生物样本库(Biobank)

生物样本库(Biobank)
生物样本库(Biobank)

生物样本库

张国强

海尔生物样本库整体解决方案产品总监生物样本库的定义

生物样本库

又称生物银行(Biobank),主要是指标准化收集、处理、储存和应用健康和疾病生物体的生物大分子、细胞、组织和器官等样本(包括人体器官组织、全血、血浆、血清、生物体液或经处理过的生物样本(DNA、RNA、蛋白等)以及与这些生物样本相关的临床、病理、治疗、随访、知情同意等资料及其质量控制、信息管理与应用系统。

根据经济合作与发展组织(OECD)的定义,”生物样本库(Biobank)是一种集中保存各种人类生物材料(Human biological material),用于疾病的临床治疗和生命科学研究的生物应用系统”。

生物样本库类型

生物样本库(Biobank)有多种类型,常见的组织、器官库(Tissue bank),如血液库、眼角膜库、骨髓库,到拥有正常细胞、遗传突变细胞、肿瘤细胞和杂交瘤细胞株(系)的细胞株(系)库,近年来出现了脐血干细胞库、胚胎干细胞库等各种干细胞库以及各种人种和疾病的基因组库(Genome bank)。

这些生物样本库(Biobank)为血液病、免疫系统疾病、糖尿病、恶性肿瘤等重大疾病的研究起到了非常重要的推动作用。

生物样本库发展趋势

生物样本库的发展现状

生物样本库(Biobank)是众多重要科研成果快速产业化、应用到临床,实现“转化医学”的重要保证,美国、欧洲以及国际卫生组织都投入了几亿到几百亿美元建立大型生物样本库。

进入二十一世纪以来,随着现代生物技术的快速发展,分子遗传学取得了巨大的发展,国外对于人类遗传资源的保护与开发研究势头强劲,主要呈现两个特点,其一是在标准化前提下遗传资源库的大型化。例如英国生物样本库于1999年设立,在英国6个中心范围内收集超过50万样本。其二就是各个国家内部研究机构和国家之间对遗传资源库的共同建设和共享。欧洲前瞻性营养与肿瘤调查是在10个欧洲国家(丹麦、法国、德国、希腊、意大利、挪威、瑞典、荷兰、西班牙和英国)23个中心开展的样本量为52万人的遗传资源研究。

国外最新研究成果可以将人类的基因组嵌入到一个小小的生物芯片里,通过芯片可以了解你的疾病易感基因,预测你的易发病以及智商等生物信息。而最新的数字医学,可以通过手机把疾病信息发到医院,医院可以立即判断患者的病情。

我国的生物样本库现状

早在1994年中国科学院就建立了中华民族永生细胞库,而后,山东省脐带血造血干细胞库、北京脐带血造血干细胞库、泰州(复旦)健康科学研究院、SBC芯超生物银行等专项生物标本资源库也相继建立,所以我国生物样本资源库与欧美相比,起步时间并不算晚。

2003年我国启动了国家自然科技资源共享平台建设项目,虽然在生物遗传资源平台标准规范和技术规程的制定,生物遗传资源性状数据的补充完善,濒危、珍稀动植物、人类遗传资源收集、整理与保护,遗传资源标准化整理与数字化表达等方面做了大量的工作,但是许多工作目前多是宏观性的框架建设,许多细化的工作尚未落实。加之遗传资源建设很多方面的关键技术未获突破,制约我国遗传资源建设和发展的瓶颈依然存在。

在前不久刚刚公布的《“十二五”生物技术发展规划》中,明确要求要建设国家生物信息科技基础设施——国家生物信息中心,包括国家生物技术管理信息库,基因组、蛋白质组、代谢组等生物信息库,大型生物样本、标本、病例资源和人类遗传资源库以及共享服务体系;建设若干实验动物和模式生物基础设施和生物医学资源基础设施。这就说明我国已经加强了在生物样本库建设方面的投入,这是一次千载难逢的行业机会。

生物样本库和转化医学

生物样本库与转化医学

随着后基因组时代的来临,对基因的研究引发了新的方法和研究手段的诞生,密切了基础医学与药物研发、临床医学之间的联系。使人们可以更准确地理解环境和人类遗传分子之间的相互作用,以期精确地描绘疾病发生的本质,从而改进目前对于疾病的诊查和治疗。由此诞生了从实验室到病床,把基础研究所获得的知识、成果快速转化为临床上治疗的新方法,并通过新方法的实施反过来验证基础研究中发现或建立的新的理论。被称为(B2B,Bench to Bedside)模式,也称其为转化医学(Translational Medicine)。

转化医学的实质是理论与实际相结合,是基础与临床的整合,是分子、细胞、结构、功能、表型、发病机理、生理病理、环境遗传、预警诊断、预防治疗、医学信息的系统分析;是多学科、多层次、多靶点,微观与宏观、静态与动态、结构与功能、生理与病理、预防与治疗、人文与科学的交叉融合。它是一次伟大的医学革命。

建立专门的生物样本库(Biobank),大规模、高效的搜集和利用生物样本、生物信息和数据,保证转化医学研究的需要。这种方式对于提高科研效率具有极大的帮助,这可以从近两年转化医学领域在国际一流杂志上发表的高水平研究成果获得佐证。为此,经济发展与合作组织(OECD)国家特别为样本库定义了一个词语“Biobank”,其内涵为“一个有组织的搜集人口或大规模族群生物材料和相关数据和信息并加以保存的机构”。

生物样本库主要形式

1、医院或研究机构下单个研究人员或者单个科室因其研究需要将其搜集的生物样本单独保存而建立的生物样本库(Biobank);

2、医院或研究机构建立的生物样本库(Biobank),进行医院或研究机构内部搜集的生物样本资源统一保存和分配使用;

3、多个医院或研究机构联合组成的生物样本库(Biobank),实现各单位搜集的生物样本集中保存和共享使用;

4、第三方机构从社群中搜集大型的队列生物样本库(Biobank),集中保存并在申请审批后不同各研究人员提供样本。

因为不同类型生物样本库的存在,以及搜集样本的类型和保存方式的不同,其所承担的功能和架构、工作流程、基础设施建设和设备配备等情况也会不同。

生物样本库信息系统

简介

生物样本库(Biobank)资源管理信息系统是为了便利于有效的管理生物样本和相关信息所建立的具有搜集、保存、检索和分析功能的信息系统。其易用性、安全性、可靠性是其重要考核内容。为此:

生物样本库(Biobank)资源管理信息系统的功能包括但不限于:追踪捐赠者的问卷和知情同意,管理生物样本采集、处理、储存和运输,管理QA/QC程序和文件,捐赠者临床数据电子采集,数据安全保护,报告管理(库存、采集、使用、QA等报告),临床和实验数据挖掘。

生物样本库(Biobank)资源管理信息系统应具有灵活的可扩展性,能适应和满足生物样本库不断发展和变化的需求。应定期评估信息系统确保其满足生物样本库工作需要和规范的要求。

生物样本库(Biobank)资源管理信息系统应能记录样本质量,如样本的储存温度环境和冻融次数等。

生物样本库(Biobank)资源管理信息系统应能通过标识(如条形码)将实物样本关联到信息系统中的相关数据。

识别和追踪样本

a) 提取、分装后的样本应能通过信息系统追溯到原始样本并与其信息相关联;

b) 每份样本在信息系统中应有且仅有唯一一个或者一组识别符号(数字或条形码);

c)样本从采集到处理、储存、配送运输、使用后剩余返回重新储存等的全过程都应被有效记录;

d) 生物样本的转移应被及时记录,信息系统能追溯到每一个样本储存位置的变更。生物样本库系统的价值

在和大量客户接触和交流的过程中,发现越来越多的临床科研工作者意识到样本资源对于科研工作的重要性,开始重视临床生物样本的大量收集和规范化管理工作,一个优秀的生物样本库信息化管理体系的建立,将带来以下价值:

整体科研规划

即从短期、中期和长期三个阶段来规划本单位的科研目标,明确各个阶段可以采用的科研工具、相关的资源需求、人员配置等要素;

相关的资源收集和管理

根据整体规划中不同阶段的资源需求,进行相关资源的收集和管理;与HIS、LIS等系统接口,信息更加集中,更加易于分析;

保存箱空间利用率

样本积累到一定数量后,手工方式查找和存放样本非常困难而且容易出错,存放样本的容器(例如冰箱、液氮罐)利用效率也会逐渐降低。因为一开始样本可能是分类顺序存放的,但是根据科研需求的不同,取样会从容器的不同位置取走样本,一段时间后,容器中会产生大量的零散空位却无法有效利用。这就需要利用信息化系统来进行样本存放位置的自动分配和查找,提高冰箱等容器的空间利用效率。

取样的准确性

这直接关系到实验结果和研究结论,有时却被忽视了。我们曾经听说过这样的事例:一个研究某种女性疾病的课题,提供了一批患者样本给商业服务机构进行基因分析,实验过程中却发现其中一些样本对应的患者是男性,这就使得这一批样本基本失去了价值。要避免这样的问题出现,可以通过已经很成熟的低温条形码标签技术,扫描条形码在软件工具中进行相关信息的核对,就能有效的确保取样的准确性。

随访的有效性

患者资源是医院最重要的战略资源。对患者进行定期随访管理,使患者得到持续的观察和合理后续治疗,提高医院医前及医后服务,更好的解决患者病痛之苦,并与患者逐一建立持久、长远的双赢关系。同时方便医生对病人跟踪观察,掌握第一手资料进行统计分析、积累经验,有利于科研工作的开展和业务水平的提高,更好地为病人服务。

配套临床资料的管理

收集和保存样本的目的是为了根据临床科研的需要,对病人的样本进行筛选,通过分子生物学实验得到患者外在症状和内在的基因、蛋白等表达之间的关联,如果一份样本缺乏完整配套的临床资料,则筛选的依据不足,样本的科研价值就大打折扣了。

生物样本的质量控制

包括样本采集分装、入库、取样、出库整个过程中对样本质量的监控,避免样本出现污染、降解等质量问题;

科研项目管理的必要性

项目管理就是指把各种系统,方法和人员结合在一起,在规定的时间,预算和质量目标范围内完成项目的各项工作,有效的项目管理是指在规定用来实现具体目标和指标的时间内、对组织机构资源进行计划,引导和控制工作。旨在依据一定的规范对项目进行全方位即时查

询、监控及管理。通过网络,实现项目管理数位化电子化,操作简便,一目了然,大幅度提高工作效率。

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生物样本库管理系统的功能以及系统

物样本库又称生物银行,主要是指:标准化收集、处理、储存、应用健康或疾病生物体的大分子、细胞、组织、器官等样本,以及与这些生物样本相关的(临床、病理、治疗、随访、知情同意等)信息管理、质量控制和应用系统。 随着医学科技的高速发展,高质量的临床生物样本库建设已成为现代化医院的重要组成部分。生物医学样本和相关临床数据的采集、存储和分析是转化医学产业中重要的上游支持。 由于生物样本资源属于不可再生资源,高质量的生物样本对于生物医学研究越来越重要。信息化的管理系统能够为建设高质量、高标准的样本库提供有力的支持。但我国目前已有的样本库信息化程度不高,信息及数据采集采用纸质记录,再由样本库工作人员手动录入电脑,这种模式不仅费时费力,也容易录错。因此,早期建设的生物样本库仅有简单的存储功能,对于样本的研究不深入,难以为转化医学做出应有的贡献。 信息化系统的应用带动样本库的精细化管理,不仅可以快速追踪样本信息和记录,而且对于生物样本的科学收集、诊治的临床信息、实验数据等进行了科学规范化管理,增加了样本管理的准确度。 生物样本库信息化管理系统基本功能应包括样本管理、设备管理、样本信息查看、样本生命周期的操作记录等,对样本状态和使用情况做实时监控。 有序的空间管理是生物样本库管理的第一要务,用条形码、二维码技术,准确定位每个样本的位置,记录样本信息,做到管理的科学化,始终了解样本

的状态(收集、处理、存储、出库、入库、运输、使用等过程),使流程管理自动化。样本数据管理有效、可追溯,保障数据安全、保护个人隐私,同时,在保障隐私权的前提下,支持多家分布式样本库建设,促进样本资源的共享。

生物样本库发展的现状

生物样本库发展的现状

一、国际生物样本库建设现状概况 1.1 北美地区的生物样本库 生物样本作为转化医学研究的重要资源,正在日益受到各国高度的重视。在美洲有影响力的组织有1999年成立的国际生物和环境资源协会(ISBER)和2005年由美国NCI成立的生物存储库和生物标本研究实验室(OBBR)。 1.1.1 ISBER 国际生物和环境样本库协会(International Society for Biological and Environmental Repositories, ISBER)是美国研究病理学会下辖的一个分支机构。它试图通过建立规范和标准,利用培训等方式影响发展中国家的样本库建设,使其达到一定的质量和标准。目前,ISBER下辖6个不同类型的生物样本库,分别是动物样本库、环境样本库、人体样本库、微生物样本库、博物馆样本库、植物/种子样本库。 除此之外,ISBER设置了若干个专门性的工作组,每个工作组由具有专门知识和经验的个人组成,通过白皮书或其他出版物,及时解决生物样本库建设过程中遇到的问题。这些工作组包括样本库自动化工作组、样本库融资工作组、生物样本科学工作组、临床生物样本工作组、环境生物样本工作组、信息和情报工作组、生物样本库知情同意工作组、制药学术工作组、以及人体组织样本的权利和控制工作组。通过这些工作组的工作,逐步推进ISBER在生物样本库建设过程中各个领域内的专业性和权威性。 1.1.2 OBBR 2005年美国国立癌症研究所(National Cancer Institute, NCI)成立了美国国家癌症中心生物样本库和生物样本研究办公室(Office of Biorepository and biospecimen Research,OBBR)。OBBR致力于制定一个共同的生物样本库标准,以便于指导,协调和发展机构搜集生物样本资源的能力和提高所搜集生物样本的质量以确保其满足研究需要。 OBBR工作目标: 1.确立生物样本库作为研究的新领域,确定高效保存生物样品使其 适用于基因组和蛋白质组研究的各种搜集和处理协议; 2.推广普及第一版的最佳操作规范,以协调各机构政策和程序。并 不断在此基础上总结完善,改进提高生物样本库的最佳做法;

上海生物样本库最佳实践规范及标准操作流程文件汇编

上海生物样本库 最佳实践规范及标准操作流程 文件汇编 (第二版) 2010年5月

上海生物样本库 质量管理体系文件 文件名称 检测结果质量控制程序 编号 SOP-TQ-005-01 批 准 人 批准日期 实施日期 检测结果质量控制程序 1.目的 为了对检测结果的质量实施有效控制,保证结果数据具有良好的精密度、准确度和可信度。 2.适用范围 适用于检测结果质量控制的方式过程。 3.定义和术语 无 4.职责 4.1 样本库负责人审批质控计划 4.2 质量负责人 4.2.1 负责制定年度质量控制计划和适时质量控制计划; 4.2.2 组织质量控制活动的实施; 4.2.3 负责对质控数据进行统计、分析; 4.2.4 组织对上述活动的可行性和有效性评审。 4.3 检测项目负责人 4.3.1 组织本项目人员完成室间质评活动的试验及实验室间比对和能力验证试验; 4.3.2 审核比对和能力验证试验的结果。 4.4 检验人员 4.4.1 完成室间质评活动的试验及实验室间比对和能力验证试验的检测工作

4.4.2 完成质控活动中应承担的检测工作; 4.4.3 认真填写检验记录。 5.设备和器材 无 6.正文 6.1 检测结果质量控制方式 6.1.1室间质量控制。 6.1.2室内质量控制。 6.2 室间的质量控制 6.2.1方式 A. 参加国际或国内组织的室间质评活动。 B. 样本库实验室自行组织的与外部实验室之间的比对和能力验证试验。 6.2.2自行组织比对项目的选择,由质量负责人、技术负责人组共同商定。 A. 客户投诉项目; B. 新开展的检测项目; C. 无法溯源的仪器设备; D. 使用非标准检测方法的项目; E. 其他技术水平要求较高或有必要的检测项目。 6.2.3试验的组织 A. 由质量负责人组织参加室间质评活动,安排试验时间及人员。 B. 样本库自行组织的比对和能力验证试验,由质量负责人联系参与比对和能力验证试验的外部实验室,安排比对和能力验证试验的时间,以及核算所需实验经费。 C. 质量负责人编制比对和能力验证试验工作计划,报样本库负责人批准。计划内容主要包括: 比对和能力验证试验的项目选择; 参加比对的实验室间; 比对和能力验证试验的时间安排; 经费核算。

生物样本库建设管理规定

生物样本库建设管理规定 第一章总则 第一条为加强和规范医院生物样本库建设、运行和管理,制定本规定。 第二条医院生物样本库应按照“顶层设计、统筹规划、共建共享”的原则,建立信息资源和利益共享机制以及相应的信息服务平台,建成资料完整、规范化、标准化、信息化、特色鲜明的综合型生物样本库,为临床转化医学研究提供平台支撑。 第三条医院生物样本库应遵循《中国医药生物技术协会生物样本库标准(试行)》和伦理规范,为临床科学研究提供高质量的样本、高质量的数据、高质量的服务。 第四条医院生物样本库在院党委的领导下,依托病理科建设,病理科主任兼任生物样本库主任,负责规范运行、质控、经费管理等。 第二章生物样本库组织构架与任务职责第五条组织构架 图一:组织构架

第六条生物样本库人员编配 生物样本库设主任、副主任各1人,采集组2人,加工处理组2人,冻存管理组1人;主任由病理科主任兼任,副主任及成员由医院招聘专职人员。 主任:负责生物样本库全面管理工作。 副主任:协助主任完成生物样本库的日常运行与管理工作。 采集组:负责组织样本的取材与运输等工作。 加工处理组:负责接收入库样本,并根据样本种类与研究需求进行分装、处理等。 冻存管理组:负责样本的出入库管理、追踪核实样本的库存情况与质量检测等工作。 具体岗位职责与要求,由生物样本库明确后报医院审定。 待遇:专职人员参照中心实验室招聘人员待遇执行。 第七条任务职责 一、学术委员会 (一)依托医院学术委员会。 (二)职责: 1.指导生物样本库建设及中长期发展规划。 2.对生物样本库的重大学术研究问题提供咨询和把关。 3.对生物样本采集与使用进行科学性审查。 4.检查监督生物样本库运行管理。 5.检查指导生物样本库年度预算拟制和落实情况。

上海将建全球最大生物样本库(图)

上海将建全球最大生物样本库(图) 2010-09-09 18:03:00 来源: 东方早报(上海) 跟贴 0 条手机看新闻 上海转化医学发展要加强生物样本库的建设。 转化医学:以患者为本 转化医学是医学研究的一个分支,试图在基础研究与临床医疗之间建立更直接的联系。 传统的基础研究与临床实践被一系列的障碍分隔,这些障碍就像“篱笆墙”。新药的研发隔离于临床在实验室中进行,而当需要进行安全测试和临床试验时才不可避免地被“扔过篱笆”。 转化医学旨在将基础研究的成果转化成为向实际患者提供的真正治疗手段,强调的是从实验室到病床旁的连接,这通常被称为“从实验台到病床旁”定义。 早报记者肖蓓 将基础研究的成果“转化”成为实际患者提供的真正治疗手段,即为转化医学。 “转化医学已经成为21世纪医学研究的主要模式,为推进转化医学研究,上海将投巨资建立全世界最大的生物样本库,作为转化医学研究的重要资源。”在昨日召开的上海转化医学高峰论坛暨长海医院临床与转化医学中心成立大会上,上海市副市长沈晓明透露,上海市政府将进一步加大对转化医学研究领域的投入力度,鼓励高等院校、科研机构、医疗单位开展转化医学研究。 转化医学对普通市民来说还有点陌生,但是对广大患者来说显得尤为重要,因为转化医学强调的是对患者的早期检查和疾病的早期评估,而上海发展转化医学更为重要的目标是注重降低老百姓医疗费用。

什么是转化医学? 基础科学与临床科学脱节催生转化医学,强调对患者早期检查和疾病的早期评估 上海转化医学高峰论坛暨长海医院临床与转化医学中心成立大会昨天举行,上海市副市长沈晓明出席开幕式并致辞,中国工程院学部工作局副局长谢冰玉、上海市科委主任寿子琪、上海市卫生局局长徐建光和上海市市疾病预防控制中心主任吴凡等有关领导及50余位转化医学专家出席,大家纷纷就转化医学发表观点。 转化医学是应对现在医学研究日趋复杂化和基础临床严重脱离所提出的一种研究新策略。2003年,美国医学教授正式提出“转化医学”这一名词,它是以病人为中心,从临床发现和提出问题,经过基础和实验研究,将研究成果迅速转向临床的实际应用,以提高临床整体的诊疗水平,再从临床发现问题,经过研究再回到临床,所以亦称为“从实验室到病床”。 然而,近十年来转化医学的进展却并不理想,科研转化效率不够高。有关数据统计,普遍的科研成果转化率仅有8%,也就是说有90%以上的成果没有被转化。另一方面,科技成果对临床水平的提高推动力不够强。如1971年至今美国已投入2000亿美元用于肿瘤防治研究,然而肿瘤临床防治工作的进展仍然有限。 “基础科学的巨大进步使我们对疾病的发病机制有了更为深刻的认识,但并没有迅速地给我们带来诊断、治疗和预防的新方法,主要是由于临床人员和基础科学家之间没有建立起真正的交流与合作。”昨天的论坛上,中国工程院院士戴尅戎认为,基础科学家与临床人员之间存在一个巨大的“死亡之谷”,导致很多科研成果无法转化成临床应用。 正因如此,各国政府都对转化医学给予了高度重视,美国要投巨资在2012年以前建成60个以上转化医学中心,欧洲各国也不遗余力地推进转化医学。西风东渐,国内转化医学工作同样如火如荼,中国工程院等国内高水平学术机构密集召开研讨会,热烈讨论我国转化医学的推进策略。同时,中科院、哈医大等单位已成立转化医学中心,长海医院顺应学术发展潮流,在上海率先成立转化医学中心。 转化医学目标是什么? 更有效干预和治疗,减少重症病人,降低医疗成本 中国工程院院士杨胜利在讲演中指出,转化医学将生命科学和生物技术及相关的现代科学技术整合、凝聚到4P医学,将推动医疗改革、提高人民的健康水平和生活质量,实现更精确的预警与诊断、更有效的干预和治疗,降低发病率、推迟发病年龄、提高治愈率、减少重症病人、降低医疗的综合成本。 转化医学有哪些成果?

生物样本资源库建设——工作目的及必要性部分

生物样本资源库建设——工作目的及必要性部分

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生物样本资源库建设——工作目的及必要性 一、工作背景: 人类基因组计划(humangenomeproject,HGP)的顺利完成,开启了人类健康与生命科学研究的新时代。通过对人类全基因组序列、分类和多态性的解读,使人们得以从微观层面了解疾病的致病机理,为分子诊断、基因治疗等个体化及精准医疗手段提供了依据。然而随着近年来生物医学研究的飞速发展以及人类对健康和疾病认识的不断深入,传统的单病因、单基因研究模式已难以满足对于疑难疾病的研究需要,亟需一种具有普遍意义的全局性分子信息数据库以提供疾病各阶段的相关生物大分子变化的整体信息,为寻找不同阶段关键的致病基因和分子提供可靠的依据。由此,生物样本库应运而生。 生物样本库又称生物银行(biobank),经济合作与发展组织(Organization for Economic CooperationandDevelopment, OECD)将其定义为一种用于支持遗传研究的结构化资源,它既包括来自人体的生物标本实物(如血液、尿液、组织、DNA和细胞等),也包括由标本试验和分析过程产生的试验数据以及与标本有关的大量关联信息(如人口统计学信息、临床诊疗信息、生活方式、环境信息等)。而《中国医药生物技术协会生物样本库标准(试行)》则将生物样本库定义为规范化收集、保存和处置离体生物样本的机构,为人类健康、疾病诊断与药物研发等生物医学研究提供资源。这表明生物样本库不仅仅是保存生物样本,同时还担负着样本数据的收集、存储,以及相关流程和政策的负载。依据收集样本的不同,生物样本库大致可以分为人口生物样本库(population-based biobanks)和疾病生物样本库(disease-oriented biobanks)。人口生物样本库主要面向随机选择的志愿人群,收集其生物标本以及家族史、生活方式、环境暴露因素等方面的数据资料,用于研究常见疾病的自然发病情况和发展状况以及寻找疾病相关生物标志物(biomarker)。而疾病生物样本库则主要面向患病人群或健康对照人群,收集其生物标本以及各种临床表型数据资料,用于研究适于疾病诊断、评估和治疗的biomarkers,以寻找新的药物治疗靶点。此外,根据其设立主体和规模,生物样本库又可分为:①医院或研究机构下单个研究人员或者单个科室因其研究需要将其收集的生物样本单独保存而建立的生物样本库;②医院或研究机构建立的生物样本库,对医院或研究机构内部收集的生物样本资源

生物样本库信息化管理系统

生物样本库又称生物银行,主要是指:标准化收集、处理、储存、应用健康或疾病生物体的大分子、细胞、组织、器官等样本,以及与这些生物样本相关的(临床、病理、治疗、随访、知情同意等)信息管理、质量控制和应用系统。 随着医学科技的高速发展,高质量的临床生物样本库建设已成为现代化医院的重要组成部分。生物医学样本和相关临床数据的采集、存储和分析是转化医学产业中重要的上游支持。 1、我国生物样本库建设的进程 我国生物样本的收集在20世纪70年代就已经开始,一些医院已开始建立自己的样本库,但这些样本库的建设存在:无序、分散、封闭、缺乏标准化流程,缺乏质控体系与信息化管理,临床资料残缺不全(尤其是治疗与随访资料),伦理学与相关法律不健全等问题。严重降低了我国生命科学研究水平, 阻碍了创新性新药研发与临床诊治技术开发进程。 国家在《“十三五”生物产业发展规划》中明确指出建设生物资源样本库、生物信息数据库和生物资源信息一体化体系,建设具有重要产业应用价值及科研前瞻性的国家精品样本库和实时全景生命数据库。开展生物样本库中生物样本的评价和质量控制用标准物质研究,搭建信息资源研究开发的基础性支撑平台,建设独立的疾病相关遗传信息应用型数据库。 经过最近10年的发展,生物样本库开始从传统的样本储存向信息化方向发展。我国地大物博、人口众多,生物样本量大是我们的优势。收集和利用生物样本蕴含的海量生物学信息是摆在我们面前的关键问题,而建立完善的信息化生物样本库就可以解决。 2、生物样本库信息化管理 生物样本资源属于不可再生资源,高质量的生物样本对于生物医学研究越来越重要。信息化的管理系统能够为建设高质量、高标准的样本库提供有力的支持。但我国目前已有的样本库信息化程度不高,信息及数据采集采用纸质记录,再由样本库工作人员手动录入电脑,这种模式不仅费时费力,也容易录错。因此,早期建设的生物样本库仅有简单的存储功能,对于样本的研究不深入,难以为转化医学做出应有的贡献。 信息化系统的应用带动样本库的精细化管理,不仅可以快速追踪样本信息和记录,而且对于生物样本的科学收集、诊治的临床信息、实验数据等进行了科学规范化管理,增加了样本管理的准确度。 3、生物样本库信息化管理系统的功能

180 医院生物样本库管理系统

医院生物样本库管理系统 王琼①邹宇辉①林春发①李小华① 基金项目:国家自然科学基金(编号:81302201) ①广州军区广州总医院 摘要生物样本库是临床科研的重要基础材料,是推动疾病研究和新药研发的重要保证之一。传统生物样本管理是一项繁杂且容易失误的工作,我院通过使用二维条码标识实现了对生物样本收集、存储的动态追踪,建立了一套具备完整临床资料、实验研究资料和组织样本资料的科研数据库。本文即介绍了我院生物样本管理系统的工作流程、主要功能及主要特点。 关键词生物样本库生物银行医院信息系统 1 前言 生物样本库(BioBank),主要是指标准化收集、处理、储存和应用健康和疾病生物体的生物大分子、细胞、组织和器官等样本(包括人体器官组织、全血、血浆、血清、生物体液)或经处理过的生物样本(DNA、RNA、蛋白等)以及与这些生物样本相关的临床、病理、治疗、随访、知情同意等资料及其质量控制、信息管理与应用系统。许多重大疾病的早期诊断、个性化治疗、预防和预后评估等都可借助对生物样本库中所保存的人体组织、血液及体液中的基因或蛋白成分来分析判断。欧美国家对此非常重视,先后建成了各类高级别的生物样本库和管理中心,对样本进行标准化的收集、保存及临床研究。他们依靠生物样本库,借助基因研究与生物芯片技术,在疾病和肿瘤的预测、预防、疾病早期诊断等领域发表了一系列优秀的科研论文并在重要基因、蛋白等科研成果的产业化、临床应用和生物新药等方面取得重大突破和进展。 我院神经外科作为广东省唯一入选全国胶质瘤协作的核心单位,建立了神经肿瘤标本库。为了避免以往采用手工管理,标本杂乱分散,不利于质量控制及数据高效统计和分析的缺点,采用了信息化手段管理,并联合我院信息科建立了生物样本库管理系统,该系统可以很容易的实现存储、盘点、查找、访问和追踪重要的生物标本信息。 2 系统主要设备及软硬件环境 系统运行的软硬件环境:①服务器:CPU频率2.8GHZ,内存2GB,硬盘2TG,操作系统Windows 2003 server,数据库采用SQL Server 2008。②客户机最低要求:CPU频率1GHz,内存512MB,硬盘10G,操作系统Windows XP。③外围设备:图像拍摄仪、条码打印机、二维条码扫描枪、低温耐液氮标签、液氮罐、超低温冰箱、温控检测仪、中继器。系统建立在以.Net Framework为基础的Microsoft Net平台上,编程语言使用C#,采用经典的三层架构,分为数据访问层(DAL)、业务逻辑层(BLL)和用户界面(UI)。DAL遵循工厂模式,使用https://www.360docs.net/doc/e014164420.html,(ActiveX Data ObjectsNet)提供的DbFactory类。BLL包含全部的业务逻辑(包括权限管理)。 3 系统工作流程 生物样本库的标本采集常规工作流程如图1所示。采集前需进行伦理讨论及患者知情同意书签订。标本采集及保存时,要进行标本编码及二维条码打印、粘贴,并指定存储位置。多个样本的存储,可先存放,再通过图像识别系统批量识别存储位置。标本保存后,须进行相关信息的录入和导入,包括病理信息、影像信息及本院就诊信息,出院后要进行院后随访工作。标本库的日常维护包括标本盘点,质量检测和冷链监控。标本使用要进行审批并出库登记,废除的标本要进

生物样本库 样本运输

样本运输控制程序 1.目的 为了规范在样本流动中的程序衔接和质量保证问题,包括设备要求、容器要求、样本运输过程中的记录管理和注意事项以及运输安全要求。 2.适用范围 本规程适用于样本库出于下列目的样本转移: 为了在参与单位内部转移组织样本进行DNA/RNA/蛋白质的 提取等样本处理:为了作为证据核查研究结果,在研究结果公布前,将研究中使用的组织样本集中到指定单位存放; 为了降低存储压力: 为了在仪器故障、动力故障或其他危及样本安全紧急情况下将样本转移到安全的单位妥善保存; 为了转移到第三方进行质量检验。 3.定义和术语 3.1DNA/RNA 即脱氧核糖核苷酸/核糖核酸,是生物体重要的遗传物质。 3.2干冰 气体二氧化碳的凝固状态,表而温度为-78 ℃。随着干冰的升华,它会吸收热量,并发挥冷冻作用. 3.3液氮 在常压条件下,氮气液化后的产物,其温度为-196 ℃。

3.4低温冰袋 又名胶体冰,用高分子材料制造的胶体聚合物。它们用于保持产品温度在-1℃到16℃。 3.5冷链 是指根据物品特性,为保持其品质而采用的从生产到消费的过程中始终处于低温状态的物流网络。 3.6样本容器 在本规范内的容器仅指直接盛放样本的瓶子、管子等小型容器。为了运输需要将这些容器进行再次包装的盛放容器不在本概念范畴内。 4.职责 4.1样本管理员负责样本的运输 5.设备和器材 无 6.正文 6.1样本发送 6.1.1通过样本信息管理系统填写《样本转移中请表》,并提交样本库中心执行委员会批准。 6.1.2 如在参与单位之间转移样本,单位之间需要签订样本转移的协议。 6.1.3 获得批准后,根据需要运输样本的具体情况,按照规定的包装要求和注意事项,选择合适的再包装方法和样本运输方式。

关于医院建立肿瘤生物样本库的可行性研究报告

医院建立肿瘤生物标本库的可行性研究报告 一、生物样本库的定义 《中国医药生物技术协会生物样本库标准(试行)》中对生物样本库的定义为:规范化收集、保存和处置离体生物样本的机构,为人类健康、疾病诊断与药物研发等生物医学研究提供资源。 二、建立肿瘤生物样本库的意义及应用 1. 意义: 生物样本库作为一个新事物在全球内不断涌现,很多医院或学科,都建立了或正在建立以肿瘤相关的样本为收集对象的生物样本库。一个集样本收集、处理、储存和分发等活动为主的生物样本库,正在为生物样本库事业、肿瘤的基础与临床究发挥重要的作用。肿瘤生物样本库在生物样本库中占有非常重要的位置,很多生物样本库的活动都包括肿瘤生物样本的收集和处理。 在攻克恶性肿瘤的研究工作中,随着研究技术的不断进步,新方法的不断推出,分子机制研究进步很快,但实体瘤患者的长期生存率并未得到明显提高,生存率的提高还主要依赖于肿瘤的早诊和早治。整合资源,建立平台,建立整合患者的危险因素、临床诊治、生存和预后等肿瘤生物样本数据库资料,为攻克恶性肿瘤的研究工作提供数据。 2. 应用 生物样本库是生物医药研究、大型遗传学研生物制药工业和各种临床试验中不可缺少的资源。生物样本特别是疾病样本,产生的地点

多数在医院,多数生物样本库也设立在医院。生物样本库的收集行为之目的是,为科研提供高质

量的样,间接为科研提供经得起时间考验的研究结果。肿瘤生物样本库也不例外,在全球肿瘤的发病和死亡还在不断上升的今天,在相当长的时间里,仍需要肿瘤生物样本库帮助收集和提供肿瘤相关的生物样本。肿瘤生物样本库的样本,目前的普遍情况,最主要的用途为本医院、本单位的科研所用。 三、我国生物样本库的存在形式 在我国,生物样本库主要有下列形式:1.医院或研究机构下单个研究人员或者单个科室因其研究需要将其搜集的生物样本单独保存而建立的生物样本库。2.医院或研究机构建立的生物样本库,进行医院或研究机构内部搜集的生物样本资源统一保存和分配使用,如北京大学肿瘤样本库。3.多个医院或研究机构联合组成的生物样本库,实现各单位搜集的生物样本集中保存和共享使用。4. 政府或是第三方机构从社群中搜集大型的队列生物样本库,集中保存并在申请审批后不同各研究人员提供样本。 四、面临的问题 我国在生物样本库的建设过程中,面对的问题包括管理措施和法规有待制定和完善,缺乏统一的建设标准,资源无法共享,生物样本库的公共关系建设不完善。国际上同样存在生物样本库的法律、伦理等问题。另需要注意的问题则是样本质量的问题生物样本库需要进行投资的不仅仅是生物样本收集过程(包括样本的收集转化、相关信息数据的收集、随访库的建设)中产生的成本,还有储存的成本,其中定期的样本质量检测后的样本损耗最难预测,目前尚无文献对生物

二维码技术在生物样本库编码中的应用与评价

306 中国医药生物技术 2012年8月第7卷第4期Chin Med Biotechnol, August 2012, V ol. 7, No. 4 DOI:10.3969/cmba.j.issn.1673-713X.2012.04.012 · 技术与方法· 二维码技术在生物样本库编码中的 应用与评价 郭爱华,张翠,余永国,傅启华,金燕樑,江帆,王伟,刘世建 随着电子信息化的迅速普及,条形码发展十分迅速,它已广泛应用于商业贸易、生产制造、医疗卫生[1]、仓储物流[2]等领域。条码的应用大大提高了信息处理和数据采集的速度,提高了工作效率,促进商品贸易管理的现代化和科学化[3]。但是传统的一维码信息量有限,纠错能力差,二维条码信息容量大,信息密度高,编码能力强,可以对文字、照片、指纹、掌纹、声音、签名等信息进行编码,并且它容易印制,成本低廉,纠错能力强,译码可靠性高[4-5],在国外已经得到应用[6-7],本文主要就生物样本库管理中二维码的应用进行介绍。 1 应用举例 1.1 软件和硬件设施 ①采血材料:一次性 5 ml 针筒、无菌真空 EDTA-K2 采血管。②血样分装:普通 0.5 ml 彩色样品管、一次性塑料滴管。③管理系统硬件设施:生物样本库服务器、电脑终端、条码打印机(Zebra GX430t TM)、耐低温条码标签、色带、红外线条码阅读机(扫描枪,Honeywell 1900)等。④软件设施:FreezerPro 2012 生物样本库管理系统(美国RURO 公司,香港晶鑫国际上海科页仪器有限公司代理)。 1.2 生物样本库的编码方法 1.2.1生物样本的入库流程建立先天性心脏病为主的血液生物样本库和外科手术标本组织样本库为例,经过签订知情同意书后抽取患儿血液样本,随后在实验室中将血样离心分装成多管血浆和血细胞,使用样本库管理软件 FreezerPro 2012 进行入库管理,然后在 –80 ℃冰箱或液氮罐中长期保存。同时通过小儿先天性心脏病流行病学调查问卷,调查怀孕期间其父母的生活习惯、健康状况、居住工作环境和遗传因素等,调查数据使用 Epidata 3.0 软件录入,数据导入FreezerPro 2012 生物样本库管理系统或者使用与样本库管理软件整合的样本随访系统收集有关的信息。 1.2.2 软件系统与硬件设施的安装应用①系统安装:FrezerPro 2012 样本库管理系统安装在服务器端,系统采用B/S 架构,条码打印机、计算机终端需要网络连接,红外线条码扫描枪连接到计算机。②条码打印识别:根据生物样本的条码编码规则,设定条码标签,调整合适的尺寸和标识内容。 1.2.3 二维码标签编码与应用上海交通大学医学院下属12 家医院组建统一的生物样本库,要求所有下属单位有统一的编码规则,便于统一汇总生物样本库信息。 ⑴二维码编码规则:根据组织类型的差异,血液或体液样本和组织样本有不同的编码规则,儿童疾病中遗传性疾病较多,所以样本库中有较多的遗传家系样本,相应的遗传家系样本有特殊的编码规则。 ①血液样本编码规则:由单位、年份、科室、病例流水号(门诊号或住院号)、血液类型、样品管编号以及家系样本编码组成,不同编码前使用不同字母开头,便于识别和区别。其中单位可以采用医院简写,如上海儿童医学中心(Shanghai Children’s Medical Center)采用英文缩写SCMC;年份如 2012;科室以 KS 开头加上各个科室代码;病历流水号以字母 N 开头加上门诊号或者住院号;血液类型包括全血、血浆、血清、血细胞、DNA、RNA 等,以字母 LX 开头;样品管编号按照顺序编号,以字母 D 开端,通常一位患者血液分装 2 ~ 3 份;家系编码以字母 G 开头,放在最后,如无家系则此编码空缺,如有家系,则加上此位编码,在 FreezerPro 2012 生物样本库管理系统编码中可以实现自动判断,如编码父亲为1,母亲为2,以此类推,一般编码直系三代即可,所有编码根据规则在样本录入时根据各部分编码自动产生统一的编码。如编码SCMC2012KS1N80245654LX2D3G1,它代表上海儿童医学中心 2012 年心内科采集门诊号为 80245654 患儿父亲血浆第 3 管样本。 ②组织样本编码规则:和血液样本编码不同,组织标本编码需在样品管编号后增加取材器官和取材部位代码,取材脏器编码可参考《中国医药生物技术协会生物样本库试行标准》[8];不同取材部位的代码:肿瘤组织用“T”表示,癌旁组织用“P”表示,淋巴结用“L”表示,正常组织用“N”表示,转移组织用“M”表示,息肉用“Y”表示,囊壁用“C”表示,例如 SCMC2012KS1N12345678LX2D1A13T 表示:上海儿童医学中心 2012 年外科采集门诊号为12345678 病例第 1 管髋骨肿瘤组织。 ⑵样品定位:通过 FreezerPro 2012 样本库管理系统模拟虚拟冰箱构造实现,将每台冰箱的每一层、每一个抽屉、每一个样品盒、每一个样品管的具体位置都模拟出来,同一 作者单位:200127 上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心儿科转化医学研究所 通讯作者:刘世建,Email:arrow64@https://www.360docs.net/doc/e014164420.html, 收稿日期:2012-04-11

生物样本库样本运输

生物样本库样本运输 Document serial number【KK89K-LLS98YT-SS8CB-SSUT-SST108】

样本运输控制程序 1.目的 为了规范在样本流动中的程序衔接和质量保证问题,包括设备要求、容器要求、样本运输过程中的记录管理和注意事项以及运输安全要求。 2.适用范围 本规程适用于样本库出于下列目的样本转移: 为了在参与单位内部转移组织样本进行DNA/RNA/蛋白质的提取等样本处理:为了作为证据核查研究结果,在研究结果公布前,将研究中使用的组织样本集中到指定单位存放; 为了降低存储压力: 为了在仪器故障、动力故障或其他危及样本安全紧急情况下将样本转移到安全的单位妥善保存; 为了转移到第三方进行质量检验。 3.定义和术语 3.1DNA/RNA 即脱氧核糖核苷酸/核糖核酸,是生物体重要的遗传物质。 3.2干冰 气体二氧化碳的凝固状态,表而温度为-78℃。随着干冰的升华,它会吸收热量,并发挥冷冻作用. 3.3液氮

在常压条件下,氮气液化后的产物,其温度为-196℃。 3.4低温冰袋 又名胶体冰,用高分子材料制造的胶体聚合物。它们用于保持产品温度在-1℃到16℃。 3.5冷链 是指根据物品特性,为保持其品质而采用的从生产到消费的过程中始终处于低温状态的物流网络。 3.6样本容器 在本规范内的容器仅指直接盛放样本的瓶子、管子等小型容器。为了运输需要将这些容器进行再次包装的盛放容器不在本概念范畴内。 4.职责 4.1样本管理员负责样本的运输 5.设备和器材 无 6.正文 6.1样本发送 6.1.1通过样本信息管理系统填写《样本转移中请表》,并提交样本库中心执行委员会批准。 6.1.2如在参与单位之间转移样本,单位之间需要签订样本转移的协议。

生物样本库发展的现状

一、国际生物样本库建设现状概况 1.1 北美地区的生物样本库 生物样本作为转化医学研究的重要资源,正在日益受到各国高度的重视。在美洲有影响力的组织有1999年成立的国际生物和环境资源协会(ISBER)和2005年由美国NCI成立的生物存储库和生物标本研究实验室(OBBR)。 1.1.1 ISBER 国际生物和环境样本库协会(International Society for Biological and Environmental Repositories, ISBER)是美国研究病理学会下辖的一个分支机构。它试图通过建立规范和标准,利用培训等方式影响发展中国家的样本库建设,使其达到一定的质量和标准。目前,ISBER下辖6个不同类型的生物样本库,分别是动物样本库、环境样本库、人体样本库、微生物样本库、博物馆样本库、植物/种子样本库。 除此之外,ISBER设置了若干个专门性的工作组,每个工作组由具有专门知识和经验的个人组成,通过白皮书或其他出版物,及时解决生物样本库建设过程中遇到的问题。这些工作组包括样本库自动化工作组、样本库融资工作组、生物样本科学工作组、临床生物样本工作组、环境生物样本工作组、信息和情报工作组、生物样本库知情同意工作组、制药学术工作组、以及人体组织样本的权利和控制工作组。通过这些工作组的工作,逐步推进ISBER在生物样本库建设过程中各个领域内的专业性和权威性。 1.1.2 OBBR 2005年美国国立癌症研究所(National Cancer Institute, NCI)成立了美国国家癌症中心生物样本库和生物样本研究办公室(Office of Biorepository and biospecimen Research,OBBR)。OBBR致力于制定一个共同的生物样本库标准,以便于指导,协调和发展机构搜集生物样本资源的能力和提高所搜集生物样本的质量以确保其满足研究需要。 OBBR工作目标: 1.确立生物样本库作为研究的新领域,确定高效保存生物样品使其适用于基因组和蛋白质组研究的各种搜集和处理协议; 2.推广普及第一版的最佳操作规范,以协调各机构政策和程序。并不断在此基础上总结完善,改进提高生物样本库的最佳做法;

样本库硬件建设

BIMS生物样本库整体解决方案主要流程为:样本库规划建设→样本采集→样本处理→样本信息获取→样本存储→样本信息管理。 场地规划建设 在建筑行业有着“百年基业从地基开始”的行业准则,在生物样本库硬件建设中坚持这一标准也十分重要。从场地基础建设与规划角度出发,如何搭建好硬件平台成就百年生物样本库基业,是生物样本库建设的第一个难题。一个完整的生物样本库应该具备办公区、实验区、保存区等职能划分,常见的考核标准有:美观大方、工作方便、便于升级、持久耐用、快速检修和安全性好。来自上海交通大学附属仁济医院康晓楠主任强调样本库建设必须遵从三大原则,即国际化的建库原则,规范的伦理法则,严格的技术操作规范,并与大家一起分享了仁济医院生物样本库的硬软件系统,探讨生物样本信息的智能化管理。

样本采集要有标准 样本采集是生物样本库样本操作的第一步,高质量的生物样本也是样本检测的基础。建库采样过程中如何实现规范化与统一化,是很多医院在建库过程中所面对的第一大问题。来自复旦大学附属中山医院樊嘉教授指出,只有通过建立统一的样本采集标准并严格贯彻实施,才能够有效保证样本的统一与规范。会中,樊嘉教授还为大家展示了医院建库过程中组织样本采集的标准操作规程,为建库样本采集、处理提供了参考样板。

实际上,不同样本的采集过程各有不同,但基本的流程是一致的:在开展一个样本采集计划前,项目组必须向伦理委员会提交项目相关文件及样本采集计划并通过伦理审查。同时,样本采集还必须获得捐赠者的同意,并在符合法规的框架下签订知情同意书。当得到捐赠者的知情同意并采集到样本后,生物样本库就拥有了对样本的保管权。 样本处理 对样本的标准化处理是构建样本库最重要也是最核心的一部分,高质量的生物样本不仅决定了后续样本信息获取的成败,同时国家也对处理后的样本有着明确的质量规定。面对来之不易的原始样本,不仅要求实验室操作人员具备良好的实验室技能,还需要优质的实验室基础设备作为保障样本质量的硬件支撑。实验室设备的任何故障与缺陷都将对样本处理带来不可逆的负面影响。

生物样本库(Biobank)

生物样本库 张国强 海尔生物样本库整体解决方案产品总监生物样本库的定义 生物样本库 又称生物银行(Biobank),主要是指标准化收集、处理、储存和应用健康和疾病生物体的生物大分子、细胞、组织和器官等样本(包括人体器官组织、全血、血浆、血清、生物体液或经处理过的生物样本(DNA、RNA、蛋白等)以及与这些生物样本相关的临床、病理、治疗、随访、知情同意等资料及其质量控制、信息管理与应用系统。 根据经济合作与发展组织(OECD)的定义,”生物样本库(Biobank)是一种集中保存各种人类生物材料(Human biological material),用于疾病的临床治疗和生命科学研究的生物应用系统”。 生物样本库类型 生物样本库(Biobank)有多种类型,常见的组织、器官库(Tissue bank),如血液库、眼角膜库、骨髓库,到拥有正常细胞、遗传突变细胞、肿瘤细胞和杂交瘤细胞株(系)的细胞株(系)库,近年来出现了脐血干细胞库、胚胎干细胞库等各种干细胞库以及各种人种和疾病的基因组库(Genome bank)。 这些生物样本库(Biobank)为血液病、免疫系统疾病、糖尿病、恶性肿瘤等重大疾病的研究起到了非常重要的推动作用。 生物样本库发展趋势 生物样本库的发展现状 生物样本库(Biobank)是众多重要科研成果快速产业化、应用到临床,实现“转化医学”的重要保证,美国、欧洲以及国际卫生组织都投入了几亿到几百亿美元建立大型生物样本库。 进入二十一世纪以来,随着现代生物技术的快速发展,分子遗传学取得了巨大的发展,国外对于人类遗传资源的保护与开发研究势头强劲,主要呈现两个特点,其一是在标准化前提下遗传资源库的大型化。例如英国生物样本库于1999年设立,在英国6个中心范围内收集超过50万样本。其二就是各个国家内部研究机构和国家之间对遗传资源库的共同建设和共享。欧洲前瞻性营养与肿瘤调查是在10个欧洲国家(丹麦、法国、德国、希腊、意大利、挪威、瑞典、荷兰、西班牙和英国)23个中心开展的样本量为52万人的遗传资源研究。 国外最新研究成果可以将人类的基因组嵌入到一个小小的生物芯片里,通过芯片可以了解你的疾病易感基因,预测你的易发病以及智商等生物信息。而最新的数字医学,可以通过手机把疾病信息发到医院,医院可以立即判断患者的病情。

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