单晶结构解析XP作图
单晶结构解析XP作图
单晶结构解析XP作图：1、画结构图打开Shelxtl软件→导入res文件→打开XP程序→输入fmol→kill $q→kill $h→envi （中心对称原子）→回车后寻找不同于1555对称操作的代码如2555→sgen 2555→proj(查看结构)→利用操作按钮转动结构找出最佳摆放位置(高度不能大于宽度)→labl 2 500(2 500是默认的大小) →telp 0 -30 0.05 0(后面四个数据分别确定结构的模型和一些参数) →回车回车直到出现Plotfile：(在这里输入名字，这里画结构图，可以统一命名为jiegou) 后回车将会出现命名所有原子的图（根据鼠标位置提醒依次在原子周围左键点击）→draw jiegou→回车后会出现SLPT device[L]:（输入a或者h）再回车输入jiegou，然后回车直到光标不闪位置→出现了xp《图标说明结构图已经画好→quit注：红色字体为结构需要对称操作才能显示一个完整的分子结构所进行的操作。
图片操作解析在这里必须输入命名，否者打不开。
在这里找到res文件的位置2导入res文件后，打开XP操作系统输入fmol后回车3输入kill $h $q4 proj后出现下图所示利用这些按钮旋转得到最佳摆放模式如下图5 按步骤画图二、作堆积图Fmol→matr 1(代表a方向堆积) →pbox 15 15→pack 然后点击按钮sgen/fmol保存（倒数第二个）→proj cell→telp cell →命名duiji 后出现一个命名原子的图框，标出O a b c→命名所有原子当出现这个时表明图已经画好draw duiji→a或h→duiji→→quit1、此步骤可有可无这个键保存标出Oabc即可后按B键保存退出后面是一样的，quit退出程序三、画弱相互作用：氢键、p···π、π···π、M···M等首先要找到氢键的位置，然后再根据对称操作找到氢键画法基本步骤为fmol→kill $q→uniq 原子1 原子2(为氢键的两个原子如uniq C5 N4) →envi N4 3(通过N4对称操作找到C5的操作代码不能为1555如为2555) →sgen 2555→join 3 H5 N4(3代表虚线、注意氢键的因为H5和N4非C5和N4，如错误，可用undo C5 N4来断开这之间的) →pick（杀掉无关的原子：回车键为杀原子，空白键为跳过，/键为保存，注意杀完后不是按/键退出的将没有保存）→telp后面画图步骤与上面一致(只需要标出C5和N4原子)π···π画法对称出两个需要连接的苯环后sgen后→cent/x C5 C6 C7 C8 C9 C10(定义苯环C5C6C7C8C9C10的中心为X1A) →cent/x C15 C16 C17 C18 C19 C20(定义苯环C15C16C17C18C19C20的中心为X1B) →join 3 X1A X1B→proj摆放最佳→pick→telp（画π···π键不需要命名原子telp后命名后出现的命名原子框可以之间按B键退出）以下面画C15-H15A···N3为例经过对称操作后应该为H15C和N3相连此时若不需要再画其他氢键了，可以将两边没有连键的原子杀掉如下图杀完原子后按/键保存退出将显示所杀掉的原子数依次telp只需要命名两个相关的原子即可enter为跳过原子，然后按B键保存退出，或者一直enter到最后也可以保存退出。
用XP程序画单晶结构以及晶胞堆积图
用XP程序画单晶结构以及晶胞堆积图一、画单晶结构以及无中断画晶胞堆积图：1．将后缀为res的文件（比如为50710c.res）复制到硬盘根目录下（比如E：盘）2．启动单晶分析软件XP3．XP>>read e:\ 50710c ↵4．XP>>fmol ↵5．XP>> kill $q ↵：删除溶剂分子以及不需要的氢原子等。
6．XP》undo ：删除不需要的化学键，原子编号之间用空格间隔开。
如删除硝酸根与金属相连的配位键输入undoLa1 N6 La1 N7。
7．XP>>proj ↵出现画图框，你可以按右上的按钮旋转或显示所有的原子。
将分子结构旋转到适当位置，也就是旋转的尽可能使每个原子都不被挡住。
当旋转到适当位置后按右上角的exit退出8．XP>>telp 0-30 ↵回车至现plorfile:的提示符9．plotfile:mol ↵mol是为你所要画的分子结构图起的名字，你也可以起别的名字。
注意：当你按了回车后会进入画图界面，这时候鼠标已经变成了一个矩形框。
将矩形框移动到显示的原子边上合适位置后点击鼠标左键，就对该原子标注了它的顺序。
鼠标在你标注了第一个原子后会自动移到下一个要标注的原子上或旁边，你仍将矩形框移动到合适位置后按鼠标左键进行标注。
重复以上的操作，直至将全部原子标注完毕。
然后按键盘上的b键保存后自动退出到XP程序的dos操作界面10．XP>>draw mol↵mol还是刚才的文件名11．当你上步操作按完回车后会出现一句话，可能的意思是：将该图形保存成什么格式的文件，有几个选项。
请选择按键盘上的a键（可能是保存成可用acrobat 打开的文件），然后回车12．为你的图形取一个名字，你可以仍用mol13.上步回车后又会出现一句话，意思是要保存为黑白图形还是彩色图形。
输入C 保存成彩色图片。
以上就画好了分子结构图。
你可以在这时候推出XP，即在XP>>提示符后输入quit或exit。
单质晶体结构.ppt
3.金属原子形成晶体时结构上的差异
为什么有的金属形成A1型结构，而有的形成A2或A3型结构？
周期表中IA族的碱金属原子最外层电子皆为ns1，为了实现最大 程度的重叠，原子之间相互靠近一些较为稳定，配位数为8的一圈其 键长比配位数为12的一圈之键长短一些，即A2型(体心堆积)结构。
IB族的铜、银、金在其最外层电子4s1、5s1、6s1内都有d10的电子 构型，即d轨道五个方向全被电子占满。这些不参与成键的d轨道在原 子进一步靠近时产生斥力，使原子不能进一步接近，因此，接触距离 较大的A1型结构就比较稳定。
二、非金属元素单质的晶体结构
1.惰性气体元素的晶体
惰性气体在低温下形成的晶体为A1（面心立方）型或 A3（六方密堆）型结构。由于惰性气体原子外层为满电子 构型，它们之间并不形成化学键，低温时形成的晶体是靠 微弱的没有方向性的范德华力直接凝聚成最紧密堆积的A1 型或A3型分子晶体。
2.其它非金属元素单质的晶体结构 —休谟ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ偌瑟瑞（Hume-Rothery）规则
A1和A3型最紧密堆积结构之间也有差异。在两种结构中每个 原子周围均有12个最近邻原子，其距离为r；有6个次近邻原子，其 距离为r；从第三层近邻起，两种堆积有一定差别。根据计算，这 种差别可以导致六方最紧密堆积的自由焓比面心立方最紧密堆积的 自由焓低0.01%左右。所以，有些金属常温下采用六方最紧密堆积， 而在高温下由于A1的无序性比A3大，即A1型比A3型具有更高的熵值， 所以由A3型转变到A1型时，熵变S0。温度升高，TS增大， G=H－TS0，因此，高温下A1型结构比较稳定。
对于第VI族元素，单键个数为8－6=2，故其结构 是共价结合的无限链状分子或有限环状分子，链或环之 间由通过范德华力结合形成晶体，如图1-12 。
单晶结构解析加氢-绘图问题解答
1.通常，H原子的处理方法作者要给出(1)一般通过理论加H，其温度因子为固定值，可通过INS等文件查看(2) 水分子上H原子可通过Fourier syntheses得到(3)检查理论加上的H原子是否正确，主要看H原子的方向。
若不正确则删去再通过Fourier syntheses合成得到(4) 检查H原子的键长、键角、温度因子等参数是否正常。
通过检查分子间或分子内的H键是否合理最易看出H键的合理性(5) 技巧：有时通过Fourier syntheses得到的H原子是正确的，可一计算其温度因子等参就变得不正常，则可以固定其参数后再精修（如在INS中的该H原子前用afix 1,其后加afix 0）（6）各位来说说方法与心得？2.胡老师，下面的问题怎么解决啊？谢谢您。
220_ALERT_2_B Large Non-Solvent C Ueq(max)/Ueq(min) ... 3.70 Ratio222_ALERT_3_B Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min) ... 4.97 Ratio342_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C bonds (x 1000) Ang (49)B 级提示当然得重视了。
建议你先把H撤消，精修到C的热椭球不太变形和键长趋正常。
如做不到就要看空间群？衍射点变量比太小？以至追查到原始数据的录取参数和处理等。
这些粗略意见仅供参考，如何？3.在XP中画图时，只有一部分，想长出另外的对称部分。
我是envi完了，然后sgen长出来的，可是和symm显示的对称信息不一样。
比如：我根据envi的结果用sgen O1 4555得到的是O1A而不是O1D，这跟文献中标注的不一样啊，怎么统一呢？很困扰，忘达人指教。
xp里是按顺序编号的，第一个sgen出的的统一为A,依次标号。
你如果想一开始就统一D 的话，重新name一下4.高氯酸根怎么精修呀？我用的SHETXL6.1版的，最好告诉我怎么用其中的XSHELL来做，我觉得他好用！Method 1DFIXDfix 1.42 0.02 Cl1 O1 Cl1 O2 Cl1 O3 Cl1 O4Dfix 1.42 0.02 O1 O2 O1 O3 O1 O4 O2 O3 O2 O4 O3 O4Method 2SADISadi 0.01 Cl1 O1 Cl1 O2 Cl1 O3 Cl1 O4Sadi 0.01 O1 O2 O1 O3 O1 O4 O2 O3 O2 O4 O3 O45. 晶体的无序是怎么造成的呀，是晶体培养的问题吗？如果无序太多，在解单晶的时候怎么办？我指的是很多的点，没有结构，他们的峰值都大于了0.5大于0.5没什么的，解完后都在1以下就可以了。
081208-单晶X射线结构分析
§4 单晶X射线结构分析1．shelxtl.exe程序安装打开bruker\Shelxtl\Disk1\setup.exe程序，安装在C: or D: 根目录下生成C:\SAXI\SXTL\shelxtl.exeSHELXTL主要子程序XPREP：处理由Bruker的XSCANS和SMART系统输出的衍射数据。
该程序是为SHELXTL特别设计的，可用于确定晶体的空间群、转换晶胞参数和晶系、对衍射数据做吸收校正、合并不同颗晶体的衍射数据、对衍射数据进行统计分析。
画出倒易空间图和柏特森截面图、输出其他子程序所需的文件等。
以下段落中，“code”代表化合物的代码。
输入文件：从SAINT+ (CCD) 得到的衍射点数据文件code.raw（已经被还原、尚未做吸收校正的数据），code.hkl和code.p4p文件；或从XSCANS(P4)得到的code.raw，code.p4p，code.psi文件输出文件：用于输入XS／XL子程序、包含分子式和空间群等信息的文件code.ins 以及衍射点强度数据文件code.hkl；记录晶体空间群、晶体外观、衍射数据收集条件以及所使用的有关软件的文件code.pcf；用于XCIF子程序的记录文件code.prpXS：通过直接法或帕特森法计算出试验性的初始结构模型（初始套）。
输入文件：code.ins，code.hkl输出文件：计算结果文件code.res；记录文件code.lstXL：根据初始结构模型（包括原子的种类、位置和原子位移参数）与观察到的衍射强度，对结构模型进行F或 F傅里叶合成计算和最小二乘法精修。
输入文件：code.ins，code.hkl输出文件：code.res，code.lst，以及由code.ins文件中的ACTA指令产生的晶体信息文件code.cif，结构因子（计算和观测值）文件code.fcfXP：检查XS和XL的计算结果、指认原子的种类和标号、观看分子结构模型和晶体堆积图、检查结构模型的“化学合理性”，同时根据发表论文的需要，画出最后结构模型的各种分子结构和晶体堆积图。
单晶画图
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画出结构图就行了。
XP画图：点击xp
画椭球图
of C58 and C59 is 1.27:1).
The NO2 was split into two parts with 0.5 occupancy for obtaining good thermal parameters.
可以参考一下！
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单晶画图：
fmol less $Q/ kill .../proj/telp 0 -30 0.05 lesss $H/ label atoms/ name.plt
/draw name/chose a/name the file/chose C for color and enter for white-blaack
标记完毕后，自动退出，此时会让输入要保存的*.plt的文件名。
输入draw *
选a后回车
输入要输出的图像文件的名称
选回车保存成黑白图，选c保存成彩色图
等一分钟左右
此时就会有*.psቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ件生成，该文件可以用photoshop打开。
听别人说，对于无序结构（PART1和PART2），一般是给一个总体图，包含PART1和PART2，然后再给两个分离的图，
单晶结构解析XP作图
单晶结构解析XP作图：1、画结构图打开Shelxtl软件→导入res文件→打开XP程序→输入fmol→kill $q→kill $h→envi （中心对称原子）→回车后寻找不同于1555对称操作的代码如2555→sgen 2555→proj(查看结构)→利用操作按钮转动结构找出最佳摆放位置(高度不能大于宽度)→labl 2 500(2 500是默认的大小) →telp 0 -30 0.05 0(后面四个数据分别确定结构的模型和一些参数) →回车回车直到出现Plotfile：(在这里输入名字，这里画结构图，可以统一命名为jiegou) 后回车将会出现命名所有原子的图（根据鼠标位置提醒依次在原子周围左键点击）→draw jiegou→回车后会出现SLPT device[L]:（输入a或者h）再回车输入jiegou，然后回车直到光标不闪位置→出现了xp《图标说明结构图已经画好→quit注：红色字体为结构需要对称操作才能显示一个完整的分子结构所进行的操作。
图片操作解析在这里必须输入命名，否者打不开。
在这里找到res文件的位置2导入res文件后，打开XP操作系统输入fmol后回车3输入kill $h $q4 proj后出现下图所示利用这些按钮旋转得到最佳摆放模式如下图5 按步骤画图二、作堆积图Fmol→matr 1(代表a方向堆积) →pbox 15 15→pack 然后点击按钮sgen/fmol保存（倒数第二个）→proj cell→telp 命名所有原子当出现这个时表明图已经画好cell→命名duiji 后出现一个命名原子的图框，标出O a b c→draw duiji→a或h→duiji→→quit1、此步骤可有可无这个键保存标出Oabc即可后按B键保存退出后面是一样的，quit退出程序三、画弱相互作用：氢键、p···π、π···π、M···M等首先要找到氢键的位置，然后再根据对称操作找到氢键画法基本步骤为fmol→kill $q→uniq 原子1 原子2(为氢键的两个原子如uniq C5 N4) →envi N4 3(通过N4对称操作找到C5的操作代码不能为1555如为2555) →sgen 2555→join 3 H5 N4(3代表虚线、注意氢键的因为H5和N4非C5和N4，如错误，可用undo C5 N4来断开这之间的) →pick（杀掉无关的原子：回车键为杀原子，空白键为跳过，/键为保存，注意杀完后不是按/键退出的将没有保存）→telp后面画图步骤与上面一致(只需要标出C5和N4原子)π···π画法对称出两个需要连接的苯环后sgen后→cent/x C5 C6 C7 C8 C9 C10(定义苯环C5C6C7C8C9C10的中心为X1A) →cent/x C15 C16 C17 C18 C19 C20(定义苯环C15C16C17C18C19C20的中心为X1B) →join 3 X1A X1B →proj摆放最佳→pick→telp（画π···π键不需要命名原子telp后命名后出现的命名原子框可以之间按B键退出）以下面画C15-H15A···N3为例经过对称操作后应该为H15C和N3相连此时若不需要再画其他氢键了，可以将两边没有连键的原子杀掉如下图杀完原子后按/键保存退出将显示所杀掉的原子数依次telp只需要命名两个相关的原子即可enter为跳过原子，然后按B键保存退出，或者一直enter到最后也可以保存退出。
X射线单晶结构分析ppt课件
60º+ 4/6c
4
6
60º+ 5/6c
5
六重反轴
6
– 60º+ 倒反
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14
镜面和滑移面
2. 晶体对称性
记号
滑移量
镜面
m
轴滑移面
a
b
c
对角滑移面
n
金刚石滑移面 d
1/2a 1/2b 1/2c ½(a+b), ½(a+c), ½(b+c) ½(a+b+c) ¼(ac), ¼(b c), ¼(abc)
X射线 结构分析
晶体
超分子化学
晶体工程
材料化学
非共价键组装的 超分子固体
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配位高聚物
5
1. 前言
结构测试流程
测晶胞参数 收强度数据
培养 晶体
结构解析
结构描述 解释
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投稿 发表
6
2. 晶体对称性
2.1 晶体结构周期性和点阵
晶体： 原子(或分子、离子）在空间周期性 排列所构成的固体物质
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33
3.晶体结构测定方法
主要公式：
H1 = H2 + H3 (S 关系 ) 2
tan j = H1
S |E | |E | sin(j + j ) H2 H3 H2 H3
S |E | |E | cos(j + j )
H2 H3
H2 H3
P = ½ + ½ tanh[(N)–½ E E E ] H1 H2 H3
11
2. 晶体对称性
对称元素及其表示
对称轴
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单晶结构解析XP作图：
1、画结构图
打开Shelxtl软件→导入res文件→打开XP程序→输入fmol→kill $q→kill $h→envi （中心对称原子）→回车后寻找不同于1555对称操作的代码如2555→sgen 2555→proj(查看结构)→利用操作按钮转动结构找出最佳摆放位置(高度不能大于宽度)→labl 2 500(2 500是默认的大小) →telp 0 -30 0.05 0(后面四个数据分别确定结构的模型和一些参数) →回车回车直到出现Plotfile：(在这里输入名字，这里画结构图，可以统一命名为jiegou) 后回车将会出现命名所有原子的图（根据鼠标位置提醒依次在原子周围左键点击）→draw jiegou→回车后会出现SLPT device[L]:（输入a或者h）再回车输入jiegou，然后回车直到光标不闪位置→出现了xp《图标说明结构图已经画好→quit
注：红色字体为结构需要对称操作才能显示一个完整的分子结构所进行的操作。
图片操作解析
在这里找到res
文件的位置
2导入res 文件后，打开XP 操作系统输入fmol 后回车
3输入kill $h $q
4 proj 后出现下图所示
5 按步骤画图
命名所有原子
二、作堆积图
Fmol→matr 1(代表a方向堆积) →pbox 15 15→pack 然后点
击按钮sgen/fmol保存（倒数第二个）→proj cell→telp cell
→命名duiji 后出现一个命名原子的图框，标出O a b c→draw duiji→a或h→duiji→→quit
1、
当出现这个时表
明图已经画好
这个键
保存
此步骤可有可无
标出Oabc即可后按B键保存退出
后面是一样的，quit退出程序
三、画弱相互作用：氢键、p···π、π···π、M···M等
首先要找到氢键的位置，然后再根据对称操作找到
氢键画法
基本步骤为fmol→kill $q→uniq 原子1 原子2(为氢键链接的两个原子如uniq C5 N4) →envi N4 3(通过N4对称操作找到C5的操作代码不能为1555如为2555) →sgen 2555→join 3 H5 N4(3代表虚线、注意氢键链接的因为H5和N4非C5和N4，如链接错误，可用undo C5 N4来断开这之间的链接) →pick （杀掉无关的原子：回车键为杀原子，空白键为跳过，/键为保存，注意杀完后不是按/键退出的将没有保存）→telp后面画图步骤与上面一致(只需要标出C5和N4原子)
π···π画法
对称出两个需要连接的苯环后sgen后→cent/x C5 C6 C7 C8 C9 C10(定义苯环C5C6C7C8C9C10的中心为X1A) →cent/x C15 C16 C17 C18 C19 C20(定义苯环C15C16C17C18C19C20的中心为X1B) →join 3 X1A X1B→proj摆放最佳→pick→telp（画π···π键不需要命名原子telp后命名后出现的命名原子框可以之间按B键退出）
以下面画C15-H15A···N3为例
此时若不需要再画其他氢键了，可以将两边没有连键的原子杀掉如下图
杀完原子后按/键保存退出
将显示所杀掉的原子数
依次telp
只需要命名两个链接相关的原子即可enter为跳过原子，然后按B键保存退出，或者一直enter到最后也可以保存退出。
然后draw与上面一致。
在同一个图中画多个氢键相对复杂一些，按步骤进行，画完一个连接一个，保留需要画氢键所需要对称的那个原子所在的结构，然后杀掉其余不需要用到的，然后再画另外一个。
（一定要先杀掉不需要用到的结构，否者对称操作后会很混乱）
其余弱相互作用画法类似，p···π用O原子跟苯环的中心相连。