核酸、氨基酸序列和蛋白质二级结构之间关系的探究
氨基酸分类与蛋白质二级结构相关性
１ 定 义 相 关性
ｈ一 ∑ Ｐ １ ： （）其中ｉ 一 ｏ Ｐ １（ ｇ ， 代表氨基酸，代表二级结构） ａ Ｈ 一一∑ 户 。 Ｍ （ ｈ 马尔可夫熵）（） ； ２ Ｈ一一∑ 户ｏ２ ； ） 。ｇ 。 ３ １ 户 （
化 依 据 的 蛋 白 质 数 据 库 与 此 相 同． ）
２ ２ 利 用 相 关 性 定 义 ， 行 紧 邻 二 肽 约 化 ． 进 具体公式 可写作 ：
２ ０ ３
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收 稿 日 期 ：０ ２０ — ７ ２ ０ — １１ 基 金 项 目 ： 家 自然 科 学 基 金 和 内 蒙 自 然 科 学 基 金 资 助 项 目 国 作 者 简 介 ： 守 源 （ ７ ￣ ） 男 ， 蒙 古 四 子 王 旗 人 ， 蒙 古 大 学 物 理 系 ２ ０ 王 １ ６ ， 内 ９ 内 ０ ０级 硕 士 研 究 生
氨 基 酸 的分 类 问题 一 直 是 人 们关 注 的 问 题 “ ． 基 酸 的分 类 主 要 受 氨 基 酸 的 亲 一 疏 水 性 、 性 、 氨 极
体 积 等 氨 基 酸 的 理 化 性 质 的 影 响 。 ． 在 我 们利 用 信 息论 的 方 法 ， 氨 基 酸 的 分 类 与 蛋 白 质 二 级 结 构 现 把
表 １ Ｒ ＾ 值和 单肽 约化 结果 ｘ
Ｔａｂｌ １ Ｔｈｅ ｖ ｕｅ ｏｆＲ Ｍ＾ ｅ ａｌ ｘ
生物化学中的蛋白质核酸相互作用
生物化学中的蛋白质核酸相互作用蛋白质和核酸是生物体内两种重要的生物大分子，它们在生物体内发挥着不可替代的作用。
而蛋白质和核酸之间的相互作用更是生物体内众多生命活动的重要基础。
本文将重点探讨生物化学中蛋白质和核酸之间的相互作用。
一、结构特点蛋白质是由多肽链构成的生物大分子，而核酸则是由核苷酸构成的生物大分子。
蛋白质和核酸的结构特点决定了它们之间的相互作用。
1. 蛋白质的结构特点：蛋白质的主要结构包括一级结构、二级结构、三级结构和四级结构。
蛋白质的一级结构是由氨基酸序列组成，二级结构是由α螺旋和β折叠等构象组成，三级结构是蛋白质的立体构象，而四级结构是由多个蛋白质亚基组合而成。
2. 核酸的结构特点：核酸包括DNA和RNA两种，它们的结构主要由糖、碱基和磷酸组成。
核酸的碱基序列决定了其功能和特性，而DNA和RNA的空间结构也影响了它们的功能及与其他生物分子的相互作用。
二、蛋白质核酸相互作用的种类蛋白质和核酸之间存在多种相互作用方式，其中常见的包括：1. 蛋白质与DNA的结合：DNA结合蛋白质通常与DNA双螺旋的特定区域结合，以实现基因的转录和复制等生物学功能。
DNA结合蛋白质在细胞中起着重要的调控作用。
2. RNA结合蛋白质的相互作用：RNA结合蛋白质参与了RNA的加工、转运和翻译等过程，调控了基因的表达水平。
RNA结合蛋白质的相互作用对细胞的生物学功能具有重要影响。
3. 蛋白质与RNA的功能复合物：蛋白质和RNA能够形成不同的功能复合物，参与细胞代谢、信号传导和基因表达等过程。
这些功能复合物的形成依赖于蛋白质和RNA之间的相互作用。
三、相互作用机制蛋白质和核酸之间的相互作用机制涉及多种因素，包括物理相互作用、化学键结合和空间结构匹配等。
其中一些重要的相互作用机制包括：1. 氢键作用：蛋白质和核酸中的氨基酸残基和碱基之间可以通过氢键相互作用，从而稳定二者之间的结合。
2. 疏水效应：在蛋白质和核酸的相互作用过程中，疏水效应也起着重要作用。
高一生物核酸蛋白质知识点
高一生物核酸蛋白质知识点核酸和蛋白质是生物体中非常重要的分子，承担着许多生命活动的重要功能。
在高一生物学的学习中，我们需要深入了解核酸和蛋白质的知识点，以便更好地理解生物的组成和功能。
本文将就核酸的结构和功能、蛋白质的结构和功能以及两者之间的关系进行探讨。
首先，让我们来了解核酸的结构和功能。
核酸是由核苷酸组成的大分子，包括DNA（脱氧核酸）和RNA（核糖核酸）两种类型。
DNA是生物体遗传信息的存储和传递载体，而RNA则参与遗传信息的转录和翻译过程。
DNA由两条互补的链以双螺旋结构存在，形成了双链DNA分子。
每条链由磷酸、核糖和碱基组成。
碱基包括腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胸腺嘧啶（T）和胞嘧啶（C），它们之间通过氢键相互连接。
这种碱基的配对规则决定了DNA的遗传信息的稳定性。
除了DNA，RNA也是生物体中的重要分子。
RNA与DNA的区别在于，RNA中的胸腺嘧啶（T）被尿嘧啶（U）取代。
RNA的结构形式多样，包括信使RNA（mRNA）、转运RNA（tRNA）和核糖体RNA（rRNA）等。
mRNA通过转录过程将DNA上的遗传信息转移到蛋白质合成的位置；tRNA将氨基酸运送到核糖体，参与蛋白质合成的翻译过程；rRNA是核糖体的主要组成部分，起着结构和催化的作用。
接下来，让我们来了解蛋白质的结构和功能。
蛋白质是由氨基酸组成的聚合物，是生物体中最丰富的有机物质。
蛋白质参与了生物体的各种功能，包括结构、酶催化、免疫和运输等。
蛋白质的结构呈现出四个层次：一级结构是指由氨基酸组成的线性序列，二级结构是指蛋白质链的局部折叠，包括α-螺旋和β-折叠；三级结构是指整个蛋白质链的空间结构，由二级结构之间的相互作用所形成；四级结构是指由多个蛋白质亚基组成的复合物。
蛋白质的功能与其结构密切相关。
蛋白质的结构决定了其功能特性，例如酶的催化活性依赖于其特定的构象。
此外，蛋白质还可以通过与其他分子的结合来参与信号转导、运输物质和响应环境变化等功能。
氨基酸、蛋白质与核酸
将醛、氨和氢氰酸在加热和加压下反应生成α-氨基腈，后者 水解可得到α-氨基酸。例如：
C6H5CH2CHO
NH3 HCN
C6H5CH2CHCN H2O
NH2
C6H5CH2CHCO2H 74% NH2
该方法中使用的氢氰酸剧毒，操作不便，因而进行了许多改 进，如海因(Heidantoin)法就是用醛、碳氨和氰化钠反应先生 成海因，然后水解得α-氨基酸。例如：
HNCHCO-NH-多肽-CO2H
NO2 R
R'
O2N
HNCHCO2H + H2NCHCO2H + ......
H3O+
2 艾德曼(Edman)降解
PhN=C=S + H2NCHCO-NH-多肽-CO2H PhNH-C HNCHCO-NH-多肽-CO2H
RO
Ph N S
S
R PTC衍生物
R HCl
NH + H2N-多肽-CO2H (or CF3CO2H)
(Ananine)MeCH(NH2)CO2H
缬氨酸(Valine)i-Pr-CH(NH2)CO2H 8.9
2.32 9.62
亮氨酸(Leucine)i-Bu-
2.4
2.36 9.60
CH(NH2)CO2H
异亮氨酸(Isoleucine)s-Bu-
4.1
2.36 9.60
CH(NH2)CO2H
蛋氨酸(Methionine)
S
17.2.2 多肽的结构分析
多肽链之间有-S-S-键连接，或多肽内有-S-S-键连成的环。 在测定多肽的氨基酸组分之前，必须首先将-S-S-键断开。
O NH CH C
CH2 S CH2 S NH CH C
蛋白质跟核酸
基因表达的调控
核酸通过与蛋白质的相互作用， 调控基因的表达，影响细胞功能 和发育。
细胞信号转导
某些核酸可以作为信号分子，参 与细胞信号转导过程，影响细胞 生长、分化和凋亡。
03
蛋白质与核酸的比较
组成上的比较
01
蛋白质是由氨基酸组成的生物大 分子，具有复杂的空间结构和功 能，是生命活动中不可或缺的物 质。
核酸分子通常以单链形式存在， 但在特定情况下可以形成双链结
构。
双螺旋结构
DNA通常以双螺旋结构存在，这 种结构由两条反向平行的链和碱基 之间的氢键形成。
三螺旋结构
某些情况下，DNA可以形成三螺旋 结构，这种结构由三条链和碱基之 间的氢键形成。
核酸的功能
遗传信息的载体
核酸是遗传信息的载体，通过 DNA的复制、转录和翻译过程， 将遗传信息传递给下一代或合成 蛋白质。
蛋白质跟核酸
• 蛋白质 • 核酸 • 蛋白质与核酸的比较 • 蛋白质与核酸的相互关系 • 蛋白质的组成
01
02
03
氨基酸
蛋白质是由氨基酸组成的 大分子化合物，常见的有 20种氨基酸，通过肽键连 接成肽链。
肽键
连接氨基酸的化学键，具 有极性，是蛋白质一级结 构的主要化学键。
生物检测
蛋白质和核酸具有高度的特异性和灵敏度，可以用于生物 检测中的标记和识别，为食品安全、环境监测等领域提供 技术支持。
THANKS
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04
蛋白质与核酸的相互关系
蛋白质对核酸的影响
蛋白质是核酸的合成和复制过程中的 重要调节因子，可以影响核酸的转录 和复制过程，从而影响基因的表达。
蛋白质可以与核酸结合，形成复合物 ，对核酸的结构和稳定性产生影响， 从而影响核酸的功能。
dna蛋白质核酸氨基酸的包含关系
dna蛋白质核酸氨基酸的包含关系
DNA（脱氧核糖核酸）、蛋白质和核酸（RNA）都是生物体内重
要的生物分子，它们之间存在着密切的包含关系。
首先，DNA是一
种双螺旋结构的分子，由脱氧核糖和磷酸基团以及四种碱基（腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶和鸟嘌呤）组成。
DNA携带着遗传信息，通
过遗传密码控制生物体的生长和发育。
蛋白质是由氨基酸组成的大分子，氨基酸是构成蛋白质的基本
单位。
蛋白质在细胞中具有多种功能，包括结构支持、酶催化、免
疫防御等。
DNA中的遗传信息通过转录和翻译的过程转化为蛋白质，从而实现遗传信息的表达和传递。
核酸包括DNA和RNA，RNA是一种核酸，与DNA类似，但它是由
核糖和磷酸基团以及四种碱基（腺嘌呤、尿嘧啶、胸腺嘧啶和鸟嘌呤）组成。
RNA在细胞中起着多种作用，包括基因表达调控、蛋白
质合成等。
因此，可以看出DNA中包含了核酸和碱基，蛋白质是由氨基酸
构成的，核酸包括DNA和RNA。
这些生物分子之间相互作用，共同
参与了细胞的生物学过程，构成了生物体内复杂的遗传信息传递和蛋白质合成网络。
生命科学中的蛋白质与核酸相互作用机制研究
生命科学中的蛋白质与核酸相互作用机制研究生命科学是一门研究生物体及其生命现象的学科，其中的蛋白质与核酸相互作用机制研究属于其中的重要领域。
蛋白质与核酸是生命体系中最为基础和常见的大分子，两者之间的相互作用可谓是生命功能调控的基础。
本文将从以下几个方面进行介绍与探讨。
一、蛋白质与核酸的概念及其结构蛋白质和核酸都是生命体系中最为重要的分子。
蛋白质是由氨基酸组成的多肽，它们在体内担任着各种结构、传递、催化以及调控功能的重任。
而核酸是生命体系中的遗传物质，形成了DNA和RNA两种不同类型的核酸，DNA负责存储遗传信息，而RNA负责将遗传信息转化为具体的功能。
蛋白质与核酸的结构也是二者相互作用的基础。
蛋白质的结构分为四个层次：一级结构指蛋白质中氨基酸的化学序列，二级结构指蛋白质在局部呈现的空间结构，常见的包括a-螺旋和b-片层，三级结构指蛋白质整体的空间结构，包括局部折叠和全局折叠，四级结构指由多个蛋白质组成的复合物。
核酸的结构也具有大的类似性。
DNA分子大部分呈现出螺旋形状，通过镶嵌在螺旋内的氢键和VanderWaals力来保持稳定。
RNA的结构则有更多的变化，可以是线性或环形结构，提供了诸如催化反应和调控遗传信息等功能。
二、蛋白质与核酸的相互作用在生命系统中，蛋白质与核酸之间的相互作用可以体现出多种生物过程，如DNA复制、转录和翻译、RNA修饰、RNA剪切以及蛋白质的折叠和降解等。
其中，DNA复制是生命系统中最为基础和重要的过程之一，它需要依靠DNA聚合酶和其他辅助因子来实现。
在DNA复制过程中，DNA聚合酶能够在模板链上识别特定的配对碱基并合成新的链，一旦出现错配会被修复酶进行纠错。
复制完成后，两个完全相同的双链DNA分子得以产生。
RNA转录也是生命系统中非常重要的过程，它可以从DNA模板中复制一份RNA分子，并且有着诸多的调控机制。
转录过程中，RNA聚合酶沿着DNA模板链滑动，在核酸序列上拼接RNA，以此形成RNA多肽序列。
氨基酸结构序列研究与蛋白质功能预测分析
氨基酸结构序列研究与蛋白质功能预测分析在生物学研究中，了解蛋白质的结构和功能对于理解生命的基本原理具有重要意义。
而氨基酸结构序列的研究和蛋白质功能的预测分析则是了解蛋白质特性的关键步骤。
本文将介绍氨基酸结构序列研究和蛋白质功能预测分析的基本原理和方法。
首先，氨基酸结构序列研究是探索蛋白质结构和功能的重要手段之一。
蛋白质是由氨基酸残基连接而成的，不同的氨基酸序列会导致不同的蛋白质结构和功能。
因此，研究氨基酸结构序列可以帮助我们理解蛋白质的功能和机制。
氨基酸结构序列的研究涉及到多种技术和方法。
其中，序列比对是一种常用的技术，可以用来找出蛋白质序列中的共同特征。
序列比对可以通过计算和统计学方法来识别相似的氨基酸序列，并根据序列之间的相似性进行分类和分析。
另外，进化分析也是一种常用的方法，通过比较不同物种中的蛋白质序列，可以推断出蛋白质的功能和结构。
在蛋白质功能预测分析方面，有多种方法可供选择。
功能预测的目标是预测蛋白质的功能和结构，以帮助研究者更好地理解蛋白质的特性。
其中，序列激发区域的预测是一种常用的方法。
序列激发区域是指在特定条件下，蛋白质序列中具有重要功能的区域，例如结合位点或活性位点。
通过分析氨基酸序列，可以预测和标识出序列激发区域，从而推断蛋白质的功能。
另外，蛋白质二级结构的预测也是一种常见的功能预测方法。
蛋白质的二级结构是指蛋白质分子中氨基酸残基的排列方式。
通过分析氨基酸序列，可以预测蛋白质的二级结构，例如α-螺旋、β-折叠和无规卷曲等。
二级结构的预测可以帮助研究者了解蛋白质的结构和功能，为其进一步的研究提供基础。
此外，还有结构域的预测和功能域的预测等方法可用于蛋白质功能预测分析。
结构域是具有特定结构和功能的蛋白质区域，通过预测和分析结构域，可以推断蛋白质的功能和结构。
而功能域是具有特定功能的氨基酸序列区域，通过预测和分析功能域，可以预测蛋白质的功能。
总而言之，氨基酸结构序列研究和蛋白质功能预测分析是了解蛋白质特性的基本方法。
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核酸、氨基酸序列和蛋白质二级结构之间关系的探究马鹏，王联结陕西科技大学生命科学与工程学院，陕西咸阳（712081）E-mail：04mapeng@摘要：核酸序列中是否存在蛋白质空间结构信息？根据通常情况下遗传密码表中密码子中间位的碱基配对时产生的氢键数目，尝试将20种氨基酸划分为两类，并用自编的计算机软件对蛋白质二级结构数据库中两类氨基酸的类聚现象进行了统计分析。
结果表明，使用这种方法对氨基酸进行划分后，氨基酸残基具有较大概率与划入同一类的氨基酸残基相邻出现，并且这种聚集体对二级结构具有一定的偏好性。
关键词：核酸，氨基酸序列，二级结构，预测1. 引言过去的几十年中，出现了多种多样的蛋白质二级结构预测方法。
其中一部分，也是最早出现的，后来出现低谷的研究方法是统计序列中氨基酸残基对结构的倾向性[1~3]。
但近年来，通过氨基酸序列预测蛋白质二级结构的研究又有复苏。
长期以来，人们也试图通过分析核酸序列找到蛋白质空间结构的信息，例如从氨基酸的密码子出发来研究序列和结构之间的关系[4~6]。
对氨基酸残基聚集体的研究也有报道[3,7~9]。
本文根据氨基酸密码子和反密码子配对时中间位碱基之间正常情况下形成的氢键数目（以下简称为氢键数法）的不同对氨基酸残基进行了重新分类，并对分类后可能在蛋白质序列中存在的类聚现象（同一类氨基酸残基的连续分布）做了初步研究。
2. 方法2.1 氢键数方法根据20种氨基酸三联密码子中间位的碱基在正常情况下能够形成的氢键数目为2或3的不同，将20种氨基酸分为两大类，其中：第一类氨基酸残基包括A、G、C、T、P、R、S和W；而第二类包括D、E、F、I、K、L、N、Q、V、H、Y和M。
2.2 数据库选用DSSP数据库，并使用相似性小于25％的蛋白质选择列表，最后取得了923个非同源蛋白质数据。
在DSSP二级结构8态分类到3态分类转换中借鉴前人工作采用如下划分：α螺旋h（H，G，I），β折叠e（E）和卷曲c（B，T，S，C）。
将B结构划入卷曲中是因为它作为一个独立的连接键，很难被认为是一种规则结构[3]。
再将3种二级结构按照其是否属于规则结构划为两大类：第一类为非规则结构（c）；第二类为规则结构（h，e）。
2.3 统计方法根据氢键数方法将氨基酸分类后，为了研究这种分类方法在蛋白质二级结构预测中的应用意义，我们进行了一些统计计算。
早期观察表明，分类后某些氨基酸残基在一些蛋白质中具有类聚倾向。
那么这种类聚是否在蛋白质中具有普遍性？在不考虑二级结构的情况下，对蛋白质中类聚出现概率的统计给这个问题做出了衡量。
类聚的出现如果有相当大的可能性，对类聚和蛋白质二级结构之间对应关系的研究则是必要的。
这种对应关系的研究包括两个方面：类聚中的残基是否具有特定的二级结构；具有特定二级结构的氨基酸残基是否处于特定的类聚中。
在不考虑二级结构情况下，统计出处于类聚的残基数量N，该数值与残基总数N t的比值P作为衡量类聚现象是否具有普遍性的统计量，表示一个氨基酸残基处于类聚的概率，有：P＝N/N t特定氨基酸出现在类聚中的概率：令P i,j（j＝1..20）表示第j种氨基酸出现在其所在类别类聚中的概率，N i,j表示第j种氨基酸出现在第i类类聚中的残基数，N j表示第j种氨基酸的总残基数。
显然，当类聚最小长度定义为2时，P i,j成为氨基酸j与同类氨基酸相邻出现概率。
上述各项有以下关系：P i,j＝N i,j/N j类聚呈现对应二级结构分类的概率：处于i类（i＝1，2）类聚中且具有相应二级结构分类（第一类氨基酸残基对应于第一类结构分类，同样第二类氨基酸残基对应第二类结构分类，下同）的残基数N i，处于i类类聚中且二级结构已知的氨基酸残基总数N i,t，两者的比值P i作为i类类聚呈现对应二级结构分类的概率。
若以P t表示两类的总概率，则有：P i＝N i/N i,tP t=∑N i/∑N i,t特定二级结构分类的氨基酸残基处于对应类聚的概率：处于i类（i＝1，2）类聚中且具有相应二级结构分类的残基数N i，呈现该类二级结构（α和β结构，非α非β结构）的残基的数量R t，两者比值P i,i作为具有i类二级结构的氨基酸残基处于对应类聚的概率。
若以P t’表示两类的总概率，则有：P i, i=N i/R tP t’=∑N i/∑R t上述处理过程中，因为类聚出现概率以及氨基酸出现在其所在类别类聚中的概率的统计不涉及残基的二级结构，所以在这两项统计中包括结构不明确的残基。
而在类聚和二级结构对应关系的两项统计中，二级结构不明确的残基不纳入计算。
3. 结果和讨论3.1 类聚的存在类聚长度的不同定义显然会对统计结果产生影响，较长的类聚应该会更少的出现。
为了体现这种影响，我们计算了类聚长度定义为2～5的不同长度下的概率数据。
显然，类聚长度定义为2时的特定氨基酸出现在类聚中的概率P i,j，表示了特定氨基酸残基与同类氨基酸残基相连的概率。
统计数据见表1，2。
表1不同类聚长度定义下的类聚出现概率P类聚长度为2类聚长度为3类聚长度为4类聚长度为5出现概率P 0.751 0.524 0.355 0.240表2 不同类聚长度下特定氨基酸出现在类聚中的概率P i,jP i,j氨基酸氨基酸归类类聚长度为2类聚长度为3类聚长度为4类聚长度为5A 一类0.629 0.342 0.172 0.0864G 一类0.637 0.357 0.186 0.0943C 一类0.653 0.351 0.193 0.0914T 一类0.631 0.345 0.176 0.0879P 一类0.600 0.322 0.158 0.0758R 一类0.606 0.321 0.149 0.0735S 一类0.640 0.351 0.183 0.0905W 一类0.650 0.356 0.188 0.0960D 二类0.837 0.649 0.486 0.354E 二类0.854 0.672 0.501 0.367F 二类0.831 0.632 0.455 0.324I 二类0.839 0.639 0.467 0.332K 二类0.860 0.685 0.509 0.377L 二类0.825 0.629 0.460 0.329N 二类0.842 0.656 0.487 0.352Q 二类0.834 0.652 0.477 0.344V 二类0.836 0.647 0.470 0.331H 二类0.820 0.631 0.462 0.323Y 二类0.831 0.628 0.458 0.325M 二类0.835 0.637 0.458 0.333从统计出的数据可以看出，使用氢键数方法划分后的氨基酸具有相当大的倾向出现在同类氨基酸的相邻位置，并且在自然界蛋白质中存在着大量的由同类氨基酸形成的类聚体。
从不同的类聚长度定义获得的结果可以看出，类聚的最短长度定义越大，类聚的出现概率越小。
以类聚的最短长度定义为3时为例，从表1可知，52.4%的氨基酸残基处在类聚状态；表2数据说明一类氨基酸残基33％左右出现在了类聚中，而二类则在65％左右。
同样从表2中可以看出63％左右的一类氨基酸残基都是与同类氨基酸残基相连的，84％左右的二类氨基酸残基与同类氨基酸残基相连出现。
3.2 类聚呈现对应二级结构分类的概率为了测试每一类类聚是否具有对应的二级结构分类，我们统计了每类类聚中具有对应二级结构分类的残基数及处于每类类聚中的总残基数。
按照上述计算方法得到了每类类聚呈现对应二级结构分类的概率P i以及两类的总概率P t，同样包含不同长度下的结果。
数据见表3。
表3 不同类聚长度下的类聚呈现对应二级结构分类的概率P i（P1，P2分别表示第一类和第二类类聚中残基呈现对应二级结构分类的概率）类聚长度为2类聚长度为3类聚长度为4类聚长度为5概率P10.390 0.427 0.454 0.473概率P20.784 0.802 0.811 0.818总概率P t0.662 0.714 0.750 0.775统计结果说明，处于类聚中的残基对相应的二级结构分类具有一定的倾向性，较长类聚比较短类聚对相应二级结构的倾向性略有上升。
从表3数据可以看出：对于一类氨基酸，39.0～47.3％的类聚残基呈现出了对应的非规则结构（c结构）；对于二类氨基酸，78.4～81.8％的类聚残基呈现了所对应的规则结构（h，e结构）。
总的来看，对于所有已知二级结构的类聚残基，66.2~77.5%的类聚残基呈现了对应的二级结构分类。
同时，从表3不同类聚长度的数据可以看到，随着类聚最短长度的增加，类聚呈现对应二级结构分类的概率出现上升，但与其它概率数据相比上升幅度不是很大。
3.3 特定二级结构分类的氨基酸残基处于对应类聚的概率如上所述，对类聚与二级结构分类之间对应关系的研究，不仅要包含类聚中的残基呈现对应二级结构分类的概率的信息，还要计算已知二级结构的残基出现在对应类聚中的概率。
统计出每类二级结构（规则和非规则两类划分）的残基总数，并计算出现在对应类聚中且呈现该种二级结构分类的残基总数。
处理后得到每类二级结构分类的氨基酸残基处于对应类聚的概率P i,i，以及两类结构分类的总概率P’。
表4为不同类聚长度定义下特定二级结构分类的氨基酸残基处于对应类聚的概率P i,i。
表4 特定二级结构分类的氨基酸残基处于对应类聚的概率P i,i（表中，P1,1，P2,2分别表示一类二级结构残基和二类二级结构残基处于对应类聚的概率）类聚长度为2类聚长度为3类聚长度为4类聚长度为5概率P1,10.328 0.192 0.102 0.0530概率P2,20.570 0.456 0.343 0.251总概率P t’ 0.502 0.383 0.276 0.196 从表4知：处于非规则结构中的氨基酸残基， 32.8～5.3%（类聚长度2～5）出现在一类类聚中；处于规则结构中的氨基酸残基，57～25.1％（类聚长度2～5）出现在二类类聚中。
两类结构的数据加以处理得到总的概率，该值为50.2～19.6％（类聚长度2～5）。
同样可以看出：随着类聚最短长度的增大，该数值出现明显的减小趋势。
这可能主要是因为类聚出现的概率随着类聚最短长度的增大出现的降低趋势导致的。
4. 结论在根据氢键数方法将氨基酸分类以后，我们对923个非同源蛋白质的氨基酸残基序列进行了统计。
统计数据表明：划分后的氨基酸具有相当大的概率与同类残基相连出现；这种特定氨基酸相连出现的类聚体在自然界蛋白质中大量存在；并且这种聚集体对二级结构分类具有一定的倾向性。
从统计结果可以看到，一类残基63％左右都是与同类氨基酸残基相连的，二类残基则是84％左右，两类的总概率在75.1%。