NCBI数据库的使用与功能介绍(教学课件)
NCBI使用教程PPT
如：输入stem[ti] AND neuroscience Details显示：
(stem[ti] AND ("neurosciences"[MeSH Terms] OR neuroscience[Text Word]))
截词检索：treat* 强迫短语检索：“brca 1”（不再 自动转换匹配和扩展检索）
数据收录
MEDLINE 4300余种生物医学期刊，内容涉及医学、 护理、牙科、兽医、健康保健系统、前 临床医学等学科。这些期刊来源于美国 和世界上70多个国家和地区。 文献量达1千1百万条记录，并回溯到 1966年。 [indexed for MEDLIEN]
In process citation 提供MEDLINE尚未经规范处理的数 据。 获MeSH词后，再加入MEDLINE。 记录中[in process]的标记。
自动扩展检索 系统自动对主题词、副主题词进行 扩展检索，如： 输入“hypertension therapy,系统自 动将高血压的药物治疗、饮食疗 法，
三.PubMed的辅助检索功能
Limits（检索限制选择） 字段限制：著者、刊名、篇名、滤过（filter原 文收藏处）等 数据输入时间：默认检索可回溯到1966年， 限制选择30天-10年 7种文献类型限制： 7种语种： 12种子文档：(01年新增2种Space Life Sciences and Bioethics ）
期刊数据库 （Journal database）:
通过输入刊名、缩写名、等浏览期刊文 献。 提供电子原文的超链键。
临床问题 （Clinical Queri献，主要涉及治疗、诊断、病因、和 预后四个分类，并提供强调选择，即敏 感度（强调查全）或专指度（强调查 准）。
ncbi使用指导
ncbi使用指导摘要：一、NCBI简介1.NCBI的定义与作用2.NCBI的主要数据库二、NCBI数据库的使用1.基因数据库1.1 基因序列数据库1.2 基因表达数据库1.3 基因调控数据库2.蛋白质数据库2.1 蛋白质序列数据库2.2 蛋白质结构数据库3.核酸序列数据库3.1 核酸序列数据库概述3.2 核酸序列数据库的使用方法4.文献数据库4.1 PubMed简介4.2 如何利用PubMed进行文献检索三、NCBI工具的使用1.基因芯片数据分析工具2.基因序列比对工具3.蛋白质结构预测工具四、NCBI的进阶使用技巧1.如何利用NCBI进行基因注释2.如何利用NCBI进行基因家族分析3.如何利用NCBI进行共表达网络分析正文：一、NCBI简介CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供生物信息学资源的网站，它为全球科研工作者提供了大量的生物学数据和工具。
NCBI的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸序列数据库和文献数据库等。
二、NCBI数据库的使用1.基因数据库基因数据库包括基因序列数据库、基因表达数据库和基因调控数据库。
基因序列数据库提供了大量的基因序列信息，用户可以通过关键词搜索、序列相似性搜索等方式找到需要的基因序列。
基因表达数据库则提供了基因在不同生物体、不同组织、不同发育阶段的表达信息。
基因调控数据库则包含了基因调控相关的信息，如启动子、转录因子结合位点等。
2.蛋白质数据库蛋白质数据库包括蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库。
蛋白质序列数据库提供了蛋白质的氨基酸序列信息，用户可以通过序列相似性搜索找到相似的蛋白质序列。
蛋白质结构数据库则提供了蛋白质的三维结构信息，用户可以通过结构域、功能域等关键词搜索需要的蛋白质结构。
3.核酸序列数据库核酸序列数据库包括DNA序列数据库和RNA序列数据库。
NCBI使用教程
NCBI使用教程NCBI(National Center for Biotechnology Information)是一个提供生物信息学相关资源和服务的综合性数据库，为研究者和学生们提供了大量的生物学数据、文献和工具，对于研究生物学和相关领域的人来说是非常有价值的资源。
本文将向您介绍如何使用NCBI进行生物信息学的研究和学习。
在DNA/RNA seq页面，可以和浏览生物序列数据。
可以输入序列数据，通过BLAST程序进行序列比对和比对分析。
可以利用高级功能，如限定序列长度、物种、数据库等。
此外，在这个页面上，还可以进行FASTA格式序列的格式化处理，并获得一些特定的DNA/RNA序列数据。
在Gene页面，可以和浏览基因信息。
可以通过基因名、ID等关键字进行。
每个基因都有自己的页面，显示了其基本信息、结构、功能以及相关文献。
在页面底部还可以找到该基因的序列信息、同源基因和调控因子等信息。
在Protein页面，可以和浏览蛋白质信息。
可以输入蛋白质名、ID等关键字进行。
每个蛋白质也有自己的页面，显示了其基本信息、结构、功能等。
在页面底部还可以找到该蛋白质的序列信息、同源蛋白和结构域等信息。
在Nucleotide页面，可以和浏览核苷酸信息。
可以输入核苷酸序列、基因名等关键字进行。
每个核苷酸也有自己的页面，显示了其基本信息、序列、功能等。
在页面底部还可以找到该核苷酸的同源序列和CDS （Coding Sequence）等信息。
在NCBI的Tools页面，提供了许多有用的工具和资源。
如BLAST、序列比对工具、基因注释工具等。
可以根据自己的需要选择相应的工具来进行生物信息学分析和研究。
此外，NCBI还提供了一些教育和培训资源，如教程、视频和在线培训课程，可以帮助用户更好地使用NCBI的数据库和工具。
综上所述，NCBI是一个非常重要和有价值的生物信息学资源和工具，可以帮助生物学和相关领域的研究者和学生进行科研和学习。
NCBI使用方法介绍
NCBI使用方法介绍一、Map viewer查找基因序列，RNA，启动子下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1、A. 打开Map viewer页面，网址为在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。
2、B. 点击“GO”：C. 在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter：说明一下：1.1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
1.2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。
我也推荐大家使用这个序列。
1.3、点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，1.4、点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank 格式。
我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。
1.5、在Sequence Format后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。
在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。
你会看到: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA 片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。
NCBI_功能详细介绍[1]
![NCBI_功能详细介绍[1]](https://img.taocdn.com/s3/m/49dc9416964bcf84b9d57b9a.png)
GenBank Overview基本信息∙什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。
每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。
GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
∙纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
∙访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。
用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。
关于Entrez更多的信息请看下文。
用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。
用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query 和BLAST服务器。
另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
∙增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank 增长）小节。
∙公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。
∙公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。
∙遗传密码- 15个遗传密码的概要。
用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
（向）GenBank提交（数据）∙关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。
∙BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。
（请在提交前用VecScreen去除载体）∙Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。
可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。
NCBI数据库及其应用精品PPT课件
NCBI数据库检索
1. ENTREZ高级检索系统：
在检索框中输入检索词，检索词间默认 逻辑关系为AND
还可用来检索核酸与蛋白质序列、 MEDLINE相关文献或专利（PubMed）、 基 因组及MMDB分子结构模型库信息。
• 显示格式 ：
Summary Report格式 GenBank Report格式 FASTA Report格式
★2210130101------刘思远 ★2210130102------肖泽友 ★2210130103------江宜铮
NCBI分子生物学数据库 http://
美国国立医学图书馆（NLM）于1988 年11月4日建立国家生物技术信息中心 （National Center of Biotechnology Information,简称NCBI）。
Sequin:
可供MAC、PC\Windows、UNIX 用户使用的递交软件，可输入有关 数据的详细资料。
三、检索途径与方法
• 基本检索 - Basic Search
• 高级检索 - Advanced Search
•
(preview/index)
• 限定检索 - Limits Search
• 期刊检索 – Journal Databases
• 显示格式选择 Display旁的下拉菜单，选择记录格式： summary默认、brief、Abstract、Citation、 ASN.1、MEDLINE、XML等格式 • 纯文本格式 Sent to-Text
2、排序
无序（Sort） 著者（Author） 刊名（Journal） 出版日期（Pub Date）
• 主题词检索 - MeSH Databases
生物信息学 NCBI数据库PPT
线虫 ACeDB, Sanger 果蝇 FlyBase, Berkeley 小鼠 MGD, Japan
酵母 Stanford, MIPS
大肠杆菌 WISC
DNA结构数据库
CUTG (Codon Usage Tabulated from GenBank, 密码子使用频度表) [日]
EPD (Eukaryotic Promotor Database, 真核生物启动子数据库) [欧]
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2、我 的 实 验 室
简单重复序列
简单重复序列(Simple Sequence Repeats， SSRs)也称微卫星序列(Microsatellites)或短串联 重复序列(Short Tandem Repeats，STRs)，是由 1-6个碱基对组成的串联重复DNA片段。SSRs在 真核和原核生物的基因组中分布广泛、数量丰富, 并具有较高的突变频率。
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NCBI数据库
1、国外的重要生物信息中心 2、NCBI介绍
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1、国外重要生物信息中心
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NCBI
• 美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)
• 前身是NIH所属的一个研究所的计算生物学 研究室,1988年独立为NCBI,形式上属于国家 医学图书馆(National Library of Medicine/NLM)
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DDBJ homepage
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国际核苷酸序列数据库联盟
• International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)包括
– GenBank
NCBI检索方法-精品课件
。2021年7月8日星期四下午10时28分41秒22:28:4121.7.8
• •
T H E E N D 15、会当凌绝顶，一览众山小。2021年7月下午10时28分21.7.822:28July 8, 2021
16、如果一个人不知道他要驶向哪头，那么任何风都不是顺风。2021年7月8日星期四10时28分41秒22:28:418 July 2021
•
11、一个好的教师，是一个懂得心理 学和教 育学的 人。21.7.822:28:4122:28Jul-218-Jul- 21
•
12、要记住，你不仅是教课的教师， 也是学 生的教 育者， 生活的 导师和 道德的 引路人 。22:28:4122:28:4122:28Thur sday, July 08, 2021
专家库 相关信息准确且全面
• 9、春去春又回，新桃换旧符。在那桃花盛开的地方，在这醉人芬芳的季节，愿你生活像春天一样阳光，心情像桃花一样美丽，日子像桃子一样甜蜜。21. 7.821.7.8Thursday, July 08, 2021
• 10、人的志向通常和他们的能力成正比例。22:28:4122:28:4122:287/8/2021 10:28:41 PM
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5、You have to believe in yourself. That's the secret of success. ----Charles Chaplin人必须相信自己，这是成功的秘诀。-Thursday, June 17, 2021June 21Thursday, June 17, 20216/17/2021
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15、一年之计，莫如树谷；十年之计 ，莫如 树木； 终身之 计，莫 如树人 。2021年7月下 午10时 28分21.7.822:28Jul y 8, 2021
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该基因定位于 人体第17条染 色体，基因表 示符为：NM001168.2 初步的功能分 析：细胞周期 ，caspase酶的 抑制因子等
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获取蛋白质的序列信息 该蛋白质中包含142个氨基酸，序列标识符为：NP-001159.2 27
获取FASTA序列
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Find domain
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填入蛋白质的FASTA序列并提交
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BIR domain
具有保守的功能结构域BIR
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三级结构显示
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9、 人的价值，在招收诱惑的一瞬间被决定 。20.10. 620.10. 6Tuesd ay , October 06, 2020
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10、低头要有勇气，抬头要有低气。1 4:07:34 14:07:3 414:07 10/6/20 20 2:07:34 PM
NCBI 数据库
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NCBI分子生物学数据库 /
美国国立医学图书馆 (NLM)于1988年11月4日 建立国家生物技术信息中 心(National Center of Biotechnology Information ，简称NCBI)
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National Center of Biotechnology Information
NCBI首先创建GenBank数据库，在重点开发 GenBank的同时，又于1991年开发了Entrez 数据库检 索系统。该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和 SWISS-PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE有 关序列的文献信息，并通过相关链接，将他们有机地 结合在一起。
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以IL6基因为例：
如何查找基因序列、mRNA、Promoter 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
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利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子 Promoter
Map viewer是NCBI网站上提供的一个非常 有用的寻找基因的工具，通过Map viewer你可 以了解你感兴趣基因在基因组中所处的位置、 基因序列、内含子及外显子的排列、基因的细 胞遗传学图、EST、SNP等等许多有用的信息。
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17、一个人即使已登上顶峰，也仍要 自强不 息。下 午2时7 分34秒 下午2时 7分14:07:3420 .10.6
谢谢大家
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11、人总是珍惜为得到。20.10.614:07:3414:0 7Oct-2 06-Oct- 20
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12、人乱于心，不宽余请。14:07:3414 :07:341 4:07Tu esday , October 06, 2020
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13、生气是拿别人做错的事来惩罚自 己。20. 10.620. 10.614:07:3414 :07:34 October 6, 2020
可以用来发现未知核酸可能的蛋白产物。 • Tblastn：一个蛋白序列与翻译成所有读框的核酸数据
库比较。 • Tblastx：一个核酸的六种读框与一个核酸据库的六种
读框比较，但由于计算太复杂在网页中不能应用。
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Gene info：17号染色体
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功能注释：Gene Ontology
1、这是哪个基因？ 2、编码的蛋白质 序列是怎么样的? 3、有没有保守的功能结构域？ 4、它的功能是怎样的？ 5、有没有三级结构？
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• BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种 比较方法可选择：
• Blastp：一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较 • Blastn：一个核酸序列与一个核酸数据库比较。 • Blastx：一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较，
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14、抱最大的希望，作最大的努力。2 020年1 0月6日 星期二 下午2 时7分34 秒14:0 7:3420. 10.6
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15、一个人炫耀什么，说明他内心缺 少什么 。。202 0年10 月下午2 时7分2 0.10.61 4:07Oc tober 6, 2020
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16、业余生活要有意义，不要越轨。2 020年1 0月6日 星期二 2时7分 34秒14 :07:346 October 2020
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利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子Promoter
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Hale Waihona Puke 121314
如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
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mRNA序列：
蛋白序列：
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已知一基因序列：
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCA AGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATG GCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTT GGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAG ATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTT TCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTT TGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACC AACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCG TGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC
NCBI的任务：
建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知 识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的 结构和功能的基于计算机的信息处理的先进方 法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库 和软件的使用 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力
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National Center of Biotechnology Information