玉米淀粉分支酶基因启动子的克隆及生物信息学分析
生物信息学期末复习资料（小字）
生物信息学期末复习资料（小字）名词解释或辨析。
1.生物信息学：生物信息学是包含生物信息的获取、处理、贮存、分发、分析和解释的所有方面的一门学科，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具进行研究，目的在于了解大量的生物学意义。
2.基因芯片：固定有寡核苷酸、基因组DNA或互补DNA 等的生物芯片。
利用这类芯片与标记的生物样品进行杂交，可对样品的基因表达谱生物信息进行快速定性和定量分析。
3.人类基因组计划：HGP，是一项规模宏大，跨国跨学科的科学探索工程。
其宗旨在于测定组成人类染色体（指单倍体)中所包含的30亿个碱基对组成的核苷酸序列，从而描绘人类基因组图谱，并且辨识其载有的基因及其序列，达到破译人类遗传信息的最终目的。
4.中心法则：分子生物学的基本法则，是1958年由克里克（Crick）提出的遗传信息传递的规律，包括由DNA到DNA的复制，由DNA到RNA的转录和由RNA 到蛋白质的翻译等过程。
20世纪70年代逆转录酶的发现，表明还有由RNA逆转录形成DNA的机制，是对中心法则的补充和丰富。
5.相似性和同源性：相似性（similarity）和同源性（homology）是两个完全不同的概念。
同源序列是指从某一共同祖先经过趋异进化而形成的不同序列。
相似性是指序列比对过程中检测序列和目标序列之间相同碱基或氨基酸残基序列所占比例的大小。
当两条序列同源时，他们的氨基酸或核苷酸序列通常有显著的一致性（identity）。
如果两条系列有一个共同进化的祖先，那么他们是同源的。
这里不存在同源性的程度问题，两条序列要么是同源的要么是不同源的。
1.生物信息学：综合计算机科学、信息技术和数学的理论和方法来研究生物信息的交叉学科。
包括生物学数据的研究、存档、显示、处理和模拟，基因组遗传和物理图谱的处理，核苷酸和氨基酸序列分析，新基因的发现和蛋白质结构的预测等。
2.蛋白质组：指由一个基因组，或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。
玉米淀粉分支酶基因SBEⅡb高效沉默表达载体的构建及转化表达
玉米淀粉分支酶基因SBEⅡb高效沉默表达载体的构建及转化表达李楠;赵吉元;尹悦佳;柳青;郭嘉;王云鹏;刘相国;郝东云;贺红霞【摘要】淀粉分支酶（ starch branching enzyme， SBE）是淀粉合成的限速酶。
为了进一步研究SBEⅡb沉默对玉米生长及直链淀粉合成的影响，克隆了玉米（ Zea mays）淀粉分支酶SBEⅡb基因片段，构建了SBEⅡb的发卡结构表达载体pTFU－SBEⅡb hairpin，用农杆菌介导法将其导入玉米HiⅡ幼胚中，经除草剂筛选获得了194株转化再生植株，其中4株结实，获得转基因种子35粒。
T1代植株经PCR及试纸条检测获得3株阳性材料，半定量RT－PCR结果得出SBEⅡb的表达量降低，推断出基因表达水平降低对直链淀粉的合成具有正效应。
%Starch branching enzyme ( SBE) is a rate-limiting enzyme in the synthesis of starch.To declare the effect of SBEⅡb silencing on maize growth and amylase synthesis, SBEⅡb gene from Zea mays was cloned, and its expression vector pTFU-SBEⅡb containing hairpin structure was constructed.The construct was transformed into maize HiII immature embryos by Agrobacterium-mediated method.194 regenerated plants were obtained through herbicide screening, 4 of them produced 35 seeds. Three positive plants were detected by PCR and BAR strip from T1 generation plants.Semi-quantitative RT-PCR results showed that the expression of SBEⅡb was reduced.And then, we deduced that the reducing level of SBEⅡb has positive effect on amylose synthesis.【期刊名称】《生物技术进展》【年(卷),期】2015(000)002【总页数】7页(P120-126)【关键词】玉米;淀粉分支酶SBEⅡb;ihpRNA载体;直链淀粉【作者】李楠;赵吉元;尹悦佳;柳青;郭嘉;王云鹏;刘相国;郝东云;贺红霞【作者单位】吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033; 吉林农业大学生命科学学院，长春130118;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033;吉林省农业科学院农业生物技术研究所，长春130033【正文语种】中文玉米(Zea mays L.)是世界栽培广泛的三大作物之一，其产量高于水稻和小麦。
生物信息学第五章基因组分析
基因组作图的分辨率水平
遗传图和物理图的区别、联系
A. 物理作图利用了现有的序列信息，并把显 微镜数据和遗传连锁图以及这些标记或基
因周围的DNA序列相结合。最终的物理图 将是基因组或是染色体的完整、连续的 DNA序列。
B. 由于遗传连锁图是根据染色体的重组活动 来度量标记间距离的，物理图和遗传连锁 图上的标记间的相对距离就会大不相同。
本章将介绍基因组结构分析和作图的基本 原理，以及功能基因组学的主要研究方法 和分析系统。
基因组分析的主要任务
确定基因在染色体上的位量，提供 遗传信息，并探讨基因之间以及基因与 经典遗传学、医学（包括基因治疗、跟 踪自发突变和X连锁疾病等）诸多方面 之间的联系。
基本概念
➢基因组（genome）是指一个生物体、细 胞器或病毒的整套基因。
工作难度
(1) 基因组所含信息量至少比单个基因要高几个 数量级。例如，人类基因组含30,000多个基因， 基因组大小约3×l09bp，如此巨大的数据量并 非常规分析工具所能及；
(2) 尽管人类基因组测序工作己基本完成，但草 图序列中存在不少碱基甚至基因组片段的缺 失或错误；发现并改正这些错误是一项极为 艰巨的工作，而这又是正确解析基因组功能 的必备步骤；
随着人类基因组及其他生物基因组计划的 顺利实施，基因组学开始进人了一个崭新的发 展时期，也为人们进行超大规模的基因组分析 工作提供了可靠的技术保证。
研究背景
➢生物信息学的各种信息资源和分析工具 正逐渐形成一个整合系统来反映生物体 的高度复杂性，基因组分析也不例外。
➢人类基因组计划自开始实施起就同时朝 着两个密切相关的方向前进：
➢基因组学（genomics）则以基因组分析为 手段，研究基因组的结构组成、时序表达 模式（temporal expression pattern）和 功能，并提供有关生物物种及其细胞功能 的进化信息。
生物信息学期末考试答案
生物信息学期末考试答案Bioinformatics：生物信息学——是一门综合运用生物学、数学、物理学、信息科学以及计算机科学等诸多学科的理论方法；以互联网为媒介、数据库为载体、利用数学和计算机科学对生物学数据进行储存、检索和处理分析；并进一步挖掘和解读生物学数据。
Consensus sequence：共有序列——决定启动序列的转录活性大小。
各种原核启动序列特定区域内（通常在转录起始点上游-10及-35区域）存在共有序列；是在两个或多个同源序列的每一个位置上多数出现的核苷酸或氨基酸组成的序列。
Data mining：数据挖掘——数据挖掘一般是指从大量的数据中自动搜索隐藏于其中的有着特殊关系性的信息的过程。
数据挖掘通常是利用计算方法分析生物数据；即根据核酸序列预测蛋白质序列、结构、功能的算法等；实现对现有数据库中的数据进行发掘。
EST：(Expressed Sequence Tag)表达序列标签——是某个基因cDNA克隆测序所得的部分序列片段；长度大约为200~600bp。
Similarity：相似性——是直接的连续的数量关系；是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。
Homology：同源性——是两个对象间的肯定或者否定的关系。
如两个基因在进化上是否曾具有共同祖先。
从足够的相似性能够判定二者之间的同源性。
Alignment：比对——从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点；以期能够推测它们的结构、功能以及进化上的联系。
或是指为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性；而将它们按照一定的规律排列。
BLOSUM：模块替换矩阵——是指在对蛋白质数据库搜索时；采用不同的相似性分数矩阵进行检索的相似性矩阵。
以序列片段为基础；从蛋白质模块数据库BLOCKS中找出一组替换矩阵；用于解决序列的远距离相关。
在构建矩阵过程中；通过设置最小相同残基数百分比将序列片段整合在一起；以避免由于同一个残基对被重复计数而引入的任何潜在的偏差。
生物信息学基础考试试题
生物信息学基础考试试题生物信息学基础考试试题回答一、选择题（每题5分，共20题）1. 生物信息学的定义是什么？A. 研究生物的基本信息B. 利用计算机科学分析生物学数据C. 研究生物的遗传编码D. 生物学的一个分支学科答案：B2. 以下哪个是常用的生物信息学数据库？A. NCBIB. C++C. DNAD. Photosynthesis答案：A3. 在DNA序列中，碱基A配对的是？A. TB. CC. GD. U答案：A4. 以下哪个是生物信息学中常用的序列比对算法？A. BLASTB. MATLABC. PCRD. ELISA答案：A5. 基因组学是研究什么的科学？A. 蛋白质结构B. DNA修复C. 基因组DNA的组成和功能D. 细胞分裂答案：C6. 哪种技术可用于测定DNA序列？A. 单克隆抗体技术B. RNA干扰技术C. 半制备列序法D. 高效液相色谱法答案：C7. 生物信息学中的序列模拟是指什么？A. 通过计算机模拟生物进化过程B. 利用计算机模拟DNA合成过程C. 模拟生物对某种药物的反应D. 利用计算机模拟细胞分裂过程答案：A8. 以下哪个是生物信息学的一个重要应用领域？A. 化学合成B. 建筑设计C. 新药研发D. 环境保护答案：C9. 哪个工具常用于分析生物信息中的调控网络？A. PhotoshopB. CytoscapeC. ExcelD. SPSS答案：B10. 蛋白质结构预测是生物信息学的一个重要研究方向，以下哪种是蛋白质的一级结构？A. α螺旋B. 葡萄糖C. 多肽链D. 抗原答案：C11. 生物信息学与生物医学工程有什么相似之处？A. 都研究细胞生物学B. 都属于理学院系C. 都涉及到计算机科学D. 都使用相同的实验方法答案：C12. 在基因组测序中，什么是基因组装？A. 利用计算机将碎片序列拼接成连续的基因组B. 测定基因组中的突变位点C. 研究基因间的调控关系D. 将RNA转录为蛋白质的过程答案：A13. 以下哪个不属于生物信息学的软件工具？A. BLASTB. PhotoshopC. RD. Python答案：B14. 哪种常见的DNA测序技术被广泛应用于基因组学研究？A. Sanger测序B. 吉姆斯法则C. CRISPR-Cas9技术D. 免疫印迹法答案：A15. 生物信息学中的反向遗传学用于研究什么？A. DNA复制B. 基因的转录和翻译C. RNA干扰D. 基因组的组装答案：B16. 哪种方法可用于鉴定基因表达谱中的关键基因？A. 蛋白质降解法B. 基因芯片技术C. 聚合酶链式反应D. 免疫组化技术答案：B17. 生物信息学研究中常用的基因表达定量方法是什么？A. Western BlotB. ELISAC. qPCRD. 蛋白质组学答案：C18. 生物信息学中的系统生物学研究的是什么？A. 各个细胞器的功能B. 化学元素与生物体的相互作用C. 生物学过程中的相互关系D. 各个动物种群的遗传特征答案：C19. 下面哪个数据库不是用于蛋白质结构预测的？A. PDBB. UniProtC. Swiss-ProtD. Entrez Gene答案：D20. 生物信息学中常用的序列对比方法是什么？A. 水平基因转移B. Smith-Waterman算法C. 单克隆抗体制备D. RNA干扰技术答案：B二、简答题（每题10分，共5题）1. 编程语言在生物信息学中的作用是什么？编程语言在生物信息学中扮演着重要角色。
公示-石河子大学研究生招生信息
公示根据《石河子大学研究生优秀学位论文评选实施细则（修订）》的有关要求，经个人申请、学院学位评定委员会推荐、学部委员会审议，校学位评定委员会于2015年6月23日审核，评选出我校2015年优秀博士学位论文4篇、优秀学术学位硕士学位论文82篇,优秀专业学位硕士学位论文8篇,现将结果公布如下：1、优秀博士学位论文（4篇）：序号学科、专业研究生论文题目导师1 动物遗传育种与繁殖付强牛病毒性腹泻病毒持续性感染的分子机制研究及其定点突变株的构建陈创夫2 作物栽培学与耕作学闵伟咸水滴灌对棉田土壤微生物及水氮利用效率的影响侯振安3 动物遗传育种与繁殖李志强布鲁氏菌二元调控系统TceSR和TcfSR的生物学功能研究陈创夫4 作物栽培学与耕作学张泽基于GIS的土壤氮素分区管理与施肥模型建立研究吕新2、优秀学术学位硕士学位论文（82篇）：序号学科、专业研究生论文题目导师1 遗传学李超棉花GhFT1基因启动子的克隆及功能分析黄先忠2 生态学李纪伟新疆天山以北地区瘿螨区系研究张建萍3 遗传学郭丹丽陆地棉FLOWERING LOCUS T同源基因GhFL1的克隆及功能分析黄先忠4 预防兽医学彭叶龙单核细胞增生李斯特菌ncRNA rli60基因缺失株的构建及部分生物学特性研究乔军5 预防兽医学赵海龙少孢节丛孢菌胞外蛋白酶基因的克隆、表达及生物学活性研究孟庆玲6 预防兽医学谢堃Rli87基因缺失对LM环境应激及致病力的影响乔军7 果树学王博慧库尔勒香梨MYB基因表达规律及干扰载体构建研究牛建新8 果树学孙晓霞库尔勒香梨SPL基因克隆表达分析及花器官的转录组分析牛建新9 植物病理学毛建才聚多糖脱乙酰酶基因家族VdpdaA s在大丽轮枝菌中的功能分析高峰10 土壤学马丽娟咸水滴灌对棉田土壤硝化关键微生的影响侯振安11 作物遗传育种韩泽刚枯萎病菌诱导棉花幼苗根部基因表达谱的分析及GhERFB101基因的克隆张薇12 生态学王静娅干旱区典型盐生植被群落土壤团聚体及其生物学特性的分析张凤华13 植物营养学陶瑞化肥减量有机替代下滴灌农田氮素转化与N2O排放褚贵新14 作物栽培学与耕作学刘军长期连作及秸秆还田棉田土壤有机碳组分变化研究刘建国15 生物化学与分子生物学刘逸泠杂交狼尾草再生体系的建立及转sikPIP基因的研究祝建波16 生物化学与分子生物学史梦婷miR-193a影响BVDV在MDBK细胞内致病机制的研究陈创夫17 作物遗传育种王昊龙小麦淀粉分支酶SBEIIa、SBEIIb基因序列多态性分析及功能标记的开发李卫华18 应用化学盛文波基于阿维菌素控制释放功能性聚合物的制备及其性能研究贾鑫19 农业水土工程李文昊新疆长期膜下滴灌棉田土壤盐分离子分布特征与时空迁移规律研究王振华20 农业电气化与自动化丁竹青基于LabVIEW Vision的加工番茄外部缺陷在线检测系统设计与研究坎杂21 应用化学郭豪氮杂环卡宾催化C-X键形成研究何林22 工业催化黄超锋基于“界面效应”设计高稳定性乙炔氢氯化反应Au基催化剂朱明远23 水利水电工程刘毅伊犁黄土滑坡特征、成因及稳定性分析程建军24 农产品加工及贮藏工程高聪一株产几丁质酶细菌的筛选鉴定、酶学性质及降解几丁质的研究童军茂25 工业催化陈昆乙炔氢氯化反应碳载体孔径调控及改性研究代斌26 机械设计及理论冉兵加工番茄酱后皮渣双作用分离试验研究坎杂27 应用化学赵赫基于咔唑的有机小分子光电材料的合成及其性能研究刘志勇28 生物化工乔醴峰基于核酸适配体的β-葡萄糖醛酸苷酶一步纯化固定化研究及其应用李春29 工业催化王洋甲醇定向转化制苯乙烯反应机理的理论研究康丽华30 工业催化周昌健大黄酸-氨基酸偶联物的合成及抗肿瘤活性初步研究代斌31 农业机械化工程冯哲苹果不同受载时接触应力测量分析及损伤预测吴杰32 生物化工汤恒基于β-葡萄糖醛酸苷酶结构解析的耐热性研究李春33 应用化学张晶2-三氟乙酰基苯酚与活泼碳碳叁键串联反应研究代斌34 机械制造及其自动化徐虎博不同内部品质库尔勒香梨振动频谱特性分析研究吴杰35 机械电子工程高国刚基于DSP数字图像处理的哈密瓜品质检测研究马本学36 机械设计及理论王梦籽棉回潮率自动测量装备的研究坎杂37 区域经济学王淑娟向西开放背景下新疆优势产业选择及发展研究李豫新38 产业经济学张震新疆生产性服务业对经济增长的影响研究程广斌39 农业经济管理王洁菲基于产业安全的新疆棉花产销体系优化研究王力40 企业管理陈艳小微企业创业领导力开发研究————以石河子市科技型小微企业为例刘追41 企业管理徐兵变革型领导、心理授权与知识型员工离职倾向关系研究石冠峰42 金融学姜勇新疆农村金融普惠的空间差异及集聚效应研究徐敏43 产业经济学帅林遥中国新疆边境贸易便利化影响因素研究李豫新44 马克思主义民族理论与政策吴良平一个净土宗寺院再造研究：以玛纳斯大佛寺为例龙开义45 企业管理韩宏稳新生代员工组织公平感与离职倾向关系研究石冠峰46 马克思主义中国化研究田海峰唐安西四镇屯城布局研究张安福47 金融学蔡玉婧兵团小微企业的融资困境及对策研究何剑48 区域经济学张盼盼天山北坡经济带城市综合承载力评价研究程广斌49 会计学齐云飞行业成长性与我国上市公司现金持有杨兴全50 区域经济学张静新疆外贸结构转型升级路径研究龚新蜀51 农业经济管理胡世勇合肥市经济技术开发区被征地农民消费行为研究胡宜挺52 金融学蒋世辉新疆地方农户与兵团职工金融需求差异研究马乃毅53 区域经济学李崇基于包容性增长的兵团居民幸福感提升研究朱金鹤54 马克思主义中国化研究豆孝蕊兵团组织文化研究闫卫华55 药物分析学刘媛几种纳米复合材料的制备及其在电化学传感器中的应用研究唐辉56 肿瘤学李一鑫胃癌中VEGF、VEGFR2表达的临床病理学意义及其对预后的影响张文杰57 病理学与病理生理学李文琴Notch1信号通路相关基因mRNA表达与乳腺癌变、进展相关性研究曹玉文58 病理学与病理生理学谢玉汶GEFT基因对横纹肌肉瘤细胞生物学行为的影响李锋59 外科学王圣超MHCI-VEGFR2抗原肽单链三聚体DNA疫苗的抗肿瘤转移作用及其机制牛建华60 药剂学侯雪娇玫瑰花总黄酮的提取纯化及其抗离体心肌缺血再灌注损伤研究陈文61 流行病与卫生统计学庞鸿瑞新疆维吾尔族、哈萨克族农村居民高同型半胱氨酸血症流行特点及与相关疾病的关系郭淑霞62 护理学陈玲创伤后应激障碍症状学特征与眼动脱敏再加工疗效关系探讨张桂青63 肿瘤学谷倬宇COX-2、MMP-14和胰腺癌细胞增殖、侵袭、转移的关系研究李军64 肿瘤学李焕焕塞来昔布联合吉非替尼在非小细胞肺癌中的实验研究巩平65 外科学卞正君KLD-12多肽/TGF-β1诱导MSCs向髓核样细胞分化的实验研究孙建华66 病理学与病理生理学李肃PLCE1在食管鳞癌组织中的表达及其对肿瘤细胞增殖和侵袭的影响研究陈云昭67 生物化学与分子生物学王旭晖Neuritin通过Notch信号通路在血管生成中的作用黄瑾68 生药学戴沩特克斯橐吾根及根茎的化学成分及抗补体活性研究王琪69 病理学与病理生理学唐娜人巨细胞病毒和环境危险因素互作对新疆汉族原发性高血压易感性的影响何芳70 流行病与卫生统计学陈娟PPARγ基因单核苷酸多态性与维吾尔族代谢综合征的相关研究郭淑霞71 流行病与卫生统计学崔俊营基于多水平模型的兵团居民自评健康趋势和影响因素研究唐景霞72 流行病与卫生统计学何菲新疆农村地区维吾尔族和哈萨克族人群糖尿病和空腹血糖受损患病率及其影响因素郭淑霞73 内科学马莉活性维生素D3对人肾小球系膜细胞中Akt级mTOR表达的影响杨晓萍74 病原生物学王婵靶向Mcl-1的shRNA对结核杆菌感染巨噬细胞的凋亡影响章乐75 生理学张文雯新疆哈、汉族人群原发性高血压与缝隙连接基因多态性的相关性研究司军强76 肿瘤学冯文磊血管内皮前体细胞对间充质干细胞增殖能力的影响吴向未77 病理学与病理生理学何丽MTB PPS对MTB耐药性产生的作用及其机制研究张万江78 药理学龚福恺治疗白血病中药的活性分子及靶点挖掘——α-Viniferin 抑制K562 细胞生长的机制研究张波79 社会医学与卫生事业管理盖莉莉新疆农村妇女宫颈癌筛查项目组织现状研究井眀霞80 社会医学与卫生事业管理黄蓉哈密地区卫生人力现状及配置研究秦江梅81 护理学吴复琛新疆维吾尔族、哈萨克族失能老年人居家主要照护者照护负担及影响因素研究王玉环82 内科学王婉秋辛伐他汀对2型糖尿病动脉硬化大鼠血浆VEGF、TGF-β1及CTRP3水平的影响研究孙侃3、优秀专业学位硕士学位论文（8篇）：序号学科、专业研究生论文题目导师1 农业硕士养殖领域刘文骁彩鲫与建鲤杂交F1代生物学特性研究陈宏2 兽医硕士胡政香绵羊肺炎支原体新疆塔城流行株的分离鉴定及油佐剂灭活苗免疫原性初步研究孟庆玲3 农业硕士作物领域康亚龙连作对加工番茄土壤微生物群落及多样性的影响蒋桂英4工程硕士化学工程领域吴丰田铜催化C-N/C-O偶联合成N-芳基咪唑和苯并噁唑的催化体系研究谢建伟5工程硕士食品工程领域张继贤基于鹰嘴豆蛋白美拉德肽的制备技术研究与产品开发程卫东6 临床医学硕士肿瘤学王宁滑膜肉瘤上皮间叶不同组织成分中EMT相关基因的表达与意义李锋7 临床医学硕士肿瘤学吴何兴VEGF、CD34在肝泡状棘球蚴浸润性生长中的作用张示杰8临床医学硕士妇产科学纪莎HPVL1基因甲基化在维汉两组宫颈癌中的相关性分析玛依努尔·尼牙孜以上名单从今日起在校内公示7天，公示期内校学位评定委员会按程序受理个人或集体提出的异议；无异议者，即可作为我校2015年优秀博士、硕士学位论文。
【浙江省自然科学基金】_pcr技术_期刊发文热词逐年推荐_20140813
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2009年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52
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2010年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52
科研热词 聚合酶链反应 基因表达 腺病毒 社鼠 日本血吸虫 巢式pcr 反应体系 原核表达 农杆菌 优化 中华蜜蜂 麂角杜鹃 高粱 高温 非伤害性取样 雷竹 间接荧光抗体 闭联异松树脂醇二酯脱氢酶 闭联异松树脂醇二脂脱氢酶 锯缘青蟹 链球菌,肺炎/遗传学 钉螺 金黄色 重组蛋白质类 遗传转化 逆转录pcr 转基因高粱 转基因 赤潮 质量检测 调节性t细胞 表达载体 血卵涡鞭虫 蛇莓 葡萄球菌 荧光定量pcr 茄子 自主调控途径 膜联蛋白a2 腹泻 肝肿瘤 聚合酶链反应,实时 聚丙烯凝胶电泳 组织因子 红色裸甲藻 突变体 移植耐受 真核表达质粒 真核表达 目标基因替换 番茄 生长素响应因子
生物信息学题库--精校+整理
生物信息学题库一、名词解释1.生物信息学:生物分子信息的获取、存贮、分析和利用;以数学为基础, 应用计算机技术, 研究生物学数据的科学。
2.相似性(similarity):相似性是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA 碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。
3.同源性(homology):生物进化过程中源于同一祖先的分支之间的关系。
4.BLAST(Basic Local Alignment Search Tool):基本局部比对搜索工具, 用于相似性搜索的工具, 对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。
5.HMM隐马尔可夫模型:是蛋白质结构域家族序列的一种严格的统计模型, 包括序列的匹配, 插入和缺失状态, 并根据每种状态的概率分布和状态间的相互转换来生成蛋白质序列。
6.一级数据库:一级数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据, 只经过简单的归类整理和注释(投稿文章首先要将核苷酸序列或蛋白质序列提交到相应的数据库中)7、二级数据库:对原始生物分子数据进行整理、分类的结果, 是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。
8、GenBank: 是具有目录和生物学注释的核酸序列综合公共数据库, 由NCBI构建和维护。
9、EMBL: EMBL 实验室: 欧洲分子生物学实验室。
EMBL 数据库: 是非盈利性学术组织 EMBL 建立的综合性数据库, EMBL 核酸数据库是欧洲最重要的核酸序列数据库, 它定期地与美国的GenBank、日本的 DDBJ 数据库中的数据进行交换, 并同步更新。
10、DDBJ: 日本核酸序列数据库, 是亚洲唯一的核酸序列数据库。
11.Entrez:是由 NCBI 主持的一个数据库检索系统, 它包括核酸, 蛋白以及 Medline 文摘数据库, 在这三个数据库中建立了非常完善的联系。
12.SRS(sequence retrieval system):序列查询系统, 是 EBI 提供的多数据库查询工具之一。
玉米FAD2基因的生物信息学分析
玉米FAD2基因的生物信息学分析玉米FAD2基因的生物信息学分析摘要：生物信息学是一种对生物学数据进行分析和解释的交叉学科，可以有效地帮助科学家深入研究基因的结构和功能。
玉米（Zea mays）是世界上最重要的粮食作物之一，而FAD2基因则在玉米中起着重要的调控作用。
本文通过生物信息学方法对玉米FAD2基因进行了全面的分析，探究了其在玉米生长发育和甜玉米中的潜在作用。
引言：玉米是世界上最重要的粮食作物之一，广泛应用于食品、饲料和工业原料。
在玉米中，FAD2（Fatty Acid Desaturase 2）基因编码一种脂肪酸脱饱和酶，它在油脂代谢中起着重要的调控作用。
研究表明，FAD2基因参与了玉米内源脂肪酸的合成和积累，对玉米生长发育和品质形成具有重要意义。
本研究旨在通过生物信息学分析，揭示玉米FAD2基因的结构和功能，为深入研究该基因在玉米中的作用提供参考。
材料与方法：本研究使用了玉米FAD2基因的序列信息，包括基因序列、蛋白序列和相关的调控元件。
通过比对分析，获取与FAD2基因相关的序列信息，并利用软件工具进行生物信息学分析，包括基因结构预测、蛋白结构模拟和调控元件识别等。
结果与讨论：根据基因序列比对，确定了玉米FAD2基因的结构和组成。
该基因包含多个外显子和内含子，其中某些内含子可能与基因的调控和表达有关。
基于蛋白序列，进行了FAD2蛋白结构的模拟预测，揭示了其可能的结构和功能。
进一步通过调控元件的识别，发现了FAD2基因可能受到多种转录因子的共同调控，这些转录因子可能与FAD2基因在玉米发育和甜玉米中的差异表达相关。
结论：通过生物信息学分析，揭示了玉米FAD2基因的结构和功能，为进一步探究其在玉米中的作用提供了重要线索。
未来的研究可以结合分子生物学和遗传学的方法，进一步验证生物信息学分析的结果，从而深入了解玉米FAD2基因的功能和调控机制。
这有助于在玉米育种和生产中提高玉米的产量和品质，为粮食安全和农业发展做出贡献。
生物遗传学和生物信息学在植物科学中的应用
生物遗传学和生物信息学在植物科学中的应用众所周知，植物是我们生活中不可或缺的一部分。
从食物到生态环境，植物都扮演着重要角色。
随着科学技术的发展，生物遗传学和生物信息学成为植物科学中的重要分支，并在植物研究中发挥了积极的作用。
本文将探讨生物遗传学和生物信息学在植物科学中的应用。
1. 生物遗传学在植物研究中的应用生物遗传学是研究生物基因特征和遗传变异的学科。
在植物研究中，生物遗传学技术被广泛用于解决植物分类和进化等问题。
例如，通过DNA分析和遗传分析方法，可以对植物进行分类和鉴定。
另外，生物遗传学技术在植物繁殖和育种上也有重要应用。
1.1 植物分类和进化的研究植物分类学是系统地研究植物分类和演化的学科。
生物遗传学技术可以通过对植物的DNAs进行分析和比较，来揭示它们的进化历史和亲缘关系。
DNA条形码技术已被广泛应用于物种鉴定和识别，它基于物种的遗传信息，可以快速准确地鉴定物种的来源。
1.2 植物育种和繁殖的应用通过生物遗传学技术，可以选择或改良植物品种中的有用特征，使其更适合不同的栽培环境和增加产量。
例如，通过基因编辑技术可以开发出抗旱、抗病等性状优良的植物品种。
另外，生物遗传学技术也可以应用于杂交、无性繁殖等植物育种方法中，实现品种改良和选择。
2. 生物信息学在植物研究中的应用生物信息学是一个跨学科的领域，它将计算机科学和生物学知识相结合，用于处理和分析大规模的生物学信息。
在植物研究中，生物信息学技术被广泛用于植物基因组的测序和分析、转录因子网络的分析、植物代谢途径的研究等方面。
2.1 植物基因组的测序和分析生物信息学技术是对植物基因组进行大规模序列分析和解读的关键。
植物基因组序列的获得和解读可以为进一步研究植物品种提供重要信息。
通过生物信息学分析，可以预测植物中存在的基因、转录本和蛋白质等信息。
同时，也可以利用生物信息学技术研究植物基因组不同区域的功能。
2.2 转录因子网络的分析转录因子是调节基因表达的蛋白质，它们的作用是将RNA启动子与RNA聚合酶复合在一起，从而促进RNA转录。
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责任 编辑 张 杨林 责任 校对 王 森
玉米淀粉分支酶基 因启动子的克隆及 生物信息学分析
子 的序 列进 行 比较分 析 。［ 结果 ］ 结果表 明 ： 玉米 淀粉 分 支酶 基 因启 动 子与 公布 的 启动 子 序 列 同源性 高达 ９ －％， 列 差异 值 为 ９３ 序 ０ ０ ６该 差异 主要 是 Ｓ Ｐ 单核 苷 酸 多 态性 ） Ｉｄｌ插 入， 失 ） 成 的 ， 测 该差 异 可 能会 影响 到 淀粉 分 支酶 基 因的表 达 ， 造 ． ７１， ０ Ｎ（ 和 ｎｅ （ 缺 造 推 是 成 玉米 直链 淀粉 含 量差异 的 因素之 一。 ［ 结论 ］ 研 究为深 入 了解 玉米直链 淀粉 合成 机理提 供 了重要 依据 。 该
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朱苏 韩国民， 文， 江腾 （徽 业 学 命 学 院安 合 ３３ 安 农 大 生 科 学 ，徽 肥２０ ） ０６
摘要 ［ 目的 ］ 了研 究不 同淀粉含 量 的启动 子之 间是 否有 差异及 对 直链 淀粉合 成途 径是 否 有影 响 。［ 法 ］ 为 方 以常规 玉 米叶 片基 因组
Ｄ Ａ为模 板 ， 用 Ｎ Ｂ 网站公 布 的 高直链 玉米 淀粉 分 支酶 基 因 （ ｅ ｍ ｙ ｓ ｒ ｒ ｃ ｉｇ ｎｙ ｅ Ｉ ，Ｂ Ｉ ） 列设 计 引物 ， Ｎ 利 ＣＩ Ｚ ａ ａｓ ｔ ｃ ｂａ ｈｎ ｚ ｂ Ｓ Ｅ Ｉ 序 ａ ｈ ｎ ｅ ｍ Ｉ ｂ 通过 Ｐ Ｒ反 应扩 增 出常规 玉米 淀粉 分 支酶基 因的启动 子序 列 ， 该扩 增 片段 与 Ｔ载 体连接 后 测序 ， Ｃ 将 并与 高直链 玉米 淀粉分 支 酶基 因启动
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关键 词 玉米 ； 淀粉分 支酶 ； 启动 子 ；
Ａ 文 章编 号
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