复旦大学医学遗传学课件case-control-TDT分析
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第七章微生物遗传复旦大学普通微生物学课件
（二）噬菌体的感染实验
1953年美国人Hershey和Chase用放射性同位素方法，提 供了DNA是噬菌体遗传物质的直接证据。
用含32P和35S的培养基培养大肠杆菌H，再用被标记的大肠 杆菌Ｈ培养Ｔ2噬菌体，直至完全标记上32P和35S的T2噬菌体为 止。用标记的T2噬菌体侵染没有标记的大肠杆菌Ｈ，结果表 明，Ｔ2噬菌体外壳蛋白中有35S放射性并与细菌的细胞壁连接， 而DNA部分则有32P放射性并进如细菌的细胞质中。这一事实说 明，在噬菌体侵染细菌过程中蛋白质外壳留在细菌细胞外， 只有DNA进入了细胞，又一次证明遗传物质是DNA，而不是蛋 白质。
降解质粒以其所分解的底物命名，例如， CAM（樟脑）质粒， OCT（辛烷）质粒， XYL（二甲苯）质粒， SAL（水杨酸）质粒， MDL（扁桃酸）质粒， NAP（萘）质粒， TOL（甲苯）质粒等
“超级菌”
通过遗传工程手段构建 具有数种降解质粒的菌 株，具有广谱降解能力 的工程菌。
（一）转化实验 最早进行转化（transformation）实验的是F. Griffith（
真核生物的基因一般无操纵子结构。
大肠杆菌基因组
4100个基因，4.7×106bp 遗传信息的连续性,共价、闭合、环状 功能相关的结构基因组成操纵子 结构基因单拷贝及rRNA多拷贝 基因的重复序列少而短
质粒——原核生物遗传物质存在的一种方式
质粒：一种独立于染色体外，能进行自主复制的细胞
质遗传因子，主要存在于各种微生物细胞中。
（2）R质粒（R plasmid）
称R因子（R factor）、抗性因子（ resisitrance plasmid ），包括抗 药性和抗重金属二大类
R质粒一般由两个相连的DNA片段组成
医学遗传学课件
1967
1968
Interpretation of the genetic code
Holley RW Khorana HG Nirenberg MW
1977, Sanger F DNA sequencing
198011
Sanger F
1979, Kan YW 简悦威 Gene diagnosis (RFLP)
alkaptonuria(AR)(尿黑酸尿）
1908, Hardy GH & Weinberg W
Law of Genetic Equilibrium
1909, Nilsson-Ehle H
Multifactorial inheritance
（多因子遗传）
1910, Morgan TH & his students
1953, Watson JD & Crick FHC DNA double helix structure 21962
DNA double helix structure
1952, Hsu TC 徐道觉 hypotonic shock
1956, Tjio JH（蒋有兴）; A.Levan
首次正确地确定了人类染色体数为46
Medical Genetics
1
❖ Few areas of science and medicine are seeing advances at the pace we are experiencing in the related fields of genetics and genomics.
--Thompson & Thompson Genetics in
Medicine - Elsevier 8th ed.,
医学遗传学讲稿
医学遗传学绪论医学遗传学是将遗传学理论应用于临床医学实践，研究人类疾病与遗传关系的一门新兴学科，已成为现代生物医学的重要组成部分。
本课程是一门理论联系实际的科学，通过本课程的学习，不仅要掌握遗传学基本的原理和规律，还要着重培养学生对临床上常见遗传病的诊断、检验、预防、治疗及遗传咨询的实际应用能力。
遗传学：是研究生物体遗传与变异现象的本质和规律的科学。
医学遗传学(medical genetics)是将遗传学基本理论与医学实践相结合的一门新学科，是遗传学知识在医学领域中的应用。
狭义的医学只是疾病的治疗和机体有效功能的极限恢复，广义的医学还包括中国养生学和由此衍生的西方的营养学。
二三、分科与地位•分支学科众多，生化遗传、分子遗传、细胞遗传、肿瘤遗传、体细胞遗传、基因工程•地位：对临床遗传病的研究、对优生工作、对卫生保健医学遗传学的研究对象研究人类由遗传物质改变引起疾病（即遗传病：genetic disease）的形成机制、传递规律、诊断、治疗、预后、再发风险和预防措施等，以期达到控制遗传病在一个家庭中的再发和降低它在人群中危害的目的。
四、医学遗传学的研究方法及研究现状（一）、医学遗传学的研究方法１．系谱分析法２．群体筛选法３．双生子法４．伴随性状研究５．实验室检查法双生子是人类性状和疾病遗传学研究的极好材料。
同卵双生子(Monozygotictwins，MZ)具有基本相同的遗传物质，表型特征极为相似。
同卵双生子之间的差异可以排除遗传因素的作用，所以可以研究不同环境因素对表型的影响。
异卵双生子(Dizygotictwins，DZ)具有50%相同的遗传物质，其在特点上无异于两次不同妊娠的同胞，但双生子同胞之间具有相同的年龄，进行比较时可以避免年龄的混杂，同时也可以排除不同子宫环境对胎儿发育及成人期疾病所带来的影响。
最早提出并应用双生子法的是Galton(1876)，他曾应用这种方法研究遗传与人类智力和才能的关系。
遗传学--ppt课件全篇
真核生物一个mRNA只编码一个基因；原核生 物一个mRNA编码多个基因
遗传密码与蛋白质的翻译
遗传密码
遗传密码的基本特性
• 遗传密码为三联体 • 遗传密码不重叠（少数例外），在一个mRNA上每个核苷
三点测交
干扰与并发
一个单交换发生后，在它邻近再发生第二个单交换的 机会就会减少，这种现象称为干扰或干涉 （interference，I ）
对于受到干扰的程度，通常用并发系数或符合系数 （coefficient of coincidence，C ）来表示
并发系数 = 实际双交换值 / 理论双交换值
非整倍体
超倍体（hyperploidy）
指体细胞中多若干条染色体的个体 超倍体的来源
• 由于减数分裂时个别染色体行为异常所致 n +1 配子与 n 配子结合形成三体（trisomy）
• 两个相同的 n + 1 配子结合形成四体（tetrasomy） 两个不同的 n + 1 配子结合形成双三体（double trisomy）
X三体综合征 Klinefelter （克氏）综合征
（又称小睾丸症）
超Y综合征
典型核型
45，X 47，XXX 47，XXY
47，XYY
主要特征
卵巢发育不全，呈索条状，不育，乳房不发育，蹼颈， 肘外翻 大多患者外表正常，内外生殖器、性功能一般正常，少 数卵巢功能异常。有生育能力或不育等
先天性睾丸不发育，智力低下，乳房发育等
Cy + +S
+S ×
Cy +
Cy +
Cy +
Cy +
+S
Cy - 果蝇翘翅基因
+S
遗传密码与蛋白质的翻译
遗传密码
遗传密码的基本特性
• 遗传密码为三联体 • 遗传密码不重叠（少数例外），在一个mRNA上每个核苷
三点测交
干扰与并发
一个单交换发生后，在它邻近再发生第二个单交换的 机会就会减少，这种现象称为干扰或干涉 （interference，I ）
对于受到干扰的程度，通常用并发系数或符合系数 （coefficient of coincidence，C ）来表示
并发系数 = 实际双交换值 / 理论双交换值
非整倍体
超倍体（hyperploidy）
指体细胞中多若干条染色体的个体 超倍体的来源
• 由于减数分裂时个别染色体行为异常所致 n +1 配子与 n 配子结合形成三体（trisomy）
• 两个相同的 n + 1 配子结合形成四体（tetrasomy） 两个不同的 n + 1 配子结合形成双三体（double trisomy）
X三体综合征 Klinefelter （克氏）综合征
（又称小睾丸症）
超Y综合征
典型核型
45，X 47，XXX 47，XXY
47，XYY
主要特征
卵巢发育不全，呈索条状，不育，乳房不发育，蹼颈， 肘外翻 大多患者外表正常，内外生殖器、性功能一般正常，少 数卵巢功能异常。有生育能力或不育等
先天性睾丸不发育，智力低下，乳房发育等
Cy + +S
+S ×
Cy +
Cy +
Cy +
Cy +
+S
Cy - 果蝇翘翅基因
+S
遗传系谱图的分析(优秀版)ppt课件
1、下图为人类一种稀有遗传病的家系图 谱。请推测这种病最可能的遗传方式是：A
示示 正患 常病 男男 女女
A、常染色体显性遗传 B、常染色体隐性遗传 C、X染色体显性遗传 D、X染色体隐性遗传 E、Y染色体遗传
ⅠⅡ
2、为了说明近亲结婚的
危害性，某医生向学员分析
1
2
讲解了下列有白化病和色盲
两种遗传病的家族系谱图。 3
45
6
设白化病的致病基因为a，色 Ⅲ
盲的致病基因为b。请回答： 7 8 9 10
（1）写出下列个体可能的基因型： Ⅲ8 aaXBXB或aaXBXb ； Ⅲ10 AAXbY或AaXbY 。
（2）若Ⅲ8和Ⅲ10结婚，生育子女 中只患白化病或色盲一种遗传病的概率
为 5/12 ；同时患两种遗传病的概率 为 1/12 。 患的遗（传3）病若是Ⅲ白9和化Ⅲ病7结和婚色，盲子病女，中发可病能的概率为
示正常男女 示色盲男女 示白化男女 示白化、色 盲兼患男女
5/12 。
分析：(2) 白化病 aa×2/3Aa→1/2×2/3＝1/3
正常为 1－1/3＝2/3
色盲病 1/2XBXb×XbY→1/2×1/2＝1/4
正常为 1－1/4＝3/4
只患白化病 1/3×3/4＝3/12 只患色盲病 1/4×2/3＝2/12
两病兼患 1/3×1/4＝1/12 全为正常 2/3×3/4＝6/12
(3)
白化病 aa×2/3Aa→1/2×2/3＝1/3
正常为 1－1/3＝2/3
色盲病 1/2XBXb×XBY→1/2×1/4＝1/8
正常为 1－1/8＝7/8
只患白化病 1/3×7/8＝7/24 只患色盲病 1/8×2/3＝2/24
《医学遗传学》课件 单基因遗传病 ppt
O
B，O
A，AB
B，O
A，AB
A，A，AB
O
A，B
AB，O
A，B，AB
O
O
A，B，AB
（4）不规则显性（irregular dominance）：
在特定的AD遗传病，部分杂合子个体由于致病基 因因未知原因不表现出相应的性状而表现为正常人， 在系谱中出现隔代遗传。
➢多指（polydactyly postaxial) ，基因座：11q31-q34
单基因遗传病研究方法——系谱分析法：
➢系谱 (pedigree，又称家系图）：是指从先证者入手，追 溯调查其家系所有成员的亲属关系，以某种遗传病或性状 为依据，按一定格式绘制成的图解。 ➢先证者(proband)：指家系中被发现的第一个患病(或具有 所研究的性状)的成员。
AD
AR
系谱
XD Ⅰ 1
①Hb Bart’s胎儿水肿综合征 (hydrops fetalis syndrome)
(- -/- -)
▪发病机理：Hb Bart γ4
▪ 临床症状： 胎儿严重水肿，导致自发性流
产或出生后不久死于严重水肿。
▪ 遗传方式：AD
②Hb H病 (- -/α-) Hb H(β4)达4 ~ 30%
▪中度溶血性贫血、黄疸、肝脾肿大
有耳垂
Rr
父
母
耳
垂
的
性
有耳垂 状
?
Rr
子
女
耳
无
耳 rr
垂 的
垂
性
状
等位基因(allele):位于染色体同一基因座上的基因。
RR、Rr rr
等位基因
显性基因R 隐性基因r
医学遗传学课件：05 第五章 单基因疾病的遗传
4、近亲婚配时，子女的发病风险比非近亲婚配 高，而且疾病愈是少见这种倾向愈是明显。
I
1
2
II
1
2
3
4
5
6
III
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
IV 1 234567
8 9 10
22 11 12
13 14
一例白化病系谱
近亲婚配时，子女的发病风险比非近亲婚配高 患者双亲都没有病时，他们肯定是携带者
将B、C、D 三项相加得到 7/16，这样在生两个孩子的家庭 中AR 的比例就接近 1/2。
¼ 的正常人； ¼ 为患者； ½ 的为携带者
不完全确认的校正 ：先证者法
软骨发育不全症就是一种不完全显性遗传。
杂合体患者 ( Aa ) 在出生时表现出体态异常： 四肢粗短、躯干相对较长、垂手不过髋关节；手指 短粗，各指平齐；前额突出、马鞍形鼻梁、下颏前 凸；腰椎明显前凸、臀部后凸、下肢常向内湾。上 述症状是由于骨骺端软骨细胞形成及骨化障碍，影 响骨的增长所至。
而本病的纯合体患儿 ( AA ) 病情严重，多死 于胎儿期或新生儿期。
I
1
II
2
3
4
1
2
3
4
III
1 23
4
一个多指的家系（外显不全）
外显率
外显率：指一定基因型个体形成一定表 型百分率，如果外显率是100%，称为完全外 显(如软骨发育不全）；低于100%的称为不 完全外显。
遗传背景与修饰基因
遗传背景（ genetic background )：指除 某一性状或者疾病的基因以外的个体的全部基因。
O
B，AB B，AB
----
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IV 1 234567
8 9 10
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一例白化病系谱
近亲婚配时，子女的发病风险比非近亲婚配高 患者双亲都没有病时，他们肯定是携带者
将B、C、D 三项相加得到 7/16，这样在生两个孩子的家庭 中AR 的比例就接近 1/2。
¼ 的正常人； ¼ 为患者； ½ 的为携带者
不完全确认的校正 ：先证者法
软骨发育不全症就是一种不完全显性遗传。
杂合体患者 ( Aa ) 在出生时表现出体态异常： 四肢粗短、躯干相对较长、垂手不过髋关节；手指 短粗，各指平齐；前额突出、马鞍形鼻梁、下颏前 凸；腰椎明显前凸、臀部后凸、下肢常向内湾。上 述症状是由于骨骺端软骨细胞形成及骨化障碍，影 响骨的增长所至。
而本病的纯合体患儿 ( AA ) 病情严重，多死 于胎儿期或新生儿期。
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III
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一个多指的家系（外显不全）
外显率
外显率：指一定基因型个体形成一定表 型百分率，如果外显率是100%，称为完全外 显(如软骨发育不全）；低于100%的称为不 完全外显。
遗传背景与修饰基因
遗传背景（ genetic background )：指除 某一性状或者疾病的基因以外的个体的全部基因。
O
B，AB B，AB
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复旦大学上海医学院医学遗传学名词解释
医学遗传学名词解释第一章绪论1.medical genetics（医学遗传学）是用人类遗传学的理论和方法研究遗传病从亲代到子代的特点和规律、起源和发生、病理机制、病变过程及其与临床关系（诊断、治疗和预防）的一门综合性学科。
2.genetic disease（遗传病）细胞内的遗传物质在数量、结构和功能方面发生改变所引起的疾病。
其发生需要有一定的遗传基础；通过这种基础，能按一定方式传给后代。
在现代医学中，遗传病的概念有所扩大，逐渐强调环境因素所起的作用。
3.somatic cell genetic disorder（体细胞遗传病）是指只能在特异的体细胞中发生的遗传病，不能在世代间垂直传递。
体细胞基因突变是此类疾病发生的基础。
主要包括恶性肿瘤、白血病、自身免疫缺陷病、衰老等。
在经典的遗传病的概念中，并不包括此类疾病。
4.recurrence risk（再发风险率）是指病人所患的遗传病在家系亲属中再次发生的风险率。
第二章人类基因1.gene（基因）是DNA（或RNA）分子上具有遗传效应的特定核苷酸序列，是细胞内遗传物质的结构和功能单位，可以通过细胞内RNA和蛋白质的合成，决定生物的性状。
2.genome（基因组）是指包含在该生物的DNA（部分病毒是RNA）中的全部遗传信息的总和，也就是单倍体细胞中的全部基因的总和。
人类基因组包括核基因组和线粒体基因组。
3.solitary gene（单一基因）也称单一序列。
是指在一个单倍体基因组中只有一个拷贝的基因。
4.gene family（基因家族）许多基因不是完全单拷贝，属于若干个相似基因的家族，它们进化来源相同，结构、功能相似，称基因家族。
它们可以紧密排列在一起，形成一个基因簇；也可以分散在同一染色体的不同位置，或者存在于不同的染色体上的，各自具有不同的表达调控模式。
5.pseudogene（假基因）是一种畸变基因，其核苷酸序列和有正常功能的基因有很大的同源性；但由于突变而不能表达，因而没有功能。
遗传学第二章-孟德尔式遗传分析课件
遗传学-第二章-孟德尔式遗传分析
遗传学-第二章-孟德尔式遗传分析
Ⅳ、染色体命名 长臂（q）
臂比= 短臂 （p） 根据臂比数值的不同，可将染色体分为以下几
种： 中着丝粒染色体（m）：臂比值介于1.0—1.70 亚中着丝粒染色体（sm）：臂比值介于1.71-3.00 近端着丝粒染色体（st）：臂比值介于3.01—7.00 端着丝粒染色体（t）：臂比值介于7.01—∞
F2隐性植株 数目 % 1850 25.26 2001 24.94 224 24.11 229 25.32 159 26.21 207 24.13 277 26.04
合计
19959 14949 74.90 5010 25.10
遗传学-第二章-孟德尔式遗传分析
孟德尔假设：
1）生物的遗传性状是由遗传因子决定的。 2）每棵植株的每一种性状都分别由一对遗传因子控
预期值
Ei
df(自由度）=n-1
由χ2 和df 可查χ2 表求得P值。统计学上规定： P≦0.05时，实际值与理论值间有显著差异。
遗传学-第二章-孟德尔式遗传分析
四、人类中的孟德尔遗传分析
• （一）人类遗传的系谱分析法 系谱分析（pedigree analysis)
遗传学-第二章-孟德尔式遗传分析
制。因此，每棵植株有许多遗传因子，且都是成 对的。 3）每一个生殖细胞中只含有一对遗传因子的一个。 4）每对遗传因子中，一个来自父本的雄性生殖细胞， 另一个来自母本的雌性生殖细胞。 5）形成生殖细胞时，每对遗传因子相互分开，也就 是分离，然后分别进入生殖细胞。 6）生殖细胞的结合是随机的。
遗传学-第二章-孟德尔式遗传分析
第二章 孟德尔式遗传分析
一、分离定律及其遗传分析
遗传学-第二章-孟德尔式遗传分析
Ⅳ、染色体命名 长臂（q）
臂比= 短臂 （p） 根据臂比数值的不同，可将染色体分为以下几
种： 中着丝粒染色体（m）：臂比值介于1.0—1.70 亚中着丝粒染色体（sm）：臂比值介于1.71-3.00 近端着丝粒染色体（st）：臂比值介于3.01—7.00 端着丝粒染色体（t）：臂比值介于7.01—∞
F2隐性植株 数目 % 1850 25.26 2001 24.94 224 24.11 229 25.32 159 26.21 207 24.13 277 26.04
合计
19959 14949 74.90 5010 25.10
遗传学-第二章-孟德尔式遗传分析
孟德尔假设：
1）生物的遗传性状是由遗传因子决定的。 2）每棵植株的每一种性状都分别由一对遗传因子控
预期值
Ei
df(自由度）=n-1
由χ2 和df 可查χ2 表求得P值。统计学上规定： P≦0.05时，实际值与理论值间有显著差异。
遗传学-第二章-孟德尔式遗传分析
四、人类中的孟德尔遗传分析
• （一）人类遗传的系谱分析法 系谱分析（pedigree analysis)
遗传学-第二章-孟德尔式遗传分析
制。因此，每棵植株有许多遗传因子，且都是成 对的。 3）每一个生殖细胞中只含有一对遗传因子的一个。 4）每对遗传因子中，一个来自父本的雄性生殖细胞， 另一个来自母本的雌性生殖细胞。 5）形成生殖细胞时，每对遗传因子相互分开，也就 是分离，然后分别进入生殖细胞。 6）生殖细胞的结合是随机的。
遗传学-第二章-孟德尔式遗传分析
第二章 孟德尔式遗传分析
一、分离定律及其遗传分析
遗传学第五章 细菌的遗传分析课件
原养型菌落10-5 回复突变率为10-8
遗传学 第五章 细菌的遗传分析
U型管实验
A:Phe- trp- tyr- his＋ 与B: Phe＋ trp＋ tyr＋his-
可滤因子（FA）
遗传学 第五章 细菌的遗传分析
FA的生物学特性
FA与沙门氏菌的温和噬菌体P22在生物学特性上的 一致性： (1)P22的侵染力与和FA的遗传力均可被脱氧核糖
A 细菌
进入裂解周期时， 由于噬菌体颗粒的 错误包装，将A菌 部分染色体片段 包装入噬菌体，形成 转导噬菌体。
B 细菌
遗传学 第五章 细菌的遗传分析
普遍性转导的应用
共转导 是指两个处在同一个转导片段上的基因
一起整合进受体染色体中。共转导频率越 高，两个基因间的距离越近，连锁越紧密。
共转导判断基因间连锁关系
8 locations of remnants of bacteriophage genomes.
Insertion sequences (IS)
遗传学 第五章 细菌的遗传分析
二、大肠杆菌的有性生殖 1、F质粒的结构 （1）转移区（transfer region） （2）复制区（replication region） （3）插入区（insertion region）
4、F’ ×F-
遗传学 第五章 细菌的遗传分析
遗传学 第五章 细菌的遗传分析
五、 中断杂交试验（interrupted mating experiment）和基因定位
1957，Wollman and Jacob
遗传学 第五章 细菌的遗传分析
遗传学 第五章 细菌的遗传分析
遗传学 第五章 细菌的遗传分析
第五章 细菌的遗传分析
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2. ‘LD Mapping’ (indirect method) – ‘exposure status’ not directly measured – Rely on markers correlated with true exposure status • This correlation is due to linkage disequilibrium
APOE gene on c19
..GACTAAGGCCC CCGTTCAAGGAA.. C/T
• Genotype that particular site for association study
7
Genetic epidemiology studies – two different concepts
1. Direct method – Testing whether a particular allele is a disease predisposing (causative) allele – ‘exposure status’ directly measured
Eg: A particular APOE allele (e4) changes protein isoform
Eg: Genotype a nearby genetic marker among study participants
APOE gene on c19
..GACTAAGGCCC CCGTTCAAG…GA CCTG..
C/T
A/G
Rely on correlation (LD) between these alleles to detect association!
4
Genetic Association Studies in Epidemiology
Common Designs:
• Cross-sectional • Case-control • Cohort • Clinical Trial (drug response hypothesis is really a
case-control) • Case-family (trios, sibs, extended families) • Case-only
5
Learning Objectives for This Lecture
✓ Applications for association analyses • Direct versus indirect association • Indirect association: marker-based association
8
Direct Tests
• Test for association between observed genotypes and disease outcome
…CCCCCG … …CCCCCG …
…CCCCCG … …CCTCCG …
…CCTCCG … …CCTCCG …
CC CT TT Total
association
3
Genetic Association Studies in Epidemiology
Applications: • Fine mapping • Candidate gene effects • Whole genome scan • Gene – environment effects • Drug response modification
– Exploits LD • Examples of direct and indirect association studies • Study designs for direct and marker-based (LD)
association
6
epidemiology studies – two different concepts
Case a c e nd
Control b d f nh
Total m1 m2 m3 N
• Directly measure potentially predisposing alleles
9
Indirect Tests
association – Exploits LD between markers and unobserved
disease variants • Examples of direct and indirect association studies • Study designs for direct and marker-based (LD)
alleles/genotypes and disease – Designs to be used
2
Learning Objectives for This Lecture
• Applications for genetic association analyses • Direct versus indirect association • Indirect association: marker-based disease
• Assessing risk for disease due to specific alleles/genotypes
– Contrast direct / indirect genetic association studies
– Discuss genetic models – Tests and estimates of association between
Fudan Genetic Workshop 2005 Genetic Epidemiology in Populations
Genetic Association Studies: Studies with Unrelated Individuals
Yin Yao
yyao@
Fudan Genetic Workshop, Jan 04 2005
APOE gene on c19
..GACTAAGGCCC CCGTTCAAGGAA.. C/T
• Genotype that particular site for association study
7
Genetic epidemiology studies – two different concepts
1. Direct method – Testing whether a particular allele is a disease predisposing (causative) allele – ‘exposure status’ directly measured
Eg: A particular APOE allele (e4) changes protein isoform
Eg: Genotype a nearby genetic marker among study participants
APOE gene on c19
..GACTAAGGCCC CCGTTCAAG…GA CCTG..
C/T
A/G
Rely on correlation (LD) between these alleles to detect association!
4
Genetic Association Studies in Epidemiology
Common Designs:
• Cross-sectional • Case-control • Cohort • Clinical Trial (drug response hypothesis is really a
case-control) • Case-family (trios, sibs, extended families) • Case-only
5
Learning Objectives for This Lecture
✓ Applications for association analyses • Direct versus indirect association • Indirect association: marker-based association
8
Direct Tests
• Test for association between observed genotypes and disease outcome
…CCCCCG … …CCCCCG …
…CCCCCG … …CCTCCG …
…CCTCCG … …CCTCCG …
CC CT TT Total
association
3
Genetic Association Studies in Epidemiology
Applications: • Fine mapping • Candidate gene effects • Whole genome scan • Gene – environment effects • Drug response modification
– Exploits LD • Examples of direct and indirect association studies • Study designs for direct and marker-based (LD)
association
6
epidemiology studies – two different concepts
Case a c e nd
Control b d f nh
Total m1 m2 m3 N
• Directly measure potentially predisposing alleles
9
Indirect Tests
association – Exploits LD between markers and unobserved
disease variants • Examples of direct and indirect association studies • Study designs for direct and marker-based (LD)
alleles/genotypes and disease – Designs to be used
2
Learning Objectives for This Lecture
• Applications for genetic association analyses • Direct versus indirect association • Indirect association: marker-based disease
• Assessing risk for disease due to specific alleles/genotypes
– Contrast direct / indirect genetic association studies
– Discuss genetic models – Tests and estimates of association between
Fudan Genetic Workshop 2005 Genetic Epidemiology in Populations
Genetic Association Studies: Studies with Unrelated Individuals
Yin Yao
yyao@
Fudan Genetic Workshop, Jan 04 2005