NCBI使用方法
ncbi的使用方法
NCBI(美国国立生物技术信息中心)资源介绍及使用手册作者：未知来源：中科院上海生命科学研究院生物信息中心时间：2006-12-27NCBI 资源介绍本文目录：NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介NCBI 站点地图NCBI癌症基因组研究NCBI－Coffee BreakNCBI－基因和疾病NCBI－UniGeneCluster of Orthologous Groups of proteins（COG）介绍Gene Expression Omnibus （GEO）介绍LocusLink介绍关于RefSeq：NCBI参考序列NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介介绍理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。
通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。
阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。
数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。
挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
国立中心的建立后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。
NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。
NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。
它的使命包括四项任务：建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
ncbi使用方法
ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。
以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。
2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。
3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。
4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。
5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。
6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。
7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。
8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。
NCBI网站BLAST使用方法介绍完整版
息学方法
BLAST
宿主菌
细胞转化
几周的时间 蛋白质分离纯化及性质测定
Gene family Or
Protein Family
几分钟的时间
Function annotation
BLAST
Web Access
Text
Wang LS, Gao PJ, cellulase,et al.
? RPS BLAST
– searches a database of PSSMs – tool for conserved domain searches
Basic Local Alignment Search Tool
? Widely used similarity search tool
? Heuristic approach based on
ACATGGACCCT ...
Protein Words
Query : GTQITVEDLFYNIATRRKALKN
WGoTrdQsize = 3 (default)
TQI
Word size can only be 2 or 3
Make a lookup table of words
QIT ITV
Basic Local Alignment Search Tool
?Why use sequence similarity? ?BLAST algorithm ?BLAST statistics ?BLAST output ?Examples
Why Do We Need Sequence Similarity Searching?
11-mer
GTACTGGACAT
WORD SIZE
NCBI序列提交方法
NCBI序列提交方法NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物学数据库和相关工具的国际性组织。
它托管并提供了大量的生物学和医学数据，包括基因组序列、蛋白质序列、文献数据、基因表达数据等。
NCBI数据库是生物学研究中重要的资源之一，而序列提交是将新的基因组或蛋白质序列添加到NCBI数据库的过程。
在本文中，我们将介绍如何使用NCBI的序列提交方法。
首先，要进行序列提交，您需要注册一个NCBI用户账号。
注册账号是免费的，并且可以让您获得进一步扩展和修改已提交序列的权限。
接下来，您需要准备您要提交的序列数据。
这可以是基因组序列、cDNA序列、蛋白质序列等。
在提交之前，请确保您的序列数据已经进行了适当的质量控制和整理，以确保数据的精确性和准确性。
一旦您准备好了序列数据，您可以使用NCBI的序列提交页面进行提交。
您可以通过以下步骤进行序列提交：2. 在主页上方的导航栏中，选择“Submit”。
3. 在下拉菜单中选择“Submissions”。
4. 选择适当的序列类型进行提交。
例如，如果您要提交基因组序列，选择“Genome”；如果是cDNA序列，选择“Transcriptome”；如果是蛋白质序列，选择“Protein”等。
6.将您的序列文件上传至NCBI的服务器。
通常，NCBI接受FASTA、GFF和GB格式的文件。
如果您的序列文件格式不符合要求，您可以通过本地软件进行格式转换，或者使用NCBI提供的工具进行转换。
7.在提交页面中进行进一步的设置，例如选择序列的性质、阅读朝向等。
此外，您还可以选择是否允许其他用户进行修改和扩展您的序列。
8. 最后，点击“Submit”按钮完成序列提交。
提交后，您的序列将被送至NCBI的审核队列。
NCBI的工作人员将对您的序列进行质检，并将其添加到相应的数据库中。
这个过程通常需要一些时间，所以请耐心等待。
ncbi使用指导
ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。
该网站由美国国家卫生研究院（NIH）建立，旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。
以下是 NCBI 的使用指导：一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具，包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。
这些资源对于生物学和医学研究非常重要。
二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站：https:///2.在主页上，你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。
你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。
3.在数据库或工具页面，你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。
例如，在基因序列数据库中，你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。
三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库（GenBank）：提供了全球各种生物的基因序列信息。
2.蛋白质序列数据库（Protein Database）：提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。
3.基因组数据库（Genome Database）：提供了全球各种生物的基因组信息。
4.生物学文献数据库（PubMed）：提供了全球生物学和医学领域的文献信息。
四、NCBI 的实用工具1.BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。
2.Entrez：用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。
3.Coffee Break：用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。
五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时，请遵守相关的知识产权和版权规定。
NCBI Primer-BLAST使用方法
Primer-BLAST是NCBI的引物设计和特异性检验工具。
Primer-Blast介绍Primer-BLAST，在线设计用于聚合酶链反应（PCR）的特异性寡核苷酸引物。
Primer-BLAST可以直接从Blast主页（/）找到，或是直接用下面的链接进入：/tools/primer-blast/这个工具整合了目前流行的Primer3软件，再加上NCBI的 Blast进行引物特异性的验证。
Primer-BLAST免除了用另一个站点或工具设计引物的步骤，设计好的引物程序直接用Blast进行引物特异性验证。
并且，Primer-BLAST能设计出只扩增某一特定剪接变异体基因的引物–an important feature for PCR protocols measuring tissue specific expression（注：没办法准确的翻译，只好作罢，汗！）。
Primer-BLAST有许多改进的功能，这样在选择引物方面比单个的用 Primer3和NCBI BLAST更加准确。
Primer-BLAST的输入Primer-BLAST界面包括了Primer3和BLAST的功能。
提交的界面主要包括三个部分：target template（模板区）, the primers（引物区）, 和specificity check（特异性验证区）。
跟其它的BLAST一样，点击底部的“Advanced parameters”有更多的参数设置。
在“PCR Template”下面的文本框，输入目标模板的序列，FASTA格式或直接用Accession Number。
如果你在这里输入了序列，是用于引物的设计。
Primer-BLAST 就会根据你输入的序列设计特异性引物，并且在目标数据库（在specificity check区选择）是唯一的。
引物（Primers）如果你已经设计好了引物，要拿来验证引物的好坏。
可以在Primer Parameters 区填入你的一条或一对引物。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。
先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。
与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。
此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。
NCBI的在线BLAST：/Blast.cgi下面是具体操作方法1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。
不同的blast程序上面已经有了介绍。
这里以常用的核酸库作为例子。
2，粘贴fasta格式的序列。
选择一个要比对的数据库。
关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。
一般的话参数默认。
3，blast参数的设置。
注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。
筛选的标准。
最后会说明一下。
4，注意一下你输入的序列长度。
注意一下比对的数据库的说明。
5，blast结果的图形显示。
NCBI使用方法
NCBI使用方法NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心[url]/[/url]NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NCBI提供检索的服务包括：1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。
GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。
它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。
这三个组织每天交换数据。
其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。
2．Molecular Databases（分子数据库）：Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列，提供直接的检索。
Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。
Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。
MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。
Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。
其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。
3．Literature Databases（文献数据库）（1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。
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NCBI的责任 1.使用数学和计算机方法在分子水平上开展基础生物 医学课题研究 2.保持与NIH (National Institutes of Health 国家卫生研究 所)内的其它机构以及学术界、工业领域、政府相关 部门的合作 3.通过会议、讨论组、系列讲座以促进科学交流 4.通过NIH内部的研究计划，开展计算生物学基础和 应用领域的博士后研究 5.通过科学访问学者计划，组织国际间的生物信息学 研究和学习。 6.加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和 软件的使用。 7.数据库，数据记录与交换，生物命名的标准化 系统的建立
NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的： 基本研究 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家， 分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家和 结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用 的研究。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平 上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织， 序列的分析和结构的预测。目前研究计划的一些代表是： 检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain和结构 单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学 模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数 据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库， 序列相似性的统计显著性评估的数学模型和文本检索的矢量 模型。另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究 所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。
NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助 理解那些控制健康和疾病的基本分子和遗 传过程。此外，NCBI还负责开发自动化系 统用于存储、分析关于分子生物学、生物 化学、遗传学等方面知识信息；通过研究和 医学团体所提供的软件和数据库使得其得以 利用；收集国内外生物技术信息资源；开展 基于计算机信息处理过程高级方法研究，用 于分析生物大分子的结构和功能。
●
GenBank数据库检索及其应用 GenBank数据库检索及其应用
GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心（NCBI） GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心（NCBI） 数据库是由美国国立生物技术信息中心 维护的一级核酸序列数据库。 维护的一级核酸序列数据库。
后来的参议员Claude Pepper意识到电脑化 过程方法对生物医学研究的重要性，在1988 年11月4日立法建立美国国立生物技术中心
数据库和软件 在1992年10月，NCBI承担起对GenBank DNA序列 数据库的责任。NCBI受过分子生物学高级训练的工作 人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列 数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库。同美国 专利和商标局的安排使得专利的序列信息也被整合。 GenBank是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开 获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧 洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序 列数据库合作。这三个组织每天交换数据。GenBank以指 数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。 最近，GenBank拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。
在重点开发GenBank的同时，又开发了Entrez 数据库 检索系统。该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISSPROT(经过注释的蛋白质序列数据库)等数据库的序列信息以及 MEDLINE有关序列的文献信息，并通过相关链接，将他们 有机地结合在一起。NCBI还提供了其它数据库，包括在线 人类孟德尔遗传(OMIM)、三维蛋白结构的分子模型数据 库(MMDB)、人类基因序列集成(UniGene)、人类基因组基 因图谱(GMHG)、生物门类(Toxonomy) 等数据库。
教育和训练 NCBI通过赞助会议，研讨会和系列演讲来培养 在应用于分子生物学和遗传学的计算机领域的 科学交流。一个科学访问学者项目已经成立， 来培养同外部科学家的合作。作为NIH内部的 部分研究项目，也提供博士后工作位置。
NCBI数据库介绍 Nucleotide 该数据库由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研 究院GenBank、日本DNA数据库(DDBJ)和英国Hinxton Hall 的欧洲分子生物学实验室数据库(EMBL)三部分数据组成。 这三个组织联合组成国际核苷酸序列数据库协作体，每天交 换各自数据库中的新增序列记录实现数据共享。其中的序列 数据也通过与基因组序列数据库(GSDB)合作获取；专利序列 数据通过与美国专利与商标局、国际专利局合作获取。
(National Center for Biotechnoቤተ መጻሕፍቲ ባይዱogy Information, 简称NCBI) 。
由于在创立和维护生物信息学数据库方面的 经验，NLM (The National Library of Medicine, 简称 NLM,该图书馆是美国国家卫生研究所的一部分)被选择 负责该中心，而且这可以建立一个内部的关于计 算分子生物学的研究计划。 因此，美国国家生物 技术中心隶属于美国国立医学图书馆之下。
NCBI位于马里兰州的贝塞斯达, 保管GenBank的基因测序 数据和Medline的生物医学研究论文索引. 所有的这些数据 库都可以通过Entrez搜索引擎在线访问. GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的 数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包 括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合 作组织，包括EMBL和DDBJ。 Medline是NLM生产的国际性综合生物医学信息书目数 据库，是当前国际上最权威的生物医学文献数据库。 Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻 和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序 列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检 索的MEDLINE。
● ●
Genome 即基因组数据库，提供了多种基因组、完全染色体、 Contiged序列图谱以及一体化基因物理图谱。
Structures 即结构数据库或称分子模型数据库(MMDB)， 包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据。 ● Taxonomy 即生物学门类数据库，可以按生物学门类进行 检索或浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等。 ● PopSet 包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群变化 的一组组联合序列。PopSet既包含核酸序列数据又包含 蛋白质序列数据。 ● OMIM 孟德尔遗传学(OMIM)数据库是人类基因和基因疾病的 目录数据库。该数据库包括原文信息、图片和参考信息， 同时还可以链接到Entrez系统MEDLINE数据库中相关文 献和序列信息。