编译并行版本lammps,从ssh,mpi配置谈起
lammps安装教程
lammps安装教程LAMMPS（大型原子/分子并行模拟器）是一个用于原子、分子和离子间相互作用的经典和量子力学模拟软件程序。
LAMMPS在高性能计算机上进行分子动力学模拟，适用于各种不同的应用领域，包括材料科学、化学工程、固体力学、生物物理学等。
以下是LAMMPS的安装教程：1. 下载LAMMPS源代码（https:///download.html）。
选择与您的操作系统和计算机架构相匹配的版本。
将源代码解压缩到您选择的目录中。
2. 安装必要的编译器和软件依赖项。
这些依赖项可能因操作系统而异，最常见的依赖项包括C/C++编译器（如GCC或Clang）、MPI库（如OpenMPI）、Make工具等。
请查看LAMMPS的官方文档（https:///doc/Build.html）以获取详细的依赖项和安装指南。
3. 打开终端或命令提示符，并导航到LAMMPS源代码的目录。
4. 运行Makefile编译脚本。
在命令行中输入以下命令：```make yes-standardmake mpi```这将使用默认设置编译LAMMPS。
如果您需要使用特定的设置或插件模块，请参阅LAMMPS文档中的相应章节，并相应修改Makefile文件。
5. 编译过程完成后，您将在LAMMPS源代码目录中找到可执行文件"LAMMPS"。
您可以将其复制到您希望安装LAMMPS 的位置，或者将其添加到您的系统路径中，以便可以从任何位置使用LAMMPS。
6. 您可以通过在终端或命令提示符中运行以下命令来验证LAMMPS的安装：```lammps```如果一切顺利，您将看到LAMMPS的交互式Shell界面。
这样，您就成功地安装了LAMMPS。
现在您可以根据LAMMPS的文档和教程开始使用它进行分子动力学模拟。
计算机代码LAMMPS手册-中文解析10p
粒子和模拟的类型：
（atom style命令）
原子
粗粒化粒子
全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA
联合原子聚合物或有机分子
金属
粒子材料
粗粒化介观模型
延伸球形与椭圆形粒子
点偶极粒子
刚性粒子
所有上面的杂化类型
力场：
（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）
通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。
热力学信息日志
原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件
二进制重启文件
各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等
用户自定义系统宽度或各原子的计算信息
每个原子的时间与空间平均
lammps单机并行计算配置方法
lammps单机并行计算配置方法Lamps 单机多核并行计算方法1、修改环境变量编辑.bashrc 文件：cdvi .bashrc按Insert 键，移动光标至fi 下，在文件结尾处（fi 后）增加以下两行：export PATH=/opt/mpich/bin:$PATHexportLD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich/lib:/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_P ATH按Esc，Shift+zz重启机器2、安装fftw获得fftw：wget /doc/e412612373.html,/fftw-2.1.5.tar.gztar xvzf fftw-2.1.5.tar.gzcd fftw directory./configure --prefix=/opt/fftw --enable-floatmakesudo make install3、安装mpich2获得mpich；wget/doc/e412612373.html,/research/proj ects/mpich2/downloads/tarballs/1.4.1p1/mpi ch2-1.4.1p1.tar.gzcd ..(退上去)tar xvzf mpich2-1.4.1p1.tar.gzcd mpich2-1.4.1p1./configure --prefix=/opt/mpichmakesudo make install4、Lammps编译Cd ~tar -xvzf lammps-6Dec12.tar.gz (注：必须有f 才能解压)cd lammps-6Dec12/src/MAKEvi Makefile.linuxcc= 改为mpic++link= 改为mpic++MPI_INC = -I/opt/mpich/include （添加，不删除原有内容）MPI_PATH = -L/opt/mpich/libMPI_LIB = /opt/mpich/lib/libmpich.a (不改动)FFT_INC = -I/opt/fftw/include （添加，不删除原有内容）FFT_PATH = -L/opt/fftw/libFFT_LIB = /opt/fftw/lib/libfftw.a （不改动）cd lammps6Dec2/srcmake yes-mcmake linux在src 文件夹内生成可执行文件：lmp_linux如果要修改Makefile.g++,方法如下vi Makefile.g++cc= 改为g++link= 改为g++MPI_INC = -I/opt/mpich/include （添加，不删除原有内容）MPI_PATH = -L/opt/mpich/libMPI_LIB = /opt/mpich/lib/libmpich.a (不改动)FFT_INC = -I/opt/fftw/include （添加，不删除原有内容）FFT_PATH = -L/opt/fftw/libFFT_LIB = /opt/fftw/lib/libfftw.a （不改动）EscShift+ZZcd lammps6Dec2/srcmake g++运行测试（在src 路径下）：cp lmp_linux ../benchcd ../benchmpirun -np 4 ./lmp_linux < in.lj。
安装ubuntu硬盘版单机并行编译lammps
Windows7下安装ubuntu12.04，并行编译lammps教程。
软件准备：ubuntuxx.iso，EasyBCD，lammps。
其余软件在联网条件才能获得。
将要作为ubuntu安装盘的空间在win7磁盘管理下删除，这样在win7下就不能看到其系统盘，而ubuntu下可看见windows7的系统盘。
1，安装EasyBCD软件并打开，添加新的启动菜单（add new entry）=》neogrub=》安装(install)=》配置(configure)，将下列英文复制入文件：title Install Ubunturoot (hd0,0)kernel (hd0,0)/vmlinuz boot=casper iso-scan/filename=/ubuntu-11.10-i386.iso ro quiet splash locale=zh_CN.UTF-8initrd (hd0,0)/initrd.lz绿色部分为当前win7安装盘的物理位置，第n块盘的第n个分区，从零起计。
红色部分为准备好的系统镜像iso文件名。
保存，关闭软件。
2，用解压软件或者虚拟光驱打开iso文件，将镜像中.disk文件夹，以及casper文件夹下initrd.lz与vmlinuz复制进入win7安装盘根目录。
再将系统镜像iso文件复制入同样目录下。
3，重启计算机，选择进入neogrub加载引导项，选择install ubuntu，进入ubuntu安装桌面。
此时打开系统终端输入sudo umount –l /isodevice。
关闭终端开始安装系统。
为节约时间，选择安装时不更新，不安装第三方软件。
选择其他安装选项。
选中为ubuntu预留的磁盘空白分区，双击选择文件类型ext4，目录为/，勾选格式化，安装驱动器选择整个硬盘。
安装开始。
4，安装ubuntu完毕重启，系统选择菜单中windows loader为windows入口。
MPI并行程序的编译和运行（C语言）
MPI并行程序的编译和运行（C语言）（适用于数学楼机房，其它并行环境下可能有所区别）一、源程序的编译: mpicc [选项]源程序其中常用选项有：z-c ：只编译，不链接，即只生成目标文件（.o文件）z-o filename：指定输出的文件名，缺省通常为a.outz-I path：指定（增加）头文件（如*.h）的搜索路径（目录）z-L path：指定（增加）库文件的搜索路径（目录）z-l name：与库文件libname.a 链接z优化开关：-O，-O2，-O3，等，常用为-O2z-g：使得目标码中包含源文件名、行号等信息（用于程序调试）例：mpicc –O2 –o hello_world hello_world.c二、使用mpirun提交并行任务mpirun -np 4可执行文件z-np用于指定启动的进程数，这里启动4个进程；z可执行文件是用户所要提交的任务，即编译生成的可执行文件。
例：mpicc –O2 -o cpi cpi.cmpirun -np 8cpi三、在机群上通过联想的作业调度软件递交作业1.首先登录到机群服务器（ssh 222.204.244.252），将你的并行程序重新编译一次，生成相应的可执行文件；2.由于机群使用的是联想的ljrs作业调度软件，所以必须通过ljrs脚本提交并行作业；下面是一个ljrs脚本模板，递交并行作业时只需在其基础上进行适当修改即可：#!/bin/bash# Job name#LJRS -N cpi# Queue name#LJRS -q dpool# Number of nodes and process per nodes#LJRS -l nodes=2:ppn=2# Name of your program need to runprog=a.outcd $LJRS_O_WORKDIRNPROCS=`wc -l < $LJRS_NODEFILE`mpirun -v -machinefile $LJRS_NODEFILE -np $NPROCS $prog注：第一行不要改动；第二行是个解释语句；第三行用来指定任务的名称，这里是 cpi，你可以根据自己的需要进行修改（不一定要与你运行的程序同名）；第四、五、六行不需要改动；第七行表示使用多少个结点、每个结点开多少个进程来运行你的任务，如nodes=3:ppn=4 表示用3个结点，每个结点启动4个进程，共12个进程；第八行不需要改动；第九行是指定你所需运行的（可执行）文件，如prog=a.out 表示运行的可执行文件名为cpi；最后几行不需要修改。
lammps 并行 极限
lammps 并行极限LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一种分子动力学（MD）软件，被广泛用于模拟和研究材料、生物和化学现象。
LAMMPS 最大的优势是其可扩展性，可以通过并行计算来加速模拟过程。
LAMMPS 并行可以基于多个计算节点、多个核心进行计算。
它使用MPI（Message Passing Interface）协议来实现节点间通信。
在使用LAMMPS时，可以通过指定不同的并行模式（如MPI、OpenMP等）来适应不同的硬件环境。
具体来说，MPI并行是在多个计算节点之间进行并行，而OpenMP并行则是在单个计算节点上的不同核心之间进行并行。
当我们给LAMMPS分配更多的计算资源时（更多的计算节点或更多的核心），可以看到明显的性能提升。
理论上，当计算资源接近无限时，LAMMPS的性能也会无限接近理论极限。
然而，在现实中，由于各种限制，LAMMPS的性能通常无法达到这种理论极限。
以下是一些常见的性能限制因素：1. 硬件限制：计算节点、计算核心和内存等硬件资源的限制均会影响LAMMPS的性能。
2. 通信开销：由于LAMMPS并行使用MPI协议实现节点间通信，因此MPI通信的开销会影响LAMMPS的性能。
3. 内存访问：MD模拟需要频繁地访问内存，如果内存访问速度较慢，则会影响LAMMPS的性能。
4. 代码实现：LAMMPS的算法实现和编程技巧也会影响其性能。
使用高效的算法和编程技巧可以提高LAMMPS的性能。
总体来说，LAMMPS的并行极限是由计算资源、通信和内存访问速度和代码实现等因素共同限制的。
为了获得更好的性能，我们可以通过调整并行模式、优化算法和编程技巧、增加计算资源等方法来提高LAMMPS的性能。
lammps20版使用手册
lammps20版使用手册LAMMPS 20 版使用手册LAMMPS 是一个经典的分子动力学模拟软件，用于研究原子和分子的行为。
本文将为您提供 LAMMPS 20 版的使用手册，详细介绍软件的安装、基本命令、输入文件格式和常见功能。
一、安装LAMMPS 20 版可从官方网站下载并安装。
在安装之前，请确保您的计算机满足以下要求：1. 操作系统：Windows、Linux 或 macOS；2. C++ 编译器：例如 g++、icc 或 Clang；3. 并行库：如 MPI（可选）。
请根据您的操作系统选择相应的安装包，并按照官方提供的说明进行安装。
二、基本命令LAMMPS 使用基于命令行的界面，您可以通过输入一系列命令来控制模拟的运行。
1. 运行 LAMMPS：在命令行终端中输入 `lmp_serial` 或 `lmp_mpi` 启动 LAMMPS 应用程序。
2. 选择分子力场：使用 `pair_style` 命令选择适合您研究系统的分子力场。
例如，`pair_style lj/cut` 表示使用 Lennard-Jones 势函数进行计算。
3. 定义模拟盒子：使用 `region` 定义模拟盒子的边界条件和尺寸。
例如，`region box block 0 10 0 10 0 10` 定义了一个尺寸为 10x10x10 的盒子。
4. 添加原子：使用 `create_atoms` 在模拟盒子中添加原子。
例如，`create_atoms 1 random 100 12345 box` 表示在盒子中随机地添加 100 个类型为 1 的原子。
5. 温度控制：使用 `velocity` 控制系统的温度。
例如，`velocity all create 298 123456` 为系统中的所有原子设置一个初始温度为 298K。
6. 运行模拟：使用 `run` 命令来运行模拟。
例如，`run 1000` 表示运行 1000 步模拟。
Linux下多机mpi并行配置
Linux下多机mpi并行配置一.mpich安装步骤#./configure –prefix=/usr/local/mpich-gcc –rsh=/usr/bin/ssh#make#make install其中prefix后面的是安装的目录，安装完成后就可以看到。
(卸载mpi是进入到/usr/local/mpich-gcc/sbin/mpiuninstall.)如果没有出错，那么说明安装成功，进入/etc，编辑profile文件，添加如下内容：export MPI_ROOT=/usr/local/mpich-gccexport PATH=$MPI_ROOT/bin:$PATHexport MAN PATH=$MPI_ROOT/man:$MANPATH保存退出，执行source profile使她生效。
二.多机环境配置为了简单起见，这里所有的计算机节点都建了一个相同的用户及密码1.安装ssh sshd 保证相互之间可以互联在每台机子下进行如下操作：cd ~ ？//进入home目录ssh-keygen -b 1024 -t dsa 这一步是ssh这一方生成了一对密钥，公钥必须放到sshd的那一方，ssh的这一方才能正常访问sshd那一方。
cd .sshcp id_dsa.pub pub_keycp pub_key /home/duanple将pub_key 也就是*.pub的文件内容拷贝到服务端也就是sshd的那一方的$HOME/.ssh目录下的author ized_keys文件(它保存了一系列的公钥，新公钥只需要加在该文件的末尾新一行即可)内chmod 644 authorized_keys2.打开/etc/hosts文件，加入计算机信息，前面是IP，后面是主机名字，如同这样：222.195.150.203 node2，保存退出。
3.权限设置设定/etc/hosts.equiv创建/etc/mpd.conf (root用户)普通用户需要创建$HOME/.mpd.conf，之后设置secretword=修改hostname或者ip，一些涉及到的需要同时更新的文件：/etc/hostname/etc/hosts/etc/hosts.equiv 负责放权的文件说明：为了能够在多个不同的机器上运行MPI程序，首先需要其它机器对启动MPI程序的机器放权，即允许启动MPI程序的机器访问其它机器。
lammps编译
lammps编译LAMMPS编译详解LAMMPS是一款分子动力学软件，它可以模拟原子和分子之间的相互作用，从而研究材料的性质和行为。
而为了让LAMMPS能够在不同的平台上运行，需要进行编译，本文将详细介绍LAMMPS编译的相关知识。
1. 安装必要的软件包在进行LAMMPS编译之前，需要先安装一些必要的软件包，包括g++、make、mpi、fftw和OpenMP等。
其中，mpi是用于并行计算的消息传递接口，fftw是用于快速傅里叶变换的库，OpenMP 是用于多线程并行计算的API。
2. 下载LAMMPS源代码可以从LAMMPS官网下载最新的源代码。
下载完成后，解压缩源代码包，可以看到一些示例文件和一些子目录，如src、lib、doc 等。
3. 编译LAMMPS进入src目录，使用make命令进行编译。
在编译之前，需要先根据需要选择合适的Makefile文件。
LAMMPS提供了多种Makefile文件，如Makefile.serial、Makefile.mpi、Makefile.mpi-cuda等，分别用于编译串行版本、MPI版本和MPI-CUDA版本。
选择合适的Makefile文件后，可以使用以下命令进行编译：make yes-all #启用所有的可选功能make no-all #禁用所有的可选功能make -j4 #使用4个线程进行编译编译完成后，会在src目录下生成一个lmp_exec可执行文件，这就是编译好的LAMMPS程序。
4. 配置LAMMPS在运行LAMMPS之前，还需要进行一些配置。
首先，需要选择一个合适的输入文件，该文件包含了模拟所需的参数和命令。
其次，需要根据需要选择一个合适的力场文件，该文件包含了模拟所需的原子相互作用力场。
最后，还需要配置一些运行参数，如并行计算的进程数、模拟时间步长等。
5. 运行LAMMPS使用以下命令可以运行LAMMPS程序：mpirun -np 4 lmp_exec < input_file其中，np参数指定了并行计算的进程数，lmp_exec是编译好的LAMMPS程序，input_file是输入文件。
Linux下MPI并行环境与Eclipse配置全过程
Linux下MPI并行环境与Eclipse配置全过程。
Linux + mpich2 + Eclipse我是Linux超级新手，文中难免有错误的地方，望指正和多多包容硬件情况：2台主机主机1：主机名:node1 IP:192.168.19.165 操作系统:CentOS 5.2 用户:root 密码:root主机2：主机名:node2 IP:192.168.19.169 操作系统:CentOS 5.2 用户:root 密码:root(这里的两台主机上的用户名和密码设置成一样的，好像不一样的话将会影响之后mpi程序的执行)为了省事，以下操作都是以root用户进行的1、===================配置host文件=========================在node1和node2上#vi /etc/hosts 打开hosts文件，修改如下：127.0.0.1 localhost.localdomainlocalhost192.168.19.165 node1192.168.19.169 node2(注意127.0.0.1 localhost.localdomainlocalhost一定不能缺，否则将可能导致之后 mpiexec运行出错)2、====================设置SSH信任连接====================在node1上生成SSH秘钥对.#ssh-keygen -t rsa yes,一路回车#cat /root/.ssh/id_rsa.pub | root@192.168.19.169 "cat - >> root/.ssh/authorized_keys" 将密钥等信息拷贝至node2中，该过程需要输入node2上root用户的密码#ssh root@node2 登陆node2#exit#ssh root@node2 第二次登陆node2，无需再输入密码了#exit#ssh root@node1 登陆自身一次在node2上执行同样的操作，只不过目标换成node1了#ssh-keygen -t rsa yes,一路回车#cat /root/.ssh/id_rsa.pub | root@192.168.19.165 "cat - >> root/.ssh/authorized_keys" #ssh root@node1#exit#ssh root@node1#exit#ssh root@node2(以上使用的ssh，如果系统安装的ssh2，设置过程将与上有所不同)3、=====================安装mpich2======================在node1和node2上：#tar -zxvf mpich2-1.0.1.tar.gz 解压缩#cd mpich2-1.0.1#./configure --prefix==安装路径，指定安装路径时可以使用#./configure --prefix=???，不带参数时默认安装路径为/usr/loacl，我用的是默认安装路径#make#make install 安装完成(为了避免未知错误，两台机器的mpich2安装位置最好一样)设置环境变量：#cd /etc/#vi profile 编辑profile文件添加 PATH="$PATH:/usr/local/bin"#source profile#which mpd 测试环境变量创建并修改/etc/mpd.conf文件#vi /etc/mpd.conf内容为secretword=myword#touch /etc/mpd.conf#chmod 600 /etc/mpd.conf (设置文件读取权限和修改时间，这两步好像不能省)创建主机名称集合文件/root/mpd.hosts#vi /root/mpd.hosts文件内容如下：node1node24、=====================简单的测试=========================在node1上#mpd& 启动#mpdboot -n 2 -f mpd.hosts 启动2台机器(启动的机器数不能超过集群中的主机数，这里只有2台)#mpdtrace 观看启动机器#mpiexec -n 4 /usr/local/examples/cpi number为使用的进程数，运行mpi自带的测试程序(不一定存在)#mpdallexit 退出mpi程序的编译#mpicc -o example C语言源代码或#mpic++ -o example C++语言源代码或#mpif77 example.f -o example Fortran语言源代码编译后可以执行：#mpdboot -n 2 -f mpd.hosts#scp /tmp/example root@node2:/tmp/example (/tmp/为刚才编译的程序所在文件夹)(需要并行运算的程序在两台主机上所存放的路径必须相同，文件名也必须相同我这里都存放在/tmp/文件夹下)#mpiexec -n 4/tmp/example5、===================在Eclipse中开发MPI程序=================在新建的工程上点右键选择Properties添加include路径，我的mpich2安装在/usr/local添加lib库路径，添加mpich,mpichxx,pthread 注:这是在linux下，与windows环境下需添加的库不同OK，Eclipse加MPI开发环境配置完成参考资料：SSH设置:/15798089_d.htmlMPICH2配置：/linux/article/accidence/install/20070514/8413.html MPI与Eclipse：/cleverysm/archive/2007/06/06/1640290.aspx一些MPI错误解决方法：/xiaxiazls/archive/2009/09/08/4530423.aspx。
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编译并行版本lammps，从ssh,mpi配置谈起：by: 回声qfq4@2010.8.30第零步：概念和引言：SSH :secure shell.(计算机与计算机通讯的方式)MPI :message passing interfaceFFTW:FFTW is a C subroutine library for computing the discrete Fourier transform (DFT) in one or more dimensions, of arbitrary input size, and of both real and complex data (as well as of even/odd data, i.e. the discrete cosine/sine transforms or DCT/DST). We believe that FFTW, which is free software, should become the FFT library of choice for most applications.FFTW，MPI是是并行计算所必须的，这是因为lammps的并行版本是用MPI写的，所以必须配置好机器的MPI。
而MPI又依赖ssh来传输数据。
因此在编译并行lammps之前这些必须配置好。
我们的目的是编译运行并行的lammps，这些系统配置本身与lammps无关，只是lammps需要用到他们。
我写这个帖子的目的有二：1：编译并行的lammps程序。
2：熟悉在linux下面安装大型计算软件的套路。
3: 和大家分享一下自己的工作。
并希望得到大家的指点。
声明：本人水平有限，错误之处在所难免（甚至是致命错误），希望大家指正，无比欢迎。
第一步： 设置环境变量为linux设置环境变量，这一步告诉系统一些基本的信息。
为bash(也就是终端写配置文件。
)知识： 在用户主目录下面.*（＊表示通配符）通常的意思是某某程序的配置文件，都是shell程序。
Bash就有一个配置文件: ~/.bashrc. Vim也有一个配置文件.vimrc文件。
这些文件通常是不可见的（ls -l 看不见，ls -a可以看见）。
系统执行某一个程序的时候如果有相应的配置文件，则会首先执行这个配置文件。
我们要为系统配置一些参数，那么当然应当配置：～／.bashrc文件了。
操作：cd ~vi .bashrc观察到：注意到第73-75行，这几行的意思是：如果存在.bash_aliases文件，则执行这个文件，因此我们可以将需要修改的内容放在这个文件中，当然也可以直接将要修改的内容添加到.bashrc中。
为了遵循linux的传统，为了.bashrc的简明性，和可扩展性，建议将需要做的修改放在.bash_aliases中。
操作：vi .bash_aliases(添加：)export P A TH=/usr/mpi/bin:$P A TH （// 告知系统mpi的安装位置，后面的mpi必须安装在：/usr/mpi了。
）export MPI_U S E P4SSP OR T=yes （ //mpi相关的配置，具体含义不必细究。
）export MPI_P4SSP OR T=22export P4_R SHC O MM AN D=ssh：wq(保存退出)linux的环境配置完毕。
第二步： ssh 配置linux系统一般的都安装好了ssh ,如果你的机器上面没有ssh，你就必须重新安装ssh 了。
这一步要完成的任务就是给当前节点（也就是你的那台计算机上要参与并行计算的用户授权。
）什么是授权呢：我的理解是这样的：平常我们使用ssh来连接远程计算机，一般这样用：ssh username@hostname随后就要求输入口令（password）.为了避免输入口令，我们需要进行授权，这样就减少了人为的干预（土得掉渣的功能性解释，标准的解释我不知道。
）可能的操作是：使用公钥算法（dsa）产生公私密钥对然后再进行身份认证，实现加密通讯。
具体操作是这样的：cd ~ssh-k eygen -t dsa (产生密钥对)执行这一个操作的时候，可以看到，会询问一些信息，除了敲一个yes之外，就不断的回车。
完成后，就会生成两个文件：.ssh/id_rsa .ssh/id_rsa.pub操作：cp id_dsa.pub authorized_k eys //为linux发证书（这个是我乱套的术语，当心，可能不符合密码学的术语。
）chmod go-rwx authorized_k eysssh-agent $SH ELLssh-add授权完毕。
下面的操作检验ssh是否配置成功：重新打开一个窗口，输入：ssh localhost若显示内容如下：则说明，ssh配置成功，这样使用ssh通讯就不用输入密码了。
（注意到高亮线处的yes，这是由于计算机第一次和自己通讯，故要询问，输入yes就行了。
）如果显示的内容如下：注意到这里提示你输入本地计算机的口令（password），这说明ssh配置失败，那里出错了。
这样需要检查操作是否正确。
我尝试过使用rsa，总是出错，故没有推荐。
至此，ssh配置完毕。
如果你要自己组装设备，那么要在所有的节点上都干一遍。
第三步： MPI配置MPI是并行计算所需要的包（这样称呼是否正确，我不知道，如有失误求更正）。
首先下载一个mpi的软件包。
我下载的是：mpich2-1.2.1p1.tar.gz解压文件：tar xvf mpich2-1.2.1p1.tar.gzcd mpi2-1.2.1p1./configure –prefix=/usr/mpi //注意：记起我们第一步为linux设置系统变量的时候的约定了，要放在那个指定的目录里面。
在那里我们出了一个将／usr/mpi/bin方到了P A TH里面了。
ma k esudo ma k e install这样我们就将mpi装好了。
需要记住的一件事情是，我们要确认mpi是否真的装好了，下面我们测试mpi:操作为：cd ~/mpich2-1.2.1p1(这个就是你下载安装包后，解压后的目录。
) cd examplempd & //& :表示后台运行mpirun -np 8 ./cpi ／／指定8个CP U显示为：这说明mpi已经安装好了。
这部分的工作已经做完了。
如果你要自己组装设备，那么要在所有的节点上都干一遍。
第四步： FFTW的安装首先现在一个安装包文件：需要下载FFTW2.1.5。
然后解压文件，相对来说这个比较容易安装。
Cd FFTW2.1.5./configure –prefix=/usr/fftwma k esudo ma k e install第五部 编译并行版本的lammps前面的几步已经将准备工作做好了，下面才是我们的目的。
下载lammps的最新安装包。
L ammps.tar.gz解压tar xvf lammps.tar.gz得到目录：～／lammps-30A ug10cd lammps-30A ug10/src/M AKE我们可以看到这里有很多的Ma k efile.*我们随便选取一个吧，选取Ma k efile.g++吧。
我们需要修改一下Ma k efile.g++里面的一些指定值。
其实需要改动的地方很少，但是需要小心。
每副图中都显示一个地方需要修改。
1： 修改CC 和 L in k(右边为修改后，左边为修改前。
)把编译器和链接器都设为g++2：指定MPI的安装路径。
具体含义我不太明白（肥超前辈的讲解，以及他的文章中的链接会提供更详细的信息。
）这里需要注意的是路径前面的－I ，－L（不要敲错了）。
3：指定FFTW的安装路径这里还需要注意的一个地方就是，不该有空格的地方就不要有空格，在这里我们在插入文字的时候，最好不要将原文件中的制表符给删掉，可能会有“意外惊喜！”。
好了，我们的准备工作，做好了，下面编译吧（这真是一个好消息，不知道有多少人会有耐心看到这里了，呵呵）。
注意到，当前的路径是：～／lammps-30A ug10/src/M AKEcd ..ma k e g++ //这是因为我们修改的Ma k efile 就是Ma k efile.g++得到了lammps的执行代码。
看到编译成功了，很高兴啊！第六部分：编译包含特定包的lammps程序，以及如何添加用户程序NEE D YOUR H EL P！第七部分 最后的说明，感谢，期望，以及参考文献最后的lammps代码编译中没有 那种选择包进行编译的选项，这些内容在lammps手册中，以及肥超大神和其他大神的文献中都有讲述，我自己目前也不需要那些特性，故没有写，我空出一部分希望大家填写。
呵呵。
感谢：由衷的感谢李美芝博士对我 耐心细致全面的指导！感谢各位师兄在网上提供的资料。
我接触分子动力学时间不长，觉得学习分子动力学非得自己下功夫，但是同样意识到前辈的指导的重要性。
对于一个新手来说，分子动力学模拟的原理很简单，但是动手操作往往很困难，其中很重要的原因就是软件的安装，操作等。
模拟论坛很好，他给我们一个交流的平台，这也是我学习分子动力学的一个很重要的资源。
我希望大家都能慷慨的分享自己经验，教训，对我们菜鸟给予耐心的指导。
这很重要！我主要参考了下面两篇文章：1./limezy/blog/category/md%26%2347%3Blammps2./thread-26886-1-6.html一个失误：在我的解说文字中，所有一些～ 指的是~/Des k top. 大家看看就知道了。