连线（u，v）的方向（无）CD uv 改变弧线（u，v）的方向PE uvs 用属性为s的单边（u：v）替代一对弧线（u，v）和（v，u）AP uvs 添加一对具有s属性的弧线（u，v）和（v，u）DP uv 删除弧线对（u，v）和（v，u）EP uvs 用具有s属性的弧线对（u，v）和（v，u）来替换边（u：v）z Time Events Networks 网络－N－Read Time Events－读取用时间事件描述的网络。