NCBI数据库的使用与功能介绍课件
NCBI使用教程PPT
如：输入stem[ti] AND neuroscience Details显示：
(stem[ti] AND ("neurosciences"[MeSH Terms] OR neuroscience[Text Word]))
截词检索：treat* 强迫短语检索：“brca 1”（不再 自动转换匹配和扩展检索）
数据收录
MEDLINE 4300余种生物医学期刊，内容涉及医学、 护理、牙科、兽医、健康保健系统、前 临床医学等学科。这些期刊来源于美国 和世界上70多个国家和地区。 文献量达1千1百万条记录，并回溯到 1966年。 [indexed for MEDLIEN]
In process citation 提供MEDLINE尚未经规范处理的数 据。 获MeSH词后，再加入MEDLINE。 记录中[in process]的标记。
自动扩展检索 系统自动对主题词、副主题词进行 扩展检索，如： 输入“hypertension therapy,系统自 动将高血压的药物治疗、饮食疗 法，
三.PubMed的辅助检索功能
Limits（检索限制选择） 字段限制：著者、刊名、篇名、滤过（filter原 文收藏处）等 数据输入时间：默认检索可回溯到1966年， 限制选择30天-10年 7种文献类型限制： 7种语种： 12种子文档：(01年新增2种Space Life Sciences and Bioethics ）
期刊数据库 （Journal database）:
通过输入刊名、缩写名、等浏览期刊文 献。 提供电子原文的超链键。
临床问题 （Clinical Queri献，主要涉及治疗、诊断、病因、和 预后四个分类，并提供强调选择，即敏 感度（强调查全）或专指度（强调查 准）。
医学文献检索与利用课件 生物信息学数据库NCBI的检索与利用(浙大何晓薇)
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
PubMed
检索助手
NCBI Search Toolbar goPubMed
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
截至2009-10-10 共收录了5865个物种的基因组信息，其中 病毒类2276个，真核生物2117个，细菌1310 个，古生菌84个，类病毒40个，质粒38个 共收录基因组信息11080条 真核生物 Entrez Map View
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
生物信息利用
NCBI - Entrez 检索平台
① 词间默认逻辑关系为AND ② 短语检索加引号“”; ③ 使用的逻辑运算符有AND、OR 和
NOT; ④ 支持截词检索, 截词符用*表示
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
Termination line
序列名称、性质描述 序列接受号 序列定义 关键词 来源种属 来源分类 参文条目 参文作者 参文题目 参文出处 交叉索引 MEDLINE号 序列性质表头数据 碱基数目 序列开始标志 序列终止标志
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
检索字段限制
检索框/功能键 分子类型选择
Other Resources at My NCBI
Tutorials
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
My NCBI - What Is My NCBI & Getting Started
NCBI_blast_使用教程.pptx
Blast任务提交表单（二）
2.设置各种参数部分
设置搜索的范围，entrez关键词， 或者选择特定物种
一些过滤选项，包括简 单重复序列，人类基因
组中的重复序列等
E值上限
窗口大小 如果你对blast的命令行选项熟悉的话，可以在这里加入更多的参数
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Blast任务提交表单（三）
E值范围
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
3.设置结果输出显示格式
蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列6 框翻译后的蛋白质序列逐一比对。
核酸序列6框翻译成蛋白质序列，再和核 酸数据库中的核酸序列6框翻译成的蛋 白质序列逐一进行比对。
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Blast相关的问题
怎么获得blast服务,怎么使用的问题？
为什么使用blast，可以获得什么样的信息？
其他问题：实际使用时选择哪种方式（网 络，本地化），参数的选择，结果的解 释…
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本地WEB版的Blast
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Blast程序评价序列相似性的两个数据
Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这是
对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和的结果，一般来 说，匹配片段越长、 相似性越高则Score值越大。
E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸残基（或
碱基）随机排列的序列进行打分，得到上述Score值的 概率的大小。E值越小表示随机情况下得到该Score值的 可能性越低。
2.Blast介绍 Blast资源和相关问题
3.Blast的应用 网络版，单机版
4.深入了解Blast(改进程序，算法基础) 5.其他的序列相似性搜索工具（fasta）
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生物序列的相似性
相似性(similarity)： 是指一种很直接的数量关系，比如部
NCBI功能详细介绍
GenBank Overview大体信息•什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。
每条纪录都有编码区（CDS）特点的注释，还包括氨基酸的翻译。
GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
•纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，和同Entrez搜索字段的交叉索引。
•访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。
用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。
关于Entrez更多的信息请看下文。
用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。
用E-mail来访问Entrez和BLAST能够通过Query 和BLAST效劳器。
另外一种选择是能够用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
•增加统计- 参见发布通知的（每一个分类的统计），（每一个物种的统计），（GenBank增加）末节。
•发布通知，最新- 最近和即将有的转变，GenBank的分类，数据增加统计，GenBank的引用。
•发布通知，旧- 同上相同，是过去发布的统计。
•遗传密码- 15个遗传密码的概要。
用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
（向）GenBank提交（数据）•关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一样信息。
•BankIt - 用于一条或少数条提交的基于WWW的提交工具软件。
（请在提交前用VecScreen去除载体）•Sequin - 提交软件程序，用于一条或很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。
能够独立利用，或用基于TCP/IP的“network aware”模式，能够链接到其他NCBI 的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。
（请在提交前用VecScreen去除载体）•ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。
ncbi使用指导
NCBI使用指导1. 什么是NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是一个提供生物信息学相关服务的综合性数据库和资源平台。
NCBI的目标是收集、存储和分析全球生命科学研究数据，并为科学家和研究人员提供免费的访问和使用。
2. 注册和登录要使用NCBI提供的服务，首先需要注册一个账号。
在NCBI的官方网站上找到注册页面，填写相应的信息并创建账号。
注册成功后，可以使用注册邮箱和密码登录。
3. 常用功能介绍3.1 数据库搜索NCBI提供了多个数据库，包括PubMed、GenBank、BLAST等。
在首页可以看到这些数据库的链接。
通过点击相应的链接，可以进入对应数据库进行搜索。
3.1.1 PubMedPubMed是一个包含生命科学和医学文献的数据库。
在PubMed上可以搜索相关文献，并获取摘要或全文。
使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击文章标题可以查看详细信息。
- 可以通过邮箱将文章发送给自己或他人。
3.1.2 GenBankGenBank是一个包含DNA序列和相关注释信息的数据库。
研究人员可以在GenBank中搜索并下载DNA序列。
使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击序列编号可以查看详细信息。
- 可以将序列下载到本地。
3.1.3 BLASTBLAST是一种用于比对DNA、RNA或蛋白质序列的工具，可以找到与输入序列相似的序列。
使用方法： - 在搜索框中输入待比对的序列。
- 选择相应的数据库和参数设置。
- 点击搜索按钮，等待比对结果。
3.2 数据上传与下载NCBI允许用户上传自己的数据，并提供了相应的工具和接口。
同时，用户也可以从NCBI下载他人共享的数据。
美国NCBI网站基因组数据库使用和检索
收稿日期:2001-09-18美国N CBI 网站基因组数据库使用和检索李晓玲(复旦大学医科图书馆 上海200032) 【摘要】 针对基因组信息在生物信息学中日益占据重要的地位,介绍基因组数据库Genoma 的检索和使用特点。
【关键词】 生物信息学数据库基因组检索策略 【分类号】 G 250Using and Searching on NCBI GenomaLi Xiaoling(L ibrary of F udan University ,S hanghai 200032,China )【Abstract 】 T he ar ticle g iv es intro duction to sear ch st rateg ies and functio n of N CBI G enoma .【Keywords 】 Bioinfo rmat ics database N CBI G enoma Sear ch str ateg ies 美国国家生物技术信息中心(N ational Center for Biotechnolog y infor matio n NCBI )网站http://w w w.ncbi.nlm .nih .g ov 有一系列的生物信息学数据库,其集成系统Entrez 包括了序列报告数据库如N ucleotide 、蛋白质信息数据库Pr otien 、结构数据库Structur e 、基因组数据库G enoma 、遗传信息知识库O M IM 等。
其中G enoma 数据库向全世界提供免费检索特定有机体基因组的遗传学、物理学图谱和序列数据,从而在生物信息学中占据重要位置。
与其它基因组数据库比较,N CBI 网站的G eno ma 数据库具有图形功能强、检索系统全面、界面友好等特点。
本文主要介绍该数据库的使用和检索,以加强我国科技人员对它的认识和理解。
1 Genoma 基因组数据库的数据收录范围至2001年8月,该数据库收录了800多个有机体的基因组信息,这些基因组包括已经测定的有机体完整序列和正在测定中的序列。
图解NCBIBlast
图解NCBIBlast
生物信息的入门史诗级工具NCBI是我们日常接触最多的生物信息综合数据库，基础而不简单，关于它的使用可真是让笔者又爱又恨。
爱其功能强大，恨其复杂。
关于NCBI，笔者也写过其他的短文介绍其使用。
感兴趣的伙伴们自取了不起的NCBI Blast
从NCBI下载基因组数据的N种方式比较
今天又有小伙伴咨询NCBI Blast的使用方法。
借之前的一个ppt 内容，多图详细梳理NCBI blast在线工具的使用方法，希望对大家的工作用所帮助~
（注：以上部分截图内容来自于网络）
微信号：
Mypathogen
微微悦明
科学的乐趣是获得新知识的喜悦
高通量测序、大数据
病原微生物检测和监测
健康大数据行业资讯记录与分享
每一天获得一点微小的收获和进步。
小确幸的科研也很好。
与君共勉！。
NCBI_功能详细介绍[1]
![NCBI_功能详细介绍[1]](https://img.taocdn.com/s3/m/49dc9416964bcf84b9d57b9a.png)
GenBank Overview基本信息∙什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。
每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。
GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
∙纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
∙访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。
用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。
关于Entrez更多的信息请看下文。
用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。
用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query 和BLAST服务器。
另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
∙增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank 增长）小节。
∙公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。
∙公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。
∙遗传密码- 15个遗传密码的概要。
用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
（向）GenBank提交（数据）∙关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。
∙BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。
（请在提交前用VecScreen去除载体）∙Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。
可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。
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NCBI首先创建GenBank数据库，在重点开发 GenBank的同时，又于1991年开发了Entrez 数据库检 索系统。该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和 SWISS-PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE有 关序列的文献信息，并通过相关链接，将他们有机地 结合在一起。
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三级结构显示
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NCBI 数据库
——邱婷
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NCBI分子生物学数据库
美国国立医学图书馆
(NLM)于1988年11月4日 建立国家生物技术信息中 心(National Center of Biotechnology Information， 简称NCBI)
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National Center of Biotechnology Information
NCBI的任务：
建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知 识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的 结构和功能的基于计算机的信息处理的先进方 法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库 和软件的使用 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力
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National Center of Biotechnology
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获取蛋白质的序列信息
该蛋白质中包含142个氨基酸，序列标识符为：NP-001159.2
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获取FASTA序列
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Find domain
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填入蛋白质的FASTA序列并提交
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BIR domain
具有保守的功能结构域BIR
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Gene info：17号染色体
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功能注释：Gene Ontology
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该基因定位于 人体第17条染 色体，基因表 示符为：NM001168.2 初步的功能分 析：细胞周期， caspase酶的抑 制因子等
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以IL6基因为例：
如何查找基因序列、mRNA、Promoter 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
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利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子 Promoter
Map viewer是NCBI网站上提供的一个非常 有用的寻找基因的工具，通过Map viewer你可以 了解你感兴趣基因在基因组中所处的位置、基因 序列、内含子及外显子的排列、基因的细胞遗传 学图、EST、SNP等等许多有用的信息。
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mRNA序列：
蛋白序列：
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已知一基因序列：
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCA AGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATG GCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTT GGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAG ATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTT TCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTT TGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACC AACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCG TGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC
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利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子Promoter
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学习交流PPT14如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
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• Blastx：一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较， 可以用来发现未知核酸可能的蛋白产物。
• Tblastn：一个蛋白序列与翻译成所有读框的核酸数据库 比较。
• Tblastx：一个核酸的六种读框与一个核酸据库的六种读 框比较，但由于计算太复杂在网页中不能应用。
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1、这是哪个基因？ 2、编码的蛋白质 序列是怎么样的? 3、有没有保守的功能结构域？ 4、它的功能是怎样的？ 5、有没有三级结构？
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• BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种比 较方法可选择：
• Blastp：一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较
• Blastn：一个核酸序列与一个核酸数据库比较。