siRNA理性设计在线程序
海康威视VisionMaster算法平台 用户手册
海康威视VisionMaster算法平台用户手册1. 引言欢迎使用海康威视VisionMaster算法平台！该平台是一款专为开发人员和算法工程师设计的图像处理和机器学习平台，通过提供丰富的算法库和强大的开发工具，帮助用户快速开发、部署和管理视觉算法。
本用户手册旨在为用户提供使用海康威视VisionMaster算法平台的详细指南和操作说明，帮助用户快速上手和充分发挥平台的功能。
2. 安装和配置2.1 安装步骤1.下载VisionMaster算法平台的安装包。
2.运行安装包，按照提示进行安装。
3.安装完成后，进入安装目录，并启动平台。
2.2 系统要求为了能够正常运行海康威视VisionMaster算法平台，系统需要满足以下最低配置要求：•操作系统：Windows 7或更高版本•处理器：Intel Core i5或更高•内存：至少8GB•存储空间：至少100GB•显卡：支持OpenGL 3.0或更高版本2.3 配置相机在使用VisionMaster算法平台前，需要先配置相机。
按照以下步骤进行配置：1.连接相机到计算机。
2.在平台中选择“相机配置”选项。
3.选择相机类型和连接方式。
4.根据相机型号和连接方式进行相应的配置。
5.点击“确定”保存配置。
3. 界面介绍海康威视VisionMaster算法平台的界面分为以下几个主要部分：3.1 导航栏导航栏位于界面的顶部，包含了平台的主要功能和操作选项。
常用的功能包括项目管理、图像处理、模型训练和部署等。
3.2 项目管理项目管理部分用于创建、打开和管理项目。
用户可以在该部分创建新的项目，并对项目进行重命名、删除和导入导出等操作。
3.3 图像处理图像处理部分提供了一系列常用的图像处理算法和工具，包括图像增强、滤波、边缘检测、特征提取等。
用户可以通过拖拽算法块来构建图像处理流程，并实时预览处理结果。
3.4 模型训练模型训练部分用于训练深度学习模型。
用户可以选择不同的模型架构、损失函数和优化算法，并对训练参数进行调整。
MSA手册
内部资料严禁翻印测量系统分析参考手册第三版1990年2月第一版1995年2月第一版；1998年6月第二次印刷2002年3月第三版©1990©1995©2002版权由戴姆勒克莱斯勒、福特和通用汽车公司所有测量系统分析参考手册第三版1990年2月第一版1995年2月第一版；1998年6月第二次印刷2002年3月第三版©1990©1995©2002版权由戴姆勒克莱斯勒、福特和通用汽车公司所有本参考手册是在美国质量协会（ASQ）及汽车工业行动集团（AIAG）主持下，由戴姆勒克莱斯勒、福特和通用汽车公司供方质量要求特别工作组认可的测量系统分析（MSA）工作组编写，负责第三版的工作组成员是David Benham（戴姆勒克莱斯勒）、Michael Down （通用）、Peter Cvetkovski（福特），以及Gregory Gruska（第三代公司）、Tripp Martin（FM 公司）、以及Steve Stahley（SRS技术服务）。
过去，克莱斯勒、福特和通用汽车公司各有其用于保证供方产品一致性的指南和格式。
这些指南的差异导致了对供方资源的额外要求。
为了改善这种状况，特别工作组被特许将克莱斯勒、福特和通用汽车公司所使用的参考手册、程序、报告格式有及技术术语进行标准化处理。
因此，克莱斯勒、福特和通用汽车公司同意在1990年编写并以通过AIAG分发MSA手册。
第一版发行后，供方反应良好，并根据实际应用经验，提出了一些修改建议，这些建议都已纳入第二版和第三版。
由克莱斯勒、福特和通用汽车公司批准并承认的本手册是QS-9000的补充参考文件。
本手册对测量系统分析进行了介绍，它并不限制与特殊生产过程或特殊商品相适应的分析方法的发展。
尽管这些指南非覆盖测量系统通常出现的情况，但可能还有一些问题没有考虑到。
这些问题应直接向顾客的供方质量质量保证（SQA）部门提出。
CRISPR操作-在线设计gRNA教程
CRISPR操作-gRNA设计教程我们都知道一个基因（一个基因ID）往往可以编码多个转录本（多个NM 号），相应的也对应多个蛋白质（多个NP号）。
一条mRNA上编码蛋白质的区域称为CDS（coding sequence）。
一个基因产生的多个mRNA往往有部分区域是重叠的（图4a红框内的区域），这部分重叠的区域叫做保守的CDS （consensus CDS），简称CCDS。
我们通过基因组编辑破坏一个基因，往往需要破坏所有的mRNA编码的蛋白，因此，我们选择编辑的位点通常位于CCDS区域的上游位置（靠近起始密码子ATG的位置）。
编辑的目的是在CDS区域随机引入碱基的缺失或插入（indels），如此可以破坏三联密码子的阅读框，产生移码突变(图4b)。
图4CCDS和移码突变示意图。
a，方框代表外显子组织情况，黑色方框代表CDS区，红色框内是该基因对应的CCDS；b，移码突变。
一个T碱基的插入改变了阅读框，最终导致终止密码子的提前出现，蛋白质翻译提前终止。
移码突变往往导致蛋白质功能丧失。
SgRNA设计的站点介绍如下：着重推荐Lei Stanley Qi Lab的/index.jsp（打不开请复制到浏览器地址栏）这个在线站点功能比第一个丰富，可以选择基因编辑工具的其他用途（激活，抑制基因表达等）（图5）。
下一步就是选择物种（图6）。
但只有常见的9种。
再下一步就是直接输入基因的名称（或序列）即可（图7）。
图5选择编辑类型图6选择物种图7选择基因名称。
我们以人的LDLR基因作为例子说明，输入“LDLR“，然后点击“CRISPR-ERA search”，会出来很多设计好的sgRNA（图8），ID编号#1-N（紫色框），后面一系列参数代表sgRNA对应的mRNA、基因组位置等。
绿色框里代表打分，简而言之是E+S分越高越好。
但这个不是很直观，我们可以切换到图示模式，请点击红色框的链接查看排名前50位的sgRNA在基因组上对应的位置（图9）。
siRNA化学合成(生物谷)
siRNA化学合成化学合成siRNA简介化学合成siRNA是应用起来最方便的方法，客户只需提供siRNA序列或者GeneID、Accession Number、基因名称等。
百奥迈科(Biomics)公司的siRNA使用国外最先进的仪器合成，同时配备了高容量的HPLC纯化仪。
单个靶点siRNA合成量一次性可放大到克(g)级，年产更达到公斤(Kg)级。
产品经过严格质检，确保质量并提供质量检查报告。
化学合成的siRNA与生物合成siRNA相比，有以下优点：●操作简便，研究人员得到合成好的siRNA后，进行简单的稀释处理即可实验。
●转染效率高，相对于分子量较大的DNA质粒，其转染效率高。
●对细胞的或者组织的毒副作用小。
●可大规模制备，本公司的合成规模可达到克级(一次合成量1 - 100 g)。
●特别适用于基因靶位点已确定，需要大量siRNA进行siRNA动物实验研究。
欢迎您使用Biomics的siRNA产品，我们始终为您提供优质热诚的服务！siRNA设计siRNA序列的结构对RNAi实验的成功与否起着至关重要的作用。
不同的siRNA序列，对基因的沉默效率差异很大。
因此，理性设计有效的siRNA就成为实验成功的关键因素之一。
本公司推荐考虑如下设计思想：●从起始密码子下游50 - 100个nt开始，避免5'端或3'端的UTRs，搜索AA (N19) 序列。
因为这些区域结合了大量的调控蛋白，可能会影响siRNA发挥作用。
●分析siRNA两端能量分布●N19序列3'端垂悬两个dTdT，该垂悬不与mRNA序列互补，使有义链3’端更容易解链，从而增加其沉默效率。
21个碱基的siRNA单链序列如：5'-GGCCAGAGGUUGAAAGUGAdTdT-3'●对mRNA目标区域进行二级结构预测，排除作用复杂的二级结构的siRNA序列。
因为二级结构越复杂，siRNA沉默效率越低。
下图表明设计的siRNA结构优势依次递增a) < b) < c)●在NCBI数据库（/Blast.cgi）中进行Blast对照，排除设计的序列和其他基因的同源性，降低脱靶效应。
辛迪控制系统SIMATIC PCS neo功能库手册说明书
5
Monitoring blocks
6
Controller blocks
7
Motor and valve blocks
8
Interlock blocks
9
Mathematical block
10
Counter blocks
11
Digital logic blocks
12
Services
13
14 TCP communication blocks
SIMATIC SIMATIC PCS neo SIMATIC Process Function Library (V3.0)
Function Manual
About this document
1
Deployment conditions
2
Basics
3
Library structure
4
Operator control blocks
CAUTION
indicates that minor personal injury can result if proper precautions are not taken.
NOTICE
indicates that property damage can result if proper precautions are not taken. If more than one degree of danger is present, the warning notice representing the highest degree of danger will be used. A notice warning of injury to persons with a safety alert symbol may also include a warning relating to property damage.
遗传学--基因治疗
肿瘤基因治疗的靶点筛选
ERK1/2在肿瘤发生过程的作用
• ERK1/2及其通路成员在多数肿瘤中过表达或突变。 • ERK1/2参与细胞周期调控。 • ERK1/2参与细胞外基质MMP-9 的表达调控。 • ERK1/2参与肿瘤化疗耐药的作用。
RNAi是实现定点打击的理想方法
Andrew Z. Fire (Stanford University photo)
• Advantages
– Price – Shorter turn-around time
• Disadvantages
– More hands-on – Scalability – Purity – Lower specificity – If long transcripted RNA, cocktail SiRNA used
Chemically synthesized SiRNA
• Advantages
– No hands-on time – Purity of siRNA:>97% by PAGE or HPLC – Synthesis can be scaled up – Can be labeled – Potential therapeutic use
C. elegans
Antisense RNA dsRNA Mex-3 mRNA detection in embryos
by in situ hybridization
Nature 1998 391:806-811
Mechanism of RNAi
spreading
dsRNA
~22nt siRNAs
ATP ADP + ppi
DICER KINASE RdRP
siRNA
对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要 (3)前言 (3)一、siRNA作用机制 (3)二、siRNA设计原理与规则 (3)1、siRNA反义链5’末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例 (3)2、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率 (4)3、内部重复序列 (4)三、对P53的siRNA设计过程 (4)1、设计大致步骤 (4)2、在GenBank数据库获取P53序列 (4)3、两种软件上的设计 (5)参考文献 (8)摘要：siRNA干扰技术作为一种新型的基因沉默技术，因其具有高校、高特异性、低毒性等优点，应用siRNA干扰技术开发新型的靶向药物，已成为药物研究领域中重点发展方向之一。
因此，了解siRNA干扰技术对未来药物领域学习有至关重要的作用。
本文是利用NCBI的基因库(GeneBank)及两种计算机辅助设计软件对肿瘤抑制蛋白基因P53进行siRNA设计，并对方法和结果进行分析比对。
前言：RNA干扰(RNAi)是由双链RNA介导的、在转录后mRNA水平关闭相应基因表达的过程。
其中siRNA是RNAi发挥效应所必需的因子，因此掌握siRNA实验和设计方法非常重要。
关于设计siRNA目前尚无可靠的规律，不过，不少实验室和科研机构都开发了相应的siRNA设计软件。
设计siRNA设计是一个需要由软件完成的工作，接下来，我将用这两种软件对肿瘤抑制蛋白基因P53进行siRNA设计，并进行分析。
一、siRNA作用机制小干扰RNA作为与RNA干扰现象紧密相连的非编码RNA之一，是后基因组时代的重要研究工具。
其作用机制首先是进入体内的siRNA双链解开，引导链（指siRNA反义链）进入RNA介导的沉默复合体（RISC），并切断具有序列特异性的mRNA，切断部位大约在与反义链配对序列的中部，然后靶mRNA进一步降解。
二、siRNA设计原理与规则RNAi作用的成功与否，关键在于siRNA序列的结构。
axiom analysis suite的使用方法
axiom analysis suite的使用方法（实用版4篇）篇1 目录1.Axiom Analysis Suite 简介2.安装 Axiom Analysis Suite3.使用 Axiom Analysis Suite4.常见问题与解决方法5.总结篇1正文一、Axiom Analysis Suite 简介Axiom Analysis Suite 是一款功能强大的数据分析软件，适用于各种行业和领域。
它提供了一整套数据处理、分析和可视化工具，帮助用户轻松地从大量数据中提取有价值的信息，以便更好地做出决策。
二、安装 Axiom Analysis Suite1.访问 Axiom Analysis Suite 官方网站，下载并安装软件包。
2.按照安装向导的提示进行操作，完成安装过程。
3.安装完成后，启动 Axiom Analysis Suite，进入主界面。
三、使用 Axiom Analysis Suite1.数据导入（1）支持多种数据格式，如 CSV、Excel、SQL 等。
（2）通过拖放或点击“导入”按钮将数据添加到工作区。
2.数据处理（1）提供多种数据处理功能，如筛选、排序、分组等。
（2）通过“数据”菜单或右键菜单进行操作。
3.数据分析（1）使用内置的统计函数，如平均值、标准差等。
（2）通过“分析”菜单或右键菜单进行操作。
4.数据可视化（1）支持多种图表类型，如柱状图、折线图、饼图等。
（2）通过“可视化”菜单或右键菜单进行操作。
5.报告输出（1）将分析结果导出为 Excel、PDF 等格式。
（2）通过“文件”菜单进行操作。
四、常见问题与解决方法1.数据导入失败：检查数据格式是否正确，或尝试重新安装软件。
2.图表显示不正常：检查数据源是否正确，或尝试重新启动软件。
3.软件运行缓慢：清理不必要的插件，或尝试升级软件版本。
五、总结Axiom Analysis Suite 是一款实用的数据分析软件，适用于各类用户。
2.实验2---Rose基本操作
实验2 Rose基本操作RoSe模型（由各种模型元素组成）都保存在一个扩展名为.mdl的文件中。
1、保存模型文件1)启动Rational Rose(>开始令所有程序—Rational Software÷Rational Rose Enterprise Edition,如图1-1 所示。
∣fj) Online Melpi区)RatiOnal TestRational AdnIirdStratOr弋 Rational Rose Model Integratorg Rational Rose Release Notes图Rational Rose Tutorial Read Me FileG Rational Software Installed Product Informationra 1-1 启动Rational Rose2）、系统弹出Create new Model对话框，如图1 -2所示，图 1 -2 Create new Model 对话框3）单击CanCel按钮。
进入RatiOnaIRoSe主界面，如图1・3所示图1-3 Rational Rose 主界面4、打开SaVeAS对话框。
从菜单栏选择【file)Save】，如图1∙4所示。
图1 -4 Save AS对话框5、给模型文件命名。
采用“学号+姓名+实验编号”的格式，如********+李自成+实验1,如图1-5 所示。
图1-5模型文件命名输入模型文件名后，点击“保存”按钮，就将模型文件保存在D盘的根目录下了。
2.环境简介2.1 Rational Rose可视化环境组成RoSe界面包括五个主要的窗口，它们是浏览器窗口、文档窗口、模型图窗口、日志窗口和规范窗口。
见图2-1。
口 模型由窗口 绘述窗口图b图2-1： RoSe 主界面浏览器窗口：用于在模型中迅速漫游。
文档窗口：用于查看或更新模型元素的文档。
模型图窗口：编辑和显示模型图。
CS-LightPostrunAnalysis基本操作流程
CS-Light Postrun Analysis（数据分析）操作步骤编辑：SKC- 詹松前言：CS-Light Postrun Analysis （数据分析）是在CS-LightReal Time Analysis（实时分析）已采集了标样、样品谱图和数据的基础上进行的一项数据后处理工作。
CS-Light工作站其基本操作流程如下：． 面积归一法（面积百分率法） ：1． 双击桌面 CS-Light Postrun Analysis （数据分析）图标：2．在弹出的窗口中，用户名（默认） ：Admin ，密码：（无）。
直接点击 ＜确定＞。
3．进入【数据分析】操作窗口。
先单击〖数据资源管理器〗左下方的击＜数据＞图标下图示：1。
单击），再单击打开＜选择文件夹＞图标（下图示：2。
单击打4．在弹出的窗口中，先查找数据文件保存的路径、文件夹（此例为：）, 再点5．内显示了保存在文件夹中所有的数据文件。
6．选定并双击打开一需要进行处理的数据文件（或将数据文件拖放至视区）7．先单击；后单击。
激活谱图积分参数的各项。
8．视谱图的积分情况，考虑是否需要修改积分参数值，重新积分。
面积归一法定量时，积分参数的设定或修改，须考虑以能得到样品中所有组分峰的结果为依据。
9．单击，在＜定量方法＞项中，单击向下箭头列表定量方法名，选“面积归一法”10．单击，峰值表中则显示出样品中各组分的面积百分率。
11．单击报告图标，后单击打开选择报告文件夹。
的13．查找报告模板保存的路径、文件夹，并单击。
然后单击< 确定> 打开。
14 ．在显示的报告模板文件名中，双击图标打开。
＜确定＞打开。
16．下图所示：先查找数据保存的路径、文件夹（此例为：），并单击, 然后点击图标，拖放至右边的报告模板格式中17．将样品的数据文件18．单击 文本图标，后在预先已空出的 Word 文档中拉框，并在框内击右键，在弹出的窗口选择“特性”项进行编辑。
19．单击＜文本＞项，编辑“面积归一法报告”文字标题；＜对齐＞项，位置选居中；并在＜常规参数＞项，设置字体及大小等；点击＜确定＞。
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siRNA pro 2.0:siRNA理性设计在线程序
作者：方翔， 杜正平， 曹以诚， 郭旭， 刘鹏飞， 董守斌， FANG Xiang， DU Zheng-Ping，CAO Yi-Cheng， GUO Xu， LIU Peng-Fei， DONG Shou-Bin
作者单位：方翔,杜正平,曹以诚,郭旭,FANG Xiang,DU Zheng-Ping,CAO Yi-Cheng,GUO Xu(华南理工大学生物科学与工程学院,广州,510640)， 刘鹏飞,董守斌,LIU Peng-Fei,DONG Shou-Bin(华
南理工大学信息网络研究工程中心,广州,510640)
刊名：
中国生物化学与分子生物学报
英文刊名：CHINESE JOURNAL OF BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY
年，卷(期)：2007,23(9)
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2003(02)
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11.Elbashir S M;Harborth J;Tuschl T Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells[外文期刊] 2001(6836)
本文链接：/Periodical_zgswhxyfzswxb200709009.aspx。