数据库查询和数据库搜索
数据库查询的原理
数据库查询的原理数据库查询是数据库管理系统中最常用的操作之一，它能够从数据库中获取所需的信息。
本文将详细介绍数据库查询的原理。
一、数据库查询的背景数据库查询是指通过结构化查询语言（SQL）或其他查询语言从数据库中检索所需的数据。
在数据库中存储着大量的数据，我们可以通过查询来获取其中的特定数据，以满足各种需求。
数据库查询的目的是通过指定查询条件，从数据库中检索出与条件相匹配的数据。
二、数据库查询的步骤数据库查询通常包括以下几个步骤：1. 查询请求：用户通过SQL语句或其他查询语言向数据库发送查询请求，请求获取特定的数据。
2. 查询解析：数据库管理系统接收到查询请求后，首先进行查询解析。
它会分析查询语句的语法和语义，确定查询的目标和条件。
3. 查询优化：在确定查询目标和条件后，数据库管理系统会进行查询优化。
它会根据查询目标和条件，选择合适的查询策略，以提高查询的性能。
4. 执行查询：在查询优化后，数据库管理系统会执行查询操作。
它会根据查询条件在数据库中搜索匹配的数据，并将结果返回给用户。
5. 返回结果：数据库管理系统将查询结果返回给用户。
用户可以根据需要对查询结果进行进一步处理和分析。
三、数据库查询的优化技术为了提高数据库查询的效率，我们可以采用一些优化技术。
以下是一些常用的数据库查询优化技术：1. 索引优化：在数据库中创建适当的索引可以加快查询速度。
索引是一种有序的数据结构，可以快速定位到匹配的数据。
2. 缓存优化：数据库管理系统通常会使用缓存来提高查询性能。
查询结果会被缓存在内存中，以便下次查询时可以直接从缓存中获取数据。
3. 查询重写：有时候我们可以对查询进行重写，以改进查询的效率。
例如，可以将复杂的查询拆分为多个简单的查询，或者使用更高效的查询语句等。
4. 预编译优化：某些数据库管理系统支持查询的预编译，可以提前对查询进行编译和优化，以减少查询的执行时间。
四、数据库查询的应用数据库查询广泛应用于各个领域。
数据库检索途径
数据库检索途径
数据库检索是信息检索的一种方法，旨在从大量数据中获取所需信息。
在现代信息和通信技术的支持下，数据库检索途径不断发展，越来越便捷高效。
以下是一些常用的数据库检索途径：
1. 检索工具：检索工具是通过搜索引擎、数据库、目录、分类索引等途径提供检索服务的软件。
常见的检索工具包括Google、百度、WolframAlpha、PubMed等。
2. 数据库平台：数据库平台是指提供对数据进行存储、管理、处理、分析和查询的系统。
各种类型的数据库平台可以根据需求选择，如关系数据库、文档数据库、图形数据库、时间序列数据库等。
3. 检索语言：检索语言是一种语法规则，用于编写查询语句以在数据库中搜索所需信息。
常见的检索语言包括SQL、SPARQL、XQuery 等。
4. 数据库搜索策略：搜索策略是指在数据库中进行信息检索时采取的一系列操作和方法。
常用的搜索策略包括布尔逻辑、通配符、短语搜索、权重调整等。
5. 数据库管理系统：数据库管理系统是一种软件，用于管理数据库中的数据、元数据、安全性和完整性。
常见的数据库管理系统包括MySQL、Oracle、Microsoft SQL Server等。
以上是常用的数据库检索途径，选择合适的检索途径可以提高检索效率和准确率。
- 1 -。
第五章数据库查询和数据库搜索
局部相似性和整体相似性
序列比对分类
整体比对：从全长序列出发，考虑序列的整体相似性
局部比对：考虑序列部分区域的相似性。
由于蛋白质的功能位点往往由较短的序列片段组成，故 尽管在序列的其它部位可能有插入、删除或突变，但是 这些部位的序列仍然具有相当大的保守性。此时，局部 相似性比对往往比整体比对具有更高的灵敏度，其结果 更具生物学意义。
生物序列相似性比较中绝大部分的问题在计算机科 学领域中主要体现为字符串的匹配和查找
相似性与同源性
相似性(Similarity)：指序列比对过程中用来描述检测序 列和目标序列之间具有相同DNA碱基/氨基酸残基顺序所 占比例的高低 同源性(homology)：如果两序列有一个共同的进化祖先， 那么称其为同源的。当两序列同源时，它们的氨基酸/核 苷酸序列通常有显著的一致性（identity）。 当相似程度高于50%时，比较容易推测检测序列和目标 序列可能是同源序列；而当相似性程度低于20%时，就 难以确定二者是否具有同源性。 两序列或者同源，或者不同源，所谓“具有50%同源 性”，或“这些序列高度同源”等说法，都是不确切的， 应该避免使用。
Hale Waihona Puke 可通过多种途径进行检索（名称、分类等级、序列等）
EBML SRS服务器界面
华南理工大学SRS服务器界面
SRS主要特点
统一的用户界面
安装通用网络浏览器即可查询世界上各地SRS服务器上的300多个 数据库 建立数据库索引文件，可快速高效实现查询，并可以某次查询结果 为子数据库进行进一步查询 超文本指针链接 可将序列分析等应用程序嵌入至基本查询中，做进一步分析及处理 数据库以文件系统的方式进行存放，便于更新和二次开发
数据查询与检索
数据查询与检索数据查询与检索是指通过信息系统（如数据库）对大量数据进行快速查找和获取需要的信息的一种技术和方法。
随着科技的发展和数据的爆炸式增长，数据查询与检索在各行各业中起到了至关重要的作用。
本文将介绍数据查询与检索的基本概念、常见的查询与检索方法以及其在实际应用中的应用场景。
一、数据查询与检索的概述数据查询与检索是指通过数据库管理系统（DBMS）或其他信息系统来获取所需数据的过程。
它主要涉及到数据的提取、过滤和排序等操作，以满足用户对数据的需求。
数据查询与检索的目标是提供快速、准确的数据访问和信息提取服务，以支持决策分析和业务运营。
二、常见的查询与检索方法1. 结构化查询语言（SQL）结构化查询语言（Structured Query Language，简称SQL）是一种用于管理关系型数据库的标准化语言。
通过SQL语句，用户可以快速查询和操作数据库中的数据。
SQL具有简单易学、功能强大和跨平台等特点，广泛应用于各种数据库系统。
2. 关键字查询关键字查询是一种基于特定关键词进行的数据查询方式。
用户输入关键词后，系统会根据关键词的匹配程度返回相应的结果。
关键字查询适用于文本检索、搜索引擎和网页检索等领域。
3. 全文检索全文检索是一种通过对文本内容进行分词、索引和匹配来完成数据检索的技术。
与关键字查询不同，全文检索考虑了单词的位置、频率和语义等因素，能够更准确地匹配用户的查询意图。
4. 基于内容的检索基于内容的检索是一种通过分析文档内容的特征和结构来进行数据查询的方法。
它可以根据文档的属性、关键词和语义等信息对数据进行分类和匹配，实现精确的检索结果。
三、数据查询与检索的应用场景1. 电子商务在电子商务领域，数据查询与检索用于商品搜索、库存管理和订单跟踪等业务。
用户可以通过关键字查询或基于内容的检索找到需要的商品信息，并实时获取库存状态和物流信息。
2. 银行与金融银行与金融机构需要对大量的客户数据进行查询与分析。
数据库检索介绍
音频检索
总结词
基于音频特征提取和匹配算法，实现音频相 似度检索的方式。
详细描述
音频检索是一种基于音频特征提取和匹配算 法的检索方式，它通过提取音频中的特征信 息，并利用相似度匹配算法实现相似度检索。 这种检索方式广泛应用于音频数据库、音乐 推荐系统等领域，为用户提供准确的音频资 源获取和推荐服务。
详细描述
自然语言检索是一种利用自然语言处理技术的检索方式，它能够理解自然语言提问，并自动将其转化 为结构化查询进行匹配。这种检索方式能够提高用户查询的便利性和友好性，减少用户输入的复杂性 。
图像检索
总结词
基于图像特征提取和匹配算法，实现图 像相似度检索的方式。
VS
详细描述
图像检索是一种基于图像特征提取和匹配 算法的检索方式，它通过提取图像中的特 征信息，并利用相似度匹配算法实现相似 度检索。这种检索方式广泛应用于图像数 据库、数字图书馆等领域，为用户提供方 便快捷的图像资源获取方式。
数据库检索介绍
目录
• 数据库检索概述 • 数据库检索技术 • 数据库检索系统 • 数据库检索的应用 • 数据库检索的未来发展
01
数据库检索概述
数据库检索的定义
数据库检索是指利用计算机系统从数 据库中检索出所需要的信息，并对这 些信息进行存储、处理和传输的过程。
数据库检索技术是现代信息技术的重 要组成部分，广泛应用于科学研究、 商业智能、政府管理等领域。
数据库检索的重要性
1 2
提高信息获取效率
数据库检索技术能够快速、准确地检索出所需信 息，避免了传统手工查找的繁琐过程，提高了信 息获取的效率。
促进知识共享与创新
通过数据库检索，人们可以方便地获取他人的研 究成果、经验和技术，从而促进知识共享和创新。
数据库检索通用方法
通过逻辑运算符（如AND、OR、NOT）来组合检索词，实现精确匹配。
详细描述
布尔检索是一种基本的检索技术，通过使用逻辑运算符来组合关键词，以缩小检索范围，提高检索的准确率。例 如，使用"AND"运算符可以同时检索出包含两个关键词的记录，使用"OR"运算符可以检索出包含任一关键词的 记录。
自然语言检索
VS
详细描述
模糊检索利用模糊匹配算法，通过计算查 询语句与数据库中记录的相似度来进行检 索。这种检索方式能够处理拼写错误、同 义词等问题，提高了检索的灵活性和容错 性。
分类检索
总结词
将数据按照一定的分类体系进行组织，通过 分类进行检索。
详细描述
分类检索将数据按照一定的分类体系进行组 织，用户可以通过选择分类来缩小检索范围。 分类检索能够提高检索的效率和准确性，尤 其适用于大量数据的分类管理。
云计算与数据库检索的结合
要点一
总结词
要点二
详细描述
云计算为数据库检索提供了灵活、可扩展的解决方案，有 助于降低成本和提高效率。
云计算技术可以将数据库检索系统部署在云端，实现数据 资源的共享和动态扩展。同时，云计算还可以提供丰富的 数据处理和分析工具，帮助用户更好地挖掘和利用数据价 值。
06
数据库检索的应用案例
数据库检索通用方法
目 录
• 数据库检索概述 • 数据库检索技术 • 数据库检索性能优化 • 数据库检索安全与隐私保护 • 数据库检索的未来发展 • 数据库检索的应用案例
01
数据库检索概述
数据库检索的定义
数据库检索是指从数据库中获取所需 数据的过程，通常涉及对数据库的查 询、搜索、筛选等操作。
数据库检索是数据库管理系统 （DBMS）的基本功能之一，通过提 供高效、准确的检索方法，帮助用户 快速获取所需数据。
数据库检索的技巧
数据库检索的技巧数据库检索是指通过特定的查询语言（如SQL）来获取需要的数据。
在进行数据库检索时，可以使用一些技巧来提高检索效率和准确性。
以下是一些常用的数据库检索技巧。
1. 确定检索需求：在开始检索之前，要明确自己需要获取哪些数据。
需求明确可以帮助我们更好地组织查询语句，提高检索效率。
2. 使用索引：数据库索引是一种提高数据查询速度的技术。
在查询过程中，数据库会先在索引中搜索，然后再定位到具体的数据行。
因此，合理地使用索引可以大大提高数据检索的效率。
常见的索引包括主键索引、唯一索引和普通索引。
3. 编写高效的查询语句：在编写查询语句时，要注意语句的简洁和高效。
可以合理地选择查询的字段，只选择需要的字段，避免选择全部字段。
此外，合理地使用JOIN操作，可以将多个表中的相关数据连接起来，提高查询效率。
4. 使用WHERE子句：WHERE子句可以帮助我们根据指定的条件筛选出满足要求的数据。
在使用WHERE子句时，要注意使用索引列作为查询条件，这样可以更快地获取结果。
5. 使用分页查询：当数据库中数据量很大时，一次性获取全部数据可能会导致性能问题。
可以使用分页查询的方式，按需获取数据。
分页查询可以使用LIMIT关键字或者使用ROW_NUMBER()函数来实现。
6. 使用ORDER BY子句：ORDER BY子句可以对查询结果进行排序。
在使用ORDER BY子句时，可以选择合适的排序字段，并根据需要进行升序或降序排序。
注意，当对大量数据进行排序时，可能会影响性能。
7. 使用GROUP BY子句：GROUP BY子句可以将数据按照指定的字段进行分组，并对每个分组进行聚合操作，如COUNT、SUM等。
GROUP BY子句常与聚合函数一起使用，可以快速得到需要的结果。
8. 使用子查询：子查询可以将一个查询语句嵌套在另一个查询语句中。
子查询可以用来获取嵌套条件的数据，或者用来作为大查询的过滤条件。
在使用子查询时，要注意查询语句的逻辑和性能。
query的概念 -回复
query的概念-回复什么是query？在计算机科学和信息检索中，query（查询）是指向数据库或搜索引擎提出的问题或请求。
它是用户与系统或数据库之间的沟通方式，用户通过查询来表达他们想要获取信息的需求。
query的用途非常广泛，可以用于各种不同的场景和领域，包括数据库查询、搜索引擎、信息检索、数据分析等。
无论是在个人使用电脑时搜索信息，还是在企业中进行数据处理和分析，query都是一个非常重要的工具。
在数据库中，query是指通过使用结构化查询语言（SQL）来获取数据库表中存储的数据。
通过在SQL语句中使用查询条件和过滤条件，用户可以指定他们需要的数据，从而实现快速、准确地检索和分析数据库中的信息。
例如，一个query可以是“选择客户表中所有地址在某城市的客户”。
在搜索引擎中，query是指用户在搜索框中输入的关键字或短语。
搜索引擎会通过query将用户的需求解析为搜索条件，然后在其索引中查找与之相关的网页或文档。
查询的结果会以最相关的顺序呈现给用户。
例如，用户在搜索引擎中输入“最佳旅游目的地”，搜索引擎会通过query将用户的需求解析为一个搜索任务，并返回相关的旅游目的地的网页列表。
在信息检索和数据分析中，query被用来处理和提取大量的数据。
用户可以指定各种查询条件和数据过滤器来获取他们所需的数据。
例如，在一份拥有大量销售数据的电子表格中，用户可以使用query来提取某个月份的特定产品销售总额，或者按照地理位置筛选出某个地区的销售数据。
为了进行有效的查询，使用者需要了解查询语言的基本规则和语法。
在SQL中，这包括如何选择表、定义查询条件、使用运算符、排序结果等。
对于搜索引擎和数据分析工具，了解和使用适当的查询语法和搜索技巧也非常重要。
query的核心目标是提供用户所需要的信息，同时尽可能减少不相关的结果。
一个好的query应该具有清晰的目标，使用准确的关键字和条件，并且能够在最短的时间内返回符合用户需求的结果。
数据库查询和搜索
2）GBFF格式（GenBank flatfile, GenBank平面文件）
－ GBFF 是GenBank数据库的基本信息单位， 是最为广泛使用的生物信息学序列格式之一。 － 以 Starfish Asterias rubens lysozyme mRNA （AY390770）欧洲海星溶菌酶核苷酸序列为例。
Example Entrez Session
Block Diagram for Entrez Literature Searching
Results of Previous Search Additional Search Criterion
Displayed Item Selection Desired Output Format
– – – – – – – Use OMIM with Keyword searching. Switch to Protein database to see sequence. Change to GenPept format to save sequence. Switch to Nucleotide database to see sequence. Use neighbor feature to find related articles. Use MESH terms to find similar articles. Search the Nucleotide database by gene name.
Asterias rubens lysozyme mRNA, complete cds
LOCUS DEFINITION ACCESSION KEYWORDS . SOURCE ORGANISM AY390770 759 bp mRNA linear INV 12-JAN-2004 Asterias rubens lysozyme mRNA, complete cds. AY390770 VERSION AY390770.1 GI:39653267
生物信息学A卷答案
一、名词辨析（每题5分，共20分）1、基因与基因组：Gene 基因：遗传功能的单位。
它是一种DNA序列，在有些病毒中则是一种RNA 序列，它编码功能性蛋白质或RNA分子。
Genome 基因组：染色体组，一个生物体、细胞器或病毒的整套基因；例如，细胞核基因组，叶绿体基因组，噬菌体基因组。
2、相似性与同源性：所谓同源序列，简单地说，是指从某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列。
同源性可以用来描述染色体—“同源染色体”、基因—“同源基因”和基因组的一个片断—“同源片断”必须指出，相似性(similarity)和同源性(homology)是两个完全不同的概念。
相似性是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。
相似性本身的含义，并不要求与进化起源是否同一、与亲缘关系的远近、甚至于结构与功能有什么联系。
3、CDS与cDNA：cDNA序列：互补DNA序列，指的是mRNA为在逆转录酶的作用下将形成DNA 的过程。
CDS序列：编码序列,从起始密码子到终止密码子的所有序列。
4、数据库搜索和数据库查询：数据库查询：对序列、结构以及各种二次数据库中的注释信息进行关键词匹配查找（又称数据库检索）。
数据库搜索：通过特定的序列相似性比对算法，找出核酸或蛋白质序列数据库中与检测序列具有一定程度相似性的序列。
搜索对象不是数据库的注释信息，而是序列信息。
二、判断题（20分）1、生物信息学可以理解为生命科学中的信息科学。
（√）2、DNA分子和蛋白质分子都含有进化信息。
（√）3、目前生命科学研究的重点和突破点的已完全转移到生物信息学上，已不需要实验做支撑。
（×）4、生物信息学的发展大致经历了三个阶段：前基因组时代、基因组时代和后基因组时代。
（√）5、基因组与蛋白质组一样，都处于动态变化之中。
（×）6、蛋白质三维结构都是静态的，在行使功能的过程中其结构不会改变。
（×）7、生物信息学中研究的生物大分子主要是脂类和多糖。
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MeSH主题词 主题词(MeSH Terms): 包括 MeSH的主题词，下级 的主题词， 主题词 的主题词 主题词 MeSH主要关键词 (MeSH Major Topic)：为检索条目十分 主要关键词 ： 重要的MeSH词目 重要的 词目 修改日期（ 包含该条目进入Entrez的 修改日期（Modification Date): 包含该条目进入 的 日期, 与出版日期一样，以年/月 日形式出现 日期 与出版日期一样，以年 月/日形式出现 页数(Page Number): 该文章所在杂志的页码 页数 特性(Property): 一个或几个关键词，用来描述该序列的类 一个或几个关键词， 特性 型
尽管Entez系统使用方便，初次使用时，最 系统使用方便，初次使用时， 尽管 系统使用方便 好阅读一下联机帮助文件， 好阅读一下联机帮助文件，按其提供的向导实 例练习一遍，以便提高查询效率， 例练习一遍，以便提高查询效率，很快找到需 要的结果。点击中页面左侧的“ 要的结果。点击中页面左侧的“About Enterz” 按钮，即可进入其帮助页面。 按钮，即可进入其帮助页面。 该页面的下方有一个说明各数据库之间相互关 系的框图，点击图中的数据库名， 系的框图，点击图中的数据库名，即可进入该 数据库的帮助页面。 数据库的帮助页面。
Entrez数据库查询系统提供的数据库 数据库查询系统提供的数据库
数据库名称 PubMed GenBank Proteins Structures Genomes 数据库内容 生物医学文献MedLine摘要 生物医学文献 摘要 核算序列
SWISSPORT PIR 以及 GENBANK翻译得到的蛋白质序列 翻译得到的蛋白质序列
Entrez 是由 是由NCBI主持的一个数据库检索 主持的一个数据库检索 系统，它包括核酸，蛋白以及Medline文摘 系统，它包括核酸，蛋白以及 文摘 数据库, 数据库 在这三个数据库中建立了非常完善 的联系, 用于对文献摘要、序列、 的联系 用于对文献摘要、序列、结构和基 因组等数据库进行关键词查询， 因组等数据库进行关键词查询，找出相关 的一个或几个数据库条目。 的一个或几个数据库条目。
阅读文献(Viewing Document) 阅读文献
每一个文件都可以有数种阅读方式， 每一个文件都可以有数种阅读方式，目的 各不相同。一般来说， 引文格式(citation)” 各不相同。一般来说，“引文格式 最适合于阅读Medline形式的文件 形式的文件； 最适合于阅读Medline形式的文件； “GenPept” 格式适用于阅读蛋白质文 格式用来阅读核酸文件。 件;“GenBank”格式用来阅读核酸文件。 “ 格式用来阅读核酸文件
PDB三维结构数据库 三维结构数据库
已经完成和正在进行的模式
OMIM
人类遗传疾病和遗传遗失 在线数据库 系统分类信息 基因关联信息 具有亲缘关系的种群之间 核酸序列同源性比对结果
生物基因信息
Taxonomy LocusLink PopSet
检索领域： 检索领域：(Search Fields) 检索系统中， 在Entrez检索系统中，检索内容被分为许多小 检索系统中 的领域，每一个检索领域包含以下信息： 的领域，每一个检索领域包含以下信息：
例如，上述“ 查询所得到的17个序 例如，上述“spider toxin”查询所得到的 个序 查询所得到的 列条目，有很大一部分是重复的； 列条目，有很大一部分是重复的；而我国特有 蜘蛛“虎纹捕鸟蛛”的毒素(Huwentoxin)却没 蜘蛛“虎纹捕鸟蛛”的毒素 却没 有检索到。这是因为作者在提交该序列时， 有检索到。这是因为作者在提交该序列时，使 用了“ 用了“Huwentoxin”，而没有使用“spider ，而没有使用“ toxin”。因此，必须输入“Huwentoxin”，才能 。因此， 找到该，序列条目。 找到该，序列条目。
文字检索词(Text Words):包含文章中的所有词，其中： 包含文章中的所有词， 文字检索词 包含文章中的所有词 其中： Medline词目：标题和文摘 词目： 词目 蛋白质词目： 定义，评论，蛋白名称， 蛋白质词目： 定义，评论，蛋白名称，蛋白描述 核酸条目： 定义，评论，基因名称，基因名称 核酸条目： 定义，评论，基因名称， 标题检索词(Title Words): 在标题中出现的词，或在描述 在标题中出现的词， 标题检索词 该条目时出现的词 卷(Volume): 刊登该文章杂志所在卷
例如，给定一个胰岛素序列， 例如，给定一个胰岛素序列，通过数 据库搜索， 据库搜索，可以在蛋白质序列数据 库Swiss-Prot中找出与该检测序列 中找出与该检测序列 (query sequence)具有一定相似性的 具有一定相似性的 序列。 序列。
常用数据库查询系统 常用数据库查询系统 Entrez系统 系统 SRS系统 系统
Entrez系统的使用方法 系统的使用方法
进入 NCBI 主 页 ( www.ncbi.nlm.nih)， ， 即可看到位于页面上部的数据库检索栏， 即可看到位于页面上部的数据库检索栏， 其缺省检索选项为核酸序列数据库 GenBank。可以在检索栏中直接输入需 。 要查询的内容。 要查询的内容。
例如:需要检索蜘蛛毒素的核苷酸序列 例如 需要检索蜘蛛毒素的核苷酸序列 在检索栏中输入“ 在检索栏中输入“spider toxin”，点击起 ， 始按钮“Go”，则可得到核酸序列数据库 始按钮“ ， GenBank中和蜘蛛毒素相关的序列条目 ， 中和蜘蛛毒素相关的序列条目， 中和蜘蛛毒素相关的序列条目 一共81条 一共 条。
对于蛋白和核酸文件： 对于蛋白和核酸文件： GenBank/GenPept格式 标准的 格式: 格式 标准的GenBank或 或 GenPept格式 格式 Report格式：GenBank格式 格式： 格式 格式 ASN.1格式 格式 FASTA格式 格式 图形格式(Graphic View) 图形格式 对于结构文件： 对于结构文件： 结构总结格式：结构的基本信息， 结构总结格式：结构的基本信息，可以看三 维结构 ASN.1格式： 格式： 格式
数据库查询有时也称数据库检索， 数据库查询有时也称数据库检索，它和 互联网上通过搜索引擎 (Search engine) 查找需要的信息是一个概念。 查找需要的信息是一个概念。
数据库查询、 数据库查询、数据库检索和数据库搜索 这三个词经常混用。 这三个词经常混用。 其实， 其实，数据库搜索在分子生物信息学中 有特定含义， 有特定含义，它是指通过特定的序列相 似性比对算法， 似性比对算法，找出核酸或蛋白质序列 数据库中与检测序列具有一定程度相似 性的序列。 性的序列。
GenBank和EMBL等核酸序列数据库中 和 等核酸序列数据库中 的大部分数据， 的大部分数据，是由生物学家通过计算 机网络直接提交， 机网络直接提交，或通过计算机程序直 接从大规模序列测定所得结果送入数据 库中，没有严格的标准。 库中，没有严格的标准。
Hale Waihona Puke 在数据库查询时，经常会遇到“ 在数据库查询时，经常会遇到“想找 的找不到，找到的却不是” 的找不到，找到的却不是”这样的 问题。 问题。
特征词(Feature Key): 描述 描述DNA特征的关键词 特征词 特征的关键词 基因符号(Gene Symbol): 基因的标准名称 基因符号 杂志名(Journal Title):为检索条目第一次发表时的杂志名， 为检索条目第一次发表时的杂志名， 杂志名 为检索条目第一次发表时的杂志名 该杂志名是以缩写形式储存于数据库中， 该杂志名是以缩写形式储存于数据库中，如果不清楚杂 志是如何缩写的可采用List Terms来查看 志是如何缩写的可采用 来查看 关键词(Keywords)：可以使用较特定的索引条目来检索 ： 关键词 以上数据库。 以上数据库。类似于医学光盘检索 Medline UID : 是Medline对每一个条目给出的唯一识别 对每一个条目给出的唯一识别 标记
阅读方式：可单一阅读， 阅读方式：可单一阅读，亦可成批阅读
对于PubMed文章： 文章： 对于 文章 引文(citation)格式：包含题目，文摘 格式： 引文 格式 包含题目，文摘,MeSH主题词等 主题词等 文摘格式：包含题目， 文摘格式：包含题目，文摘 ASN.1格式：文章以 格式： 格式 文章以ASN.1格式出现 格式出现 MEDLINE格式：文章以 格式： 格式 文章以MEDLINE格式出现 格式出现 对于基因组文件： 对于基因组文件： 图形格式 ASN.1格式 格式
第三章 数据库查询和数据库搜索
简 介
分子生物数据库的应用可以分为两个 主要方面， 主要方面，即数据库查询(databaase query)和数据库搜索(database search) 。
所谓数据库查询，是指对序列、 所谓数据库查询，是指对序列、结构 以及各种二次数据库中的注释信息进 行关键词匹配查找。 行关键词匹配查找。 例如，对蛋白质序列数据库Swiss例如，对蛋白质序列数据库SwissProt输入关键词 输入关键词insulin(胰岛素 ，即 胰岛素)， 输入关键词 胰岛素 可找出该数据库所有胰岛素或与胰岛 素有关的序列条目(Entry)。 素有关的序列条目 。
Entrez系统目前主要包括核酸序列数据库、蛋 系统目前主要包括核酸序列数据库、 系统目前主要包括核酸序列数据库 白质序列数据库、基因组数据库、 白质序列数据库、基因组数据库、蛋白质结构数 据库、生物医学文献摘要数据库、 据库、生物医学文献摘要数据库、系统分类数据 人类遗传疾病和遗传缺失在线数据库， 库、人类遗传疾病和遗传缺失在线数据库，以及 基因信息数据库、 基因信息数据库、种群亲缘关系核酸序列比对数 据库、表达序列标签数据库等。 据库、表达序列标签数据库等。 因此，可以从一个DNA序列查询到蛋白产物以 因此，可以从一个 序列查询到蛋白产物以 及相关文献，而且， 及相关文献，而且，每个条目均有一个类邻 (neighboring)信息，给出与查询条目接近的信息。 信息， 信息 给出与查询条目接近的信息。