NCBI数据库检索
ncbi使用方法
ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。
以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。
2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。
3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。
4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。
5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。
6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。
7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。
8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。
NCBI如何查找序列
1、请练习在GenBank获得一个GenBank序列文件，解释以一下各个部分代表的含义。
①开Genbank主页（/Web/Genbank/），②database选择“Nucleotide”，输入“Monkey（猴子）“，点击“Search”②单击“search”后得到以下页面：③然后选择第一个序列文献打开；找到如下图的位置，选择“file“，保存到电脑。
序列内容如下：序列内容各部分意思如下：Go to:LOCUS AGMSV40RP 436 bp DNA linear PRI （名称）（碱基数）（分子类型）（分子类型）（灵长类）27-APR-1993（修正日期）DEFINITION African green monkey SV40 homologue replication origin. （定义行，精要描述序列特征）ACCESSION K01786（检索号）VERSION K01786.1 GI:176550（版本信息）KEYWORDS origin of replication.（关键词）SOURCE Chlorocebus aethiops (Cercopithecus aethiops)（物种来源及常用名）ORGANISM Chlorocebus aethiops（科学命名及该物种的分类地位）Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata;Euteleostomi;Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates;Haplorrhini;Catarrhini; Cercopithecidae; Cercopithecinae; Chlorocebus. REFERENCE 1 (bases 1 to 436)（参考文献）AUTHORS Queen,C., Lord,S.T., McCutchan,T.F. and Singer,M.F.（作者）TITLE Three segments from the monkey genome that hybridize to simian （题目） virus 40 have common structural elementsJOURNAL Mol. Cell. Biol. 1 (12), 1061-1068 (1981)（期刊来源）PUBMED 6287216（数据库编号）REFERENCE 2 (sites)（参考文献）AUTHORS Dynan,W.S., Saffer,J.D., Lee,W.S. and Tjian,R.（作者）TITLE（题目） Transcription factor Sp1 recognizes promoter sequences from the monkey genome that are simian virus 40 promoterJOURNAL Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82 (15), 4915-4919 (1985)（期刊来源）PUBMED 2991898（数据库编号）COMMENT（注释）Original source text: African green monkey liver DNA, clonepCaOri7.01 [1].[2] sites; Sp1 binding sites.Draft entry and clean copy sequences for [2] kindly provided byW.Dynan, 31-OCT-1985.Two segments of monkey DNA were hybridized and compared to SV40DNA. Each contained multiple copies of the sequence 'gggcggrr'which also appears six times near the origin of SV40 [1]. Bothcontained a long internal degenerate repeat [1]. The SV40 origin ofreplication contains several long repeats [1]. The SV40 hybridizingsegments are members of a larger family of genomic monkey sequencesthat hybridize well to each other, but not necessarily to SV40 [1].Two regions in the monkey DNA bind the promoter-specific cellulartranscription factor (SP1) and are protected by it in DNaseprotection experiments [2].FEATURES Location/Qualifiers（特征）source 1..436（物种来源） /organism="Chlorocebus aethiops"/mol_type="genomic DNA"/db_xref="taxon:9534"ORIGIN（序列区） SalI site.1 tcgaccacag ccagagtcca tgcatcggga ggttcactcg gtttgcgaag aacgggcagg61 gcatgcacgg cctgggctcg gcgggcgggc gggcgggccg gggcgcagtt cccaggttcg121 ccactagagg tcaggaggtg accgcttcgg ggctggaaga cgggcccgtc gtggattggc181 tagtgccggc ggagggcggg gcggagagtg gggcggggcg gagagtgggg cggggcgcag241 ttccccagtt cgccactaga ggtcaggagg tgaccgcttc ggggcgggaa gactggcccg301 tcggggattg gctagtgccg gcggggggcg gggcgggggg cggagggcgg ggtggacgtg361 gcacctggtt gctgacatct ggaatgactt ttttttggca tcggatttcc tgtctttgtg421 gggctgatgg acccga//2.预习genbank中blast的用法BLAST 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。
NCBI-PubMed-检索简介与检索技巧集锦
NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦注：在本文中的叙述中，所有输入PubMED检索框中的内容均用<>符号括起来，如以基因治疗为主题词检索，在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therapy"[MESH]>。
PubMed简介PubMed是由隶属于美国国家卫生部（NIH, National Institues of Health）的国家医学图书馆（NLM, Nationa Library of Medicine）下属的国家生物技术信息中心（NCBI, National Center for Biotechnology Information）提供，可通过NCBI网站的Entrez检索系统（Entrez retrieval system）进行MEDLINE和PreMEDLINE引文数据库的在线免费检索。
此外，PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务，与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据，提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA 与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。
Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统，可检索NCBI网站的主要数据库，如PubMed，核酸与蛋白序列，基因组序列，蛋白结构，OMIM等等。
PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库，此外，它还针对网上资源，提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源，如核酸蛋白序列、OMIM入口等，以及其它生命科学数据库。
其文献内容的提供方式，由各期刊出版商在期刊发表前可发表时提供给NCBI。
如果该出版商有网站，则NCBI会提供相应的网络出口。
MEDLINE 及PubMed引文数据库中的新条目在每周周二至周六每日更新。
PubMed服务内容概括基于互联网及PreMEDLINE引文数据库免费检索系统。
ncbi数据库检索解读
收集并储存大分子结构信息,部分来源于PDB
提供并及时更新后生生物的全基因组序列以及最为精确的注释. 是一个蛋白质信息最为准确的蛋白质数据库, 它所提供的蛋白质信息有着最详尽的注释和 最少的冗余..
5 UniProtKB\Swiss-prot
2.2.4 SRS 检索实例
已知BPMV的名字,查询其基因组的信息,核酸序 列信息,蛋白质序列信息和结构信息
第二章 数据库检索
2.1 综合性数据库 NCBI
2.1.1 NCBI简介
美国参议员Claude Pepper率先意识到信息计算机化过程 方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日 建立国立生物技术信息中心的立法. （National Center for Biotechnology Information , NCBI） . NCBI隶属于国立医学图书馆（ National Library of Medicing, NLM)。NLM在创立和维护生物医学数据库方面有 丰富的经验。
包含用于群体进化或变异研究的比对序列
准确的基因表达谱数据和大规模的分子实验数据
公众医学信息中心,是NLM在生命科学领域 Central数据库 期刊文献的数字存档 医学主题5 Bookshelf 数据库
16 OMIM 数据库
主要着眼于可遗传或遗传性的基因疾病,包括文献, 序列记录,染色体定位图谱及相关的数据库的链接
7 uniSTS数据库 8 基因数据库 9 UniGene数据库
可通过基因名称,同义词,编号,出版物,染色体号等属性 寻找基因 GenBank 中基因序列的集合
10 SNP数据库 11 PopSet 12 GEO数据库 13 PubMed
用于存储包括单核苷酸替换,一两个碱基的插入 或缺失等多态性信息
NCBI检索
NCBI的检索NCBI包括五个部分，第一部分是欢迎进入NCBI，包括NCBI的最新信息、计划与活动、读者来信、服务地址和用户评论等。
第二部分是基因序列数据库(GenBank)，包括基因库概述、检索与投稿。
第三部分是数据库服务，包括免费的PubMed检索、Entrez检索、BLAST序列族性检索、电子邮件服务（详见本章第四节）、匿名FTP服务。
第四部分是NCBI的其它资源。
GenBank的检索在NCBI主页的第二部分点击“Searching GenBank”，即可进入GenBank的检索屏幕。
NCBI•提供了五种检索，即Entrez浏览检索、BLAST序列类似性检索、dbEST检索、dbSTS•检索和文本检索(Text Searching)。
一、Entrez浏览检索1.Entrez检索的数据库及其检索信息Entrez浏览器(Entrez Browser)可以检索以下与NCBI•链接的基因序列数据库的分子生物数据和书目文献资料。
••••(1) GenBank、EMBL、DDBJ中的DNA序列；••••(2) SWISS-PROT、PIR、PRF、PDB中的蛋白质序列以及DNA序列数据库中翻译的蛋白质序列；••••(3) 基因和染色体图像数据；••••(4) PDB以及收入NCBI分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构；••••(5) 通过PubMed检索Medline和PreMedline数据库。
••••2.Entrez检索功能••••Entrez提供了以下三种检索功能。
••••(1)自由词检索功能••••用户可以通过文本词、关键词、截词、期刊名或文献的作者检索Entrez数据库。
截词用*号，期刊名必须用Medline刊名缩写，作者姓名必须是姓在前，名在后，用首字母缩写。
••••(2)索引词表(List Terms)检索功能••••索引词表检索是当你键入检索词，Entrez•在你选定的字段中显示从该检索词开始的一个索引词表窗口，这时，你可以选择一个或几个词进行检索，这对单词拼写不准确时非常有用。
NCBIPubMed检索简介与检索技巧集锦
NCBI PubMed检索简介与检索技巧集锦注：在本文中的叙述中，所有输入Pu bMED检索框中的内容均用<>符号括起来，如以基因治疗为主题词检索，在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therap y"[MESH]>。
PubMed简介PubMed是由隶属于美国国家卫生部（NIH, Nation al Institu es of Health）的国家医学图书馆（NLM, Nationa Library of Medici n e）下属的国家生物技术信息中心（NCBI, Nation al Center for Biotec hnol o g y Inform a tion）提供，可通过NCBI网站的E n trez检索系统（E ntrez retrie val system）进行MED L I NE和P reMED LINE引文数据库的在线免费检索。
此外，PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务，与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据，提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。
Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统，可检索NCBI网站的主要数据库，如PubMed，核酸与蛋白序列，基因组序列，蛋白结构，OMIM等等。
PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库，此外，它还针对网上资源，提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源，如核酸蛋白序列、OMIM入口等，以及其它生命科学数据库。
NCBI分子生物学数据库应用简介
Nucleotide 包含： • 所有的核苷酸及蛋白质序列 • 与之相关的生物学信息 • 参考文献
二 . Genome
即基因组数据库，提供 了多种基因组、完全染色体、 临近序列图谱以及一体化基 因物理图谱。
三. Structures
即结构数据库或称分子模型 数 据 库 〔MMDB〕 ， 包 含 来 自 X 线晶体学和三维结构的实验数据。 MMDB 的 数 据 从 PDB〔Protein Data Bank〕获得。
3. 向GenBank递交数据
GenBank数据的一个主要来源是通过 作者直接递交；目前许多期刊也希望刊 登的 文章中的DNA或氨基酸序列能在发 表前输入数据库。
NCBI为此设计了方便、快捷的数 据递交软 件：
BankIt: 直接通过WWW进行简便、快 捷的递交。
Sequin:
可供MAC、PC\Windows、UNIX 用户使用的递交软件，可输入有关 数据的详细资料。
四. Taxonomy
即生物学门类数据库，可 以按生物学门类进行检索或浏 览其核苷酸序列、蛋白质序列、 结构等。
五. PopSet
包含研究一个人群、一个种 系发生或描述人群变化的一组组 联合序列。PopSet既包含核酸序 列数据又包含蛋白质序列数据。
六. OMIM
孟德尔遗传学(OMIM)数据库是人类 基因和基因疾病的目录数据库。该数据 库包括原文信息、图片和参考信息，同 时还可以链接到Entrez系统MEDLINE数 据库中相关文献和序列信息。
…………..
2. BLAST相似性检索系统
BLAST 〔Basic Local Alignment Search Tool〕
是用于序列相似性检索的一个重要数 据库，是区分基因和基因特征的工具。 该软件能在15秒内完成整个DNA数据库 的序列检索。
ncbi分子生物学数据库网络生物医学
NCBI分子生物学数据库网络生物医学1. 引言生物医学研究的进展离不开大量的数据资源和分析工具的支持。
NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个旨在促进生物信息学和分子生物学研究的重要组织。
它提供了多个分子生物学数据库，这些数据库存储了大量的生物信息学数据，并提供了丰富的分析工具，以帮助科学家进行生物医学研究。
本文将介绍一些常用的NCBI分子生物学数据库及其在网络生物医学研究中的应用。
2. NCBI基因数据库2.1 GenBankGenBank 是全球最大的基因序列数据库之一，它存储了大量的DNA和RNA序列数据。
研究者可以通过GenBank访问到已被发表的基因序列数据，以及一些未发表的序列数据。
这些数据对于研究基因功能、生物进化以及人类疾病等方面都非常重要。
2.2 RefSeqRefSeq (Reference Sequence) 是一个注释完整的、高质量的基因序列数据库。
与GenBank不同，RefSeq仅收录了经过验证且与蛋白质对应的基因序列，这使得研究者可以更加准确地进行基因结构和功能的研究。
RefSeq还提供了基因组、转录组和蛋白质序列的相关信息。
2.3 dbSNPdbSNP (database of Single Nucleotide Polymorphisms) 存储了人类和其他物种中的单核苷酸多态性数据。
这些多态性位点是基因组中常见的变异，对于人类疾病的研究和个体之间的遗传差异分析非常重要。
dbSNP收集了来自各种来源的单核苷酸多态性数据，包括人类单核苷酸多态性计划 (HapMap) 和千人基因组计划 (1000 Genomes Project)。
3. NCBI蛋白质数据库3.1 UniProtUniProt 是全球最大的蛋白质序列和注释数据库。
它整合了来自不同来源的蛋白质序列数据和相关的注释信息。
UniProt 提供了蛋白质序列、结构、功能、亚细胞定位和表达等方面的详细信息，帮助研究者理解蛋白质的结构和功能。
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如果想进行更精确的检索，可以用双引 号 将 作 者 名 引 起 来 ， 再 加 [au] ， 如 “ Liu C”[au]
四、PubMed的基本检索功能（三）
3、杂志名检索
在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如 ：mol boil cell， 键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码）进行检 索，如1059-1524。
每页显示数目
显示格式 符合条件的记录 数
mRNA数量
不同物种记录数
在线获取序列方法 2
显示格式 符合条件的记录 数
mRNA数量 不同物种记录数
在线获取序列 方法3
Accession number
序列长度 数据类型
Definition: 标题
物种名称
GI number
基因名称 编码蛋白名称
二 . Genome
即基因组数据库，提供了多种
基因组、完全染色体、临近序列图 谱以及一体化基因物理图谱。
三. Structures
即结构数据库或称分子模型数据
库（ MMDB ），包含来自 X 线晶体学
和三维结构的实验数据。 MMDB 的数
据从PDB（Protein Data Bank）获得。
四. Taxonomy
Financial
Int’l Legal & Regulatory
Tax & Accounting
Scientific
Healthcare
11,500 Employees
9,900 Employees
4,400 Employees
3,100 Employees
2,600 Employees
2,800 Employees
六、检索结果的保存 1
六、检索结果的保存 2
文章数目
七、检索结果的链接(Links)
链接(Links) 链接外部资源——LinkOut
LinkOut 是链接到本站点外部信息的出口。可以与出版商
、信息集成者、图书馆、生物学数据库、序列中心等链接 来获取更多的相关信息。
链接带星号的LinkOut 是表明提供者需要订阅、会员资格
三、PubMed页面的结构 执行检索
基本检索输入框
侧栏提供其他检索如 期刊数据库检索、规 范词数据库检索、特 定文献检索
•Related Resources :
MeSH Database-主题词数据库 •Journal Database-杂志数据库 •Clinical Trials-对公众提供临床科研的当前信息
三大基因数据库之间的关系
GenBank
EMBL Data Library
Public free Available via Internet
DDBJ (DNA Data Bank of Japan)
在线获取序列（ entrez）方法1
1.进入entrez
3.查询关键词 2.选择数据库 4.开始查询
Process] 标志。工作人员在一周内将这
些记录标引，然后转入 MEDLINE ，同时
从PreMedline中删去。
New Data
PubMed
Collect
Pre-Medline
Process
Medline
PubMed
出版商提供的书目信息：出版商
提供的是整本期刊的信息，若有
部分没有被MEDLINE收录，PubMed 仍保存，在记录中做[PubMed--as
BIOSIS 与 MEDLINE的覆盖范围
MEDLINE 2919 独有 2043 shared BIOSIS 3071 BIOSIS (Biosciences Information Service, 美国生物科学信息服务社)
MEDLINE：联机医学 文献分析和检索系统
North American Legal
EMBL核酸序列数据库 由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成。
数据库网址是：/embl/。
DDBJ数据库 日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库。 DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/。
Taxonomy：微生物类别数据库
OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库。
一. Nucleotide(GenBank)
该数据库由国际核苷酸序列数据库成 员美国国立卫生研究院 GenBank 、日本 DNA 数据库 (DDBJ) 和英国 Hinxton Hall 的 欧洲分子生物学实验室数据库(EMBL）三 部分数据组成。
GenBank数据格式
该序列发表在哪篇论文中
基因序列提交Genbank
方法 1 在线提交
基因序列提交Genbank
方法 2 Sequin软件提交
共克隆、测序了北京油鸡风味特性基因43个，五指山小 型猪3个，虎源犬瘟热病毒基因4个，提交GenBank 50个。
序列 1 2 3 4 5 6 7 8 文件名 file BJIFNA0701.sqn file BJcCRABP.sqn file BJIL-18.sqn file BJPurh0701.sqn: file BJmusclin0701.sqn file BJTBP0701.sqn file BJIL-15.sqn file BJADSL0701.sqn: 提交编号 DBJASL0701 BJcCRABP-I0701 BJIL-180701 BJPurH0701 BJmusclin0701 BJTBP0701 BJIL-150701 BJADSL0701 收录号 EU334503 EU334504 EU334505 EU334506 EU334507 EU334508 EU334509 EU049886
据库中相关文献和序列信息。
一、PubMed数据库简介
PubMed 是美国国家医学图书馆 (NLM)下属的国家
生物技术信息中心 (NCBI) 开发的、基于 WWW 的医
学数据库查询系统。
PubMed的网址：
/pubmed
/entrez/query.fcgi
Library of
Medicine）
NIH是美国国立卫生研究院
（National Institutes of
Health）
NCBI中通过Entrez可互查的数据库
NCBI数据库
Nucleotide：DNA序列数据库
Protein：蛋白质序列数据库 Genome：基因组序列数据库 Structure：分子结构模型数据库 Popset：种群、种系发生或突变序列数据库
即生物学门类数据库，可以按
生物学门类进行检索或浏览其核苷 酸序列、蛋白质序列、结构等。
五. PopSet
包含研究一个人群、一个种系发生 或描述人群变化的一组组联合序列。
PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白
质序列数据。
六. OMIM
孟德尔遗传学(OMIM)数据库是人类 基因和基因疾病的目录数据库。该数据 库包括原文信息、图片和参考信息，同 时还可以链接到Entrez系统MEDLINE数
[PubMed--Indexed for MEDLINE] 标志。
MEDLINE
PreM edline
PreMedline：收集未正式给予MeSH词、
出版类型等深度标引信息的一个临时库。 NLM 每天把最新记录加入到 PreMedline
库 中 ， 每 条 记 录 均 带 有 [PubMed--in
2005 营业收入 87亿美元 为全球2千万用户提供服务 市值260亿美元，福布斯全球500强之一
二、通过PubMed可检索 到如下的信息
MEDLINE
PreMedline
出版商提供的书目信息
MEDLINE：是美国国立医学图书馆
MEDLARS系统中最大的生物医学数 据库，收录1966年以来70多个国家近 4300种生物医学期刊的书目信息和著 者文摘，每周更新。每条记录均带有
9
10
file BJAS0701.sqn:
file BJGPAT0701.sqn
BJAS0701
BJGPAT0701
EU049887
EU049888
举例：序列数据的查询
某天，Prof.
Gene发现人的Hela细胞中，有丝分裂 期间有异常情况：细胞不再分裂，而是开始凋亡( 表型，phenotype)，通过实验的方法，发现了与有 丝分裂期间某个蛋白可能相互作用的一个基因， 测序结果如下(genotype)：
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGA ACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGA GGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGT GTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCC ATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGA AGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAG AGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAG GAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGA TTGAGGCCTCTGGC