综述-分子标记
分子标记技术
多组学数据整合
采用降维技术对高维数据进行处理，如主成分分析、t-SNE等，以降低数据复杂度并提高可视化效果。
数据降维处理
结合多种分析方法对整合后的数据进行联合分析，如聚类分析、差异表达分析、功能注释等，以深入挖掘数据中的生物学意义。
02
CHAPTER
DNA分子标记方法
利用随机引物对基因组DNA进行PCR扩增，通过电泳等方法检测扩增产物多态性。
原理
特点
应用
实验操作简便、快速、成本低，但稳定性较差，重复性有待提高。
适用于遗传多样性分析、品种鉴定、基因定位等研究。
03
02
01
基于DNA单链在非变性条件下的构象多态性，通过电泳等方法检测不同构象的DNA单链。
前景展望
随着基因组学、转录组学等高通量测序技术的不断发展，未来分子标记技术将更加精准、高效和便捷。同时，随着人工智能和大数据技术的融合应用，分子标记技术将在更多领域发挥重要作用，如精准医疗、个性化治疗、生态环境监测等。此外，随着合成生物学和基因编辑技术的不断发展，利用分子标记技术进行基因定位和编辑将成为可能，这将为遗传性疾病的治疗和农作物遗传改良提供新的思路和方法。
原理
微小RNA（miRNA）和长非编码RNA（lncRNA）是两类重要的非编码RNA，它们在基因表达调控中发挥关键作用。miRNA通过靶向mRNA导致其降解或抑制其翻译来发挥作用，而lncRNA则通过多种机制调节基因表达。
原理
miRNA和lncRNA作为分子标记在疾病诊断、预后评估和治疗靶点筛选等方面具有潜在应用价值。例如，在癌症研究中，特定miRNA或lncRNA的表达水平与癌症的发生、发展和转移密切相关，可作为癌症诊断和治疗的生物标志物。此外，miRNA和lncRNA还可用于研究细胞分化、发育和逆境胁迫等生物学过程。
分子标记种类及概述
分子标记种类及概述分子标记是一种在生物学、生物化学和药理学研究中广泛应用的技术。
它主要通过将分子或化合物与特定的标记物相结合，以便于对其进行检测、跟踪和定量分析。
分子标记的种类非常多样，包括荧光标记、放射性标记、酶标记和生物素标记等。
每种标记方法都有其特定的优势和适用范围，下面将详细介绍这些分子标记的类型及其概述。
1.荧光标记：荧光标记是最常用且广泛应用的一种分子标记方法。
它通过将目标分子与荧光染料结合，利用目标分子与激发光源相互作用后发出荧光信号来进行检测和定量分析。
荧光标记具有灵敏度高、非破坏性、实时监测能力强等特点，适用于细胞生物学、分子遗传学和生物化学等研究领域。
2.放射性标记：放射性标记是利用放射性同位素来标记目标分子的一种方法。
通过将放射性同位素（如3H、14C、32P等）与目标分子结合，可以通过放射性衰变的特性来检测和定量分析目标分子。
放射性标记具有极高的敏感性和特异性，适用于分子生物学、药理学和临床药理学等研究领域。
3.酶标记：酶标记是利用酶来标记目标分子的一种方法。
通过将酶与目标分子结合，然后加入适当的底物来触发酶的催化反应，可以产生可见色素或荧光信号，从而实现对目标分子的检测和定量分析。
酶标记具有高度特异性和灵敏度，适用于生物化学、免疫学和临床检验等研究领域。
4.生物素标记：生物素标记是利用生物素（一种小分子）与目标分子结合，然后利用亲和性层析或荧光染料来检测和定量分析目标分子的一种方法。
生物素标记具有快速、简单和高效的特点，适用于生化学、药理学和分子生物学等研究领域。
除了以上几种常见的分子标记方法外，还有许多其他的分子标记方法，比如金纳米颗粒标记、蛋白质标记和DNA标记等。
这些标记方法可以根据研究的具体需求来选择和应用。
标记方法的选择应考虑到目标分子的性质、研究目的和实验条件等因素。
分子标记在生物学研究中有着广泛的应用，如细胞成像、蛋白质定位、基因表达研究等。
它们在分子和细胞水平上为我们提供了许多有关生物学过程和分子机制的信息。
分子标记
分子标记（Molecular Markers），是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接的反映。
每一代的分子标记技术代表如下：
（1）限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP）
RFLP是第一代分子标记技术，指把特定的DNA用特点的限制性核酸内切酶进行切割，将切割形成的片段进行标记之后与其他个体进行杂交，以检测不同物种间的多态性。
（2
RAPD是指把第一个生物的基因组用特定的限制性核酸内切酶进行切割，将切割后形成的片段进行扩增，以这些片段为探针来检测2个或多个物种的多态性。
SSR是第二代分子标记技术，指将人工合成或提取的2-8个核苷酸为探针，将其标记之后检测2个或多个物种的多态性。
（4
SNP是第三代分子标记技术，标记单个特殊的核苷酸，用来检测不同个体间的差异性。
检测SNP 的最佳方法是DNA 芯片技术。
对单个核苷酸的差异进行检测，SNP 标记可帮助区分两个个体遗传物质的差异。
分子标记种类及概述
分子标记种类及概述分子标记是一种用于标识和追踪分子的技术，主要应用于生物医学研究和临床诊断中。
分子标记的种类繁多，包括荧光标记、放射性标记、放射免疫分析标记、酶标记等。
本文将对这些常见的分子标记进行概述。
荧光标记是最常用的分子标记方法之一，通过将荧光染料与目标分子结合，可以实现对其实时观测和定量分析。
荧光标记的主要优点是高灵敏度、高选择性和易于操作。
常用的荧光染料有荧光素（Fluorescein）、荧光素同工酶（Rhodamine）和青酰胺（Cyanine），它们具有不同的光谱性质和化学稳定性，可以根据实验需要进行选择。
荧光标记的应用包括蛋白质定位、分子诊断和细胞成像等。
放射性标记是利用放射性同位素对分子进行标记，常见的同位素包括碘-125和碘-131、放射性标记的主要优点是灵敏度高，能够实现极低浓度的目标分子的检测。
放射性标记主要应用于放射免疫分析、肿瘤标记和代谢研究等领域。
然而，由于放射性标记具有放射性危险，使用时需要注意安全操作并遵守相关规定。
放射免疫分析标记是将放射性同位素标记的抗原或抗体与待检测物共同作用，通过测定放射性同位素的放射性衰减来定量分析待检测物的含量。
放射免疫分析标记用于检测微量物质，具有高灵敏度和高特异性的优点，广泛应用于生物医学研究和临床诊断中。
放射免疫分析标记可以通过放射性同位素的选择和标记方法的改进来提高其性能。
酶标记是将酶与目标分子结合的一种分子标记方法，通过酶作用产生的特定反应来间接检测目标分子的存在。
常用的酶标记方法包括辣根过氧化物酶（Horseradish Peroxidase, HRP）标记、碱性磷酸酶（AlkalinePhosphatase, AP）标记和β-半乳糖苷酶（β-Galactosidase）标记等。
酶标记的优点包括高灵敏度、高稳定性和容易检测，但其缺点是反应时间相对较长。
除了上述常见的分子标记方法外，还有一些其他的分子标记技术，如生物素标记、量子点标记和金纳米颗粒标记等。
分子标记技术概述
分子标记技术概述目录一、声明 (2)二、分子标记技术概述 (3)三、水果产量提升的重要性 (6)四、全球水果种植现状及趋势 (8)五、影响水果产量的主要因素 (11)六、结语总结 (14)一、声明除了上述六大水果大省，河北、湖北、湖南、福建等省份的水果产业也颇具规模。
河北省的水果种类丰富，包括苹果、梨、桃和葡萄等主要水果品种。
湖北的主要水果品种包括柑橘、桃子、梨子、葡萄、枣、西瓜、甜橙、柿子、猕猴桃、枇杷、李子、杏、无花果等。
湖南主要水果有柑桔、桃、杨梅、冰糖橙、葡萄、猕猴桃等。
福建的主要水果品种包括琯溪蜜柚、度尾文旦柚、永春芦柑、顺昌芦柑、建宁黄花梨、福安巨峰葡萄等。
水果产量的增加有助于减少因产量不足而导致的价格波动，稳定市场价格，使更多消费者能够以合理的价格获得高质量的水果，从而促进社会经济的稳定发展。
水果产业是许多国家和地区农业的重要组成部分，提升水果产量直接关联到农业经济的增长。
高产的水果不仅能够提高农业总产值，还能带动相关产业链的发展，如包装、运输、加工和销售等，为地方经济注入新的活力。
水果产量的提升离不开技术创新和科技进步。
为了满足市场对高品质、高产量水果的需求，种植者必须不断探索和应用新技术、新品种和新方法。
这不仅促进了农业科技的发展，还推动了农业产业的现代化进程。
一些特色水果如柠檬、草莓、葡萄、樱桃等，在全国范围内也有广泛种植。
这些水果不仅丰富了人们的餐桌，也为当地经济发展注入了新的活力。
声明：本文内容来源于公开渠道或根据行业大模型生成，对文中内容的准确性不作任何保证。
本文内容仅供参考，不构成相关领域的建议和依据。
二、分子标记技术概述（一）分子标记技术的基本概念分子标记技术是在DNA分子水平上，通过对遗传物质多态性的检测和分析，进行遗传育种和基因研究的一种现代生物技术。
与传统的形态学标记、生物化学标记和细胞学标记相比，分子标记技术具有更高的准确性和可靠性。
它基于生物个体间基因组中核苷酸序列的差异，能够直接反映DNA水平的遗传多态性。
分子标记技术概述
分子标记技术概述现代生物技术是近几十年来发展起来的以现代生命科学为基础，利用生物体系和现代工程原理，集中多学科的新知识生产生物制品和创造新物种的综合科学技术。
随着分子生物学的快速发展，现代生物技术为作物育种提供了强有力的工具，分子标记辅助选择（MAS）是其中一项重要的技术手段，弥补了传统作物育种中选择效率低的缺点，加快了育种进程，为育种家广泛采用。
一、分子标记的定义与特点遗传标记（genetic marker）是指可追踪的染色体、染色体某一节段、某个基因座在家系中传递的任何一种遗传特性。
在遗传分析上遗传标记可用作标记基因，它具有两个基本特征，即可遗传性和可识别性，生物的任何有差异表型的基因突变型均可作为遗传标记。
传统的遗传标记主要包括形态标记、组织细胞标记、生化标记与免疫学标记等，这些标记都是基因表达的产物，易受生理状态、贮藏加工等多个因素的影响，具有较大的局限性。
Bostein 等（1980）利用限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism，RFLP）作为遗传标记分析的手段，开创了应用生物体DNA多态性发展遗传标记的新阶段。
分子标记是根据基因组DNA 存在丰富的多态性而发展起来的可直接反映生物个体在DNA水平上差异的一类遗传标记，它是继形态学标记、细胞学标记、生化标记之后发展起来的新型遗传标记技术。
广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA 序列或蛋白质分子。
而通常所说的分子标记是指以DNA 多态性为基础的遗传标记，是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，直接反映出生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段。
相对于传统的遗传标记，DNA 分子标记的优势在于：DNA 分子标记多为共显性标记，能够简单直观地分辨出纯合和杂合的基因型，对隐性性状的选择十分有利；多态性高，由于自然界中存在丰富的基因组变异，能够开发出几乎无限的DNA 分子标记；稳定性好，不受环境和生物生长与发育阶段的影响，任何时候任何组织的DNA 都可用于标记分析；由于DNA 分子标记是在DNA 水平上开发而来，表现为中性，不会与其他性状连锁，因此不影响目标性状的表达；检测手段简便、迅速，成本低。
分子标记种类及概述
分子标记种类及概述分子标记是一种在生物学和化学研究中广泛应用的技术，用于标记和追踪特定分子或化合物。
这些标记物能够提供关于分子的定位、数量、运动和相互作用的信息，从而帮助研究人员理解生物过程和化学反应的机制。
在本文中，将介绍几种常见的分子标记技术及其应用。
1.荧光标记：荧光标记是一种将荧光染料与目标分子结合的技术。
这些染料能够吸收特定波长的光并发射出不同波长的荧光。
通过在显微镜下观察荧光信号的强度和位置，研究人员可以了解分子在细胞或组织中的分布和动态变化。
荧光标记在细胞成像、蛋白质定位和分子交互作用研究等领域得到广泛应用。
2.放射性标记：放射性标记利用放射性同位素将目标分子标记。
这些同位素会发射出放射性粒子，可以通过放射性探测器进行检测和定量。
放射性标记在生物体内的追踪和代谢研究中具有重要作用。
例如，放射性同位素碘-125可以用于标记核酸和蛋白质，用于核酸杂交实验和蛋白质免疫沉淀等研究。
3.酶标记：酶标记是一种将酶与目标分子结合的技术。
酶可以催化底物的转化并产生可测量的信号。
常用的酶标记方法包括辣根过氧化物酶（HRP）标记和碱性磷酸酶（AP）标记。
这些标记在免疫学实验、分子诊断和酶联免疫吸附实验（ELISA）等领域得到广泛应用。
4.金属标记：金属标记利用金属离子将目标分子标记。
这些金属离子可以与特定配体结合形成稳定的络合物。
常用的金属标记包括铁、铑、镉等。
金属标记在蛋白质结构研究、药物输送和分子成像等领域具有重要应用价值。
5.生物素标记：生物素标记是一种将生物素与目标分子结合的技术。
生物素是一种小分子，能够与亲和力很高的亲生素结合。
通过将亲生素标记上荧光染料或酶等探针，可以实现对目标分子的标记和检测。
生物素标记在免疫组织化学、核酸杂交和蛋白质亲和纯化等领域得到广泛应用。
总之，分子标记技术是现代生物学和化学研究中不可或缺的工具。
通过将特定的标记物与目标分子结合，研究人员可以追踪和定量目标分子在生物体内的分布、运动和相互作用，从而深入了解生物过程和化学反应的机制。
分子标记概述2003
PCR反应步骤
高温变性
低温退火
中温延伸
使DNA双 链解开
让引物与 单链模板 互补结合
以互补的引 物为复制起 点，dNPTs 为原料，进 行复制。
核酸电泳
常用分子标记方法
SSR
RFLP RAPD
SRAP ISSR
SNP
RFLP标记法（Restriction Fragment Length Polymorphism）
分析的有效方法。
谢谢观赏
稳定可靠，重复性好
DNA提取
PCR扩增
在PCR 仪上对基 因组中的SSR 间 序列进行扩增。 扩增步骤与RA PD技术相似, 但 不同引物、不同 植物材料的扩增 条件存在差异, 需 通过预备实验 对体系反应加以 设计
电泳检测
可采用常规方 取用于ISSR 分析的DNA 样品,如SDS 法或CTAB 法
对开放读码框架（ORFs）进行扩增。
SRAP标记特点
技术简单快速 引物设计简单 具高多态性信息量丰富
在基因组中分布均匀
稳定可靠重复性好
ONE
TWO
THREE
FOUR
SRAP标记 的步骤
SRAP 标记的
SRAP PCR 扩增
凝胶电泳 扩增产物 分析 检测与片 段测序
引物设计
SNP标记（Single Nucleotide Polymorphism）
原理
不同材料的DNA用已知的限 制性内切酶消化后，产生许多大小 不等的DNA片段，电泳分离、 Southern印迹转移到硝酸纤维膜上， 用放射性标记的探针与膜上变性的酶切DNA进 行杂交，放射自显影，即可显示出不同材料 的多态性图谱，即显示出所分析 的DNA序列间
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分子标记遗传标记作为识别基因型的表现形式，在生物基因研究方面起到了重要作用，目前通过遗传标记的方法定位基因位置已成为基因定位的常用方法。
遗传标记主要有形态标记（morphological marker）、细胞标记（cytological markers）、生化标记（Biochemical marker）和分子标记（molecular marker）四种类型。
形态标记、细胞标记因其自身局限性的原因，目前鲜有使用。
虽然以同工酶标记为代表的生化标记得到了广泛的发展，但由于其检测的范围狭窄、统计难度大等缺陷，目前仅在少数方面有所应用。
从20世纪70年代分子标记出现至今的40年，分子标记因其无比的优越性，使得其成为目前应用最广泛的遗传标记方法。
一、分子标记的概念分子标记是指以生物大分子的多态性为基础的一种遗传标记。
广义的分子标记是指可遗传并能检测的蛋白质或DNA序列。
而狭义的分子标记仅仅是指基于DNA分子多态性构建的标记方法。
二、分子标记的特点理想的分子标记一定要达到以下标准：1、具有高的多态性；2、共显性遗传即利用分子标记可鉴别二倍体中杂合和纯合基因型；3、能明确辨别等位基因；4、遍布整个基因组；5、除特殊位点的标记外要求分子标记均匀分布于整个基因组；6、选择中性即无基因多效性；7、检测手段简单、快速如实验程序易自动化；8、开发成本和使用成本尽量低廉；9、在实验室内和实验空间重复性好便于数据交换。
目前，在现实条件下并没有这种绝对理想的分子标记，但相比形态标记、细胞标记、生化标记，分子标记依旧有着明显的优越性：1、直接以DNA形式表现，在生物体各组织、各时期均可检测，不受环境限制；2、数量多，遍布全基因组，有近乎无限的检测座位；3、多态性高；4、表现为中性，不影响目标性状的表达；5、许多标记为共显性，能区别纯合体与杂合体。
三、分子标记的分类分子标记技术通常被分为基于分子杂交的分子标记技术（RFLP）（或叫做非PCR基础上的分子标记技术）、基于PCR技术的分子标记技术和同时基于分子杂交和PCR两种技术的分子标记技术三大类型。
基于PCR技术的分子标记技术又可分为基于随机引物的PCR分子标记技术（或叫非特异PCR分子标记技术）和基于特异引物的PCR分子标记技术（或叫特异PCR分子标记技术）。
随着分子标记技术的不断发展，许多新兴分子标记技术的出现，人们又根据分子标记的基因组来源将分子标记技术分为随机DNA分子标记（Random DNA Markers，RDM）、目的基因分子标记（Gene Targeted Markers，GTM）和功能性分子标记(Functional Markers，FM)。
1、限制性片段长度多态性标记限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism，RFLP）由Grodzicker等人于1974年基于DNA被限制性内切酶酶切后形成特定大小的片段。
其优点在于：1、广泛存在；2、共显性，可区分纯合与杂合；3、结果稳定可靠，重复性好。
正是有了这些优点，RFLP作为最早出现的分子标记方式，曾被广泛应用。
但由于其在使用时需要用放射性同位素标记、酶切时对DNA质量要求高、标记的多态性变异程度偏低等原因，使得RFLP很快就被新的分子标记所替代。
2、随机扩增多态性DNA标记随机扩增多态性DNA标记（random amplified polymorphic DNA，RAPD）是以基因组DNA 为模板，以人工合成的随机引物，通过PCR 扩增反映扩增片段的DNA片段导入、缺失以及引物结合位点上的碱基突变。
RAPD只需合成一套引物，就可可用于不同生物基因组的分析；RAPD技术简便易行，省力省时，并且检测灵敏方便；RAPD分析所需样品DNA量极少；RAPD标记可以对那些RFLP难以区分的基因组区域作出遗传连锁图。
正是有了以上优点，使得RAPD在可靠性比其他主要分子标记差的同时依旧被广泛使用。
3、任意引物PCR标记任意引物PCR标记（arbitary primer PCR，AP-PCR）是利用PCR扩增原理，用一个随机核苷酸序列的寡核苷酸引物指导PCR扩增，对PCR产物做电泳分析获得DNA指纹图谱，从而提供DNA多态性信息的标记方法。
4、简单序列重复标记简单序列重复标记（simple sequence repeat，SSR）是一类由几个(多为1~6个)碱基组成的基序串联重复而成的DNA序列，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在200 bp以下。
研究表明，微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富，而且常常是随机分布于核DNA中。
通过对拟南芥、玉米、水稻、小麦等的研究表明微卫星在植物中也很丰富，均匀分布于整个植物基因组中，但不同植物中微卫星出现的频率变化是非常大的。
SSR标记的特点为：1、SSR标记技术一般检测到的是一个单一的多等位基因位点；2、微卫星呈共显性遗传，可鉴别杂合子和纯合子；3、SSR标记技术仅需微量DNA，即便DNA降解，其亦能有效地分析鉴定；4、SSR标记位点专化性；5、SSR标记数量丰富，标记覆盖整个基因组，而且分布均匀；6、实验重复性好，结果可靠性高；7、SSR序列两侧顺序长较保守，在同种而不同遗传型间多相同；8、多数SSR无功能作用，增减重复序列的频率高，因而在品种间具广泛的位点变异，比RFLP及RAPD分子标记具多态性；9、实验成本中等且技术难度低。
正是因为以上众多优点，使得SSR成为目前使用相对广泛的一种分子标记方法。
5、简单序列重复间区标记简单序列重复间区标记（inter-simple sequence repeat，ISSR）也称作锚定简单序列重复（anchored simple sequence repeat，ASSR）或微卫星引物PCR（microsatellite-primed PCR，MP-PCR）。
该技术是在SSR技术上改进而来的，通过在SSR标记的引物3’端或5’端加上2~4个随机核苷酸，使得引物可以锚定在目标DNA片段上。
ISSR的特点为：快速、高效不需构建基因组文库；扩增基因组DNA适用于任何富含SSR重复单元和SSR广泛分布的物种，可同时提供多位点信息和提示不同卫星座位个体间变异的信息；遗传多态性高，重复性好；标记为显性标记；无需知道任何靶序列的SSR背景信息；耗资少，模板DNA用量少。
尽管ISSR的引物相比SSR的引物更具有通用性，但由于其标记为显性标记，因此在育种方面没有SSR使用的广泛。
6、扩增片段长度多态性标记扩增片段长度多态性标记（amplified fragment length polymorphism，AFLP）技术是基于PCR 反应的一种选择性扩增限制性片段的方法。
由于不同物种的基因组DNA大小不同，基因组DNA经限制性内切酶酶切后，产生分子量大小不同的限制性片段。
使用特定的双链接头与酶切DNA片段连接作为扩增反应的模板，用含有选择性碱基的引物对模板DNA进行扩增，选择性碱基的种类、数目和顺序决定了扩增片段的特殊性，只有那些限制性位点侧翼的核苷酸与引物的选择性碱基相匹配的限制性片段才可被扩增。
扩增产物经放射性同位素标记、聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，然后根据凝胶上DNA指纹的有无来检验多态性。
进行AFLP分析时，双酶切产生的DNA片段在AFLP反应中可被优先扩增，扩增产物可被很好地分离，因此一般多采用稀有切点限制性内切酶与多切点限制性内切酶相搭配使用的双酶切。
该标记的特点是：1、分析所需DNA 量少；2、可重复性好；3、多态性强；4、分辨率高；5、不需要Southern杂交，且不需要预先知道被分析基因组DNA的序列信息，是一种半随机的PCR；6、样品适用性广；7、标记在后代中的遗传和分离中符合孟德尔遗传规律，种群中标记位点遵循Hardy－Weinberg 平衡。
目前AFLP标记技术常被用在高密度基因图谱构建或对某个基因所在区域精细作图。
7、表达序列标签标记技术表达序列标签（Expressed Sequence Tag，EST）标记技术是通过从cDNA 文库中随机挑选的克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短的cDNA 部分序列，一般长度为300~500bp左右，平均长度360±120bp。
EST 来源于一定环境下一个组织总mRNA 所构建的cDNA 文库，每一个EST代表一个表达基因的部分转录片段。
EST标记技术有以下特点：1、EST标记可以直接和一个表达基因相关；2、大量EST标记累积起来可以建立一个新的数据库，为表达基因的鉴别提供大量信息；3、EST标签在GenBank和蛋白质信息资源库等数据库中能进行比较，进而获得其可能的功能和表达模式等信息；4、序列保守性强；5、与组织差异显示相关的EST或者与某些候选数据基因具有同源性的EST能成为遗传连锁作图的特定目标。
但由于EST技术费用高、基因组信息不全等缺陷，目前使用并不广泛。
8、单核苷酸多态性标记技术单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）标记技术指利用DNA序列中单个核苷酸的差别。
SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。
但通常所说的SNP并不包括后两种情况。
SNP标记技术有以下特点：1、SNP等位基因频率容易估计；2、数量多，分布广；3、高度稳定；4、因部分SNP可能直接影响产物蛋白质结构或基因表达水平，故其本身可能就是疾病遗传机制的候选改变位点；5、筛查快；6、因其二态性易于分型。
目前SNP标记技术已成为基因组图谱构建、基因精细定位常用标记技术。
四、分子标记在分子辅助育种中应用目前，分子标记主要在QTL、基因定位方面有大量应用。
目前的定位步骤主要是：首先构建定位的材料，主要有近等基因系（NIL）、自交系（RIL）、杂合分离群体（F2），自20世纪末Zamir[1]首次构建了野生番茄渗入系并利用此群体预测定位了众多QTL，导入系（IL）成为热门材料。
郝伟等[2]以野生稻为供体亲本，构建覆盖绝大部分野生稻基因组的替换系，初步定位了控制稻米外观和理化品质性状的15个QTL；董华林[3]利用野生稻高代回交群体分析水稻农艺性状QTL；孔会利[4]等精细定位了水稻株高主效QTL；周勇[5]等精细定位了水稻抽穗期主效QTL；聂元元[6]等精细定位了水稻抗旱相关性状QTL。
其次对材料进行基因型分析，因分子标记的不同特点，常在QTL初步定为时利用SSR标记进行分析。
Feng Tian 等人初步定位于水稻产量相关性状的QTL[7]。
在精细定位时，往往因材料、分子标记的特点而采用多种分子标记共同定位。