Survival Analysis Using SPSS

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生存分析SPSS

生存分析SPSS

生存分析SPSS生存分析是一种统计分析方法,用于研究个体在其中一种特定事件发生之前的生存时间或其持续时间。

生存数据通常是从健康、病理学或其他研究中收集到的,常见的应用有医学领域的生存率研究、产品的寿命分析等。

SPSS(Statistical Package for the Social Sciences)是一种常用的统计分析软件,它提供了强大的功能和易于使用的界面,可以进行生存分析和其他统计分析。

生存分析的目的是探讨事件发生的概率和时间。

与传统的统计分析方法不同,生存分析考虑了数据中的故障时间,即个体的生存时间。

生存时间可以是不同个体之间的差异,也可以是同一个体在不同时间点的变化。

在SPSS中进行生存分析,首先需要准备生存数据集。

生存数据集通常包括以下几个要素:个体的生存时间,事件是否发生,个体的特征变量等。

个体的生存时间可以是连续的,也可以是离散的。

事件是否发生通常用0表示未发生,1表示发生。

个体的特征变量可以是性别、年龄、治疗方式等。

在SPSS中进行生存分析,主要采用的方法是Kaplan-Meier生存曲线和Cox比例风险模型。

Kaplan-Meier生存曲线是一种非参数方法,用于估计生存时间和生存概率。

它将个体的生存时间按照事件是否发生进行分类,并计算每个时间点上的生存概率。

SPSS中可以通过选择“Analyze”菜单下的“Survival”子菜单中的“Nonparametric Tests”来进行Kaplan-Meier 生存曲线分析。

Cox比例风险模型是一种半参数方法,用于估计生存时间和危险因素对生存的影响。

它可以考虑多个危险因素,并通过估计每个危险因素的风险比来评估其对生存的影响。

SPSS中可以通过选择“Analyze”菜单下的“Survival”子菜单中的“Cox Regression”来进行Cox比例风险模型分析。

除了Kaplan-Meier生存曲线和Cox比例风险模型,SPSS还提供了其他生存分析方法,如Log-rank检验、Proportional Hazard模型等。

SPSS生存分析

SPSS生存分析

SPSS生存分析生存分析(Survival Analysis)是一种统计方法,用于研究时间到达一些特定事件的概率。

该方法适用于各种学科领域,包括医学、社会科学、工程等,可以分析个体在不同时间点发生一些事件的风险。

生存分析的基本概念是生存函数和生存时间。

生存函数描述了在给定时间点之前没有发生事件的个体比例。

生存时间是指个体从起始时间点到达特定事件的时间。

生存分析的目标是估计生存函数,并比较不同因素对生存时间的影响。

SPSS(Statistical Package for the Social Sciences)是一种常用的统计分析软件,它提供了进行生存分析的功能。

以下将以SPSS进行生存分析为例,介绍生存分析的具体步骤。

首先,需要准备数据。

数据应包括个体的起始时间点和观察时间(或终止时间),以及是否发生特定事件的信息。

数据应按照个体的起始时间点排序。

在SPSS中,选择"Analyze"菜单下的"Survival"子菜单,然后选择"Kaplan-Meier"。

在弹出的窗口中,将起始时间点和观察时间字段分别拖放到"Time"和"Censored Time"框中,将事件发生与否的字段拖放到"Censoring Variable"框中。

点击"OK"按钮运行分析。

SPSS将输出生存函数曲线图和表格。

生存函数曲线图显示了在不同时间点的生存概率,曲线下降表示生存概率下降,即事件发生的风险增加。

生存函数表格列出了不同时间点的生存概率和标准误差。

通过观察曲线和表格,可以初步了解生存情况和影响生存的因素。

如果需要进一步比较不同因素对生存时间的影响,可以使用SPSS的"Analyze"菜单下的"Survival"子菜单中的其他功能,比如"Log-rank"检验、Cox回归模型等。

19、生存分析SPSS.

19、生存分析SPSS.
生存分析SPSS过程
(SPSS of Survival
Analysis)
生存分析的理论复习 1. 何为生存分析?
生存分析(survival analysis)是将事件的结果(终点事 件)和出现结果经历的时间结合起来分析的一种统计分析方法。
2. 生存分析的目的:
(1)描述生存过程:估计不同时间的总体生存率,计算中位生存期, 绘制生存函数曲线。统计方法包括Kaplan-Meier(K-M)法、寿 命表法。 (2)比较:比较不同处理组的生存率,如比较不同疗法治疗脑瘤的 生存率,以了解哪种治疗方案较优。统计方法log-rank检验等。 (3)影响因素分析:研究某个或某些因素对生存率或生存时间的影 响作用。如为改善脑瘤病人的预后,应了解影响病人预后的主要 因素,包括病人的年龄、性别、病程、肿瘤分期、治疗方案等。 统计方法cox比例风险回归模型等。 (4)预测:建立cox回归预测模型。
0.2406 0.7594 0.7594 0.0221 0.2676 0.7324 0.5562 0.0257 0.2452 0.7548 0.4198 0.0255 0.1656 0.8344 0.3503 0.0248 0.1702 0.8298 0.2937 0.0239 0.0773 0.9227 0.2682 0.0235 0.0537 0.9463 0.2538 0.0233 0.0155 0.9845 0.2499 0.0233 0.0504 0.9496 0.2373 0.0232 0.0388 0.9612 0.2281 0.0232
一、建立数据文件(data-01.sav)
定义3个变量:
生存时间变量:t,值标签“生存时间(年)”
生存状态变量 :status,取值“1=死亡,0=删失或存活” 频数变量:freq,值标签“人数”

生存分析SPSS过程

生存分析SPSS过程
Company正。
二、操作过程
主菜单:分析Analyze生存Survival寿命表Life tables
对话框参数设置: 1. 时间time框:选入 “t”。 2. 显示时间间隔Display time intervals框:步长by前面填入最大生存时
间的上限(必须包括生存时间最大值),步长by后面填入生存时 间的组距。本例上限填“60”,组距填“1”。 3. 状态status框:选入“status”,击define events 钮,在single value 框填入“1” 4. 因子factor框:选入“group”,定义最小值“1”,最大值“2”。 5. 单击选项option按钮,弹出对话框:
Company Logo
资料仅供参考,不当之处,请联系改正。
4. 两组生存时间分布的比较:
Company Logo
Kaplan-Meier 过程 资料仅供参考,不当之处,请联系改正。
Kaplan-Meier过程用于(尤其小样本资料): 1. 估计各生存时间的生存率以及中位生存时间。 2. 绘制各种曲线:如生存函数、风险函数曲线等。 3. 比较某研究因素不同水平的生存时间有无差异。 4. 控制某个分层因素后对研究因素不同水平的生存时间
生存分析的理论复习 资料仅供参考,不当之处,请联系改正。
1. 何为生存分析?
生存分析(survival analysis)是将事件的结果(终点事件)和 出现结果经历的时间结合起来分析的一种统计分析方法。
2. 生存分析的目的:
(1)描述生存过程:估计不同时间的总体生存率,计算中位生存期, 绘制生存函数曲线。统计方法包括Kaplan-Meier(K-M)法、 寿命表法。
1)√寿命表,系统默认。 2)图: √生存函数 3)比较第一个因子的水平: √整体比较

如何用SPSS做生存分析(TCGA数据举例)

如何用SPSS做生存分析(TCGA数据举例)

如何用SPSS做生存分析(TCGA数据举例)生存分析是评价疾病预后的一个重要分析方法,尤其是在肿瘤研究中。

之前我们介绍过好几个肿瘤生存分析的在线工具,比如KM plotter,Onclnc,GEPIA等等(生存分析,这个网站还不错!,懒人怎么做肿瘤病人的生存分析?)。

有童鞋反映说这几个工具分析出来的结果咋不一样呢?原因主要有:1、在线工具的数据样本来源不同,大致上是KM plotter(TCGA 数据+GEO数据)>GEPIA(TCGA数据)>Onlnc(部分TCGA数据)2、分析时样本剔除的标准有所不同。

此外,在线工具分析的结果你无法得到入选分析样本的临床数据,也无法得到下图这样分类更加详细的生存分析结果。

(硕士论文:浙江省常见恶性肿瘤生存分析)所以有的时候还是得自己亲自动手做不做生存分析,今天就给大家介绍一下如何用SPSS分析对TCGA数据库中的肿瘤(肺腺癌)数据进行生存分析。

(SPSS版本是16.0的,还是英文的,从一个留学的同学那拷来的,一直没换,大家将就着看吧)首先是下载TCGA的临床数据和测序数据(FPKM数据),这一步可以用简易TCGA下载工具这个小工具来处理(这么好用的TCGA 数据下载工具?!)。

得到临床数据后,我们需要得到Over survival(OS)的数据,如果病人死亡了,OS就等于days to death,如果还活着,那就等于days to last followup。

而没有数据的病例就是我们需要剔除的条目了。

得到OS的数据之后,我们可以选择不同的临床信息进行生存分析,比如TNM分级,吸烟与否,治疗方式等等。

我们以抽烟为例,Not Availale为不抽烟病例,其他为抽烟的病例。

根据存活与否排序,得到OS的数据,再根据OS排序,删除没有生存信息的数据再看下吸烟情况,不吸烟的人似乎有点少,看来得肺腺癌的还是吸烟的多啊。

考虑到“节目效果”,这里把吸烟史=1的也归到不吸烟组。

生存分析SPSS单因素和多因素对生存率的可能分析

生存分析SPSS单因素和多因素对生存率的可能分析

No
X1
X2
X3 X4 X5 X6
t
Y
1 54
0 01 10
52
0
2 57 0 1 0 0 0 51 0
3 58
0 00 11
35
1
4 43
1 1 1 1 0 103
0
5 48 0 1 0 0 0
7
1
6 40
0 10 00
60
0
7 44
0 10 00
58
0
8 36
0 00 11
29
1
9 39
1 11 01
.0%
100.0%
2-1.模型检验(全变量模型)
模 型 系 数 的 综 合 a , b测 试
倍对整 数体 (得分 从)上一步骤开始 从更 上改 一块开始更改
似然值 卡方 df Sig.卡方 df Sig.卡方 df Sig.
0.05 22 0.174
6.00 23 1.942
6.00 21 .942
1)√寿命表,系统默认。 2)图: √生存函数 3)比较第一个因子的水平: √整体比较
三、主要输出结果
1. 10月生存率的估计: 甲法 48%,标准误 0.1 乙法 30%,标准误 0.1
2. 两组的中位生存期估计:
3. 绘制生存曲线:
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4. 两组生存时间分布的比较:
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Company Logo
一、建立数据文件(同前)
二、操作过程
主菜单:分析Analyze生存SurvivalKaplan-Meier
对话框参数设置:
1. 时间time框:选入 “t”。 2. 状态status框:选入“status”,击define events 钮,在single value

利用spss做生存分析课程设计

利用spss做生存分析课程设计

利用spss做生存分析课程设计一、教学目标本课程的目标是使学生掌握生存分析的基本概念、方法和应用,能够熟练使用SPSS软件进行生存分析,并能够对生存数据分析结果进行解释和报告。

具体的学习目标包括:1.理解生存分析的基本概念,包括生存时间、事件发生时间和风险比等。

2.掌握生存分析的基本方法,包括Kaplan-Meier法、Cox比例风险模型等。

3.熟悉SPSS软件中进行生存分析的操作方法和步骤。

4.能够使用SPSS软件进行生存时间的收集和整理。

5.能够使用SPSS软件进行生存分析,包括Kaplan-Meier法和Cox比例风险模型。

6.能够对生存分析结果进行解释和报告,包括生存曲线、风险比、显著性检验等。

情感态度价值观目标:1.培养学生对生存数据分析的兴趣和主动性,提高学生对数据分析的敏感性和判断力。

2.培养学生对数据的尊重和诚实的态度,要求学生在数据分析中严谨、客观、公正。

二、教学内容本课程的教学内容主要包括生存分析的基本概念、方法和SPSS软件的应用。

具体的教学大纲如下:1.生存分析概述:介绍生存分析的基本概念、定义和应用领域。

2.Kaplan-Meier法:介绍Kaplan-Meier生存曲线及其计算方法,包括生存时间和事件发生时间的收集和整理。

3.Cox比例风险模型:介绍Cox比例风险模型的基本原理和计算方法,包括风险比、显著性检验等。

4.SPSS软件操作:介绍SPSS软件中进行生存分析的操作方法和步骤,包括数据输入、生存分析命令和结果输出。

三、教学方法本课程的教学方法采用讲授法、案例分析法和实验法相结合的方式。

具体方法如下:1.讲授法:通过教师的讲解和演示,向学生传授生存分析的基本概念、方法和SPSS软件的操作技巧。

2.案例分析法:通过分析具体的生存分析案例,使学生能够将理论知识与实际应用相结合,提高学生的分析能力和判断力。

3.实验法:通过实验操作,使学生能够亲自动手进行生存分析,培养学生的实践能力和操作技能。

利用SPSS作存活分析II

利用SPSS作存活分析II

利用SPSS作存活分析II
Ln_yesno是類別型的自變項,需要 加以定義參考族群
在此定義編碼為 first category者為參考族群 (分母)。
記得按了change鍵才算完成。
利用SPSS作存活分析II
利用SPSS作存活分析II
利用SPSS作存活分析II
HR=1→分子與分母的風險相等 HR<1→分子風險比分母低 HR>1→分子風險比分母高
利用SPSS作存活分析II
利用SPSS作存活分析II
利用SPSS作存活分析II
定義存活時間的區 間與間隔
選製存活曲線
利用SPSS作存活分析II
• Life table • Survival Curve
利用SPSS作存活分析II
利用SPSS作存活分析II
利用SPSS作存活分析II
利用SPSS作存活分析II
利用SPSS作存活分析II
Independent factors: Histologic grade, Pathologic tumor size, Lymph node(+/-), Estrogen receptor(+/-), Progesteron receptor(+/-)
利用SPSS作存活分析II来自利用SPSS作存活分析II
• PH assumption – PH: proportional hazard – 累積風險函數H(t)在各時間點的比值固定 – lnH(t)的在各時間點呈等差
H(t)累積風險函數= -ln S(t)
用log minus log圖來檢查PH假說
符合前提假設: 曲線在各時間點始終等差。 (因為已取log)
eb1 HR
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Survival analysis
Type of survival analysis
− Nonparametric: no assumption about the shape of hazard function. Hazard function is estimated based on empirical data, showing change over time, for example, Kaplan-Meier survival analysis. − Semi-parametric: no assumption about the shape of hazard function, but make assumption about how covariates affect the hazard function, for example: Cox regression − Parametric: specify the shape of baseline hazard function and covariates effects on hazard function in advance.
Survival Analysis Using SPSS
By Hui Bian Office for Faculty Excellence
Survival analysis
What is survival analysis
− Event history analysis − Time series analysis
When use survival analysis
− Research interest is about time-to-event and event is discrete occurrence.
Examples of survival analysis
− Duration to the hazard of death − Adoption of an innovation in diffusion research − Marriage duration
Life tables
SPSS Outputs: life table
Life tables
SPSS outputs: life table
− Interval Start Time. The beginning value for each interval. Each interval extends from its start time up to the start time of the next interval. − Number Withdrawing during Interval: the number of censored cases in this interval. These are still active customers, but so far they have not been customers longer than the time period indicated by this interval. − Number Exposed to Risk. The number of surviving cases minus one half the censored cases. This is intended to account for the effect of the censored cases.
− Maximum likelihood method − Used when time is itself considered a meaningful independent variable. − Used for predictive modeling − Software: Stata
Survival analysis
Survival analysis
Censored cases
Survival analysis
Censored cases: unique characteristics of survival analysis.
− For some cases, the event simply doesn’t occur before the end of study. − For some cases, they drop out from the study for reasons unrelated to the study. − For some cases, we lost track of their status sometime before the end of the study.
Assumption
− The probability for the event of interest should depend only on time. Cases that enter the study at different times should behave similarly. − No systematic differences between censored and uncensored cases
Life tables
Example (from IBM SPSS 20.0): data file name: telco
− Examine distribution of customer time to churn by customer category. − Time variable: tenure (in month) − Status variable: churn (binary: 1 = Churn, 0 = Not churn) − Factor: custcat (four categories)
பைடு நூலகம்
Survival analysis
Outline of topics
− − − − Life tables Kaplan-Meier Cox regression Cox regression with a time-dependent covariate
Life tables
Life Tables is a descriptive procedure for examining the distribution of time-to-event variables. We also can compare the distribution by levels of a factor variable. The basic idea of life tables is to subdivide the period of observation into smaller time intervals. Then the probability from each of the intervals are estimated.
Survival analysis
Survival analysis focuses on hazard function
− Hazard: the event of interest occurring − Hazard might be death, engine breakdown, adoption of innovation, etc. − Hazard rate: is the instantaneous probability of the given event occurring at any point in time. It can be plotted against time on the X axis, forming a graph of the hazard rate over time. − Hazard function: the equation that describe this plotted line is the hazard function. − Hazard ratio: also called relative risk: Exp(B) in SPSS.
Go to Analyze > Survival > Life Tables
Life tables
Run analysis
Life tables
Click Options
1.
2.
Survival: display the cumulative survival function on a linear scale Hazard: display the cumulative hazard function on a linear scale.
Life tables
Variables
− Time variable (duration variable): must be a continuous variable. − Status variable: binary or categorical variable, represents the event of interest. − Factor variable: categorical variable.
Terms
− Events: what terminates an episode (such as death, adoption of an innovation), it is the change which causes the subject to transition from one state to another. − Durations: the number of time units an individual spends in a given state. − Dependent: probability of an event. − Survival function, s(t): is the cumulative frequency of the proportion of the sample Not experiencing the event by time t. In another word, it is the probability of event will NOT occur until time t. − Censored cases: data are censored if events start before (leftcensored) or ended after (right-censored) the period of observation.
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