《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识》主要内容
【指南与共识】高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识
指南与共识】高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识摘要：宏基因组下一代测序（mNGS）技术直接针对标本中核酸无偏倚检测病原微生物序列。
但是，mNGS需经标本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序、数据库比对、报告生成及结果解读等一系列过程，对技术平台及人员素质要求较高。
为规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提高危急重症、疑难感染性疾病和新发突发传染病的救治水平，在多项国家科技专项的支持下，本领域有关专家起草了本共识，以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。
快速准确的微生物鉴定技术始终是临床微生物关注的焦点。
传统微生物检验，诸如形态学、培养、抗原抗体及靶向核酸检测等方法在解决疑难及未知病原微生物上存在局限性［1,2］。
新型宏基因组下一代测序（metagenomics next-generation sequencing，mNGS）技术直接针对样本中所有核酸进行无偏性测序，结合病原微生物数据库及特定算法，检测样本中含有的可能病原微生物序列。
随着该技术的社会经济成本不断降低和技术的不断完善，已逐渐从科研走向临床应用，成为临床疑难和未知病原微生物检验的重要手段［3］。
利用mNGS技术进行病原微生物检测需经样本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序并满足测试的质量控制要求后，采用特定算法软件与专用的病原微生物数据库进行比对，实现对病毒、细菌、真菌、寄生虫及非经典微生物等的检测［1，4,5］。
mNGS技术不依赖培养，对常见病原微生物检验阴性、经验治疗失败、不明原因的危急重感染的病原学诊断以及新发突发传染病的病原体发现具有独特价值［6,7］。
为进一步规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提高危急重症和疑难感染性疾病的诊疗水平，在多项国家科技专项的支持下，参考国内外相关文献、共识与规范［8,9,10,11,12,13,14,15］，特别借鉴了《高通量测序技术临床检测规范化应用北京专家共识（第一版通用部分）》［16］，组织本领域有关专家起草了本共识，以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。
《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识》要点
《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用
规范化专家共识》要点
1.术语标准化：为了避免混淆和误解，专家共识明确了一些术语的定义，包括“高通量宏基因组测序”、“病原微生物”、“DNA序列中的细菌”等。
这有助于各个实验室在交流和报告结果时使用一致的术语。
2.样本采集和存储：专家共识提供了关于病原微生物检测样本采集和
存储的指导，包括不同类型样本（如血液、尿液、呼吸道标本等）的采集
方法、存储条件和保存时限。
这有助于确保样本的质量和可靠性。
3.样本前处理：在进行高通量宏基因组测序之前，样本需要经过一系
列前处理步骤来减少污染和提取纯净的DNA。
专家共识对样本前处理方法
进行了评估，并提供了一些建议和技巧。
4.数据分析：高通量宏基因组测序技术产生大量的DNA序列数据，而
正确且准确的数据分析是关键。
专家共识探讨了不同的数据分析方法，包
括序列质量控制、去除宿主DNA序列、去除污染序列、序列比对和分类等。
此外，针对不同的病原微生物，还提供了相应的数据分析策略。
5.结果解释和报告：高通量宏基因组测序技术可以提供详细的病原微
生物信息，包括物种鉴定、抗药性基因检测等。
专家共识指导了如何正确
解读和报告这些结果，包括确定阈值、结果解释的限制、结果比对和报告
格式等。
6.质控和规范化：为了确保高通量宏基因组测序技术的可靠性和准确性，质控和规范化非常重要。
专家共识列出了一系列质控措施和规范要求，包括样本质量评估、实验室设施要求、实验人员培训等。
《宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识》(2021)要点汇总
《宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识》（2021）要点感染性疾病一直备受临床关注。
新型冠状病毒肺炎全球大流行，给世界经济和人类健康带来严峻挑战，更让病原的精准快速检测成为关注的热点。
近年来，因物价、政策等方面的灵活性，独立实验室已广泛开展基于高通量测序（也称新一代测序技术，NGS）的病原学检测实验。
NGS技术应用的成功案例，对部分感染性疾病的病原学诊断起到决定性作用。
然而目前，临床对NGS应用的适应证认识不足，送检存在较大的盲目性和随意性；操作过程复杂，缺乏规范；提供检验的主体多元而检测质量良莠不齐；结果解释缺乏可信的标准，误导临床的案例屡见不鲜，限制了该技术的临床应用和普及。
一、共识制定过程二、分类和术语（一）分类宏基因组高通量测序技术（mNGS）通过对临床样本的DNA或RNA 进行鸟枪法测序，可以无偏倚地检测多种病原微生物（包括病毒、细菌、真菌和寄生虫）。
二代和三代测序平台均可用于该项技术。
按从临床样本中提取的核酸类型可以分为宏基因组测序和宏转录组测序。
按照测序模式可以分为单端测序和双端测序。
（二）术语和定义NGS：也称高通量测序，是一种可以同时对数十万到数百万条DNA分子序列进行读取的测序技术。
mNGS：m指宏基因组，也称元基因组，是标本中全部生物（人、微生物）基因组的总称。
诊断宏基因组学：指用于临床诊断目的的宏基因组学。
临床宏基因组学：含义与诊断宏基因组学类似，但应用场景更为广泛。
微生物组：指某一个系统、生态环境或特定区域中全部微生物的总和。
试剂盒基因组：游离脱氧核糖核酸（cfDNA）：读长：文库：比对：深度：覆盖率：相对丰度：Q值：标定对照：无模板对照：检出限（LOD）：正常无菌部位：三、mNGS技术应用于感染性疾病的适应证（一）临床适应证共识1对常规微生物学检查容易明确病原体的感染，如尿路感染通过尿培养手段，不建议mNGS。
共识2患者表现为发热或发热症候群，病因未明确（符合不明原因发热定义），考虑感染或不除外感染，但规范性经验抗感染治疗无效，考虑应用常规技术检测的同时，或在其基础上，开展mNGS。
二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识(2020版)要点全文
二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识（2020版）要点全文肺癌是目前全球最常见、致死率最高的恶性肿瘤。
非小细胞肺癌（NSCLC）是肺癌中最常见的组织学类型，在肺癌病例中占比超过80%。
在NSCLC领域，随着基因检测技术的进步和一系列新药临床研究的突破，近10年间新发现的肿瘤驱动基因不断增多，推动了NSCLC靶向治疗药物的研发和临床应用。
全面的肿瘤相关基因检测方法成为提升NSCLC患者治疗效果及预后的有效手段。
CSCO NSCLC诊疗指南提出应采用经过验证的检测方法同时检测多个驱动基因。
NCCN NSCLC指南则强烈支持通过全面分子测序的结果，指导临床治疗方案的确定，或纳入相关临床试验中。
目前，国外已发表了多个NGS检测技术指南，但现有的NGS指南通常侧重检验科室的技术参数标准，尚缺乏可指导NGS检测在实体瘤临床诊疗路径中应用的指南或共识，然而我国NSCLC患者数量庞大，精准治疗药物的可及性高，全面而准确的肿瘤基因诊断结果已经成为肺癌医师临床诊疗的刚需。
因此，国内外业内资深专家共同讨论并撰写了本共识，旨在为我国NSCLC临床诊疗规范使用二代基因测序（NGS）这一新型基因检测技术提供指引。
NGS检测的适用人群共识1：推荐所有病理诊断为肺腺癌、含有腺癌成分的肺癌以及不能分型的晚期新发或术后复发的NSCLC患者常规进行基因检测。
【I级推荐】对经小标本活检诊断为含有腺癌成分或具有腺癌分化的混合型鳞癌，以及年轻或不吸烟/少吸烟肺鳞癌患者，也推荐进行基因检测。
【II级推荐】虽然单纯肺鳞癌患者中有4%的EGFR突变率，但尚无证据支持肺鳞癌患者使用靶向EGFR TKI显著获益，因此不推荐对单纯肺鳞癌患者进行EGFR基因检测。
共识2：针对敏感型突变发生率高的NSCLC患者（见“共识1”），常规基因检测结果为阴性时，建议使用NMPA或FDA批准的NGS产品进行复检。
【III级推荐】晚期新发或术后复发NSCLC患者首次进行基因检测共识3：针对晚期新发或术后复发的NSCLC患者，首次检测建议采用NMPA批准的检测产品，检测至少包括NSCLC常见驱动基因:EGFR突变（应涵盖18号、19号、20号、21号外显子），以及ALK融合、ROS1融合。
宏基因组二代测序在感染性疾病中的应用进展
微循环学杂志,2021,31(2):70-73,78©2021CHINESE JOURNAL OF MICROCIRCULATIONdoi:10.3969/j.issn.1005—1740.2021.02.015宏基因组二代测序在感染性疾病中的应用进展兴胡晓熠综述王惠明#审校［中图分类号］R446［文献标识码］A［文章编号］1005—1740(2021)02—0070—05【摘要】感染性疾病的病原体种类很多，临床表现复杂多样。
快速、准确、全面地检测感染病原体，有利于临床个体化、针对性治疗。
传统检测方法存在目标单一、耗时长等局限，很难满足临床诊治感染性疾病的要求。
宏基因组二代测序(mNGS)作为一项新的测序技术，对细菌、真菌、病毒、寄生虫等病原体引起的新发传染病、疑难感染性疾病等，可提高诊断效率、敏感性及准确性，具有一定的先进性和良好的应用基础。
【关键词】宏基因组测序；感染性疾病；病原体Application and Progress of Metagenomic Sequencing in Detecting the Pathogens of Infectious Diseases HU Xiao-yi,Wang Hu-ming井Department of Nephrology,Renmin Hospital of Wuhan University,Wuhan430060,China；井Corresponding author【Abstract】There is a wide variety of pathogens in infectious diseases with complex and diversified clinical manifestations.A rapid,a ccurate and comprehensive detection of infectious agents is beneficial to clinical individualization and targeted treatment.Traditional detection methods have limitations including singular aim and time-consuming,making it very hard to meet the demands of clinical diagnosis and management of infectious diseases.A s a new sequencing technology,macrogenomic second-generation sequencing(mNGS)has a certain advanced and good application basis to improve the diagnostic efficiency,sensitivity and accuracy in the diagnosis and treatment of pathogens like bacteria,fungi,viruses and parasites,emerging infectious diseases and difficult infectious diseases.【Keywords】Metagenomic sequencing；Infectious diseases；Pathogen感染性疾病为临床常见疾病，其防治重要性日益凸显，而相关病原体常规检测方法存在周期长,阳性率低等缺点，难以满足临床需求。
下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识
下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识摘要近年来，宏基因组二代测序（mNGS）技术在下呼吸道感染（LRTI）病原诊断领域得到了广泛应用，国内临床医师在mNGS的临床应用方面已积累了一定的经验和证据。
但mNGS在LRTI病原诊断中的适用场景仍缺乏规范，mNGS报告的临床意义解读也缺乏专业的指导意见。
本共识基于mNGS在我国LRTI病原诊断方面的应用实践，梳理mNGS在LRTI应用领域的瓶颈问题，汇总本领域专家意见，明确了mNGS在LRTI病原诊断中的适用场景，为mNGS报告临床意义提供了一条合理可行的解读路径，以期规范mNGS在LRTI中科学合理应用。
宏基因组二代测序是近年来兴起的基于核酸检测的微生物鉴定技术，由于其非预设性、高通量等优点而得到广泛应用。
下呼吸道感染主要包括社区获得性肺炎、医院获得性肺炎、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等类型，临床表现多样，感染微生物种类复杂，感染和定植鉴别困难，加之mNGS技术本身存在的局限性，mNGS诊断效力的发挥有赖于选择恰当患者、采用适宜标本以及进行合理的解读。
尽管国内就mNGS的技术要点和临床应用已有数部专家共识，但尚缺乏针对LRTI临床实践中具体问题的指导意见。
为此，中华医学会呼吸病学分会发起并组织呼吸与危重症、临床微生物检验、感染等多学科的专家撰写本共识，以期规范mNGS在LRTI中的临床应用，为更好地规范解读mNGS报告提供指引。
LRTI诊断要点、主要病原谱及特定致病微生物的危险因素本共识不再赘述，可参考相关指南或共识。
本共识采用问答的形式，首先提出需要阐明的问题，经共识写作组讨论后确定入选问题，在梳理临床证据的基础上给出每个问题的推荐意见及理由，并附上典型应用案例及其解析，方便读者掌握共识要点。
本共识适用于青少年和成人LRTI。
一、LRTI病原学诊断方法学问题1：mNGS 和传统微生物检测方法相比的优势与不足是什么？传统微生物检测方法技术成熟，可靠性较高，临床应用实践多；mNGS技术理论上能非预设性、一次性检测未知病原，检测范围更广，但存在技术复杂、报告解读困难等不足。
宏基因组技术在感染性疾病中的应用
中国临床新医学2021年1月第14卷第1期・19・专家论坛*感染性疾病宏基因组技术在感染性疾病中的应用孙波，郑光辉，高阳，王亚东，洪维礼，吕红，张国军，康熙雄基金项目：北京市自然科学基金资助项目（编号:北自然7204274%作者单位：100191北京，北京航天航空大学生物医学工程学院（孙波，高阳，王亚东，洪维礼,康熙雄）；100070北京，首都医科大学附属北京天坛医院（郑光辉，吕红,张国军，康熙雄）；100070北京，北京免疫试剂工程技术研究中心（张国军，康熙雄）作者简介：孙波（1990-%，男，医学博士，研究方向:感染性疾病的研究和致病菌感染的快速检测技术研究。
E-mail：bobo.sunbo@ @通讯作者：康熙雄（1952-%，男，医学博士，教授，研究方向：临床免疫病、肿瘤的诊断和治疗。
E-mail：kangxx@康熙雄，著名临床检验诊断学、临床免疫学专家，中国生物医学工程学会医学检验工程分会主任委员，中国医疗器械行业协会现场快速检测（POCT）分会主任委员，主任医师，教授，博士生导师。
国家神经系统疾病临床研究中心、首都医科大学附属北京天坛医院实验诊断中心第一任主任、院士体检专家、首都医科大学临床检验诊断学系主任、兼任北京航空航天大学博导，全国高等教育委员会诊断学指导委员会原主任委员、教育部高等学校教学指导委员会医学技术类专业教学指导委员会副主任委员，中国医师协会检验医师分会第一任副主任委员、中国生物化学与分子生物学会临床医学分会会长、中国医学装备协会第六届理事会常务理事、中国医疗器械行业协会POCT分会主任委员，中国检验检疫科学研究院体外快速诊断试剂技术转化与控制重点实验室学委会主任，中国医师协会检验医师分会精准检测和精准诊断专家委员会第一届主任委员，全国测量、控制和实验室电器设备安全标准化技术委员会医用设备技术委员会（SAC/TC338/136/221/428）委员，中国医药生物技术协会生物芯片分会常务委员，北京市免疫试剂临床工程技术研究中心主任，北京市住院医师（检验医师、检验技师）培训基地主任，《中华检验医学杂志》等7个专业杂志编委，主编著作30余部，撰写论文200余篇，培养硕博研究生80余人。
宏基因二代测序技术在感染性疾病诊断中的前沿应用
宏基因二代测序技术在感染性疾病诊断中的前沿应用随着二代测序技术的快速发展，宏基因组测序逐渐成为研究微生物群落结构和功能的重要工具。
在感染性疾病的诊断中，宏基因组测序技术具有独特的优势，能够提供丰富的信息，包括病原微生物的种类、数量、功能和耐药性等。
下面将从感染性疾病的诊断、监测和个体化治疗等方面介绍宏基因组测序技术在感染性疾病中的前沿应用。
一、感染性疾病的诊断1. 病原体鉴定和丰度分析：宏基因组测序技术能够在短时间内检测到病原微生物并确定其丰度，包括细菌、病毒、真菌和寄生虫等。
通过高通量测序分析样本中的16S rRNA基因、ITS区序列或全基因组数据，可以获得微生物群落的组成信息，为感染性疾病的诊断提供精确的依据。
2. 新型病原体的发现：宏基因组测序技术的高灵敏性和高通量性能可以帮助科学家快速发现和鉴定新型病原体。
研究人员可以通过对未知病原微生物基因组的整体测序和比对分析，推进病原体识别的精准性和速度，为传染病的控制和治疗提供有效的手段。
二、感染性疾病的监测1. 疫苗安全和有效性评估：宏基因组测序技术可以对疫苗接种后人群的微生物群落进行监测，评估疫苗的安全性和有效性。
通过比对疫苗接种前后的微生物组成差异，研究人员可以评估疫苗对微生物群落结构和功能的影响，为疫苗的改进提供理论支持。
2. 疫情监测和溯源研究：宏基因组测序技术可以用于疫情监测和溯源研究，追踪传染病的来源和传播途径。
通过对感染源、患者和环境中微生物群落的比对分析，可以追踪和确定疫情的来源，为疾病的控制和防范提供科学依据。
三、感染性疾病的个体化治疗宏基因组测序技术可以为感染性疾病的个体化治疗提供重要依据。
个体化治疗主要包括病原微生物的耐药性检测和药物选择、微生物组转录组和代谢组等功能分析。
1. 病原微生物的耐药性检测和药物选择：通过宏基因组测序技术，可以快速鉴定病原微生物的耐药基因和突变位点，为临床医生选择合适的抗生素和药物提供指导。
2. 微生物组转录组和代谢组等功能分析：通过宏基因组测序技术，可以获得微生物群落的转录组、代谢组等功能信息，进一步了解微生物的致病机制和代谢特征，为精准治疗和药物开发提供理论依据。
利用宏基因二代测序技术进行感染性疾病患者的分子诊断
利用宏基因二代测序技术进行感染性疾病患者的分子诊断近年来，感染性疾病一直是全球关注的热点问题。
为了更好地了解感染性疾病的病原体和其发展机制，很多研究者开始采用宏基因二代测序技术进行分子诊断。
宏基因测序技术在病原体研究方面具有许多优势，比如高通量、高准确率和覆盖范围广等。
本文将详细介绍利用宏基因二代测序技术进行感染性疾病患者的分子诊断的方法以及该技术的应用前景。
首先，我们需要大体了解宏基因二代测序技术的原理和流程。
宏基因测序是指通过将DNA进行扩增，将其分离并进行高通量测序，然后通过生物信息学方法分析获得的数据，从而得到生物体内所有的基因信息。
这种技术的主要特点是可以同时对多个样本进行测序，并高效地得到大规模的基因数据。
在感染性疾病患者的分子诊断中，宏基因测序技术可以用于确定病原体的种类、数量和变异情况。
首先，需要收集感染性疾病患者的病原体样本，如血液、呼吸道分泌物等。
然后，通过提取样本中的DNA或RNA，建立合适的文库。
接下来，使用特定引物和PCR技术扩增目标序列。
然后，将扩增得到的文库进行高通量测序。
最后，使用生物信息学方法对测序结果进行筛选、比对和分析，以确定感染性疾病患者体内存在的病原体、药物抗性基因等信息。
宏基因测序技术可以提供大量的分子信息，从而更全面地了解感染性疾病患者体内的病原体群落。
通过对不同感染性疾病患者的样本进行宏基因测序，可以发现病原体的种类和变异情况，为感染性疾病的诊断和治疗提供更准确的依据。
同时，宏基因测序可以分析感染性疾病患者体内的潜在耐药基因，帮助医生选择合适的抗生素进行治疗，减少药物的滥用和耐药性的发展。
此外，宏基因测序技术还可以应用于研究感染性疾病的发展机制和传播途径。
通过对不同时间点、不同地理位置或不同人群感染性疾病样本的宏基因测序，可以揭示感染源和传播路径，为预防和控制感染性疾病提供科学依据。
相比传统方法，宏基因测序技术具有较高的灵敏度和覆盖范围，极大地增加了我们对感染性疾病的理解。
2022中枢神经系统感染性疾病的脑脊液宏基因组学第二代测序应用专家共识(全文)
2022申枢神经系统感染性疾病的脑脊液宏基因组学第二代测序应用专家共识（全文）摘要宏基因组学第二代测序能够非靶向地检测临床标本中的病原体核酸，在中枢禅经系统感染性疾病的病原体诊断方面，已逐步应用于临床。
为推进脑脊液宏基因组学第二代测序的合理应用，中华医学会神经病学分会感染性疾病与脑肯液细胞学学组墓于国内外研究成果与专家经验，组织撰写了该共识。
宏基因组学第二代测序（metagenomic next-generation sequencing , mNGS）可以非靶向地检测临床标本中存在的细菌、真菌、病毒手日寄生虫等病原体的核酸。
在中枢神经系统（central nervous system , CNS ）感染性疾病的病原体诊断方面，脑酱液mNGS技术已逐步应用于临床［1, 21 但是，由于mNGS技术的检测流程较复杂，涉及标本采集和管理、核酸提取、文库制备、测序、数据分析、质控等过程，检测结果易受到多方面因素的影响，而对检测报告的解i卖也需要依赖｜｜伍床医生的经验与判断［3, 41为推进脑脊液mNGS的合理应用，墓于国内外研究成果与专家经验，中华医学会神经病学分会感染性疾病与脑脊液细胞学学组组织撰写了《中枢神经系统感染性疾病的脑誉液宏基因组学第二代测序应用专家共识》。
－、mNGS的应用概况2014年，国际上开始报告使用mNGS诊断神经感染病例［1 1 2015年以来，脑脊液mNGS在国内逐渐应用于神经系统感染性疾病的诊断［21 此后，国内外开展了一系列队列研究［5, 6, 7, 8, 9 ］，报告脑脊液mNGS 检出致病病原体的比例为15.7%～57.0%；在神经感染病例中，mNGS与传统病原学技术同时阳性的比例为22.5%～52.6%；此外，一项非前瞻性研究结果显示，脑脊液mNGS在脑炎与脑膜炎诊断中的敏感度为73%特异度为99%[ 10］；充分说明了脑脊液mNGS对CNS感染性疾病病原诊断的实用性。
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《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家
共识》主要内容
推荐理由：11月出版的《中华传染病杂志》发布了《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识》。
病原学诊断始终是感染性疾病诊断中最重要的一环。
传统的病原学诊断是临床医师根据患者的临床表现做出一系列鉴别诊断，然后针对这些进行检测，通常一个检测只能对应一种病原体，而宏基因组学第二代测序技术（二代测序）能覆盖更广范围的病原体。
本专家共识就二代测序的临床应用范围、样本采集、分析解读和诊断效能等进行了证据总结和意见推荐。
内容要点
若怀疑细菌、真菌、DNA病毒、寄生虫、不典型病原体感染且需进行二代测序检测时，建议采用DNA检测；若怀疑RNA病毒感染时，则建议采用RNA法检测。
对于怀疑中枢神经系统急性感染的患者，如有条件，推荐在抽取脑脊液时同步留取2 ml脑脊液标本保存于-16～20℃冰箱。
在完成常规生物化学检查和培养之后，若3 d内未获得明确的病原学依据且经验性抗感染治疗无效，推荐对留存脑脊液标本进行二代测序检测。
若未留存标本，可重新采集标本。
对于疑似中枢神经系统病毒感染的患者，如有条件，推荐在抽取脑脊液时同步留取2 ml脑脊液标本保存于-16～20℃冰箱。
在传统PCR分子
检测（包括多重探针分子PCR方法）后若未能获得明确的病原学依据，推荐对留存脑脊液标本进行二代测序检测。
若未留存标本，可重新采集标本。
对于慢性中枢神经系统感染及需要随访病原学证据的患者，可首选二代测序进行检测。
对于怀疑血流感染的患者，如有条件，推荐在抽取血培养标本时同步留取2 ml血标本，分离血浆后保存于-16～20℃冰箱，血培养3 d未报阳且经验性抗感染治疗无效时，推荐对留存血标本进行二代测序检测。
若未留存标本，可重新采集标本。
对于呼吸道感染患者，若3 d内未通过传统实验室检查获得明确的病原学依据且经验性抗感染治疗无效，推荐留取呼吸道标本进行二代测序检测。
对于高度怀疑病毒性肺炎且病情持续进展的患者，可先完善呼吸道病毒多重PCR检测，若为阴性，再行二代测序检测，并应同时进行核酸RNA 反转录。
采集样本送检二代测序必须严格遵守无菌原则。
样本应直接从患者感染部位的体液或组织中进行采集。
对于局灶脓肿或组织感染患者，二代测序的总体灵敏性和特异性均较好，其中对细菌检测的灵敏性优于真菌。
对于呼吸道感染，二代测序在病毒及少见病原体的检测中体现出较好的检测效能；但在细菌、真菌等病原体的检测中，二代测序尚不能准确判断菌群定植或感染状态，仍需依赖临床医师结合患者病情进行进一步分析。
本专家共识通信作者、复旦大学附属华山医院感染科张文宏教授认为，病原学的精准诊断对感染性疾病的诊断非常重要。
宏基因组学第二代测序技术检测具有无偏倚性、广覆盖、快速等优点，能覆盖更广范围的病原体。
本专家共识就第二代测序技术的临床应用范围、样本采集、分析解读和诊断效能等进行了意见推荐，建立了中国感染病原体宏基因组学检测的标准规范。