vasp并行总结 安装
vasp在intel单机上的并行安装
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通常来说就是 1，典型安装所有组件 接下来就是让同意一个协议，同意的话输入 accept（当然得同意，不 同意就装不了） 之后会出现让选择安装到哪个目录： Processing Intel(R) Fortran Compiler for applications running on
Please make your selection by entering an option from the choices below:
1. Provide the license file name with full path (/<path>/<name>.lic)
or the port and hostname of Flexlm* license server (port@hostname)
1. Provide your serial number [Recommended] Use this option if you have a serial number to install
and register your software. The Intel(R) Software Setup
进入
[david@localhost compiler]$ ls
l_fc_p_10.1.018 l_fc_p_10.1.018.tar.gz l_fcpro_RFS7H5XD.lic
[david@localhost compiler]$ cd l_fc_p_10.1.018
[david@localhost l_fc_p_10.1.018]$ ls
Assistant may connect to the Intel(R) Software Development
在万全R630上用ifort或pgf90-libgoto-mpich2编译并行版vasp纪要
在万全R630上用ifort9.1/pgf90-libgoto-mpich2编译并行版vasp纪要一、准备文件1、PGI-6.0（有正版lisence的）/ 非商业版的intel fortran 9.1.0432、GotoBLAS-1.26.tar.gz3、mpich2-1.0.8.tar.gz4、vasp代码：vasp.4.6.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz二、安装PGI/intel fortran安装完注意在用户目录下.bashrc中设置环境变量（类似以下内容）#pgi fortran compiler#export PGI=/usr/pgi/#export PATH=$PGI/linux86-64/6.0/bin:$PATH#export MANPATH=$MANPATH:$PGI/linux86-64/6.0/man/man1#export LM_LICENSE_FILE=$PGI/license.dat#mpich2-ifortexport PA TH=/usr/local/mpich2-ifort/bin:$PATH#mpich2#export PATH=/usr/local/mpich2/bin:$PA TH#mpich#export PATH=/usr/local/mpich/bin:$PATH#rshrsh=/usr/bin/rsh#intel fortran compilerexport PA TH=/opt/intel/fce/9.1.043/bin:$PATHLD_LIBRARY_PA TH="/opt/intel/fce/9.1.043/lib:$LD_LIBRARY_PA TH"export LD_LIBRARY_PA THexport FC=ifort三、安装GotoBLAS修改Makefile.rule、和detect./quickinstall.64bit四、安装mpich2export FC=pgf90./configure –prefix=/usr/local/mpich2make && make install五、编译vasp1、编译库$cd vasp4.lib$cp makefile.linux_pg makefile$make2、生成vasp$cd vasp.4.6$cp makefile.linux_pg makefile 修改makefile（见附件）FC=BLAS=LAPACK=等。
并行安装vasp步骤
intel fortran9.1.036 安装过程Intel Fortran Compiler这个编译器性能极佳，它在x86 和Itanium 级Linux 主机上会有光明的未来，因为Intel 的编译器组整合了曾在DEC、Compaq 和HP 确立声誉的工程团队。
它的发行版有Windows和Linux两种，这2种都分别提供Non-Commercial版免费下载，但不提供技术支持。
而性能则与商业版相同。
其中Windows版需要Visual Studio的支持才可以使用。
以下是整个的安装过程。
1、登陆intel网站下载Non-commercial版。
登陆/software/products/global/eval.htm ，选择Intel? Fortran Compiler for Linux* 下的第二项Non-Commercial Unsupported Version 点击进入。
或者直接登陆/software/products/compilers/flin/noncom.htm，简单的看一下说明，整个下载过程需要好几步，可以慢慢来进行，首先点击“Continue”按钮进入下一页；第二页有个调查表，填好之后进入下一页；第二页有个调查表，填好之后进入下一页；第三页是软件协议页面，可以粗略看一下，选择“Accept”进入下一页；第四页是注册页面，其中Email栏一定要填好，填写之后选择“Submit”进入下一页；这是最后一页，说明已经注册成功，intel会给你发一封电子邮件，并且其中包含一个协议附件。
剩下的工作是收取邮件，然后根据邮件中提供的地址下载软件即可。
我这里下载的软件是l_fc_p_9.1.036.tar.gz，大约130M，另外把邮件中的附件另存在刚才下载的软件的同一目录下，我这里的文件名是l_for_******.lic，每个人的文件名可能不同，它是一个协议文件。
下来以root用户进行以下的安装工作，假设前面的2个文件存放在/usr/src/intel目录下，这也是我们的工作目录：2、解压安装文件tar xzvf l_fc_p_9.1.036.tar.gz3、安装并指定协议，我们这里编译器的是安装在/opt/intel_fc_91目录下，协议则在该目录下的*s 文件夹中。
64位并行vasp安装过程总结
采用IFC编译器，MKL数据库对V ASP编译的过程1．准备系统为Open suse linux-10.3 x86-64或Open suse linux-11.0 x86-64V ASP源代码（vasp.4.6.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz）,mkl数据库（l_mkl_p_9.1.023.tar),ifc 编译器（l_fc__pl_9.1.036.tar.gz）。
我们将以上安装所需文件都放在/root/vasp目录下并解压2．Ifc编译器安装先解压tar –zxvf l_fc_c_9.1.036.tar.gz 得到l_fc_c_9.1.036.文件夹进入l_fc__pl_9.1.036文件夹找到install.sh文件执行./install.sh开始安装ifc，安装过程都选用默认的路径(/opt/intel/fc/9.1.036)安装安装完毕，进入/opt/intel/fce/9.1.036/bin目录执行cp ifort /binifc安装完成3．mkl的安装进入l_mkl_p_9.1.023.tar所在目录tar –zxvf l_mkl_p_9.1.023.tar进入解压得到的目录l_mkl_p_9.1.023进入install文件夹，可以看到一个可执行的文件install./install.sh默认安装即可，默认目录为/opt/intel/mkl/9.1.023二、安装MPICH2(在节点root目录下)1、解压缩#tar -zxvf mpich2-1.0.1.tar.gz或者#gunzip -c mpich2-1.0.1.tar.gz|tar xf mpich2-1.0.1.tar2、创建安装目录#mkdir /usr/MPICH-instsll3、进入mpich2解压目录#cd mpich2-1.0.14、默认安装目录#./configure5、编译#make6、安装#make install7、退出到root目录#cd ..8、通过编辑.bashrc文件修改环境变量#vi .bashrc修改后的.bashrc文件如下：8．设置环境变量编辑root下的.bashrc# .bashrc# User specific aliases and functionsalias rm='rm -i'alias cp='cp -i'alias mv='mv -i'PATH="$PATH:/usr/local/bin" （安装mpich2要添加的路径）# Source global definitionsif [ -f /etc/bashrc ]; then. /etc/bashrcfiexport LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/mkl/9.1.023/lib/em64t:/opt/intel/fce/9.1.036/lib. /opt/intel/fce/9.1.036/bin/ifortvars.sh （新添加路径）export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/9.1.023/lib/em64t （新添加路径）9、测试环境变量设置#which mpd#which mpicc#which mpiexec#which mpirun#which mpif9010、修改/etc/mpd.conf文件，添加内容为secretword=myword#vi /etc/mpd.conf添加secretword=myword设置文件读取权限和修改时间#touch /etc/mpd.conf#chmod 600 /etc/mpd.conf1、本地测试#mpd & 启动#mpdtrace 观看启动机器#mpdallexit 退出三。
VASP安装说明(简单易懂)
VASP安装说明（简单易懂）1．安装linux由于不熟悉linux的操作，所以很多问题无法解决，所以直接在windows下面安装了虚拟机然后安装linux操作系统。
(1) 虚拟机的安装我所使用的是VMware，安装过程同普通的windows下软件的安装。
下载地址：www．或者www．(2) VMware配置linux，过程如下：a)选择File菜单下的“New Virtual Machine”出现新虚拟机向导后单击“下一步”选择“Typical”典型安装。
b)再单击“下一步”，在选择操作系统界面的“Guest Operation System”中选择“Linux”，然后单击Version对应的下拉菜单选择具体的Linux 版本，此处我选择的是“RedHat Linux”。
c)单击“下一步”进入安装目录选择界面。
该界面上面的文本框是系统的名字，保持默认值即可，下面的文本框需要选择虚拟机操作系统的安装位置。
d)根据需要选择好后，单击“下一步”按钮，出现设置虚拟机内存大小的界面。
Linux9．O对内存的要求是：文本模式至少需要64MB；图形化模式至少需要128MB，推荐使用192MB。
我选择的是192MB。
e)单击“下一步”按钮进入网络连接方式选择界面。
VMware有四种网络设置方式，一般来说，Bridged方式使虚拟机就像网络内一台独立的计算机一样，最为方便好用(四种连网方式的区别可参考VMware的有关资料)。
此处我选择Brided方式。
f)单击“下一步”按钮进入虚拟磁盘的设置界面。
这里有三种方式(Create a newvirtual disk、Use an existing virtual disk、Use a physical disk)可供选择、建议初学者选择“Create a new Virtual disk”，其含义是新建一个虚拟磁盘，该虚拟磁盘只是主机下的一个独立文件。
g)在“下一步”中设置磁盘大小。
debianlinux并行编译vasp4.6
debianlinux并行编译vasp4.6花了一天时间搞定debian并行编译vasp4.6，记下心得，供盟友指正也留以后备用。
单机4核，系统：debian linux 6.0 内核 2.6.32-5-686；编译器：l_cprof_p_11.1.073；数学库：intel mkl；并行软件：mpich2-1.4.1p1；傅里叶变换：libfftw3-dev libfftw3-doc;1. Install the ' build-essential' 'gfortran' software package# apt-install build-essential !autoinstall the build-essental, which have the command 'make,make clean, gfortran, f95' and so on.2. Install the intell Compiler (ifort)down load the correspnding pakage 'l_cprof_p_11.1.073.tgz' # tar xzvf l_cprof_p_11.1.073.tgzbut because the debian 5.0 own the gbilc library 'slibstdc++6' so the installation will display 'libstdc++.so.5: didn't find ' and break down,so# apt-get install libstdc++53. seting the envionment variables# vi ~/.bashrc and input the contents:GDK_NATIVE_WINDOWS=1source /opt/intel/Compiler/11.1/073/bin/ia32/ifortvars_ia32. shget out and save it;# vi /etc/profile and add:source /opt/intel/Compiler/11.1/073/bin/ifortvars.sh ia32get out and save it.! this source can run vasp in every usr.4. Install the MPI parallel environmentDownload the mpich2 source package from :/doc/f513657145.html,/research/proj ects/mpich2/downloads/index.php?s=downloads obtain the package 'mpich2-1.4.1p1.tar.gz'# tar xzvf mpich2-1.4.1p1.tar.gz# cd mpi*# env CC="gcc" C++="g++" F90="ifort" FC="ifort"# ./configure --prefix=/usr/local/mpich2-1.4.1p1/# make# make install# vi ~/.bashrc and add:PATH=/usr/local/mpich2-1.4.1p1./bin:$PATHexport PATHsave .bashrc and#source ~/.bashrcand check the mpi:# which mpif90# which mpirun# which mpiexec5. Install the fftw library# aptitude install libfftw3-dev libfftw3-doc! this can obtain a file 'libfftw3.a' in /usr/lib6. install vaspprepeare the vasp.4.6.tar.gz and vasp.4.lib.tar.gz and decompress it with tar xzvf # tar xzvf vasp.4.6.tar.gz# tar xzvf vasp.4.lib.tar.gz6.1 Go intothe vasp.4.lib/ and choose the makefile.linux_ifc_P4# cp makefile.linux_ifc_P4 makefile# vi makefile and moifiy the line:line 19: change the 'FC=ifc' to 'FC=ifort'get out and save.# makethis will obtain a file 'libdmy.a'# cd ..6.2 Go into the vasp.4.6# cp makefile.linux_ifc_P4 makefilevi makefile and changelist of change:line 50, 52 :add ＃ before $FC and FCLline 80-82: add # before frontline 88: change "FFLAGS = -FR -lowercase -assume byterecl' to "FFLAGS = -FR -lowercase -assume byterecl -I/opt/mpich2-1.4.1p1/include"line 102: change "OFLAG=-O3 -xW -tpp7" to "OFLAG=-O1"line 133: add BLAS=-L/opt/intel/Compiler/11.1/073/mkl/lib/32 -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lguide -lpthreadline 136: add # before 'BLAS'line 139: add # before "LAPACK''line 140: add LAPACK=-L/opt/intel/Compiler/11.1/073/mkl/lib/32 -lmkl_lapack line 201 : old #FC=mpif77new FC=mpif90line 202 : old #FCL=$(FC)new FCL=$(FC)line 211-214: remove the # before the CPPline 241: remove the # before FFT3D and chane the last words old '/opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a'new ' /usr/lib/libfftw3.aline 343 : remove the option '-e95' ; get out and save it# makewill generate commond 'vasp'# cp vasp /usr/bin# source /etc/profilecan use vasp in every user. congratulation!。
(完整word版)VASP使用总结
VASP计算的理论及实践总结一、赝势的选取二、收敛测试1、VASP测试截断能和K 点2、MS测试三、结构弛豫四、VASP的使用流程（计算性质)1、VASP的四个输入文件的设置2、输出文件的查看及指令3、计算单电能（1）测试截断能（2) 测试K点4、进行结构优化5、计算弹性常数6、一些常用指令一、赝势的选取VASP赝势库中分为：PP和PAW两种势，PP又分为SP（标准）和USPP（超软）。
交换关联函数分为：LDA(局域密度近似)和GGA（广义梯度近似）。
GGA又分为PW91和PBE.在VASP中，其中pot ,pot—gga是属于超软势（使用较少）。
Paw，paw—pbe ,和paw-gga 是属于PAW.采用较多的是PAW-pbe 和PAW—gga。
此外vasp 中的赝势分为几种，包扩标准赝势（没有下标的）、还有硬(harder）赝势（_h）、软（softer）赝势(_s), 所谓的硬（难以赝化),就是指该元素原子的截断动能比较大，假想的势能与实际比较接近，计算得到的结果准确，但比较耗时，难以收敛。
软（容易赝化）,表示该元素原子的截断动能比较小，赝势模型比较粗糙，但相对简单，可以使计算很快收敛（比如VASP 开发的超软赝势)。
即硬的赝势精度高,但计算耗时。
软的精度低，容易收敛，但节省计算时间。
另一种情况：如Gd_3,这是把f电子放入核内处理，对于Gd来说，f电子恰好半满。
所以把f电子作为价电子处理的赝势还是蛮好的（类似还有Lu,全满）。
（相对其他的4f元素来说，至于把f电子作为芯内处理,是以前对4f元素的通用做法。
计算结果挺好)常用的做法是：用两种赝势测试一下对自己所关心的问题的影响情况。
在影响不大的情况下,选用不含4f电子的赝势（即后缀是3)，一来减少计算量，二来避免DFT对4f电子的处理。
【1.赝势的选择：vasp的赝势文件放在目录～/vasp/potentials 下，可以看到该目录又包含五个子目录pot pot_GGA potpaw potpaw_GGA potpaw_PBE ，其中每一个子目录对应一种赝势形式。
64位linux vasp安装
如何在64位Red Hat 5.2 Enterprise linux下安装V ASP一安装linux系统采用的系统是64位Red Hat 5.2 Enterprise linux，两个CPU 8核，内存12 G 。
利用光盘安装，进入安装界面直接回车安装系统这里跳过光盘检测“Next” 开始安装选择语言“English”选择美国英语式键盘这项可以选择输入序列号，也可以选跳过（不输入序列号），然后单击Next。
因为我们想装双系统，原来已经有window 7系统，所以选择自定义安装，Create custom layout，接下来单击“Next”。
根据需要创建分区：基本分三个区/boot区（ext3），/区（ext3），swap 区。
这里直接下一步修改主机名（例如linux也可以不修改），这里我们是单机运行，所以没有配置网关和DNS。
选择时区输入“root”密码这里我们选择Software Development ，如果前面没有注册的话，这里可能没有Virtualization这一项。
如果你想选择你需要的软件的包，那就选择Customize now，我们选择Customize later这一项，一般按默认安装就已经能满足我们的需要。
选择“Next”开始安装程序安装完成后，光盘弹出，重启系统。
系统安装完成后，安装vasp 需要以下的安装软件：编译器和数学库，我们选择intel 的，编译器和数学库是在一起的；fftw （傅里叶变换）；vasp 库和vasp 源代码；vasp 所需的赝势库；mpi 并行包。
这些软件放在指定的目录里：/home/film/yanghua/。
在这个目录下，分别建立四个文件夹ifort ，fftw ，mpich2，vasp ，将这些软件对应放入各自的文件夹。
二 安装intel 编译器和数学库首先进入压缩包所放的目录/home/film/yanghua/ifort （目录可以更改）下，在此目录下打开一个终端，输入命令：解压 tar –zxvf l_fcompxe_intel64_2011.4.191.tgz 进入安装包 cd l_fcompxe_intel64_2011.4.191 安装 ./install.sh 回车选择 1 view the license agreement 一直敲空格读完输入： accept 回车选择 3 alternative activation*****necessary 选择 2use a licensefile输入ifc.lic 文件所在的全路径，到文件。
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一、安装vasp前的软件要求：
①C++编译器用intel的（l_cprof_p_11.1.07）
②Fortran编译器用intel的ifort11（l_cprof_p_11.1.072）
③l_mpi_p_3.2.011
④MKL 有非商业版本可以免费下载，本来要用l_mkl_p_10.2.5.035的，但发现ifort11里/home/bjwang/intel/Compiler/11.1/072/mkl就有，这里免装，在.bashrc里把ifort11下mkl的路径包括进去。
附完整安装后的.bashrc
source /home/bjwang/intel/Compiler/11.1/072/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh---ifort
source /home/bjwang/intel/Compiler/11.1/073/bin/intel64/iccvars_intel64.sh ---c++
export
LD_LIBRARY_PATH=/home/bjwang/intel/Compiler/11.1/072/ifort/mkl/lib/em64t/:$LD_LIBRA RY_PATH
------ifort中包含的mkl
source /home/bjwang/intel/impi/3.2.0.011/bin64/mpivars.sh
--------l_mpi
请确认mpi、C++、Fortran编译器都已正确安装，并设定好相关的PATH路径和
LD_LIBRARY_PATH路径，具体参见新浪博客的其它相关内容。
示意如下：
1、安装英特尔 c++编译器l_cproc_p_11.1.073
[bjwang@nano vasp]$ tar –zxvf l_cproc_p_11.1.073.tgz
[bjwang@nano vasp]$ cd l_cproc_p_11.1.073
[bjwang@nano l_cproc_p_11.1.073]$ ./install.sh
2、安装ifort11.1（l_cprof_p_11.1.072）内含mkl数据库[bjwang@nano ~]$cd /home/bjwang/software/ifort11
[bjwang@nano ifort11]$$ tar –zxvf l_cprof_p_11.1.072.tgz
[bjwang@nano ~]$ cd l_cprof_p_11.1.072
[bjwang@nano l_cprof_p_11.1.072]$ ./install.sh
3、安装l_mpi_p_3.2.011
参考文件自带安装指导/home/bjwang/software/l_mpi_p_3.2.011/INSTALL.html
1.解压：[bjwang@nano software]$ tar zxvf l_mpi_p_3.
2.011.tgz
2.拷贝*.lic文件到解压目录下：cp <license key>.lic .
3.在解压目录下运行install.sh文件
[bjwang@nano l_mpi_p_3.2.011]$ ./install.sh
二、安装vasp
1、编译vasp数据库
解压缩后，进入vasp.5.lib路径
[bjwang@nano vasp]$ cd vasp.5.lib
[bjwang@nano vasp.5.lib]$ cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
[bjwang@nano vasp.5.lib]vi makefile
把lib中Makefile文件中FC=ifc项改为：FC=ifort，其他不动
# C-preprocessor
CPP = gcc -E -P -C $*.F >$*.f
FC=ifort
CFLAGS = -O
FFLAGS = -O0 -FI
FREE = -FR
DOBJ = preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o diolib.o dlexlib.o drdatab.o
在make lib 出现个小问题（不影响，被忽略！！！！！！！）
[bjwang@nano vasp.5.lib]$ make
rm libdmy.a
rm: cannot remove `libdmy.a': No such file or directory
make: [libdmy.a] Error 1 (ignored)
ar vq libdmy.a preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o diolib.o dlexlib.o drdatab.o ar: creating libdmy.a
a - preclib.o
a - timing_.o
a - derrf_.o
a - dclock_.o
a - diolib.o
a - dlexlib.o
a - drdatab.o
[bjwang@nano vasp.5.lib]$
2、并行编译vasp
（利用ifort编译器和c++编译器，版本最好一致，这里ifort用l_cprof_p_11.1.072,c++
用l_cproc_p_11.1.073）
解压缩后进入vasp.5.2路径，
[bjwang@nano vasp]$ cd vasp.5.2
[bjwang@nano vasp.5.2]$ cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
[bjwang@nano vasp.5.2]vi makefile
（具体修改的地方见bjwang-Vasp并行版本make文件.doc）
保存退出后
[bjwang@nano vasp.5.2]make
运行并行vasp（算si）命令：
[bjwang@nano si]$mpirun –n 8 /home/bjwang/vasp/vasp.5.2/vasp >out &
注：&符表示在后台运行，即使关掉SSH后计算仍然运行，如果不加这个符号则关掉SSH 后计算也会中止.
运行串行命令：
[bjwang@nano si]$ /home/bjwang/vasp/vasp.5.2/vasp >out &
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected。