花生ISSR分子标记技术初步研究

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ISSR分子标记技术在植物种质资源研究中的应用_朱岩芳

[11]Chau D T.Correlati on bet ween lea f stand ,l ea f area i ndex andy ield in the m a ize -hybrids representi ng the l ast 20years[J].N oveny ter m eles ,1993,42(1):1-10.[12]曹靖生.几个玉米株型性状的遗传规律研究[J].黑龙江农业科学,1995(3):16-19.[13]张泽民,贾长柱.玉米株型对遗传增益的影响[J].遗传,1997,19(2):31-34.[14]李玉玲,黄西林,席章营,等.玉米株型与穗粒性状同步改良的数量遗传基础研究[J].河南农业大学学报,1996,30(4):319-323.[15]李玉玲,苏祯禄,孙书库,等.玉米株型性状的配合力及其相关研究[J].河南农业大学学报,1994,28(4):354-360.[16]张彪,陈宛秋,唐继伟,等.玉米自交系株型性状配合力分析及应用[J].四川农业大学学报,1994,12(3):438-442.[17]张彪,张启行,兰发盛.玉米几个自交系组配高产紧凑型杂交种的研究[J].玉米科学,2000,8(3):33-36.[18]M ason L ,Zuber M S .Corn leaf or ientation effects on li ght i n -tercepti on ,i ntraspecific com petition ,and gra i n y i e l ds[J].Jour -na l of Producti on A g ricu lture ,1999,12(3):396-399.[19]温海霞,蔡一林,王久光,等.9个玉米自交系主要株型性状的配合力分析[J].西南农业大学学报,2002,24(3):223-225.[20]陈岭,崔绍平,徐有,等.玉米株型性状的遗传分析[J].华北农学报,1994,9(增刊):11-15.[21]王秀全,陈光明,刘昌明,等.玉米株型育种亲本选配的遗传规律研究[J].西南农业学报,2000,13(1):50-54.[22]王国强,蔡一林,王久光,等.10个玉米自交系株型性状的配合力分析[J].西南农业大学学报,2005,27(3):374-377.[23]张兴端,霍仕平,向振凡,等.玉米重组群体株型性状和生物学特性的遗传潜势与杂种优势研究[J].西南农业学报,2005,18(6):675-679.收稿日期:2009-10-23基金项目:浙江省重大科技专项(优先主题)(No .2008C 12005-1)、农业部转基因生物新品种培育重大专项(2008ZX 08005-005)和云南省烟草公司项目(09YN 008)资助。

多种植物的ISSR分子标记及相似性分析

生物大实验报告学院：班级：姓名：学号：组别：指导老师：多种植物的ISSR分子标记及相似性分析摘要：近年来，人们发现了一种新型的分子标记——ISSR。

它是以生物大分子的多态性为基础的遗传标记，能够直接对基因组DNA 进行分析，反映植物在遗传物质DNA水平上的差异并不受任何环境条件影响，是植物遗传育种领域内一项新兴技术。

文章就是通过上述方法来分析五种不同植物的遗传多样性并建立了聚类树。

关键词：分子标记 ISSR DNA差异分析Abstract: In recent years, people have discovered a new technology of molecular markers-ISSR. It based on the polymorphism of biological macromolecules genetic markers, which can directly be used in the genomic DNA analysis and can reflect the difference of plants in the genetic material of the DNA level and it is not effected by any environment condition .So, it is a new technology in the field of plant genetic breeding. The article analyse the five different plants' genetic diversityis through the above method and set up the clustering tree.Key words: Molecule Marker Technology ISSR the analysis of DNA differences 1 前言ISSR (inter-simple sequence repeat)标记是一种类似RAPD，但利用包含重复序列并在3’或5’锚定的单寡聚核酸引物对基因组进行扩增的标记系统，即用SSR引物来扩增重复序列之间的区域。

issr标记原理

issr标记原理
ISSR（Inter-Simple Sequence Repeat）标记是一种基于PCR技术的分子标记方法，其原理主要如下：基础概念： ISSR是利用生物基因组中广泛存在的简单重复序列（Simple Sequence Repeats, SSRs）作为引物设计的基础。

SSRs通常由1-6个核苷酸单元重复排列形成，如(A)n、(AG)n或(ACG)n等。

引物设计： ISSR引物设计时，在微卫星序列（SSR）的3'端或5'端添加2-4个非重复的随机核苷酸（即锚定碱基），这样设计的引物可以退火并结合到基因组DNA中反向排列且间隔不太远的两个不同SSR区域之间。

PCR扩增：在PCR反应中，这些ISSR引物会识别和结合到目标DNA模板上的特定序列，并通过循环扩增产生特定长度的DNA片段。

由于SSR区段在个体间的重复次数可能会有所不同，因此使用同一ISSR 引物在不同个体间得到的扩增产物大小会有所差异，从而反映出遗传多态性。

遗传分析：扩增产物通过凝胶电泳分离后进行可视化，根据DNA条带的数量、位置以及存在与否，可
以揭示物种内部或者种群间的遗传多样性、亲缘关系及系统进化信息等。

综上所述，ISSR标记法是一种简便、高效、不需要预先了解待测样本DNA序列信息的遗传标记技术，适合于植物、动物等各种生物体遗传多样性和资源评估的研究。

ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记的实验原理及操作流程

ISSR（inter-simple sequence repeat）分子标记的实验原理及操作流程ISSR（inter-simple sequence repeat）标记是一种类似RAPD，但利用包含重复序列并在3’或5’锚定的单寡聚核酸引物对基因组进行扩增的标记系统，即用SSR引物来扩增重复序列之间的区域。

其原理具体是，ISSR 标记根据生物广泛存在 SSR的特点，利用在生物基因组常出现的SSR本身设计引物，无需预先克隆和测序。

关键词：标记分子ISSRinter-simplesequencerepeatSSR引物RAPD分子标记单寡聚核酸ISSR标记ISSR（inter-simple sequence repeat）标记是一种类似RAPD，但利用包含重复序列并在3’或5’锚定的单寡聚核酸引物对基因组进行扩增的标记系统，即用SSR引物来扩增重复序列之间的区域。

其原理具体是，ISSR标记根据生物广泛存在SSR的特点，利用在生物基因组常出现的SSR本身设计引物，无需预先克隆和测序。

用于扩增的引物一般为16-18个碱基序列，由1-4个碱基组成的串联重复和几个非重复的锚定碱基组成，从而保证了引物与基因组DNA 中SSR的5’或3’末端结合，导致位于反向排列、间隔不太大的重复序列间的基因组节段进行PCR扩增。

一、实验材料不同来源的DNA(30-50ng/ul)。

二、实验设备PCR仪，PCR管或硅化的0.5ml eppendorf管，电泳装置，凝胶成像仪。

三、试剂1、ISSR引物：购买成品或根据加拿大British Columbia大学设计的ISSR引物序列（见附录）自己合成。

2、Taq酶3、10xPCR 缓冲液4、MgCl2：25mmol/L。

5、dNTP：2.5mmol/L。

四、操作步骤：1. 在25ul反应体系中，加入模板DNA 1ul (30-50ng)ISSR引物1ul (约5pmol)10xPCR Buffer 2.5ulMgCl22uldNTP 2ulTaq酶1单位（U）加ddH2O 至25ul混匀稍离心, 加一滴（约20 ul）矿物油。

ISSR分子标记法

1、基因组DNA的提取，这个可以用试剂盒或者是传统的CTAB法，提取后的DNA经琼脂糖凝胶电泳，在凝胶成像系统下观测提取DNA的质量2、选取ISSR引物，并请生物公司合成3、利用合成的引物，和自己提取的DNA，进行PCR扩增4、ISSR最关键的便是PCR的扩增过程，在此过程中还要进行体系的优化、退火温度的筛选等，如果这些都可以了，便已经完成了整个实验的99%5、进行数据的分析ISSR(inter-simple sequence repeat)是Zietkeiwitcz等于1994年发展起来的一种微卫星基础上的分子标记。

其基本原理是:用锚定的微卫星DNA为引物，即在SSR序列的3'端或5'端加上2-4个随机核昔酸，在PCR反应中，锚定引物可引起特定位点退火，导致与锚定引物互补的间隔不太大的重复序列间DNA片段进行PCR扩增。

所扩增的inter SSR区域的多个条带通过聚丙烯酞胺凝胶电泳得以分辨，扩增谱带多为显性表现。

ISSR引物的开发不像SSR引物那样需测序获得SSR两侧的单拷贝序列，开发费用降低。

与SSR标记相比，ISSR引物可以在不同的物种间通用，不像SSR标记一样具有较强的种特异性;与RAPD和RFLP相比，ISSR揭示的多态性较高，可获得几倍于RAPD的信息量，精确度几乎可与RFLP相媲美，检测非常方便，因而是一种非常有发展前途的分子标记。

目前，ISSR标记已广泛应用于植物品种鉴定、遗传作图、基因定位、遗传多样性、进化及分子生态学研究中。

ISSR标记ISSR（inter-simple sequence repeat）标记是一种类似RAPD，但利用包含重复序列并在3’或5’锚定的单寡聚核酸引物对基因组进行扩增的标记系统，即用SSR引物来扩增重复序列之间的区域。

其原理具体是，ISSR标记根据生物广泛存在SSR的特点，利用在生物基因组常出现的SSR本身设计引物，无需预先克隆和测序。

ISSR分子标记及其在植物分子生物学中的应用_陈龙

收稿日期:2007206225基金项目:蚌埠学院科研项目资助(BBXY 20062204A )。

作者简介:陈　龙(1983-),男,安徽庐江人;助教,主要从事食品与生物工程方面的研究。

I SS R 分子标记及其在植物分子生物学中的应用陈　龙,　王家良,　杨贤松(蚌埠学院食品与生物工程系,　安徽蚌埠233030)I SSR Poly mor phis m and Its App licati on in Plant Molecular B i ol ogyCHEN L ong,W ANG J i a 2li a ng,YANG X i a n 2song摘要:I SSR 分子标记是在PCR 基础上发展起来的一种DNA 多态性检测技术。

其基本原理就是在SSR 的3’或5’端锚定1～4个核苷酸,然后对反向排列SSR 间的一段DNA 进行PCR 扩增,而不是扩增SSR 本身。

I SSR 分子标记通常为显性标记,呈孟德尔式遗传,具有简便、快速、稳定、DNA 多态性高等优点。

目前,在植物遗传多样性、系统发育、品种鉴定、基因定位、遗传作图等研究中已得到广泛的应用。

关键词:　I SSR;植物分子生物学;应用中图分类号:　Q7;S339.3+1 文献标志码:　A 文章编号:　100124705(2007)102004920420世纪90年代以来,基于PCR 的DNA 分子标记,如随机扩增多态性DNA (random a mp lified poly mor 2phis m DNA,RAP D )、扩增片段长度多态性(a mp lified frag ment length poly mor phis m ,AF LP )、简单重复序列(si m p le sequence repeat,SSR )又称之为微卫星(m icr o 2satellite )等在植物研究中得到广泛应用[1]。

但RAP D重复性低,AF LP 费用昂贵,SSR 引物设计费时耗力,使得它们的应用受到一定程度的限制。

SSR和ISSR分子标记及其在植物遗传育种研究中的应用

文章编号:1000-1573(2002)01-0090-05SSR 和ISSR 分子标记及其在植物遗传育种研究中的应用张立荣,徐大庆,刘大群(河北农业大学植保学院,河北保定071001)摘要:SSR(Si mple Seq uence Repeat)和ISSR (Inter-Si mple Seq uence Repeat)技术是在PCR 基础上发展起来的两种DNA 多态性检测技术,已开始应用于基因组研究的各个领域。

概述了SSR 、ISSR 反应的原理、特点,总结了其在植物亲缘关系和遗传多态性研究、DNA 指纹库的建立、遗传图谱的构建和基因定位及分子标记辅助育种等方面的应用,并肯定了SSR 、ISSR 在植物遗传育种领域的广阔应用前景。

关键词:SSR;ISSR;分子标记;遗传育种中图分类号:S 435 文献标识码:ASSR marker,ISSR marker and their applicationto plant genetics and breedingZHAN G L -i rong,XU Da -qing,LIU Da -qun(College of Plant Protection,Agricultural University of Hebei,Baoding 071001,China)Abstract:Simple sequence repeats (SSR)and Inter-simple sequence repeats (ISSR)are two kinds of DNA markers based on the polymerase chain reaction (PCR).They have been applied in many aspects of genome re -search.This paper has clarified the theories and characteristics of SSR as well as ISSR.The authers also sum -marized their applications in genetic polymorphisim and genetic relationship,establishment of DNA fingerprinting pool,construction of genetic map,gene localization and marker-aided selection.The two methods of DNA ec -ular marker open up broad prospec ts for the studies of plant genetics and breeding.Key words:SSR;ISSR;molecular marker;genetics breeding近年来,分子标记的研究与利用得到了迅速的发展。

分子标记技术及其应用ISSR

Dissolve by stirring at 37℃, adjust volume to final with ddH2O.
பைடு நூலகம்
Running Acrylamide Gels
Installation of plates
✓ Mount the gel with the short glass plate inwards in the electrophoresis apparatus. Make sure that the buffer valve is closed.
✓ Pour 500 ml 1x TBE into the upper chamber and rinse between the plates with a syringe containing some buffer.
✓ If no buffer leaks from the upper chamber can be found, 500 ml 1x TBE can be poured into the lower chamber.
5′锚定引物 NNNN(CA)n
3′锚定引物 NN(CA)n
锚定ISSR-PCR示意图
CACACACACACACACA GTGTGT GTGTGTGTGT
3′锚定引物的PCR产物
GTGTGT GTGTGT GTGTGTGT GTGTGTGT CACACACACACACACACACACACACACA
Detect of PCR product and statistical analysis
0.5～2.0% Agarose gel electrophoresis
EB staining
6％ PAGE

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ｐｌｍｏｐｉｍａｅｏ０．Ａｌｏｅ７ｖｒｔｓｃｕｄｂｉｅｅｔｔｄｆｏｅｃｔｅａｅｎｔｅｆｇｒｏｙｒｈｓｒｔｆ％８ｌｆｔａｅｉｏｌｅｄｆｒｎｉｅｒｍａｈｏｈｒｂｓｄｏｈｎｅ－ｈｉｅａｉｐｎｓｅｔｂｉｈｄｂｈｓｐｃｆａｄ．Ｔｅｒｓｌｒｖｄｄａｔｅｒｔａｏｓｅｕｔｄｎｉｃｔｎａｄｉｒｔｓａｌｅｙｔｅｅｓｅｉｃｂｎｓｈｅｕｔｐｏｉｅｈｏｅｉｌｔｅｄｐｒｙｉｅｔａｉｎｓｉｓｃｉｉｆｏ
ｎｗａｉｔｅｒｅｉｇｏｅｎｔｅｖｒｅｉｓｂｅｄｎｆｐａｕ．Ｋｅｙｗｏｒｓ：ｄｐａｕ；ＩＳ；ＭｏｅｕｌｒＭａｋｅｓｅｎｔＳＲｌｃａｒｒ
花生是重要的食用作物和油料作物，在世界范围内广泛栽培，国具有丰富的花生品种资源，２０我至０３年我国共收集、整理、鉴定和保存各类来自国内外的花生品种资源６４０多份，是对资源缺乏系统的鉴定９但与评价，导致资源的利用效率较低 … 。分子标记是一种新的分子水平上的遗传标记，已广泛用于农作物种质鉴定和遗传多样性分析。在花生上，Ｊ已有利用
业科学研究所提供，种子放在干燥地方保存备用。
表１用于ＩＳＳＲ标记分析的花生品种
简单序列重复区间）近年发展起来的一类新型的分是子标记技术，具有多态性高，复性好等优点，重已广泛用于农作物种质资源的鉴定和遗传多样性研究 ’ ，但在花生种质资源研究上没有见报道。本研究初步建
ＣＩＥＮｈｏｇｉ－ＩＺａ－ｕ，ＬＩＪａ－ｕｉｎｈｉ
（ｅａｍｎｆｉｃｎｅ，ｕｚｏｎｖｒｉ，ｕｚｏｕｎｄｎ１０７ＣｉａＤｐｒｅｔｆＳｉｃｓＨｉｕＵｉｅｓｙＨｉｕＧａｇｏｇ５６０，ｈｎ）ｔｏＬｅｅｈｔｈ
ＲＰＡＬＡＤ、ＦＰ和ＳＲ等分子标记对花生种质资源进行Ｓ
鉴定的报道。。ＩＳ（ｎｒｉｌＳｑｅｃｅｅｔＳＲＩｔ — ｍｐｅｅｕｎｅＲｐａｅＳｓ
依据。
ｌ材料与方法
１１供试材料．
试验选用７个花生品种（１，子由惠州市农表）种
研究报告
陈兆贵等：花生ＩＳＳＲ分子标记技术初步研究
花生ＩＳＳＲ分子标记技术初步研究
陈兆贵，李东惠州５６０）１０７
摘要：以花生为研究对象，初步建立起花生的ＩＳＳＲ分子标记技术体系，包括ＤＡ提取、ＮＮＤＡ模板浓度、引物浓度、退火温度、环次数和引物筛选等。结果表明：４循从８条引物中选择４个条带清晰的引物对７个品种进行扩增，共检测出１５条带，中多态性带为１，其２条多态性比例为８％，０能把７个花生品种区分开来。本试验为花生品种鉴定和新品种选育提供
ＡｂｓａｃＴｈｔｙａｍｅｏｓｔｕｈＳＲｅｃｉｎｓｓｅｏｅｎｔｉｃｕｄｈｅｏｃＤＮＡｘｒｃｉｎ，ｔｔ：ｅｓｕｄｉｄｔｅｐｔｅＩＳｒａｔｙｔｍｆｐａｕ，ｎｌｅｔｅｇｎｍｉｏｅｔａｔｏＤＮＡｅｌｔｏｃｎｒｔｎ，ｐｍｅｏｃｎｒｔｏｔｍｐａｅｃｎｅｔａｉｏｉｒｒｃｎｅｔａｉｎ，ａｅｌｅｅａａｅ，ｙｌｉｎｎａｉｔｍｐｒｔｒｃｃｅｔｍｅ，ｒｍｅｓｓｒｅｉｇＴｈｎｇｐｉｒｃｅｎｎ．ｅｒｓｌｓｓｏｄｔａｒｍｅｓｗｅｅｓｒｅｅｕｒｍＳＲｒｍｅｏａｌｏａｅｕｔｈｗｅｈｔ４ｐｉｒｒｃｅｎｄｏｔｆｏ４８ＩＳｐｉｒｔｔｌｙｔｍｐｌｙｔｅｐａｔｇｎｍｅｓｉｈｅｎｕｅｏｆＤＮＡｓｏｔｒａｓｅｆｃｉｅｙａｄ１ｉｅｒｍｐｌｉｄｏｔｔｔｌ，ｉｃｕｄｎｇ１ｏｙｒｈｓｓｔｓｗｉｈｆ７ｍａｅｉｌｆｅｔｌｎ５ｓｔｓｗｅｅａｖｉｅｕｏａｙｆｌｎｌｉ２ｐｌｍｏｐｉｍｉｔｅ
理论依据。
关键词：花生；ＳＲ；分子标记ＩＳ中图分类号：Ｓ６．５５２文献标志码：Ａ文章编号：１０４０（０１０－０５００１— ７５２１）８０５－４
ＰｅｉｎｒｄｎｉｃｔｎｏｅｎｔＶａｉｔｓｂＳＲＭｏｅｕａｒｅｓｒｌｍｉａｙＩｅｔｉａｉｆＰａｕｒｉｙＩＳｌｃｌｒＭａｋｒｆｏｅｅ