最新石蜡包埋组织的DNA提取及其应用
石蜡包埋步骤（推荐五篇）
石蜡包埋步骤（推荐五篇）第一篇：石蜡包埋步骤石蜡包埋步骤1组织脱水、渗透与包埋脱水：○50% 乙醇（90min）→70% 乙醇（90min）→85%乙醇(90min)→95%乙醇(90min)→100%乙醇(60min)→100%乙醇(60min)。
注：○1若组织数量过多时，应分开脱水（20个组织左右）○2脱水的体积至少为组织提及的4倍○3乙醇纯度越高时，脱水的时间减少，否则引起组织过硬○4 最好能搅拌，使脱水充分透明：○1/2乙醇＋1/2二甲苯→ 二甲苯→ 二甲苯，每步60min。
注：在二甲苯的时间不宜过短或过长。
时间过短引起透明不充分，影响后面渗透包埋；时间过长则引起组织变脆。
渗透：○ 1/2二甲苯＋1/2石蜡(90min)→石蜡I(120min)→石蜡II(120min),62℃。
注：若出现从脱水到渗透时间太长，可在1/2二甲苯＋1/2石蜡或石蜡I的步骤停下,即将进入1/2二甲苯＋1/2石或石蜡I后，立即冷却，将组织封进里面，到第二天复融；第二天融解时温度不能超过65℃，并且需到完全溶解时开始进入步骤算时间。
包埋：○将组织放入盛有石蜡的模具中，摆好位置，于石蜡包埋机的冷台上冷却。
注：包埋时，切忌用手按石蜡盒中间，因为冷凝后，中间仍较软。
切片和贴片将包埋好的组织块于切片机中约5µm，放于漂片机中展开，再将切片捞于多聚赖氨酸附膜载玻片上，编号，70℃干烤1h，贴片后60℃烤5h。
第二篇：石蜡包埋人体组织STR检验的探讨【摘要l目的探讨普通甲醛对人体组织dna的影响及提高str检出率的手段。
方法取少量石蜡包埋组织，65℃水浴脱蜡，chelex一100法提取dna，pcr扩增，循环次数分别为28次和28+6次，扩增产物经310型测序检测。
结果普通甲醛固定5 d以内的组织基本上可检出amel及15个str基因座。
固定时间延长，检出率下降；pcr循环次数增加，灵敏度增加，但有错误分型的情况。
四种石蜡包埋组织DNA提取方法的比较
四种石蜡包埋组织DNA提取方法的比较袁亚婷;江岳鑫;尹小文;江兴堂【摘要】背景:由于在甲醛固定石蜡包埋组织的制作及保存过程中对DNA造成的损害,影响了后续的聚合酶链反应等研究.选择一种简便有效且经济实用的石蜡包埋组织DNA提取方法成为研究者们关注和亟待解决的问题.目的:比较甲醛固定石蜡包埋组织中4种提取DNA的方法对DNA质量的影响,探讨一种操作简便、污染少、经济实用的石蜡包埋组织中提取DNA的方法.方法:取手术切除的普通甲醛固定石蜡包埋的非小细胞肺癌组织标本20例,分别以二甲苯脱蜡-酚氯仿法、改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法、试剂盒法和改良TES水浴脱蜡-试剂盒抽提DNA法提取其DNA,然后进行电泳分析、紫外分光光度计测定A260/A280比值及PCR扩增.结果与结论:改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法和改良TES水浴脱蜡-试剂盒抽提DNA法可获得较大的DNA片段,且两种方法与试剂盒法所提取DNA的A260/A280值相比较,均有显著性意义(P<0.05),4种方法的提取效率差异无显著性意义(P>0.1),以改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法所得DNA为模板,扩增的目的条带亮度与阳性对照相当.结果证实改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法简便有效,所用试剂价格低廉,是一种经济实用的石蜡包埋组织DNA提取方法.【期刊名称】《中国组织工程研究》【年(卷),期】2010(014)024【总页数】5页(P4430-4434)【关键词】甲醛;石蜡包埋组织;DNA提取【作者】袁亚婷;江岳鑫;尹小文;江兴堂【作者单位】厦门大学医学院,福建省厦门市,361004;厦门大学医学院,福建省厦门市,361004;厦门大学附属中山医院呼吸内科,福建省厦门市,361004;厦门大学附属中山医院呼吸内科,福建省厦门市,361004【正文语种】中文【中图分类】R3180 引言甲醛固定石蜡包埋组织(formalin-fixed paraffin-embedded tissue，FFPET)具有便于运输，可长期保存等特点，是最常用的人类病历档案标本[1]。
磁珠法石蜡包埋组织基因组DNA 提取详细步骤
磁珠法石蜡包埋组织基因组DNA 提取详细步骤注意事项需要自备材料：二甲苯、无水乙醇、异丙醇、磁铁或磁架、1.5mL离心管(最好低吸附的离心管)；需要去除RNA自备RNase A（100mg/ml），在蛋白酶K消化这一步加入4 μl RNase A；◆整个过程请勿离心，以免磁珠不可逆聚集而影响提取效果。
实验准备磁珠用前一定要充分混匀；◆56℃和80℃加热源；◆使用前需在Buffer FTGWI中加入相应体积的无水乙醇，使乙醇比例占80%。
操作步骤1.脱蜡：①切下5 片厚度约为10μM（重约10mg）的组织块，尽量切去石蜡部分，置于1.5ml的离心管中。
加入1ml二甲苯，并振荡30s，然后室温放置5分钟。
20℃，14000 x g 离心3 min，用移液器移尽上清。
②加入1ml 100%乙醇振荡离心管20s，然后20℃，14000 x g 离心3 min，用移液器移去上清，室温干燥组织沉淀15min。
注意：任何残留的乙醇可能会影响蛋白酶K的消化以及减少核酸的得率2. 消化：加300 μL Buffer FTGL，振荡至彻底悬浮，用匀浆机进行匀浆破碎（使其彻底无大块组织残留），再加入20 μL蛋白酶K(PK)，于56℃温浴15min （期间不时混匀），然后置于80℃ 15min；注意：①组织大于50mg时需要增加蛋白酶K (PK)的用量。
3. 裂解结合：将离心管从80℃加热器上离开，冷却至室温，在上清液中加入600 μl Buffer FTGB和600uL 异丙醇，最后加入磁珠悬浮液(MB) 30 μL（使用前充分重悬），颠倒混匀5分钟；将离心管放置于磁力架上，待磁珠完全吸附后吸弃液体。
4. 漂洗:(1) 将离心管从磁力架上取下，向离心管中加入500 μl Buffer FTGW0,轻微涡旋振荡5S，使磁珠重悬，将离心管放置于磁力架上，待磁珠完全吸附后吸弃液体，重复该步骤一次。
(2) 将离心管从磁力架上取下，向离心管中加入500 μl Buffer FTGW I,轻微涡旋振荡5S，使磁珠重悬,将离心管放置于磁力架上，待磁珠完全吸附后吸弃液体。
从石蜡组织中提取DNA
石蜡包埋组织DNA提取方法
一脱蜡：
1、切取石蜡组织5-10片（5um—7um）放入1.5ml的离心管中；
2、加入1ml二甲苯，55°10min，离心轻弃上清，重复两到三次（因组织而定）；
3、加入1ml无水乙醇，室温三分钟，重复二次，离心弃上清，并干燥待酒精挥发。
二消化：
例：设置250ul体系，加入2x裂解液125ul、10%SDS 5ul、蛋白酶k25ul（1mg /ml）、纯水95ul（以上根据裂解液、SDS、蛋白酶K的配置浓度不同和组织量多少而需重新设置），55°消化过夜（按组织的消化情况而定，若没消化完全可适量加入蛋白酶k），直至组织完全液化。
三抽提：
1、加纯水至500ul，加入Tris饱和酚250ul，颠倒混匀，静置5min，再加入250ul 氯仿，颠倒混匀静置5min ，瞬时离心，
2、取出上清液至1.5ml离心管中，加入500ul氯仿，轻混匀，室温静置5min瞬时离心；取上清400ul（吸取液体量可比总体积小，避免吸到蛋白）
四沉淀DNA ：
1、加入3M醋酸钠40ul（醋酸钠的量是吸取上清体积的十分之一），轻混匀，加入880ul无水乙醇（两倍体积）混匀，-20°过夜。
五收集DNA
1、13000rpm 15min，离心轻弃上清
2、加入75% 1ml酒精轻洗，即刻13000rpm 5min 轻弃上清，空气干燥（可用55℃），待干燥为止。
六加入50-100ul纯水溶解，30分-1小时。
石蜡包埋组织的DNA提取
石蜡包埋组织的DNA提取近10年来，现代分子生物学技术越来越广泛地被用于人类疾病研究的诸领域，为了解病理状态下基因组DNA的变化积累了新资料。
目前认为，人类基因组并非人们想像的那样稳定，诸如基因重排、扩增、缺失，突瘘和DNA甲基化类型改变等时有发生，这些改变对于基因表过和调控，以及疾病过程的发展与转归等方面均具有重要意义。
医院病理科档案中积存的大量石蜡包埋组织，是一个可靠的分子生物学研究的材料来源。
在石蜡切片上进行原位杂交或原位PCR分析的分子生物学方法，是免疫细胞化学技术的重要延伸。
通过对DNA或mRNA分析亦可直接证实或补充免疫细胞化学的发现。
这些对开矿学延伸。
通过对DNA或mRNA 分析亦可直接证实或补充免疫细胞化学的发现。
这些对形态学家较为熟悉的原位分子生物学技术，本节不再赘述。
Goelz(1985)和Dubeau等（1986 ）成功地从蜡块中提取出高质量的DNA，完全可以满足某些肿瘤分子生物学研究的需要，结束了DNA研究依赖于新鲜或冰冻的探针，诊断与鉴别诊断研究和患者预后评估等方面均具有重要价值。
本节重点讨论石蜡包埋组织DNA提取的方法学及其潜在的应用前景。
一、石蜡包埋组织DNA提取的基本方法从石蜡包埋组织中提取DNA的基本步骤，是在常规DNA提取方法的基础上改良和演变而业。
Goelz等（1985）最先提出的石蜡包埋组织DNA提取技术，是用机械的方法破碎组织，切除多余的石蜡，进入含SDS和高浓度蛋白酶K（１mg/ml）的提取缓冲液加温孵育，然后进行苯酚和氯仿抽提。
所得DNA虽不完整，但可被限制性内切酶切割，因而适于点杂交，印迹杂交等多种分了生物学实验。
Dubeau等（1986）在上述方法上作了改进。
首先通过组织切片和二甲苯和脱蜡，保证了组织的完全破碎，使细胞与消化液充分接触，使DNA释放和蛋白去除更加完全；其次通过两步消化的方法，将不适于做分子杂交的降解的DNA 小段去除，仅保留那些可螺旋化的完整的DNA分子，从而提DNA质量，适于做Sorthern印迹杂交分析。
石蜡包埋组织中3种DNA提取方法的比较及优化
活检肿瘤组织 ｌ ， ５例 包括 软组织 肿瘤 ３例 、 腺癌 ４例 、 乳 食 管癌 ５例 、 巴瘤 ３例 ， 淋 所用组织 均经 １ ％ 中性 福尔 马林 固 ０
述 提 取 Ｄ Ａ方 法 成 功 率 为 ６ ％ ～８ ％ ， 此 提 取 Ｄ Ａ Ｎ ０ ０ 因 Ｎ 的质 量 、 度 、 纯 片段 的长 度 决 定 后 续 实 验 的 成 功 与 否 。 同 时 ， 对 石 蜡 组 织 提 取 Ｄ Ａ 前 样 本 的量 在 很 多 文 献 中描 述 不 一 ， Ｎ
针对提取 Ｄ Ａ的方法不 同 ， Ｎ 选择最合适 的组织 样本量 ， 本组 研究通过 比较不 同抽 提方法 对肿瘤 组织 不 同蜡膜 用量 所得 Ｄ Ａ质量 ， Ｎ 总结 ３种 提取 Ｄ Ａ的方法对 应最合 适 的蜡 膜用 Ｎ 量， 建立标 准化操作 程序 。
１ 材 料 与 方 法 １１ 材 料 ． 随机 选 择 新 疆 石 河 子 大 学 医 学 院 一 附 院 病 理 科
察： 除去坏死 、 出血 、 间质成 分 ， 肿瘤组 织 占整个蜡 块组 织面 积 的百分数 ， 计算实际肿 瘤组织 面积 ＝蜡 块 的长 （ ｍ）×宽 ｅ （ｍ） ｅ ×肿瘤组织 面积 占蜡 块组织 面积 的百分 比（ ， ％） 常规 消毒所用物 品， ｍ厚 连续切蜡 膜 １ ５ ０张 、 ６张、 ３张 ， 各切 ３
ｄ Ｔ ． ｌ１ｇ ｂｎ引 物 ０ ５ ｌＴ ｑ Ｎ 聚 合 酶 ０ ３Ｉ 、 Ｎ Ｐ０ ５ 、 －ｌ ｉ ３ ｏ ． 、 ａ Ｄ Ａ ． ｌ ｘ 模 板 Ｄ Ａ ｌ 应 条 件 ：４℃ 预 变 性 ５ ｍｎ ９ ℃ 变 性 ３ Ｎ ２ 。反 ９ ｉ，４ ０
石蜡组织DNA提取SOP
提取石蜡包埋组织基因组DNA标准操作规程1. 目的：由石蜡包埋组织中提取出基因组DNA，以保证后续检测的正常进行。
2. 操作者：病理科负责取材的技术员、病理医师以及分子病理技术员。
3. 准备工作：3.1 56℃和90℃水浴锅3.2二甲苯或无毒脱蜡液(Deparaffinization Buffer)3.3无水乙醇3.4蛋白酶K溶液：每管干粉状的蛋白酶K中加入1.1ml蛋白酶K溶解液，颠倒让蛋白酶K充分溶解，分装保存于-20℃。
3.5洗涤液GW1使用前，须加入17ml无水乙醇进行稀释。
3.6洗涤液GW2使用前，须加入80ml无水乙醇进行稀释。
4. 步骤：4.1标本接收：分子病理技术员负责核对送样登记表所记录的病理号与标本编号是否一致，要求10um肿瘤组织病理石蜡切片不少于4张，可以是已经切好并放在载玻片上的切片；所有切片均应是未经染色的白片。
4.2脱蜡(可按以下方案A或方案B去除石蜡）：方案A：二甲苯去除石蜡(经典方案)A1：石蜡蜡卷A1-1：将石蜡切片置于1.5ml离心管中，加入1ml二甲苯，盖紧涡旋振荡10s，13000r/min 离心2min，吸去上清，保留沉淀；如脱蜡不完全，可重复该步骤一次。
A1-2：向离心管中加入1ml无水乙醇，涡旋振荡混匀，13000r/min离心2min，吸弃上清，用移液器吸头小心将组织摊开粘附于管壁，置于恒温加热器（预先设置为37℃）10min晾干，直到乙醇完全挥发，之后按4.3步骤进行操作。
A2：石蜡切片A2-1：将组织切片置于二甲苯浸泡10分钟，两次；A2-2：无水乙醇浸泡5分钟，一次；A2-3：蒸馏水中浸泡，刮取肿瘤区域到1.5ml离心管中，之后按4.3步骤进行操作。
方案B：无毒脱蜡液(Deparaffinization Buffer)去除石蜡B1-1：加入0.5ml Deparaffinization Buffer至样品中，剧烈涡旋10s。
B1-2：短暂离心让样品浸泡到脱蜡液中，56℃水浴3~5min，剧烈涡旋20s。
石蜡包埋实验报告
石蜡包埋实验报告石蜡包埋实验报告石蜡包埋是生物学和医学领域中常用的一种技术，用于固定和保护生物组织样本，以便进行组织切片和显微镜观察。
本实验旨在探究石蜡包埋技术的原理和应用，并验证其在样本处理中的有效性。
1. 实验背景石蜡包埋技术是一种常见的组织学处理方法，用于固定和保护生物组织样本。
在组织学研究中，为了观察细胞和组织的结构，通常需要将其切片并染色，然后进行显微镜观察。
然而，生物组织样本通常是柔软且易变形的，无法直接进行切片。
因此，石蜡包埋技术应运而生。
2. 实验材料和方法材料：- 新鲜动物组织样本（如小鼠肝脏）- 10% 缓冲福尔马林（PFA）- 70% 乙醇- 甲醇- 石蜡- 切片刀和玻璃切片- 显微镜方法：1. 取得新鲜的动物组织样本，并立即将其固定在10% PFA 中，以保持组织的完整性。
2. 在固定后，将组织样本转移到70% 乙醇中，进行脱水处理。
脱水过程将逐渐增加乙醇浓度，使组织适应乙醇的浓度变化。
3. 经过脱水处理后，将组织样本置于甲醇中进行透明化处理。
透明化处理有助于去除乙醇并使组织适应石蜡的浸透。
4. 将组织样本转移到石蜡中，进行浸透处理。
石蜡浸透过程中，可以适当调整温度和时间，以确保石蜡充分渗透组织。
5. 将浸透后的组织样本放置在石蜡模具中，并在石蜡中固定。
确保组织样本在石蜡中的位置和方向正确。
6. 将石蜡模具放置在冷却台上，等待石蜡凝固。
7. 凝固后，使用切片刀将石蜡包埋块切割成所需厚度的切片。
8. 将切片放置在玻璃切片上，并进行染色处理。
9. 最后，使用显微镜观察切片，并记录所观察到的细胞和组织结构。
3. 实验结果和讨论通过石蜡包埋技术处理后，我们成功地获得了组织切片，并观察到了细胞和组织的结构。
石蜡的包埋过程中，石蜡渗透组织，替代了组织内的水分，使组织变得坚硬且易于切割。
同时，石蜡还起到了保护组织样本的作用，避免了组织在切割和染色过程中的变形和损伤。
石蜡包埋技术在生物学和医学研究中具有广泛的应用。
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石蜡包埋组织的DNA提取及其应用近10年来，现代分子生物学技术越来越广泛地被用于人类疾病研究的诸领域，为了解病理状态下基因组DNA的变化积累了新资料。
目前认为，人类基因组并非人们想像的那样稳定，诸如基因重排、扩增、缺失，突变和DNA甲基化类型改变等时有发生，这些改变对于基因表达和调控，以及疾病过程的发展与转归等方面均具有重要意义。
医院病理科档案中积存的大量石蜡包埋组织，是一个可靠的分子生物学研究的材料来源。
在石蜡切片上进行原位杂交或原位PCR分析的分子生物学方法，是免疫细胞化学技术的重要延伸。
通过对DNA或m RNA分析亦可直接证实或补充免疫细胞化学的发现。
这些对形态学家较为熟悉的原位分子生物学技术，本节不再赘述。
Goelz(1985)和Dubeau 等（1986）成功地从蜡块中提取出高质量的DNA，完全可以满足某些肿瘤分子生物学研究的需要，结束了DNA研究依赖于新鲜或冰冻组织和细胞的历史，而且可以广泛地应用于大宗病例的回顾性研究，对肿瘤发生的分子机制的探讨，诊断与鉴别诊断研究和患者预后评估等方面均具有重要价值。
本节重点讨论石蜡包埋组织DNA提取的方法学及其潜在的应用前景。
一、石蜡包埋组织DNA提取的基本方法从石蜡包埋组织中提取DNA的基本步骤，是在常规DNA提取方法的基础上改良和演变而来。
Goelz 等（1985）最先提出的石蜡包埋组织DNA提取技术（表18-5），是用机械的方法破碎组织，切除多余的石蜡，直接进入含SDS和高浓度蛋白酶K（1mg/ml）的提取缓冲液加温孵育，然后进行苯酚和氯仿抽提。
所得DNA虽不完整，但可被限制性内切酶切割，因而适于点杂交，印迹杂交等多种分子生物学实验。
Du beau等（1986）在上述方法上作了改进。
首先通过组织切片用二甲苯脱蜡，保证了组织的完全破碎，使细胞与消化液充分接触，使DNA释放和蛋白去除更加完全；其次通过两步消化的方法，将不适于做分子杂交的降解的DNA小片段去除，仅保留那些可螺旋化的完整的DNA大分子，从而提高了DNA质量，适于做Southern印迹杂交分析。
Moerkerk等（1990）对上述两种方法进行了比较，发现两种方法所取得DN A之点杂交结果一致，非螺旋化DNA亦不影响杂交分析。
表18-5 Gpelz氏DNA提取方法的主要步骤1．切除多余石蜡，暴露组织2．将组织切碎（最大径<0.5mm），称重；3．溶于TE9提取液（组织<50mg/5ml,50～500mg/10ml）,高速混悬2～3min；于48℃放置24h，其制备见表18-6；4．再次混悬组织，加入蛋白酶K至终浓度1mg/ml,SDS至2%，孵育40h；5．用等体积酚-氯仿溶液抽提3次；6．2.5倍体积乙醇沉淀DNA7．-70℃放置2～4h8．9000×g离心1h9．沉淀物用70%乙醇洗1次10．干燥，TE（pH7.2）溶解。
表18-6 TE9 DNA提取液的制备5μm组织切片↓常规脱蜡、水化↓第一次溶液A孵育（去上清）↓第二次溶液A孵育（留上清）↓氯仿-异戊醇抽提↓RNA酶和蛋白酶消化↓酚抽提↓沉淀↓（却除未螺旋化DNA）↓透析图18-6石蜡包埋组织DNA提取流程（Drbeau等，1986）溶液A2×SSC100μg 蛋白酶K/ml1% SDS不同类型的基因分析所要求的DNA质量长数量不同。
Southern印迹杂交分析需要10～15μg大片段D NA（＞20kb），因为杂交前要进行相应的限制性内切酶消化和凝胶分离不同片段长度的DNA。
故DNA提取要求高，小片段DNA存在会直接影响杂交信号。
与之相反，多聚酶链反应（PCR）则可在相对粗制的小片段DNA样本上进行，分析所需的DNA很少，0.5μg甚至更少即可。
PCR的模板DNA制备方法很多，除上述两种方法外，还有更简便的直接水煮法（Sle－bos,et al, 1990；Smit, et al. 1988）、蛋白酶消化法（Impraim et al. 1987；Brice, et al. 1989）。
这些方法不经过酚-氯仿-异戊醇抽提、DNA纯化等步骤，直接将组织放在去离子水中煮沸10min或在蛋白酶K缓冲液中消化4h，DNA即可释放出来。
此提取物可直接用作模板，进行PCR扩增，但是，我们发现直接水煮法和蛋白酶消化法提取的DNA，扩增率较低，且重复性不好。
这可能是由于DNA附着的蛋白质去除不净而影响DNA变性和引物的结合，亦可能是由于标本中残留的固定剂等成分对Taq DNA多聚酶的抑制所致。
二、影响DNA提取质量的因素1．固定剂对DNA的影响固定剂的类型直接影响提取DNA的质量。
目前大多数实验室常用的中性缓冲福尔马林固定的标本，DNA保存完好，可以获得高分子量DNA。
Warford等（1988）对甲醛固定过程中DNA变化进行了观察，发现核酸对甲醛反应性可分为两个阶段：①早期出现碱基快速可逆性羟甲基化；②数天后碱基对间核酸与蛋白间缓慢地形成亚甲基交联。
DNA提取过程中的蛋白酶K消化，酚/氯仿抽提和纯化等步骤，可以消除由于固定所造成的DNA某些理化性质改变。
bramwell等（1988）发现，甲醛和戊二醛固定可使得DNA产量降低，醋酸甲醇（MAA）可导致DN A明显降解。
Michel’s运输保存液或PBS存放组织虽提取DNA纯度高，但产量明显降低。
Dubeau等也观察到含苦味酸（Bouin氏液）和含氯化汞的固定液（Zenker,Bs）处理标本不能获得完整的DNA。
乙醇被认为是保存核酸的最佳固定剂。
Wu等（1990）用无水乙醇固定标本48h，最长达2年，均可得到中量的高分子DNA。
每mm3乙醇固定标本平均DNA产量为26.6μg,高于新鲜标本（19.4μg/mm3）。
经限制性内切酶消化后，乙醇固定组织DNA均显示由于重复DNA序列存在所产生的特征性卫星带，说明DNA被完成消化。
Southern印迹杂交结果与冰冻组织一致。
Sato 等（1990）用AMex方法处理组织，既可保存许多抗原成分，亦可使大分子量DNA完好无损。
其基本方法为：将组织放至4℃丙酮浸透，移至-20℃过夜。
然而再用丙酮分别在4℃和室温脱水各15min，苯甲酸透明两次，每次15min，最后60℃真空浸蜡2～3h，石蜡包埋。
结果显示，每10mg AMex法处理的湿重组织提高分子量DNA71.4±14.53μg，与新鲜组织产量相当（70.4±13.76μg）。
酶切、电泳和杂交反应亦相同于新鲜组织。
提示AMex法是一种多用途组织处理技术，可以克服由于DNA降解、高分子量DN A减少和内切酶不完全消化所产生的电泳类型改变，是一种理想的DNA保存方法，特别适用于对形态学、免疫表型和基因改变的相关性分析。
2．固定时间对DNA的影响固定过程中所发生的组织反应至今尚未被完全更理解，虽然理论上讲室温下福尔马林与DNA几乎不发生反应，但已发现碱基与组蛋白之间的甲基交联。
这种福尔马林介导的甲基化直接影响DNA提取的效率。
如果事实果真如此，那么固定的时间是一个重要的变异因素。
然而，Goelz等没有发现固定时间对DNA提取质量的明显影响。
Dubeau等认为组织固定时间太短或太长均会导致DNA 的降解。
该作者对固定12h到5天不同时间间隔标本的DNA提取显示，随着固定时间的延长，可螺旋化（Spoolable）的高分子量DNA明显减少。
固定5天后可螺旋化DNA提取率仅有8%。
Warford等也发现单细胞悬液经30min福尔马林固定后，DNA产量减少到30%，由此可见，不同标本对不同固定剂所需的最佳固定时间应摸索选定。
根据Dubeau等经验，常规组织固定应在12h以上至110之内。
3．固定温度等其他因素对DNA的影响核酸与固定剂的反应由反应成分、浓度、酸硷度以及温度等因素的调节，其中温度效应显得特别重要。
室温下DNA双股螺旋链表现为两条由氢键连接在互补多聚核苷酸；加热到65℃时，氢键开始断裂；约90℃时，产生两条单链分子。
在此变性状态下，甲醛与酸反应很快，通过羟甲基化作用可抑制DNA冷却后的再复性。
最近，Koshiba等发现福尔马林固定过程中的DNA降解，是由于固定温度高，pH低以及甲酸的存在所致。
通过应用缓冲福尔马林和低温下固定（4℃），可以明显改善DNA保存。
酸性环境中DNA的降解已有过深入的研究。
一般认为，强酸可导致DNA的完全解聚，而弱酸也能引起一些结构的改变。
当pH达到2.5以下时，几乎所有的碱基之间氢键解离，使DNA双链断裂而产生不可逆的变性；随后出现N-糖苷键水解，使嘌呤残基游离；最后，多聚核苷之磷酯键缓慢水解，仅残留具有完整嘧啶的多聚脱氧核糖短臂。
上述改变亦受温度或离子强度的影响。
加入盐或降低温度可稳定氢键，因而可防止酸性条件下的DNA变性。
然而，即使福尔马林被氢氧化钠中和，在室温下DNA亦发生降解，提示福尔马林本身即可降解DNA。
福尔马林中DNA降解的机理及其预防有待于进一步研究。
4．组织处理过程对DNA的影响我们发现，从常规组织处理的蜡块中提取的DNA，其大部分分子量在100bp～1000bp之间，主要分布于100～1500bp，仅约1/3的组织所提取DNA>20kb。
这除与固定剂、固定时间等因素有关外，可能的原因还有：①组织从外科切除到固定之间的时间长短不一。
当组织未固定或固定不充分时，核酸酶可自由作用；②不同肿瘤中核酸酶的水平不一，其在固定前或固定后均不发挥作用；③蜡块贮存的时间长短不一。
虽然从不同贮存时间的蜡块中提取的DNA大小无绝对区别，但新近的蜡块比贮存10年以上的标本所获得的DNA分子量大。
可能蜡块中仍存在导致DNA降解的因素。
组织的浸蜡和包埋温度过高或时间过长，均可导致DNA变性，而产生单链DNA片段。
单链DNA不能被限制性内切酶所消化，可导致电泳时泳动速率变慢。
三、提高DNA提取质量的方法1．蜡块的选择从福尔马林固定的组织标本中未能提出完整的高分子量DNA的重要原因之一，是应用了固定不充分的组织。
因此，在DNA提取前应检查组织切片。
如果有自溶、退变或组织结构不清，大片出血等改变的蜡块不能用；若有明显坏死存在的蜡块，最好不用或将坏死部分切去后再用。
尽可能地选用新近标本，缓冲福尔马林、丙酮和乙醇固定者最佳。
2．DNA提取方法学的改善为了提高石蜡包埋组织DNA提取的质量和效益，人们从不同方面进行了探索。
其中在DNA提取液的改良，蛋白酶的消化时间和DNA纯化等问题上取得了进展。
①DNA提取液主要含SDS和蛋白酶K的TE缓冲液。
固定和包埋组织由于化学修饰作用，使得DAN与蛋白质不易分离。
因此，必须增加SDS和蛋白酶K的浓度和作用时间：SDS可增至1%～2%，蛋白酶K200～500μg/ml，最高可达1mg/ml；作用时间一般为2～4天，最长可达7天。