临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识
分子病理实验室规范
分子病理实验室规范篇一：医学检验实验室基本标准医学检验实验室基本标准（试行）医学检验实验室指以提供人类疾病诊断、管理、预防和治疗或健康评估的相关信息为目的，对来自人体的标本进行临床检验，包括临床血液与体液检验、临床化学检验、临床免疫检验、临床微生物检验、临床细胞分子遗传学检验和临床病理检查等，并出具检验结果，具有独立法人资质的医疗机构。
一、诊疗科目医学检验科；提供病理相关医疗服务的，应当参照病理诊断中心基本标准。
二、科室设置包括临床血液与体液检验专业、临床化学检验专业、临床免疫检验专业、临床微生物检验专业、临床细胞分子遗传学专业和临床病理专业等。
有病案信息、试剂、质量和安全管理等专门部门或专职人员，以及辅助检查部门和消毒供应室（可以设置也可以委托其他医疗机构承担相应的服务）。
三、人员（一）至少有1名具有副高级以上专业技术职称任职资格的临床类别执业医师。
（二）临床检验各专业至少有5名以上医学检验专业卫生技术人员，其中至少有1名具有副高以上、2名中级以上专业技术职称任职资格的技术人员。
（三）标本采集人员应当有相应资质。
（四）开展产前筛查与产前诊断项目的实验技术人员应具备产前筛查与诊断的相应资质。
开展二代基因测序项目的，至少有1名生物信息分析专业技术人员；开展遗传相关基因检测项目的，至少有1名医学遗传学专业人员。
（五）配备质量安全管理人员；设置试剂室、辅助检查和消毒供应室的，应当配备相应的卫生专业技术人员。
（六）应当制定人员培训考核与继续教育的相关制度和实施记录。
四、房屋和设施（一）医疗用房使用面积不少于总面积75%，房屋应当具备双路供电或应急发电设施，重要医疗设备和网络应有不间断电源。
（二）设置1个临床检验专业的，建筑面积不少于500 平方米；设置2个以上临床检验专业的，每增设1个专业建筑面积增加300平方米。
（三）有相应的工作区域，流程应当满足工作需要。
（四）设置医疗废物暂存处，设置污物和污水处理设施和设备，满足污物和污水的消毒和无害化的要求。
临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识
临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识化治疗检测技术指南》、《个体化医学检测实验室管理办法》、《测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行）》进行。
1.NGS检测人员的资质要求：NGS检测技术人员应具备临床病理学、分子生物学的相关专业大专以上学历，并经过NGS 技术的理论与技能培训合格。
数据分析人员应具有临床医学或分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训。
最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人（医学博士学位或高级职称）审核。
2.NGS检测实验室的区域设置要求：原则上NGS实验室应当有以下分区：样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕获区/多重PCR区域（第一扩增区）、文库扩增区（第二扩增区）、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区。
各工作区空气及人员流向需要严格按照《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》。
分区可根据实际情况合并，但是在前处理和建库时，血液样本应与组织样本分开。
3.NGS检测试剂及项目要求：试剂和测序平台均应选择中国食品药品监督管理总局（CFDA）认可产品。
涉及到实验室自配试剂，应该有严格的试剂制备标准操作规程（SOP），需经过临床实验室自建项目（LDT）验证合格才可使用。
每个NGS检测项目在验证时需要根据建库方法、测序平台和分析工具以及不同的突变类型包括，单碱基突变single nucleotidevariant，SNVs、小片段插入或者缺失（Indels）、基因拷贝数变异Copynumber variations（CNVs）、染色体结构变异，structuralvariation（SVs）以及不同的样本类型（如FFPE组织、新鲜组织、全血、胸水等）对特定panel 的准确性、精确性、敏感性、特异性等性能参数进行LDT验证。
应该有经过标准品测试的在不同的mutant allele frequencies（MAF）下，不同测序深度的灵敏度及特异性数据，确定不同样本的可信的测序深度。
首份!17条共识!美权威机构发布NGS生物信息流程标准和指南
首份！17条共识！美权威机构发布NGS生物信息流程标准和指南生物探索编者按11月14日，《The Journal of Molecular Diagnostics》期刊在线发布了首份“临床NGS生物信息流程标准和指南”，明确高通量测序生物信息学流程的概述、设计、开发、验证、实施和质量控制指标。
更重要的是，第一次针对生物信息学流程提出了17条共识，旨在规范NGS在临床诊疗应用的准确性。
过去10年，得益于新一代高通量测序技术的发展，生命医学领域经历了翻天覆地的变化。
这一技术能够一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，快速生成非常大的基因组学、表观基因组学和转录组学研究数据集。
但是如何解读数据，使其在临床诊疗中发挥更大的价值？这是我们面临的难题和挑战。
生物信息学是NGS的一个重要组成部分，从原始测序结果中找寻致病根源，是完成疾病诊断以及治疗策略制定的重要依据。
但是，该领域缺乏统一的标准和指南。
对此，由美国病理协会（AMP）、美国病例学家协会（CAP）领导的工作小组联合制定、发布了这份《NGS生物信息流程验证标准和指南》，针对二代测序的生物信息学流程（pipelines）提出了17条共识，建议实验室在验证生物信息学流程时充分考虑这些问题。
该指南是AMP和CAP第三次发布解决NGS工作流程的文件——今年早些时候，该组织联合发表了NGS验证为基础的肿瘤学panel和指南；去年发表了报告和解释癌症相关序列变异的指南。
1指南细则在这份指南中，工作小组强调，这些建议只适用于一个测试的生物信息学部分，并假设测序部分已经被验证了。
此外，建议涉及了SNVs、indels和多核苷酸置换（multi-nucleotide substitution）。
同时，指南覆盖了生殖细胞突变体和体细胞突变体。
概括来说，指南提出了NGS生物信息学流程概述、设计、开发、验证、实施和质量控制指标，强调了受过培训的分子医学专业人员的重要性。
2020年中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识(全文版)
2020年中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识（全文版背景病原学诊断始终是感染性疾病诊断中最重要的环节。
传统的病原学诊断是临床医师根据患者的临床表现做出一系列鉴别诊断,然后针对这些进行检测,通常一项检测只能对应一种病原体,而宏基因组学第二代测序（metagenomics next generation sequencing,以下简称二代测序）技术检测能覆盖更广范围的病原体。
本专家共识就二代测序的临床应用范围、样本采集、分析解读和诊断效能等方面进行证据总结和意见推荐。
一、证据强度和证据质量的分级定义证据强度:A为强烈推荐；B为推荐，但其他替代方案也可接受；C 为推荐强度低，寻求替代方案；D为从不推荐。
证据质量：I为证据来自随机对照试验，口为证据来自非随机对照试验为证据仅来自专家意见。
二、二代测序的临床需求与应用范圉（一）背景及概述推荐意见1:若怀疑细菌、真菌、DNA病毒、寄生虫、不典型病原体感染且需进行二代测序检测时，建议采用DNA检测；若怀疑RNA病毒感染时，则建议采用RNA检测（A, 口）。
推荐意见2:对于临床疑似感染的病重、病危或免疫抑制、免疫缺陷患者，建议在完善传统实验室及分子生物学检测的同时，采集疑似感染部位的标本进行二代测序（B , 口）。
二代测序检测能覆盖较大范围的病原体，病毒、细菌、真菌、寄生虫都能被同时检测，不论临床样本培养成功与否，只要含有可检测到的DNA 或RNA 即可。
从接收样本至完成数据分析,二代测序的周转时间根据测序技术、方法和生物信息学分析方法的不同而不同，已有报道为6 h至7 d 不等（平均48 h）o二代测序在感染性疾病诊断领域中的优势在于其能检测到其他传统手段无法检测到的病原体。
因此,二代测序可能在应用于临床疑难杂症或免疫抑制患者时有更大意义。
另外，二代测序也被报道可用于"排除"检测, 即检测阴性有助于排除感染性疾病的诊断,但前提条件是测序覆盖度足够高，能确保样本中存在的病原微生物被检测出来。
二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识(2020版)
2020ACOG《胎膜早破临床实践指南》解读胎膜破裂发生在临产前称胎膜早破（PROM），其中，妊娠37周之前发生的PROM被称为未足月胎膜早破（PPROM）。
胎膜早破是妊娠期最常见的并发症之一，是围产儿病率及死亡的主要原因。
足月PROM的发生率约为8%，未足月胎膜早破（PPROM）的发生率约为3%，未足月胎膜早破（PPROM）的处理策略，一直是产科临床工作的棘手问题。
近期，美国妇产科医师学会（ACOG）发布了“胎膜早破临床实践指南（2020）”，在2018年版本基础上进行了补充完善，主要更新了PROM的诊断、足月PROM的期待疗法、妊娠34周至36+6周PPROM孕妇分娩时机等方面。
为了诸位同道能对ACOG《胎膜早破临床实践指南（2020）》更加全面的了解和学习，中国妇产科网特邀请重庆医科大学附属第一医院漆洪波教授对共识进行了权威解读。
Simple Style明确诊断病例至关重要，推荐羊膜腔注射染料辅助诊断2020年最新版本指南在诊断方面并未作出更多的更新，只是特别强调了在可疑胎膜早破时，可以应用一些生化标记物进行辅助诊断，这些标志物包括胎盘ɑ-微球蛋白、引导生长因子结核球蛋白-1（IGFBPY）。
ACOG指南一直主张可疑胎膜早破可以通过羊膜腔注射染料来辅助诊断，推荐应用于需要明确诊断的病例。
目前，全球范围内相关指南对于足月胎膜早破均不推荐期待疗法，而是强调尽快终止妊娠。
有自发性宫缩更好，如果没有，则需要诱发子宫收缩。
考虑到安全性，首先推荐应用缩宫素，如果宫颈成熟度不佳，可考虑应用前列腺素制剂进行引产。
Simple Style科学分类处理PROM，贴合实际情况进行治疗对于足月胎膜早破，包括有自发性宫缩，应该尽快终止妊娠，进行产程观察，促进阴道分娩，无自发性宫缩者，可应用缩宫素或前列腺素诱发宫缩。
对于近足月的胎膜早破，即孕34周至36+6周的胎膜早破，这一孕周的胎膜早破处理在国际上尚存争议。
众所周知，未足月胎膜早破≥34周应该终止妊娠；但对于孕34周至36+6周的胎膜早破、无自发性宫缩是采用期待治疗还是终止妊娠仍然存在争议。
2024《胃癌临床实践指南》更新解读(全文)
2024《胃癌临床实践指南》更新解读（全文）摘要2024年3月7日美国国家综合癌症网络（NCCN）更新了2024年第一版《胃癌临床实践指南》，对于早期胃癌的内镜治疗、二代测序、胃癌腹膜转移的诊疗、系统治疗方案和术后营养缺乏监测等方面作出了更新。
特别是针对近年来晚期胃癌腹膜转移采用腹腔内化疗或腹腔热灌注化疗的热点问题，该指南较为详细地阐述了治疗适应证、综合治疗模式、疗效评估等内容。
在知识和信息迭代更新的时代，NCCN指南也不断地作出更新以适应新的挑战。
新的分子检测手段在胃癌精准诊疗中越来越占据重要的地位，而内镜治疗、腹腔镜手术、机器人手术在内的微创治疗手段也随着更多的循证医学证据和临床实践经验被纳入指南中，充分体现了外科医师对于病人长期生存和生存质量的无限追求。
同样，以免疫检查点抑制剂、靶向治疗药物、抗体药物偶联物为代表的新型抗肿瘤药物在胃癌系统治疗中的地位日益上升，也为病人提供了更多的治疗选择。
未来，秉承“以病人为中心”的治疗理念，积极推动多学科协作和全程化管理，才能真正追求实现所有治疗指南的终极目标。
美国国家综合癌症网络（National Comprehensive Cancer Network，NCCN）每年都会根据新出现的临床试验结果和循证医学证据对恶性肿瘤的临床实践指南适时进行更新，并发布不同版本，其更新速度之及时、收录证据之全面，提供信息之完整，远超其他各国的治疗指南和专家共识。
同时，不断进行纠错和调整也充分体现了其尊重客观试验结果、不盲从权威、不做主观臆断的科学精神。
2024年3月7日，2024年第一版《胃癌临床实践指南》（以下简称NCCN指南）发布，其中对于早期胃癌的内镜治疗、二代测序、胃癌腹膜转移的诊疗、系统治疗方案和术后营养缺乏监测等方面作出了更新。
本文将对该版指南中的主要更新内容变化和相关临床试验结果并加以解读和分析，以期把握胃癌诊疗的现状和最新进展。
1 首次增加了早期胃腺癌内镜治疗的流程随着早期胃癌（early gastric cancer，EGC）检出率的逐年升高，原在东亚地区较为普遍接受的内镜治疗理念和技术也逐渐为欧美学者所适应和接受，各版日本《胃癌治疗指南》的更新也为此发挥了积极推动作用，而美国和欧洲胃肠内镜协会也在近年相继发布了内镜黏膜下切除（endoscopic submucosal dissection，ESD）的治疗指南［1-2］，因此，NCCN指南也与时俱进地首次增加了早期胃腺癌的内镜治疗路径，指出首先需对EGC进行内镜的评估和活检，基于组织学类型进行分层，如分化较差或弥漫型，则属于非适宜内镜治疗的EGC而建议接受胃切除手术，反之则建议内镜治疗（优选ESD），术后由胃肠病理专业的病理科医师进行治愈性切除评估，其中治愈性切除是指黏膜下层浸润＜500 μm、非低分化或未分化类型、无淋巴及脉管浸润。
二代测序临床报告解读指引
2020年8月第20卷第4期循证医学The Journal of Evidence-Based MedicineAug.2020Vol.20No.4二代测序临床报告解读指引二代测序临床报告解读专家组［摘要］二代测序（next generation sequencing，NGS）已成为中国临床肿瘤医生常用检测工具，而中国超90%临床医生需要NGS报告解读支持。
因此，为提升临床医生NGS报告解读能力，特编写了NGS临床报告解读指引，以帮助临床医生梳理NGS报告解读逻辑，快速抓取关键信息，同时尽可能规避过度解读基因组信息导致的潜在危害。
本文从临床靶点或驱动基因相关体细胞变异注释及解读、NGS报告解读及临床决策、可报告范围及质量控制等方面详细介绍了NGS报告解读应遵循的恰当的结构化循证原则，正确理解NGS报告的逻辑结构、抓取关键信息并综合分析，为肿瘤患者带来切实的临床获益。
帮助医生在综合浏览完一份样本检出的所有分子变异后，结合患者的基本临床信息以及既往或同期其他配对样本检测结果，综合判断患者疾病的全面分子特征谱及其演化过程，了解这些信息所提示的生物学意义和临床意义，最终做出正确的临床决策。
［关键词］二代测序；报告解读；指引［中图分类号］R446.7［文献标识码］A DOI：10.12019/j.issn.1671⁃5144.2020.04.001 Standards and Guidelines for the Interpretation of Next GenerationSequencing Clinical ReportsNext Generation Sequencing Clinical Report Interpretation Expert GroupAbstract：In China，next generation sequencing（NGS）has became a common molecular testing tool used by clinical oncologists，however，NGS clinical reports could be overwhelming for some clinicians who are unfamiliar with NGS.Approximately90%of clinicians are dependent on external support for the interpretation of NGS reports.In order to improve the clinicians ability to interpret and derive more information from NGS reports，a working group comprised of clinical oncologists and NGS professionals from all over China have compiled relevant standards and guidelines to equip the clinicians with the knowledge to identify the key information and avoid the over⁃interpretation of genomic information from NGS clinical reports.This article provides a detailed introduction on the logically structured evidenced⁃based principles of NGS reports including the interpretation of somatic mutations related to clinical targets or driver genes，the proper interpretation of genomic results to inform clinical decision⁃making，reportable scope，sample quality control，and other relevant information included in NGS clinical reports.With a better grasp on the information from NGS reports，the clinicians should be able to integrate the basic clinical information，other past or present test results，and the molecular profile of the patient to comprehensively assess the patient s disease and tailor a treatment strategy that will benefit the patient.Key words：next generation sequencing；report interpretation；guideline背景目前二代测序（next generation sequencing，NGS）已成为中国临床肿瘤医生常用检测工具，中国临床肿瘤学会（Chinese Society of Clinical Oncology，CSCO）肿瘤生物标志物专家委员会发布的第1个NGS临床应用调研显示，大于30%的肿瘤科医生每月NGS检测量超5个，而中国超过90%临床医生需要NGS报告解读支持。
临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识教学文案
临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识近年二代基因测序（next-generation sequencing，NGS）技术快速发展，其应用已进展至临床检测，如遗传疾病、实体肿瘤、血液肿瘤、感染性疾病、人类白细胞抗原分析及非侵袭性产前筛查等。
国内外有关学会已出台相关共识与指南以推动其在临床中的应用。
中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专委会前期组织病理、临床、生物信息等专家进行了充分讨论，拟在NGS的操作流程、数据处理、结果解读等方面作规范和建议，以规范NGS在分子病理领域的应用。
临床分子病理实验室NGS样本可采用甲醛固定石蜡包埋组织（formalin-fixedparaffin-embedded，FFPE）、新鲜组织、各种体液上清液、体液离心细胞块、石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。
本共识特色是基于病理评估的组织样本（FFPE、新鲜）的规范。
测序分析范围基于目前临床需求，本共识着重在于目标区域测序（panel）分析的实践。
随着技术的更新和应用的成熟，本共识将持续更新以满足临床需求。
一、实验室总体要求NGS检测实验室的总体设计与要求应参考《分子病理诊断实验室建设指南（试行）》、《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》、《个体化医学检测质量保证指南》、《肿瘤个体化治疗检测技术指南》、《个体化医学检测实验室管理办法》、《测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行）》进行。
1.NGS检测人员的资质要求：NGS检测技术人员应具备临床病理学、分子生物学的相关专业大专以上学历，并经过NGS技术的理论与技能培训合格。
数据分析人员应具有临床医学或分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训。
最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人（医学博士学位或高级职称）审核。
2.NGS检测实验室的区域设置要求：原则上NGS实验室应当有以下分区：样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕获区/多重PCR区域（第一扩增区）、文库扩增区（第二扩增区）、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区。
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㊃标准与规范㊃ＤＯＩ：１０．３７６０／ｃｍａ．ｊ．ｉｓｓｎ．０５２９⁃５８０７．２０１７．０３．００１基金项目：科技部卫生行业科研专项基金（２０１４０２００１）执笔人：叶丰（四川大学华西医院病理研究室）；吴焕文（中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院病理科）通信作者：梁智勇（中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院病理科，Ｅ⁃ｍａｉｌ：ｌｉａｎｇｚｈｉｙｏｎｇ１２２０＠ｙａｈｏｏ．ｃｏｍ）；步宏（四川大学华西医院病理研究室／病理科，Ｅ⁃ｍａｉｌ：ｈｏｎｇｂｕ＠ｓｃｕ．ｅｄｕ．ｃｎ）临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识‘临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识“编写组 近年二代基因测序（ｎｅｘｔ⁃ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ＮＧＳ）技术快速发展，其应用已进展至临床检测，如遗传疾病㊁实体肿瘤㊁血液肿瘤㊁感染性疾病㊁人类白细胞抗原分析及非侵袭性产前筛查等㊂国内外有关学会已出台相关共识与指南以推动其在临床中的应用［１⁃４］㊂中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会前期组织病理㊁临床㊁生物信息等专家进行了充分讨论，拟在ＮＧＳ的操作流程㊁数据处理㊁结果解读等方面作规范和建议，以规范ＮＧＳ在分子病理领域的应用㊂临床分子病理实验室ＮＧＳ样本可采用甲醛固定石蜡包埋（ｆｏｒｍａｌｉｎ⁃ｆｉｘｅｄｐａｒａｆｆｉｎ⁃ｅｍｂｅｄｄｅｄ，ＦＦＰＥ）组织㊁新鲜组织㊁各种体液及其上清液㊁体液离心细胞蜡块㊁血浆／血液标本等㊂本共识特色是基于病理评估的组织样本（ＦＦＰＥ组织㊁新鲜组织）而形成的规范㊂测序分析范围基于目前临床需求，本共识着重于目标区域测序（ｐａｎｅｌ）分析的实践㊂随着技术的更新和应用的成熟，本共识将持续更新以满足临床需求㊂一㊁实验室总体要求ＮＧＳ检测实验室的总体设计与要求应参考‘分子病理诊断实验室建设指南（试行）“㊁‘医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则“㊁‘个体化医学检测质量保证指南“㊁‘肿瘤个体化治疗检测技术指南“㊁‘个体化医学检测实验室管理办法“㊁‘测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行）“进行［５⁃７］㊂１．ＮＧＳ检测人员的资质要求：ＮＧＳ检测技术人员应具备临床病理学㊁分子生物学的相关专业大专以上学历，并经过ＮＧＳ技术的理论与技能培训合格，同时具有临检中心‘临床基因扩增实验室技术人员培训合格证“㊂数据分析人员应具有临床医学㊁分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训㊂最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景㊁经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人（高级职称或医学博士学位）审核㊂２.ＮＧＳ检测实验室的区域设置要求：原则上ＮＧＳ实验室应当有以下分区：样本前处理区㊁试剂储存和准备区㊁样本制备区㊁文库制备区㊁杂交捕获区／多重ＰＣＲ区域（第一扩增区）㊁文库扩增区（第二扩增区）㊁文库检测与质控区㊁测序区㊁数据存贮区㊂各工作区空气及人员流向需要严格按照‘医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则“配置㊂分区可根据实际情况合并，但是在前处理和建库时，血液样本与组织样本分开㊂３．ＮＧＳ检测试剂及项目要求：试剂和测序平台应选择中国食品药品监督管理总局（ＣＦＤＡ）认可产品㊂涉及实验室自配试剂，应该有严格的试剂制备标准操作规程（ＳＯＰ），需经过临床实验室自建项目（ＬＤＴ）验证合格才可使用㊂每个ＮＧＳ检测项目在验证时需要根据建库方法㊁测序平台和分析工具以及不同的突变类型，包括单碱基突变（ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｖａｒｉａｎｔ，ＳＮＶ）㊁小片段插入或者缺失（Ｉｎｄｅｌ）㊁基因拷贝数变异（ｃｏｐｙｎｕｍｂｅｒｖａｒｉａｔｉｏｎｓ，ＣＮＶ）㊁染色体结构变异（ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｖａｒｉａｔｉｏｎ，ＳＶ）以及不同的样本类型（如ＦＦＰＥ组织㊁新鲜组织㊁全血㊁胸水等）对特定ｐａｎｅｌ的准确性㊁精确性㊁敏感性㊁特异性等性能参数进行ＬＤＴ验证㊂应该有经过标准品测试的在不同的变异频率（ｍｕｔａｎｔａｌｌｅｌｅｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ，ＭＡＦ）下，不同测序深度的灵敏度及特异度数据，确定不同样本的可信的测序深度㊂经验证后，ＳＯＰ发生的任何改动，包括试剂㊁仪器㊁基因项目等都需要重新做验证㊂验证实验结果签名留底备案㊂４．ＮＧＳ检测实验室的质量管理要求：ＮＧＳ检测万方数据主要包括实验操作和生物信息学分析两部分㊂实验操作部分包括样本准备㊁文库制备㊁编码（ｂａｒｃｏｄｉｎｇ）㊁目标区域富集㊁测序等；生物信息学分析部分包括定位（ｍａｐｐｉｎｇ）㊁比对㊁变异识别㊁变异注释㊁变异解读及报告等㊂上述流程均需要建立实验室质量管理体系文件和ＳＯＰ及机器运行和维护ＳＯＰ，具有严格的室内质控措施；定期参加室间质评以及有持续的质量保证和改进计划㊂二㊁ＮＧＳ分析样本㊁基因ｐａｎｅｌ和转运要求ＮＧＳ分析样本类型可采用ＦＦＰＥ组织㊁新鲜组织㊁各种体液及其上清液㊁体液离心细胞蜡块和血浆／血液标本等㊂对于肿瘤体细胞变异初次ＮＧＳ检测应首选经病理评估的组织样本，在此数据基础上的再次检测可选取液体样本动态监测㊂ＮＧＳ检测前需通过病理诊断明确其肿瘤的性质及含量，根据不同肿瘤类型选择合适的基因ｐａｎｅｌ测序［８⁃１１］㊂不同疾病的基因ｐａｎｅｌ列表，必须由临床与检测机构的专家共同决定，在满足临床需求的同时达到最优化的实验设计㊂未经病理评估的基因检测结果不可单独用于分子病理临床诊断目的㊂样本质量对检测结果和分析至关重要，病理医师需要对可评估的样本进一步明确病理诊断，并评价标本有无出血㊁坏死和不利于核酸检测的前处理（例如含ＨＣｌ脱钙液处理），病变细胞（如肿瘤细胞）的总量和比例，避免假阴性㊂组织标本中肿瘤细胞含量建议达到２０％以上，低于此标准可富集后检测［１２］㊂ＮＧＳ检测实验室应对不同类型的样本有采集及处理ＳＯＰ指导㊂对于不同的样本（ＦＦＰＥ组织㊁体液㊁血液等）实验室应有不同的样本运送ＳＯＰ，物流环节（含冷链运输）应有相关运送记录，确保样本运送安全㊁无污染㊁无降解㊂三㊁ＮＧＳ检测流程中的质量标准１．核酸提取及其质量分析：提取的核酸质量是ＮＧＳ检测成功的关键因素，在制备文库前应采用多种方法对核酸质量评估，包括纯度㊁浓度和完整性分析㊂需要根据不同的样本类型制定相应的ＳＯＰ用以鉴定核酸的纯度㊁浓度㊁完整性或降解程度等㊂对应明确接受和拒绝的标准㊂２．文库制备及其质量分析：文库制备方法主要有杂交捕获和扩增子建库，无论采用何种方法制备文库和平台检测，都应对检测基因㊁区域或突变热点进行描述，并建立实验室检测ＳＯＰ㊂建立好文库后上机测序前需对文库进行质量分析㊂每个检测项目应设定其文库质量的要求，明确接受或拒绝的标准㊂３．ＮＧＳ测序仪上机检测及其质量分析：测序主要有检测氢离子释放和荧光信号两大技术平台㊂测序时根据检测样本量和质量要求确定适当的芯片，以保证测序质量和靶区覆盖深度㊂录入样本编号㊁检测内容㊁设定参数等信息，按仪器操作流程进行测序㊂产生的测序数据质量参数要求详见后文㊂４．ＮＧＳ检测中的样本追踪及对照设置：（１）样本追踪：为确保检测过程中样本没有混淆或污染，可选用多个ＳＮＶ位点或其他标签作为样本身份标识（ｓａｍｐｌｅＩＤ），在检测前对每个样本进行ＳＮＶ位点信息的测定，在ＮＧＳ检测后对上述位点进行追踪，证明没有交叉污染㊂（２）阳性对照：应用组合型质控材料，可采用已知突变信息的混合样本，以模拟样本的复杂性㊂实验时同时检测，以确保其检出能力㊂（３）阴性对照：用无核酸或明确无突变的样本作为模板同时进行检测，以确保检测过程中没有污染或非特异性㊂（４）应对方案和替代方法：各个质量控制步骤中如出现异常或失败，实验室应有应对措施或备选方案；对于测序结果质量差或有问题的区域应建立替代方法（如Ｓａｎｇｅｒ测序）㊂四㊁生物信息分析ＮＧＳ数据的生物信息分析可分为两个主要步骤：一是对测序数据进行质控分析及过滤㊂二是对通过质控的序列进行变异位点鉴定分析并注释㊂所用各种生物信息分析软件，都要通过适量标准品测序数据进行验证，证明所用软件及参数可达到临床报告的要求㊂１．ＮＧＳ生物信息分析流程标准：（１）质控分析：为保证分析结果的可靠性，需要对原始的测序数据进行质量控制与过滤㊂测序数据的质量控制主要包含４个方面：质量评估㊁去接头序列㊁去低质量序列㊁去重复序列㊂（２）序列比对：将通过质控后每一条ｒｅａｄ与参考基因组进行比对，回贴到基因组上最佳位置㊂（３）变异鉴定：对每个位点进行变异鉴定㊂在肿瘤ｐａｎｅｌ测序中，主要检测ＳＮＶ和Ｉｎｄｅｌ两种突变类型，参数调整后可分析ＣＮＶ㊂部分ｐａｎｅｌ的设计还可以鉴定染色体易位㊂对于肿瘤ｐａｎｅｌ基因测序数据，鉴定后的变异位点都需要进行该位点可视化查看和确认，如ＴｈｅＩｎｔｅｇｒａｔｉｖｅＧｅｎｏｍｉｃｓＶｉｅｗｅｒ（ＩＧＶ）㊂（４）变异注释：基于通用数据库，对突变基万方数据因位点进行功能注释，详见下文㊂２．ＮＧＳ生物信息分析流程质量管理：实验室应建立生物信息学程序（Ｐｉｐｅｌｉｎｅ）的书面质量管理计划文件㊂必须包含每次运行时监测和评估运行性能的指标和质控参数，以及定期（例如每月㊁每季度）监测的指标和质控参数㊂指标和质控参数可包括但不限于标准品的突变类型及百分比㊂生物信息分析流程建立后，需要采用已知变异类型和变异频率的标准品进行验证，验证其特异度和灵敏度是否达到实验室要求㊂验证结果签名留底备案㊂（１）ＮＧＳ数据存储：实验室需要在生物信息分析过程中对原始数据及最后的结果数据进行标准化存储，并要保存相应的年限以备检查㊂（２）版本可追溯性：每份病例数据分析报告中，生物信息数据分析流程所涉及软件㊁算法㊁参数及数据库的版本必须可溯源㊂（３）异常记录：实验室需要建立一个异常记录文档，用来记录偏离ＮＧＳ生物信息分析标准分析流程的检测㊂３．ＮＧＳ生物信息分析质量指标：原始文件及比对结果文件的质量指标见表１㊂表１原始文件及比对结果文件的质量指标含义参数指标含义单碱基质量评估ｒｅａｄ中每个碱基的质量分数碱基质量中位数每条ｒｅａｄ末端碱基质量明显下降，碱基质量中位数是衡量这段ｒｅａｄ的重要指标重复ｒｅａｄ的百分比重复ｒｅａｄ的百分比是文库复杂度的指示值包含接头序列的ｒｅａｄ数量包含接头序列的ｒｅａｄ总数回贴ｒｅａｄ的百分比回贴到参考基因的ｒｅａｄ百分比目标区域ｒｅａｄ百分比回贴到目标区域的ｒｅａｄ百分比目标区域的平均深度目标区域的平均测序深度目标区域测序均一度目标区域被覆盖到的一致性４．ＮＧＳ数据存储格式标准：为了规范和管理各类数据，各个实验室需按照编号进行数据管理，所有数据按照国际标准格式进行存储㊂必须建立本地变异数据库（用于检验变异真实性）㊂５．ＮＧＳ数据存储传输及共享安全标准：实验室需要制定规章制度以确认测序数据在内部㊁外部存储及传输过程中的安全性和机密性㊂正常人群的变异数据应该共享㊂五㊁ＮＧＳ结果解释及报告１．ＮＧＳ临床报告包含内容：基于高通量测序技术，临床实验室比较容易获取更高通量的临床样本检测数据，不可避免会检测到意义未知的变异位点，在实际工作中会有一定的不确定性㊂但ＮＧＳ的检测报告建议体现以下内容：（１）检测名称，如ＸＸＸ基因变异检测报告㊂（２）患者基本信息：姓名，年龄，性别，住院号，送样医院科室及医师等㊂（３）样本信息：病理号，取材部位，样本类型（ＦＦＰＥ组织㊁新鲜组织㊁血液等）㊁送检日期㊁报告日期等㊂（４）病理信息：肿瘤组织类型㊁位置㊁ＴＮＭ分期㊁细胞含量㊁肿瘤细胞比例㊁特殊说明（出血㊁坏死㊁酸脱钙处理等）㊂（５）检测技术：包含所用基因ｐａｎｅｌ㊁检测平台名称，分析软件版本号等㊂（６）结果列表应包含：基因名称㊁变异在染色体位置㊁变异频率㊁ｃＤＮＡ的Ｇｅｎｂａｎｋ号（ＮＭ开头）及符合人类基因组变异协会（ＨｕｍａｎＧｅｎｏｍｅＶａｒｉａｔｉｏｎＳｏｃｉｅｔｙ，ＨＧＶＳ）书写规范的突变类型㊁编码蛋白Ｇｅｎｂａｎｋ号（ＮＰ开头）及突变类型㊁杂合／纯合状态等㊂（７）临床意义解读和批注：体细胞突变，报告各个肿瘤检测到的变异位点及临床意义㊂胚系突变，对于检测到的变异位点的致病性予以相应的临床解释㊂临床意义解读要客观平实的描述，对于疾病相关性只描述既往研究中的疗效或预测，不能出现使用何种治疗手段或策略的语言㊂（８）若检测失败，应阐述失败原因㊂（９）最终报告应由检测者㊁报告医师或指定审核人联合签发㊂２．基因变异的命名：在描述所检测出的基因变异时要遵循一定的原则和规范，推荐使用人类基因组变异协会命名指南（ｗｗｗ.ｈｇｖｓ.ｏｒｇ）㊂对于遗传病相关基因变异命名，推荐美国医学遗传学学院（ＡｍｅｒｉｃａｎＣｏｌｌｅｇｅｏｆＭｅｄｉｃａｌＧｅｎｅｔｉｃｓａｎｄＧｅｎｏｍｉｃｓ；ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ.ａｃｍｇ.ｎｅｔ）的遗传疾病变异分类指导的命名㊁遗传背景说明以及权威文献说明㊂３．临床意义的解读和批注：对于肿瘤体细胞突变，根据突变的类型和已有的报道及指南，基因变异提倡分级的处理方式㊂Ａ级：美国食品药品管理局（ＦＤＡ）或ＣＦＤＡ批准的用药治疗靶点；写入中外诊疗指南有明确诊断／治疗／预后意义的变异㊂在报告中注释该变异位点的临床诊断／治疗／预后意义的权威指南来源㊂Ｂ级：尚未进入诊疗指南，但已经写入该领域的专家共识的变异位点㊂注释时要批注研究报道及专家共识的来源，明确其药物及其临床意义㊁正在开展万方数据的状态等信息㊂Ｃ级：ＦＤＡ或ＣＦＤＡ批准用于其他肿瘤可预测疗效的基因变异，或者正在进行中的临床试验变异位点㊂注释时要批注用于其他肿瘤的权威指南，研究文献及临床试验正在开展的状态等信息㊂Ｄ级：处于学术争议或临床意义不明确的基因变异㊂同一实验室应该有统一的政策用来应对检测过程中出现的临床意义不明变异情况［４］㊂对于以上几种情况在报告的时候注意客观平实地描述检测的结果，在病理报告中不能出现建议使用何种治疗手段或策略的语言㊂对于胚系突变（ｇｅｒｍｌｉｎｅｍｕｔａｔｉｏｎ）检测，除了中外诊疗指南及重要参考文献以外，推荐两个数据库：ＯｎｌｉｎｅＭｅｎｄｅｌｉａｎＩｎｈｅｒｉｔａｎｃｅｉｎＭａｎ（ｈｔｔｐ：／／ｏｍｉｍ.ｏｒｇ／）和美国医学遗传学学院（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ.ａｃｍｇ.ｎｅｔ）的遗传疾病变异分类指导注释临床意义，并附上数据库和参考文献内容㊂遗传注释还可以参考各亚专科的专业数据库进行注释（比如乳腺癌ＢＲＣＡ１／２基因等）㊂４．意义不明位点的处理：由于通量的增加和人种差异，临床肿瘤样本可能发现新的变异位点㊂实验室必须制定相关政策方案用来应对检测过程中出现的临床意义不明变异情况㊂政策可以是一发现变异就报告，但附上说明和意义㊂也可以是不报告这些发现或只报告小部分变异结果，并附上说明和参考文献及数据库㊂但是在报告的备注里一定要声明本实验室的报告规则㊂５．知情同意：建议提供患者手写或在线版的知情书㊂编写组成员（按单位名称汉语拼音字母顺序排列）：北京大学医学部病理学系（张波）；北京医院病理科（王征）；成都军区昆明总医院病理科（杨举伦）；第三军医大学大坪医院病理科（肖华亮）；第三军医大学西南医院病理科（阎晓初）；第四军医大学西京医院病理科（王哲㊁叶菁）；福建省肿瘤医院病理科（陈刚）；复旦大学附属妇产科医院病理科（赵晨燕）；复旦大学附属中山医院病理科（侯英勇）；复旦大学附属肿瘤医院病理科（周晓燕）；复旦大学医学院病理学系（朱虹光）；广东省人民医院病理医学部（刘艳辉）；哈尔滨医科大学附属第一医院病理科（吴鹤）；河南省肿瘤医院病理科（马杰）；华中科技大学同济医学院病理科（段亚琦）；吉林大学第二医院病理科（孙平丽）；江苏省人民医院病理科（张智弘）；解放军总医院病理科（石怀银）；南方医科大学南方医院病理科（梁莉）；南京军区南京总医院病理科（饶秋㊁周晓军）；山东省肿瘤医院病理科（穆殿斌）；山西省肿瘤医院病理科（郗彦凤）；上海交通大学附属胸科医院病理科（张杰）；上海交通大学医学院附属新华医院病理科（王立峰）；上海市肺科医院病理科（武春燕）；首都医科大学宣武医院病理科（滕梁红）；四川大学华西医院病理科／研究室（步宏㊁刘卫平㊁叶丰）；天津医科大学病理学教研室（张丹芳）；西安交通大学附属第一医院病理科（张冠军）；浙江大学医学院病理学系（毛峥嵘）；浙江大学医学院附属第一医院病理科（丁伟）；浙江大学医学院附属邵逸夫医院病理科（许颂霄）；浙江省肿瘤医院病理科（孙文勇）；郑州大学第一附属医院病理科（姜国忠）；中国科学院计算技术研究所（赵屹）；中国医科大学附属第一医院病理科（邱雪杉）；中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院病理科（梁智勇㊁吴焕文）；中国医学科学院肿瘤医院病理科（应建明）；中南大学医学院湘雅医院病理科（周建华）；中山大学附属第一医院病理科（王连唐）；中山大学附属肿瘤医院分子病理室（邵建永）；中山大学肿瘤防治中心科研部（左志向）参考文献［１］ＭａｔｔｈｉｊｓＧ，ＳｏｕｃｈｅＥ，ＡｌｄｅｒｓＭ，ｅｔａｌ．Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓｆｏｒｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｎｅｘｔ⁃ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ［Ｊ］．ＥｕｒＪＨｕｍＧｅｎｅｔ，２０１６，２４（１）：２⁃５．ＤＯＩ：１０．１０３８／ｅｊｈｇ．２０１５．２２６．［２］ＲｅｈｍＨＬ，ＢａｌｅＳＪ，Ｂａｙｒａｋ⁃ＴｏｙｄｅｍｉｒＰ，ｅｔａｌ．ＡＣＭＧｃｌｉｎｉｃａｌｌａｂｏｒａｔｏｒｙｓｔａｎｄａｒｄｓｆｏｒｎｅｘｔ⁃ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ［Ｊ］．ＧｅｎｅｔＭｅｄ，２０１３，１５（９）：７３３⁃７４７．ＤＯＩ：１０．１０３８／ｇｉｍ．２０１３．９２．［３］ＤｉｅｎｓｔｍａｎｎＲ，ＤｏｎｇＦ，ＢｏｒｇｅｒＤ，ｅｔａｌ．Ｓｔａｎｄａｒｄｉｚｅｄｄｅｃｉｓｉｏｎｓｕｐｐｏｒｔｉｎｎｅｘｔｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｒｅｐｏｒｔｓｏｆｓｏｍａｔｉｃｃａｎｃｅｒｖａｒｉａｎｔｓ［Ｊ］．ＭｏｌＯｎｃｏｌ，２０１４，８（５）：８５９⁃８７３．ＤＯＩ：１０．１０１６／ｊ．ｍｏｌｏｎｃ．２０１４．０３．０２１．［４］ＬｉＭＭ，ＤａｔｔｏＭ，ＤｕｎｃａｖａｇｅＥＪ，ｅｔａｌ．Ｓｔａｎｄａｒｄｓａｎｄｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓｆｏｒｔｈｅｉｎｔｅｒｐｒｅｔａｔｉｏｎａｎｄｒｅｐｏｒｔｉｎｇｏｆｓｅｑｕｅｎｃｅｖａｒｉａｎｔｓｉｎｃａｎｃｅｒ：ａｊｏｉｎｔｃｏｎｓｅｎｓｕｓｒｅｃｏｍｍｅｎｄａｔｉｏｎｏｆｔｈｅａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｆｏｒｍｏｌｅｃｕｌａｒｐａｔｈｏｌｏｇｙ，ＡｍｅｒｉｃａｎＳｏｃｉｅｔｙｏｆＣｌｉｎｉｃａｌＯｎｃｏｌｏｇｙ，ａｎｄＣｏｌｌｅｇｅｏｆＡｍｅｒｉｃａｎＰａｔｈｏｌｏｇｉｓｔｓ［Ｊ］．ＪＭｏｌＤｉａｇｎ，２０１７，１９（１）：４⁃２３．ＤＯＩ：１０．１０１６／ｊ．ｊｍｏｌｄｘ．２０１６．１０．００２．［５］中华医学会病理学分会，中国医师协会病理科医师分会，中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会，等．分子病理诊断实验室建设指南（试行）［Ｊ］．中华病理学杂志，２０１５，４４（６）：３６９⁃３７１．ＤＯＩ：１０．３７６０／ｃｍａ．ｊ．ｉｓｓｎ．０５２９⁃５８０７．２０１５．０６．００１．［６］中华人民共和国卫生部．医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法［Ｓ］．２０１０⁃１２⁃０６．［７］中华人民共和国卫生部．肿瘤个体化治疗检测技术指南（试行）［Ｓ］．２０１５⁃７⁃３１．［８］ＢｅｎｓｏｎＡＢ３ｒｄ，ＶｅｎｏｏｋＡＰ，Ｂｅｋａｉｉ⁃ＳａａｂＴ，ｅｔａｌ．Ｒｅｃｔａｌｃａｎｃｅｒ，ｖｅｒｓｉｏｎ２．２０１５［Ｊ］．ＪＮａｔｌＣｏｍｐｒＣａｎｃＮｅｔｗ，２０１５，１３（６）：７１９⁃７２８．［９］ＢｅｎｓｏｎＡＢ３ｒｄ，ＤᶄＡｎｇｅｌｉｃａＭＩ，ＡｂｒａｍｓＴＡ，ｅｔａｌ．Ｈｅｐａｔｏｂｉｌｉａｒｙｃａｎｃｅｒｓ，ｖｅｒｓｉｏｎ２．２０１４［Ｊ］．ＪＮａｔｌＣｏｍｐｒＣａｎｃＮｅｔｗ，２０１４，１２（８）：１１５２⁃１１８２．［１０］ＡｊａｎｉＪＡ，ＤᶄＡｍｉｃｏＴＡ，ＡｌｍｈａｎｎａＫ，ｅｔａｌ．Ｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒ，ｖｅｒｓｉｏｎ３．２０１６，ＮＣＣＮｃｌｉｎｉｃａｌｐｒａｃｔｉｃｅｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓｉｎｏｎｃｏｌｏｇｙ［Ｊ］．ＪＮａｔｌＣｏｍｐｒＣａｎｃＮｅｔｗ，２０１６，１４（１０）：１２８６⁃１３１２．［１１］ＢｅｎｓｏｎＡＢ３ｒｄ，ＶｅｎｏｏｋＡＰ，Ｂｅｋａｉｉ⁃ＳａａｂＴ，ｅｔａｌ．Ｃｏｌｏｎｃａｎｃｅｒ，ｖｅｒｓｉｏｎ３．２０１４［Ｊ］．ＪＮａｔｌＣｏｍｐｒＣａｎｃＮｅｔｗ，２０１４，１２（７）：１０２８⁃１０５９．［１２］ＦｒａｍｐｔｏｎＧＭ，ＦｉｃｈｔｅｎｈｏｌｔｚＡ，ＯｔｔｏＧＡ，ｅｔａｌ．ＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｎｄｖａｌｉｄａｔｉｏｎｏｆａｃｌｉｎｉｃａｌｃａｎｃｅｒｇｅｎｏｍｉｃｐｒｏｆｉｌｉｎｇｔｅｓｔｂａｓｅｄｏｎｍａｓｓｉｖｅｌｙｐａｒａｌｌｅｌＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ［Ｊ］．ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２０１３，３１（１１）：１０２３⁃１０３１．ＤＯＩ：１０．１０３８／ｎｂｔ．２６９６．（收稿日期：２０１６⁃１０⁃２０）（本文编辑：常秀青）万方数据。