基因组学考点复习

基因组学考点复习第一章绪论

1.基因组学的发展历史和现状（人类基因组计划HGP）

答:人类基因组计划与20世纪80年代中期开始酝酿，1989年美国正式资助，2000年6月宣布完成人类基因草图。人类基因组计划是一项世界范围的科研项目，有六个国家16个单位参加，中国是其中之一。人类基因组测序计划原定于2003年结束，由于采取一些新的技术提前3年完成。国际人类基因组测序联合体公布的人类基因组草图覆盖了整个基因组的

答：卫星的组成单位是短碱基序列，卫星序列位于染色体的异染色质区；小卫星在染色体上分布于常染色质区；微卫星重复单位仅2-5bp，也位于常染色质区。

3.SNP的高通量检测技术有哪些

答：（1）、未知SNP的发现：即通过找寻未知的SNP，并对其分析以确定此SNP与遗传疾病的关系；（2）已知SNP的遗传分型：即对不同人群的SNP遗传多样性进行检测或对已知致病基因的遗传病进行诊断。

4.个体基因身份鉴定的原理（STR）和应用（法医、亲子鉴定等）

答：The PCR products are then separated by either gel electrophoresis or capillary electrophoresis.采用含有国际标准的13-16个核心STR位点进行DNA检测，综合这些位点信息，个人的个体识别率已超过千亿分之一，即1000亿人之间不会有两个个体的STR基因型发生重复，完全可以进行个人同一认定。在遭遇意外事故、失散、财产继承、试管婴儿、骨髓移植、克隆器官或克隆生命体等原因引起的需要进行个体识别和亲权鉴定中，基因身份证将发挥至关重要的作用。

5.遗传图谱偏高的原因（遗传作图的局限性）

答：Map resolution depends on ：sample size for crossbreed ；quantification of polymorphic

联系：由于方法的局限性，遗传图和物理图均会产生某些偏差，通过共同的做图标记可以相互校正，由此获得更加准确的基因组连锁图。

标记方法：区别：遗传图：RFLP\SSLP\SNP物理图：Gene、Restrictionsite、STS、FISH

图距单位：遗传图：厘摩（CM）物理图：依作图方法而异。

联系：都与交换率有关。

2.物理作图从尺度分为哪几种

答：Cytogenetic mapping、Restriction mapping、FISH、RH mapping、Clone based mapping

3.辐射杂交作图的原理和适用性

答：Radiation hybrid (RH) map: A genome map in which STSs are positioned relative to one another on the basis of the frequency with which they are separated by radiation-induced breaks. （作图需要已知序列的STS和一套辐射杂种细胞系，作图后得到STS之间的图距。）

The frequency is assayed by analysing a panel of human–hamster hybrid cell lines, each produced by lethally irradiating human cells and fusing them with recipient hamster cells such that each carries a collection of human chromosomal fragments.

维

。

第四章基因组测序

1.第一代基因组测序的策略：克隆重叠群法和鸟枪法

第一代人类基因组测序测了多少条染色体（24条）

2.克隆重叠群（Clone contigs）和支架（Scaffold）的含义

克隆重叠群：一群相互重叠的克隆或DNA序列，可以是草图序列或精确序列，包括连续的或不连续的DNA序列

支架：一组锚定在染色体上的重叠群，内部含间隙或不含间隙

如何利用克隆指纹构建contigs：由于BAC（细菌人工染色体）克隆DNA可以大规模机械化制备，酶切核电用凝胶分离，通过计算机对酶切片段的扫描识别，可对BAC克隆进行大范围的指纹比对和排列，由此快速构建指纹重叠群

3.鸟枪法基因组测序的含义、局限性和适用性

含义：将整个基因组DNA打断成小片段后将其克隆到质粒载体中，然后随机挑取克隆对插入片段进行测序，并以获得的测序序列构建重叠群，进而搭建序列支架，最后以分子标记为向导将序列锚定到基因组整合图上。

2M，

双学发光信号的有无和强度，达到实时检测DNA序列的目的。

Illumina GA：将基因组DNA的随机片段附着到光学透明的玻璃表面（即Flow cell），这些DNA片段经过延伸和桥式扩增后，在Flow cell上形成了数以亿计Cluster，每个Cluster是具有数千份相同模板的单分子簇。然后利用带荧光基团的四种特殊脱氧核糖核苷酸，通过可逆性终止的边合成边测序（Sequencing-by-synthesis, SBS）技术对待测的模板DNA进行测序。

ABI SoLid：用连接法测序获得基于“双碱基编码原理”的SOLiD颜色编码序列，随后的数据分析比较原始颜色序列与转换成颜色编码的reference序列，把SOLiD颜色序列定位到reference上，同时校正测序错误，并可结合原始颜色序列的质量信息发现潜在SNP位点。

6.基因组序列拼接的难点在于：重复序列和缺口（序列缺口和物理缺口）；

两类缺口的含义和弥补办法：序列间隙：指测序时遗漏的序列，这些序列仍然保留在尚未挑选到的克隆中。填补：首先收集所有已知间隙两侧的序列，由此设计专一性探针，从基因组文库中筛选阳性克隆，再由筛选到的阳性克隆PCR扩增，进行克隆和测序。

物理间隙：指构建基因组文库时被丢失的DNA序列，它们从已有的克隆群体中永久性地消失。填补：1、利用一个不同的载体重新构建一个基因文库，以间隙两侧重叠群末端序列作为探针筛选第二个文库；2、利用PCR方法，将不同重叠群末端序列作为引物两两配组扩增基因组DNA

结

原核生物基因组较小，只含有一个染色体，呈环状或线状，只有一个复制起点，一个基因组就是一个复制子。

特点：1、功能相关的基因大多以操纵子形式出现。操纵子是细菌的基因表达和调控的一个完整单位，包括结构基因、调控基因和被调控基因产物所识别的DNA调控原件（启动子等）。2、蛋白质基因通常以单拷贝的形式存在。一般而言，为蛋白编码的核苷酸顺序是连续的，中间不被非编码顺序所打断。3、重复序列和不编码序列很少。越简单的生物，其基因数目越接近用DNA分子量所估计的基因数。4、功能密切相关的基因常高度集中，越简单的生物，集中程度越高。5、DNA绝大部分用于编码蛋白质，结构基因多为单拷贝6、结构基因中无重叠现象。7、基因组