最新教你使用NCBI_PDB数据库
一步一步教你使用NCBI数据库资源解读
一步一步教你使用NCBI数据库资源随着ncbi数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找，数据分析的工具。
那么NCBI 数据如何使用，新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。
一综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)，即我们所熟知的NCBI 是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。
创办NCBI 的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。
除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
目前，NCBI提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、Entrez Gene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR等共计36种功能，而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能发展而来的。
1 NCBI最新进展1.1 PubMed搜索功能的增强去年，NCBI对PubMed进行了几项改进工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。
其中，搜索界面中新增了“Advanced Search”选项(这实际上是对以往“Limits”和“Preview/Index”功能的整合)，并且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过“论文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行搜索。
而且，“论文作者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。
现在，在PubMed数据库中进行文本搜索的同时还可以立即通过两个“内容传感器(content sensors)”进行分析。
最新NCBI数据库检索资料讲解
一、PubMed数据库简介
PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)下属的国家 生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的医 学数据库查询系统。
PubMed的网址： /pubmed /entrez/query.fcgi
NCBI中通过Entrez可互查的数据库
NCBI数据库
Nucleotide：DNA序列数据库 Protein：蛋白质序列数据库 Genome：基因组序列数据库 Structure：分子结构模型数据库 Popset：种群、种系发生或突变序列数据库 Taxonomy：微生物类别数据库 OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库。
一. Nucleotide(GenBank)
该数据库由国际核苷酸序列数据库成
员 美 国 国 立 卫 生 研 究 院 GenBank 、 日 本 DNA数据库(DDBJ)和英国Hinxton Hall的 欧洲分子生物学实验室数据库(EMBL）三
部分数据组成。
二 . Genome
即基因组数据库，提供了多种 基因组、完全染色体、临近序列图 谱以及一体化基因物理图谱。
包含研究一个人群、一个种系发生 或描述人群变化的一组组联合序列。 PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白 质序列数据。
六. OMIM
孟德尔遗传学(OMIM)数据库是人类 基因和基因疾病的目录数据库。该数据 库括原文信息、图片和参考信息，同 时还可以链接到Entrez系统MEDLINE数 据库中相关文献和序列信息。
Tax & Accounting
Scientific
Healthcare
11,500 Employees 9,900 Employees 4,400 Employees 3,100 Employees 2,600 Employees 2,800 Employees
ncbi使用指导
ncbi使用指导摘要：一、NCBI简介1.NCBI的定义与作用2.NCBI的主要数据库二、NCBI数据库的使用1.基因数据库1.1 基因序列数据库1.2 基因表达数据库1.3 基因调控数据库2.蛋白质数据库2.1 蛋白质序列数据库2.2 蛋白质结构数据库3.核酸序列数据库3.1 核酸序列数据库概述3.2 核酸序列数据库的使用方法4.文献数据库4.1 PubMed简介4.2 如何利用PubMed进行文献检索三、NCBI工具的使用1.基因芯片数据分析工具2.基因序列比对工具3.蛋白质结构预测工具四、NCBI的进阶使用技巧1.如何利用NCBI进行基因注释2.如何利用NCBI进行基因家族分析3.如何利用NCBI进行共表达网络分析正文：一、NCBI简介CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供生物信息学资源的网站，它为全球科研工作者提供了大量的生物学数据和工具。
NCBI的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸序列数据库和文献数据库等。
二、NCBI数据库的使用1.基因数据库基因数据库包括基因序列数据库、基因表达数据库和基因调控数据库。
基因序列数据库提供了大量的基因序列信息，用户可以通过关键词搜索、序列相似性搜索等方式找到需要的基因序列。
基因表达数据库则提供了基因在不同生物体、不同组织、不同发育阶段的表达信息。
基因调控数据库则包含了基因调控相关的信息，如启动子、转录因子结合位点等。
2.蛋白质数据库蛋白质数据库包括蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库。
蛋白质序列数据库提供了蛋白质的氨基酸序列信息，用户可以通过序列相似性搜索找到相似的蛋白质序列。
蛋白质结构数据库则提供了蛋白质的三维结构信息，用户可以通过结构域、功能域等关键词搜索需要的蛋白质结构。
3.核酸序列数据库核酸序列数据库包括DNA序列数据库和RNA序列数据库。
教你使用NCBI,PDB数据库64页PPT
25、学习是劳动，是充满思想的劳动。——乌申斯基
谢谢！
13、遵守纪律的风气的培养，只有领 导者本 身在这 方面以 身作则 才能收 到成效 。—— 马卡连 柯 14、劳动者的组织性、纪律性、坚毅 精神以 及同全 世界劳 动者的 团结一 致，是 取得最 后胜利 的保证 。—— 列宁 摘自名言网
15、机会是不守纪律的。——雨果
21、要知道对好事的称颂过于夸大，也会招来人们的反感轻蔑和嫉妒。——培根 22、业精于勤，荒于嬉；行成于思，毁于随。——韩愈
教你使用NCBI,PDB数据库
11、战争满足了，或曾经满足过人的 好斗的 本能， 但它同 时还满 足了人 对掠夺 ，破坏 以及残 酷的纪 律和专 制力的 欲望。 ——查·埃利奥 特 12、不应把纪律仅仅看成教育的手段 。纪律 是教育 过程的 结果， 首先是 学生集 体表现 在一切 生活领 域—— 生产、 日常生 活、学 校、文 化等领 域中努 力的
NCBI使用教程
NCBI使用教程NCBI(National Center for Biotechnology Information)是一个提供生物信息学相关资源和服务的综合性数据库，为研究者和学生们提供了大量的生物学数据、文献和工具，对于研究生物学和相关领域的人来说是非常有价值的资源。
本文将向您介绍如何使用NCBI进行生物信息学的研究和学习。
在DNA/RNA seq页面，可以和浏览生物序列数据。
可以输入序列数据，通过BLAST程序进行序列比对和比对分析。
可以利用高级功能，如限定序列长度、物种、数据库等。
此外，在这个页面上，还可以进行FASTA格式序列的格式化处理，并获得一些特定的DNA/RNA序列数据。
在Gene页面，可以和浏览基因信息。
可以通过基因名、ID等关键字进行。
每个基因都有自己的页面，显示了其基本信息、结构、功能以及相关文献。
在页面底部还可以找到该基因的序列信息、同源基因和调控因子等信息。
在Protein页面，可以和浏览蛋白质信息。
可以输入蛋白质名、ID等关键字进行。
每个蛋白质也有自己的页面，显示了其基本信息、结构、功能等。
在页面底部还可以找到该蛋白质的序列信息、同源蛋白和结构域等信息。
在Nucleotide页面，可以和浏览核苷酸信息。
可以输入核苷酸序列、基因名等关键字进行。
每个核苷酸也有自己的页面，显示了其基本信息、序列、功能等。
在页面底部还可以找到该核苷酸的同源序列和CDS （Coding Sequence）等信息。
在NCBI的Tools页面，提供了许多有用的工具和资源。
如BLAST、序列比对工具、基因注释工具等。
可以根据自己的需要选择相应的工具来进行生物信息学分析和研究。
此外，NCBI还提供了一些教育和培训资源，如教程、视频和在线培训课程，可以帮助用户更好地使用NCBI的数据库和工具。
综上所述，NCBI是一个非常重要和有价值的生物信息学资源和工具，可以帮助生物学和相关领域的研究者和学生进行科研和学习。
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
• BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种 比较方法可选择：
• Blastp：一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较 • Blastn：一个核酸序列与一个核酸数据库比较。 • Blastx：一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较，
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
Gene info：17号染色体
NCBI数据库的使用与功能介绍
功能注释：Gene Ontology
该基因定位于 人体第17条染 色体，基因表 示符为：NM-
001168.2 初步的功能分 析：细胞周期 ，caspase酶的 抑制因子等
NCBI的任务：
建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知 识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的 结构和功能的基于计算机的信息处理的先进方 法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库 和软件的使用 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力
NCBI数据库的使用与功能介绍
如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
mRNA序列：
蛋白序列：
NCBI数据库的使用与功能介绍
已知一基因序列：
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCA AGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATG GCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTT GGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAG ATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTT TCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTT TGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACC AACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCG TGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC
NCBI数据库使用方法快速入门!
NCBI数据库使用方法快速入门！
Taxonomy界面，会显示该物种的Nucleotide和Protein，选择“Protein
Protein界面，点击“RefSeq”（该数据库包括具有生物意义上的非冗余基因、转录本和蛋白序列，使用人类基因命名委员会定义的术语，并且包括了官方的基因符号和可选的符号）：
二、蛋白信息查询
、将该文件导入搜库软件，可对蛋白进行定性分析，继而得到差异蛋白。
在NCBI Protein”，并输入差异蛋白的Accession Number，点击“Search”：
Protein界面，就会显示该蛋白的信息（如氨基酸个数、蛋白名称、蛋白序列和序列等）：
一般情况下，如果蛋白质组所研究的物种已经被测序，推荐使用Uniprot数据库作为搜库的数据库，如果所研究的物种在Uniprot数据库中蛋白数据较少，推荐使用NCBI数据库进行搜库。
好了，今天的介绍就到这里，感兴趣的小伙伴们收藏起来吧~希望对大家有所帮助！。
ncbi使用指导
ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。
该网站由美国国家卫生研究院（NIH）建立，旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。
以下是 NCBI 的使用指导：一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具，包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。
这些资源对于生物学和医学研究非常重要。
二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站：https:///2.在主页上，你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。
你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。
3.在数据库或工具页面，你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。
例如，在基因序列数据库中，你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。
三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库（GenBank）：提供了全球各种生物的基因序列信息。
2.蛋白质序列数据库（Protein Database）：提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。
3.基因组数据库（Genome Database）：提供了全球各种生物的基因组信息。
4.生物学文献数据库（PubMed）：提供了全球生物学和医学领域的文献信息。
四、NCBI 的实用工具1.BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。
2.Entrez：用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。
3.Coffee Break：用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。
五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时，请遵守相关的知识产权和版权规定。
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基因组测序：两种方案
1. DNA片段在染色体上的位置、方向已知。 首先染色体被打断成150kbp左右的片段， 然后克隆到BACs中，再进一步打碎，克隆， 测序，组装。
2. “鸟枪法”，shotgun，随机将DNA片段打 碎，克隆，测序，组装。DNA片段在染色 体上的位置和方向未知。
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
GenBank数据格式
Accession number
序列长度
数据类型
Definition: 标题
版本号
GI number
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
dbEST: 表达序列标签数据库
2007.08，总序列45,660,524条，最多的20个物种如下
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
UniGene: An Organized View of the Transcriptom
Swiss-Prot Release 54.1
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
TrEMBL Release 37.1
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
3. 序列数据的文件格式
1. DNA/RNA/氨基酸代码的标识 2. GenBank数据格式 3. UniProt 4. FASTA
Swissprot/TrEMBL/UniProt数据库。
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
三大数据库之间的联系
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
161.0版，2007.08
GenBank中测序最多的20个物种
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Refseq数据库
1. 提供高质量的，无冗余的，完整的序列 信息；
2. 包括基因组的DNA,转录成的RNA以及蛋 白质序列信息。
3. 序列文件的标识符： DNA/RNA序列，NM_XXXXXX； 蛋白质序列：NP_XXXXXX
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
1. DNA测序
1. DNA一次测序的长度为500bp。 2.基因组的测序方案：将大的染色体打断成100kbp的片断，
插入到BAC (Bacterial Artificial Chromosome)中。再随机打 断，克隆，然后再组装成长的序列(contig)。 3. EST (Expressed sequence tag) 测序：细胞中mRNA反转录 成cDNA，方向不定，测序。 4. UniGene: 为每一个基因创造一个唯一的条目，收集这个 基因所有的ESTs. 5. GSS (基因组测序序列)：类似于ESTs，来源基因组。 6. HTG (高通量基因组序列)：高通量、尚未完工的DNA序列。
2. 序列从Refseq数据库中得到; 3. 详尽的注释信息，包括基因在基因组的定位，
基因名称、蛋白质名称，基因结构，等等。
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
UniProt
1. 专家审核的蛋白质序列数据与知识库； 2. UniProt Knowledgebase：Release 12.1，
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
NCBI Gene
1. /sites/entrez?db=gene
2007.08 3. 包括：
Swiss-Prot Release 54.1 of 21-Aug-2007: 277883 entries;
TrEMBL Release 37.1 of 21-Aug-2007: 4754787 entries
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
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生物信息学
第三讲：序列的采集、存储 和查询
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
本章内容提要
1. DNA测序 2. 序列数据的存储 3. 序列数据的文件格式 4. 序列数据的查询
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
2. 序列数据的存储
1. 核酸三大数据库：GenBank, EBI, DDBJ. 2. Ensembl数据库：基因组注释。 3. ESTs数据库； 4. UniGene数据库 5. Refseq数据库； 6. NCBI的Gene信息数据库; 7. 蛋白质序列：
GenBank的数据类型
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UniProt数据格式
Accession number
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
FASTA格式
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