ClustalX做多序列比对分析图示
多序列比对工具-CLUSALX-PPT课件
自动Байду номын сангаас序列比对的算法
2.步进法 最常见的就是clustal所采用的方法。
其基本思想就是基于相似序列通常具 有进化相关性的这一假设。
多序列比对工具 －clustalX
Clustal是一个单机版的基于渐进比对的 多序列比对工具，由Higgins D.G. 等开发。 有应用于多种操作系统平台的版本，包括 linux版，DOS版的clustlw，windows版本 的clustalx等。
Clustal简介
• CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将 多个序列两两比对构建距离矩阵，反应 序列之间两两关系；然后根据距离矩阵 计算产生系统进化指导树，对关系密切 的序列进行加权；然后从最紧密的两条 序列开始，逐步引入临近的序列并不断 重新构建比对，直到所有序列都被加入 为止。
1.输入输出格式。
输入序列的格式比较灵活，可以是前面介绍过的 FASTA格式，还可以是PIR、SWISS-PROT、 GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。 输出格式也可以选择，有ALN、GCG、PHYLIP 和NEXUS等，用户可以根据自己的需要选择合 适的输出格式。
Clustal的应用
多序列比对的意义
• 用于描述一组序列之间的相似性关系， 以便了解一个基因家族的基本特征，寻 找motif，保守区域等。 • 用于描述一个同源基因之间的亲缘关系 的远近，应用到分子进化分析中。 • 其他应用，如构建profile，打分矩阵等。
基础工具-Clustalx用法
基础工具-Clustalx用法下载地址：/Clustal是一种利用渐近法（progressive alignment）进行多条序列比对的软件。
即先将多个序列两两比较构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树；然后从多条序列中最相似（距离最近）的两条序列开始比对，按照各个序列在引导树上的位置，由近及远的逐步引入其它序列重新构建比对，直到所有序列都被加入形成最终的比对结果为止（Figure 1）。
Figure 1 clustal 算法Clustal软件有两个版本，其中clustalw采用命令行的形式在DOS/Linux下运行的，Clustalx是可视化界面的程序，可在window 电脑运行，我们今天学习Clustalx的使用。
1 安装clustalx下载clustalx软件，按照默认安装到自己的电脑上。
2 准备要比对的序列将上节课搜索到的同源核酸fasta文件，全部粘贴到一个文本文件中，所有的蛋白质序列存入另一个文本文件。
TIP:可以在fasta序列“>”之后加上物种名称，加空位，方便看树时了解进化关系。
3 载入序列点击开始－程序－clustalX2－clustalX2。
点主菜单File，选择Load Sequence-选择刚保存的序列文件，点打开。
注意：ClustalX程序无法识别汉字、带空位的文件夹名，如my document。
不要将序列文件保存在桌面上或带汉字的文件夹中，推荐保存在D盘根目录下。
载入序列后在左侧窗口里是fasta格式序列的标识号，取自序列第一行“>”后的字符。
(Figure 2)TIP：如果每条序列单独保存为一个文件，可以使用File-Append sequence选项将序列一条条添加进来。
Figure 2 载入序列4 比对参数的设置比对前先要设置两条序列比对的参数和多条序列比对的参数。
a.两条序列比对的参数点击Alilgnment菜单，选择Alignment Parameters,再选择Pairwise Alignment Parameters,如Figure 3，首先可以选择比对的效果，是slow/accurate 还是fast/approximate。
Clustalx的中文使用说明书
Clustalx的中文使用说明书
生物
用ClustalX做多序列比对分析图示
1、打开程序如下图所示：
2、Load Sequnce, 载入序列如下图所示：
3、选择序列文件,FASTA格式的如下图所示：
4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容,这里用的是记事本,推荐用EditPlus或者Ultraedit 如下图所示：
5、序列Load进去之后如下图所示：
6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可,无须修改比对参数如下图所示：
7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框,.dnd的是输出的指导树文件,.aln 的是序列比对结果,它们都是纯文本文件如下图所示：
点“ALIGN”之后开始等待,如果序列不多,很快就可以算完,如果数据很多,可能要等一段时间,这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏,那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息,看看可以消磨时间。
8、比对结束之后,我们可以看到这个结果如下图所示：
9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件,仍然用文本编辑器打开来看,这时.aln文件,这个文件可以用Mega2做进一步的bootstrap进化树分析如下图所示：
10、这是.dnd文件(指导树) 如下图所示：
11、可以用Treeview打开dnd文件,看上去就像这样子如下图所示
图3-15 ClustalX所识别的文件输入格式。
Clustalx 多重序列比对图解教程(图解使用)
Clustalx 多重序列比对图解教程(By Raindy)本帖首发于Raindy'blog,转载请保留作者信息，谢谢！欢迎有写生物学软件专长的战友，加入生信教程写作群：，接头暗号：你所擅长的生物学软件名称软件简介:CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。
Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。
序列将显示屏幕的窗口中。
采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。
窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。
主要功能：你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；你可以选择序列子集进行比对；你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。
当前版本:1.83PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx 1.81版链接地址::ist&ID=7435(请完整复制)应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“Load Sequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序列(Replace existing sequences)，根据具体情形选择操作。
图1图22.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘贴)、Select All sequences(选定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列选定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(仅移除选定序列的空位)图33.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。
序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南
序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南这几天实验需要做多序列比对，很久不做了，一时之间不知道如何使用clustal这个工具了。
在网上搜集了一些资料，做个整理，总结了Clustalx和Clustalw的使用，省得以后久不使用又生疏了，又要去整理了，在此分享给大家，希望有所帮助。
1.先提供下载地址：官方下载地址：/download/current/Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到，包括linux、Win、Mac...2.原理：序列同源性分析：是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。
这是理论分析方法中最关键的一步。
完成这一工作必须使用多序列比较算法。
常用的程序包有CLUSTAL等;Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G.等开发。
有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。
CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。
3.操作3.1 Clustalx的操作第一步：输入序列文件。
第二步：设定比对的一些参数。
参数设定窗口。
第三步：开始序列比对。
第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式--------------------------------------------3.2 Clustalw的使用(一)第一步：按屏幕提示选择1，输入序列文件注意：请把你需要比对的多条序列合并为一条，放在一个文件中第二步：选择保存文件的形式，按提示选择，你会的!第三步：参数设置好后，按Enter返回主界面，开始比对!EBI提供的在线clustalw服务/clustalw/可以在这里得到更多关于clustal的帮助：http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html。
MAFFT多重序列比对图解教程
MAFFT多重序列比对图解教程2014年07月14日⁄ Bioinformatics ⁄字号小中大⁄暂无评论⁄阅读793 次[点击加入在线收藏夹]【絮语】一提到多重序列比对，很多人禁不住就想到ClustalW（Clustalx为ClustalW的GUI版），其实有一款多重序列比对软件－MAFFT，不论从比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），还是比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）来说，其相比于ClustalW（或ClustalX）有过之而无不及，所以这里强烈推荐使用MAFFT这款多重比对软件。
PS: 不同比对软件的比较，有兴趣的童鞋可以下载这篇文章看看：Alignment uncertainty and genomic analysis. Science, 2008MAFFT官方网站：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/支持平台：Mac OS X 、Linux、WindowsWindows 32位版本：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.037-win32.zip64位版本：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.037-win64.zip请根据自己操作系统选择相应版本下载图1 MAFFT主界面简明操作流程：1.载入序列文件将FASTA格式的待比对序列文件（如：TMV.fas）复制MAFFT的根目录下（当然也可以放任意位置，只有找得到），双击“mafft.bat”启动MAFFT，此时提示输入文件（Input file?），在@后面输入示例的TMV.fas，也可以直接将文件拖入窗口（注意有个+，说明当前是拖放状态），如下图所示：加载后回车，当显示“OK”时说明载入文件成功。
实验四 基于CLUSTAL算法的多重序列比对分析
实验四基于CLUSTAL算法的多重序列比对分析1. CLUSTAL简介CLUSTAL是对核苷酸或蛋白质进行多序列比对的程序，也可以对来自不同物种的功能相同或相似的序列进行比对和聚类，通过构建系统发生树判断亲缘关系，并对序列在生物进化过程中的保守性进行估计。
CLUSTAL有CLUSTALX和CLUSTALW之分，CLUSTALW 是以命令行格式运行，CLUSTALX则通过窗口格式进行操作。
目前最新版本为CLUSTAL 1.83，均可以从ftp:///pub/software/下载。
这里我们主要介绍CLUSTAL W，从ftp直接下载DOS文件夹下的CLUSTAL W到本地磁盘解压，其中有两个exe文件，CLUSTALW.exe是进行多序列比对和生成亲缘树的程序，而njplotWIN95则是对CLUSTALW.exe运行结果进行察看的程序。
另外还有许多在线的Clustal W服务，例如：/Clustalw/2 . 本地运行Clustal WClustal W程序能自动识别输入的序列，通常当读入的序列字母85%以上为A、C、G、T、U或N时，则被认为是核苷酸序列，反之为蛋白质序列。
进行多序列比对时，要求所有输入的序列按顺序储存于一个文件中。
当有大量的序列文件时，可以在Unix操作系统下用cat file1.seqfile2.seq……>multiseq.seq命令合并成一个文件序列的储存格式必须为以下7种格式之一，他们分别是：NBRF/PRI、EMBL/SWISSPORT、Pearson（Fasta）、Clustal（*.aln）、GCG/MSF（Pileup）、GCG9/RSF和GDE，除了“－”和“．”外所有的非字母都将被忽略。
这里我们将不同来源的15条甲硫酰胺tRNA 合成酶的氨基酸序列，保存在单一文件multiseq.file中。
进入程序安装目录，双击CLUSTALW.exe文件，进入Clustal W的主菜单界面（见图1）。
实验3两条序列比对与多序列比对
实验三：两条序列比对与多序列比对实验目的：学会使用MegAlign，ClustalX和MUSCLE进行两条序列和多条序列比对分析实验内容：双序列比对是使两条序列产生最高相似性得分的序列排列方式和空格插入方式。
两条序列比对是生物信息学最基础的研究手段。
第一次实验我们用dotplot方法直观地认识了两条序列比对。
但是dotplot仅仅是展示了两条序列中所有可能的配对，并不是真正意义上的序列比对。
这里介绍进行两条序列比对的软件-MegAlign。
多序列比对是将多条序列同时比对，使尽可能多的相同（或相似）字符出现在同一列中。
多序列比对的目标是发现多条序列的共性。
如果说序列两两比对主要用于建立两条序列的同源关系，从而推测它们的结构和功能，那么，同时比对多条序列对于研究分子结构、功能及进化关系更为有用。
多序列比对对于系统发育分析、蛋白质家族成员鉴定、蛋白质结构预测、保守模块的搜寻等具有非常重要的作用。
我们这节课主要学习多条序列比对的软件-ClustalX, MUSCLE。
一、MegAlignDNASTAR公司的Lasergene软件包是一个比较全面的生物信息学软件，它包含了7个模块。
其中MegAlign可进行两条或多条序列比对分析。
1. 两条序列比对1.1 安装程序解压DNASTAR Lasergene软件压缩包，双击Lasergene710WinInstall.exe文件，按照默认路径安装软件到自己电脑上。
1.2 载入序列a.点击开始－程序－Lasergene－MegAlign，打开软件。
我们首先用演示序列（demo sequence）学习软件的使用。
演示序列所在位置：C:\Program files\ DNASTAR\ Lasergene\ Demo Megalign\ Histone Sequences\。
b. 点击主菜单File—Enter sequence－选择序列所在文件夹，选择序列tethis21.seq和tethis22.seq，点击Add，这两条序列将出现在右侧selected sequences框中（Figure 3.1），选择完毕点击Done回到程序页面。
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用ClustalX做多序列比对分析图示1、打开程序
如下图所示：
2、Load Sequnce, 载入序列
如下图所示：
3、选择序列文件，FASTA格式的
如下图所示：
4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容，这里用的是记事本，推荐用EditPlus或者Ultraedit
如下图所示：
5、序列Load进去之后如下图所示：
6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可，无须修改比对参数
如下图所示：
7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框，.dnd的是输出的指导树文件，.aln的是序列比对结果，它们都是纯文本文件
如下图所示：
点“ALIGN”之后开始等待，如果序列不多，很快就可以算完，如果数据很多，可能要等一段时间，这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏，那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息，看看可以消磨时间。
8、比对结束之后，我们可以看到这个结果
如下图所示：
9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件，仍然用文本编辑器打开来看，这时.aln文件，这个文件可以用Mega2做进一步的bootstrap进化树分析
如下图所示：
10、这是.dnd文件（指导树）
如下图所示：
11、可以用Treeview打开dnd文件，看上去就像这样子如下图所示：。