第七章 次级键及超分子结构化学

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超分子化学(完整版)

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分子器件
其它受体
阴 离 子 受 体
中 性 受 体
简介
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自组装
简介
作用力
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自组装原理
+
+ +
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自组装配位化合物
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定义
超分子
超分子化学
Supramolecular Chemistry
PK 超高分子量化学?
超越分子的化学?
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分子化学
++
超分子化学
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机械-互锁分子结构
Fischer 酶-底物->锁和钥匙
沃森/克里克 DNA双螺旋模型
1873年
1920年
1894年
Fritz Vogtle 形状和离子选择性受体
简介
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受体
自组装
分子器件
A
底物
B
合成
受体
共价键 C
D
分子化学
超分子化学
相互作用 超分子
识别
自组织 自组装
转换
易位 供能组分
分子/超分子 器件
简介
作用力
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作用力

超分子化学

超分子化学

芳环堆积的三种形式
1. 超分子化学简介
氢键 (D—H…A)
强氢键:O—H … O/N,键长 1.5-2.2 Å, 键角 140-180 弱氢键:C—H … O/N,键长 2.0-3.0 Å, 键角 120-180 氢键本质:静电力、特殊的范德华力 特点: 具有方向性、饱和性
氢键基本型式
J. AM. CHEM. SOC. 2003, 125, 6882-6883
4. 配合物中的弱键作用
弱键的判断
通过从晶体结构数据归纳获得的4套半径数据(离子半径、共价半径、金属原子半 径、范德华半径)来研究化合物的成键特征是配位化学中结构研究的重要内容。 两原子间距离小于范德华半径 之和、大于三种化学键的键长,即可认为形成了弱键。 弱键(weak bonding)、半键(semibonding)、非键(nonbonding)、短接触 (short contact)、次级键(secondary bonding)
2.89Å Ag的范德华 力半径和: 3.40-3.44Å
Au…Au之间的亲金作用
[Ag2(C8H6N2)2] · 2ClO4中的Ag…Ag作用
4. 配合物中的弱键作用
细胞色素C氧化酶的双核Cu中心,d(Cu…Cu)=2.50Å
讨论
在超分子结构构造中,分子间作用力是研究的重点。这些作用力主要包括哪 些?如何判断它们是否存在?
4. 配合物中的弱键作用
共价半径
Hg(II)-N距离的统计分布
卤素Hg(II) 配合物的过渡态——以弱键为特征的中间体/活化配合物
4. 配合物中的弱键作用
金属原子与配位原子间的弱键作用
[Hg(hmt)1/2Br2]n (hmt=六次甲基四胺)

高中化学竞赛【次级键与超分子结构化学】

高中化学竞赛【次级键与超分子结构化学】

iv. 1,6-二氮双杂环[4,4,4]十四烷
N: 280.6pm :N
H+
252.6pm
N H+ N
-e-
229.5pm
N +N
-e-
N+ 153.2pm+N
2个N原子范德华半径和为300pm
2.金属原子与非金属原子间的次级键
i. V2O5 V2O5是层状结构氧化物, 在此结构中V原子 与5个O原子配位, 还和邻层中的1个O原子以次级
例2. 在冰中每个水分子都按四面体方式 形成2个O—H…O及2个O…H—O氢键, 其 中, O—H为96pm, H…O为180pm, 计算氢 和氧原子周围的键价和. R0=87pm, N=2.2。
解. O—H的键价: S=(96/87)-2.2=0.8;
O…H的键价: S=(180/87)-2.2=0.2.
+120+140=369pmX. H Y
iv. 在氢键中,
α R 角通常在100~
140°之间.
V. 在通常情况下, 氢键中的氢是二配位的, 但 在有些氢键中, 也可以是三配位或四配位的. 如:
OC
NH OC
OC NHOC
OC
Vi. 大多数情况下, 只有一个H原子是直接指
向Y上的孤对电子, 但是也有例外. 如在氨晶体中,
I.D.Brown等提出的键价理论是了解键的强 弱的一种重要方法:根据化学键的键长是键的强 弱的一种量度的观点,认为由特定原子组成的化 学键,键长值小,键强度高、键价数值大;键长 值大,键强度低、键价数值小。他们根据实验测 定所积累的键长数据,归纳出键长和键价的关系。 键价理论的核心内容主要有两点.
键结合. 如下图:

结构化学基础知识点

结构化学基础知识点

结构化学基础知识点结构化学课程是高等学校化学专业的主干课程之一,也是应用化学、材料化学等专业的基础理论课。

接下来店铺为你整理了结构化学基础知识点,一起来看看吧。

结构化学基础知识点:量子力学经典物理学是由Newton(牛顿)的力学,Maxwell(麦克斯韦)的电磁场理论,Gibbs(吉布斯)的热力学和Boltzmann(玻耳兹曼)的统计物理学等组成,而经典物理学却无法解释黑体辐射,光电效应,电子波性等微观的现象。

黑体:是一种可以全部吸收照射到它上面的各种波长辐射的物体,带一个微孔的空心金属球,非常接近黑体,进入金属球小孔的辐射,经多次吸收,反射使射入的辐射实际全被吸收,当空腔受热,空腔壁会发出辐射,极少数从小孔逸出,它是理想的吸收体也是理想的放射体,若把几种金属物体加热到同一温度,黑体放热最多,用棱镜把黑体发出的辐射分开就可测出指定狭窄的频率范围的黑体的能量。

规律:频率相同下黑体的能量随温度的升高而增大,温度相同下黑体的能量呈峰型,峰植大致出现在频率范围是0.6-1.0/10-14S-1。

且随着温度的升高,能量最大值向高频移动.加热金属块时,开始发红光,后依次为橙,白,蓝白。

黑体辐射频率为v的能量是hv的整数倍.光电效应和光子学说:Planck能量量子化提出标志量子理论的诞生。

光电效应是光照在金属表面上使金属放出电子的现象,实验证实:1.只有当照射光的频率超过金属最小频率(临阈频率)时,金属才能发出电子,不同金属的最小频率不同,大多金属的最小频率位于紫外区。

2.增强光照而不改变照射光频率,则只能使发射的光电子数增多,不影响动能。

3.照射光的频率增强,逸出电子动能增强。

光是一束光子流,每一种频率的光的能量都有一个最小单位光子,其能量和光子的频率成正比,即 E=hv光子还有质量,但是光子的静止质量是0,按相对论质能定律光子的质量是m=hv/c2光子的动量:p=mc=hv/c=h/波长光的强度取决于单位体积内光子的数目,即光子密度。

分子的电学和磁学性质及分子间作用力

分子的电学和磁学性质及分子间作用力
∆µ
µ+∆µ

二. 偶极矩和分子结构 1. 键矩和基矩:
µ2µ12µ222µ1µ2cos

:夹角
µ1、µ2为键矩或基矩,
nd o B
le o p di
Bon
dd
S
O
i po
le
O
Overall dipole moment
3
2. 偶极矩与对称性的关系 ① 分子具有永久偶极矩的对称性判据 由于任何对称操作使分子进入一种与原型无法区分的 状态,所以,如果分子有永久偶极矩,它必然处于分 子的每一个对称元素上。否则,对称操作将改变之 ●当分子有i,则偶极矩必然缩为一点,即=0 ; ●有两个(非所有)对称元素交于唯一一点的分子,=0; ●有S4n的分子不可能有永久偶极矩,否则S4n操作将改变 其方向 ② 利用偶极矩数据也可获得分子构型信息.
4
7.2 分子的磁学性质
一. 磁化率 磁介质在磁场中的磁化程度用磁化强度矢量 I 描述。 B=H+H’=H+4I I=χH I是单位体积磁矩,χ为单位磁场强度下的单位体积磁 矩,常用比磁化率:χg或χm
χg=χ/ρ
χm=Mχ/ρ =χVm
顺磁质:χ>0,I >0, B>H(H与H’同方向) 铁磁质:χ很大,1000-10000 反磁质:χ<0, I<0, B<H(H与H’反方向)
7
瞬间偶极矩→色散力
3. 粘度和表面张力等;范德华力使之增大
7.4
一. 氢键的本质
氢键
与电负性大的原子共价结合时,H的σ键电子云偏向该原 子,当另一负电性大的原子接近H时,屏蔽小的正电性H 核被强烈吸引,形成氢键,包 CH3 H : 括静电作用和部分共价键作用, O O 共价性强则作用也越强 : CH3 H O 二. 氢键的类型和特点: CH3 ● 分子内和分子外氢键; hydrogen bonds in methanol ● 按X/Y原子种类: F、O、N等; ● 大多数HX比H···Y近;键长<共价键长与范德华半径之和 ● H通常是二配位 8

蛋白质次级键

蛋白质次级键

浅析蛋白质结构的基石——次级键蛋白质是生命活动的重要物质基础,其结构和功能息息相关。

在蛋白质结构的四级结构中,次级键是维持蛋白质二级结构稳定性的关键因素。

一、概念次级键是指除肽键以外,在蛋白质分子中形成的化学键或物理作用力。

它们作用于相邻氨基酸残基之间,决定了蛋白质链的折叠方式,进而影响蛋白质的三级和四级结构。

二、类型及作用常见的次级键包括1.氢键由肽链上的羰基氧和氨基氢之间形成的电性吸引力,是蛋白质中最常见的次级键。

氢键具有较强的方向性,能够稳定蛋白质的α螺旋和β折叠等二级结构。

2.疏水键由非极性氨基酸残基侧链聚集在一起形成的相互作用力。

疏水键是蛋白质内部疏水环境形成的关键因素,可以帮助蛋白质维持其结构完整性。

3.离子键由带相反电荷的氨基酸残基侧链之间形成的静电吸引力。

离子键具有较强的作用力,可以稳定蛋白质的结构,并参与蛋白质的许多功能活动。

4.范德华力由相邻原子或基团之间的偶极-偶极相互作用、诱导偶极相互作用和色散力等弱相互作用力统称为范德华力。

范德华力虽然作用力较弱,但当它们的数量累积起来时,也能对蛋白质结构的稳定性产生显著影响。

此外,还有一些其他次级键,例如二硫键、金属离子螯合等,它们在特定条件下也会影响蛋白质结构。

三、意义次级键的类型和数量决定了蛋白质二级结构的多样性。

α螺旋和β折叠是两种最常见的蛋白质二级结构,它们由不同的氢键模式形成。

α螺旋是一种紧密的螺旋结构,由肽链上的氢键将氨基酸残基连接在一起。

β折叠是由多个β链平行排列形成的片层结构,β链之间通过氢键相互连接。

次级键不仅影响蛋白质的结构,还对其功能有着重要影响。

例如,酶的活性位点通常位于蛋白质的三级结构表面,而该结构的形成依赖于二级结构的稳定性。

因此,次级键的破坏会导致酶活性的降低甚至丧失。

总之,次级键是维持蛋白质结构稳定性的重要因素,它们对于蛋白质的功能发挥至关重要。

了解次级键的性质和作用,对于我们理解蛋白质的结构和功能具有重要意义。

结构化学名词解释

结构化学名词解释

1. 量子效应:(1)粒子可以存在多种状态,它们可由υ1 ,υ2,···,υn 等描述;(2)能量量子化;(3)存在零点能;(4)没有经典运动轨道,只有概率分布;(5)存在节点,节点多,能量高。

上述这些微观粒子的特性,统称量子效应。

2. 次级键:强相互作用的化学键和范德华力之间的种种键力统称为次级键。

3. 超分子:由两种或两种以上分子依靠分子间相互作用结合在一起,组装成复杂的、有组织的聚集体,并保持一定的完整性,使其具有明确的微观结构和宏观特性。

4. 超共轭效应:指C—H等σ键轨道和相邻原子的π键轨道或其他轨道互相叠加,扩大σ电子的活动范围所产生的离域效应。

5. 前线轨道:分子中有一系列能及从低到高排列的分子轨道,电子只填充了其中能量较低的一部分,已填电子的能量最高轨道称为最高占据轨道(HOMO),能量最低的空轨道称为最低空轨道(LUMO),这些轨道统称前线轨道。

6. 成键轨道、反键轨道、非键轨道:两个能级相近的原子轨道组合成分子轨道时,能级低于原子轨道能级的称为成键轨道,高于原子轨道能级的称为反键轨道,等于原子轨道能级的称为非键轨道。

7. 群:群是按照一定规律相互联系的一些元(又称元素)的集合,这些元可以是操作、数字、矩阵或算符等。

8. 对称操作:能不改变物体内部任何两点间的距离而使物体复原的操作叫对称操作。

9. 对称元素:对称操作所据以进行的旋转轴、镜面和对称中心等几何元素称为对称元素。

10. 点阵能/晶格能:指在0 K时,1mol离子化合物中的正负离子,由相互远离的气态,结合成离子晶体时所释放出的能量。

11. 化学键:在分子或晶体中两个或多个原子间的强烈相互作用,导致形成相对稳定的分子和晶体。

(广义:化学键是将原子结合成物质世界的作用力。

)12. 黑体:一种能全部吸收照射到它上面的各种波长辐射的物体。

13. 能量量子化:频率为v的能量,其数值是不连续的,只能为hv的整数倍,称为能量量子化。

超分子结构化学-PPT

超分子结构化学-PPT

O…H键键价:S=(180/87) -2.2 =0.20
所以在冰中O原子和H原子周围键价的分布如下:
H 0.20 O H 0.20 H
0.80 0.80 0.20
H
0.20
O原子周围的键价和为2,H原子的键价和为1,符合键价和规则。
6.2 氢

氢键表示方式:X—H…Y
X—H: σ键的电子云趋向高电负性的X原子,导致出现屏蔽 小的带正电性的氢原子核,它强烈地被另一个高电负性的Y原子 所吸引。 X,Y通常是F,O,N,C1等原子,以及按双键或三重键成 键的碳原子。例如:
aromatic hydrogen bond),多肽链中的N—H与水的O—H,它们
和苯基形成的N—H…π和O—H…π在多肽结构以及生物体系中是 十分重要的,它对稳定多肽链的构象将起重要作用。根据计算,
理想的N—H…Ph氢键的键能值约为12kJ· -1。已知多肽链内部 mol
N—H…Ph氢键的结合方式有—下面两种:
H基团)和一个质子受体原子(例如带有孤对电子的O或N原子)
之间形成。X和Y都是F、O、N、C1或C等电负性较高的原子。 近年来,发现了几种不属于上述常规氢键的体系,现分述如下:
1.X—H… π氢键 在X—H…π氢键中,π键或离域π键体系作为质子的受体。 由苯基等芳香环的离域π键形成的X—H…π氢键(芳香氢键
7.2.1 氢键的几何形态
氢键的几何形态可用R,rl,r2,θ等参数表示。有下列特点:
(1)大多数氢键X—H…Y是不对称的。 (2)氢键X—H…Y可以为直线形,也可为弯曲形。 (3)X和Y间的距离作为氢键的键长,如同所有其他的化学键一样, 键长越短,氢键越强。当X…Y间距离缩短时,X—H的距离增 长。极端的情况是对称氢键,这时H原子处于X…Y间的中心点, 是最强的氢键。 (4)氢键键长的实验测定值要比X—H共价键键长加上H原子和Y
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(1)通过i, j两原子间的键长rij计算这两个原子间的键价Sij Sij = exp [(R0- rij)/B 或 Sij = [(rij /R0)-N (2)键价和规则:每个原子所连诸键的键价之和等于该原 子的原子价
7. 2 氢键
氢键 氢键以X-H•••Y表示,其中X 和Y都是电负性较高的原子, 如F、O、N 等, Cl和C 在某些条件下也参与形成氢键。
(4) (5)
(6) 在通常情况下,氢键中H原子是二配位,但在有些氢键中H原子是三配位 或四配位
O N-H O
C
O
C
C
N-H
O
C
O
C
三配位
四配位
(7) 在大多数氢键中,只有一个H原子是直接指向Y上的孤对电子,但是也有 许多例外。
7.2.2 氢键的强度
氢键的强弱及其性质
性质 X-H···Y相互作用 键长 H···Y/pm X···Y/pm 键角θ/(°) 键能/(kj·mol-1) IR相对振动位移/(%) 低场中1H化学位移/ppm 实例 强氢键 共价性占优势 X-H≈H-Y 120~150 220~250 175~180 >50 25 14~22 强酸气相二聚体 酸式盐、质子受 体、HF络合物 中强氢键 静电占优势 X-H<H-Y 150~220 250~320 130~180 15~50 10~25 <14 酸、醇、酚水合 物、生物分子 弱氢键 静电 X-H«H-Y 220~320 320~400 90~150 <15 <10 - 弱碱、碱式盐、 C-H···O/N O/N-H···π
E

= −
(4 πε
a
2
μ
0
)
2 1 2
r
6
μ1为分子1的偶极矩,α2为分子2的极化率。
⑶ 色散力: 指非极性分子的诱导偶极矩-诱导偶极 矩的相互作用:
E色
3 I1 I 2 =− 2 I1 + I ⎟⎜ ⎜ 4πε ⎠⎝ 0
⎞ ⎟ ⎟ ⎠
2
I1 和 I2 为分子1和2的电离能。 分子间的推斥力是短程力,当分子靠近时, 推斥力明显。分子间相距较远时,吸引力明显。 分子间相互作用势能用Lennard-Jones(林纳德-琼 斯)的6-1-2关系式表达:
冰-Ih中中,O-H…O的氢键键能为25 kJ/mol, 包括下列相互作用: 1. 静电相互作用 2. 离域或共轭效应 3. 电子云的推斥作用 4. 范德华作用
7.2.3 非常规氢键 1. X -H ··· π氢键 (芳香氢键)
在一个X -H ··· π氢键中, π键或离域π键体系作为质子的受体。
7.3.2
金属原子与非金属原子间的次级键
在金属卤化物、氧化物以及配合物中,金属原子和非金属原子成键 结合在一起,通过大量晶体结构测定的数据和键价理论的计算,在 其中存在许多次级键,它们使金属原子的配位环境显现出完整性和 稳定性,也较好地符合键价和规则。
7.3.2
金属原子间的次级键
次键级为金属原子间的非键相互作用。目前关注的是亲金作用 (aurophilicity)和亲银作用(argentophilicity). 亲金作用(aurophilicity)
分子间作用力对分子的键长和键角等 构型的影响一般很小,但对围绕单键旋转 的扭角等构象的改变影响很大。分子的构 象决定于分子间的作用力或非共价键的作 用力。分子间作用力对分子的几何学和分 子的性质影响很大。 大分子或高分子内部基团间的相互作 用,也和分子间的作用相似。 在上述跟1/r 6成比例的三种作用力通称 为范德华力。
E
=
A r
12
B − 6 r
7.5 分子的形状和大小 7.5.1 构型和构象
分子的构型(configuration)是指分子中的原子或基团在空间按特定的方式排布 的结构形象。构型由分子中原子的排布次序、连接方式、键长和键角等决 定。相同的化学成分而构型不同的分子称为构型异构体。构型异构体有顺反 异构体和旋光异构体两类,后者是对手性分子而言。 二氯乙烯分子的顺反异构体及其所属点群如下:
范德华力又称为范德华键,它主要由三方面的作用力组成: (i) 静 电力,(ii)诱导力和(iii)色散力。 1. 静电力 来自永久多极矩间的相互作用,主要是偶极矩。极性分子有永 久偶极矩,偶极矩间产生静电吸引作用。 2. 诱导力 永久偶极矩将诱导邻近分子使发生电荷位移,出现诱导偶极 矩。永久偶极矩和诱导偶极矩之间存在吸引作用,此相互作用 的能量称为诱导能。 3. 色散力 非极性分子有瞬间的偶极矩将在邻近分子中诱导出偶极矩,瞬 间偶极矩与诱导偶极矩间的相互作用力叫色散力。这种相互作 用的能量叫色散能。
7.6 超分子结构化学
超分子是指由两种或两种以上分子依靠分子间相互
作用结合在一起,组成复杂的、有组织的聚集体, 保持一定的完整性,使它具有明确的微观结构和宏 观特性。
由分子到超分子和分子间相互作用的关系,正如由
原子到分子和共价键的关系。
分子间相互作用 ≠ 非共价键
1. 能量因素
能量因素:降低能量在于分子间键的形成。 (a)静电作用 - 盐键 正负离子 + R-COO-····H3N+-R 离子-偶极子作用
碘(I2)晶体
卤互分子X2从F2 Cl2 Br2 I2金属性增加。由I2分子组成的碘晶 体,具有金属光泽和较高的导电性。这是由于在碘晶体中,I2分子 间存在次级键,分子间I---I的最短距离为350pm,要比I原子的范德 华半径和430短得多。
I---N contact
Br---Br 和 Br--- π 作用
2. X -H ··· M氢键
X -H ··· M氢键是常规氢键的类似物,它在一个3c-4e 体系的相互作用下,包含一个 富电子的过渡金属原子作为质子受体。
3. X -H ··· H-Y氢键 一系列含N -H ··· H -B 体系的H .H 距离介于175~190 pm。在 二聚体[ H3NBH3]2 中, 含有2 个N -H ··· H -B 二氢键, H ··· H 距离为182 pm , (NH) ··· H B 键角为100°, 而(BH) ··· H -N的键角则大得多,这些信息促使人 们提出存在X -H ··· H-Y二氢键的观点 二氢键不仅存在于H3N-BH3 等化合物中,还存在于过渡金 属配位化合物中
第 7章
次级键及超分子结构化学
超分子结构化学
超分子是指由两种或两种以上分子依靠分子间相互
作用结合在一起,组成复杂的、有组织的聚集体, 保持一定的完整性,使它具有明确的微观结构和宏 观特性。
由分子到超分子和分子间相互作用的关系,正如由
原子到分子和共价键的关系。
分子间相互作用 ≠ 非共价键
亲银作用(argentophilicity)
五、金属-金属相互作用
1. 亲金作用(aurophilicity) 亲金作用指在一价金的簇合物分子中,非键的Au(I)原子间 的相互吸引作用。
通过Au···Au相互吸引作用聚合
一价金的电子组态为闭壳层结构Au(I): [Xe]4f145d106s0 按常理,非键的同类原子应相互推斥,原子间距离大于范德华 半径和: 2 × 166pm = 332pm 是什么原因导致亲金作用,使 Au···Au 距离缩短?是相对论效 应导致 6s 轨道收缩形成(6s5d)10不呈现闭壳层结构
7.2.4 冰和水中的氢键
气相水的结构
四面体形 电荷分布体系 H2O···H-F H2O···H-Cl H2O···H-CN H2O···H-OH
质子受体 质子给体
水的气态二聚体
冰的结构-Ih
水的性质和结构
c. 电导 H+接力位移
离子淌度:H3O+ OH- Na+
32.5 ×10-4 cm·s-1 17.8 ×10-4 cm·s-1 5.2 ×10-4 cm·s-1
氢键对物质的影响
(1)由于物质内部趋向于尽可能多地生成氢键以降低体系的能量,即在具备形 成氢键条件的固体、液体甚至气体中都尽可能地生成氢 (2)因为氢键键能小,它的形成和破坏所需要的活化能也小,加上形成氢键的 空间条件比较灵活,在物质内部分子间和分子内不断运动变化的条件下,氢键仍 然不断地断裂和形成,在物质内部保持一定数量的氢键结合,氢键的形成对物质 的各种物理化学性质都会发生深刻的影响,在人类和动植物的生理生化过程中也 起十分重要的作用
7.2.5 氢键和物质的性能
1. 物质的溶解性能 2. 物质溶沸点和气化焓
分子间生成氢键,熔点、沸点会上升;分子内生成氢键,一般熔、沸点要下降
3. 粘度和表面张力
分子间生成氢键,粘度会增大
7.2.6 氢键在生命中的作用
7.3 非氢键型次级键 7.3.1 非金属原子间的次级键
许多非金属原子间的次级键可在分子间或分子内部形成
这三种作用的能量可按下列公式进行计算:
⑴ 静电力: 指偶极子-偶极子相互作用:
2μ μ E诱 = − 3 kTr
2 1
2 2 6
(4πε 0 )
1
2
式中μ1和μ2分别是两个相互作用分子的偶极 矩,r是分子质心间的距离,k为Oltzmann常数,T为 绝对温度,负值代表能量降低。 ⑵ 诱导力: 指偶极子-诱导偶极子相互作用:
2. 亲银作用 (argentophilicity)
和亲金作用相似,在银簇合物和金银混合簇合物中呈现亲银作 用。
乙炔银复盐中包藏C22-的 银多面体结构 (a) Ag2C2·2AgClO4·2H2O Ag···Ag(实线) (b) Ag2C2·2AgNO3 292.5pm (c) Ag2C2·5.5AgNO3 291~336pm (d) Ag2C2·5AgNO3 271~336pm (e) Ag2C2·6AgNO3 295~305pm (f) Ag2C2·8AgF
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