四种分子杂交的原理及方法
分子杂交的基本方法

分子杂交的基本方法分子杂交是基因工程领域中常用的方法,可以用来将两个不同物种的DNA分子进行结合,产生新的DNA分子,用来获得物种间的新特性。
以下将详细介绍分子杂交的基本原理和方法。
1.原理:分子杂交的基本原理是利用DNA的互补碱基配对规律来进行DNA分子的结合。
DNA的碱基配对规律是A-T,C-G,即腺嘌呤配对胸腺嘧啶,胞嘧啶配对鸟嘌呤。
根据这个原理,可以将两个不同物种的DNA分子进行部分或完全的配对,形成新的DNA分子。
2.方法:(1)杂交DNA的制备:首先需要获得两个源DNA,分别来自于不同物种。
源DNA可以通过基因克隆、基因合成或者分离纯化的方法获得。
将这两个源DNA进行处理,包括DNA的纯化、限制性酶切、PCR扩增等。
(2)DNA杂交:将处理完的两个源DNA混合在一起,在适当的条件下进行杂交。
在实验室中,一般将这两个源DNA放入一个反应管中,然后加入缓冲液和杂交试剂。
杂交试剂可以是盐溶液、有机溶剂或者其他适当的试剂,可以提高DNA的互补配对速度和稳定性。
(3)杂交条件的控制:在进行DNA杂交的过程中,需要注意控制一些条件,以确保杂交成功。
例如,温度、时间、pH值和离子浓度等。
不同的DNA杂交反应需要不同的条件控制,这些条件可以通过实验的多次优化来确定。
(4)杂交DNA的检测:测定杂交DNA的方法有很多,常见的方法包括:-凝胶电泳:通过电极的作用,将DNA样品分离出来,并通过染色剂、荧光探针等方法观察杂交DNA在凝胶上的迁移位置,以判断分子杂交的成功与否。
-核酸杂交:将已知序列的DNA序列化学标记,然后与杂交DNA进行杂交,通过探针与目标DNA结合的结果来判断分子杂交的结果。
-PCR扩增:通过合成引物和DNA多聚酶的作用,可以通过PCR扩增的方法来检测分子杂交的结果。
-表型观察:通过观察转基因生物的表型特征来判断分子杂交的成功与否。
3.应用:分子杂交技术可以应用于多个领域,例如基因工程、转基因植物、医学研究等。
分子杂交的原理及应用

分子杂交的原理及应用1. 原理分子杂交是一种重要的生物学技术,它通过将两个不同物种的DNA序列部分结合,形成新的DNA序列,从而生成具有新功能的分子。
以下是分子杂交的主要原理:1.1 DNA结合分子杂交的关键在于DNA序列的结合。
DNA 是由核苷酸组成的双螺旋结构,在分子杂交中,两种不同的DNA序列经过使两者互补碱基配对,形成新的DNA序列。
1.2 DNA复制分子杂交需要进行DNA复制。
通过酶的作用,在适当的温度下,使分子杂交生成的DNA序列进行复制,从而扩大DNA的数量。
1.3 形成新功能分子分子杂交生成的新的DNA序列,可以通过转染等方式导入到特定的细胞中,从而表达出新的功能。
这些新功能可能包括基因的启动或关闭、酶的活性调节等。
2. 应用分子杂交技术在生物学领域有着广泛的应用,下面将介绍其中几个主要的应用。
2.1 基因工程分子杂交技术在基因工程中有着重要的应用。
通过将不同物种的基因进行杂交,可以生成具有新功能的基因。
这些功能可以用于改良农作物的抗旱、抗病等特性,或者用于制造新药物等。
2.2 分子诊断分子杂交技术在分子诊断中也得到了广泛应用。
通过与特定疾病相关的DNA序列进行杂交,可以检测出患者体内是否存在该疾病的特定基因。
这为早期诊断提供了重要的依据。
2.3 分子进化分子杂交技术在分子进化研究中也有着重要的应用。
通过比较不同物种的DNA 序列,可以分析物种间的亲缘关系,并研究物种的进化过程。
2.4 蛋白质工程分子杂交技术在蛋白质工程中也具有重要的作用。
通过将两个不同的蛋白质序列进行杂交,可以生成具有新功能的蛋白质。
这些蛋白质可以应用于医药领域,例如用于制造新型治疗药物。
3. 总结分子杂交是一种重要的生物技术,通过DNA序列的结合和复制,可以生成具有新功能的分子。
在基因工程、分子诊断、分子进化和蛋白质工程等领域,分子杂交技术都有着广泛的应用。
随着技术的不断发展,分子杂交技术将在更多领域发挥更重要的作用。
DNA分子杂交的原理及其应用

DNA分子杂交的原理及其应用1. 引言在遗传学研究领域,DNA分子杂交是一种重要的实验技术,它可以帮助科学家们了解DNA的结构与功能,并且在基因工程和生物医学研究中具有广泛的应用。
本文将介绍DNA分子杂交的原理及其应用,并探讨其在生物科学中的重要性。
2. DNA分子杂交的原理DNA分子杂交是指两条DNA链之间的碱基配对现象,其原理基于DNA的碱基互补性。
DNA的四种碱基(腺嘌呤,鸟嘌呤,胸腺嘧啶和鳗酸)之间的配对规则是:腺嘌呤与鸟嘌呤之间形成两个氢键,胸腺嘧啶与鳗酸之间形成三个氢键。
根据这个互补性原则,DNA的两条链可以相互配对,形成DNA双链结构。
3. DNA分子杂交的方法DNA分子杂交的主要方法包括: - 杂交探针杂交:将标记的DNA探针与待测DNA样品杂交,然后使用荧光或放射性技术进行检测和分析。
- 原位杂交:将探针直接标记在细胞核酸或染色体上,用于检测基因组的结构和功能。
- 南方杂交:将DNA样品加热使之解链,然后与标记的DNA探针杂交,并通过电泳分离的方式进行分析。
4. DNA分子杂交的应用DNA分子杂交在生物科学中有着广泛的应用。
以下是一些主要的应用领域:4.1 基因检测和诊断DNA分子杂交可以用于特定基因的检测和诊断。
通过设计与目标基因互补的DNA探针,可以在待测样品中检测目标基因的存在与否,从而实现基因的检测和诊断。
4.2 基因组和染色体结构研究DNA分子杂交可以用于研究基因组和染色体的结构和功能。
通过原位杂交和南方杂交等技术,可以确定基因组和染色体上特定基因的位置和数量,有助于理解基因组的组成和调控机制。
4.3 基因表达分析DNA分子杂交可以用于研究基因表达。
通过与特定基因互补的DNA探针杂交,可以检测目标基因在不同组织或发育阶段中的表达水平,从而揭示基因表达调控的模式和机制。
4.4 病原体检测和疾病诊断DNA分子杂交可以用于病原体的检测和疾病的诊断。
通过设计与病原体基因序列互补的DNA探针,可以在临床样品中检测病原体的存在与否,从而帮助医生诊断和治疗疾病。
核酸分子杂交的概念和基本原理

核酸分子杂交的概念和基本原理
核酸分子杂交的基本原理是互补配对。
DNA由四种碱基组成,即腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C)。
在DNA的双链结构中,A总是与T互补,G总是与C互补。
RNA的组成与DNA类似,但胸腺嘧啶(T)被尿嘧啶(U)取代。
1.样品制备:将待检测的核酸提取和纯化,通常使用的方法有酚/氯仿法或商用试剂盒。
2.样品标记:将一条核酸链标记上荧光物质或放射性同位素,以便于后续的检测和可视化。
标记通常使用DNA或RNA标记试剂盒来完成。
3.杂交:将待检测的样品核酸与已知碱基序列的探针核酸杂交。
探针核酸是一条已知序列的DNA或RNA,在实验中作为参照物。
杂交条件包括温度、盐浓度和时间等。
4.杂交后处理:将杂交的核酸片段进行洗脱和处理,以去除未杂交的核酸。
这可以通过水洗、盐洗或酶处理等方法来完成。
5.分析和检测:通过荧光显微镜、放射计数器或PCR等方法来检测和分析杂交的核酸。
可以测量荧光强度、放射性计数或扩增产物的数量等,以确定核酸的相互作用或特定序列的存在。
核酸分子杂交技术在生物医学研究和诊断中具有广泛的应用。
例如,它可以用于检测病毒感染、基因突变、基因表达差异以及遗传性疾病的诊断等。
此外,核酸分子杂交还可以用于基因组和转录组的分析,帮助科学家理解基因调控、进化和物种间关系等重要生物学问题。
综上所述,核酸分子杂交技术基于互补配对原理,通过使两条互补的核酸链结合,来研究DNA和RNA的相互作用和序列特征。
它是一种重要的实验技术,在生物医学研究和诊断中得到广泛应用。
核酸分子杂交的几种类型 -回复

核酸分子杂交的几种类型-回复核酸分子杂交是一种重要的实验技术,用于研究DNA和RNA的相互作用。
它有几种不同类型,每一种都有其独特的应用和优势。
在本文中,我们将一步一步地回答这个问题,详细介绍核酸分子杂交的几种类型。
第一步,我们需要了解核酸分子杂交的基本原理。
核酸分子杂交是通过两种或更多的核酸序列,互相结合形成双螺旋结构的过程。
这个过程利用了DNA和RNA分子的互补配对特性,即腺嘌呤(A)和胸腺嘧啶(T)之间的两个氢键以及鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)之间的三个氢键。
第二步,我们需要了解核酸分子杂交的第一种类型——DNA-DNA杂交。
这种杂交是通过两个DNA分子之间的互补配对形成的。
它可以用于检测两个DNA序列之间的相似性或差异性,例如在物种鉴定、基因组比较和遗传突变分析中。
DNA-DNA杂交也可以用于构建DNA克隆库,这是一种将DNA序列嵌入到载体中以便在细胞内增殖的技术。
第三步,我们需要了解核酸分子杂交的第二种类型——DNA-RNA杂交。
这种杂交是通过DNA和RNA两种分子之间的互补配对形成的。
DNA-RNA杂交可以用于测定RNA的序列或分析RNA的表达水平。
在分子生物学研究中,这种杂交常被用于Northern blotting技术,用于检测RNA在不同组织或条件下的表达情况。
第四步,我们需要了解核酸分子杂交的第三种类型——RNA-RNA杂交。
这种杂交是通过两个RNA分子之间的互补配对形成的。
RNA-RNA 杂交常用于研究RNA结构或功能。
通过合成互补的RNA序列,可以形成双链RNA分子,从而模拟天然的RNA结构或干扰RNA的功能。
这在研究RNA的抑制效应、预测RNA结构以及设计RNA药物方面具有重要意义。
第五步,我们需要了解核酸分子杂交的第四种类型——RNA-DNA杂交。
这种杂交是通过RNA和DNA两种分子之间的互补配对形成的。
RNA-DNA杂交常用于研究DNA的转录过程和基因表达调控机制。
在RNA干扰(RNAi)技术中,RNA-DNA杂交可以用于介导RNA的靶向降解,从而抑制特定基因的表达。
核酸分子杂交技术定义

核酸分子杂交技术定义核酸分子杂交技术是一种广泛应用于生物学和医学领域的技术手段。
它利用互补配对的原理,将两个核酸链在一定条件下结合成一个双链分子。
该技术可用于分析、检测、鉴定、筛选和修饰核酸分子等方面,具有重要的实验和临床应用价值。
一、技术原理核酸分子杂交技术的原理是基于核酸互补配对的规律。
核酸是由四种碱基(腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶和鳞状细胞素)组成的双链分子,两条链通过氢键相互配对形成双螺旋结构。
在核酸分子杂交技术中,将两个互补的核酸链置于一定条件下(如适当的温度、pH值和离子浓度等),使它们形成双链分子。
这个过程中,两个链之间的氢键会断裂,然后重新组合成新的氢键,形成一个更稳定的双链分子。
这个过程被称为“杂交”。
二、应用领域1. 分析基因序列核酸分子杂交技术可用于分析基因序列。
通过与已知序列相比较,可确定未知序列的位置和组成。
这种技术被广泛应用于基因组学和生物技术领域,包括基因定位、基因诊断、基因克隆和基因表达研究等方面。
2. 检测病原体核酸分子杂交技术可用于检测病原体。
该技术可以检测细菌、病毒、真菌和寄生虫等微生物的存在和数量。
与传统的细菌培养方法相比,核酸分子杂交技术具有更高的灵敏度和特异性,可以更快速和准确地诊断疾病。
3. 鉴定基因型核酸分子杂交技术可用于鉴定基因型。
通过检测DNA序列的变异,可以确定不同基因型之间的差异。
这种技术被广泛应用于疾病的遗传咨询、人类学研究和法医学等领域。
4. 筛选基因库核酸分子杂交技术可用于筛选基因库。
该技术可以通过与探针的杂交来筛选目标基因,从而快速地鉴定和克隆感兴趣的基因。
这种技术被广泛应用于基因工程、药物研发和生物产业等领域。
5. 修饰核酸分子核酸分子杂交技术可用于修饰核酸分子。
通过与修饰剂的杂交,可以将不同的化合物引入到核酸分子中,从而实现对分子结构和性质的调控。
这种技术被广泛应用于药物研发、生物材料和生物传感器等领域。
三、实验步骤核酸分子杂交技术的实验步骤包括样品处理、杂交反应、检测和数据分析等环节。
分子杂交技术的原理及应用

分子杂交技术的原理及应用1. 引言分子杂交技术是一种在分子水平上研究和探索生命现象的方法。
它是通过将两个不同的DNA分子进行杂交,从而实现两者信息的交流和组合。
本文将重点介绍分子杂交技术的原理以及其在生物科学领域的应用。
2. 分子杂交技术的原理分子杂交技术的原理基于DNA的互补配对原则。
DNA是由四种碱基(腺嘌呤,鸟嘌呤,胸苷和胞嘧啶)组成的双螺旋结构,其中腺嘌呤与胞嘧啶之间通过氢键形成稳定的配对,鸟嘌呤与胸苷之间也通过氢键形成稳定的配对。
基于这种互补配对的原理,可以将两个不同的DNA分子通过杂交技术进行结合。
分子杂交技术主要包括以下几个步骤:2.1 DNA提取DNA提取是分子杂交技术的首要步骤。
可以通过破碎细胞膜,使用特定的试剂或酶来提取DNA。
2.2 DNA标记DNA标记是为了便于检测和分析杂交结果而给DNA分子添加或连接一些标记物,常见的标记物有放射性同位素、荧光染料和酶等。
2.3 DNA杂交DNA杂交是将两个标记过的DNA分子放在一起,使其互相配对。
杂交可以在液相中进行,也可以通过固相法在试剂盒中进行。
2.4 检测杂交结果检测杂交结果可以使用放射性测量、荧光检测或酶活性检测等方法。
这些方法可以帮助确定DNA分子之间的交流和结合情况。
3. 分子杂交技术的应用分子杂交技术在生物科学领域有广泛的应用,下面将介绍几个常见的应用领域:3.1 亲缘关系分析通过分子杂交技术,可以对家族成员之间的亲缘关系进行分析。
通过比较DNA 序列的相似性和差异性,可以判断是否存在血缘关系。
这对于进行亲子鉴定、法医学鉴定和家谱研究等方面具有重要意义。
3.2 病原体检测分子杂交技术可以应用于病原体的检测和鉴定。
通过将病原体的DNA与特异性探针进行杂交,可以快速准确地检测和鉴定病原体。
这在临床诊断和疫情监测方面具有重要的应用价值。
3.3 基因工程分子杂交技术在基因工程中也有广泛的应用。
通过将目的基因与载体DNA进行杂交,可以将目的基因导入到宿主细胞中,从而实现基因的转移和表达。
分子杂交技术原理

分子杂交技术原理引言:分子杂交技术是一种重要的生物技术手段,广泛应用于基因工程、农业育种、遗传疾病诊断等领域。
本文将介绍分子杂交技术的原理及其应用,以期加深对这一技术的理解。
一、分子杂交技术的基本原理分子杂交技术是通过将两种不同的DNA序列进行配对结合,从而产生新的DNA分子。
其基本原理可以简单地概括为以下几个步骤:1. DNA的提取和纯化:从目标生物体中提取所需的DNA,并经过一系列纯化步骤,以去除杂质和其他干扰物。
2. DNA的标记:将目标DNA标记上荧光染料或放射性同位素等标记物,以便于后续的检测和分析。
3. 杂交反应:将标记的目标DNA与待检测的DNA样本一起进行杂交反应。
这一步骤需要一定的条件,如适当的温度和盐浓度等。
4. 杂交后的检测:通过特定的检测方法,如Southern blotting或原位杂交等,对杂交后的DNA进行检测和分析。
二、分子杂交技术的应用分子杂交技术在生物学研究和应用中有着广泛的应用。
下面将重点介绍分子杂交技术在基因工程、农业育种和遗传疾病诊断等方面的应用。
1. 基因工程:分子杂交技术被广泛应用于基因工程领域。
通过将外源基因导入宿主细胞中,并与宿主基因进行杂交,可以实现基因的定点插入、基因的表达调控等功能。
2. 农业育种:分子杂交技术在农业育种中起到了重要的作用。
通过将不同植物或动物的优良基因进行杂交,可以培育出具有抗病性、高产性等优良性状的新品种。
3. 遗传疾病诊断:分子杂交技术在遗传疾病的诊断中具有重要意义。
通过将患者样本中的DNA与已知遗传病变相关的基因进行杂交,可以准确地检测出患者是否携带相关的遗传突变。
三、分子杂交技术的优势和局限性分子杂交技术作为一种重要的生物技术手段,具有以下优势:1. 高度特异性:分子杂交技术可以准确地检测目标DNA序列,具有高度特异性。
2. 灵敏度高:分子杂交技术可以检测到非常低浓度的目标DNA序列,具有很高的灵敏度。
3. 定量性强:分子杂交技术可以对目标DNA序列进行定量分析,可以精确地测量目标DNA的含量。
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Southern杂交基本概念及原理:Southern印迹杂交(Southern blot)是1975年由英国人southern创建,是研究DNA图谱的基本技术,在遗传病诊断、DNA图谱分析及PCR产物分析等方面有重要价值。
Southern印迹杂交是进行基因组DNA特定序列定位的通用方法。
一般利用琼脂糖凝胶电泳分离经限制性内切酶消化的DNA片段,将胶上的DNA变性并在原位将单链DNA 片段转移至尼龙膜或其他固相支持物上,经干烤或者紫外线照射固定,再与相对应结构的标记探针进行杂交,用放射自显影或酶反应显色,从而检测特定DNA分子的含量。
Southern印迹杂交技术是分子生物学领域中最常用的具体方法之一。
其基本原理是:具有一定同源性的两条核酸单链在一定的条件下,可按碱基互补的原则形成双链,此杂交过程是高度特异的。
由于核酸分子的高度特异性及检测方法的灵敏性,综合凝胶电泳和核酸内切限制酶分析的结果,便可绘制出DNA分子的限制图谱。
但为了进一步构建出DNA分子的遗传图,或进行目的基因序列的测定以满足基因克隆的特殊要求,还必须掌握DNA分子中基因编码区的大小和位置。
有关这类数据资料可应用Southern 印迹杂交技术获得。
Southern印迹杂交技术包括两个主要过程:一是将待测定核酸分子通过一定的方法转移并结合到一定的固相支持物(硝酸纤维素膜或尼龙膜)上,即印迹(blotting);二是固定于膜上的核酸同位素标记的探针在一定的温度和离子强度下退火,即分子杂交过程。
该技术是1975年英国爱丁堡大学的E.M.Southern首创的,Southern印迹杂交故因此而得名。
早期的Southern印迹是将凝胶中的DNA变性后,经毛细管的虹吸作用,转移到硝酸纤维膜上。
印迹方法如电转法、真空转移法;滤膜发展了尼龙膜、化学活化膜(如APT、ABM纤维素膜)等。
利用Southern印迹法可进行克隆基因的酶切、图谱分析、基因组中某一基因的定性及定量分析、基因突变分析及限制性片断长度多态性分析(RFLP)等。
下面以哺乳动物基因组DNA为例,介绍Southern印迹杂交的基本步骤。
步骤:一、待测核酸样品的制备(一)制备待测DNA基因组DNA是从动物组织(或)细胞制备。
1.采用适当的化学试剂裂解细胞,或者用组织匀浆器研磨破碎组织中的细胞;2.用蛋白酶和RNA酶消化大部分蛋白质和RNA;3.用有机试剂(酚/氯仿)抽提方法去除蛋白质。
(二)DNA限制酶消化基因组DNA很长,需要将其切割成大小不同的片段之后才能用于杂交分析,通常用限制酶消化DNA。
一般选择一种限制酶来切割DNA分子,但有时为了某些特殊的目的,分别用不同的限制酶消化基因组DNA。
切割DNA的条件可根据不同目的设定,有时可采用部分和充分消化相结合的方法获得一些具有交叉顺序的DNA片段。
消化DNA 后,加入EDTA,65℃加热灭活限制酶,样品即可直接进行电泳分离,必要时可进行乙醇沉淀,浓缩DNA样品后再进行电泳分离。
二、琼脂糖凝胶电泳分离待测DNA样品(一)基本原理Southern印迹杂交是先将DNA样品(含不同大小的DNA片段)先按片断长短进行分离,然后进行杂交。
这样可确定杂交靶分子的大小。
因此,制备DNA样品后需要进行电泳分离。
在恒定电压下,将DNA样品放在0.8~1.0%琼脂糖凝胶中进行电泳,标准的琼脂糖凝胶电泳可分辨70-80000bp的DNA片段,故可对DNA片段进行分离。
但需要用不同的胶浓度来分辨这个范围内的不同的DNA片段。
原则是分辨大片断的DNA需要用浓度较低的胶,分辨小片段DNA则需要浓度较高的胶。
经过一段时间电泳后,DNA 按分子大小在凝胶中形成许多条带,大小相同的分子处于同一条带。
另外为了便于测定待测DNA分子量的大小,往往同时在样品邻近的泳道中加入已知分子量的DNA样品即标准分子量DNA (DNA marker)进行电泳。
DNA marker可以用放射性核素进行末端标记,通过这种方式,杂交后的标准分子量DNA也能显影出条带。
(二)基本步骤1. 制备琼脂糖凝胶,尽可能薄。
DNA样品与上样缓冲液混匀,上样。
推荐使用的靶基因的上样量见不同条件下上样本的使用指针比较表。
一般而言,对地戈辛杂交系统,所需DNA样品的浓度较低,每道加2.5-5μg人类基因组DNA;如果基因组比人类DNA更复杂(如植物DNA)则上样量可达10μg;每道上质粒DNA<1ng。
2. 分子质量标志物(DIG标记)上样。
3. 电泳,使DNA条带很好的分离4. 评价靶DNA的质量。
在电泳结束后,0.25-0.50μg/mlEB染色15-30min,紫外灯下观察凝胶。
三、电泳凝胶预处理(一)原理DNA样品在制备和电泳过程中始终保持双链结构。
为了进行有效地实现Southern 印迹转移,对电泳凝胶做预处理十分必要。
分子量超过10kb的较大的DNA片段与较短的小分子量DNA相比,需要更长的转移时间。
所以为了使DNA片段在合理的时间内从凝胶中移动出来,必须将最长的DNA片段控制在大约2kb以下。
DNA的大片段必须被打成缺口以缩短其长度。
因此,通常是将电泳凝胶浸泡在0.25mol/L 的HCl溶液短暂的脱嘌呤处理之后,移至于碱性溶液中浸泡,使DNA变形并断裂形成较短的单链DNA片段,再用中性PH的缓冲液中和凝胶中的缓冲液。
这样,DNA片段经过碱变性作用,亦会使之保持单链状态而易于同探针分子发生杂交作用。
(二)基本步骤1. 如果靶序列>5kb,则需进行脱嘌呤处理。
(1) 把凝胶浸在0.25mol/LHCl中,室温轻轻晃动,直到溴酚蓝从蓝变黄。
注意:处理人类基因组DNA≤10分钟;处理植物基因组DNA≤20分钟。
(2) 把凝胶浸在灭菌双蒸水中2. 如果靶序列<5kb,则直接进行下面的步骤(1) 把凝胶浸在变性液(0.5mol/LNaOH,1.5mol/LNaCl)中,室温2×15分钟,轻轻晃动。
(2) 把凝胶浸在灭菌双蒸水中(3) 把凝胶浸在中和液中(0.5mol/L Tris-HCl,Ph7.5,1.5mol/L NaCl),室温2×15分钟。
(4) 在20×SSC中平衡凝胶至少10分钟。
四、转膜即将凝胶中的单链DNA片段转移到固相支持物上。
而此过程最重要的是保持各DNA片段的相对位置不变。
DNA是沿与凝胶平面垂直的方向移出并转移到膜上,因此,凝胶中的DNA片段虽然在碱变性过程已经变性成单链并已断裂,转移后各个DNA片段在膜上的相对位置与在凝胶中的相对位置仍然一样,故而称为印迹(blotting)。
用于转膜的固相支持物有多种,包括硝酸纤维素膜(NC膜)、尼龙(Nylon)膜、化学活化膜和滤纸等,转膜时可根据不同需要选择不同的固相支持物用于杂交。
其中常用的是NC膜和Nylon膜。
各种膜的性能和使用情况比较见各种尼龙膜性能及使用情况五、探针标记用于Southern印迹杂交的探针可以是纯化的DNA片段或寡核苷酸片段。
探针可以用放射性物质标记或用地高辛标记,放射性标记灵敏度高,效果好;地高辛标记没有半衰期,安全性好。
人工合成的短寡核苷酸可以用T4多聚核苷酸激酶进行末端标记。
探针标记的方法有随机引物法、切口平移法和末端标记法。
六、预杂交(prehybridizafion)将固定于膜上的DNA片段与探针进行杂交之前,必须先进行一个预杂交的过程。
因为能结合DNA片段的膜同样能够结合探针DNA,在进行杂交前,必须将膜上所有能与DNA结合的位点全部封闭,这就是预杂交的目的。
预杂交是将转印后的滤膜置于一个浸泡在水浴摇床的封闭塑料袋中进行,袋中装有预杂交液,使预杂交液不断在膜上流动。
预杂交液实际上就是不含探针的杂交液,可以自制或从公司购买,不同的杂交液配方相差较大,杂交温度也不同。
但其中主要含有鲑鱼精子DNA(该DNA与哺乳动物的同源性极低,不会与DNA探针DNA杂交)、牛血清等,这些大分子可以封闭膜上所有非特异性吸附位点。
具体步骤如下:(一)配制预杂交液:6XSSC,5XDe nhardt’s试剂,0.5%SDS,50%(v/v)甲酰胺,ddH2O,100ug/ml鲑鱼精DNA变性后加入。
注:1.每平方硝酸纤维素膜需预杂交液0.2ml。
2.预杂交液制备时可用或不用poly(A)RNA。
3.当使用32P标记的Cdna作探针时,可以在预杂交液或杂交液中加入poly(A)RNA以避免探针同真核生物DNA中普遍存在的富含胸腺嘧啶的序列结合。
4.按照探针、靶基因和杂交液的特性确定合适的杂交温度(Thyb)。
(如果使用标准杂交液,靶序列DNA GC含量为40%,则Thyb 为42℃。
)(二)把预杂交液放在灭菌的塑料瓶中,在水浴中预热至杂交温度。
(三)将表面带有目的DNA的硝酸纤维素滤膜放入一个稍宽于滤膜的塑料袋,用5-10ml2×SSC浸湿滤膜。
(四)将鲑鱼精DNA置沸水浴中10min,迅速置冰上冷却1-2min,使DNA变性。
(五)从塑料袋中除净2×SSC,加入预杂交液,按每平方滤膜加0.2ml。
(六)加入变性的鲑鱼精DNA置终浓度200μg/ml。
(七)尽可能除净袋中的空气,用热封口器封住袋口,上下颠倒数次以使其混匀,置于42℃水浴中温育4h.七、Southern杂交(一)原理转印后的滤膜在预杂交液中温育4-6h,即可加入标记的探针DNA(探针DNA预先经加热变性成为单链DAN分子),即可进行杂交反应。
杂交是在相对高离子强度的缓冲盐溶液中进行。
杂交过夜,然后在较高温度下用盐溶液洗膜。
离子强度越低,温度越高,杂交的严格程度越高,也就是说,只有探针和待测顺序之间有非常高的同源性时,才能在低盐高温的杂交条件下结合。
(二)步骤1.将标记的DNA探针置沸水浴10min,迅速置冰上冷却1-2min,使DNA变性。
2.从水浴中取出含有滤膜和预杂交液的塑料袋,剪开一角,将变性的DNA探针加到预杂交液中。
3.尽可能除取袋中的空气,封住袋口,滞留在袋中的气泡要尽可能地少,为避免同位素污染水浴,将封好的杂交袋再封入另一个未污染的塑料袋内。
4.置42℃水浴温育过夜(至少18h)。
八、洗膜取出NC膜,在2XSSC溶液中漂洗5min,然后按照下列条件洗膜:2×SSC/0.1%SDS,42℃,10min,1S×SCC/0.1%SDS,42℃,10min,0.5S×SCC/0.1%SDS,42℃,10min,0.2×SSC/0.1%SDS,56℃,10min,0.1×SSC/0.1%SDS,56℃,10min。
采用核素标记的探针或发光剂标记的探针进行杂交还需注意的关键一步就是洗膜。
在洗膜过程中,要不断振荡,不断用放射性检测仪探测膜上的放射强度。