数字pcr与同类产品的比较

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数字pcr的原理特点及应用

数字pcr的原理特点及应用

数字PCR的原理特点及应用1. 数字PCR的概述数字聚合酶链式反应(Digital PCR,简称dPCR)是一种用于基因表达、突变检测和拷贝数变异等研究的分子生物学技术。

与传统PCR相比,数字PCR可以提供更准确的定量信息,并获得更高的分辨率。

它通过将一份DNA样本分割成许多微小区域,每个区域中只有一个或少数个模板分子,从而实现对DNA的每个分子的分析。

2. 数字PCR的原理数字PCR可以分为两个主要步骤:分割和扩增。

2.1 分割DNA样本通过数字PCR设备的微流控芯片被分割成许多微小的区域,每个区域中只有一个或少数个DNA模板分子。

通过将DNA稀释的程度调整到一个合适的范围,可以确保分割后的每个区域中只有很少的模板分子。

2.2 扩增在分割后的DNA区域中,进行PCR扩增反应。

与传统PCR不同,数字PCR中反应体系中无需添加外部标准曲线或内部参考,因为每个区域中只有一个或少数个模板分子。

扩增过程中,每个区域中模板分子的数量会呈指数增长,超过一定数量时,即可确定该区域中含有模板分子。

3. 数字PCR的特点3.1 高度精确与传统PCR相比,数字PCR可以提供更准确的定量信息。

由于每个区域中只有一个或少数个模板分子,数字PCR消除了曲线分析和标准样品之间的变异,从而提高了测量的准确性。

3.2 高分辨率数字PCR可以提供更高的分辨率,能够检测到低频突变和拷贝数变异。

传统PCR通常只能提供相对定性的结果,而数字PCR可以直接计算出具体的目标序列数量,从而提供更详细的信息。

3.3 不受PCR效率影响传统PCR的结果受反应效率的影响,反应效率的变化可能导致结果的偏差。

而数字PCR中每个区域中只有一个或少数个模板分子,所以反应效率的变化对结果的影响较小。

3.4 可靠性数字PCR由于采用了分割的方式,可以降低PCR扩增过程中杂交和扩增偏好的影响。

因此,数字PCR的结果更可靠,减少了扩增偏好的潜在错误。

4. 数字PCR的应用4.1 基因表达研究数字PCR可以用于定量检测基因的表达水平。

PCR仪的种类

PCR仪的种类

PCR仪的种类1. 实时定量PCR仪实时定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,简称实时定量PCR)是一种用于快速、敏感且准确测定DNA、RNA拷贝数目的方法。

实时定量PCR仪是进行实时定量PCR实验的关键设备之一。

实时定量PCR仪的主要特点是能够对PCR反应过程中产生的荧光信号进行即时检测和分析,从而实现实时监测PCR反应的进程,并测定样品中目标序列的拷贝数。

实时定量PCR仪的应用非常广泛,包括基因表达检测、病原体检测、单核苷酸多态性分析等。

其高灵敏度、高特异性以及广泛的应用领域使其成为现代分子生物学和遗传学研究的重要工具。

2. 普通PCR仪普通PCR仪是进行普通聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction,简称PCR)实验的基本设备。

普通PCR仪可以进行常规PCR实验,即通过PCR反应在体外扩增目标DNA片段。

普通PCR仪的特点是温控系统可以实现快速、精确的温度调节,从而使PCR反应在不同温度下的环境条件得以满足。

普通PCR仪的操作简单、成本较低,适用于常规PCR 实验的需求。

普通PCR仪的应用广泛,包括基因克隆、DNA测序、基因检测等。

它已成为分子生物学、医学和生物技术等领域中的一种基础设备。

3. 数字PCR仪数字PCR仪是一种相对较新的PCR仪器,它采用数字分析的方法对PCR产物进行定量,具有极高的准确性和可靠性。

数字PCR仪的工作原理是将PCR反应体系分成数百、甚至上千个微小反应体,从而形成多个独立的PCR反应。

每个微小反应体内含有目标序列与参考序列,通过数百或数千个微小反应的计数结果进行定量分析。

这种方法可以极大地降低PCR反应中的误差,提高PCR反应的准确性。

数字PCR仪的应用主要集中在绝对定量PCR、稀释样品的精确定量、病原体检测等领域。

其高准确性和可靠性使其在遗传学研究和临床诊断中得到广泛应用。

PCR和数字PCR的区别

PCR和数字PCR的区别

PCR和数字PCR的区别1. PCR的概述PCR(聚合酶链式反应)是一种在生物学领域广泛应用的技术,可以在体外扩增DNA片段。

它由美国科学家凯里·穆利斯发明,在20世纪80年代初期首次被引入。

PCR技术主要利用了DNA的特性,通过逐渐加热和降温来使DNA的两条链解开和连接,以实现DNA的复制。

PCR技术已经在分子生物学、基因工程、犯罪侦查等领域取得了巨大的成功和推动。

2. 数字PCR的概述数字PCR(Digital PCR)是PCR技术的一种变体,它利用微小的反应体积将一份DNA样本分成许多小反应,并在各个小反应中分别检测目标序列的存在与否。

数字PCR通过将PCR反应体积分隔成许多小份,可以更精确地检测目标序列的存在与数量。

通过对每个小份PCR反应进行离散计数,可以计算出原始样本中目标序列的精确浓度。

3. PCR和数字PCR的主要区别3.1 反应原理PCR是一种在体外通过温度变化来扩增DNA片段的技术。

它使用DNA模板、引物、酶和适当的反应缓冲液来进行。

PCR通过逐渐加热和降温,在适当的温度范围内,使DNA的两条链解开和连接,从而实现DNA的复制。

数字PCR与PCR的基本原理相同,都使用DNA模板、引物、酶和反应缓冲液。

但数字PCR在PCR反应体积中分割成许多小反应,并对每个小反应进行离散计数,从而获得更精确的目标序列浓度。

3.2 精确性和灵敏度PCR技术本身在检测目标序列方面就具有很高的灵敏度。

但由于PCR反应体积的限制,PCR的结果受到反应物浓度的影响,并且在低浓度目标序列的检测中存在一定的误差。

数字PCR具有更高的精确性和灵敏度。

通过将PCR反应体积分成许多小份,数字PCR可以在每个小份中检测到目标序列的存在与否。

通过对每个小份进行计数,可以计算出目标序列的精确浓度,减少了PCR结果中的误差。

3.3 应用范围由于数字PCR具有更高的精确性和灵敏度,它在一些需要准确检测目标序列浓度的领域中具有优势。

数字pcr的应用与原理

数字pcr的应用与原理

数字PCR的应用与原理1. 引言数字PCR(Digital Polymerase Chain Reaction)是一种基于传统PCR技术的新型PCR方法。

与传统PCR方法相比,数字PCR具有更高的灵敏度、准确性和可靠性。

数字PCR主要基于分离DNA分子,使其每个储存容器(例如微小反应管)中仅包含一个DNA分子,从而可以在无需扩增的情况下精确测定每个DNA分子的存在与否。

本文将介绍数字PCR的应用和原理,并对其在基因表达分析、疾病诊断及分子遗传学等领域中的潜在应用进行探讨。

2. 应用数字PCR在许多领域中具有广泛的应用潜力,包括基因表达分析、病原体检测、臨床實驗室診斷等。

以下是数字PCR的一些主要应用:2.1 基因表达分析数字PCR可以用于测定基因的表达水平。

传统的PCR方法在估计基因表达水平时存在一定的不准确性,而数字PCR可以实现准确计数和定量分析。

通过将RNA反转录为cDNA,然后在数字PCR平台上进行扩增和检测,可以精确计算出每个基因的表达量。

2.2 病原体检测数字PCR在临床诊断中有广泛的应用。

传统的病原体检测方法通常需要进行多次扩增和检测,而数字PCR可以通过将样本分散到许多反应体中,从而减少虚警率和漏警率。

数字PCR在病原体的快速检测上具有巨大的潜力,可以在早期诊断中发挥重要作用。

2.3 DNA定量检测数字PCR也可以用于精确测定DNA的浓度和拷贝数。

在科学研究和实验室工作中,对DNA样本进行定量是非常重要的。

数字PCR可以提供精确的DNA浓度和拷贝数测量,有助于实验的准确性和可重复性。

3. 原理数字PCR的基本原理是将DNA分子在反应体中进行分离,使每个反应体中只包含一个DNA分子。

然后,通过扩增和检测每个反应体中的DNA分子,从而得出每个分子的存在与否。

数字PCR的具体步骤如下:1.采集DNA样本,并将其反转录为cDNA。

2.将反转录的cDNA分散到许多微小反应管或孔中。

通常使用微流控技术进行自动分散。

实时荧光定量PCR仪比较表

实时荧光定量PCR仪比较表
醒功能。
软件功能比 较强大。
Stratagene定量软件的操作简单,有口皆碑!
Stratage Stratage
ne
ne
Mx3000 Mx3005
P
P
ABI, Prism 7500
ABI Step One/Plu
s
Bio-Rad CFX96
Eppend orf:2 / 4
Color Systems
5通道其中一 个为校正染
料通道
3通道
5
2/4通道
2、4、5、6 不等
3块检测滤光 片/6块检测
滤光片
五通道
多通道是定量PCR发展的趋势,现在多通道的 荧光定量实验也越来越多,主流的是4通道
检测器
PMT
PMT
冷CCD
光电二极管
6个光电二极 管
1/2个PMT
PMT
光电二极管
CCD
采用CCD检测器具有边缘效应,做实验时必须 加入校正染料。采用PMT检测器,能将光信号 放大,检测灵敏度高,无需校正染料。发光二
升4.8度/秒, 降2.5度/秒
相比同类型产品,Stratagene的升降温速度快
单拷贝
单拷贝
升降温方式
Peltier半导 体
Peltier半导 体
Peltier半导
体/step one
Peltier半导 plus 使用 Peltier半导

VeriFlex技

术分为6个独
立控制区域
Peltier半导 体
5Plex+HRM, 6Plex。空气 加热制冷, 升降温速度 快,温度均 一性好。但 是控制温度 不精确。通 量少,不能 使用96孔板 等耗材。支 持FRET应用

液滴数字pcr技术

液滴数字pcr技术

液滴数字pcr技术液滴数字PCR技术是一种新兴的分子生物学技术,它在基因检测和疾病诊断等领域有着广泛的应用。

与传统的PCR技术相比,液滴数字PCR技术具有更高的准确性和灵敏度,能够在更短的时间内完成实验,并且能够同时检测多个基因。

液滴数字PCR技术的原理是将待测样品分成微小的液滴,在PCR反应中每个液滴都是一个独立的反应体系。

通过实时监测反应体系中的荧光信号,可以准确地计算出待测基因的拷贝数目。

这种技术不仅能够检测稀有的突变基因,还可以对基因的拷贝数目进行精确测量,从而为基因检测和疾病诊断提供了更可靠的结果。

液滴数字PCR技术的优势主要体现在以下几个方面:1. 准确性高:由于每个液滴都是一个独立的反应体系,可以避免扩增中的交叉污染,从而提高了实验的准确性。

2. 灵敏度高:液滴数字PCR技术可以检测到非常低浓度的目标基因,对于稀有突变基因的检测具有很大的优势。

3. 高通量:液滴数字PCR技术可以同时处理大量的样品,大大提高了实验的效率。

4. 快速性:与传统PCR技术相比,液滴数字PCR技术能够在更短的时间内完成实验,节省了实验时间。

5. 可靠性高:由于每个液滴都是独立的反应体系,即使在样本中有少量的污染或者损失,也不会对结果产生影响。

液滴数字PCR技术在基因检测和疾病诊断等领域有着广泛的应用。

例如,在肿瘤早期诊断中,液滴数字PCR技术可以检测到低浓度的肿瘤标志物,从而提前发现肿瘤并进行治疗。

在遗传病的筛查中,液滴数字PCR技术可以检测到罕见的突变基因,帮助家庭了解自身的遗传风险。

此外,液滴数字PCR技术还可以用于病毒感染的检测、药物研发、环境监测等领域。

然而,液滴数字PCR技术也存在一些挑战和局限性。

首先,液滴数字PCR技术的设备和试剂成本较高,对实验室的设备和经费要求较高。

其次,液滴数字PCR技术在样本处理和数据分析上也存在一定的技术门槛,需要熟练的操作和分析技巧。

此外,液滴数字PCR技术对样本的要求较高,需要保证样本的纯度和完整性,以获取准确的结果。

数字pcr与普通pcr的区别

数字pcr与普通pcr的区别

数字PCR与普通PCR的区别引言PCR(聚合酶链反应)是一种常用的分子生物学技术,用于在体外扩增特定DNA片段。

近年来,随着技术的发展,数字PCR(Digital PCR)作为PCR的一种新型形式,逐渐受到研究者的关注。

本文将重点探讨数字PCR与传统PCR之间的区别。

1. 反应方式传统PCR传统PCR是通过连续进行一系列的循环反应来扩增DNA。

反应开始时,所需的模板DNA、引物、酶和核酸酶被混合在一起,然后将反应混合物置于PCR仪中,按照特定的程序进行加热和降温循环,以使DNA的两个链得以分离和复制。

这个过程被称为PCR循环,通常包括:变性,退火和延伸。

数字PCR与传统PCR相比,数字PCR使用了微分反应环境,使得每个DNA分子都能被分别扩增。

数字PCR反应涉及将待扩增的DNA分子进行稀释,使得每个反应管中只有一个DNA分子。

然后,将每个反应管中的DNA分子进行扩增,并通过测量阳性和阴性信号的比例来计算起始模板DNA的数量。

数字PCR可以对每个分子进行单独扩增和计数。

2. 准确性传统PCR传统PCR的主要限制之一是它的信号强度与起始模板DNA的量之间呈指数关系。

当起始模板的数量较少时,PCR信号可能非常弱,从而使结果难以辨识。

这种信号的变异性限制了PCR的准确性。

数字PCR数字PCR在准确性方面具有明显优势。

由于数字PCR可以对每个DNA分子进行单独扩增和计数,因此可以避免信号的变异性。

数字PCR使用统计学方法来确定阳性和阴性信号的比例,从而计算起始模板的数量。

因此,数字PCR的准确性较高,能够提供可靠的结果。

3. 灵敏度传统PCR传统PCR的灵敏度通常受到起始模板DNA的限制。

当起始模板的浓度低于一定水平时,PCR反应可能无法从背景噪声中准确的检测到目标DNA序列。

数字PCR与传统PCR相比,数字PCR具有更高的灵敏度。

数字PCR可以将起始模板DNA稀释到每个反应管中仅有一个分子,因此可以非常准确地检测和计数每个目标分子。

数字pcr和qpcr的区别

数字pcr和qpcr的区别

数字PCR和qPCR的区别1. 引言PCR(聚合酶链反应)是一种重要的分子生物学技术,广泛应用于基因分型、病原体检测、DNA测序等领域。

随着技术的发展,PCR也分为了数字PCR(digital PCR)和qPCR(quantitative PCR)两种类型。

本文将介绍数字PCR和qPCR的区别。

2. 数字PCR数字PCR是一种精确计数目标序列拷贝数的方法。

它通过将待检测样本分成许多独立的反应区块,每个区块中只存在0个或1个目标序列。

数字PCR的主要步骤包括样本划分、PCR扩增、读取结果等。

数字PCR的主要优点是能够精确计数目标序列拷贝数,而不受PCR扩增效率的影响。

这种方法对于低拷贝目标的检测非常敏感,并且能够检测目标序列的变异情况。

另外,数字PCR的结果可以通过可视化的方式展现,对于分析数据非常方便。

然而,数字PCR的缺点是相对较为复杂,需要使用特殊的设备和试剂盒。

此外,数字PCR的通量相对较低,不能进行高通量的样本处理。

3. qPCRqPCR是一种定量检测目标序列拷贝数的方法。

它基于标准曲线法,通过PCR扩增的同时测量扩增产物的数量。

qPCR的主要步骤包括模板DNA制备、引物探针设计、PCR 扩增、扩增曲线分析等。

qPCR的优点是简单快速,可以同时检测多个基因或样本。

它可以精确地定量目标序列的拷贝数,并且具有高通量的优势。

另外,qPCR还可以分析目标序列的表达水平和变异情况。

然而,qPCR的缺点是对PCR扩增效率敏感,需要进行标准曲线法的建立和验证。

此外,由于PCR扩增过程中产生的非特异性产物,可能会导致假阳性结果。

4. 比较数字PCR和qPCR在原理、应用以及优缺点上存在一些区别。

•原理:数字PCR通过样本分区计数目标序列,而qPCR通过PCR扩增测量目标序列的拷贝数。

•应用:数字PCR常用于低拷贝目标的检测和变异分析,而qPCR适用于目标序列的定量和表达水平分析。

•优点:数字PCR能够精确计数目标序列拷贝数,对低拷贝目标敏感;qPCR快速简便,可同时检测多个样本或基因。

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Thermocycling is based on 96 well plate which remains open until last samples are loaded Requires proprietary master mix
Up to 10,000,000 droplets generated Single use disposable flow path
Total time ~4.5 hours excluding analysis
4
Company Confidential
RaRinaDinaDncaencTeecThenchonloogloiegsi™es
Selling Against QuantStudio 12K Flex OpenArray
RaRinaDinaDncaencTeecThenchonloogloiegsi™es
Selling Against BioRad Workflow
Competitor
RainDrop Solution
Take Home
20,000 droplets generated
Cross contamination of samples from reused sampling probe and flow path Vacuum delivery of samples can produce inconsistently sized droplets
Competitor
RainDrop Solution
Take Home
3072 maximum partitions
Up to 48 pipetting steps per sample Capillary filling of tips and array can fail to fill partitions
Fill with immersion fluid
Screw to seal
Place in holder
Merge sample info on instrument
Load into instrument and run ~4 hours
Analyze data using Digital Suite
Works with several master mixes
Leading edge science demands flexibility
3
Company Confidential
RaRinaDinaDncaencTeecThenchonloogloiegsi™es
Applied Biosystems QuantStudio™ 12K Flex by Life Technologies
Closed tube design eliminates the potential for contamination and spills. 8 sample strip design reduces waste and speeds time to first result
Contamination control is important in digital PCR
Superior Value Proposition for RainDrop™ Digital PCR
Partitions Multiplexing Dynamic range Sensitivity Closed-tube System Workflow Proprietary Reagents Throughput/Shift Instrument price Price per sample
Monitor droplet size during generation and adjust pressure as necessary to maintain consistent size
Consistency in processing is the basis for consistency in results
20,000
3,072
2-plex
2-plex
>3 lYes
Yes


Yes
Yes
18?
12
$90,000
$170,000
$15 - $35
$150
Company Confidential
RainDance Technologies™
QX100™ Droplet Digital™ PCR System
Load samples, MM, and assay into 384 well plate for AccuFill, seal with foil, then cut
Place 384 well plate, tips, and array in AccuFill
Place in plate sealer and apply lid – 90 seconds!
Works with several master mixes
3072 partitions don’t give you single molecule counting – reliance on Poisson statistics to generate results More pipetting, more time, more money, more error Consistency in processing is the basis for consistency in results
20K droplets don’t give you single molecule counting – reliance on Poisson statistics to generate results. Limited to duplexing.
You work hard to get the highest quality results…don’t risk this sample’s answer with the prior one
Requires proprietary master mix
Up to 10,000,000 droplets generated
-One pipetting step per sample -Closed loop pressure control allows RainDrop Source to dropletize the entire sample in each lane simultaneously Samples are in sealed PCR tubes, can not evaporate or spill, and can be stored up to 3 days if necessary Walk away workflow with minimal hands on time
Up to 10,000,000 droplets generated
One pipetting step per sample
Monitor droplet size during generation and adjust pressure as necessary to maintain consistent size Samples are in sealed PCR tubes, can not evaporate or spill, and can be stored up to 3 days if necessary
Once loaded arrays are fragile – sample can evaporate, get flushed out of partitions, or get jarred free, and break down if not run immediately Requires proprietary master mix
Competitor
RainDrop Solution
Take Home
Up to 20,000 partitions
Pipetting/squeegee loading of sample difficult, requires loader, uses capillary action
Pouring immersion fluid and snapping lid can flush samples out of partitions Must sit at instrument to feed chips in every couple minutes
QuantStudio™ 3D Digital PCR System
Mix sample, assay, master mix, and pipet onto chip
Place onto loader, use squeegee to distribute across chip
Pour immersion fluid on chip, snap lid into plate
Place in thermal cycler ~3.5 hours
Insert chip into instrument to read, ~2 min
Transfer data to computer
Set ROX, FAM, and VIC baselines
Future software for Rare Allele and Absolute Quantitation
Transfer samples into plate
Seal plate
Remove plate from cycler
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