NCBI数据库的使用与功能介绍
ncbi使用指导
ncbi使用指导导言：NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库。
NCBI提供了丰富的生物学资源，包括基因序列、蛋白质序列、科学文献等。
本文将为您介绍如何使用NCBI来获取和利用生物学信息。
一、注册NCBI账号在使用NCBI之前，首先需要注册一个账号。
在NCBI官方网站（）的主页上，点击右上角的“Sign In”按钮，并选择“Register for an NCBI account”。
根据提示提供相关信息，完成注册流程。
二、搜索和获取基因序列1. 打开NCBI网站后，点击主页上的“Search”按钮，进入搜索页面。
2. 在搜索框中输入您感兴趣的基因名称或者序列标识符，如“BRCA1”。
3. 点击“Search”按钮进行搜索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的基因序列，点击链接进入该基因的详细信息页面。
5. 在详细信息页面中，您可以获取该基因的序列信息，可以下载或拷贝该序列以供后续分析使用。
三、检索科学文献1. 在NCBI主页上方的搜索框中，选择“PubMed”为搜索目标。
2. 输入您感兴趣的科学文献关键词，如“cancer treatment”。
3. 点击搜索按钮进行检索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的文献，点击链接进入该文献的详细页面。
5. 在详细页面中，您可以阅读文章摘要，并根据需要下载全文或进行其他操作。
四、利用NCBI工具进行序列分析1. 在NCBI主页上方的菜单栏中，选择“Tools”进行工具选择。
2. 根据您的需求选择相应的工具，如“BLAST”进行序列比对分析。
3. 进入选择的工具页面后，按照提示上传或输入您的序列数据。
4. 设定参数并运行分析。
5. 分析完成后，您可以查看比对结果、序列保守性等信息，并进行进一步的分析和解释。
五、订阅NCBI数据库更新信息1. 在NCBI主页上方菜单栏中选择“NCBI Account”。
ncbi使用方法
ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。
以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。
2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。
3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。
4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。
5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。
6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。
7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。
8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。
NCBI功能详介
NCBI功能详介NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库之一，也是生物医学研究领域最重要的资源之一、NCBI提供了广泛的生物学和医学数据库和工具，以帮助科学家们进行基因组学、蛋白质学、遗传学、药物研发等方面的研究。
NCBI的主要功能包括：1. PubMed：NCBI的PubMed是最大的生物医学文献数据库。
它收录了全球范围内的生物医学文献，并提供了非常强大的功能，以帮助科学家们找到自己感兴趣的论文。
3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是NCBI 提供的一种重要的生物信息学工具。
它可以用来比对生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列），以找到相似的序列或已知的序列。
BLAST对生物学研究非常重要，可以用于序列比对、功能注释、物种分类等各种应用。
4. Entrez数据库：Entrez是NCBI提供的一种综合性数据库工具，可以用来访问和多个数据库，如PubMed、GenBank、Protein、Nucleotide等。
用户可以使用Entrez来查找和获取各种类型的生物学数据，如文献、序列、蛋白质结构等。
5. PubChem：PubChem是一个提供生物化学信息的数据库，包含大量的有关化合物的实验数据、化学结构、药物作用等信息。
它可以帮助研究人员进行药物发现、化合物筛选和毒性评估等方面的研究。
6. dbSNP：DBSNP（Single Nucleotide Polymorphism Database）是一个用于存储和查询单核苷酸多态性数据的数据库。
它收集了全球范围内各种不同物种的单核苷酸变异信息，包括单核苷酸变异的位点、变异类型、频率等。
7. GEO：GEO（Gene Expression Omnibus）是一个用于存储和共享基因表达数据的数据库。
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
• BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种 比较方法可选择：
• Blastp：一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较 • Blastn：一个核酸序列与一个核酸数据库比较。 • Blastx：一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较，
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
Gene info：17号染色体
NCBI数据库的使用与功能介绍
功能注释：Gene Ontology
该基因定位于 人体第17条染 色体，基因表 示符为：NM-
001168.2 初步的功能分 析：细胞周期 ，caspase酶的 抑制因子等
NCBI的任务：
建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知 识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的 结构和功能的基于计算机的信息处理的先进方 法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库 和软件的使用 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力
NCBI数据库的使用与功能介绍
如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
NCBI数据库的使用与功能介绍
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mRNA序列：
蛋白序列：
NCBI数据库的使用与功能介绍
已知一基因序列：
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCA AGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATG GCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTT GGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAG ATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTT TCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTT TGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACC AACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCG TGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC
ncbi使用指导
ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。
该网站由美国国家卫生研究院（NIH）建立，旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。
以下是 NCBI 的使用指导：一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具，包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。
这些资源对于生物学和医学研究非常重要。
二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站：https:///2.在主页上，你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。
你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。
3.在数据库或工具页面，你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。
例如，在基因序列数据库中，你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。
三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库（GenBank）：提供了全球各种生物的基因序列信息。
2.蛋白质序列数据库（Protein Database）：提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。
3.基因组数据库（Genome Database）：提供了全球各种生物的基因组信息。
4.生物学文献数据库（PubMed）：提供了全球生物学和医学领域的文献信息。
四、NCBI 的实用工具1.BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。
2.Entrez：用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。
3.Coffee Break：用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。
五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时，请遵守相关的知识产权和版权规定。
ncbi使用指导
NCBI使用指导1. 什么是NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是一个提供生物信息学相关服务的综合性数据库和资源平台。
NCBI的目标是收集、存储和分析全球生命科学研究数据，并为科学家和研究人员提供免费的访问和使用。
2. 注册和登录要使用NCBI提供的服务，首先需要注册一个账号。
在NCBI的官方网站上找到注册页面，填写相应的信息并创建账号。
注册成功后，可以使用注册邮箱和密码登录。
3. 常用功能介绍3.1 数据库搜索NCBI提供了多个数据库，包括PubMed、GenBank、BLAST等。
在首页可以看到这些数据库的链接。
通过点击相应的链接，可以进入对应数据库进行搜索。
3.1.1 PubMedPubMed是一个包含生命科学和医学文献的数据库。
在PubMed上可以搜索相关文献，并获取摘要或全文。
使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击文章标题可以查看详细信息。
- 可以通过邮箱将文章发送给自己或他人。
3.1.2 GenBankGenBank是一个包含DNA序列和相关注释信息的数据库。
研究人员可以在GenBank中搜索并下载DNA序列。
使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击序列编号可以查看详细信息。
- 可以将序列下载到本地。
3.1.3 BLASTBLAST是一种用于比对DNA、RNA或蛋白质序列的工具，可以找到与输入序列相似的序列。
使用方法： - 在搜索框中输入待比对的序列。
- 选择相应的数据库和参数设置。
- 点击搜索按钮，等待比对结果。
3.2 数据上传与下载NCBI允许用户上传自己的数据，并提供了相应的工具和接口。
同时，用户也可以从NCBI下载他人共享的数据。
NCBI_功能详细介绍
NCBI_功能详细介绍NCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是一个提供生物医学和基因组学研究数据的资源库和数据库。
NCBI的主要目标是促进和推动生物医学研究的发展，并为科学家、医生和公众提供相关信息。
NCBI提供了各种各样的数据库和工具，用于存储、检索和分析生物医学和基因组学数据。
下面是一些NCBI提供的主要功能的详细介绍：2. GenBank：GenBank是一个基因序列数据库，存储了全球范围内的基因序列数据。
研究人员可以通过GenBank获得基因序列和相关信息，用于基因功能研究、进化分析和生物信息学研究。
3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对工具，用于比对给定的DNA、RNA或蛋白质序列与NCBI数据库中的序列。
BLAST可以帮助研究人员确定新序列的相关性，并找到与其相似的序列。
4. Entrez：Entrez是一个综合性的引擎，可以对NCBI的不同数据库进行全文。
研究人员可以通过Entrez进行文献检索、基因和蛋白质注释、序列比对等操作，方便地获取各类生物学数据。
5. PubChem：PubChem是一个化学物质数据库，存储了数百万种化合物的化学结构和相关信息。
研究人员可以通过PubChem化合物的属性、药理学和毒理学数据，以及相关的文献信息。
6. OMIM：OMIM（Online Mendelian Inheritance in Man）是一个遗传疾病数据库，提供了人类遗传疾病的基因和表型信息。
研究人员可以通过OMIM了解各种遗传疾病的发病机制、遗传模式以及相关基因的功能。
7. RefSeq：RefSeq是一个参考序列数据库，存储了各个物种的基因组和转录组序列。
RefSeq提供了基因的注释信息，包括基因的外显子、内含子、启动子、终止子等区域的序列。
ncbi的使用方法
ncbi的使用方法
1.功能：
-在NCBI网站的主页上，可以找到一个栏。
在栏中输入关键词，可以特定的基因、蛋白质、序列或文献等。
-在结果页面中，可以使用筛选器（过滤器）来缩小范围，例如按照物种、文章类型、出版日期等进行筛选。
2.数据库浏览：
- NCBI拥有多个数据库，包括GenBank、PubMed、Protein、Nucleotide等。
用户可以通过点击导航栏上的“主页”选择相应的数据库。
- 在每个数据库页面上，用户可以找到相关的方法和信息。
例如，在GenBank数据库页面上，用户可以和浏览基因序列的信息。
- NCBI 的PubMed数据库提供了数百万篇生物医学文献的摘要和全文信息。
用户可以通过在栏中输入关键词来特定的文献。
- 在结果页面上，用户可以点击文章标题来查看摘要，进一步点击“Full Text”或“PDF”链接来获取全文。
一些文章可能需要订阅或付费获取。
- 用户还可以使用PUBMED Central（PMC）数据库来获取免费的全文文章。
4.序列和分析：
- NCBI 的Nucleotide和Protein数据库提供了大量的基因和蛋白质序列。
用户可以通过在栏中输入基因或蛋白质的名称、序列号或其他相关信息来相应的序列。
- NCBI还提供了一些序列分析工具，例如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool），可以对新序列进行比对和分析。
6.创建和保存历史：
7.利用NCBIAPI：。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
获取FASTA序列
Find domain
填入蛋白质的FASTA序列并提交
BIR domain
具有保守的功能结构域BIR
三级结构显示
1、这是哪个基因？ 2、编码的蛋白质 序列是怎么样的? 3、有没有保守的功能结构域？ 4、它的功能是怎样的？ 5、有没有三级结构？
• BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种 比较方法可选择： • Blastp：一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较 • Blastn：一个核酸序列与一个核酸数据库比较。 • Blastx：一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较， 可以用来发现未知核酸可能的蛋白产物。 • Tblastn：一个蛋白序列与翻译成所有读框的核酸数据 库比较。 • Tblastx：一个核酸的六种读框与一个核酸据库的六种 读框比较，但由于计算太复杂在网页中不能应用。
如何查找基因序列、mRNA、Promoter 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子 Promoter Map viewer是NCBI网站上提供的一个非常 有用的寻找基因的工具，通过Map viewer你可 以了解你感兴趣基因在基因组中所处的位置、 基因序列、内含子及外显子的排列、基因的细 胞遗传学图、EST、SNP等等许多有用的信息。
NCBI 数据库
——邱婷
NCBI分子生物学数据库 /
美国国立医学图书馆 (NLM)于1988年11月4日 建立国家生物技术信息中 心(National Center of Biotechnology Information ，简称NCBI)
National Center of Biotechnology Information
Gene info：17号染色体
功能注释：Gene Ontology
该基因定位于 人体第17条染 色体，基因表 示符为：NM001168.2 初步的功能分 析：细胞周期 ，caspase酶的 抑制因子等
获取蛋白质的序列信息
该蛋白质中包含142个氨基酸，序列标识符为：NP-001159.2
NCBI的任务： 建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知 识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的 结构和功能的基于计算机的信息处理的先进方 法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库 和软件的使用 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力
National Center of Biotechnology Information
利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子Promoter
如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
mRNA序列：
蛋白序列：
已知一基因序列：
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCA AGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATG GCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTT GGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAG ATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTT TCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTT TGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACC AACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCG TGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC
NCBI首先创建GenBank数据库，在重点开发 GenBank的同时，又于1991年开发了Entrez 数据库检 索系统。该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和 SWISS-PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE有 关序列的文献信息，并通过相关链接，将他们有机地 结合在一起。
以IL6基因为例：