ncbi数据库检索解读
一步一步教你使用NCBI数据库资源解读
一步一步教你使用NCBI数据库资源随着ncbi数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找，数据分析的工具。
那么NCBI 数据如何使用，新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。
一综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)，即我们所熟知的NCBI 是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。
创办NCBI 的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。
除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
目前，NCBI提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、Entrez Gene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR等共计36种功能，而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能发展而来的。
1 NCBI最新进展1.1 PubMed搜索功能的增强去年，NCBI对PubMed进行了几项改进工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。
其中，搜索界面中新增了“Advanced Search”选项(这实际上是对以往“Limits”和“Preview/Index”功能的整合)，并且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过“论文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行搜索。
而且，“论文作者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。
现在，在PubMed数据库中进行文本搜索的同时还可以立即通过两个“内容传感器(content sensors)”进行分析。
NCBI 浏览,序列文件解读
NCBI 浏览，序列文件解读实验目的1. 了解NCBI上提供的数据库资源；2. 熟练掌握Entrez搜索序列的方法；3. 理解直系同源和并系同源的含义；4. 读懂GenBank序列文件。
实验内容1 对NCBI中一些数据库的资源进行解释1. GenBank库NCBI的GenBank是美国NIH下辖的一个核酸序列数据库，里面包含已注释过的所有公开的、具有一定可信度的DNA序列信息。
它与日本的DDBJ（the DNA DataBank of Japan）、欧盟的ENA（the European Nucleotide Archive）共同组成了国际协作核酸序列数据库（ International Nucleotide Sequence Database Collaboration）。
我们可以通过Entrez系统对自己感兴趣的核酸序列进行检索，并下载所想要研究的核酸序列，这种开源模式会大大降低生物学涉及序列研究的成本（一些生信干实验室的重要数据来源）。
2. Gene库NCBI的Gene数据库主要包含了已经完全测序的基因组，其将基因组图、序列、表型、结构、功能、定位与同源信息等基因特性联系起来，自然也可以查看搜索到的序列所包含的上述特性。
每条基因都会有一个唯一的识别码（GeneID）加以区分。
我们同样可以通过Entrez系统对Gene库中的基因组序列进行检索。
3. Geneme库NCBI的Genome数据库包含上千种生物的全基因组的序列和比对数据。
但要注意的是，其中不仅含有已完全测序的基因组，还有一部分是未完全测序的基因组。
4. Taxonomy库NCBI的Taxonomy数据库包含NCBI数据库中具有分子数据的350,000多种生物的名称和系统发育谱系。
它提供了一颗物种树（taxdump.tar.gz），并记录了节点的描述信息（names.dmp）以及树的上下游信（odes.dmp），以及lineage信息（rankedlineage.dmp）和 host 信息。
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
• BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种 比较方法可选择：
• Blastp：一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较 • Blastn：一个核酸序列与一个核酸数据库比较。 • Blastx：一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较，
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
Gene info：17号染色体
NCBI数据库的使用与功能介绍
功能注释：Gene Ontology
该基因定位于 人体第17条染 色体，基因表 示符为：NM-
001168.2 初步的功能分 析：细胞周期 ，caspase酶的 抑制因子等
NCBI的任务：
建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知 识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的 结构和功能的基于计算机的信息处理的先进方 法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库 和软件的使用 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力
NCBI数据库的使用与功能介绍
如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
mRNA序列：
蛋白序列：
NCBI数据库的使用与功能介绍
已知一基因序列：
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCA AGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATG GCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTT GGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAG ATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTT TCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTT TGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACC AACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCG TGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，提供了一系列的生物信息学工具和数据库，其中包括了著名的BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）。
在BLAST页面上，有多种不同的BLAST程序可供选择，包括基本本地比对（BLAST），快速本地比对（BLASTN），核酸-蛋白质比对（BLASTX），蛋白质-蛋白质比对（BLASTP）等。
选择合适的BLAST程序后，可以开始设置参数。
在参数设置中，最重要的是输入查询序列和选择数据库。
查询序列可以通过手动输入或者上传FASTA文件的方式进行。
数据库可以选择NCBI的预设数据库，如非冗余（nr）数据库、参考序列（refseq）数据库等，也可以选择本地自定义的数据库。
此外，还可以设置一些其他参数，如比对算法、匹配得分、序列相似度等。
设置完参数后，即可点击“BLAST”按钮开始进行比对。
在比对过程中，系统会显示出比对进度，一般来说，比对的时间会随着查询序列的长度和数据库的大小而变化。
一旦比对完成，系统会显示出比对结果。
比对结果将分为多个部分，包含了与查询序列相似的序列的信息。
其中，最重要的是Alignment summary（比对总结）和Alignment details （比对细节）。
比对总结中会给出比对的统计数据，如比对的得分、相似性的百分比等。
而比对细节则会展示每个相似序列与查询序列的具体比对情况，包括比对的位置、匹配的碱基、得分等信息。
此外，在比对结果中还会提供其他的相关信息，如序列注释、蛋白质功能预测等。
用户可以根据自己的需求对比对结果进行分析和解读。
总之，NCBI在线BLAST是一种非常方便实用的生物信息学工具，可以帮助用户找到与查询序列相似的序列，并提供详细的比对信息。
通过合理设置参数，并结合其他数据库和工具的使用，用户可以进一步探索序列相似性和功能预测等方面的问题。
如何在ncbi上检索
如何在ncbi上检索NCBI包括五个部分，第一部分是欢迎进入NCBI，包括NCBI的最新信息、计划与活动、读者来信、服务地址和用户评论等。
第二部分是基因序列数据库(GenBank)，包括基因库概述、检索与投稿。
第三部分是数据库服务，包括免费的PubMed检索、Entrez 检索、BLAST序列族性检索、电子邮件服务(详见本章第四节)、匿名FTP服务。
第四部分是NCBI的其它资源。
GenBank的检索在NCBI主页的第二部分点击"Searching GenBank"，即可进入GenBank的检索屏幕。
NCBI•提供了五种检索，即Entrez浏览检索、BLAST序列类似性检索、dbEST检索、dbSTS•检索和文本检索(Text Searching)。
一、Entrez浏览检索1.Entrez检索的数据库及其检索信息Entrez浏览器(Entrez Browser)可以检索以下与NCBI•链接的基因序列数据库的分子生物数据和书目文献资料。
••••(1) GenBank、EMBL、DDBJ中的DNA序列; ••••(2) SWISS-PROT、PIR、PRF、PDB中的蛋白质序列以及DNA序列数据库中翻译的蛋白质序列; ••••(3) 基因和染色体图像数据; ••••(4) PDB以及收入NCBI分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构; ••••(5) 通过PubMed检索Medline和PreMedline数据库。
••••2.Entrez检索功能••••Entrez提供了以下三种检索功能。
•• (1)自由词检索功能•••用户可以通过文本词、关键词、截词、期刊名或文献的作者检索Entrez数据库。
截词用*号，期刊名必须用Medline刊名缩写，作者姓名必须是姓在前，名在后，用首字母缩写。
••••(2)索引词表(List Terms)检索功能••••索引词表检索是当你键入检索词，Entrez•在你选定的字段中显示从该检索词开始的一个索引词表窗口，这时，你可以选择一个或几个词进行检索，这对单词拼写不准确时非常有用。
ncbi使用指导
NCBI使用指导1. 什么是NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是一个提供生物信息学相关服务的综合性数据库和资源平台。
NCBI的目标是收集、存储和分析全球生命科学研究数据，并为科学家和研究人员提供免费的访问和使用。
2. 注册和登录要使用NCBI提供的服务，首先需要注册一个账号。
在NCBI的官方网站上找到注册页面，填写相应的信息并创建账号。
注册成功后，可以使用注册邮箱和密码登录。
3. 常用功能介绍3.1 数据库搜索NCBI提供了多个数据库，包括PubMed、GenBank、BLAST等。
在首页可以看到这些数据库的链接。
通过点击相应的链接，可以进入对应数据库进行搜索。
3.1.1 PubMedPubMed是一个包含生命科学和医学文献的数据库。
在PubMed上可以搜索相关文献，并获取摘要或全文。
使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击文章标题可以查看详细信息。
- 可以通过邮箱将文章发送给自己或他人。
3.1.2 GenBankGenBank是一个包含DNA序列和相关注释信息的数据库。
研究人员可以在GenBank中搜索并下载DNA序列。
使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击序列编号可以查看详细信息。
- 可以将序列下载到本地。
3.1.3 BLASTBLAST是一种用于比对DNA、RNA或蛋白质序列的工具，可以找到与输入序列相似的序列。
使用方法： - 在搜索框中输入待比对的序列。
- 选择相应的数据库和参数设置。
- 点击搜索按钮，等待比对结果。
3.2 数据上传与下载NCBI允许用户上传自己的数据，并提供了相应的工具和接口。
同时，用户也可以从NCBI下载他人共享的数据。
美国NCBI网站基因组数据库使用和检索
收稿日期:2001-09-18美国N CBI 网站基因组数据库使用和检索李晓玲(复旦大学医科图书馆 上海200032) 【摘要】 针对基因组信息在生物信息学中日益占据重要的地位,介绍基因组数据库Genoma 的检索和使用特点。
【关键词】 生物信息学数据库基因组检索策略 【分类号】 G 250Using and Searching on NCBI GenomaLi Xiaoling(L ibrary of F udan University ,S hanghai 200032,China )【Abstract 】 T he ar ticle g iv es intro duction to sear ch st rateg ies and functio n of N CBI G enoma .【Keywords 】 Bioinfo rmat ics database N CBI G enoma Sear ch str ateg ies 美国国家生物技术信息中心(N ational Center for Biotechnolog y infor matio n NCBI )网站http://w w w.ncbi.nlm .nih .g ov 有一系列的生物信息学数据库,其集成系统Entrez 包括了序列报告数据库如N ucleotide 、蛋白质信息数据库Pr otien 、结构数据库Structur e 、基因组数据库G enoma 、遗传信息知识库O M IM 等。
其中G enoma 数据库向全世界提供免费检索特定有机体基因组的遗传学、物理学图谱和序列数据,从而在生物信息学中占据重要位置。
与其它基因组数据库比较,N CBI 网站的G eno ma 数据库具有图形功能强、检索系统全面、界面友好等特点。
本文主要介绍该数据库的使用和检索,以加强我国科技人员对它的认识和理解。
1 Genoma 基因组数据库的数据收录范围至2001年8月,该数据库收录了800多个有机体的基因组信息,这些基因组包括已经测定的有机体完整序列和正在测定中的序列。
如何看懂NCBIBLAST输出结果
如何看懂NCBIBLAST输出结果NCBI BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于比较生物序列之间的相似性的工具。
BLAST将一个查询序列与一个目标数据库中的序列进行比对，并输出比对结果。
下面将介绍如何看懂NCBI BLAST输出结果。
BLAST报告的不同部分提供了关于比对结果的详细信息。
以下是BLAST输出结果中的重要部分：1.查询信息：在输出结果的第一部分，会显示关于查询序列的信息，如查询序列的名称、长度以及描述。
这些信息可以帮助确认你是否正确提交了查询序列。
2.数据库信息：在查询信息的下方，输出结果会提供关于目标数据库的信息，包括数据库的名称、大小以及参与比对的序列数目。
这些信息可以帮助你了解比对参考的范围和样本数目。
3.参数信息：BLAST在进行比对时使用了一系列的参数，这些参数可以影响比对的灵敏度和特异性。
输出结果会显示用于比对的参数信息，包括比对算法、匹配得分、不匹配得分、开始扣分以及扩展扣分等。
这些参数提供了对比对结果的解释依据。
4.结果摘要：在参数信息的下方，会显示一个结果摘要表，提供了与查询序列最相似的多个数据库序列的信息。
这些信息包括数据库序列的名称、长度、比对得分以及比对的e值。
e值是一个表示比对结果的统计显著性的指标，越小表示比对结果越显著。
这些信息可以帮助你快速了解最相关的序列。
5.序列比对信息：在结果摘要之后，会显示每个比对的详细信息。
比对信息包括目标序列的名称和描述、比对长度、匹配得分、比对得分、e值以及比对图形。
比对图形以垂直线表示查询和目标序列之间的匹配，帮助你在比对中可视化相似区域。
6.比对统计信息：在序列比对信息之后，会显示比对的统计信息。
这些统计信息包括查询序列的覆盖率、比对序列的覆盖率以及总体比对得分。
这些信息对比对结果的解释和评估非常重要。
7.结果解释：在比对统计信息之后，会提供进一步解释和分析比对结果的信息。
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收集并储存大分子结构信息,部分来源于PDB
提供并及时更新后生生物的全基因组序列以及最为精确的注释. 是一个蛋白质信息最为准确的蛋白质数据库, 它所提供的蛋白质信息有着最详尽的注释和 最少的冗余..
5 UniProtKB\Swiss-prot
2.2.4 SRS 检索实例
已知BPMV的名字,查询其基因组的信息,核酸序 列信息,蛋白质序列信息和结构信息
第二章 数据库检索
2.1 综合性数据库 NCBI
2.1.1 NCBI简介
美国参议员Claude Pepper率先意识到信息计算机化过程 方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日 建立国立生物技术信息中心的立法. （National Center for Biotechnology Information , NCBI） . NCBI隶属于国立医学图书馆（ National Library of Medicing, NLM)。NLM在创立和维护生物医学数据库方面有 丰富的经验。
包含用于群体进化或变异研究的比对序列
准确的基因表达谱数据和大规模的分子实验数据
公众医学信息中心,是NLM在生命科学领域 Central数据库 期刊文献的数字存档 医学主题5 Bookshelf 数据库
16 OMIM 数据库
主要着眼于可遗传或遗传性的基因疾病,包括文献, 序列记录,染色体定位图谱及相关的数据库的链接
7 uniSTS数据库 8 基因数据库 9 UniGene数据库
可通过基因名称,同义词,编号,出版物,染色体号等属性 寻找基因 GenBank 中基因序列的集合
10 SNP数据库 11 PopSet 12 GEO数据库 13 PubMed
用于存储包括单核苷酸替换,一两个碱基的插入 或缺失等多态性信息
4 结构数据库
又称为分子模型数据库MMDB,包含从晶体结构和核磁 共振实验中确定下来的蛋白质等大分子结构信息,主要 来源于PDB,使用软件浏览结构
5 三维结构域数据库 6 保守域数据库
包含来自Entrez结构数据库的蛋白质结构域
蛋白质结构域数据库,从Pfam,SMART,COG数据 库中获得数据. 是一个整合的,非冗余的STS数据库
/
NCBI的任务
开发新的信息技术,来帮助理解控制健康和疾病 的基本分子和遗传过程 1 建立自动化系统用于储存和分析分子生物学, 生物化学和遗传学方面的知识 2 为研究人员和医学团体使用这些数据库和软 件提供便利 3 在国家和国际范围内搜集先进的生物技术信 息,为分析生物重要分子的结构和功能提供先进 的基于计算机的信息分析处理方案
2.1.3 Entrez 简介
是一个全局的生物医学搜索引擎,它可以检查的数据库主要包括 3类: 文献数据库: PubMed ,PubMedCentral,Journals,Books,OMIM,OMIA. 序列数据库: Nucleotide,Protein,Genome,Structure,SNP 其它数据库: Taxonomy, Gene,UniGene,HomoloGene, Conserved Domains,3D Domains, UniSTS,PopSet, GEO Profiles, GEO Datasets, PubChem BioAssay, PubChem Compound,PubChem Substance,Cancer Chromosomes, Probe,MeSH,Journals,NLM Catalog
5序列的下载
2.2 综合性数据库EMBL- EBI
2.2.1 EBI简介
EBI(欧洲生物信息学中心)全称是European Bioinformatics Institute，是一个非盈利性的学术机构 ，是欧洲分子生物学实验室（EMBL，全称是European Molecular Biology Laboratory）的一部分。它的主要 任务是建立、维护和提供生物学数据库以及信息学服务， 从而支持生物学数据的存放和进一步挖掘,位于德国海德 尔堡,是世界上著名的生命科学研究机构。
2.1.2 NCBI数据库介绍
1 全核苷酸数据库
Expression sequence tag ,EST, genome survey sequence,GSS, orenucleotide
2 蛋白质数据库
翻译DNA所得
PIR,SWISS-PROT PDB
3 基因组数据库
已测序物种的基因组视图,染色体完整序列图, 遗传图和物理图
提供免费数据和生物信息学服务 生物信息学研究 提供生物信息学培训 将技术应用于产业
2.2.2 EBI数据库简介
1 核酸序列数据库 与GenBank DDBJ同步 2 UniProt Knowledgebase 3 大分子结构数据库 4 Ensembl
通用蛋白质资源数据库, 最全面的储 存蛋白质信息的数据库
GenBank采用GBFF格式 实例： E. coli k-12全基因组序列文件
描述符
长度
生物分子类型
形状
分类码
数据第一次被公开的日期
2.1.4 Entrez 检索实例
已知菜豆斑驳病毒(bean pod mottle virus, BPMV)的 名字,查询BPMV的基因组信息,核酸序列信息,蛋白序列信 息和结构信息
BPMV
1 Genome数据库查询结果
2核酸数据库查询结果
3蛋白质数据库查询结果
4 结构数据库查询结果
SRS系统每次只能查询一个数据库
Genome数据库查询结果
数据库格式简介
历史原因：没有完全统一的数据库格式； 了解所用数据库格式的重要性 一般由两部分组成： 文字注释 内容（序列，……)
例子：EMBL和GenBank数据库的格式
EMBL和GenBank数据库的主要内容和格式
序列名称、长度、日期 序列说明、编号、版本号 物种来源、学名、分类学位置 相关文献作者、题目、刊物、日期 序列特征表 碱基组成 序列（每行60个碱基）