分子生物学--MajorShiftsinBacterialTranscription课件
分子生物学复习资料(比看重点必考)
分子生物学复习资料(比看重点必考）名词解释分子生物学:包括对蛋白质和核酸等生物大分子的结构与功能,以及从分子水平研究生命活动。
中心法则(central dogma):生物体遗传信息流动途径。
最初由Crick(1958)提出,经后人的不断补充和修改,现包括反转录和RNA复制等内容。
半保留复制(简称复制)(semiconservative replication):亲代双链DNA以每条链为模板,按碱基配对原则各合成一条互补链,这样一条亲代DNA双螺旋,形成两条完全相同的子代DNA螺旋,子代DNA分子中都有一条合成的“新”链和一条来自亲代的旧链,称为半保留复制。
DNA聚合酶(DNA polymerase):指以脱氧核苷三磷酸为底物,按5’→3’方向合成DNA的一类酶,反应条件:4种脱氧核苷三磷酸、Mg+、模板、引物。
DNA聚合酶是多功能酶,除具有聚合作用外,还具有其它功能,不同DNA聚合酶所具有的功能不同。
解旋酶(helicase):是一类通过水解ATP提供能量,使DNA双螺旋两条链分开的酶,每解开一对碱基,水解2分子ATP。
拓扑异构酶(topoisomerase):是一类引起DNA拓扑异构反应的酶,分为两类:类型I 的酶能使DNA的一条链发生断裂和再连接,反应无需供给能量,类型Ⅱ的酶能使DNA的两条链同时发生断裂和再连接,当它引入超螺旋时,需要由ATP供给能量。
单链DNA结合蛋白(single-strand binding protein ,SSB):是一类特异性和单链区DNA 结合的蛋白质。
它的功能在于稳定DNA解开的单链,阻止复性和保护单链部分不被核酸酶降解。
DNA连接酶(DNA ligase):是专门催化双链DNA中缺口共价连接的酶,不能催化两条游离的单链DNA 链间形成磷酸二酯键。
反应需要能量。
引物酶及引发体(primase & primosome):以DNA为模板,以核糖核苷酸为底物,在DNA合成中,催化形成RNA引物的酶称为引物酶及引物体。
分子生物学--名词解释(全)
1. 半保留复制（semiconservative replication）：DNA复制时，以亲代DNA的每一股做模板，以碱基互补配对原则，合成完全相同的两个双链子代DNA，每个子代DNA中都含有一股亲代DNA链，这种现象称为半保留复制。
2. 复制子replicon：由一个复制起始点构成的DNA复制单位。
57. 复制起始点(Ori C)DNA在复制时，需在特定的位点起始，这是一些具有特定核苷酸序列顺序的片段，即复制起始点。
24.（35）复制叉（replication fork）是DNA复制时在DNA链上通过解旋、解链和SSB蛋白的结合等过程形成的Y字型结构称为复制叉。
3. Klenow 片段klenow fragment：DNApol I（DNA聚合酶I）被酶蛋白切开得到的大片段。
4. 外显子exon、extron：真核细胞基因DNA中的编码序列，这部分可转录为RNA，并翻译成蛋白质，也称表达序列。
5.（56）核心启动子core promoter：指保证RNA聚合酶Ⅱ转录正常起始所必需的、最少的DNA序列，包括转录起始位点及转录起始位点上游TATA区。
（Hogness区）6. 转录（transcription）：是在DNA的指导下的RNA聚合酶的催化下，按照硷基配对的原则，以四种核苷酸为原料合成一条与模板DNA互补的RNA 的过程。
7. 核酶（ribozyme）：是具有催化功能的RNA分子，是生物催化剂，可降解特异的mRNA 序列。
8.（59）信号肽signal peptide：常指新合成多肽链中用于指导蛋白质的跨膜转移（定位）的N-末端的氨基酸序列（有时不一定在N端）。
9. 顺式作用元件（cis-acting element）：真核生物DNA中与转录调控有关的核苷酸序列，包括增强子、沉默子等。
10.错配修复（mismatch repair，MMR）：在含有错配碱基的DNA分子中，使正常核苷酸序列恢复的修复方式；主要用来纠正DNA双螺旋上错配的碱基对，还能修复一些因复制打滑而产生的小于4nt的核苷酸插入或缺失。
分子生物学名词解释大全
[原创]分子生物学名词解释大全AAbundance (mRNA 丰度)：指每个细胞中mRNA 分子的数目。
Abundant mRNA(高丰度mRNA)：由少量不同种类mRNA组成，每一种在细胞中出现大量拷贝。
Acceptor splicing site (受体剪切位点)：内含子右末端和相邻外显子左末端的边界。
Acentric fragment(无着丝粒片段)：(由打断产生的)染色体无着丝粒片段缺少中心粒，从而在细胞分化中被丢失。
Active site(活性位点)：蛋白质上一个底物结合的有限区域。
Allele(等位基因)：在染色体上占据给定位点基因的不同形式。
Allelic exclusion(等位基因排斥)：形容在特殊淋巴细胞中只有一个等位基因来表达编码的免疫球蛋白质。
Allosteric control(别构调控)：指蛋白质一个位点上的反应能够影响另一个位点活性的能力。
Alu-equivalent family(Alu 相当序列基因)：哺乳动物基因组上一组序列，它们与人类Alu家族相关。
Alu family (Alu家族)：人类基因组中一系列分散的相关序列，每个约300bp长。
每个成员其两端有Alu 切割位点(名字的由来)。
α-Amanitin(鹅膏覃碱)：是来自毒蘑菇Amanita phalloides 二环八肽，能抑制真核RNA聚合酶，特别是聚合酶II 转录。
Amber codon (琥珀MM子)：核苷酸三联体UAG，引起蛋白质合成终止的三个MM子之一。
Amber mutation (琥珀突变)：指代表蛋白质中氨基酸MM子占据的位点上突变成琥珀MM子的任何DNA 改变。
Amber suppressors (琥珀抑制子)：编码tRNA的基因突变使其反MM子被改变，从而能识别UAG MM子和之前的MM子。
Aminoacyl-tRNA (氨酰-tRNA)：是携带氨基酸的转运RNA，共价连接位在氨基酸的NH2基团和tRNA 终止碱基的3¢或者2¢－OH 基团上。
分子生物学名词解释大全
分子生物学名词解释大全AAbundance (mRNA 丰度)：指每个细胞中mRNA 分子的数目。
Abundant mRNA(高丰度mRNA)：由少量不同种类mRNA组成，每一种在细胞中出现大量拷贝。
Acceptor splicing site (受体剪切位点)：内含子右末端和相邻外显子左末端的边界。
Acentric fragment(无着丝粒片段)：(由打断产生的)染色体无着丝粒片段缺少中心粒，从而在细胞分化中被丢失。
Active site(活性位点)：蛋白质上一个底物结合的有限区域。
Allele(等位基因)：在染色体上占据给定位点基因的不同形式。
Allelic exclusion(等位基因排斥)：形容在特殊淋巴细胞中只有一个等位基因来表达编码的免疫球蛋白质。
Allosteric control(别构调控)：指蛋白质一个位点上的反应能够影响另一个位点活性的能力。
Alu-equivalent family(Alu 相当序列基因)：哺乳动物基因组上一组序列，它们与人类Alu家族相关。
Alu family (Alu家族)：人类基因组中一系列分散的相关序列，每个约300bp长。
每个成员其两端有Alu 切割位点(名字的由来)。
α-Amanitin(鹅膏覃碱)：是来自毒蘑菇Amanita phalloides 二环八肽，能抑制真核RNA聚合酶，特别是聚合酶II 转录。
Amber codon (琥珀MM子)：核苷酸三联体UAG，引起蛋白质合成终止的三个MM子之一。
Amber mutation (琥珀突变)：指代表蛋白质中氨基酸MM子占据的位点上突变成琥珀MM子的任何DNA 改变。
Amber suppressors (琥珀抑制子)：编码tRNA的基因突变使其反MM子被改变，从而能识别UAG MM子和之前的MM子。
Aminoacyl-tRNA (氨酰-tRNA)：是携带氨基酸的转运RNA，共价连接位在氨基酸的NH2基团和tRNA 终止碱基的3¢或者2¢－OH 基团上。
分子生物学名词解释
分子生物学名词解释大全AAbundance (mRNA 丰度)：指每个细胞中mRNA 分子的数目。
Abundant mRNA(高丰度mRNA)：由少量不同种类mRNA 组成，每一种在细胞中出现大量拷贝。
Acceptor splicing site (受体剪切位点)：内含子右末端和相邻外显子左末端的边界。
Acentric fragment(无着丝粒片段)：(由打断产生的)染色体无着丝粒片段缺少中心粒，从而在细胞分化中被丢失。
Active site(活性位点)：蛋白质上一个底物结合的有限区域。
Allele(等位基因)：在染色体上占据给定位点基因的不同形式。
Allelic exclusion(等位基因排斥)：形容在特殊淋巴细胞中只有一个等位基因来表达编码的免疫球蛋白质。
Allosteric control(别构调控)：指蛋白质一个位点上的反应能够影响另一个位点活性的能力。
Alu-equivalent family(Alu 相当序列基因)：哺乳动物基因组上一组序列，它们与人类Alu家族相关。
Alu family (Alu家族)：人类基因组中一系列分散的相关序列，每个约300bp长。
每个成员其两端有Alu 切割位点(名字的由来)。
α-Amanitin(鹅膏覃碱)：是来自毒蘑菇Amanita phalloides 二环八肽，能抑制真核RNA聚合酶，特别是聚合酶II 转录。
Amber codon (琥珀密码子)：核苷酸三联体UAG，引起蛋白质合成终止的三个MM子之一。
Amber mutation (琥珀突变)：指代表蛋白质中氨基酸密码子占据的位点上突变成琥珀MM子的任何DNA 改变。
Amber suppressors (琥珀抑制子)：编码tRNA的基因突变使其反MM子被改变，从而能识别UAG MM子和之前的MM 子。
Aminoacyl-tRNA (氨酰-tRNA)：是携带氨基酸的转运RNA，共价连接位在氨基酸的NH2基团和tRNA 终止碱基的3￠或者2￠－OH 基团上。
分子生物学常见名词解释完全版(中英文对照)
分子生物学常见名词解释完全版(中英文对照)AAbundance (mRNA 丰度)：指每个细胞中mRNA 分子的数目。
Abundant mRNA(高丰度mRNA)：由少量不同种类mRNA组成，每一种在细胞中出现大量拷贝。
Acceptor splicing site (受体剪切位点)：内含子右末端和相邻外显子左末端的边界。
Acentric fragment(无着丝粒片段)：(由打断产生的)染色体无着丝粒片段缺少中心粒，从而在细胞分化中被丢失。
Active site(活性位点)：蛋白质上一个底物结合的有限区域。
Allele(等位基因)：在染色体上占据给定位点基因的不同形式。
Allelic exclusion(等位基因排斥)：形容在特殊淋巴细胞中只有一个等位基因来表达编码的免疫球蛋白质。
Allosteric control(别构调控)：指蛋白质一个位点上的反应能够影响另一个位点活性的能力。
Alu-equivalent family(Alu 相当序列基因)：哺乳动物基因组上一组序列，它们与人类Alu家族相关。
Alu family (Alu家族)：人类基因组中一系列分散的相关序列，每个约300bp长。
每个成员其两端有Alu 切割位点(名字的由来)。
α-Amanitin(鹅膏覃碱)：是来自毒蘑菇Amanita phalloides 二环八肽，能抑制真核RNA聚合酶，特别是聚合酶II 转录。
Amber codon (琥珀密码子)：核苷酸三联体UAG，引起蛋白质合成终止的三个密码子之一。
Amber mutation (琥珀突变)：指代表蛋白质中氨基酸密码子占据的位点上突变成琥珀密码子的任何DNA 改变。
Amber suppressors (琥珀抑制子)：编码tRNA的基因突变使其反密码子被改变，从而能识别UAG 密码子和之前的密码子。
Aminoacyl-tRNA (氨酰-tRNA)：是携带氨基酸的转运RNA，共价连接位在氨基酸的NH2基团和tRNA 终止碱基的3￠或者2￠－OH 基团上。
转肽名词解释分子生物学
转肽名词解释分子生物学顺式:结构基因是可以编码完整多肽链的核苷酸序列。
断裂基因(split gene)：在真核生物基因组中，基因是不连续的，在基因的编码区域内部含有大量的不编码序列，从而打断了对应于蛋白质的氨基酸序列。
这种不连续的基因又称断裂基因或割裂基因。
内含子(intron)：真核生物基因中，不为蛋白质编码的、在mrna加工过程中消失的dna序列，称内含子。
外显子(exon)：真核生物基因中，在mrna上出现并代表蛋白质的dna序列，叫外显子。
衰减子（attenuator）：指原核生物的操纵子中明显衰减乃至停止转录作用的一段核苷酸序列，位于操纵子上游。
sd序列：原核生物中含有的一段位于起始aug序列上游10nt 左右的富有嘌呤碱基的区域启动子(promoter)：dna链上能指示rna转录起始的dna序列称启动子。
rna剪接（rna splicing）：从dna模板链转录出的最初转录产物中除去内含子，并将外显子连接起来形成一个连续的rna 分子的过程。
rna编辑（edit）：在mrna水平上改变遗传信息的过程。
具体说来，指基因转录产生的mrna分子中，由于核苷酸的缺失，插入或置换，基因转录物的序列不与基因编码序列互补，使翻译生成的蛋白质的氨基酸组成，不同于基因序列中的编码信息现象。
反密码子（anticodon）：位于trna反密码环中部、可与mrna中的三联体密码子形成碱基配对的三个相邻碱基。
在蛋白质的合成中，起解读密码、将特异的氨基酸引入合成位点的作用。
mirna:在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码rna，其大小长约20~25个核苷酸。
结构域（domain）：蛋白质三级结构被分割成一个或数个球状或纤维状折叠较为紧密的区域，各行其功能，该区域称为结构域。
蛋白家族（protein family）：具有序列相似性基因表达的产物。
转录因子（tf）：专为构建起始复合物的基本转录因子，以及在转录过程中调节rnapol活性的转录调控因子，这两类蛋白因子的统称可读框（orf）：是指从起始密码子起到终止密码子为止的一段连续的密码子区域；或在dna序列测定中由计算机系统辨认出的可能编码区域，始于atg，止于tga、taa或tag的连续密码子区域。
分子生物学名词解释大全
分子生物学名词解释大全AAbundance (mRNA 丰度)：指每个细胞中mRNA 分子的数目。
Abundant mRNA(高丰度mRNA)：由少量不同种类mRNA组成，每一种在细胞中出现大量拷贝。
Acceptor splicing site (受体剪切位点)：内含子右末端和相邻外显子左末端的边界。
Acentric fragment(无着丝粒片段)：(由打断产生的)染色体无着丝粒片段缺少中心粒，从而在细胞分化中被丢失。
Active site(活性位点)：蛋白质上一个底物结合的有限区域。
Allele(等位基因)：在染色体上占据给定位点基因的不同形式。
Allelic exclusion(等位基因排斥)：形容在特殊淋巴细胞中只有一个等位基因来表达编码的免疫球蛋白质。
Allosteric control(别构调控)：指蛋白质一个位点上的反应能够影响另一个位点活性的能力。
Alu-equivalent family(Alu 相当序列基因)：哺乳动物基因组上一组序列，它们与人类Alu家族相关。
Alu family (Alu家族)：人类基因组中一系列分散的相关序列，每个约300bp长。
每个成员其两端有Alu 切割位点(名字的由来)。
α-Amanitin(鹅膏覃碱)：是来自毒蘑菇Amanita phalloides 二环八肽，能抑制真核RNA聚合酶，特别是聚合酶II 转录。
Amber codon (琥珀MM子)：核苷酸三联体UAG，引起蛋白质合成终止的三个MM子之一。
Amber mutation (琥珀突变)：指代表蛋白质中氨基酸MM子占据的位点上突变成琥珀MM子的任何DNA 改变。
Amber suppressors (琥珀抑制子)：编码tRNA的基因突变使其反MM子被改变，从而能识别UAG MM子和之前的MM子。
Aminoacyl-tRNA (氨酰-tRNA)：是携带氨基酸的转运RNA，共价连接位在氨基酸的NH2基团和tRNA 终止碱基的3¢或者2¢－OH 基团上。
分子生物学英语名词解释
Appendix C：Glossary附录C：名词解释α helixα螺旋A helical secondary structure in proteins.Pl. α helices.蛋白质中一种螺旋形的二级结构。
复数：αhelices。
α-amanitinα鹅膏蕈碱A toxin that inhibits the three eukaryotic RNA polymerases to different extents. Name derives from mushroom of genus Amanita in which toxin is found.一种能不同程度地抑制三种真核生物RNA聚合酶的毒素。
名称来自于产生此毒素的Amanita属蘑菇。
β-galactosidaseβ-半乳糖苷酶Enzyme that cleaves lactose into galactose and glucose. Name origin: the bond cut by this enzyme is called a β-galactosidic bond.将乳糖分解为半乳糖和葡萄糖的酶。
名称来源：该酶切割的键称为β-半乳糖苷键。
β sheetβ折叠A secondary structure in proteins, relatively flat and formed hydrogen bonding between two parallel or anti-parallel stretches of polypeptide.蛋白质的一种二级结构，相对平坦，在两条平行的或反向平行的肽段之间形成氢键。
σ subunitσ亚基Component of prokaryotic RNA polymerase holoenzyme. Required for recognition of promoters.原核生物RNA聚合酶全酶的组成成分。
分子生物学名词解释汇总
1、central dogma: 它描述了遗传信息的本质：核酸序列可以通过复制、转录、反转录，使之永存或互变，但核酸翻译成蛋白质是单向的，因为核酸序列不能从蛋白质序列中重新得到。
2、replication: DNA双链复制成两个相同的拷贝，这个过程保存和延续了遗传信息。
3、transcription: 一段DNA片段为模板合成RNA的过程。
4、translation: 是在mRNA模板上进行蛋白质合成的过程。
5、reverse transcription: 在逆转录酶的存在下以RNA为模板合成DNA的过程。
6、nucleoid: 细菌中包含基因组的区域，DNA是结合到蛋白质而不是被膜包住。
7、chromosome: 携带很多基因的基因组的分离单位。
每一条染色体包含长的双链DNA分子以及大约等量的蛋白质。
只有在细胞分裂中才可见的形态单位。
8、chromatin: 是真核生物细胞中期细胞核内DNA和蛋白质的复合体。
9、nucleosome: 染色质的基本结构亚基，由约200bp的DNA合组蛋白八聚体所组成。
10、histone: 真核生物中保守的DNA结合蛋白质，是染色质形成的基本亚基，四种组蛋白（H2A、H2B、H3、H4）形成八聚体核心，而后DNA盘绕其上形成核小体，而核小体不包括组蛋白H1。
11、exon: 断裂基因中，在成熟mRNA产物中存在的任何片段。
12、intron: 一段DNA片段，它转录但通过将其两端的序列（外显子）剪接在一起而被除去出转录物。
13、SNP（单核苷酸多样性）: 指单个核苷酸变化引起的多态性（个体之间的序列差异），大部分的个体之间的遗传差异由此引起。
14、RFLP（限制性片段长度多样性）: 指限制性内切核酸酶所能识别的位点上的遗传差异（例如，靶位点上的碱基改变产生），这些差别引起相关限制性内切核酸酶切割产生不同长度片段。
RELP可用于遗传作图，将基因组与常见的遗传标记联系起来。
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Transcription Switching
This switching is directed by a set of phageencoded σ factors that associate with the host core RNA polymerase These σ factors change the host polymerase specificity of promoter recognition from early to middle to late – The host σ factor is specific for the phage early genes – Phage gp28 protein switches the specificity to the middle genes – Phage gp33 and gp34 proteins switch to late specificity
Sporulation
During infection, phage SPO1 changes specificity of host RNA polymerase Same type of mechanism applies to changes in gene expression during sporulation Bacteria can exist indefinitely in vegetative state if nutrients are available Under starvation conditions, B. subtilis forms endospores, tough dormant bodies
Phage Infection
Chapter 6 established that σ is the key factor in determining specificity of T4 DNA transcription To shift the transcription process σ is a likely candidate Study of the process done in B. subtilis and i of Transcription
Like T4, SPO1 has a large genome Temporal transcription program:
– First 5 minutes: expression of early genes – During 5 – 10 minutes: expression of middle genes – After 10 minutes to end: late genes expressed
gp28
gp34
gp33
A
Polymerases were separated by chromatography and subjected to SDS-PAGE to display their subunits. Enzyme B (first lane) contains the core subunits (β’, β, α and ω), as well as subunit IV (gp28). Enzyme C (second lane) contains the core subunits plus subunits V (gp34) and VI (gp33). The last two lanes contain separated σ and δ subunits, respectively.
Two types of B. subtilis cells. (a) vegetative cells and (b) a sporulating cell, with an endospore developing at the left end.
Bacteria can exist indefinitely in vegetative state if nutrients are available Under starvation conditions, B. subtilis forms endospores, tough dormant bodies
8.1 Sigma Factor Switching
Phage infection of bacterium subverts host transcription machinery In process, establishes a time-dependent program of transcription – First early phage genes are transcribed – This is followed by the later genes – Late in the infectious cycle there is no longer transcription of the host genes, only phage genes Change in what genes transcribed is caused by a change in transcription machinery, in RNA polymerase itself
Chapter 8
Major Shifts in Bacterial Transcription
8.1 Sigma Factor Switching 8.2 The RNA Polymerase Encoded in Phage T7 8.3 Infection of E. coli by Phage λ(antitermination)