放线菌的分类法-07级1生技1班侯昆鹏0701024111
微生物,放线菌分类
3 基于核酸结构的分析
(1) 16S rRNA / rDNA基因序列的分析
该技术目前在放线菌分类中常被用于放线菌种属的 初步鉴定, 但是值得注意的是仅根据该指标并不能 确定菌株的种属, 必须结合其他的分类指标。
(2)16S-23S rRNA 转录间区序列的分析
16S-23S rRNA转录间区序列( 16S-23S rRNA）的进 化速率比16S rRNA大10倍, 其序列大小比16S r RNA更具直接测序优势, 可鉴别防线菌属与种。但 是16S-23S rRNA的不同拷贝之间大小比较相近且不 易区分。
经典分类学：按微生物 表型特征分类
表型特征：形态学、生理生化学、生 态学等，推断微生物的系统发育。 表型特征结合分子水平上的基因型特 征（如16S rRNA)，探讨微生物进化地 位、系统发育关系并进行分类鉴定。
微生物系统学： 按亲缘关系和进 化规律分类
★微生物分类学的三个任务：分类、鉴定及命名 ☆分类是根据微生物的相似性和亲缘关系，将微生物归入不同的分类类群。 ☆鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的哪个分类类群的过程。 ☆命名是根据国际命名法规给每一微生物类群及种类以科学的名称。
5 多相分类系统
由于微生物生理生化学的迅速发展，加速了这趋势 并逐渐打破了原来经典的描述分类，建立了如数值 分类、化学分类、分子分类以至于现在的多相分类 新的标准，大大推进了分类学的发展。多相分类是 将表型、基因型以及系统进化分析数据综合起来作 为分类和进化分析的依据。
3 放线菌的应用
在植物病害防治中的应用 放线菌是人们最早应用到生产中的生防微生 物，但是已投入使用的微生物源杀虫活性物质中 多数是来自真菌，有部分来自细菌如昆虫的病原 菌苏云金杆菌，放线菌来源的较少，从放线菌中 发现的活性物质中，80%是来自链霉菌属。
放线菌
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什么是放线菌
什么是放线菌引言放线菌（Actinobacteria）是一类广泛存在于自然环境中的细菌，也是一类非常重要的微生物资源。
它们具有丰富的代谢能力和生物活性产物，对于农业、药物开发、环境保护等领域具有重要的应用价值。
放线菌的研究和应用已经成为微生物学和生物技术领域的热点之一。
本文将从分类特征、生物特性、应用领域等方面对放线菌进行详细介绍。
一、分类特征1. 形态特征放线菌是革兰氏阳性细菌，其细胞多为直杆状，长为0.2-2.0μm，直径为0.5-1.0μm。
有的放线菌细胞会形成分枝或丝状结构，使得其菌落呈现放射状生长。
2. 细胞壁特征放线菌的细胞壁主要由多肽聚糖组成，其中N-乙酰葡萄醣胺和N-乙酰半乳葡萄糖胺是其特征性成分。
这些特殊的细胞壁结构使得放线菌对抗生物膜、抗药物和耐酸碱有一定的能力。
3. 分类系统放线菌属于细菌界放线菌纲（Actinobacteria），目前已知的放线菌约有50个属。
根据形态特征、生理和生态习性等分类指标，放线菌可以进一步分为不同的科、属和种。
二、生物特性1. 生长环境放线菌广泛存在于土壤、水体和植物表面等自然环境中。
它们对土壤质地、pH值、湿度和养分含量等因素有一定的适应性，因此在地球生态系统中分布十分广泛。
2. 代谢能力放线菌具有丰富的代谢能力，可以利用多种有机物和无机物作为碳源、氮源和能源。
许多放线菌具有优良的降解能力，能够降解有机污染物和农药，对环境保护具有重要的意义。
3. 生物活性产物放线菌是许多重要天然产物的产生者，其中包括抗生素、抗肿瘤活性物质、抗氧化物质等。
这些生物活性产物对细菌、真菌和肿瘤细胞等具有显著的抑制或杀灭作用，对人类的健康和医疗具有重要意义。
三、应用领域1. 农业应用放线菌具有优良的土壤分解和降解能力，可以降解农药残留、处理农业废弃物等。
此外，放线菌还能够产生一些具有生物肥料作用的物质，可以促进植物的生长和发育。
2. 药物开发放线菌是抗生素的重要来源之一，许多著名的抗生素如链霉素、土霉素等都是由放线菌产生的。
放线菌ppt课件
33
2、 诺卡氏菌属（Nocardia）
又称原放线菌属（Proactinomyces) 形态： 只有营养菌丝 无气生菌丝 以横隔分裂方式形成孢子 能生产的抗生素： 利福霉素 春日霉素 地中海诺卡氏菌 星状诺卡菌
34
3、 小单孢菌属（Micromonospora)
形态：无横隔膜，不断裂
有营养菌丝，无气生菌丝
交织成团
大量菌丝
菌丝体
9
菌丝
基内菌丝 气生菌丝 孢子菌丝
10
孢子丝
气生菌丝 菌 丝
基质菌丝 放线菌的形态结构（模式图）
11
基内 菌丝
又称营养菌丝，功能是吸收营养
Cncnc-micro
12
气生菌丝
气生菌丝（Aerial mycelium) 基内菌丝长到一定时期，长出 培养基外，伸向空间的菌丝。
55
其它类型的原核微生物
56
螺旋体 支原体 衣原体
立克次体
57
螺旋体
原核单细胞型微生物 形态：细长、波状或螺旋状。柔软、无 鞭毛能运动。 结构：具有细菌的基本结构，革兰氏染 色呈阴性。 繁殖方式：二分裂法 对常用抗生素（青霉素、四环素等）敏 感。
58
螺旋体
抵抗力：耐冷不耐热，56℃，30分钟死亡；
23
四、放线菌的繁殖与生活周期
孢子进行 菌丝断裂
繁殖方式
无性繁殖
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菌丝断裂：
菌丝断裂成片断 每 新的菌体
一段片断
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生活史：
基内菌丝 萌发 气生菌丝 孢子丝 孢子
条件适宜
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放线菌的生活史
孢子丝分化形成的孢子
《放线菌分类》课件
表面，主要功能为吸收营养物。 · 显微镜下，基内菌丝比气生菌丝细，多分枝，透明，颜色较浅。直径一般
为0.4-1.2微米，大多数类群不形成横隔也不断裂。少数类群(如诺卡氏菌) 基内菌丝剧烈弯曲成树根状，生长到一定阶段形成横隔，并断裂成不同形
· 5、放线菌次生代谢药物的设计和改造
三、放 线 菌 生 物 技 术 的 发 展
2023/10/14
· (一)分离培养和纯化技术 · 近年来，国内外科学家正在开展一种从自然生态环境中选择性分离放线
菌的分离技术。 · 非链霉菌或稀有放线菌作为新的生理活性物质的重要来源成为关注的热
点。
· Colwell 实验室在1982年提出活的但不可培养微生物的概念，他们发现 将霍乱弧菌和大肠埃希菌(简称大肠杆菌)转到不含营养物质的盐水中， 经常长时间的低温保存，细菌会进入一种数量不减、有代谢活力、但在 正常试验室培养条件下不能生长产生菌落的状态，称为活的但不能培养 (viable but nonculturable, VBNC)
现在
· 一、 国外概况
· 1、历史及著名研究单位 · 最早描述放线菌的学者——Cohn, 他自人泪腺感染病灶中分离到一株丝状病
原菌——链丝菌。而后Harz建立了放线菌属。 · 美国新泽西农业试验站， Rutgers大学微生物研究所 · 1942年发现链霉素。 · 《放线菌的属和种分类鉴定和描述》,放线菌分类学开始形成。 · 整个70年代是放线菌化学分类时代 · 构建放线菌系统发育树，进入分子分类时代
放线菌分类
第一部分总论
2023/10/11
第一节概论
· 一、放线菌在微生物系统学中的地位 · 19世纪前曾将放线菌归入真菌，后将其列于细菌中 · 克拉西里尼科夫首先将放线菌放在植物界，原生植物门，裂殖菌纲，后有人
放线菌分类特征及常见种类
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2.4 放线菌
放线菌在分类上地位上属于原核生物界、细菌门、真细菌纲、 放线菌亚纲，放线菌目。
放线菌的形态比细菌较复杂，但它仍属单细胞，革兰氏染色 阳性，繁殖方式为无性，菌丝断裂或孢子繁殖。它以菌落呈放 射状而得名。
2.4 .1 放线菌的分类依据
一、培养特征： 1、孢子丝与孢子的颜色； 2、气生菌丝的颜色； 3、基内菌的颜色； 4、可溶性色素的颜色；菌丝产生水溶液性或脂溶性色素。 二、形态特征： 1、基内菌丝生长特征；真径，分裂方式 2、生长菌丝生长特征：直径，有无。 3、孢子丝的形状：直形成、波曲状、螺旋形、轮生 4、孢子的形态：表面结构、颜色、鞭毛 三、生理生化特性：明胶液化、牛奶凝固与胨化、淀粉酶的活性、纤维 素酶活性、产生硫化氢、对各种碳水合物的利用情况 四、噬菌体和血清反应： 五、细胞壁化学组分：二庚基庚二酸和其它氨基酸，以及特征性糖。
二、诺卡氏菌属（Norcardia ) 形态特征：基内菌丝较链霉菌纤细，0.2-0.6μm，有横隔裂断，一般 无气生菌丝，基丝培养十几个小时形成横隔，并断裂成杆状或球状 孢子。菌落很小，产生多种颜色。主要分布于土壤中。能同化多种 碳水化合物和脂肪，许多种能利用石蜡、烃和纤维素等，多数好氧 腐生，少数厌氧寄生。
已知诺卡氏菌产生30多种抗生素，如治疗结核病和麻疯病有显 效的利福霉素，对细菌白叶枯病有抑制作用的蚁霉素，此外，在石 油脱蜡、烃类发酵以及含睛污水处理中都有所应用。 该属代表种：地中海诺卡氏菌（利福霉素）
诺卡氏菌
三、小单孢菌属（Micromonospora ) 形态特征：基内菌丝无横隔不断裂，0.3-0.6μm，无气生菌丝， 孢子着生在短孢子梗上或直接从基丝上产生，孢子单生，球形 或椭圆形。
《放线菌分类》课件
优缺点
分子生物学分类是目前最常用的 分类方法，但需要一定的基因测 序技术和专业知识，成本较高。
数值分类
总结词
基于放线菌的全细胞蛋白质电泳 图谱进行分类。
详细描述
数值分类通过分析放线菌的全细胞 蛋白质电泳图谱进行分类，能够反 映放线菌的整体蛋白质表达水平。
优缺点
数值分类具有较高的分辨率和准确 性，但需要特定的仪器设备和复杂 的图谱分析技术。
《放线菌分类》ppt课件
CONTENTS
• 放线菌分类概述 • 放线菌的分类方法 • 放线菌的主要属与种 • 放线菌的应用与价值 • 展望与未来研究方向
01
放线菌分类概述
放线菌的定义与特点
放线菌是一类具有分支状 菌丝的革兰氏阳性细菌， 通常在固体培养基上形成 辐射状菌落。
放线菌具有高度多样性， 在土壤、水和空气中广泛 分布，是抗生素等生物活 性物质的重要来源。
详细描述
化学分类通过分析放线菌的脂肪酸、醌类化合物、氨基酸等化学成 分进行分类，能够反映放线菌的生化特征。
优缺点
化学分类可以弥补形态学分类的不足，但需要特定的仪器设备和化 学试剂，成本较高。
分子生物学分类
总结词
基于放线菌的基因组序列进行分 类。
详细描述
分子生物学分类通过比较放线菌 的16S rRNA基因或其他基因序列 进行分类，具有较高的分辨率和 准确性。
03
放线菌的主要属与种
链霉菌属
01
链霉菌属是放线菌中最大的一类 ，包括了超过1800种不同的种。
它们广泛分布于土壤、空气、水 体等环境中，具有丰富的生态多 样性。
03
链霉菌属的菌落形态多样，颜色 各异，有的呈白色、黄色、橙色 或黑色。
药学微生物教案 放线菌各论
一、课程简介本章节主要介绍放线菌的分类、形态特征、生活习性和在药学领域的应用。
通过本章的学习，使学生掌握放线菌的基本概念，了解放线菌的分类系统，认识放线菌的形态特征，掌握放线菌的生活习性及在药学微生物中的应用。
二、教学目标1. 了解放线菌的分类和形态特征。
2. 掌握放线菌的生活习性及在药学领域的应用。
3. 培养学生的观察能力、实验操作能力和分析问题的能力。
三、教学内容1. 放线菌的分类1.1 放线菌的分类系统1.2 放线菌的属、种及其特征2. 放线菌的形态特征2.1 菌丝体的结构2.2 孢子的形态和结构2.3 放线菌的色素3. 放线菌的生活习性3.1 放线菌的生长条件3.2 放线菌的生态分布3.3 放线菌的繁殖方式4. 放线菌在药学领域的应用4.1 放线菌与抗生素的发现4.2 放线菌在其他药物研发中的应用4.3 放线菌在药品生产中的意义四、教学方法1. 采用多媒体课件进行讲解，结合实物图片和模型，使学生直观地了解放线菌的形态特征和生活习性。
2. 通过实验操作，让学生亲身体验放线菌的培养和观察。
3. 组织学生进行小组讨论，分析放线菌在药学领域的应用及其意义。
五、教学评价1. 课堂讲解环节：学生参与度、提问回答情况。
3. 小组讨论环节：学生的发言积极性、讨论深度。
六、教学资源1. 多媒体课件。
2. 放线菌实物模型和图片。
3. 实验器材和试剂。
4. 相关文献和研究报告。
七、教学建议1. 建议在讲解放线菌分类时，结合具体实例进行讲解，以便学生更好地理解和记忆。
2. 在实验操作环节，注意引导学生观察放线菌的形态特征，培养学生的观察能力。
3. 在小组讨论环节，鼓励学生提出自己的观点，培养学生的分析问题和解决问题的能力。
八、教学反思本章节内容较为抽象，需要通过实物和实验让学生更好地理解和掌握。
在教学过程中，要注重启发式教学，引导学生主动探索和思考。
要加强课堂互动，提高学生的学习兴趣和参与度。
九、课后作业1. 复习本章内容，总结放线菌的分类、形态特征和生活习性。
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微生物分类学结课论专业：生物技术班级：07级1班姓名：侯昆鹏学号：0701024111指导老师：卢显芝2010-6-16放线菌的分类法摘要：放线菌分类的研究子发现以来先后发展出了经典分类法、化学分类、分子分类、多相分类多种分类方法。
本文综述了放线菌分类研究方法的进展以及发展趋势，并得出了一个反映生物界亲缘关系本来面目的放线菌分类系统将会在分类学家的辛勤劳动中逐步加以完善的结论。
关键词：放线菌分类方法分类标准与古老的细菌学和真菌学相比，放线菌学还是一门较年轻的学科，这是因为从世界上第一株放线菌被发现起至今，仅百余年的时间。
但由于放线菌所特有的重要意义和巨大的经济价值，从本世纪20年代起，该学科即获得了长足的发展，尤其是放线菌的分类学在其资源开发研究的带动下，不断向纵深发展，取得了一系列令世人瞩目的成绩。
放线菌最早由Cohn自人泪腺感染病灶中分离到1株丝状病原菌——链丝菌而发现的．由于大多数放线菌具有发育良好的菌丝体，19世纪前人们曾将其归入真菌中．随着科学的发展和新技术的应用，人们对微生物的认识逐渐深入，才将放线菌列于细菌中．S.A.Waksman的放线菌分类系统将放线菌目下分7个科：分枝杆菌科、放线菌科、嗜皮菌科、游动放线菌科、小单孢菌科、链霉菌科和卡氏菌科．早期的放线菌分类系统是以形态性状作为主要分类标准，在以后的放线菌分类中，除根据形态和培养性状外，还增加了化学组分、核酸本质、碱基比例、核酸杂交、辐射光线反应等．1 放线菌分类学研究的发展自从1943年Waksman第一次从链霉菌中发现链霉素以后，又相继从链霉菌中找出土霉素、金霉素、氯霉素、红霉素等有显著医疗价值的抗生素，从此筛选新抗生素的工作大量展开。
实践证明，放线菌类，特别是其中的链霉菌，是产生抗生素种类最多的微生物。
放线菌分类学伴随着抗生素事业的发展蓬勃发展起来，到现在已发现80多个属，仅链霉菌一属就有1000多个种和变种。
近年来，由于微生物生理生化学的迅速发展，特别是分子生物学的渗透，微生物分类学出现由描述科学向实验科学转化的强烈趋势，而现代技术，如电子显微技术、生化技术、分子生物学技术和电子计算机在放线菌分类上的应用，加速了这一趋势并逐渐打破了原来经典的描述分类，建立了如化学分类，分子分类，多相分类等新的标准，大大推进了分类学的发展。
1.1 放线菌的经典分类传统分类也称描述分类，主要以形态特征、培养特征及生理生化特征等表观分类学指征，对放线菌分类单位进行的描述分类。
1961年S.A.Waksman和1970年N.A.Krasilnikov关于放线菌专著的问世以及1972《国际链霉菌计划》(ISP)中最后一批研究结果的发表，是以形态和培养特征为主，以生理生化为辅的放线菌经典分类达到了鼎盛时期的标志。
1.1.1形态特征主要包括基内菌丝体的发育程度，是否断裂，有无气生菌丝体和孢子、孢囊、菌核以及其它结构，此外还要说明孢子链、孢子、孢囊、孢囊孢子的形状、大小、数目等;各类繁殖小体是否有能游动的鞭毛以及鞭毛的位置。
1.1.2培养特征放线菌分类中基丝和生孢子气丝的颜色一向受到重视，中科院微生物所70年代初编著的《链霉菌鉴定手册》一书中主要就是根据这二者分群的。
60年代后期到70年代初发表的国际链霉菌计划(ISP)试验结果也是以生孢子气丝颜色为主，基丝和可溶色素的颜色为辅。
新增加的色素对酸碱度是否敏感的方法，极具鉴别价值。
1.1.3生化特征所测定的生化指标集中在几个酶的活性上，如明胶液化、牛奶凝固和胨化、淀粉水解、纤维素分解或在其上生长、硝酸盐还原等。
在链霉菌属各个种的鉴定中，对于其是否能够在有机培养基内产生黑色素越来越受重视。
国际链霉菌计划规定用胰胨酵母精培养液测定产生类黑色素的能力;用酪氨酸琼脂测定是否产生酪氨酸酶;用蛋白胨酵母精铁琼脂测定是否产生硫化氢，但这三者的反应时常并非总是一致的。
除此之外，对于各种碳源的利用则逐渐成为必不可少的测定项目。
1.1.4生态条件主要是好气与嫌气、腐生与寄生、中温与嗜热(少数嗜低温)以及对酸碱度(pH)的要求等。
绝大部分放线菌都是中温、好气、腐生的，其中几种链霉菌能够寄生在植物上。
而弗兰克氏菌必须与高等植物共生。
从白蚁肠道分离出来的嫌气的丙酸小单孢菌也可能是与昆虫共生的微生物。
1.2放线菌的化学分类大量研究证明，企图以形态学解释分类学中的问题已远远不够，这不仅是因为同一微生物的形态随培养条件的不同容易发生变化，而且外观相似的微生物其微观形态会有所不同，所以在未完全搞清楚其形态学的表现之前就不能完全根据形态去进行鉴定。
更重要的是，传统的分类不能完全揭示微生物之间的进化关系。
基于以上这些理由，放线菌的鉴定要使用除了形态以外的其他指标，这些指标包括生理学、细胞化学、免疫学和分子生物学的特征。
从本世纪60年代开始，Lechevalier等分类学家进行了化学分类学的研究，建立了一整套放线菌细胞组分的化学分析方法，从而逐步打破了传统的分类观念，奠定了化学分类的基础，使放线菌分类学的内容从表观水平，深入到细胞水平。
1.2.1细胞壁化学组分分类放线菌的细胞壁是由肽聚糖胞壁酸、多糖等高分子物质组成。
肽聚糖四肽链上第三位往往含特异氨基酸。
不同属种放线菌的肽聚糖中，这个位置的氨基酸种类各异。
Lechevalier等用纸层析方法分析了大量放线菌株的细胞壁化学组分，按所含氨基酸的种类分成9个型，按全细胞糖型分为4个型，这些已成为确定放线菌属必不可少的手段。
1.2.2磷酸类酯分类磷酸类酯是位于细菌、放线菌细胞膜上的极性类酯。
不同属的菌其磷酸类酯组分不同，它是鉴别属的重要依据之一。
分类上重要的磷酸类酯有:磷酯酰乙醇胺(PE)、磷酯酰甲基乙醇胺(PME)、磷酯酰胆碱(PC)、磷酯酰甘油(PG)及含有葡萄糖胺未知结构的磷酸类酯。
Lechevalier等分析了48个属典型的磷酸类酯，根据菌体中所含上述磷酸类酯组分的种类将放线菌分为5个类型。
这种方法对于明确一些菌的分类地位起了很好的作用，但也有些属的成员的磷酯型不一样，因此，也提出了新的问题。
1.2.3醌分类醌是细胞原生质膜上的组分，在电子传递和氧化磷酸化中起重要作用。
放线菌的醌有泛醌(辅酶Q)和甲基萘醌等。
甲基萘醌的侧链由不同长度的异戊烯基单位所构成，异戊烯基单位的长度及氢饱和度在不同的属中是不同的，因此，可以做为分类的特征之一。
1.2.4枝菌酸分类枝菌酸及其它酯类是细胞膜的重要组成部分。
Lechevalier等(1986)根据枝菌酸的有无将不含枝菌酸的诺卡氏菌从含有的诺卡氏菌里划分出来，并结合其它指标建立了无枝菌酸属和拟无枝酸菌属。
对于既含枝菌酸细胞壁又是IV型的诺卡氏菌、分枝杆菌以及非常接近细菌的棒杆菌，用枝菌酸分析方法可以明确地分开。
因此，枝菌酸的测定是研究诺卡氏形放线菌分类中必不可少的化学指标。
1.2.5脂肪酸分类脂肪酸常以脂的形式存在于磷酯脂蛋白、脂多糖、磷壁酸酯中，其中一些是细胞膜和细胞壁的组成部分。
放线菌的脂肪酸可分为6大类，它们的侧链长度在不同的菌中是不同的。
Lechevalier等根据侧链脂肪酸有无ANT/ISO系统与是否为17碳烷，把磷酸中的脂肪酸分为4个型。
各属放线菌脂肪酸的类型各不相同。
另一种脂肪酸分析的方法是气相色谱仪测定各种脂肪酸的百分含量，直接进行比较而不再将它们分型。
1.2.6化学分类系统存在的问题及其发展趋势从每种化学分类的鉴定内容看，都是由一组数据来决定属种的。
在数据之间，由于缺乏定量的相关关系，不同属的数据不能截然分开，从而造成了分类的混乱状态，给分类学者的实际应用造成了一定难度。
近年来，仪器分析的方法越来越多地应用于化学分类学研究，随之而来的是化学分类必然向着定量化方向发展。
同时，不同学科的相互渗透也会促使分类标准向着合理化的方向统一，从而形成公认的分类标准。
1.3放线菌的分子分类随着科学技术的进步,分子生物学技术在现代分类学中已占主导地位。
基因型(或遗传型)的方法主要是指有关细胞内核酸分子的分析方法。
由于核酸是贮存、传递遗传信息的物质基础,分析核酸的序列和结构的变化可直接揭示有机体之间的亲缘关系,建立以系统发育关系为基础的分类系统。
因此,这些方法已成为现代细菌分类的主导方法,常用于放线菌基因型分析的方法有以下几种:1.3.1DNA碱基分析DNA内G+C含量摩尔百分比在细菌分类中很重要，在放线菌中，由于百分数范围窄，各属重叠较多，通常只起辅助作用，有时也很有参考价值。
它的重要用途在于验证已有的分类关系是否正确，常常以GCmol%的显著差异来纠正错误的种属划分。
1.3.2DNA-DNA(rRNA)分子杂交技术研究表明:DNA-DNA(rRNA)分子杂交技术在种属水平上研究细菌、放线菌分类地位是一个强有力的手段，可以用来解决传统分类方法难以解决的问题。
DNA-DNA同源性可以揭示种间和种内的亲源关系，而DNA-rRNA杂交在属的水平上则会发挥更大的作用。
但是分子杂交技术必须以形态和分子分类特征的结果为基础，这样才有其针对性。
1.3.316SrRNA寡核苷酸编目分析16SrRNA寡核苷酸编目分析法应用于放线菌分类研究之后，给放线菌分类体系带来了深刻的变革。
通过对放线菌中不同菌种的寡核苷酸序列分析，它们之间的亲缘关系也日趋明朗，GCmol%含量在55%以上的革兰氏阳性菌还包括双歧杆菌属和丙酸杆菌属，这两属都是厌气菌，它们在放线菌的进化线上形成最早的分枝(SAB值分别为0.40和0.48)。
除了这两属之外，所有的放线菌可大致划分为5个分支。
第一个分枝包括节杆菌属的许多种以及下列各属:纤维单孢菌属、微球菌属、微杆菌属、短杆菌属和放线菌属;第二分枝以简单节杆菌为代表;第三分枝是棒状杆菌及其相近菌株;第四分枝包括分枝杆菌属、诺卡氏菌属以及下列一些属的代表种，这些属是红球菌属、缠绕棒杆菌和石灰壤诺卡氏菌、地嗜皮菌属、指孢囊菌属、小单孢菌属、小瓶菌属以及游动放线菌属等;第五分枝包括链霉菌属及其相近菌种。
上述这种进化关系，只是基于对部分代表菌株的寡核苷酸序列分析而得出的初步结论，许多放线菌的科属还没有包括进来。
因此还需要对更多的菌种进行分析。
从这五个分枝的划分来看，依靠形态和生理特征为指标的传统分类方法亟待改进。
根据近年来对放线菌的研究，放线菌的定义应该发生深刻变化，放线菌应是革兰氏阳性、GCmol%含量在55%以上的真细菌，它们应排除高温放线菌属而包括微球菌属以及棒状杆菌属、节杆菌属、纤维单孢菌属、微杆菌属和短杆菌属等。
1. 3. 4以DNA为基础的其它分类方法DNA限制性片段长度多态性分析是近几年发展起来的一种DNA分析技术。
依据所选用的基因序列种类和酶切方法的不同可分为扩增rDNA限制性酶切片段分析和扩增性片段长度多型性分析技术。