北京诺禾致源生物信息科技有限公司-招投标数据分析报告
诺禾致源2014产品手册
CONTENTS
建库测序
06 建库测序服务
基因组测序
08 动植物基因组测序 10 基因组特征评估 11 基因组de novo测序 14 泛基因组测序（pan-genome） 16 动植物重测序 17 变异检测（基于全基因组重测序） 19 变异检测（基于简化基因组测序） 21 单个性状定位 24 遗传图谱（基于全基因组重测序） 26 遗传图谱（基于简化基因组测序） 28 群体进化（基于全基因组重测序） 30 群体进化（基于简化基因组测序）
[2] Zhi X Y, Yao J C, Li H W, et al. Genome-wide identification, domain architectures and phylogenetic analysis provide new insights into the early evolution of shikimate pathway in prokaryotes[J]. Molecular phylogenetics and evolution, 2014, 75: 154-164.
[8] Xu X, Dong G X, Hu X S, et al. The genetic basis of white tigers[J]. Current Biology, 2013, 23(11): 1031-1035. [9] Jiang W, Liu Y, Xia E, et al. Prevalent role of gene features in determining evolutionary fates of whole-genome duplication duplicated genes in flowering plants[J]. Plant physiology, 2013, 161(4): 1844-1861. [10] Zhang G, Cowled C, Shi Z, et al. Comparative analysis of bat genomes provides insight into the evolution of flight and immunity[J]. Science, 2013, 339(6118): 456-460. [11] Fan Y, Huang Z Y, Cao C C, et al. Genome of the Chinese tree shrew[J]. Nature communications, 2013, 4: 1426. [12] Wang M Y, Zhao P M, Cheng H Q, et al. The Cotton transcription factor TCP14 functions in auxin-mediated epidermal cell differentiation and elongation[J]. Plant physiology, 2013, 162(3): 1669-1680. [13] Lu S, Zong C, Fan W, et al. Probing meiotic recombination and aneuploidy of single sperm cells by wholegenome sequencing[J]. Science, 2012, 338(6114): 1627-1630. [14] Guo S, Zhang J, Sun H, et al. The draft genome of watermelon (Citrullus lanatus) and resequencing of 20 diverse accessions[J]. Nature genetics, 2013, 45(1): 51-58. [15] Li S, Li R, Li H, et al. SOAPindel: Efficient identification of indels from short paired reads[J]. Genome research, 2013, 23(1): 195-200. [16] Li M, Wu H, Luo Z, et al. An atlas of DNA methylomes in porcine adipose and muscle tissues[J]. Nature communications, 2012, 3: 850. [17] Fan W, Li R. Test driving genome assemblers[J]. Nature biotechnology, 2012, 30(4): 330. [18] Liu C M, Wong T, Wu E, et al. SOAP3: ultra-fast GPU-based parallel alignment tool for short reads[J]. Bioinformatics, 2012, 28(6): 878-879. [19] Hvilsom C, Qian Y, Bataillon T, et al. Extensive X-linked adaptive evolution in central chimpanzees[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2012, 109(6): 2054-2059. [20] Zhang G, Fang X, Guo X, et al. The oyster genome reveals stress adaptation and complexity of shell formation[J]. Nature, 2012, 490(7418): 49-54.
诺禾致源LncRNA信息分析内容
诺禾致源LncRNA信息分析内容LncRNA分析内容注：以下标红需要多样本数据支持一、标准信息分析内容：1.测序数据质量评估2.参考序列比对分析3.基因表达水平分析4.RNA--‐seq整体质量评估5.序列拼接组装(cufflinks + S cripture两种拼接方法 )6.LncRNA位点筛选（可选intergenic lncRNA, intronic LncRNA, antisense lncRNA分别计算费用）6.1长度筛选(>=200bp)6.2Exon个数筛选(>=2)6.3Reads覆盖度筛选(>=3)6.4位置筛选(对不同种类的lncRNA采用不同的位置筛选条件)6.5编码潜能筛选(四种方法取交集：pfam蛋白结构域筛选、CPC 筛选、CNCI筛选、PhyloCSF)7. 筛选得到的LncRNA描述性统计分析7.1 L ncRNA长度分布7.2 E xon个数分布7.3 已知和新预测lncRNA分类8. LncRNA保守性分析8.1 位点保守性分析8.2 序列保守性分析9. LncRNA表达水平分析9.1 差异表达水平分析*（>=2个样本）9.2 组织或表型特异性表达分析*（>=3个组织或者表型）10．LncRNA靶基因预测10.1 C is作用靶基因10.2 T rans作用靶基因*（>=2个样本）11. L ncRNA靶基因功能注释11.1 C is作用功能注释11.2 T rans作用功能注释*（>=5个样本）12. 差异表达或特异性表达的靶基因功能分析*（>=2个样本）12.1 G O富集分析12.2 K EGG富集分析12.3差异LincRNA与靶基因调控网络分析二、个性化分析内容：1. l ncRNA g ene与转录组coding g ene比较分析（需要转录组数据的分析结果）1.1 长度分布比较1.2 表达水平比较1.3 组织或表型特异性比较1.4 保守性比较2. L ncRNA浏览器辅助建立。
Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性
Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性陈泽斌;李冰;王定康;余磊;徐胜光;任禛;靳松;张永福;彭声静【摘要】In this study, the species abundance and alpha diversity of walnut endophytic bacteria were analyzed by Illumina MiSeq high-throughput sequencing of the 16S rDNA-V4 region. Softwares such as Uparse, Flash, and Qiime were employed to sort and calculate the number of sequences and operational taxonomic units ( OTUs) . The numbers of effective sequences and OTUs for each sample were 63183 and 103, respectively. The rarefaction curves showed that adequate sampling was achieved, and the number of OTUs was close to saturation. Majority of the endophytic bacteria belonged to Sphingomonas ( 27. 27%) , Halomonas ( 27. 27%) and Agrobacterium ( 45. 45%) which were therefore the dominant bacterial families in walnut. Illumi-na MiSeq high-throughput sequencing technology provided more accurate and scientific data resources for the study of endophytic bacteria.%应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定核桃内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,使用Uparse等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元( OTUs)数量,分析内生细菌的丰度和a-多样性。
诺禾致源生物信息科技有限公司2015校园招聘简章关于我们
诺禾致源生物信息科技有限公司2015校园招聘简章关于我们基因是一切生命现象的源头，决定了每一个细胞和生物体的运作。
同时，基因也是序列的，是数字的，解读基因密码始终是人类的终极梦想。
近年来，基因测序技术飞速发展。
一个人类基因组的测序成本由世纪初的30亿美金降低至现今的1000美金。
基因测序不但已经成为生命科学研究的常用技术，也正逐步应用到人类健康领域，深刻地改变着现行的临床诊断、药物研发和医疗健康模式，乃至人们的生活方式。
基因时代已经来临。
以推动基因组学研究与应用开发为使命，我们于2011年03月15日在北京中关村创立了北京诺禾致源生物信息科技有限公司，组建了一支高水平的团队。
企业专注于开拓前沿分子生物学技术和高性能计算技术在生命科学研究和人类健康领域的应用，致力于成为全球领先的基因组学产品和服务提供者。
企业总部位于北京市海淀区学清路38号金码大厦，办公面积4,500m2。
技术中心位于天津市武清区，办公面积11,200 m2，其中洁净实验室面积约5,000m2，实验室通过认证获批国家医疗机构执业许可证和医疗器械生产企业许可证。
业务网络遍布国内主要城市，并设立有香港、美国和英国等海外业务中心。
我们建立了目前国内通量规模最大的基因测序平台，包括4台MiSeq、1台NextSeq 500、5台Ion Proton、10台HiSeq2000/2500和10台HiSeq X 等最先进的基因测序仪。
高性能计算平台目前物理核数3,592个，计算峰值速度73T flops，总内存17TB，总存储3.2PB，有效地支撑了生命科学研究、农业育种、食品安全和医疗健康等领域对大数据分析和存储的需求。
四年的快速发展，诺禾致源已成长为国内基因行业的领先企业。
现为中关村国家自主创新示范区金种子企业、瞪羚企业、北京市科技研发机构、软件企业、北京市企事业专利试点单位、国家高新技术企业。
并建设有博士后（青年英才）创新实践基地和北京市工程实验室。
应用Illumina NovaSeq测序技术比较3种杂粮对大鼠肠道菌群的影响
应用Illumina NovaSeq测序技术比较3 种杂粮对大鼠肠道菌群的影响王勇，宋歌，庞邵杰，綦文涛*（国家粮食和物资储备局科学研究院，北京 100037）摘 要：为探究燕麦、荞麦和小米对健康大鼠肠道结构、肠道菌群及肠道中短链脂肪酸（short-chain fatty acids，SCFAs）含量的影响，本实验将48 只SPF级雄性SD大鼠随机分为4 组（空白对照组（饲喂标准维持饲料）、燕麦组（饲喂含22%（质量分数，下同）燕麦的饲料）、荞麦组（饲喂含22%荞麦的饲料）和小米组（饲喂含22%小米的饲料）），每周测定大鼠体质量，12 周后处死大鼠，取肝脏、结肠组织及结肠内容物，对大鼠肝脏和结肠组织进行病理学检测；应用Illumina NovaSeq高通量测序技术检测大鼠肠道菌群变化；利用液相色谱-质谱联用仪检测大鼠结肠内容物SCFAs含量。
结果表明，燕麦可增加大鼠肠道菌群多样性，提高大鼠结肠乳杆菌属（Lactobacillus）和阿克曼氏菌属（Akkermansia）丰度；荞麦和小米可增加厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度，降低疣微菌门（Verrucomicrobia）和拟杆菌门（Bacteroidetes）相对丰度；燕麦、荞麦和小米均可降低拟杆菌属（Bacteroides）丰度；燕麦和小米可显著提高大鼠结肠内乙酸和总SCFAs含量（P＜0.05），小米可显著提高丙酸和异丁酸含量（P＜0.05）。
综上，燕麦对大鼠肠道菌群具有一定的改善作用，荞麦和小米对肠道菌群的影响相似度较高，相关研究结果可为谷物功能食品的开发提供科学依据。
关键词：燕麦；荞麦；小米；肠道菌群；高通量测序；短链脂肪酸Effects of Three Kinds of Coarse Cereals on Gut Microbiota of Rats Explored by Illumina NovaSeq Sequencing TechnologyWANG Yong, SONG Ge, PANG Shaojie, QI Wentao*(Academy of National Food and Strategic Reserves Administration, Beijing 100037, China) Abstract: To investigate the effect of dietary supplementation with oats, tartary buckwheat and foxtail millet on the intestinal histology, microbiota and short-chain fatty acids (SCFAs) in normal rats, 48 male SD rats were randomly and equally divided into four groups: control (fed a standard maintenance diet), oat (fed the maintenance diet containing 22% oats), tartary buckwheat (fed the maintenance diet containing 22% tartary buckwheat) and foxtail millet groups (fed the diet containing 22% foxtail millet). Body mass was recorded weekly. After 12 weeks of feeding, the rats were sacrificed to collect liver tissue, colon tissue and colonic contents. Histopathological characteristics of liver and colon tissues were observed. The intestinal microbiota was analyzed by Illumina NovaSeq high-throughput sequencing technology. SCFAs in colonic contents were determined by liquid chromatography-mass spectrometry. Results indicated that administration of oats increased gut microbiota diversity and showed higher relative abundance of Lactobacillus and Akkermansia than the control group. Tartary buckwheat and foxtail millet increased the relative abundance of Firmicutes, but decreased the abundance of Verrucomicrobia and Bacteroidetes in the gut of normal rats. Oats, tartary buckwheat and foxtail millet decreased the relative abundance of Bacteroides. Oats and foxtail millet could significantly increase the concentrations of acetic acid and total SCFAs (P < 0.05), and foxtail millet could significantly increase the concentrations of propionic acid and isobutyric acid in colonic contents (P < 0.05). In conclusion, oat supplementation has regulatory effects on the gut microbiota in rats,收稿日期：2020-07-16基金项目：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项（ZX1908）；国家自然科学基金青年科学基金项目（31901698）；中国科协青年人才托举工程2019—2021年度项目（2019QNRC001）第一作者简介：王勇（1987—）（ORCID: 0000-0002-0123-228X），男，助理研究员，博士，研究方向为粮油营养与健康。
诺禾致源资料
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建库测序
06 建库测序服务
基因组测序
08 动植物基因组测序 10 基因组特征评估 11 基因组de novo测序 14 泛基因组测序（pan-genome） 17 动植物重测序 18 变异检测（基于全基因组重测序） 20 变异检测（基于简化基因组测序） 22 单个性状定位 25 遗传图谱（基于全基因组重测序） 27 遗传图谱（基于RAD-seq简化基因组技术） 29 遗传图谱（基于GBS简化基因组技术） 31 群体进化（基于全基因组重测序） 33 群体进化（基于简化基因组测序）
测序策略
每台仪器数据产出
最低测序量
Q30
项目周期
建
PE300
13Gb data / 1 Run 13Gb data (1 Run)
微生物
55 16S/18S/ITS等扩增子测序 58 宏基因组测序 61 细菌基因组测序 64 真菌基因组测序 67 小基因组测序
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诺禾致源 北京诺禾致源生物信息科技有限公司于2011年3月15日在北京中关村生命科学 园注册成立，以基因组学研究与应用开发为发展方向，致力于成为全球领先的基因组学研究解决方案提供者。专 注于开拓生物学、计算机科学和信息技术在动植物研究以及人类健康领域的应用。
[4] Li M, Tian S, Jin L, et al. Genomic analyses identify distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars[J]. Nature genetics, 2013, 45(12): 1431-1438.
北京诺禾致源-16S 结题报告模板讲解
结果文件
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1.Reads统计（00-sequnce）
• 结果文件夹中的，每个子目录对应一个样 品，样品文件夹里的seqs.fna文件是该样品 a 的序列信息。
b c
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2. OTU聚类（01-OTU）
• Reads序列相似度达到97%以上。 • 1）uclust_picked_otus-- 1 all otus
b a c
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2. OTU聚类（01-OTU）
• 2）rep-set • 1 all_rep_set.fasta
a c b
• • • •
提取每个otu的 第一条序列， 代表该otu进行 后续的分析。
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3.物种注释（ 02 taxa ）
a b c
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3.物种注释（ 02 taxa ）
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一. 结题报告
• 信息分析分为三个部分：基本信息分析， 标准信息分析，高级信息分析。
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诺禾致源rna测序方法
诺禾致源rna测序方法什么是诺禾致源RNA测序方法？诺禾致源（Nugen）是一家生物技术公司，专注于开发和提供先进的分子生物学工具和服务。
他们的RNA测序方法被称为诺禾致源RNA测序方法，它是一种能够高效、准确地分析RNA样本的技术。
RNA测序是一种重要的分子生物学工具，用于确定细胞中存在的RNA分子的类型和数量。
通过诺禾致源RNA测序方法，可以在高通量、高灵敏度和高特异性的条件下，对RNA样本进行全面的测序分析。
诺禾致源RNA测序方法的一大特点是其使用了单分子扩增技术。
这种方法能够从单个RNA分子开始扩增，避免了传统方法中的批量扩增带来的偏差和误差。
此外，诺禾致源RNA测序方法还采用了特殊的试剂和引物，使测序的覆盖度、准确性和重复性得到了很大的提高。
使用诺禾致源RNA测序方法进行RNA测序需要经过以下几个主要步骤：1. 样本准备：首先，需要从目标细胞或组织中提取RNA样本。
样本准备的质量和纯度对后续的测序分析非常重要。
2. RNA逆转录：接下来，将提取到的RNA样本逆转录为cDNA。
这涉及到使用逆转录酶和引物，将RNA转录为cDNA，以便后续的扩增和测序。
3. DNA扩增：在RNA逆转录的基础上，使用诺禾致源的单分子扩增技术，将cDNA进行扩增。
通过这种方法，每个cDNA分子都能够独立地进行扩增，从而避免了传统批量扩增中的偏差和误差。
4. 测序准备：将扩增后的DNA片段进行准备，包括对DNA进行片段化、链接适配体和固定到测序芯片上。
这些步骤能够为后续的测序提供必要的样品准备。
5. 测序分析：最后，通过高通量测序技术对固定在芯片上的DNA片段进行测序。
通过诺禾致源的RNA测序方法，可以获得高质量、高覆盖度的测序数据。
除了这些基本步骤外，诺禾致源RNA测序方法还可以与其他分析技术和工具相结合，以实现更全面的RNA分析。
例如，可以使用生物信息学工具对测序数据进行处理和分析，以获得RNA的表达水平、剪接变异等信息。
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2.2 中标/投标情况（近一年）
截止2019年12月2日，根据国内相关网站检索以及中国比地招标网数据库分析，未查询到相关信息。不排除因信息公开来源尚未公 开、公开形式存在差异等情况导致的信息与客观事实不完全一致的情形。仅供客户参考。
2.3 中标/投标行业分布（近一年）
持股比例 -
认缴出资额 -
四、风险信息
4.1 经营异常(0)
截止2019年12月2日，根据国内相关网站检索以及中国比地招标网数据库分析，未查询到相关信息。不排除因信息公开来源尚未公 开、公开形式存在差异等情况导致的信息与客观事实不完全一致的情形。仅供客户参考。
4.2 股权出资(0)
本报告于 2019年12月2日 生成
4.3 动产抵押(0)
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4.4 税务信息(0)
截止2019年12月2日，根据国内相关网站检索以及中国比地招标网数据库分析，未查询到相关信息。不排除因信息公开来源尚未公 开、公开形式存在差异等情况导致的信息与客观事实不完全一致的情形。仅供客户参考。
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招标投标企业报告
北京诺禾致源生物信息科技有限公司
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1/5
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2.5 合作甲方前五名（近一年）
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三、股东及出资信息
序号 1 2 3 4 5 6
股东 蒋智 李瑞强 樊世彬 莫淑珍 北京致源禾谷投资管理中心（有限合伙） 北京诺禾禾谷投资管理中心（有限合伙）
截止2019年12月2日，根据国内相关网站检索以及中国比地招标网数据库分析，未查询到相关信息。不排除因信息公开来源尚未公 开、公开形式存在差异等情况导致的信息与客观事实不完全一致的情形。仅供客户参考。
2.4 参与投标的甲方前五名（近一年）
截止2019年12月2日，根据国内相关网站检索以及中国比地招标网数据库分析，未查询到相关信息。不排除因信息公开来源尚未公 开、公开形式存在差异等情况导致的信息与客观事实不完全一致的情形。仅供客户参考。
4.5 行政处罚(0)
截止2019年12月2日，根据国内相关网站检索以及中国比地招标网数据库分析，未查询到相关信息。不排除因信息公开来源尚未公 开、公开形式存在差异等情况导致的信息与客观事实不完全一致的情形。仅供客户参考。
五、企业信息
5.1 工程人员(0)
截止2019年12月2日，根据国内相关网站检索以及中国比地招标网数据库分析，未查询到相关信息。不排除因信息公开来源尚未公 开、公开形式存在差异等情况导致的信息与客观事实不完全一致的情形。仅供客户参考。
联系电话： ***********
二、招投标分析
2.1 中标/投标数量
企业中标/投标数： 16 个 （数据统计时间：2017年至报告生成时间）
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3/5
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经营状态：
在业
注册资本： 36000万人民币
注册地址： 北京市昌平区回龙观镇生命园路29号创新大厦B258室
营业期限： 2011-03-15 至 /
营业范围：
科技产品的技术开发、技术咨询、技术转让、技术推广；会议服务；计算机技术培训；维修计 算机、电子产品；计算机系统集成；经济信息咨询（不含中介服务）；销售计算机软硬件及外 围设备、化工产品（不含危险化学品）、生物试剂（不含危险化学品、药品）、机械设备；技 术进出口。（企业依法自主选择经营项目，开展经营活动；依法须经批准的项目，经相关部门 批准后依批准的内容开展经营活动；不得从事本市产业政策禁止和限制类项目的经营活动。）
* 敬启者：本报告内容是中国比地招标网接收您的委托，查询公开信息所得结果。中国比地招标网不对该查询结果的全面、准确、真 实性负责。本报告应仅为您的决策提供参考。
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每日80000+条信息更新，多维度检索、企业资 质匹配、甲方监控等功能，让中标快人一名称： 北京诺禾致源生物信息科技有限公司
统一社会信用代码： 9111011457125686XY
工商注册号： 110114013682041
组织机构代码：
57125686X
法定代表人： 李瑞强
成立日期：
2011-03-15
企业类型： 股份有限公司(非上市、自然人投资或控股)
4/5
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截止2019年12月2日，根据国内相关网站检索以及中国比地招标网数据库分析，未查询到相关信息。不排除因信息公开来源尚未公 开、公开形式存在差异等情况导致的信息与客观事实不完全一致的情形。仅供客户参考。
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1. 基本信息：工商信息 2. 招投标情况：中标/投标数量、中标/投标情况、中标/投标行业分布、参与投标 的甲方排名、合作甲方排名 3. 股东及出资信息 4. 风险信息：经营异常、股权出资、动产抵押、税务信息、行政处罚 5. 企业信息：工程人员、企业资质