一步一步教你使用NCBI数据库资源
一步一步教你使用NCBI数据库资源
一步一步教你使用NCBI数据库资源一步一步教你使用NCBI数据库资源随着ncbi数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找，数据分析的工具。
那么NCBI 数据如何使用，新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。
一综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)，即我们所熟知的NCBI 是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。
创办NCBI 的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。
除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
目前，NCBI 提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、Entrez Gene、NCBI T axonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR等共计36种功能，而且都可以在NCBI的主页/doc/9813035280.html,上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能发展而来的。
1 NCBI最新进展1.1 PubMed搜索功能的增强去年，NCBI对PubMed进行了几项改进工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。
其中，搜索界面中新增了“Advanced Search”选项(这实际上是对以往“Limits”和“Preview/Index”功能的整合)，并且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过“论文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行搜索。
而且，“论文作者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。
一步一步教你使用-NCBI-查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计方案、BLAST-序列比对等
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
ncbi使用指导
ncbi使用指导导言：NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库。
NCBI提供了丰富的生物学资源，包括基因序列、蛋白质序列、科学文献等。
本文将为您介绍如何使用NCBI来获取和利用生物学信息。
一、注册NCBI账号在使用NCBI之前，首先需要注册一个账号。
在NCBI官方网站（）的主页上，点击右上角的“Sign In”按钮，并选择“Register for an NCBI account”。
根据提示提供相关信息，完成注册流程。
二、搜索和获取基因序列1. 打开NCBI网站后，点击主页上的“Search”按钮，进入搜索页面。
2. 在搜索框中输入您感兴趣的基因名称或者序列标识符，如“BRCA1”。
3. 点击“Search”按钮进行搜索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的基因序列，点击链接进入该基因的详细信息页面。
5. 在详细信息页面中，您可以获取该基因的序列信息，可以下载或拷贝该序列以供后续分析使用。
三、检索科学文献1. 在NCBI主页上方的搜索框中，选择“PubMed”为搜索目标。
2. 输入您感兴趣的科学文献关键词，如“cancer treatment”。
3. 点击搜索按钮进行检索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的文献，点击链接进入该文献的详细页面。
5. 在详细页面中，您可以阅读文章摘要，并根据需要下载全文或进行其他操作。
四、利用NCBI工具进行序列分析1. 在NCBI主页上方的菜单栏中，选择“Tools”进行工具选择。
2. 根据您的需求选择相应的工具，如“BLAST”进行序列比对分析。
3. 进入选择的工具页面后，按照提示上传或输入您的序列数据。
4. 设定参数并运行分析。
5. 分析完成后，您可以查看比对结果、序列保守性等信息，并进行进一步的分析和解释。
五、订阅NCBI数据库更新信息1. 在NCBI主页上方菜单栏中选择“NCBI Account”。
NCBI资源介绍及使用手册
NCBI资源介绍及使用手册NCBI 资源介绍本文目录：NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介NCBI 站点地图NCBI癌症基因组研究NCBI－Coffee BreakNCBI－基因和疾病NCBI－UniGeneCluster of Orthologous Groups of proteins（COG）介绍Gene Expression Omnibus （GEO）介绍LocusLink介绍关于RefSeq：NCBI参考序列NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介介绍理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。
通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。
阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。
数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。
挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
国立中心的建立后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。
NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。
NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。
它的使命包括四项任务：建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。
ncbi使用方法
ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。
以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。
2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。
3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。
4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。
5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。
6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。
7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。
8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。
NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白
NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个全球顶级的生物医学数据库，提供了大量的基因序列和相关的生物信息。
在这个教程里，我们将介绍如何在NCBI中基因转录本序列以及相关编码蛋白。
第一步：访问NCBI网站首先，打开你的浏览器，并输入 "NCBI"，然后点击按钮。
在结果中，选择并点击进入 "NCBI - National Center for Biotechnology Information" 的官方网站。
第二步：选择数据库在NCBI的官方网站中，你可以看到很多不同的数据库。
对于本教程，我们将使用 "GenBank" 数据库来基因转录本序列以及相关编码蛋白。
点击页面左上角的 "Databases" 菜单，然后选择 "Nucleotide" 数据库，它是用于基因序列的数据库。
第三步：基因转录本序列在 "Nucleotide" 页面中，你会看到一个框，可以输入你感兴趣的基因的名称或相关关键词。
在框中输入基因的名称或相关关键词，然后点击按钮。
此时，你将看到与该基因相关的转录本序列的结果列表。
除了查找基因转录本序列，你还可以使用NCBI相关的编码蛋白质序列。
在 "Nucleotide" 页面中，选择 "Protein" 或 "Protein database" 选项卡。
在框中输入与你感兴趣的蛋白质相关的关键词，并点击按钮。
此时，你将看到与该蛋白质相关的转录本或基因的结果列表。
点击结果列表中感兴趣的蛋白质，你将进入蛋白质的详细页面。
在这个页面上，你可以找到该蛋白质的序列以及其他相关信息。
总结：在NCBI中基因转录本序列及相关编码蛋白可以通过以下步骤完成：1.访问NCBI官方网站；2.选择 "GenBank" 数据库；3.你感兴趣的基因的名称或相关关键词；4.点击结果中的转录本，查看序列和其他详细信息；5.如果你想相关编码蛋白质，选择 "Protein" 选项卡，并输入相关关键词；6.点击结果中的蛋白质，查看蛋白质序列和其他相关信息。
NCBI数据库使用方法快速入门!
NCBI数据库使用方法快速入门！
Taxonomy界面，会显示该物种的Nucleotide和Protein，选择“Protein
Protein界面，点击“RefSeq”（该数据库包括具有生物意义上的非冗余基因、转录本和蛋白序列，使用人类基因命名委员会定义的术语，并且包括了官方的基因符号和可选的符号）：
二、蛋白信息查询
、将该文件导入搜库软件，可对蛋白进行定性分析，继而得到差异蛋白。
在NCBI Protein”，并输入差异蛋白的Accession Number，点击“Search”：
Protein界面，就会显示该蛋白的信息（如氨基酸个数、蛋白名称、蛋白序列和序列等）：
一般情况下，如果蛋白质组所研究的物种已经被测序，推荐使用Uniprot数据库作为搜库的数据库，如果所研究的物种在Uniprot数据库中蛋白数据较少，推荐使用NCBI数据库进行搜库。
好了，今天的介绍就到这里，感兴趣的小伙伴们收藏起来吧~希望对大家有所帮助！。
ncbi使用指导
ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。
该网站由美国国家卫生研究院（NIH）建立，旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。
以下是 NCBI 的使用指导：一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具，包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。
这些资源对于生物学和医学研究非常重要。
二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站：https:///2.在主页上，你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。
你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。
3.在数据库或工具页面，你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。
例如，在基因序列数据库中，你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。
三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库（GenBank）：提供了全球各种生物的基因序列信息。
2.蛋白质序列数据库（Protein Database）：提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。
3.基因组数据库（Genome Database）：提供了全球各种生物的基因组信息。
4.生物学文献数据库（PubMed）：提供了全球生物学和医学领域的文献信息。
四、NCBI 的实用工具1.BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。
2.Entrez：用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。
3.Coffee Break：用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。
五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时，请遵守相关的知识产权和版权规定。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
一步一步教你使用NCBI数据库资源随着ncbi数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找，数据分析的工具。
那么NCBI 数据如何使用，新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。
一综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)，即我们所熟知的NCBI 是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。
创办NCBI 的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。
除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
目前，NCBI提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、Entrez Gene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR等共计36种功能，而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能发展而来的。
1 NCBI最新进展1.1 PubMed搜索功能的增强去年，NCBI对PubMed进行了几项改进工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。
其中，搜索界面中新增了“Advanced Search”选项(这实际上是对以往“Limits”和“Preview/Index”功能的整合)，并且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过“论文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行搜索。
而且，“论文作者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。
现在，在PubMed数据库中进行文本搜索的同时还可以立即通过两个“内容传感器(content sensors)”进行分析。
一个“内容传感器”是根据作者姓名、所属杂志名称或杂志名缩写、出版日期、卷号或刊号等信息进行分析，然后将符合条件的搜索结果排列到结果列表的顶端。
另一个“内容传感器”是根据文章是否与用户给出的条件，例如是否与某种药物相关，在NCBI的新增数据库PubMed Clinical Q&A 中进行搜索，然后给出搜索结果。
1.2 新增primer-BLAST分析工具2008年，NCBI新增了设计、分析PCR引物的工具——Primer-BLAST。
Primer-BLAST的引物设计功能是基于NCBI 现有的Primer3程序发展而来的，Primer3程序可以为一段DNA模板序列设计PCR引物。
Primer-BLAST在设计出引物之后还在某些相应数据库中进行BLAST搜索，因此可以得到特异性引物，扩增出目的片段。
用户在给出DNA模板的同时还可以限定正向引物或反向引物，这样，NCBI就只会给出另一条引物。
如果用户给出了模板DNA和两条引物序列，Primer-BLAST就只会运行BLAST程序，帮助用户对引物进行分析。
用户也可以只给出两条引物而不给出模板序列，这时Primer-BLAST会通过BLAST程序分析出与这对引物最匹配的模板序列。
Primer-BLAST进行BLAST搜索的数据库包括RefSeq mRNA、BLAST nr和12种模式生物基因组数据库。
1.3 BLAST的改进及更新NCBI对BLAST进行了全新的改版，推出了最新的web BLAST report。
在最新的BLAST比对结果页面中，“图形化概要(Graphic Summary)”、“具体描述(Descriptions)”以及“序列比对(Alignments)”等部分页面都可以展开和收起。
此外，网页上还提供了“结果输出格式选项(Formatting)”和“结果下载选项(download)”，在下载选项中还新增了CSV格式下载。
这样，读者可以轻松地将BLAST的比对结果输入到表格处理软件中去。
另外，BLAST比对结果页面上的“Alignments”部分还提供了每一条命中序列在Entrez GENE 中的相关信息，这些信息包括基因名称、来源物种以及在PubMed数据库中与该基因有关条目的数目等。
“BLAST tree”结果输出模式可以测量不同序列间的距离，自动收起亚类信息等。
现在，可以以Newick 格式或Nexus 格式下载BLAST tree结果，也可以在进化树图中选择任一节点重新构树。
最后还要向读者介绍ncbi blast的一个新网址：URL: 。
NCBI建议读者都使用这个网址登陆NCBI BLAST，因为该BLAST使用更多的计算机进行分析，也具有更强的系统容错能力。
1.4 Entrez Gene改进及更新基因组注释工作当中有一项重要的工作就是定位基因重叠群序列(contig sequences)，即在染色体中找出某个基因的定位。
实际上基因组测序工作就是将许多基因重叠序列彼此拼接，最后拼出“完整(中间会有一些缝隙)”的基因组图谱。
这项工作可以直接将某个基因与某段基因重叠群序列对应起来，但不能直接将该基因与染色体联系起来，而这恰恰是生物学家最感兴趣的地方。
因此，为了能让用户在搜索基因的同时，也能了解到一些该基因在染色体中的定位情况，Entrez Gene推出了新的“Limits”服务，用户可以使用该服务在基因组范围内进行基因搜索。
用户可以在某个物种染色体的某个区域里进行基因搜索。
Entrez Gene会按以下三种顺序对搜索出的基因进行排序：1. 按照基因名排序。
2. 按照相关性排序，即按照结果与用户搜索所使用的关键词，例如基因名称等的匹配程度排序。
3. 按照基因重要性排序，即按照该基因在PubMed、Homologene、Protein Clusters、Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)或Bookshelf 中文献数量的多少进行排序。
2 ENTREZ 搜索系统2.1 EntrezEntrez数据库是一个整合了多个数据库的综合检索系统，它包含了35个不同数据库的信息，共收录有超过350,000,000条记录(表1)。
Entrez数据库支持使用简单的布尔查询(Boolean queries)方式进行文本搜索，可以下载不同格式的数据资料，还可以按照生物学关系提供与其它相关记录的链接。
这些链接给出的都是最简要的信息，例如会给出一条序列和报道该序列的论文摘要，或者会给出一条蛋白质序列的编码DNA序列或该蛋白质的3D结构图。
这种通过计算机运算，即基于比较序列相似性或PubMed中摘要的相似性，所给出的相关链接信息可以以最快的速度提供给用户大量的相关信息。
还有一种叫做“LinkOut”的功能将这种链接功能扩展到了与外部数据库，例如各物种基因组数据库之间的链接。
Entrez中搜索到的数据可以以多种格式输出，也可以打包下载或逐个下载。
2.2 My NCBIMy NCBI功能是为了方便用户储存个人配置信息，例如搜索条件、LinkOut参数或文件出处等而设的。
用户登陆自己的My NCBI帐户后，就可以进行保存搜索设置、管理邮件等操作了。
My NCBI中有一种称作“Collections”的功能可以让用户储存搜索结果和文献结果。
BLAST中也设有类似的功能，这样用户就可以使用同一条件进行多次比对了。
2.3 Entrez programming utilities(E-Utilities)E-Utilities(Entrez应用程序)由8种服务器程序组成，借助E-Utilities可以设置一套标准参数进行搜索、链接和下载数据(表2)。
用户可以到NCBI主页上的‘Entrez Tools’链接中了解更多有关E-Utilities的信息。
2.4 TaxonomyNCBI Taxonomy(分类)数据库在Entrez生物学数据库中起到了组织中心的作用。
该数据库为每一个分类学上的节点，从超界节点(superkingdoms)到亚种节点(subspecies)，提供数据链接服务。
分类数据库以每月增加2200个新分类单位的速度在增长，共收录有将近300,000种物种信息，这些信息为“属(genus)”级别，或者虽然未达到“属(genus)”级别，但在Entrez至少收录有一条该物种的核酸序列或蛋白质序列信息。
使用Taxonomy网页可以了解该物种在分类学上的地位，也可以在某一物种范围内对Entrez数据库进行搜索。
3 BLAST序列相似性搜索程序BLAST程序是一种进行序列相似性搜索的程序，它可以对核酸序列或蛋白质序列进行分析。
经过BLAST程序比对之后会得到各种序列结果，例如转录体序列(UniGene)信息、基因序列(Gene)信息、3D结构信息(MMDB)或芯片信息(GEO)等。
用户也可以使用My NCBI功能保留BLAST中设定的搜索题目、近期搜索结果和搜索参数等信息。
还有一种BLAST 程序——BLAST2Sequences程序，它可以对两条DNA序列或蛋白质序列进行比对，并获得一个点对点的比对结果。
BLAST程序也可以作为一个独立的程序下载到本地计算机上使用，用户可以到/blast/executables/LATEST/下载(表3)。
3.1 BLASTBLAST默认的比对信息数据库包括NCBI中的人类基因组数据库和人类RefSeq数据库。
比对之后，BLAST会按照评分高低、序列相似度对结果进行排序，另外BLAST还可以对小鼠数据库以及其它数据库进行比对。
蛋白质序列的默认数据库包括GenBank非冗余数据库、RefSeq、Swiss-Prot、PDB、PIR和PRF等。
此外，还包括这些数据库下的子数据库以及其它一些专利数据库和诸如核酸数据库等环境样品数据库(environmental samples)。
3.2 BLAST output formats标准的BLAST输出格式包括默认的配对比对格式(default pairwise alignment)、搜索定位的多序列比对格式(query-anchored multiple sequence alignment formats)、简单的可解析的Hit Table格式以及按照分类学给出的报告格式等。
一种叫做“按照同一性进行配对(Pairwise with identities)”的格式能更好地突出目标序列与检索序列之间的差别。
而Web BLAST中提供的树状浏览格式则会按照搜索出的目标序列与检索序列之间的距离不同将这些目标序列进行聚类，形成一幅树状图来显示结果。