运用蛋白质组学技术研究结肠黏膜、腺瘤及腺癌组织蛋白的差异表达

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热休克转录因子-1 mRNA及热休克蛋白在正常结肠黏膜和腺瘤及结肠癌中差异性表达的研究

８．１，．０、８０％、２９％，８５％、６（％、７３％，１４％、４０％、３５％。其中，５７％３７％６．０４．０２．７４．）５０６．５２．０５．ｏ７．Ｏ
ＨＦＲＡ与ＨＰ０ＳＩｍＮＳ９ａ在腺瘤与结肠癌中的表达明显高于正常结肠组织，Ｓ２ＨＰ７在腺瘤中的表达水平高于正常结肠组织及结肠癌组织，Ｐ０在结肠癌组织中的表达明显高于腺瘤和正常结肠组织。ＨＳ７
结论ＨＦＮＨＰ７ＨＰＯ及ＨＰ０Ｓ１ｍＲＡ、Ｓ２、ＳＴＳ９ａ的阳性表达与结肠癌的演进过程密切相关，所代表其
的应急通路在结肠的演进过程中具有重要作用。
【关键词】结肠肿瘤；热休克蛋白质类；芯片分析技术；免疫组织化学；原位杂交
ｎａｄＨＳＰａｉａｅｍａａｄａｃｎｏａｆｏｏｓｏｉｕｌｈｇｅｈｔａｉｍｕｏｓ９０ｎｄｎｏｎｃｒｉｍｏｃｌｎｗａｂｖｏｓｙｉｈｒｔａｈｔｎｎｃｕｍｅｒｎｂｍａｅ，ｍｅｗｈｌｔｅｘｅｓｏｌｖｌｆｎａｉｅｈｅｐｒｓｉｎｅｅｏＨＳ７ｎｄｎｏａＰ２ｉａｅｍｗａｈｇｅｈｎｈｔｎｓｉｈｒｔａｔａｉｍｕｏｍｅｃｕｓｍｂｒｎａｄａｅｎｃｒｉｏａｏｏｏａｄｔｘｅｓｏｅｅｆＨＳ７０ｉａｃｉｏｒｏｏｏｓｈ【ｒｔａｈａｎｍｕｏａｃｎｍｆｃｌｎ，ｎｈｅｅｐｒｓｉｎｌｖｌｏＰｎｃｒｎｍａｃｌｎｗａｉｈｅｈｎｔｔｉｃｕｓｆｇ

单细胞测序和蛋白质组学技术在研究和治疗肿瘤中的应用

单细胞测序和蛋白质组学技术在研究和治疗肿瘤中的应用肿瘤是一种常见的疾病，其病因和病理机制复杂多样。

为了更好地研究和治疗肿瘤，科学家们不断尝试使用新的技术手段，其中单细胞测序和蛋白质组学技术是近年来受到广泛关注的两种技术。

单细胞测序技术的优势在于可以深入了解不同细胞之间的差异和相互作用，从而更好地研究肿瘤的发生、发展和抗药性等问题。

该技术利用高通量测序技术对单个细胞的基因组、转录组和表观组进行测序，从而构建单细胞的分子图谱。

通过对单细胞的研究，科学家们可以了解肿瘤细胞之间的异质性，及其对化疗和免疫治疗等策略的响应情况。

一个肿瘤组织中的细胞可以存在多种异质性，包括不同的细胞亚群和突变。

通过单细胞测序技术，科学家们可以分析肿瘤细胞群体中某一特定子集的基因和表观遗传学的转录组和表观组特征，从而更好地研究肿瘤发展过程中的基因和表观组变化。

此外，单细胞测序还可以确定肿瘤细胞的迁移路线和转移模式，有助于了解肿瘤在身体中的扩散方式，并指导早期诊断和治疗。

蛋白质组学技术也是肿瘤研究和治疗中的重要手段。

与基因组学、转录组学和表观组学不同，蛋白质组学着重于研究蛋白质的表达、结构和功能，因此它可以更深入地了解肿瘤细胞内部发生的变化。

现代蛋白质组学技术主要包括质谱分析、蛋白质互作网络分析和蛋白质组单细胞分析。

质谱分析是一种直接分析蛋白质的方法，通常使用高分辨质谱仪进行蛋白质定量和分析。

通过分析蛋白质的序列、结构和功能，科学家们可以了解蛋白质在肿瘤细胞中的变化，并确定一些关键的蛋白质调节因子和靶点。

这有助于发现新的治疗策略和药物靶点。

蛋白质组单细胞分析是一种新兴的技术，可以对单个细胞进行蛋白质组学分析。

与单细胞测序不同，其主要研究对象为蛋白质，可以更深入地了解肿瘤细胞内部的蛋白质组结构和功能变化。

此外，对于肿瘤细胞分化和转移的研究，蛋白质组学技术也可以提供重要的信息。

通过分析蛋白质互作网络，可以确定肿瘤细胞之间的信号通路，并筛选相关的药物靶点。

蛋白质组学研究内容和相关技术

一、什么是蛋白质组？与基因组差别？蛋白质组学的主要研究内容及技术体系？答：蛋白质组：Proteome，源于蛋白质（protein）与基因组（genome）两个词的组合，意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”，即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。

蛋白质组学本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全面的认识，这个概念最早是由Marc Wilkins 在1994年提出的。

基因组：Genome，一个细胞或者生物体所携带的一套完整的单倍体序列，包括全套基因和间隔序列。

可是基因组测序的结果发现基因编码序列只占整个基因组序列的很小一部分。

因此，基因组应该指单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。

二者区别：蛋白质组研究和基因组研究依然是形影相随的两个重要领域，它们之间既为互相补充又能互相帮助，但二者之间仍有一些区别：蛋白质组：多样性，无限性，动态性，空间性，互相作用。

基因组：同一性，有限性，静态性，周期性，孤立性。

蛋白质组学的主要研究内容：（1）表达蛋白质组学(expressionproteomics)：是对蛋白质组表达模式的研究，即检测细胞、组织中的蛋白质，建立蛋白质定量表达图谱，或扫描表达序列(EST)图谱。

在整个蛋白质组水平上提供了研究细胞通路、疾病、药物相互作用和一些生物刺激引起的功能紊乱的可能性，对寻找疾病诊断标志、筛选药物靶点、毒理学研究等具有重要作用。

（2）细胞图谱蛋白质组学(cellmapproteomocis)：是对蛋白质组功能模式的研究，即确定蛋白质在亚细胞结构中的位置和鉴定蛋白质复合物组成等，便于研究蛋白质在细胞内的行为、运输及蛋白质相互作用网络关系，它对确定蛋白质功能和疾病诊疗的靶位极有价值。

蛋白质组学技术体系：（1）蛋白质组学分离技术，在整个蛋白质组学的研究中，分离技术是最基础的部分。

大肠癌的差异蛋白质组学研究

２．结果
２．１两组组织二维电泳图谱的建立和图像分析
关键词：大肠癌
蛋白质组学
差异表达
应用２一ＤＥ技术分别分离１２例健康人直肠黏膜和１０例大肠癌患者癌组织的混合蛋白。考马斯亮蓝Ｇ一２５０染色后，得到了健康人和大肠癌患者组织的２一ＤＥ图谱。为了保证结果的可靠性，在相同的条件下重复２一ＤＥ两次，获得两组的２一ＤＥ图谱各３张，采用ＰＤｑｕｅｓｔ图像分析软件对２一ＤＥ图像进行分析。结果显示：健康人组织平均蛋白质点数为１０００￣１０，大肠癌组织平均蛋白质点数为１０１０￣５，匹配率为（９３．５￣５．０）％。两种组织样本共有２６个差异点，其中在大肠癌组织中表达上调点１１个，下调的点１５个。图１为有代表性的大肠癌组织蛋白质的２一ＤＥ图谱
肠癌发生相关
腈脱水冷冻抽干。加入１０ＩｘｌＴＰＣＫ处理的胰蛋白酶（０．１ｍｇ／Ｌ）
冰上吸胀６０ｍｉｎ，３７ ℃酶解１２ｈ，３０ｐ．１萃取液（１００％乙腈：５％甲酸１：１）萃取６０ｍｉｎ，重复萃取１次。将萃取液收集于Ｏ．５ｍｌＥＤ — ｐｅｎｄｏ艚，冷冻浓缩至总体积２ — ５ｔｘｌ。制备好的样品在ＭＡＬＤＩ — ＴＯＦ — ＭＳ质谱仪中进行分析仪上进行分析。结果利用Ｍａｓｃｏｔ软件检索ＮＣＢＩ数据库鉴定蛋白质。

基于蛋白质组的多组学药物靶点研究应用

基于蛋白质组的多组学药物靶点研究应用1. 背景介绍蛋白质组学是一门研究生物体内蛋白质组成和功能的学科，旨在深入了解细胞和生物体内蛋白质的表达、修饰、互作和功能。

随着生物技术的发展，蛋白质组学在药物靶点研究中扮演着重要角色。

多组学药物靶点研究结合了蛋白质组学、基因组学、代谢组学等多种技术手段，能够全面、系统地识别药物靶点，为药物研发提供全新思路。

2. 蛋白质组学在药物靶点研究中的应用蛋白质组学技术能够在蛋白质水平上全面、高通量地识别药物的作用靶点，有助于揭示药物的作用机制和副作用。

通过大规模的蛋白质组学表达数据和蛋白质相互作用网络，可以系统地筛选药物靶点，并预测药物与靶点的作用模式。

蛋白质组学还可以用于研究药物的靶点信号通路，为药物开发提供重要的参考和指导。

3. 多组学药物靶点研究的优势和挑战多组学药物靶点研究本质上是一种综合性的研究方法，结合了蛋白质组学、基因组学、代谢组学等多种技术手段。

与传统的单一组学方法相比，多组学方法具有全面、系统地研究药物靶点的优势，能够揭示更多未知的药物靶点和作用机制。

然而，多组学药物靶点研究也面临着技术整合、数据标准化、结果解读等挑战，需要整合和优化多种技术手段，提高数据的准确性和可信度。

4. 蛋白质组学在个性化药物研发中的应用随着个性化医疗理念的兴起，蛋白质组学技术在个性化药物研发领域也扮演着重要角色。

蛋白质组学能够帮助识别不同个体之间蛋白质表达水平的差异，为个性化治疗提供精准的靶点。

通过多组学方法整合个体的蛋白质组学数据、基因组学数据和临床数据，可以为个性化药物研发提供重要的科学依据。

5. 结语基于蛋白质组的多组学药物靶点研究应用具有重要的科学意义和临床应用前景。

随着生物技术的不断进步和数据处理技术的不断完善，蛋白质组学在药物靶点研究中的应用将更加全面和深入，为新药研发和个性化治疗提供更多机会和可能。

然而，多组学药物靶点研究仍面临着技术方法整合、数据标准化、结果解读等方面的挑战，需要不断加强研究和探索，提高技术水平和研究能力，推动该领域的健康发展。

乙腈预处理血清寻找肝细胞癌发病相关的蛋白质

乙腈预处理血清寻找肝细胞癌发病相关的蛋白质张剑文;刘炜;傅斌生;胡坤华;刘少军;李华;张琪;黎明涛;陈规划【摘要】[目的]应用乙腈(ACN)预处理血清的方法,对肝细胞癌(HCC)患者的血清进行蛋白质组分析,寻找与HCC发病相关的蛋白质.[方法]收集原发性HCC患者和健康人的血清各12例,首先使用乙腈预处理,然后去除白蛋白和免疫球蛋白等高丰度蛋白质,再进行双向电泳(2-DE)分析,筛选HCC与健康对照血清中有显著性差异的蛋白质斑点,并进行MALDI-TOF/TOF质谱鉴定.[结果]血清经0%、20%和30%浓度的乙腈预处理后,进行2-DE分析发现蛋白质斑点的检出数量分别为532±96、623±102和674±123;对预处理后HCC患者和正常人的血清进行差异分析,发现甲状腺素(Tetraiodo-L-Thyronine)和Proapolipoprotein的表达上调,而维生素D 结合蛋白(Vitamin D-binding Protein)和铁传递蛋白(Transferrin)的表达下调.[结论]对血清样本的蛋白质组分析,应用乙腈预处理会增加与白蛋白非特异性结合的蛋白质的检出;HCC患者血清中甲状腺素等4个蛋白的表达异常与HCC相关.【期刊名称】《中山大学学报（医学科学版）》【年(卷),期】2010(031)002【总页数】5页(P288-292)【关键词】乙腈预处理;蛋白质组学;肝细胞癌;血清【作者】张剑文;刘炜;傅斌生;胡坤华;刘少军;李华;张琪;黎明涛;陈规划【作者单位】中山大学附属第三医院肝脏移植中心;中山大学附属第三医院肝脏移植中心;中山大学附属第三医院广东省肝脏疾病研究重点实验室;中山大学附属第三医院肝脏移植中心;中山医学院蛋白质组学研究中心,广东,广州,510080;中山医学院蛋白质组学研究中心,广东,广州,510080;中山大学附属第三医院肝脏移植中心;中山大学附属第三医院肝脏移植中心;中山大学附属第三医院广东省肝脏疾病研究重点实验室;中山医学院蛋白质组学研究中心,广东,广州,510080;中山大学附属第三医院肝脏移植中心;中山大学附属第三医院广东省肝脏疾病研究重点实验室【正文语种】中文【中图分类】R735.2原发性肝癌（绝大部分是肝细胞癌，hepatocellular carcinoma，HCC）的癌症死亡率在我国居前三位［1］，由于起病隐匿、早期诊断困难等原因，很多患者在就诊时已处于肿瘤的中晚期，预后很差。

基于蛋白质组学技术的肿瘤标志物筛选研究

基于蛋白质组学技术的肿瘤标志物筛选研究肿瘤标志物是指肿瘤患者体内可检测到的信号分子，如血清中的蛋白质、DNA、RNA等。

肿瘤标志物在深入了解肿瘤的发病机理、诊断、治疗和预后方面扮演着重要的角色。

在现代医学中，通过基因组学、蛋白质组学等高通量技术的发展，提高了对肿瘤标志物的检测水平。

在这些技术中，基于蛋白质组学技术的肿瘤标志物筛选研究成为了目前的一个热点和难点。

蛋白质组学技术的发展蛋白质质谱分析技术是目前蛋白质组学研究的核心技术，而其不断的发展为肿瘤标志物筛选研究提供了有力支持。

质谱分析技术已经成为了其它技术手段如液相色谱、二维电泳、同位素标记等的重要辅助手段。

通过蛋白质质谱分析技术结合肿瘤患者和正常人的比较，可以发现许多与肿瘤有关的蛋白质。

研究这些蛋白质的变异能够揭示出肿瘤生长、发展、转移、侵袭等重要信息，从而发现新的肿瘤标志物。

蛋白质组学技术在肿瘤标志物的筛选中的应用蛋白质组学技术在肿瘤标志物的筛选研究中具有不可替代的优势。

其首先在于蛋白质组学技术可以实现几千个肿瘤标志物的同时分析，从而提高了对肿瘤标志物的发现概率。

其次，蛋白质组学技术可以更加精准地鉴定肿瘤标志物，从而大大降低了假阳性的概率。

最后，蛋白质组学技术可以结合蛋白质功能和分子及基因组学信息，从而更加全面、深入地了解肿瘤的特征。

蛋白质组学用于肿瘤标志物筛选实例以胃癌为例，蛋白质质谱技术在肿瘤标志物的筛选中发挥了重要作用。

胃癌是世界上最常见的癌症之一，其晚期诊断率很高，因此胃癌早期诊断非常重要。

通过使用蛋白质质谱技术对胃癌和正常组织进行对比分析，一些新的临床诊断标志物，如GPC3（胃癌转移蛋白）、ATP1B1/3（胃癌抑制蛋白）、FADD（胃癌相关蛋白）、TFF3（胃癌细胞增殖和浸润蛋白）等被鉴定出来。

另外，使用蛋白质质谱技术还在胃癌微小灶的检测方面取得了重要进展。

通过对小鼠模型鼻腔喷鼻炎的方法，获得胃癌微小灶的局部组织标本并进行组学分析，软骨样瘤灶蛋白（CHI3L1/4）被证实为一种新的胃癌微小灶标志物，该标志物可以提高胃癌微小灶的检测准确度，在胃癌早期诊断方面具有重要意义。

S100A9与基质金属蛋白酶9在消化系统恶性肿瘤中的研究进展

S100A9与基质金属蛋白酶9在消化系统恶性肿瘤中的研究进展钙结合蛋白S100A9是S100蛋白家族的重要一员，基质金属蛋白酶9（MMP-9）是目前研究最为广泛的基质金属蛋白酶之一，其在许多生物过程中都发挥着重要作用。

近年来的研究发现，S100A9与MMP-9在消化系统恶性肿瘤进程中发挥重要作用，且在癌细胞中敲低S100A9后可导致MMP-9表达降低。

本文就S100A9与MMP-9蛋白在消化系统恶性肿瘤中的研究进展进行综述。

[Abstract] Calcium-binding proteins S100A9 is one of the important members of the S100 protein family，and matrix metalloproteinase-9 （MMP-9）is one of the most widely studied matrix metalloproteinases，which play an important role in many biological processes. Recent research suggest that S100A9 and MMP-9 play a key role in the progression of digestive system malignant tumors，and knockdown of S100A9 in cancer cells could lead to decrease the expression of MMP-9. This article will review the research progress of S100A9 and MMP-9 protein in digestive system malignant tumors.[Key words] Digestive system malignant tumors; S100A9; Matrix metalloproteinase-9消化系统恶性肿瘤是指发生于食管、胃肠、肝胆胰等消化器官的肿瘤，其发病率和死亡率在世界范围内呈逐年上升趋势[1-2]。

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ＬＵＯｎ— ｉＹａｘｎ．ＨＵＫｕｎｈａ —ｕ。
（１Ｄｐｒｎｏａｔｉｔｓｎｌｕｇｒ，ｈｉｔｆｌｔｄＨｓｉｌ２Ｄｇｓｖｕｇｒ；．ｅａｔｔｆｓｏｎｅｔａＳｒｅｙＴｅＦｒｉｉｅｏｐｔ；．ｉｔｅＳｒｅｍｅＧｒｉｓＡａａｅｉｙ
摘
要：【目的】通过比较结肠正常黏膜、腺瘤、腺癌组织之间的蛋白质组表达差异，寻找结肠腺癌相关
的蛋白质，筛选结肠癌早期诊断的分子标志物。【方法】运用比较蛋白质组学技术，８对例结肠癌患者（伴有
腺瘤）的正常黏膜、腺瘤、腺癌组织提取的总蛋白进行双向电泳（．，析凝胶图片选择两两间差异表达超过２Ｄ）分
技术研究・
运用蛋白质组学技术研究结肠黏膜、腺瘤及腺癌组织蛋白的差异表达
崔
（中山大学
冀汪建平蔡世荣彭俊生黄奕华何裕隆骆衍新胡坤华，，，，，，，
１附属第一医院胃肠胰外科，．．２附属第六医院胃肠病学研究所／结直肠肛门外科，／广东广州５０５；１６５３中山医学院蛋白质组学研究中心，．广东广州５０８１００）
ｄｆｅｐｔｒｓｏｒｔｎｅｐｅｓｎｉｏｈｌｇａｌｎｒａｃｌｎｃｍｃｓｏｕｊｔｗｔｄｎｃｒｉｏａｅｎａｅｆｏｉｘｒｓｉｍｒｏｉｌｏｍｌｏｏｉｕｏａｆｍ８ｓｂｅｓｉａｅｏａｃｍｉｔｎｐｅｏｎｐｏｃｙｒｃｈｎ
有可能为结肠癌的早期诊断和治疗提供新的分子靶向。
关键词：腺癌；腺瘤；结肠；蛋白质组学中图分类号：７５３Ｒ３．文献标识码：Ａ文章编号：６２３５（０８０ — ７４０１７ — ５４２０）６０４ — ５
ＩｅｔｃｔｏｆＤｉｅｅｔｌｐｅｓｄＰｒｔｉｓｉｌｎｃＭｕｏａ，ｄｎｉａｉｎｏｆｒｎｉｌＥｘｒｓｅｏｅｎｎＣｏｏｉｉｆａｙｃｓ
ｐｔｎｄｕｄｏｅｓ等。ｒｅｉｌｅｓｒｅ从功能分析，ｏｉｓｆｉｍａｉ这些差异蛋白与癌细胞的发生、增殖、分化、转移等相关。结论】比【
较蛋白质组学能较好地提示结肠腺癌与腺瘤及正常组织间的蛋白质表达差异．而对相关差异表达蛋白的研究
第２卷９
２００８年
・
第６期
１月１
中山大学学报（医学科学版）
ＪＵＮＬＯＵＡ —ＥＮＶＲＩＹ（ＤＣＬＳＩＮＥ）ＯＲＡＦＳＮＹＴＳＮＵＩＥＳＴＭＥＩＡＣＥＣＳ
Ｖｏ．９Ｎｏ６１２．ＮＯ．２０Ｖ０８
Ａｄｎｏａ，ａｄｅｏａｃｎｏａｂｙＰｒｔｏｉｓｅｍｎＡｄｎｃｒｉｍｏｅｍｃ
Ｃｉ，ＷＡＮＧＪａ－ｉｇ，ＣＡＩＳｉｏｇ，ＰＮＧｕ —ｈｎｚＵＩＪｉｎｐｎｚｈ— ｎＥｒＪｎｓｅｇ，ＨＵＡＮＧＹｉｈａ，ＨＥＹｕｌｎ —ｕ－ｇ，ｏ
ａｄａｅｏｔｕｏｙｓＰｏｅｎｘｒｓｅｉｅｅｔｔ－ｌｈｎｅｍｏｇｇｏｐｈｃｒｕｎｎｄｎｍａｏｓｐｌｐ．ｒｔｉｓｅｐｅｓｄｄｆｒｎｌｗｉａ２ｆｄｃａｇａｎｒｕｓｗｉｈｗｅｅｃｔａｄｆｙｈｏ
３ＰｏｍｉｅｅｒｈＣｎｅ，ＳＮＹｔｅｎｖｒｔ，Ｇａｇｈｕ５０８，Ｃｉ．ｒｔｅＲｓａｃｅｔｒＵａ— ｎＵｉｅｓｙｕｎｚｏ００ｈｎｅｉｔｔａｃｒｓｃｔｒｅｓｎｎｉｅｂｍｋｒｆａｙｄｇｏｓｂｔｃ：ＯｊｔｅＴｖｓｇｅｈｃｎｅａｏｉｅｐｔｎｄｓｓｉｉａｅｒｄｉｎｓｒｅｉｉｔａｅｓａｄｏｉａｅｔｖｏｓｏｅａｉｏｃｌｄｎｅｒｎｍｙｕｉｒｅｍｃｅｈｉｅ【ｅｏｓｗ —ｉｅｓｎｌｅｅｃｏｈｒｉｗｓｓｄｔｆｏｎａｅｏｃｏａｓｇｏｏｉｔｎｕ．Ｍｔｄ】Ｔｏｍｎｏａｇｌｌｔｐｏｓａｕｅｏａｉｂｎｐｔｃｑｈｄｉｅｒｅｓｏ
ａａｚｄｂＡＤ — ＦＴＦｍｓｓｅｔｍｔ．【ｅｌ】Ｔｏｄｅｓｎｒｅａｓｆｏｎｕｏ，ｎｌｅｙＭＬＩＯ／ＯａｐｃｏｅＲｓｔｙＴｓｒｒｙｕｓｗ－ｍｎｉａｐｔｎｍｐｌｉｍｃｓｉｏｌｏｉｏｃｏｃａ
２倍的蛋白质进行ＭＬＩＯ／Ｏ质谱分析和生物学信息分析。【ＡＤ．ＦＴＦＴ结果】成功建立结肠正常粘膜、腺瘤、腺
癌的双向凝胶电泳图谱。在凝胶电泳图谱中平均蛋白质斑点数分别为３０６２９６和３２９其中两两间表达６、８８．差异超过２倍的斑点共有３个。谱分析和数据库检索共鉴定出１１质８种蛋白质，包括ｋｒｉ８１０６、ｅｔ、￥０Ａａｎ