利用全基因组测序解析两个肺癌细胞系大规模不同类型的的
2024WHO肺癌病理分类
职业暴露
在某些工作场所，例如采矿、 建筑和石棉行业，暴露于有害 物质会增加患肺癌的风险。
家族史
有肺癌家族史的人患肺癌的风 险更高，这表明遗传因素在肺 癌发生中发挥作用。
肺癌分类的历史与现状
肺癌分类不断发展，最早基于临床表现和X线影像，后来随着显微镜技术进步，开始基于病理形态学进行分类。 1981年世界卫生组织（WHO）首次发布肺癌病理分类，并持续更新，目前已进入第五版。
2021年WHO第五版
1
分子病理学和免疫ห้องสมุดไป่ตู้化
2015年WHO第四版 2
形态学特征
1981年WHO第一版 3
临床表现
2024年WHO肺癌病理分类最新版将进一步细化，并结合分子生物学和免疫组化检测结果，实现更精准的诊断和治疗。
2024 WHO肺癌病理分类的意义
精准诊断
新分类有助于提高肺癌诊断的 精准性，为患者提供更有效的 治疗方案。更详细的病理分类 可以更准确地评估肿瘤的生物 学特性，例如肿瘤的侵袭性和 转移潜能。
1 1. 诊断标准不统一
不同实验室和医生之间可能存 在诊断标准不一致的问题。
2 2. 缺乏客观指标
某些分类依赖主观判断，缺乏 客观可量化的指标。
3 3. 缺乏一致性
同一患者的肿瘤，不同时间或 不同部位的取样，可能得到不 同的分类结果。
4 4. 新型病理类型出现
近年来，随着研究的深入，一 些新的肺癌病理类型不断被发 现。
问答环节
观众有机会向专家提问，更深入了解2024 WHO肺癌病理分类。 提问可以围绕分类标准、诊断流程、临床意义等方面。
其他罕见肺癌类型
间皮瘤
ANLN和FBXO5基因在肺鳞状细胞癌中的表达量及预后影响
ANLN和FBXO5基因在肺鳞状细胞癌中的表达量及预后影响刘卫梅【摘要】目的肺鳞状细胞癌是目前最常见的恶性肿瘤之一,其发病率每年都在升高.本次研究识别的重要基因能够预测肺鳞状细胞癌患者的预后,阐释肺鳞状细胞癌的发病机理.方法本研究用4对肺鳞状细胞癌以及匹配的正常组织实施转录组测序(RNA-Seq),筛选差异表达的基因,并实施基因功能分析和预后评估.结果共识别了821个差异表达的基因,并发现12个有显著富集的功能类型,包括Cell adhesion、Reg-ulation of transcription,Biological adhesion等.结合肺癌The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库发现了两个重要基因(FBXO5和ANLN),ANLN低表达或FBXO5高表达时能够显著降低肺鳞状细胞癌患者的生存情况,并且在独立的20对样本中通过PCR证实两个基因存在差异表达.结论此次研究识别的重要基因能够使我们更好地理解肺鳞状细胞癌的发展机理,也许能作为预后诊断的生物学标记.【期刊名称】《临床肺科杂志》【年(卷),期】2018(023)008【总页数】4页(P1468-1471)【关键词】肺鳞状细胞癌;RNA-Seq;生物学标志物【作者】刘卫梅【作者单位】454000 河南焦作,焦作市第二人民医院病理科(河南理工大学第一附属医院)【正文语种】中文肺鳞状细胞癌(Lung squamous cell carcinoma，LSCC)是最常见的恶性肿瘤之一，占原发性肺癌的40%-51%，每年导致的死亡人数约为15,592例，而新增病例数约为74,780例并且呈逐年上升的趋势[1]。
外科手术是肺癌最常见的治疗方法，但预后情况仍不佳[2]。
以前报道了一些肺癌基因突变以及基因表达谱的研究并发现了与肺癌有关的重要通路[3]。
此外，还报道了某些基因与肺癌预后和药物反应有关[4]。
为了找到有意义的预测肺癌预后情况的生物学标记物，本研究利用下一代测序技术识别LSCC差异表达基因并分析其功能，预测基因对于LSCC患者预后的影响。
sox4基因与肺癌关系的研究进展
sox4基因与肺癌关系的研究进展周永春【摘要】The incidence and mortality of lung cancer rank first among the malignant tumors, which is a serious disease threatening human health and life. But there are still existing problems like low rate of early diagnosis, poor response to treatment and poor prognosis. So, it is urgent to explore new diagnosis marker and therapeutic targets. Recent researches have revealed that sox4 gene was overexpressed in all kinds of lung cancers, which was closely related to the biological behavior of tumor, therefore in-depth study of sox4 gene has great significance in early diagnosis, prognosis judgment and treatment of lung cancer.%肺癌发病率及病死率居恶性肿瘤首位,严重威胁着人类的健康,但目前仍存在早期诊断率低、治疗效果差及预后不良等问题,开发新的肺癌标志物及治疗位点成为迫切的需要.近年的研究显示,sox4基因在各类型肺癌中均呈异常的高表达,与肿瘤的生物学行为密切相关,因此深入研究该基因与肺癌的关系对肺癌的早期诊断、预后判断和治疗具有重要意义.【期刊名称】《医学综述》【年(卷),期】2013(019)005【总页数】4页(P823-826)【关键词】sox4基因;肺癌;研究进展【作者】周永春【作者单位】云南省肿瘤医院,肿瘤研究所,昆明,650118【正文语种】中文【中图分类】R734.2sox4基因是sox家族的重要成员，通过编码转录因子参与调控胚胎的发育分化。
生物信息学智慧树知到答案章节测试2023年山东第一医科大学
绪论单元测试1.生物信息学涉及的学科有哪些（）。
A:工程学B:数学C:计算机科学D:生物学答案:ABCD2.什么是生物信息学的主要内容包括哪些方面？答案:第一章测试1.生物学史上第一部关于生物进化的划时代著作是（）。
A:《天演论》B:《物种起源》C:《植物杂交试验》D:《自然史》答案:B2.第一个测定蛋白质结构的科学家是（）。
A:富兰克林B:沃森C:克里克D:桑格尔答案:D3.生物信息学之父（）A:孟德尔B:林华安C:摩尔根D:桑格尔答案:B4.生物信息学的主要研究内容不包括( )A:研究概率论B:数据分析与解释C:新算法和统计学方法研究D:研制能有效利用数据的工具答案:A5.诺贝尔奖由于DNA螺旋结构颁给了那三位科学家（）。
A:沃森B:富兰克林C:威尔金斯D:克里克答案:ACD6.《植物杂交试验》提出遗传因子的概念。
（）A:对B:错答案:A7.遗传因子的现代概念就是基因。
（）A:对B:错答案:A8.蛋白质是遗传物质。
（）A:错B:对答案:A9.20世纪70年代，生物信息学开始了真正的开端，标志是：序列比对与生物信息分析方法。
( )A:对B:错答案:A10.什么是生物信息学？答案:第二章测试1.双脱氧链终止法是谁提出的（）。
A:桑格尔B:沃森C:杨振宁D:缪勒答案:A2.常用的核酸序列储存格式是（）。
A:fastaB:docC:ab1D:phd答案:A3.二代测序仪不包括（）A:ABI公司的SOLiD测序仪B:Illumina公司Solexa基因组分析仪C:Roche公司454测序仪D:ABI3730XL荧光自动测序仪答案:D4.Illumina公司Solexa基因组分析仪产出的数据格式为( )A:fastqB:fastaC:ab1D:phd答案:A5.生物分子与信息的种类包括（）。
A:代谢物水平信息B:DNA结构与核酸序列信息C:RNA表达信息D:蛋白质序列与结构信息答案:ABCD6.测序不需要去除载体序列。
第七章 高通量基因组测序技术介绍11-25(1)
SOLiD 5500xl
• ABI SOLiD测序前期制备
A 样品片段化 磁珠连接
B 乳化PCR 3‘末端修饰
C 磁珠富集 转到测序玻片
• ABI SOLiD测序原理
• ABI SOLiD荧光结合和结果示例
@SRR029969.1 VAB_5551_12_381_F3 length=35 T11.0203.3.1113211010332111302330201 +SRR029969.1 VAB_5551_12_381_F3 length=35 !36!8/8:!:!462>@6=(<8>8.<;2:*9748078 @SRR029969.2 VAB_5551_13_468_F3 length=35 T202312302.3333130131131322113203131 +SRR029969.2 VAB_5551_13_468_F3 length=35 !9),4/3)&$!(&(573(96,'7&91>)43),(95,
扩增反应完成后，每个磁珠上的DNA片段拥有了成千上万个相同 的拷贝。经过富集以后，这些片段仍然和磁珠结合在一起，随后就可以 放入到PicoTiterPlate板（一种光纤载板）的样品孔内供后继测序使用了。 在光纤PicoTiter Plate板样品孔内还有测序过程所需的酶类及引 物（引物与DNA片段末端的接头序列互补），当未经荧光标记的核 苷酸流经过样品孔时，每次只允许一个互补dNTP接入，进行互补 新链的合成。
每当一个核苷酸连接到新链上时，就会释放一分子的焦磷酸
盐（PPi），而后PPi与相应底物反应形成1分子ATP，ATP再驱
动荧光素酶转变为氧化荧光素酶，而氧化荧光素酶可以发出可见 光，可被检测仪器捕获，形成峰图。该技术的序列阅读长度介于
TCGA中癌症类型的缩写
TCGA中癌症类型的缩写一、背景介绍TCGA（The Cancer Genome Atlas）是一个旨在研究和解析人类癌症基因组的国际性合作项目。
该项目整合了来自不同肿瘤类型的大规模基因组测序数据，提供了对癌症发生和发展机制的深入理解。
在TCGA研究成果中，每种癌症类型都有其对应的缩写，本文将对这些缩写进行介绍和解读。
二、常见癌症类型的TCGA缩写及解读1. BRCA（Breast Invasive Carcinoma）：乳腺浸润性乳腺癌。
乳腺癌是女性最常见的癌症之一，该癌症类型广泛研究，TCGA项目中的BRCA数据对于乳腺癌的研究和治疗具有重要意义。
2. LUAD（Lung Adenocarcinoma）：肺腺癌。
肺腺癌是肺癌的主要亚型之一，它起源于肺的细胞组织，有时会扩散到其他部位。
TCGA的LUAD数据对于深入研究肺腺癌的发病机制和潜在治疗靶点起到了关键作用。
3. LUSC（Lung Squamous Cell Carcinoma）：肺鳞癌。
肺鳞癌是肺癌的另一主要亚型，它起源于肺部表皮细胞中的鳞状细胞。
TCGA的LUSC数据有助于揭示肺鳞癌的分子机制和个体化治疗策略。
4. PRAD（Prostate Adenocarcinoma）：前列腺腺癌。
前列腺癌是男性最常见的癌症类型之一，主要发生于前列腺组织中的腺细胞。
TCGA的PRAD数据为前列腺癌的预后评估和个体化治疗提供了重要依据。
5. COAD（Colon Adenocarcinoma）：结肠腺癌。
结肠腺癌是一种常见的消化系统肿瘤，起源于结肠的腺体组织细胞。
TCGA的COAD数据有助于揭示结肠腺癌的分子病理特征以及潜在的治疗靶点。
6. ESCA（Esophageal Carcinoma）：食管癌。
食管癌是消化系统肿瘤中较常见的一种，起源于食管中的上皮细胞。
TCGA的ESCA数据可为食管癌的发生机制研究和靶向治疗提供重要数据支持。
7. GBM（Glioblastoma Multiforme）：胶质母细胞瘤。
《HeLa细胞长期传代过程中基因组突变动态变化》范文
《HeLa细胞长期传代过程中基因组突变动态变化》篇一一、引言HeLa细胞，作为一种人类宫颈癌细胞系，自其发现以来就在生物学、医学以及生命科学研究领域扮演着重要的角色。
这些细胞具有无限的增殖能力，并且在实验室环境下能够持续传代。
然而，在长期的传代过程中，这些细胞的基因组会发生突变，这对研究细胞的生长、分化、疾病发生以及药物反应等具有深远的意义。
本文将详细探讨HeLa细胞在长期传代过程中基因组突变的动态变化。
二、传代过程与基因组突变HeLa细胞的传代过程是细胞增殖的过程，这个过程中伴随着基因组的复制和突变。
突变的产生可以由多种因素引起，包括复制错误、基因重组、环境因素等。
随着传代次数的增加，这些突变逐渐积累，导致细胞基因组的复杂性增加。
三、基因组突变的类型与特点在HeLa细胞的长期传代过程中，基因组突变主要表现为点突变、插入或删除突变以及染色体畸变等。
这些突变在传代过程中可能相互独立或相互作用，影响细胞的生物学行为。
具体而言，点突变可能改变单个碱基序列，导致基因功能改变；插入或删除突变可能改变基因的长度和结构；染色体畸变可能导致基因组不稳定和复杂的遗传重组。
四、基因组突变的动态变化随着传代次数的增加，HeLa细胞基因组的突变率逐渐增加。
早期传代过程中，突变的发生较为随机且频率较低；然而，随着传代的进行，某些特定类型的突变开始频繁出现，形成特定的突变谱。
这些突变可能影响细胞的生长速度、分化能力以及对外界环境的适应性。
此外，某些突变可能具有选择优势，使携带这些突变的细胞在竞争中获得优势地位，从而在传代过程中逐渐占据主导地位。
五、基因组突变对细胞行为的影响基因组突变对HeLa细胞的生物学行为产生深远影响。
一方面，某些突变可能导致细胞获得新的生物学特性或增强原有的生物学特性；另一方面，某些突变可能导致细胞失去原有的生物学特性或引发细胞的凋亡和死亡。
这些变化使得HeLa细胞在药物研究、肿瘤学和生命科学等领域具有广泛的应用价值。
肺癌发病分子机理研究新进展：从基础到临床
759欢迎关注本刊公众号·专家述评与论著·《中国癌症杂志》2020年第30卷第10期 CHINA ONCOLOGY 2020 Vol.30 No.10通信作者：季红斌 E-mail: hbji@ 肺癌是最常见的原发性恶性肿瘤，严重威胁着人类健康。
据统计，25%~30%癌症导致的死肺癌发病分子机理研究新进展：从基础到临床金宇娟，胡 良，季红斌中国科学院分子细胞科学卓越创新中心，上海 200031［摘要］ 肺癌在全球范围内具有非常高的发病率和致死率，严重着威胁人类健康。
影响肺癌发生、发展及转移的因素十分复杂，可大致分为肿瘤细胞自身因素和肿瘤微环境因素：一方面，肿瘤细胞内基因组、蛋白质组水平的改变，在一定程度上决定了肺癌的特征；另一方面，肿瘤微环境包括免疫微环境和非免疫微环境，显著地影响肺癌的发生、发展。
因此，深入研究肺癌自身及其微环境将有助于加深人们对肺癌发病分子机理的认识，并为改进肺癌的临床诊疗手段奠定重要的理论基础，帮助提高肺癌患者的生活质量及生存时间。
对肺癌基础研究的现状进行综述，重点回顾肺癌基因组、蛋白质组、表型可塑性及肺癌微环境领域的相关研究进展，并讨论肺癌临床治疗的新策略。
［关键词］ 肺癌；基因组学；蛋白质组学；肿瘤可塑性；肿瘤微环境DOI: 10.19401/ki.1007-3639.2020.10.006中图分类号：R734.2 文献标志码：A 文章编号：1007-3639(2020)10-0759-11Advances in molecular mechanism of lung cancer: from rational to practice JIN Yujuan, HU Liang, JI Hongbin (Chinese Academy of Sciences Center for Excellence in Molecular Cell Science, Shanghai 200031, China)Correspondence to: JI Hongbin E-mail: hbji@［Abstract ］ Lung cancer is one of the most malignant carcinomas worldwide, with extremely high incidence and mortality. The factors that affect lung cancer initiation, progression and metastasis are complicated, which could be roughly divided into two parts, from either cancer cells themselves or tumor-associated microenvironment. On the one hand, genomic and proteomic alterations in cancer cells determinate their characteristics. On the other hand, tumor microenvironment, including both immune and non-immune microenvironments, significantly affect tumorigenesis and malignant progression. Studies in lung cancer and its microenvironment help improve the understanding of molecular mechanisms, and lay an important theoretical foundation to the clinical diagnosis and therapy. In this review, we summarized recent progress of lung cancer genomics, proteomics, phenotypic plasticity and microenvironment, and discussed potential therapeutic strategies for clinical treatment.［Key words ］ Lung cancer; Genomics; Proteomics; Tumor plasticity; Tumor microenvironment亡病例都来自于肺癌，肺癌患者的5年存活率仅为20%左右［1-2］。
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利用纳米孔测序技术解析肿瘤基因组结构变异、非整倍性
变异及肿瘤异质性
癌症是一种基因组疾病，除了染色体数目异常变异之外，还存在数千种大规模的
缺失、重复和易位等变异。
图1 两个肺癌细胞系的全基因组测序。结果显示每个样本均有不同程度的重复、缺失和易位等变异。
a)H441细胞系b)A549细胞系
利用全基因组测序解析两个肺癌细胞系大规模不同类型的
的缺失、重复、易位以及非整倍性变异的基因组图谱
同一患者的肿瘤细胞中经常发现DNA重组，正常细胞中则没有发现。这些重组
包括不同类型的结构变异（SV）：拷贝数变异，染色体内及染色体间重组，以及转座
子和其他外源序列的插入。很多重组不会直接导致癌症扩散，但是一些关键基因的改
变能够促使肿瘤形成。癌症的SV分析可以用于表征特殊肿瘤类型，从而针对性地采
用不同地治疗方式。癌症SV通常是复杂的或者大规模的基因重组，并且只能通过能
够完整测到整个重组基因的长度长测序来解决。为了研究纳米孔长度长测序在揭示癌
症SVs中的应用，我们对两个肺癌细胞系NCI-H441和 A549进行了基因组DNA提
取，文库制备并在GridIONTM上完成了测序。已知这两种细胞系都有大量的结构变
异。NCI-H441和 A549的测序覆盖度分别为19.5X和15X。我们用ngmlr将测序结
果与人类基因组序列进行比对，并参考图1制作了覆盖度分析图。覆盖度值与这些样
品已公开的核型图非常接近。
图2 对两个细胞系染色体内和染色体间重组的进一步分析
a) A549的Circos图 b) KRAS基因的 SNPs c) H441的 KRAS基因重复 d) H441的Circos图
两个肺癌细胞系均在KRAS信号转导 GTP酶基因中发生
点突变，此外还有染色体内和染色体间重组
为了检测SV，我们用sniffles进行比对，若5个及以上reads仍不能确定其SVs
类型则排除。我们对每个细胞系作Circos图（图2），可以看到大量的染色体内和染
色体间重组。除此之外，已知这两个细胞系都在12号染色体相邻位置的KRAS基因
中具有非同义突变。A549在25245351（G12S）处发生C→T碱基转换，H441在
25245350（坐标hg38）处发生C→A碱基颠换。这些突变都清晰的展现在测序数据
中（图2b）。我们的reads检测到H441的C→A碱基颠换的比例约为2:1，与已经
公布的H441细胞系12号染色体是三倍体结果一致。图2d展示了两个细胞系在12
号染色体的12p12.1区域1kb区间的标准覆盖度。与A549相比，H441的KRAS基
因及其周围区域具有更高的标准覆盖度。通过纳米孔技术测序，我们可以更加清晰地
发现数量更多、长度更小的基因组重复。这些结果充分显示了纳米孔长度长测序可用
于肿瘤基因组DNA分析，并能够鉴定比核型图分辨率更高的SVs。