(完整word版)C值悖论
悖论及其意义
悖论及其意义一、悖论的举例及其注释为了便于理解悖论的特征和意义，我们不妨先从实例讲起。
由于悖论的起源和发展几乎与科学史同步，所以悖论已经历了几千年漫长的发展和演变过程，因而种类繁多，无法一一列举，下面仅举几个典型例子。
1．说谎者悖论公元前六世纪，克里特人构造了这样一个语句，一个克里特人说：“所有克里特人说的每一句话都是谎话，”试问这句话是真是假？这里给出这句活是真是假的逻辑论证：假设它是真的，即所有克里特人说的每一句话都是谎话，由于这句话正是克里特人所说，故根据此话的论断可推出这句话是假的。
由此可见，由这句话的真可推出它是假的。
显然，这是一个逻辑矛盾。
产生矛盾的原因是，命题的论断中包含了前提。
反之，假设这句话是假的，也就是说并非每一个克里特人的每一句话都是假话，从而既不能导致逻辑矛盾，也推不出它的真。
此悖论的特征是，由它的真可以推出它的假，但反之，由它的假却推不出它的真。
现将此悖论略加修改，可以构造一个强化的说谎者悖论：“我说这句话时正在说谎”，试问这句话是真是假？下面给出这句话真假性的逻辑论证。
假设这句话是真的，即肯定了这句话的论断，但由此话的论断推出这句话是假。
反之，假设这句话是假，则应否定这句话的论断，即肯定其反面，从而又推出这句话是真。
以上矛盾产生的原因是，由于语言结构层次的混乱，具体地讲，这是一句话套话的句子，且被套的话就是套它的话自身，或者说被断定的话与断定的话混而为一。
2.康托悖论这个悖论是康托1899年发现的，现叙述如下。
设集合M是所有集合的集合，试问集合M的基数==M与集合M的幂集的基数=====)(MP，哪个大。
一方面，根据康托定理，任何集合A的基数==A小于其幂集====)(AP，即== A<====)(AP，可推得==M<=====)(MP (i)另一方面，由)(MP是M的幂集，可知集)(MP中的任一个元素x，即)(MPx∈都是M的子集，所以x必是一个集合。
而又因M是所有集合的集合，从而又有Mx∈。
分子生物学 总结
现代分子生物学复习资料名词解释1、C值反常现象（C value paradox）：也称C值谬误，指c值往往与种系的进化复杂性不一致的现象，即基因组大小与遗传复杂性之间没有必然的联系。
某些较低等的生物C值却很大，如一些两栖类物种的C值甚至比哺乳动物还大。
2、DNA的半保留复制(semiconservative replication)：DNA在复制过程中，每条链分别作为模版合成新链，产生互补的两条链。
这样新形成的两个DNA分子与原来DNA分子的碱基顺序完全一样。
因此，每个子代分子的一条链来自亲代DNA，另一条链则是新合成的，这种复制方式被称为DNA半保留复制。
3、DNA的半不连续复制(semi-discontinuous replication)：DNA复制过程中前导链的复制是连续的，而另一条链，即后随链的复制是中断的、不连续的。
4、DNA微阵列(DNA microarray)技术：把大量已知或未知序列的DNA 片段点在尼龙膜或玻璃片上，再经过物理吸附作用达到固定化。
也可以直接在玻璃或金属表面进行化学合成，得到寡核苷酸芯片。
将芯片与待研究的cDNA或其他样品杂交，经过计算机扫描和数据处理，便可以观察到成千上万个基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达模式。
5、DNA重组技术（recombinant DNA technology）:又称基因工程（genetic engineering）,指不同的DNA片段（如某个基因或基因的一部分）按照预先的设计定向连接起来，在特定的受体细胞中与载体同时复制并得到表达，产生影响受体细胞的新的遗传性状的技术。
6、RNA编辑（RNA editing）：是某些RNA，特别是mRNA的一种加工方式，它导致DNA所编码的遗传信息的改变，因为经过编辑的mRNA序列发生了不同于模板DNA的变化。
7、RNA干涉（RNA interference,RNAi）:是利用双链小RNA高效，特异性降解细胞内同源mRNA，从而阻断体内靶基因表达，使细胞出现靶基因缺失的表型。
悖论及其解决方案
悖论及其解决方案悖论及其解决方案1、一连串悖论的出现罗素的悖论以其简单明确震动了整个数学界，造成第三次数学危机。
但是，罗素悖论并不是头一个悖论。
老的不说，在罗素之前不久，康托尔和布拉里·福蒂已经发现集合论中的矛盾。
罗素悖论发表之后，更出现了一连串的逻辑悖论。
这些悖论使入联想到古代的说谎者悖论。
即“我正在说谎”，“这句话是谎话”等。
这些悖论合在一起，造成极大问题，促使大家都去关心如何解决这些悖论。
头一个发表的悖论是布拉里·福蒂悖论，这个悖论是说，序数按照它们的自然顺序形成一个良序集。
这个良序集合根据定义也有一个序数Ω，这个序数Ω由定义应该属于这个良序集。
可是由序数的定义，序数序列中任何一段的序数要大于这段之内的任何序数，因此Ω应该比任何序数都大，从而又不属于Ω。
这是布拉里·福蒂1897年3月28日在巴洛摩数学会上宣读的一篇文章里提出的。
这是头一个发表的近代悖论，它引起了数学界的兴趣，并导致了以后许多年的热烈讨论。
有几十篇文章讨论悖论问题，极大地推动了对集合论基础的重新审查。
布拉里·福蒂本人认为这个矛盾证明了这个序数的自然顺序只是一个偏序，这与康托尔在几个月以前证明的结果序数集合是全序相矛盾，后来布拉里·福蒂在这方面并没有做工作。
罗素在他的《数学的原理》中认为，序数集虽然是全序，但并非良序，不过这种说法靠不住，因为任何给定序数的初始一段都是良序的。
法国逻辑学家茹尔丹找到—条出路，他区分了相容集和不相容集。
这种区分实际上康托尔已经私下用了许多年了。
不久之后，罗素在1905年一篇文章中对于序数集的存在性提出了疑问，策梅罗也有同样的想法，后来的许多人在这个领域都持有同样的想法。
布拉里·福蒂文章中对良序集有一个错误的概念，这个概念是康托尔1883年引进来的，但—直没有受到什么重视。
1887年8月，在布拉里·福蒂的文章发表以后，阿达马在第一次国际数学家大会上仍然给出了一个错误的良序集的定义。
c值
物种的C值与其进化复杂性之间无严格对应关系C值的资料表明，在不同的门中C值的变化是很大的。
相对比较简单的单细胞真核生物象啤酒酵母，其基因组就有1.75×10^7bp大约是细菌基因组的3-4倍。
最简单的多细胞生物秀丽隐杆线虫其基因组有8×10^7bp，大约是酵母的4倍。
看来生物的复杂性和其DNA含量之间有较好的相关性。
但我们可看到在其它的一些门中，这种相关性有的并不现在。
实际上一个门中的C值变化并没有一定的规律。
例如在哺乳类、鸟类和爬行类的C值变化范围都很小，而在两栖类中这种变化范围增大，而植物的C值变化范围更为宽广，常成倍成倍地增加。
C值和生物结构或组成的复杂性不一致的现象称为C值悖论值悖论值悖论值悖论(C----value paradox)。
现在我们还不能完全解释这种矛盾。
在一定意义上说，生物类群中C值变化范围宽就意味着在某些生物中有些DNA是冗余的，不能编码有功能的活性物质。
DNA总量变化范围的产生至少有一个原因，即在染色体上存在着不同数目的重复序列，这些重复序列是不表达的。
第一，生物体的高等还是低等并不能光光从染色体的多少或者DNA的多少来衡量，而应该看他们的有用基因的数量。
因为染色体中很多内含子、junkDNA和重复序列在目前的研究看来对生物的性状是不必要的。
第二，从哲学的角度，生物并不能被分为高等和低等，这种划分是人为的划分，但在自然选择的角度下来看，所有地球上的生物都是平等的，没有高低等之分。
C值矛盾的产生一个基因组中的DNA含量用C值表示，C值的大小并不能完全说明生物进化的程度和遗传复杂性的高低。
也在计算C值时是根据所有的表达产物来估计的。
比如3000个氨基酸就是1000个mRNA，就是2000个DNA，而实际上还有非编码的，所以少估计了。
高等生物具有比低等生物更复杂的生命活动，所以，理论上应该是它们的C值也应该更高。
但是事实上C值没有体现出与物种进化程度相关的趋势。
哲学上的十大悖论,没有不可能!
哲学上的十大悖论,没有不可能!悖论一.价值悖论作为生活必需品的水价值很低，奢侈品如钻石的价值却很高，但为什么水的价值比钻石低？价值悖论(也被叫做钻石与水悖论)就是一类典型的自相矛盾的例子，尽管在维持生存的价值上水要高出钻石，但是市场价水却不如钻石。
我们来试着解释一下这个悖论，当消费量较小时，两者相比水的边际效用要大于钻石，因此两者都缺少的时候，水的价值就更高。
事实上，现在我们对水的消费量往往都比较大，钻石的消费量却远没有那么大。
我们可以天天喝水喝到吐，却不能天天买钻石。
所以，大量水的边际效用小于少量钻石的边际效用。
按照边际效用学派的解释，比较钻石和水的价值并不是比较两者的总价值，而是比较每份单位的价值。
尽管水的总体价值对于人类来说再大也不为过，毕竟水是生存必需品，但是，考虑到全球的水资源足够充沛，水的边际效用也就处在相对较低水平。
另一方面，急需用水的领域一旦被满足，水就被用作不那么紧急的用途，边际效用因此递减。
所以，水的总量增加，水的总体价值就减少。
钻石的情况就不同了，不管地球上到底有多少钻石，市场上的钻石始终是少量，一颗钻石的用途比一杯水大得多得多得多。
所以钻石对于人更有价值。
钻石的价格远高于水，消费者愿意，商人也乐意，一个愿打一个愿挨。
悖论二.：祖父悖论如果你乘坐时光机回到你祖父祖母相遇之前并杀死你的祖父会发生什么？关于时间旅行最有名的悖论是科幻小说作家赫内·巴赫札维勒1943年的小说《不小心的旅行者》(《Future Times Three》)中提出的。
悖论内容如下：时间旅行者回到自己的祖父祖母结婚之前的时空，时间旅行者在该时空杀死了自己的祖父，也就是说，时间旅行者自身从未降生过；但是，如果时间旅行者从未降生，也就不能穿越时空回到以前杀死自己的祖父，如此往复。
我们假设时间旅行者的过去和现在存在因果联系，那么扰乱这种因果关系的祖父悖论看上去似乎是不可能实现的。
(也就杜绝了人可以任意操纵命运的可能)但是，有许多假说绕开了这种悖论，比如有人说过去无法改变，祖父一定已经在孙子的谋杀中幸存下来(如前所说)；还有种可能是时间旅行者开启/进入了另一条时间线或者平行宇宙什么的，而在这个世界，时间旅行者从未诞生过。
分子生物学名词解释
分子生物学：研究核酸、蛋白质等所有生物大分子的形态、结构特征及其重要性、规律性和相互关系的科学。
C值反常：也称c值谬误，指c值往往与种系进化复杂性不一致的现象，及基因组的大小与遗传复杂性之间没有必然的联系，某些较低等的生物c值却很大。
DNA重组技术：又称基因工程。
将不同的DNA片段按照预先的设计定向连接起来，在特定的受体细胞中与载体同时复制并得到表达，产生影响受体细胞的新的遗传性状的技术。
GU-AG法则：多数细胞核mRNA前体中内含子的5’边界序列为GU，3’边界为AG，因此，GU表示供体衔接点的5’端，AG表示接纳点的3’端序列，习惯上，把这种保守序列模式称为GU-AG法则。
RNA干涉：是利用双链小RNA高效，特异性降解细胞内同源MRNA，从而阻断体内靶基因的表达，使细胞内出现靶基因缺失表性的方法。
摆动假说：crick为解释反密码子中子某些稀有成分的配对（如I）以及许多氨基酸中有两个以上密码子而提出的假设。
编码链/有义链：在DNA双链中，与mRNA序列（除t/u替换外）和方向相同的那条DNA，又称有义链模板链：指双链DNA中能够作为模板通过碱基互补原则指导mRNA前体的合成的DNA链，又称反义链操纵子：原核生物中由一个或多个相关基因以及转录翻译调控原件组成的基因表达单元。
反式作用因子：能直接或间接识别或结合在各类顺式作用元件中核心序列上参与调控靶基因转录效率的pro。
基因定点突变：向靶DNA片段中引入所需的变化，包括碱基的添加，删除，或改变基因家族：在基因组进化中，一个基因通过基因重复发生了两个或更多的拷贝，这些基因即构成一个基因家族，是具有显著相似性的一组基因，编码相似的蛋白质产物基因敲除技术：针对一个序列已知打包功能未知的基因，从DNA水平上设计实验，彻底破坏该基因的功能或消除其表达机制，从而推测该基因的生物学功能基因组DNA文库：某一生物体全部或部分基因的集合，将某个生物的基因组DNA或cDNA片段与适当的载体体外重组后，转化宿主细胞，所谓的菌落或噬菌体的集合即为……基因治疗：是将具有治疗价值的基因即“治疗基因“装配于带有在人体细胞中表达所必备元件的载体中，导入人体细胞，通过靶基因的表达来治疗遗传疾病聚合酶链反应：指通过模拟体内DNA复制方式在体外选择性的将DNA 某个特定区域扩增出来的魔斑核苷酸：在应急反应过程中，由大量GTP合成的ppGpp和pppGpp，它们的主要作用可能是影响RNA聚合酶与启动子结合的专一性，诱发应急反应，帮助细菌度过难关弱化子：原核生物操纵子中能明显减弱甚至终止转录作用的一段核苷酸序列同工tRNA：几个代表AA，能够被一个特殊的氨酰—tRNA合成酶识别的Trna顺式作用元件：存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列，包括启动子，增强子等，本身不编码任何pro，仅提供一个作用位点，与反式作用因子相互作用参与基因表达调控原位杂交技术：用标记的核苷酸探针，经放射自显影或非放射检测体系，在组织，细胞及染色体水平上对核苷酸进行定位和相对定量研究的手段转座/移位：遗传信息从一个基因座转移至另一个基因座的现象，由可移问位因子介导的遗传物质的重排管家基因：维持细胞正常生长发育的必需基因，所以细胞中均需表达的一类基因转座子：是存在染色体上的可自主复制和移位的基本单位，参与转座子易位及DNA链整合的酶称为转座酶原癌基因：正常细胞中与病毒癌基因具有显著同源性的基因，本身没有致癌作用，但是经过致癌因子的催化下激活成为致癌基因，使正常细胞向恶性转化。
等式悖论规则范文
等式悖论规则范文等式悖论是指在数学中出现的一种矛盾的现象。
在等式悖论中，两个看似相等的数值或表达式的等式却产生了不一致的结果。
这种矛盾的现象在数学推理和证明过程中是非常重要的，因为它能帮助我们发现一些潜在的错误和漏洞。
本文将介绍一些等式悖论的规则和例子，并讨论其在数学中的应用。
首先，我们来看一个简单的等式悖论例子。
考虑以下等式：1=0.999...，其中0.999...表示无限循环的小数。
这个等式看起来是成立的，因为无限循环小数0.999...和数值1之间的差距可以无限接近于0，但实际上它们是不相等的。
这是因为无限循环小数0.999...与有限小数相比，有一个无限的尾数，所以它们不能完全相等。
这个等式悖论揭示了在处理无限数值时需要特别小心。
接下来，我们来看一些等式悖论的规则。
规则1：除以零等于无穷在数学中，除以零是一个未定义的操作。
然而，当我们用极限的概念来考虑这个问题时，我们可以说：lim(x→0) 1/x = +∞ 或lim(x→0)1/x = -∞。
这个规则意味着，如果我们试图除以零，结果将是无限大。
规则2：无穷加减无穷等于未定当我们用无穷大数值相加或相减时，结果是未定义的。
例如，无穷大加上正无穷大的结果可能是无穷大，也可能是负无穷大，或者是未定的。
这意味着我们不能简单地对无穷大数值进行加减操作，而需要更加谨慎地分析和推理。
规则3：零乘以无穷等于未定结果为零的数乘以无穷大数值的结果是未定义的。
例如，0乘以无穷大的结果可以是任何数值，或者是未定的。
这个规则也提醒我们在处理零和无穷大之间的关系时要小心。
规则4：无穷乘以无穷等于未定无穷大乘以无穷大的结果是未定义的。
这意味着我们不能确定两个无穷大数值相乘的结果是多少，或者它们是否相等。
这些等式悖论的规则揭示了在处理无限数值和边界情况时需要特别小心。
它们帮助我们认识到数学中的一些操作是没有定义的或者是未定的，这可能会导致推导出矛盾的结论。
然而，等式悖论并不意味着数学是不可靠的。
数学悖论
数学悖论
悖论 ：笼统地说，是指这样的推理过程：
它看上去是合理的，但结果却得出了矛盾。 悖论在很多情况下表现为能得出不符合排 中律的矛盾命题：由它的真，可以推出它 为假；由它的假，则可以推出它为真。
例9：鳄鱼和小孩
一条鳄鱼从母亲手中抢走了一个小孩。
鳄鱼：我会不会吃掉你的孩子？答对了，我就把孩子不加 伤害地还给你。
母亲：你要吃掉我的孩子。
鳄鱼：呣……。我怎么办呢？如果我把孩子交还你，你就 说错了。我应该吃掉他。
母亲：可是你必须交给我。如果你吃了我的孩子，我就说 对了，你就得把他交回给我 。
唐·吉诃德悖论
三：一系列推理看起来好像无懈可击，可是却 导致逻辑上自相矛盾。
有些话，既是对的，又是错的； 有些事，既不是真的，也错的。
上面这个句子对吗？如果是对的，这句话就是 错的！如果这句话是错的，那这个句子就对了！
例8：理发师悖论
告示：城里所有不自己刮脸的男人都由我给他们刮脸， 我也只给这些人刮脸。
那么请问：这位理发师给不给他自己刮脸呢？
如果他自己刮脸，那他就属于自己刮脸的那类人。但 是，他的招牌说明他不给这类人刮脸，因此他不能自 己来刮脸。
如果另外一个人来给他刮脸，那他就是不自己刮脸的人。 但是，他的招牌说他要给所有这类人刮脸。因此其他任 何人也不能给他刮脸。看来，没有任何人能给这位理发 师刮脸了！
请问一块钱哪儿去了？
二：种论断看起来好像肯定错了，但实际上 却是对的（佯谬）。
例如：自然数集和偶数集哪个元素多？
自然数集：1, 2,3, 4, , n
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C值悖论百科名片在每一种生物中其单倍体基因组的DNA总量是特异的，被称为C值（CValue）。
DNA的长度是根据碱基对的多少推算出来的。
各门生物存在着一个C值范围，在每一门中随着生物复杂性的增加，其基因组大小的最低程度也随之增加。
目录简介C值矛盾的产生C值与进化C值与基因组结构简介C值矛盾的产生C值与进化C值与基因组结构展开简介物种的C值与其进化复杂性之间无严格对应关系C值的资料表明，在不同的门中C值的变化是很大的。
相对比较简单的单细胞真核生物象啤酒酵母，其基因组就有1.75×10^7bp大约是细菌基因组的3-4倍。
最简单的多细胞生C值悖论物秀丽隐杆线虫其基因组有8×10^7bp，大约是酵母的4倍。
看来生物的复杂性和其DNA含量之间有较好的相关性。
但我们可看到在其它的一些门中，这种相关性有的并不现在。
实际上一个门中的C值变化并没有一定的规律。
例如在哺乳类、鸟类和爬行类的C值变化范围都很小，而在两栖类中这种变化范围增大，而植物的C值变化范围更为宽广，常成倍成倍地增加。
C值和生物结构或组成的复杂性不一致的现象称为C值悖论(C-value paradox)。
现在我们还不能完全解释这种矛盾。
在一定意义上说，生物类群中C值变化范围宽就意味着在某些生物中有些DNA是冗余的，不能编码有功能的活性物质。
DNA总量变化范围的产生至少有一个原因，即在染色体上存在着不同数目的重复序列，这些重复序列是不表达的。
第一，生物体的高等还是低等并不能光光从染色体的多少或者DNA的多少来衡量，而应该看他们的有用基因的数量。
因为染色体中很多内含子、junkDNA和重复序列在目前的研究看来对生物的性状是不必要的。
第二，从哲学的角度，生物并不能被分为高等和低等，这种划分是人为的划分，但在自然选择的角度下来看，所有地球上的生物都是平等的，没有高低等之分。
C值矛盾的产生一个基因组中的DNA含量用C值表示，C值的大小并不能完全说明生物进化的程度和遗传复杂性的高低。
也在计算C值时是根据所有的表达产物来估计的。
比如3000个氨基酸就是1000个mRNA，就是2000个DNA，而实际上还有非编码的，所以少估计了。
高等生物具有比低等生物更复杂的生命活动，所以，理论上应该是它们的C值也应该更高。
但是事实上C值没有体现出与物种进化程度相关的趋势。
高等生物的C值不一定就意味着它的C值高于比它低等的生物。
这种生物学上的DNA总量的比较和矛盾，称为C值悖论。
C值与进化物种的C值与其进化复杂性之间无严格对应关系。
C值的资料表明，在C值悖论不同的门中C值的变化是很大的。
相对比较简单的单细胞真核生物象啤酒酵母，其基因组就有1.75×10^7bp大约是细菌基因组的3-4倍。
最简单的多细胞生物秀丽隐杆线虫其基因组有8×10^7bp，大约是酵母的4倍。
看来生物的复杂性和其DNA含量之间有较好的相关性。
但我们可看到在其它的一些门中，这种相关性有的并不现在。
实际上一个门中的C值变化并没有一定的规律。
例如在哺乳类、鸟类和爬行类的C值变化范围都很小，而在两栖类中这种变化范围增大，而植物的C值变化范围更为宽广，常成倍成倍地增加。
C值和生物结构或组成的复杂性不一致的现象称为C值悖论(C-valueparadox)。
现在我们还不能完全解释这种矛盾。
在一定意义上说，生物类群中C值变化范围宽就意味着在某些生物中有些DNA是冗余的，不能编码有功能的活性物质。
DNA总量变化范围的产生至少有一个原因，即在染色体上存在着不同数目的重复序列，这些重复序列是不表达的。
C值与基因组结构基因组大小、基因数目与生物复杂度的关系也是科学家们关注的一个重要问题。
基因组大小也称为C值，是指生物体的单倍体基因组所含DNA总量。
从原核生物到真核生物，C值变化很大。
但是基因组及其生物的复杂度与C 值之间并不一定线性相关，如变形虫的C值是人的200倍。
这就是所谓的C 值悖论。
这种差异主要来源于非编码序列的多少。
目前对为什么有的基因组非编码序列多，有的则很少还没有明确的解释。
有人怀疑非编码序列与基因组的可塑性有关。
与此相关的一个问题是基因数目与生物体的复杂性是否有关?这个问题引起了对G(gene)值的讨论。
现在已经发现，一些生活史相似的近缘物种基因数不同。
例如，支原体病菌中的Mycoplasmapneumonia的基因组中包括的基因数比M．genitalium的多50%。
此外，基因数与生物体的复杂性也没有明显的相关性。
例如，拟南芥和果蝇各自的基因数是25，000和14，000，前者编码的基因数是后者的近两倍，但从生物体的复杂性上看，并不能说拟南芥的复杂度是果蝇的两倍。
这种现象就称为G值悖论。
近来对植物和动物基因的研究提示，动物可能多用选择性剪切来增加复杂C值悖论度，而植物则似乎是以基因数目来增加复杂度。
但C值和G值悖论还远未解开，还有待于更多基因组进化的数据。
在基因组结构进化的探讨中，基因，特别是基因组重复也是人们关注的一个重要话题。
现在认为，基因和基因组重复是生物进化和复杂性增加的重要原材料。
Ohno提出脊椎动物的基因组可能经历了两轮重复。
目前有许多研究者在进行基因组是否重复、重复以后如何进化等问题的研究，未来一些年中也将会是一个热门的研究课题。
基因组时代的到来，也极大地改变了许多传统进化生物学研究领域的面貌。
例如人们将有机会彻底检验关于生物进化的中性进化论和选择论的激烈争论。
中性进化论认为，大多数的变异是中性的。
最近一项对果蝇基因组变异模式的研究表明，基因组中绝大部分的变异只能用选择理论解释。
更多的研究提示，达尔文意义上的正选择是普遍存在的。
相信未来几年中针对各种进化力量对基因和基因组的作用的分析仍然会是一个热门的进化生物学研究方向，并有望结束中性进化论在分子水平的统治地位。
构建生物系统发育的进化树也是进化生物学中的一个传统课题。
但离重建整个生命之树的目标还很遥远。
现在人们提出了雄心勃勃的计划，希望利用整个基因组的数据来重构生物的系统发育，并提出了系统发育基因组学(Phvlogenom七s)这一概念。
随着基因组测序技术的不断改进和成本的不断降低，相信人们将有希望彻底解决生物界的系统发育问题。
一、基因序列和非基因序列基因序列：以起始密码子开始，终止密码子结束的一段DNA序列，称为开放阅读框（openreadingframe，ORF）非基因序列：基因序列以外的DNA序列。
编码序列和非编码序编码序列：编码RNA和蛋白质的DNA序列。
非编码序：内含子和基因的间隔序列。
单一序列和重复序列单一序列：基因组中只有一份的DNA序列。
重复序列：基因组中重复出现的序列。
例如，STR，SNP，微卫星DNA等。
（靠！原来这个SNP也是重复序列！！我本以为只是卫星DNA是！）二．寻找基因的思路：功能克隆：克隆（致病）基因的一种策略。
收集所要克隆的基因的蛋白质产物及其功能的信息，用以分离基因，并对基因进行定位。
定位克隆：利用遗传连锁或细胞学定位技术将致病基因定位于染色体的特定区带主要方法：家系调查法、体细胞杂交法、核酸杂交技术用遗传标记进行基因定位形态标记morphological markers，细胞标记cytological markers，生化标记biochemical markers，分子标记molecular markers分子遗传标记。
在核酸分子水平，对具有相对差异的等位基因DNA多态性的标记，广泛存在于高等生物编码区和非编码区，又称为DNA分子标记，是DNA水平上遗传变异的直接反映。
特点：1、直接以DNA形式表现，在生物体各发育阶段,各组织均可检测到。
2、数量多，遍及整个基因组。
3、多态性高，自然界存在许多等位突变，无需专门创造特殊的遗传材料4、中性，不影响目标性状的表达，与不良性状无必然连锁5、许多分子标记表现为共显性（codominance）,能够鉴别出纯合基因型与杂合基因型，提供完整的遗传信息，其C值变化很大。
codominance [kəu'dɔminəns]n. [遗] 共显性；等显性SSR molecular markers were widely applied in soybean researches due to its codominance, highly polymorph, abundance with random distribution in soybean genome, etc.SSR分子标记因具有共显性、多态性丰富、在大豆基因组中分布广等众多优点而被广泛应用于大豆研究中。
分子遗传标记发展RFLP restrict fragment length polymorphism限制性片段长度多态性。
以DNA 酶切片段的长度的不同，形成的多态性。
SSLP simple sequence length polymorphism简单序列长度多态性，又称为VNTR variable number tandem repeat数目可变的串联重复多态性，指重复单位相对较小，由重复单位的序列差异和数目变化，可形成丰富的多态性。
包括：小卫星序列minisatellite和微卫星序列microsatellite。
小卫星DNA标记minisatellite，核心序列为11－60bp，主要存在于染色体靠近端粒处，由于其拷贝数变化，在不同个体间中存在串联数目的差异，若在重复序列两侧有限制性内切酶酶切位点，则切下来的片段会呈现出多态性。
可用于DNA 指纹，DNAFinger。
微卫星DNA标记microsatellite，指以2－7个碱基为核心串联重复而成的一类序列（微卫星DNAmicrosatelliteDNA，又称为STR short tandem repeat短串联重复序列），由于核心序列重复数目的变化而在群体中呈现出遗传多态性，但在同一家系内具有高度的遗传保守性，以孟德尔方式遗传，散布于整个基因组中。
SNP single nucleotide polymorphism单核苷酸多态性，是指在基因组内特定核苷酸位置上存在两种不同碱基，其中最少一种在群体中的频率不小于1％。
SNP 分为两种形式：基因编码区的SNP，称为cSNP遍布于基因组内的大量单碱基变异。
可见C值的大小并不能完全说明生物进化的程度和遗传复杂性的高低。
SNP分析的特点（1）SNP数量大，分步密集，平均每1000bp就有一个SNP（2）SNP比STR扩增更有效，不会产生假带（3）由于SNP是二态的，易于自动化批量检测，易于用计算机分析结果SNP与RFLP和STR等DNA标记的主要不同在于：不再以“长度”的差异作为检测手段而是直接以序列的差异作为标记。
但SNP 单个基因座的多态性很差，只有二态，为此采用多个SNP基因座进行“单倍型”分析十分重要。