生物信息学软件
生物学常用软件简介
AC
accession number giving origin of sequence
DT
dates of entry and modification
KW
key cross-reference words for lookup up this entry
OS, OC source organism
RN, RP, RX, RA, RT, RL literature reference or source
DR
i. d. In other databases
CC
Description of biological function
பைடு நூலகம்
FH, FT information about sequence by base position or range of positiions
生物学常用软件简介
前言
生物信息学是一门新兴的交叉学科，它将数 学和计算机知识应用于生物学，以获取、 加工、存储、分类、检索与分析生物大分 子的信息，从而理解这些信息的生物学意 义。
上面是狭义的生物信息学含义,也是现阶段生 物信息学的基本工作.
内容概要
一 生物信息学软件的主要功能简介
1.数据的基本处理 2.序列的比对 3.基因/基因组的注释 4.Snp分析 5.进化分析 6.基因表达分析 7.蛋白质结构预测
2.序列的比对 序列比对（alignment）：为确定两个或多个序列
之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定 的规律排列。
将两个或多个序列排列在一起，标明其相似之处。 序列中可以插入间隔（通常用短横线“-”表示）。 对应的相同或相似的符号（在核酸中是A, T（或 U）, C, G，在蛋白质中是氨基酸残基的单字母表 示）排列在同一列上。
SeqHunter：序列搜索与分析的生物信息学软件包
Ｓ ｑ ｕ ｅ ａ ｂ ｏｎ ｏ ｍ ａ ｉｓｔ ｏｂ ｘ ｆ ｒｌ ｃ ｌＢｌｓ ｎ ｅ ｕ ｎ ｅ ａ ａｙ ｉ ｅ Ｈ ｎｔｒ： ｉｉ ｆ ｒ ｔｃ ｏ ｌ ｏ ｏ ｏ ａ ａ ｔａ ｄ ｓ ｑ ｅ ｃ ｎ ｌｓｓ
ＹＥ ｅ ｗｕ． ＡＮＧ ａ — ｈ ｏ． Ｗ ｎ— Ｗ Ｙｕ ｎ ｃ ａ ＤＯＵ ｏ ｌｎ Ｄａ —ｏ ｇ
列 比对 、 序列 反 向互 补 、 核酸 统计与翻译 等 。
＇ 囊据库 ｊ 笾！ Ｉ 堡塑堡 壁 ｆ 璧 墨 ｊ！ 叁 要 型 塑 ｌ 矍 墅塑
生物信 息学分析工 具具有重 要 的意 义 。 以基 因组学数 据分析 与挖掘 的基 本需求 为 出发
点， 利用 Ｍ ｃｏｏ ｉ ａ Ｂ ｓ ． ｉ ｓｆ Ｖｓ ｌ ａｉ ６ ０脚 本 ， 发 了一 ｒ ｔ ｕ ｃ 开
匝固
压圃
ห้องสมุดไป่ตู้
匝 画 臣圃
臣圃
圃 口 臣亟亘］ ＝
个 Ｗｉ ｏ ｓ平 台下 使 用 的生 物 信 息 学 软 件 包 ｓ— ｎ ｗ ｄ ｅ
ｑ ｕ ｔ 。Ｓｑ ｕ ｔ Ｈ ｎｅ ｅ Ｈ ｎ ｒ采 用 图 形 界 面 方 式 ， 合 了 ｒ ｅ 整
Ｂｌｓ ａ ｔ一 ２．２． １ 一 ｉ３ 一 ｗｉ３ 一 ８ ａ２ ｎ ２［
第 ８ 第 ４期 卷
２ ０年 １ １ ０ ２月
生 物 信 息 学
Ｃ ｉ ａ Ｊ ｕ ｌｏ ｉｉ ｆｒ ｔ ｓ ｈ ｎ ｏ ｍａ ｆＢ ｏｎ ｏ ｍａｉ ｃ
Ｖ０Ｉ Ｎｏ ４ ｌ８ ．
Ｄｅ ｃ．， ０１ ２ ０
Ｓｑ ｕ ｔ ： 列 搜 索 与 分 析 的 生 物 信 息 学 软 件 包 ｅＨ ｎｅ 序 ｒ
（ ｅａｔ ｎ ｌｎ Ｐ ｔｏ ｇ ， ａ ｇＡ ｒａ ｕａ Ｕ ｉ ｒｔ， ａｆ ｇ２ ０９ Ｃ ｉ ） Ｄｐ ｒ ｔｆＰａｔ ａｈｌ ｙ Ｎ ｎ ｇｉ ｈ ｒｌ ｎｖ ｓｙ Ｎ ｎｎ １ ０５， ｈｎ ｍｅ ｏ ｏ ｃ ｅｉ ｉ ａ
生物学软件_大全
生物学软件大全1.三维分子类RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示CN3D：3D分子结构观察软件WPDB：PDB文件检索显示分析软件DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol：显示并分析分子结构及其特性POV-Rayv：生成三维图像工具软件MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件Mol2Mol：分子文件格式转换软件PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图PLATON：通用结晶学软件工具Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件JMVC：使用JA V A技术编写的三维分子查看器ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包Moilin：分子构建与观察软件Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模Biodesigner：免费的分子建模与显示软件MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件Viewer Activex Control：三维分子显示控件MarvinView：JA V A语言编写的化学分子二维与三维显示程序ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件Amira：高等三维显示建模系统AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件2.DNA分析DNAClub：DNA处理软件JaMBW：分子生物学软件包DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具DNAssist：DNA序列分析工具DNAProbe：核苷酸序列设计工具DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件DFW：DNA分析软件Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具’ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具GBuilder：JA V A语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件3.RNA分析RNAdraw：RNA二级结构分析软件RNAstructure：预测RNA 级结构图RnaViz：RNA二级结构图绘制程序4.蛋白质分析ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包pSAAM：蛋白序列分析软件包VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包5.生化教学mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来linpath.zip：线性酶反应模拟软件protlab：蛋白质纯化仿真软件MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序Biochem：生化教学文件photo：光合作用教学程序Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序6.生化工程brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件BioStat：BioStatB发酵罐控制程序PenSimv：青霉素发酵模拟软件BioProSim：发酵实时模拟软件7.序列格式转换vised：序列输入分析和格式转换软件ForCon：多序列文件格式转换软件SeqVerter：序列格式转换软件GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件RevComp：序列格式转换软件8.引物分析primer Premier 5.0：引物设计工具Oligo：引物分析著名软件Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序9.序列综合分析pcgene：分子生物应用软件MACAW：多序列构建与分析软件Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件Clustal X：ClustalWWindows界面程序FASTA：数据库中查找同源序列软件GeneDoc：对序列进行相关分析等操作BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit：序列编辑器与分析工具软件DAMBE：综合性序列工具软件LaserGene：综合性序列工具软件SeaView：图形化多序列队列编辑器Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器DNASIS：序列综合分析工具Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具Vector NTIViewer：载体查看软件Jellyfish：多功能序列分析软件ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件Staden：综合序列分析工具软件包Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序ISYS：NCGR开发的用JA V A语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件10.进化树分析phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树TreeView：进化树处理软件GeneTree：比较基因与种系进化树的程序NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件Phyltools：计算与处理进化树数据的软件tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具ATV：JA V A语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件TREECON：构建和绘制进化树的软件包ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件11.质粒绘图Plasmid Processor：绘制质粒图软件Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者WinPlas：质粒绘图软件商业版DMUP：环状质粒绘图软件测试版Plasmid Toolkit：质粒绘制软件pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版SimVector：质粒图绘制软件12.图像处理Image Tool：科学用途的处理图像软件Image J：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件Cross Checker：基因指纹图分析软件ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件Band Leader：凝胶图像处理软件Scion lmage：图像处理与分析工具OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件Melanie 3 Viewer：免费Melanie图像查看器Smart Draw：流程图绘制软件演示版GIMPWin：图像处理自由软件ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版SigmaGel：凝胶图像分析软件TotalLab：图像分析软件Lablmage：凝胶图像分析软件GelDiff：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JA V A软件Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JA V A软件QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件13.数据处理CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件Cliekh Graph：实验数据作图软件Statistica：专业统计软件GraphPad PRISM：著名的数据处理软件NoSA：中文非典型数据统计分析系统CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件SigmaPlot：绘图和数据分析软件包30天全功能评估版SYSTAT：数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版SigmaStat：智能统计软件30天全功能演示版PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件DATb：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件14.检索与阅读PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件NetRoseBrowser：PDG格式浏览器Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件EndNote：专业参考文献查询软件Reference Manager：专业参考文献查询软件Procite：参考资料检索管理软件Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件MiniViewer：数图阅览器Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件Refs：参考文献管理软件Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件paperworks：免费的参考文献管理软件KD：知识仓库建库管理系统15.基因芯片AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件AMAD：微数组数据库ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件16.其他功能软件digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式Graph Paper：坐标纸打印软件DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序arlequin：人口遗传学软件正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件FBAT：家族遗传相联检验的统计程序GGT32：图形化基因型表示软件CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件Jarnac：代谢过程模拟软件包Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件BCT：微生物趋向性模拟程序StochSim：随机生物化学反应模拟软件Bio_MW：生物化学分子量计算软件MatchCode：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件Map Manager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件Canvas：绘图软件免疫室管理系统：中文免疫室综合软件Cyrillic：家谱绘图软件Frozen Cell Stock Monitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件DBsolve：代谢及酶—受体结合模拟软件boxit：管理生物样品的数据库系统GRR：检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件健康药霸：药典类的软件AceDB：基因组数据库软件MAPL98、DIAL98与GEST98：El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件PED：系谱(Pedigree)绘制软件PEDRAW：系谱(Pedigree)绘制软件quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR实验的Excel文件BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件MestRe-C与MestRe-CnD：分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件ACD/SpecViewer：免费光谱数据显示软件ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR用来显示ACD/NMR Predictors预测的所绘化学结构式Viewer：磁共振图谱文件的免费软件WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件TestDNA：根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件Cylchred：细胞周期分析(CELLCYCLEANALYSIS)软件gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件生物五笔：生物医学专业输入法17.化学绘图ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件及其汉化版ACD/ChemSketch及ChemBasic：绘制分子结构的免费软件5.0版本及其汉化版Chemfont：化学符号与TureType字体，可以在Word中直接插入文章中clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片ISIS DRAW：绘制化学结构式的免费软件AutoNom：ISIS／Draw软件的插件(自动生成符合IUPAC命名规则的化合物名称) ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件MarvinSketch：JA V A语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序ACD/Structure Drawing Applet：绘制化学结构式免费JA V A小程序ChemPen：绘制化学结构式软件ChemPen+：绘制化学结构式软件ChemPen：绘制化学结构式软件18.化学应用mmcalc.exe：分子量计算器hxfc.zip：化学方程式配平软件cmcalc10.exe：化学试剂制备计算器alkne.exe：有机化学命名练习程序chembl32.zip：Windows95下的免费化学方程式配平程序periodic.zip：小巧的元素周期表ptab32.zip：高级元素周期表CAF：计算机辅助配方软件CFT：化学式教师元素屋：查询112种元素的各个信息的中文软件化学反应方程式编辑器：制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等CRS：化学反应方程式配平器Model ChemLabv：化学实验教育软件及其汉化版periodic.exe：免费的元素周期表化学品电子手册：一个综合性的化学品手册19.在线综合工具Biology Workbench：基于WEB的生物学综合工具sewer：网上常用在线工具集合，本地版20.在线蛋白工具BCM Search Launcher：蛋白序列二级结构预测综合站点DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具PSIpred-MEMSAT：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等TMpred：预测蛋白序列跨膜区TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务CoPreThi：基于INTERNET的JA V A程序，预测蛋白的跨膜区TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务21.RNA analysisPattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的常用RNA在线分析工具DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具解链温度计算器：JA V A语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。
DNAman使用方法教学课件ppt
基因组浏览器
总结词
DnaMan具备可视化基因组浏览器，方便用户查看基因组结构和基因注释。
详细描述
DnaMan的基因组浏览器支持多种基因组数据可视化展示，包括基因注释、基因 转录本、SNP、重复序列等，可帮助用户深入分析基因组结构及功能。
分子进化分析
总结词
DnaMan支持分子进化分析，可探究物种间的亲缘关系和演 化历程。
详细描述
DnaMan的分子进化分析功能包括多种进化树构建方法，如 NJ树、MP树、ML树等，并提供了丰富的分子进化分析工具 ，如PAML、CODEML等。
04
DnaMan使用中的常见问题及解决 办法
序列导入问题
总结词
在导入序列时遇到的各种问题，如格式不正确、文件名限制等。
详细描述
DnaMan支持多种格式导入，如FASTA、GenBank等，但常因格式问题导致 导入失败；另外，序列文件名中不能含有特殊字符，否则无法导入。
DnaMan具备强大的序列编辑、可视化和注释功能，同时提 供了大量内置的分析工具和数据库，方便用户进行各种生物 信息学研究。
DnaMan的起源与发展
1
DnaMan起源于20世纪90年代末期，由美国一 家生物技术公司开发。
2
经过多年的发展和不断更新，DnaMan已经成 为了生物信息学领域中广受欢迎的工具之一。
插入视频
添加注释
在课件中插入DnaMan软件操作视频，以 便学生更好地了解软件操作流程和功能使用 方法。
对于一些复杂的操作和功能，可以添加注释 来帮助学生更好地理解和记忆。
演示教学课件的技巧
熟悉课件
在演示教学课件前，需要熟悉课 件的内容和排版，以便更好地讲 解。
互动教学
生物信息学软件介绍-53页文档
移动（threading， sequence-structure alignment) ，由一个函数（sequence-structure fitness alignment) 判断序列与结构类的符合程
度，找出未知序列在目标结构上的能量最优和
构象最稳固的比对位置。对计算机要求很高。
Cn3D 2.5 显示 1EQF A链三维结构
X射线晶体学技术和多维核磁共振技术是当前 人们认识蛋白高级结构的主要手段，但两种技 术都有不足之处。前者要求必需得到高标准的 蛋白晶体，后者对分子量大于3万的大蛋白不 能测定。因此理论模拟和结构预测显得十分重 要。
序列与结构关系的根源在于“蛋白质折叠的问 题”，这是近期研究关注的焦点。
DNASIS 2.5 蛋白二级结构预测
用软件设计PCR引物，测序引物 或杂交探针，设计克隆策略，构建 载体，做模拟电泳实验，即模拟核 酸内切酶或内肽酶对相应的底物分 子切割后的电泳行为。蛋白跨膜区 域分析，信号肽潜在断裂点预测。
Winplas 2.6 质粒构建
Atheprot 5.0 预测蛋白跨膜区域
Antheprot 5.0 预测信号肽断裂点
对引物的修饰一般是增加酶切位点，应参考载 体的限制酶识别序列确定，常常对上下游引物 修饰的序列选用不同限制酶的识别序列，以有 利于以后的工作。
关于引物的自动搜索和评价分析
推荐使用自动搜索软件：
Primer Premier 5.0
推荐使用引物评价软件：
Oligo 5/6
OLIGO 5.0 PCR 引物设计
EBI (欧洲)
/index.html
其他重要数据库
酵母基因组数据库（SGD） 酵母蛋白质数据库（YPD） 拟南芥数据库（AtDB） 医学数据库（OMIM） 线虫数据库（ACEDB）
常用生物数据分析软件
常用生物数据分析软件生物数据分析软件是用于处理、分析和解释生物学实验中产生的大规模数据的工具。
这些软件通常具有统计分析、数据可视化和生物信息学工具等功能，它们在生物学研究、医学诊断和药物开发等领域都有广泛的应用。
本文将介绍一些常用的生物数据分析软件。
1.R：R是一种免费且开源的编程语言，它提供了丰富的生物数据分析和可视化工具，如统计分析、机器学习、生物信息学和图形绘制等。
R 语言拥有庞大的用户社区和丰富的包资源，适用于各种生物学数据分析任务。
2. Python：Python是另一种常用的编程语言，它也具备强大的生物数据分析能力。
Python拥有多个生物学数据处理和分析库，如NumPy、Pandas和BioPython等。
Python的易学性、可扩展性和广泛的应用领域使其成为生物学数据分析的首选工具之一3.MATLAB：MATLAB是一种专业的科学计算和数据可视化软件，在生物学数据分析领域有广泛的应用。
它提供了丰富的统计分析和机器学习工具包，可用于生物数据的处理、分析和建模等任务。
4.SPSS：SPSS是一种常用的统计分析软件，它具有直观的用户界面和广泛的统计分析功能。
SPSS可以对生物学数据进行描述性统计、方差分析、回归分析和聚类分析等，并生成相应的报告和图表。
5.SAS：SAS是一种专业的统计分析软件，也被广泛用于生物学数据分析。
SAS拥有强大的数据管理和数据分析功能，可用于处理和分析大规模的生物学数据集。
6. Partek Genomics Suite：Partek Genomics Suite是一种专门用于基因组学和转录组学数据分析的软件。
它提供了丰富的生物学数据分析工具和流程，可用于差异表达分析、通路分析和功能注释等任务。
7. Ingenuity Pathway Analysis (IPA)：IPA是一个用于通路分析和功能注释的软件。
它能够对基因表达数据进行通路分析和功能注释，并提供生物学上下游调控网络的图形可视化。
生命科学中常用的软件及其应用
生命科学中常用的软件及其应用生命科学是一个涉及多个学科交叉的领域，其中运用到的软件非常丰富。
这些软件可以帮助生命科学研究人员完成从基因组测序到蛋白质结构分析的各种复杂任务。
在这篇文章中，我们将介绍一些生命科学中常用的软件及其应用，帮助读者更好地了解这个领域。
1. BLASTBLAST（基本局部序列比对工具）是基因组测序领域中最常用的软件之一。
它可以在数据库中进行序列比对，并根据相似性评分进行排序和过滤。
BLAST的应用非常广泛，包括在基因组测序和蛋白质结构分析中用于序列比对，DNA和蛋白质序列注释，以及进化分析等。
2. CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench是一个功能强大的基因组分析软件，可以用于基因组测序和生物信息学分析。
它可以处理各种不同类型的数据，包括RNA测序数据、DNA测序数据和蛋白质序列数据。
使用该软件，科学家可以进行基因组组装、基因表达分析、SNP检测、CNV分析等多种复杂的分析任务。
3. PyMOLPyMOL是一个用于分子可视化和分析的软件。
它可以用于可视化蛋白质、DNA和RNA结构，以及与其他分子的相互作用。
在生物学研究中，PyMOL被广泛用于研究蛋白质结构和功能。
化学公式、分子等多种形式，都能够被轻松制作出来。
4. RR是一个免费的数据分析软件，主要用于统计分析、数据可视化和预测模型的建立。
在生命科学中，R被广泛用于基因表达分析、蛋白质结构预测、生存分析等多个领域。
它是生命科学研究者进行大规模数据分析的首选工具之一。
5. CytoscapeCytoscape是一款网络分析软件，用于研究生物分子间的相互作用，例如蛋白质-蛋白质相互作用，基因调控网络等。
Cytoscape具有丰富的图形界面，可以使用各种插件来进行网络建模、可视化和分析。
6. HMMERHMMER是用于进行隐马尔可夫模型（HMM）建模和分析的工具软件。
在生命科学领域，HMMER被用于进行蛋白质序列比对和蛋白质家族分类。
生物软件简介介绍
进程。
生物信息学在农业科学研究中的应用
02
通过生物软件分析农作物基因组数据，为育种改良提供理论支
持。
生物信息学在环境科学中的应用
03
利用生物软件分析环境样本数据，揭示环境变化对生物的影响
。
05
生物软件发展趋势与挑战
技术创新与突破趋势预测
人工智能与机器学习
随着人工智能和机器学习技术的发展，生物软件将更加智 能化，能够自动处理和分析大量数据，提高预测和分析的 准确性。
基因表达分析
通过生物软件对转录组数 据进行处理，分析基因表 达谱，研究基因在不同条 件下的表达情况。
基因功能研究
利用生物软件预测基因功 能，并通过实验验证，为 药物研发、疾病治疗等提 供理论支持。
蛋白质组学研究领域应用案例
蛋白质鉴定
通过生物软件对蛋白质进行鉴定 ，确定蛋白质的种类、数量和修 饰情况。
蛋白质相互作用研
究
利用生物软件分析蛋白质之间的 相互作用，揭示蛋白质网络结构 和功能。
蛋白质结构预测
通过生物软件对蛋白质结构进行 预测，为药物设计、疾病治疗等 提供理论依据。
系统生物学研究领域应用案例
1 2
代谢网络构建
利用生物软件分析代谢组数据，构建代谢网络模 型，揭示生物体内代谢过程的相互关系。
疾病发生发展机制研究
通过生物软件分析疾病相关数据，揭示疾病发生 发展的分子机制，为药物研发提供靶点。
3
系统生物学在生态学中的应用
利用生物软件分析生态系统中生物与环境之间的 相互作用，揭示生态系统结构和功能。
其他领域应用案例分享
生物信息学在药物研发中的应用
01
利用生物软件对药物作用靶点进行预测和验证，加速新药研发
生物信息学工具
生物信息学工具
生物信息学是一门利用计算机技术来处理和分析生物数据的学科。
在生物信息学中，有许多工具可以帮助研究人员处理和分析生物数据，以下是其中一些常见的工具：
1. 序列比对工具：如BLAST、ClustalW、MUSCLE 等，可以帮助研究人员比较不同序列之间的相似性。
2. 基因注释工具：如GENSCAN、Augustus 等，可以帮助研究人员预测基因的位置和功能。
3. 蛋白质结构预测工具：如I-TASSER、Rosetta 等，可以帮助研究人员预测蛋白质的三维结构。
4. 基因组浏览器：如UCSC Genome Browser、IGV 等，可以帮助研究人员浏览和分析基因组数据。
5. 数据可视化工具：如BioVenn、Circos 等，可以帮助研究人员可视化生物数据之间的关系。
这些工具只是生物信息学中众多工具的一部分，随着生物信息学的发展，还会有更多新的工具出现。
常用的生物信息学软件的介绍和文献依据
BioWarehouse
一个生物信息学数据仓库整合工具包
birgHPC
为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版
Biskit
python编写的一个结构生物信息学软件平台（库）
BisoGenet
一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件
一个促进高通量测序分析的基于云计算的框架
ESBTL
用于生物大分子结构和几何分析的高效PDB剖析器和数据结构
Expander
一个整合的基因表达数据分析软件平台，支持微阵列数据
分析的所有阶段
ExpressionPlot
一个分析RNA-Seq和微阵列基因表达数据的基于网络的框架
EZ-Viz
用标签和按钮简化PyMOL中分子查看
ChIPpeakAnno
一个注释ChIP-seq和ChIP-chip数据（峰）的Bioconductor包
ChIPseqR
核小体定位和组蛋白修饰ChIP-seq实验分析
Chipster
用于微阵列和其他高通量数据的用户友好的分析软件
CisGenome
一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统
病毒的传播和重组事件
J-Express
使用Java来探索基因表达数据
Jalview
Java多重序列比对编辑器
Java Treeview
微阵列数据可视化，树状图查看
JBrowse
下一代基因组浏览器，通过平滑地动态移动，缩放，导航基因组注释
jClust
一个聚类和可视化工具箱
JColorGrid
生物学测量值可视化，绘制热图，颜色网格等
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
25%，40%
CH-HIT
序列相似性比对软件
DOS下运行 最低的序列相似性为40%
PSIPRED
PSIPRED
(Position Specific Iterated PRED) Server是一个预测蛋白质二级结构的服务器
ChEMBL
ChEMBL
is a database of bioactive drug-like small molecules.
生物信息学软件
JASPAR ConSite
TRANSFAC
rVista
2.0 MEME Weblog
PISCES CH-HIT PSIPRED ChEMBL David
转录因子结合位点
转录因子：能够结合在某基因上游特异核苷
酸序列上的蛋白质，活化后从胞质转位至胞 核，通过识别和结合基因启动子区的顺式作 用元件,启动和调控基因表达 转录因子结合位点：转录因子结合位点是转 录因子调节基因表达时，与转录因子结合的 区域
duplication) 而被区分开(separated)：若生物体中的某个基 因被复制了，那么两个副本序列就是旁系同 源的。 肌红蛋白(myoglobin)和血红蛋白(hemoglobin) 被认为是古老的旁系同源体
ConSite
ConSite
is a user-friendly, web-based tool for finding cis-regulatory elements in genomic sequences. Predictions are based on the integration of binding site prediction generated with highquality transcription factor models and crossspecies comparison filtering
JASPAR
是收集有关转录因子与DNA 结合位 点模体(motif)的最全面的公开的数据库, 该数 据库是由哥本哈根大学维护。 JASPAR 数据库中所包含的数据, 都经过严格 筛选, 有确切的实验依据, 通过计算机辅助软 件进行整合识别匹配并用生物学手段进行注 释
JASPAR
(1)
如何得到位置矩阵
位置矩阵如何打分
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
Phylogenetic footprinting
Phylogenetic
footprinting is a technique used to identify transcription factor binding sites (TFBS) within a non-coding region of DNA of interest by comparing it to the orthologous sequence in different species.
JASPAR CNE
JASPAR
CNE is a collection of 233 matrix
profiles By clustering of overrepresented motifs from human conserved non-coding elements. The biochemical and biological role of most of these patterns is still unknown
Weblogo基于多序列比对信息，把多序列的保
守信息通过图形表示出来。每个logo由一系 列碱基（氨基酸）组成，在每一个序列位置 上用总高度表示此位置上的序列保守性，用 碱基（氨基酸）字母的高度表示出现的频率
PISCES
序列相似性比对软件
进行序列相似性比对 蛋白质预测时序列相似性一般选取：
contains 2-D structures, calculated properties (Molecular Weight) and bioactivities ( binding constants, pharmacology).
ChEMBL
MEME
Motif-based
sequence analysis tools 寻找DNA，RNA和蛋白质的共有序列 可以在启动子区域搜寻TFBS的结合位点 可以搜寻蛋白质家族的模体(motif)
Weblog
rVista
combines database searches with comparative sequence analysis, reducing the number of false positive predictions by ~95% while maintaining a high sensitivity of the search
同源序列可分为两种：直系同源(orthology)和
旁系同源(paralogy)。 直系同源的序列因物种形成(speciation)而被 区分开(separated)：若一个基因原先存在于某 个物种，而该物种分化为了两个物种，那么 新物种中的基因是直系同源的。 啮齿动物和人类
旁系同源的序列因基因复制(gene
JASPAR CORE (2) JASPAR CNE (3) JASPAR FAM (4) JASPAR PBM (5) JASPAR PBM_HLH (6) JASPAR PBM_HOMEO
JASPAR_CORE 核心数据库
The
JASPAR CORE database contains a curated, non-redundant set of profiles, derived from published collections of experimentally defined transcription factor binding sites for eukaryotes. The prime difference to similar resources (TRANSFAC, etc) consist of the open data access, non-redundancy and quality.
同源
若两个或多个结构具有相同的祖先，则称它
们同源(Homology) 这里相同的祖先既可以指演化论意义上的祖 先，即两个结构由一个共同的祖先演化而来， 也可以指发育意义上的祖先，即两个结构由 胚胎时期的同一组织发育而来。
直系同源与旁系同源
如果两个基因有着几乎一样的DNA序列，那
么它们很可能同源 。
By
incorporating evolutionary constraints, selectivity is increased by an order of magnitude as compared to single-sequence analysis
TRANSFAC
rVista 2.0
Analyzing
novel sequences for the presence of known transcription factor binding sites or their weight matrices produces a huge number of false positive predictions that are randomly and uniformily distributed.
TRANSFAC数据库是关于转录因子、结合位
点和与DNA结合的profiles的数据库。
由SITE、GENE、FACTOR、CLASS、
MATRIX、CELLS、METHOD和 REFERENCE等数据表构成。
Match - 1.0 Public
Match
is a weight matrix-based program for predicting transcription factor binding sites (TFBS) in DNA sequences. It uses a library of positional weight matrices from TRANSFAC® Public 6.0.