山东大学生物信息学(精)
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生物信息学考研报考院校
学科门类：07 理学 一级学科：0710 生物学 以下表格数据来自：中国研究生信息网北京: (10001)北京大学 071020 生物学（生物信息学）071021 生物学（生物技术） (90106)中国人民解放军军事医学科学院071020 生物信息学
(10019)中国农业大学 071021 生物信息学 (80167)中国科学院北京基因组研究所071021 生物信息学 071022 基因组学 (80112)中国科学院生物物理研究所 071021 生物信息学 (80156)中国科学院北京遗传与发育生物研究所071021 生物信息学 (90106)中国人民解放军军事医学科学院071020 生物信息学 071021 生物安全
上海: (10246)复旦大学071020 生物信息学071021 人类生物学
(10248)上海交通大学
吉林： (10200)东北师范大学 071020 基因组学 071021 生物医学 071023 化学生物学 (80100)中国科学院上海生命科学研究院 071020 生物技术与医药 071021 生物信息学 071023 计算生物学 071024 生物情报学 具体考试的要求很详细具体由于表格很大就不一一列举 了：https://www.360docs.net/doc/d913725074.html,/zsml/querySchAction.do?dwdm=80100&mldm=07&yjxkdm=0710&zymc=&pageno=8 江苏: (10319)南京师范大学 071020 生物技术 071021 生物物理化学 浙江: (10335)浙江大学 071020 生物信息学
山东大学细胞生物学期末考试题基地班必看
细胞生物学名词解释1、双亲性分子（amphipathic molecule）：是指由磷脂的磷脂酰碱基构成亲水极性头部和脂肪酸链构成疏水非极性尾部的分子，是膜脂的主体。 2、内在膜蛋白（intrinsic membrane protein）：它贯穿膜脂双层，以非极性氨基酸与脂双层分子的非极性疏水区，相互作用而结合在质膜上，内在膜蛋白不溶于水，占膜蛋白总量的70%-80%，如膜上的受体蛋白与通道蛋白。 3、外在膜蛋白（extrinsic membrane protein）：外在膜蛋白约占膜蛋白的20％～30％，分布在膜的内外表面，主要在内表面，为水溶性蛋白,靠离子键或其它弱键与能够暂时与膜或内在膜蛋白结合的蛋白质，易分离。 4、脂锚定蛋白（lipid anchored protein）：质膜外侧的蛋白质通过糖链连接到磷脂酰肌醇上，形成“蛋白质—糖—磷脂”复合物，或质膜胞质侧的蛋白质通过脂肪酸链共价结合在脂双层上，这种蛋白即称为脂锚定蛋白（GPI）。包括：细胞粘附分子、免疫球蛋白超家族、Src、Ras蛋白。 5、被动运输（passive transport）：通过简单扩散或协助扩散方式实现物质由高浓度向低浓度方向的跨膜转运，顺物质浓度梯度，不需消耗能量。 6、简单扩散（simple diffusion）：质膜转运小分子物质时，不需膜蛋白的帮助，可以顺物质浓度梯度从高浓度一侧到低浓度方向进行，它不需消耗能量，属于被动扩散。以简单扩散方式运输的物质为：脂溶性小分子、非极性的小分子。 7、载体蛋白介导的易化扩散（Facilitated diffusion）：物质穿越膜时在膜上载体蛋白的介导下，不消耗细胞的代谢能量，将溶质顺着浓度梯度或电化学势梯度进行转运，这种运输方式称易化扩散。部分载体蛋白; 非脂溶性物质。属于被动运输的范畴。 8、主动运输（active transport）：指由载体蛋白介导的物质逆浓度梯度（或化学梯度）的由低浓度一侧向高浓度一侧消耗能量的跨膜运输方式。主要包括离子泵：直接水解ATP供能；协同运输：间接消耗ATP。 9、协同运输（coupled transport）：一种物质的运输依赖第二种物质的同时运输。这种运输需要先建立离子梯度，在动物细胞主要是靠Na+泵、在植物细胞则是由H+泵完成的。
分子生物学考试复习资料 山东大学
1.复制和转录的异同：共同点：反应都是核苷酸的聚合过程，模版是DNA，酶依赖DNA的聚合酶，化学键3，5磷酸二酯键，方向5-3延伸，配对是碱基配对规律。不同点：底物不同分别是dNTP和NTP ；酶不同分别是DNA聚合酶和RNA 聚合酶；模版不同，分别是整个染色体双链DNA和部分基因模板链转录；产物不同，分别是子代双链DNA和mtrRNA ；引物分别是需要和不需要；碱基配对分别是A=T，GC和A=UT=AGC 2.转录的过程：模板DNA原料：NTP（ATP,GTP,CTP,UTP）酶：RNA聚合酶（RNA-pol）其它蛋白质因子：如ρ因子，转录因子(TF)等. A转录起始过程，RNA聚合酶全酶结合，DNA双链解开，在RNA聚合酶作用下发生第一次聚合反应，形成转录起始复合物b转录延长，伽马o亚基脱落，核心酶变构，与，模版结合松弛，沿着DNA模板前移在核心酶作用下，NTP不断聚合，RNA链不断延长，合成方向沿5-3进行c终止转录RNA聚合酶在DNA模板上停止前进，转录产物RNA链在转录复合物上脱落下来。 3.基因克隆的步骤：目的基因的获取；目的基因与载体的拼接，将重组体导入受体细胞，重组体筛选和鉴定，扩增和表达a获取，从基因组文库中制备，从CDNA 文库中制备，PCR扩增目的基因，人工合成目的基因b目的基因片段与适当的载体经限制性内切酶剪切后，再在DNA连接酶的催化下即可相互连接形成人工重组体，粘性末端连接，平端连接，同聚物加尾连接，人工头连接c氯化钙法，电穿孔法，脂质体转染法，显微注射法d遗传学法，分子杂交法，免疫化学筛选法，PCR筛选法e重组体的扩增与表达。 4.寡核苷酸定点诱变技术所依据的原理是:首先制备单链核酸,即按体外DNA重组技术，将待诱变的目的基因插入到M13噬菌体上，制备此种含有目的基因的M13单链DNA，即正链DNA。再使用化学合成的含有突变碱基的寡核苷酸短片段作引物，启动M13单链DNA分子进行复制，随后这段寡核苷酸引物便成为新合成的DNA子链的一个组成部分。因此所产生的新链便具有已发生突变的碱基序列,将其转入细胞后,经过不断复制,即可获得突变的DNA分子,再经表达即可获得改造后蛋白质.为了使目的基因的特定位点发生突变，所设计的寡核苷酸引物的序列除了所需的突变碱基外，其余的则与目的基因编码链的特定区段完全互补。B 诱变过程1)合成含有目的基因的正链DNA；2)合成含有特殊突变碱基的引物；3）
最新生物信息学考试复习
——古A．名词解释 1. 生物信息学：广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获取，加工，储存，分配，分析和解释。狭义是指综合应用信息科学，数学理论，方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据的科学。 2. 基因芯片：将大量已知或未知序列的DNA片段点在固相载体上，通过物理吸附达到固定化（cDNA芯片），也可以在固相表面直接化学合成，得到寡聚核苷酸芯片。再将待研究的样品与芯片杂交，经过计算机扫描和数据处理，进行定性定量的分析。可以反映大量基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。 3. NCBI：National Center for Biotechnology Information.是隶属于美国国立医学图书馆（NLM）的综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 4. EMBL：European Molecular Biology Laboratory.EBI为其一部分，是综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 5. 简并引物：PCR引物的某一碱基位置有多种可能的多种引物的混合体。 6. 序列比对：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。
7. BLAST：Basic Local Alignment Search Tool.是通过比对(alignment)在数据库中寻找和查询序列(query)相似度很高的序列的工具。 8. ORF：Open Reading Frame.由起始密码子开始，到终止密码子结束可以翻译成蛋白质的核酸序列，一个未知的基因，理论上具有6个ORF。 9. 启动子：是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必须的一段DNA序列。原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成，核心启动子包括-35区（Sextama box）TTGACA，-10区（Pribnow Box）TATAAT，以及+1区。真核生物启动子包括远上游序列和启动子基本元件构成，启动子基本元件包括启动子上游元件（GC岛，CAAT盒），核心启动子（TATA Box，+1区帽子位点）组成。 10. motif：模体，基序，是序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式。 11. 分子进化树：通过比较生物大分子序列的差异的数值重建的进化树。 12. 相似性：序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相似DNA碱基或氨基酸残基序列所占的比例。 13. 同源性：两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论。
山东大学分子生物学相关资料
Section A - Cells and macromolecules 1．The glycosylation of secreted proteins takes place in the . . . A mitochondria. B peroxisomes. C endoplasmic reticulum. D nucleus. 2．Which of the following is an example of a nucleoprotein? A keratin. B chromatin. C histone. D proteoglycan. 3．Which of the following is not a polysaccharide? A chitin. B amylopectin. C glycosaminoglycan. D glycerol. 4. Transmembrane proteins A join two lipid bilayers together. B have intra- and extracellular domains. C are contained completely within the membrane. D are easily removed from the membrane. Section B - Protein structure 1. Which of the following is an imino acid? A proline. B hydroxy lysine. C tryptophan. D histidine. 2．Protein family members in different species that carry out the same biochemical role are described as . . . A paralogs. B structural analogs. C heterologs. D orthologs. 3. Which of the following is not a protein secondary structure? A α-helix. B triple helix. C double helix. D ?-pleated sheet. 4．In isoelectric focusing, proteins are separated . A in a pH gradient. B in a salt gradient. C in a density gradient. D in a temperature gradient. 5．Edman degradation sequences peptides . . .
最新生物信息学复习题及答案(陶士珩)
生物信息学复习题 一、名词解释 生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoring matrix），空位（gap），空位罚分，E 值, 低复杂度区域，点矩阵（dot matrix），多序列比对，分子钟，系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致 树（consensus tree），bootstrap，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codon bias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif），序列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept， 折叠子，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，Gene Ontology Consortium，表谱（profile）。 二、问答题 1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系？ 2）试述生物信息学研究的基本方法。 3）试述生物学与生物信息学的相互关系。 4）美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主要工作是什么？请列举3个以上NCBI 维护的数据库。 5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系？ 6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途 什么？ 7）简述BLAST搜索的算法。 8）什么是物种的标记序列？ 9）什么是多序列比对过程的三个步骤？ 10）简述构建进化树的步骤。 11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。 12）简述邻接法（NJ）的算法思想。 13）简述最大简约法（MP）的算法思想。 14）简述最大似然法（ML）的算法思想。 15）UPGMA构树法不精确的原因是什么？ 16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其 含义。 17）试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18）如何用BLAST发现新基因？ 19）试述SCOP蛋白质分类方案。 20）试述SWISS-PROT中的数据来源。 21）TrEMBL哪两个部分？ 22）试述PSI-BLAST 搜索的5个步骤。 三、操作与计算题 1）如何获取访问号为U49845的genbank文件？解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息： LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999 2）利用Entrez检索系统，对核酸数据搜索，输入如下信息，将获得什
生物技术专业本科教学质量国家标准-山东大学生命科学学院
生物技术专业本科教学质量国家标准 1. 概述 生物技术是以现代生命科学理论为基础，应用生命科学研究成果，结合化学、物理学、数学和信息学等学科的科学原理，采用先进的科学技术手段，按照应用要求预先设计改造和利用生物体（微生物、动植物）的技术。生物技术是一门综合的、交叉性的学科，侧重于应用基础研究和应用技术开发，其主要任务是为新兴生物技术产业提供人才、技术、产品和服务。 生物技术是全球发展最快的高新技术之一，也是21世纪的主导技术之一。生物技术的发展经历了传统生物技术和现代生物技术两个阶段，前者以微生物发酵技术为核心，后者以重组DNA和PCR技术为基本手段。按其应用领域现代生物技术被依次划分为：医药生物技术、农业生物技术、工业生物技术、海洋生物技术等。进入新世纪以来，随着组学、系统生物学、合成生物学、干细胞、脑科学、生物信息学等生命科学前沿的发展，生物技术已经成为世界各国争相优先发展的高新技术领域，在解决人类面临的人口、健康、环境、粮食、资源、能源等诸多难题方面将发挥更加重要的作用。生物技术是我国中长期科技发展规划的优先发展前沿技术，生物技术产业作为正在崛起的主导性产业，已成为我国产业结构调整的战略重点和新的经济增长点，将成为我国赶超世界发达国家生产力水平，实现后发优势和跨越式发展的重要领域，将为国家经济转型和生态文明型社会的发展做出
重大贡献。 在生命科学与技术体系中，生物技术是一门承上启下的学科/专业，上接生物科学、下连生物工程，是将基础理论成果转化为具有应用价值的技术和产品的枢纽和桥梁。生物技术专业的特点是交叉性、前沿性、实践性和新颖性。交叉性不仅体现在生物学科内部的交叉，而且需要与其它自然科学（化学、物理学、数学）和新兴学科（计算机科学、信息学）的交融；前沿性则表现为生物技术产业是战略性新兴产业，生物技术产品是生命科学前沿研究的最新成果；实践性反映出生物技术专业属于实验性学科的基本特征，实验技能和实践创新能力是该专业对学生的基本要求；新颖性就是生物技术能够创造出一些前所未有的、满足人们生活需要的新产品、新服务、新体验。 2．适用专业范围 2.1 专业类代码 0710生物科学类 2.2 本标准适用的专业 071002生物技术专业 3.培养目标 3.1 生物技术专业培养目标 生物技术专业是以理为主、以工为辅的理工复合型办学专业。 生物技术专业的培养目标是：通过各种教育教学活动培养学生德智体美全面发展，具有健全人格；具有成为高素质人才所具备的人文
部分山大真题(细胞生物学)
山东大学2001年硕士研究生细胞生物学入学考试试题 一.名词解释（任选10个，每个2分，共20分） 1.原位杂交 2.差别基因表达 3.胞质体 4.分子伴娘 5.重组小结 6.同向协同运输 7.端粒 8.光合磷酸化 9.核定位信号 10.自噬溶酶体 11.细胞 12.细胞识别 三．简答题（每小题5分，共30分） 1．原核细胞和真核细胞有哪些主要区别？ 2．请说出线粒体内膜重组实验的过程及其说明的问题 3．真核细胞核小体是如何形成的？ 4．细胞周期可分为哪几个时期？各时期有何主要特点？ 5．何为原癌基因？其激活途径有哪几条？ 6．何为细胞凋亡？有何特征？ 四．综述题（任选3题，每题10分，共30分） 1．试述细胞外基质的组成成分及各自的分子结构特点，并说明细胞外基质的主要功能 2．请说明内膜系统的组成并阐明其结构与功能分别如何相互联系 3．试述微管的形态结构和主要功能并列举出其构成的两种细胞器的结构特点4．说明用放射自显影技术检测细胞是否进行DNA合成的原理，并设计一实验证明rRNA（核糖体DNA）在细胞内的合成场所 山东大学2002年硕士研究生细胞生物学入学考试试题 一.名词解释(任选10个，每个2分，共20分) 1.抑癌基因 2.内膜系统 3.非细胞体系 4.配体门通道 5.微粒体 6.核小体 7.联会复合体 8.细胞周期蛋白 9.G蛋白 10.信号斑 11.多线染色体 12.胚胎干细胞 二.填空
1。叶绿体的光合作用可分为____和____ 两个阶段，前者在发生，产物为. 后者在发生，产物为。 2。组成衣被小泡底被的主要成分为____ 和____ 。 3。细胞分化的两个主要特点是____和_______。 4。原核细胞的呼吸酶定位在____上，而真核细胞的则位于____ 上。 5。真核细胞分裂中期染色体是由两条____所组成，二者在____相互结合。 6。细胞外基质的组成成分有____________________。 7。精子的顶体是一种特化的____，而肌纤维肌质网是一种特化的____ 。 三.简答题（每小题6分，共30分） 1。细胞学说是谁创立的及主要内容有哪些?， 2。线粒体氧化磷酸化的机制如何? 3。何为常染色体质和异染色质?二者有哪些区别? 4。微管的形态结构特点和功能如何? 5。请举例说明从增殖的角度，细胞可以分为哪几类? 四。综述题(任选3个，每题10分，共30分) 1。锚定连接包括哪几种连接方式?其结构特点及功能如何?试比较其异同点。2。试述真核细胞内蛋白质的合成和分选途径。 3。减数分裂前期I依次由哪几个时期组成，各个时期有何变化及意义? 4。试述哺乳动物克隆技术的原理，方法及意义。 山东大学2000年硕士研究生细胞生物学入学考试试题 一.名词解释(任选10题,每小题2分,共20分) 1.细胞 2.冰冻断裂 3.细胞株 4.细胞外被 5.核孔复合体 6.导肽 7.常染色质 8.着丝点 9.接触抵制 10.细胞决定 11.原癌基因 12.胚胎诱导 二.填空 1．化学法细胞拆合就是有处理细胞，结合离心技术，将细胞拆为核体和胞质体。2．与桥粒相连的中间纤维的成分依不同细胞类型而不同，上皮细胞中是___，心肌细胞中为___。 3．构成细胞外基质的化学成分可分为4类：___，___，___，___。 4．糖酵解，脂肪酸氧化，氧化磷酸化，三羧酸循环进行的部位分别是___，___，___，___。 5．肌质网是特化的___，而精子的顶体是特化的___。 6．细胞周期中，两个关键的时相转换点是___和___转换。 7．C-分带法主要显示___。
微生物学[第十三章微生物物种的多样性]山东大学期末考试知识点复习
第十三章微生物物种的多样性 一、要点提示 1．生物的多样性系指遗传多样性、物种多样性和生态系统多样性。由于微生物具有与高等动植物迥然不同的特点，使微生物在营养类型、呼吸类型、代谢类型3方面也呈现出丰富的多样性。 2．长期以来人们对细菌的认识仅从形态结构、生理生化、免疫学特性、生态分布进行区分。由于分子生物学方法的建立和发展，特别是16S rRNA寡核苷酸的序列分析，改变或修正了对细菌人为地传统分类的概念，进入了细菌系统发育和自然进化的研究阶段。按照Woese的观点，真细菌占据自然界生物三大域中的一个域，即：细菌域。在确认了16S rRNA中标志性的寡核苷酸保守序列后，真细菌被划分为12个独特的类群。每个类群可以看成是独立的门，它包括了《伯杰系统细菌学手册》中所描述的23个门的细菌。腐生型的细菌在自然界中碳、氮、硫、磷4种元素的循环和能量流动中起着不可替代的作用；一些种是动、植物和人的致病菌，与动、植物的生长和人体健康密切相关；一些具有特殊形态，如具附属物或鞘的细菌，产子实体的黏细菌等，它们的存在丰富了微生物物种的多样性。 3．古生菌是极端环境微生物，它们在形态结构、营养代谢、生理特性、遗传物质及生态分布等方面与真细菌具有十分明显的差异。16S rRNA寡核苷酸序列分析表明它们是生物总系统发育中一个重要的域，包括：产甲烷古生菌、极端嗜热S0代谢菌、极端嗜盐古生菌、无细胞壁的热原体和还原硫酸盐古生菌5个类群。古生菌的发现为人们利用古生菌中的嗜热酶(例如：Taq、Pfu DNA聚合酶)、产甲烷辅酶及其他参与碳、氮物质代谢的酶类，进行分子生物学研究和进行酶法水解、酶法转化制取有用产品提供了丰富的微生物资源。另外，对古生菌嗜热、嗜酸、厌氧、耐高盐、产甲烷、还原硫酸盐及光介导ATP合成的研究，为探索地球上早期原始生命的起源，提供了有力的佐证。 4．生物的共同祖先沿着真细菌、古生菌、真核生物3条路线进化。目前认
最新信息安全导论课后习题答案
Ch01 1.对于信息的功能特征，它的____________在于维持和强化世界的有序性动态性。 2.对于信息的功能特征，它的____________表现为维系社会的生存、促进人类文明的进步和自身的发展。 3.信息技术主要分为感测与识别技术、____________、信息处理与再生技术、信息的施用技术等四大类。 4.信息系统是指基于计算机技术和网络通信技术的系统，是人、____________、数据库、硬件和软件等 各种设备、工具的有机集合。 5.在信息安全领域，重点关注的是与____________相关的各个环节。 6.信息化社会发展三要素是物质、能源和____________。 7.信息安全的基本目标应该是保护信息的机密性、____________、可用性、可控性和不可抵赖性。 8.____________指保证信息不被非授权访问，即使非授权用户得到信息也无法知晓信息的内容，因而不 能使用。 9.____________指维护信息的一致性，即在信息生成、传输、存储和使用过程中不应发生人为或非人为 的非授权篡改。 10.____________指授权用户在需要时能不受其他因素的影响，方便地使用所需信息。这一目标是对信息 系统的总体可靠性要求。 11.____________指信息在整个生命周期内都可由合法拥有者加以安全的控制。 12.____________指保障用户无法在事后否认曾经对信息进行的生成、签发、接收等行为。 13.P DRR模型，即“信息保障”模型，作为信息安全的目标，是由信息的保护技术、信息使用中的检测 技术、信息受影响或攻击时的响应技术和受损后的____________组成的。 14.当前信息安全的整体解决方案是PDRR模型和____________的整合应用。 15.为了避免给信息的所有者造成损失，信息____________往往是有范围（区域上、时间上）和有条件的。 16.信息技术IT简单地说就是3C，即Computer（计算机）、Communication（通信）和____________。 17.数据链路层要负责建立、维持和释放____________的连接。 18.传输层为两个用户进程之间建立、管理和拆除可靠而又有效的____________，常用协议有TCP和UDP。 19.为了实现网络中各主机间的通信，每台主机都必须有一个唯一的____________。 20.I P基于____________，信息作为一个“数据包”序列--IP分组进行传递。 21.T CP协议基于面向连接的技术，为数据包提供____________，在发送数据前需要通过三次握手建立 TCP连接。 22.T CP的报头中最为重要的部分是源端口号、____________和序列号。 23.每个以太网数据包都有包括源以太网地址、目的以太网地址和一个____________的报头。 24.A RP协议可以通过发送网络广播信息的方式，将____________解释成相对应的物理层地址，即MAC 地址。 25.I CMP即____________，用于处理错误消息，以及其他TCP/IP软件自己要处理的消息。 26.僵尸网络是指由黑客通过控制服务器间接并____________的僵尸程序感染计算机群。 27.网络仿冒就是通过____________来诱骗用户提供个人资料、财务账号和口令。 28.D oS破坏了信息的（）。 A.保密性 B.完整性 C.可用性 D.可控性 29.用户收到了一封可疑的电子邮件，要求用户提供银行账户及密码，这是属于何种攻击手段？ A.缓冲区溢出 B.钓鱼攻击 C.后门攻击 D.DDoS攻击 攻击 30.在网络安全中，中断指攻击者破坏网络系统的资源，使之变成无效的或无用的，这是对（）的 攻击。 A.可用性 B.保密性 C.完整性 D.真实性 31.以下哪种形式不是信息的基本形态？ A.数据 B.文本 C.声音和图像 D.文稿 32.O SI七层模型中，表示层的功能不包括（）。
最新生物信息学名词解释(个人整理)
一、名词解释： 1.生物信息学：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。利用数学知识建立各种数学模型; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。 2.二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。 3.FASTA序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。 4.genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释；第三部分是引文区，提供了这个记录的科学依据；第四部分是核苷酸序列本身，以“//”结尾。 5.Entrez检索系统：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。 6.BLAST：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。P94 7.查询序列（query sequence）：也称被检索序列，用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。P98 8.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。P29 9.空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。P29 10.空位罚分：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。P37 11.E值：衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列（query）相匹配的随机或无关序列的概率，E值越接近零，越不可能找到其他匹配序列，E 值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小，也即相似性越能反映真实的生物学意义。P95 12.低复杂度区域：BLAST搜索的过滤选项。指序列中包含的重复度高的区域，如poly（A）。 13.点矩阵（dot matrix）：构建一个二维矩阵，其X轴是一条序列，Y轴是另一个序列，然后在2个序列相同碱基的对应位置（x，y）加点，如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线，如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线；如果完全没有相似性则不能连成直线。 14.多序列比对：通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一个总体的比对，以观察它们在结构上的异同，来回答大量的生物学问题。 15.分子钟：认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。 16.系统发育分析：通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。 17.进化树的二歧分叉结构：指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两个子分支。 系统发育图：用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图，是引入时间概念的支序图。 18.直系同源：指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，具有相似或不同的功能。（书：在缺乏任何基因复制证据的情况下，具有共同祖先和相同功能的同源基因。）
控制科学与工程的二级学科以及排名
控制科学与工程 是一门研究控制的理论、方法、技术及其工程应用的学科。它是20世纪最重要的科学理论和成就之一，它的各阶段的理论发展及技术进步都与生产和社会实践需求密切相关。11世纪我国北宋时代发明的水运仪象台就体现了闭环控制的思想。到18世纪，近代工业采用了蒸汽机调速器。但直到20世纪20年代逐步建立了以频域法为主的经典控制理论并在工业中获得成功应用，才开始形成一门新兴的学科——控制科学与工程。此后，经典控制理论继续发展并在工业中获得了广泛的应用。在空间技术发展的推动下，50年代又出现了以状态空间法为主的现代控制理论，并相继发展了若干相对独立的学科分支，使本学科的理论和研究方法更加丰富。60年代以来，随着计算机技术的发展，许多新方法和技术进入工程化、产品化阶段，显著加快了工业技术更新的步伐。在控制科学发展的过程中，模式识别和人工智能与控制相结合的研究变得更加活跃；由于对大系统的研究和控制学科向社会、经济系统的渗透，形成了系统工程学科。特别是近20年来，非线性及具有不确定性的复杂系统向“控制科学与工程”提出了新的挑战，进一步促进了本学科的迅速发展。目前，本学科的应用已经遍及工业、农业。交通、环境、军事、生物、医学、经济、金融、人口和社会各个领域，从日常生活到社会经济无不体现本学科的作用。 控制科学以控制论、信息论、系统论为基础，研究各领域内独立于具体对象的共性问题，即为了实现某些目标，应该如何描述与分析对象与环境信息，采取何种控制与决策行为。它对于各具体应用领域具有一般方法论的意义，而与各领域具体问题的结合，又形成了控制工程丰富多样的内容。本学科的这一特点，使它对相关学科的发展起到了有力的推动作用，并在学科交叉与渗透中表现出突出的活力。例如：它与信息科学和计算机科学的结合开拓了知识工程和智能机器人领域。与社会学、经济学的结合使研究的对象进入到社会系统和经济系统的范畴中。与生物学、医学的结合更有力地推动了生物控制论的发展。同时，相邻学科如计算机、通信、微电子学和认知科学的发展也促进了控制科学与工程的新发展，使本学科所涉及的研究领域不断扩大。 相关学科关系 本学科在本科阶段叫自动化，研究生阶段叫控制科学与工程，本学科下设的六个二级学科：“控制理论与控制工程”、“检测技术与自动装置”、“系统工程”、“模式识别与智能系统”、“导航、制导与控制”和“企业信息化系统与工程”。各二级学科的主要研究范畴及相互联系如下。
最新生物信息学学习心得
生物信息学学习心得 第一篇：生物信息学 生物信息学是上世纪90年代初人类基因组计划(hgp)依赖，随着基因组学、蛋白组学等新兴学科的建立，逐渐发展起来的生物学、数学和计算机信息科学的一门交叉应用学科。目前生物信息学的研究领域主要包括基于生物序列数据的整理和注释、生物信息挖掘工具开发及利用这些工具揭示生物学基础理论知识等领域。生物信息学作为新型交叉应用学科，可以依托本校已有的计算机科学、信息学、生物学和数学等学科优势，充分展现投入少、见效快、起点高的特色，推动学校学科建设和本科教学水平。 本实验指导书中的8个实验均设计为综合性开发实验，面向生物信息学院全体本科学生和研究生，以及全校对生物信息学感兴趣的其他专业学生开放。生物信息学实验室将提供系统的保障，包括采用mail服务器和linux帐号管理等进行实验过程管理和支持。限选《生物信息学及实验》的生物技术专业本科生至少选择其中5个实验，并不少于8个学时，即为课程要求的0.5个学分。其他选修者按照课时和学校相关规定计算创新学分。实验一熟悉生物信息学网站及其数据的生物学意义 实验目的：
培养学生利用互联网资源获取生物信息学研究前沿和相关数据的能力，熟悉生物信息学相关的一些重要国内外网站，及其核酸序列、蛋白质序列及代谢途径等功能相关数据库，学会下载生物相关的信息数据，了解不同的数据文件格式和其中重要的生物学意义。 实验原理： 利用互联网资源检索相关的国内外生物信息学相关网站，如：ncbi、sanger、tigr、kegg、sble、中科院北京基因组研究所、北大生物信息 学中心等，下载其中相关的数据，如fasta、genbank格式的核算和蛋白质序列、pathatdb格式化库文件，并输入blast命令进行计算，获得结果文件。 实验内容： 1. 向网上blast服务器提交序列，得到匹配结果； 2. 本地使用blast，格式化库文件，输入命令行得到匹配结果；
千万亿次高性能计算中心建设可行性研究结果汇报2010070
国家超级计算山东中心建设可行性报告 一、建设超级计算机系统的必要性 超级计算机系统是科技实力和综合国力的重要标志。超级计算是采用计算、通信和数据处理能力强大的计算机进行数据处理、信息服务、在线事物处理和科学工程计算。计算模拟在新材料设计、新型纳米结构与分子器件设计、全球气候变化研究、工业工程设计、航空航天器的制造等方面发挥了重要作用。计算机辅助药物设计改变了药物筛选的模式，使得新药研发周期缩短了0.9 年，直接研发费用降低了1.3 亿美元。事实证明，超级计算机为科学研究和发现提供了强有力的实验与分析工具，已成为支撑科学研究和高新技术发展的基础性交叉学科，为越来越多的科学研究和重大工程中的关键问题提供了新的研究途径，对增强国家安全、提升科研水平、提高企业竞争力产生了广泛而深远的影响。超级计算机的能力与水平是一个国家综合国力的重要标志。 为适应现代科学与工程研究的发展要求，世界许多国家都非常重视国家超级计算基础设施的建设，制定了国家层面的战略计划，推动以超级计算为核心的科研信息化基础设施建设和应用。在2008年全球超级计算机500强中，美国257台，英国53台，德国46台，法国34台，日本22台，中国16台（含台湾3台）。在中国大陆上榜的13台计算机中，
排名最靠前的是曙光5000A超级计算机，峰值运算能力为每秒230万亿次、Linpack值180万亿次，位居世界超级计算机前10（江南计算技术研究所未参加）。对超级计算的持续大力支持，使美国在超级计算机系统研制、运行维护、计算应用及服务等方面一直保持国际领先地位，极大推动了高性能计算在科学与工程应用，特别是在国防、能源、新材料、气象与环境、宇航和太空科学等方面的发展。Top500排名第1的IBM最新军用超级计算机“Roadrunner”每秒计算能力超过了1千万亿次，主要用于解决机密军事问题，以确保美国核武器储备的持续发展。此外，欧洲和日本也有类似的研究发展。纵观国际发达国家高科技领域发展趋势，千万亿次高性能计算已成为当今科技竞争的热点。 建设千万亿次超级计算中心是国家科技创新战略的重大举措。近年来，我国对高性能计算进行了重要部署。2002年，国家863计划启动了“高性能计算机及其核心软件”重大专项，支持了以中科院网络中心超级计算中心、上海超级计算中心为主节点，共8个计算节点的网格试验床“中国国家网格”（China National Grid，CNGrid），开发网格软件，支持建设了气象、资源环境、生物信息、新药研发、仿真应用、城市交通信息、地质调查等11个应用网格，通过资源共享、协同工作和服务机制，支持科学研究、资源环境、先进制造和信息服务等应用。国家自然科学基金委员会制定的“以网络为基础的科学活动环境研究”重大研究计划，在气
(完整版)山东大学细胞生物学期末考试题,基地班必看
细胞生物学名词解释 1、双亲性分子（amphipathic molecule）：是指由磷脂的磷脂酰碱基构成亲水极性头部和脂肪酸链构成疏水非极性尾部的分子，是膜脂的主体。 2、内在膜蛋白（intrinsic membrane protein）：它贯穿膜脂双层，以非极性氨基酸与脂双层分子的非极性疏水区，相互作用而结合在质膜上，内在膜蛋白不溶于水，占膜蛋白总量的70%-80%，如膜上的受体蛋白与通道蛋白。 3、外在膜蛋白（extrinsic membrane protein）：外在膜蛋白约占膜蛋白的20％～30％，分布在膜的内外表面，主要在内表面，为水溶性蛋白,靠离子键或其它弱键与能够暂时与膜或内在膜蛋白结合的蛋白质，易分离。 4、脂锚定蛋白（lipid anchored protein）：质膜外侧的蛋白质通过糖链连接到磷脂酰肌醇上，形成“蛋白质—糖—磷脂”复合物，或质膜胞质侧的蛋白质通过脂肪酸链共价结合在脂双层上，这种蛋白即称为脂锚定蛋白（GPI）。包括：细胞粘附分子、免疫球蛋白超家族、Src、Ras蛋白。 5、被动运输（passive transport）：通过简单扩散或协助扩散方式实现物质由高浓度向低浓度方向的跨膜转运，顺物质浓度梯度，不需消耗能量。 6、简单扩散（simple diffusion）：质膜转运小分子物质时，不需膜蛋白的帮助，可以顺物质浓度梯度从高浓度一侧到低浓度方向进行，它不需消耗能量，属于被动扩散。以简单扩散方式运输的物质为：脂溶性小分子、非极性的小分子。 7、载体蛋白介导的易化扩散（Facilitated diffusion）：物质穿越膜时在膜上载体蛋白的介导下，不消耗细胞的代谢能量，将溶质顺着浓度梯度或电化学势梯度进行转运，这种运输方式称易化扩散。部分载体蛋白; 非脂溶性物质。属于被动运输的范畴。 8、主动运输（active transport）：指由载体蛋白介导的物质逆浓度梯度（或化学梯度）的由低浓度一侧向高浓度一侧消耗能量的跨膜运输方式。主要包括离子泵：直接水解ATP供能；协同运输：间接消耗ATP。 9、协同运输（coupled transport）：一种物质的运输依赖第二种物质的同时运输。这种运输需要先建立离子梯度，在动物细胞主要是靠Na+泵、在植物细胞则是由H+泵完成的。
信息安全导论实验八
实验名称基于Windows2003的VPN连接实验 一．实验目的 通过实验加深理解VPN的原理与实现，掌握在Windows2003中建立VPN网络连接的 步骤与方法。 二．实验原理 路由功能属于开放式的连接，若加了路由，则该网段的所有用户都能实现访问。 VPN则是用户在拥有合法身份的前提下，通过虚拟拨号连入内部网络，并在管理员的分配下使用资源。因此远程用户必须先获取内部网络的合法身份（用户名、密码），再在自己的机器中建立VPN拨号连接，才能成功访问。 三．实验环境与器材 每组至少3台（一台为网关计算机，需要配置双IP地址，另两台分属不同网段，当然 应分别与网关计算机中的两个IP地址同网段！）单机环境中也可通过虚拟系统完成。四．实验内容及步骤 （1）小组中各计算机IP地址设置 每3台机器为一个工作组，选择其中的一台机器为做路由的网关主机，其余机器分别设为不同IP地址段的工作站。建议： 机器1：192.168.*0.1 * 代表第几组机器，下同。 机器2：192.168.*1.1 网关计算机：双IP地址，分别为192.168.*0.254和192.168.*1.254。 （2）实验环境准备 在机器1（192.168.*0.1）的D盘中新建一个文件夹ABC，里面新建一个最简单的网页default.htm。（用文本编辑器建立并改名为default.htm，内容是“这是* * * 的个人网站”）。将机器1（192.168.*0.1）的d:\abc设为共享：所有人只读。利用以前做过的IIS实验将该网页发布在网络中。 本机的虚拟机里并没有D盘符，所以在C盘中建立相关文件夹。
在文件夹中建立default.html文件并写入相关内容： 设置ABC文件夹的共享权限，所有人只读： 1）请在网关计算机和另一台计算机中访问该网页，并记录结果（能否访问？）。 http://192.168.*0.1
国内外生物信息学发展状况
国内外生物信息学发展状况 1.国外生物信息发展状况 国外非常重视生物信息学的发展各种专业研究机构和公司如雨后春笋般涌现出来，生物科技公司和制药工业内部的生物 信息学部门的数量也与日俱增。美国早在1988年在国会的支持 下就成立了国家生物技术信息中心（NCBI），其目的是进行计 算分子生物学的基础研究，构建和散布分子生物学数据库；欧 洲于1993年3月就着手建立欧洲生物信息学研究所（EBI）， 日本也于1995年4月组建了信息生物学中心（CIB）。目前， 绝大部分的核酸和蛋白质数据库由美国、欧洲和日本的3家数 据库系统产生，他们共同组成了 DDBJ/EMBL/Gen Bank国际核 酸序列数据库，每天交换数据，同步更新。以西欧各国为主的 欧洲分子生物学网络组织（EuropeanMolecular Biology Network, EMB Net）是目前国际最大的分子生物信息研究、开 发和服务机构，通过计算机网络使英、德法、瑞士等国生物信 息资源实现共享。在共享网络资源的同时，他们又分别建有自 己的生物信息学机构、二级或更高级的具有各自特色的专业数 据库以及自己的分析技术，服务于本国生物（医学）研究和开 发，有些服务也开放于全世界。 从专业出版业来看,1970年，出现了《Computer Methods and Programs in Biomedicine》这本期刊；到1985年4月， 就有了第一种生物信息学专业期刊《Computer Application
in the Biosciences》。现在，我们可以看到的专业期刊已经很多了。 2 国内生物信息学发展状况 我国生物信息学研究近年来发展较快,相继成立了北京大学生物信息学中心、华大基因组信息学研究中心、中国科学院上海生命科学院生物信息中心,部分高校已经或准备开设生物信息学专业。2002年国家自然科学基金委在生物化学、生物物理学与生物医学工程学学科设立了生物信息学项目,并列入生命科学部优先资助的研究项目。国家 863计划特别设立了生物信息技术主题,从国家需求的层面上推动我国生物信息技术的大力发展[3]。 但是由于起步较晚及诸多原因，我国的生物信息学发展水平远远落后于国外。在PubMed收录的以关键词“Bioinformatics”检索到的历年发表的文章数，可以看出大量的研究文献出现在21世纪以后。其中我国共有138篇占全部5548篇的2.5%，而美国则发表2160篇占全部的39%之多（统计数据截至2004年2月15日）。我国学者在生物信息学领域发表的有高影响力的论文只有不到美国学者发表数量的6%，差距相当大[4]。在生物信息学领域，一些著名院士和教授在各自领域取得了一定成绩，显露出蓬勃发展的势头，有的在国际上还占有一席之地。如北京大学的罗静初和顾孝诚教授在生物信息学网站建设方面、中科院生物物理所的陈润生研究员在EST