ncbi使用技巧,spss使用指南
怎样使用NCBI
怎样使用NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是一个提供生物医学和基因组学相关信息和工具的资源中心，为全球研究人员提供了公共数据库和计算工具。
NCBI不仅提供了各种数据库（如PubMed、GenBank和BLAST等），还提供了多种工具和程序包，可以帮助用户在完整的基因组中、分析和解释生物信息。
1. PubMedPubMed是NCBI最受欢迎的数据库之一，它提供了全球各领域生物医学和生物科学研究的相关文献。
用户可以在框中输入关键词来相关的医学文献，也可以使用高级功能来筛选文献。
在结果中，用户可以找到文献的摘要、全文和相关信息。
2. GenBankGenBank是NCBI的核心数据库之一，它收集和存储了全球各领域基因组学研究的DNA序列数据。
用户可以通过框中输入基因名、序列ID或其他相关信息来特定的DNA序列数据。
结果会提供序列的相关信息、注释、变异等。
3.BLASTBLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于在NCBI数据库中相似序列的工具。
BLAST可以用来比对一段DNA或者蛋白质序列与数据库中的其他序列进行比对，用户可以通过输入序列或者上传文件的方式使用BLAST。
BLAST结果会给出匹配的序列、相似度和其他相关信息。
4. Primer-BLASTPrimer-BLAST是一个用于设计引物（primers）的工具，该工具可以帮助用户设计用于PCR扩增特定DNA区域的引物。
用户可以在框中输入目标基因的序列，Primer-BLAST会自动生成一对合适的引物，并提供引物的相关信息和参数。
除了上述常用的NCBI工具和数据库外，NCBI还提供了其他许多强大且有用的工具和资源，如ClinVar（帮助研究人员了解基因变异与遗传疾病的关系）、Entrez（提供了多个数据库的交叉功能）和PubChem（提供化合物信息和化学数据库）等。
ncbi使用指导
ncbi使用指导摘要：一、NCBI简介1.NCBI的定义与作用2.NCBI的主要数据库二、NCBI数据库的使用1.基因数据库1.1 基因序列数据库1.2 基因表达数据库1.3 基因调控数据库2.蛋白质数据库2.1 蛋白质序列数据库2.2 蛋白质结构数据库3.核酸序列数据库3.1 核酸序列数据库概述3.2 核酸序列数据库的使用方法4.文献数据库4.1 PubMed简介4.2 如何利用PubMed进行文献检索三、NCBI工具的使用1.基因芯片数据分析工具2.基因序列比对工具3.蛋白质结构预测工具四、NCBI的进阶使用技巧1.如何利用NCBI进行基因注释2.如何利用NCBI进行基因家族分析3.如何利用NCBI进行共表达网络分析正文：一、NCBI简介CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供生物信息学资源的网站，它为全球科研工作者提供了大量的生物学数据和工具。
NCBI的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸序列数据库和文献数据库等。
二、NCBI数据库的使用1.基因数据库基因数据库包括基因序列数据库、基因表达数据库和基因调控数据库。
基因序列数据库提供了大量的基因序列信息，用户可以通过关键词搜索、序列相似性搜索等方式找到需要的基因序列。
基因表达数据库则提供了基因在不同生物体、不同组织、不同发育阶段的表达信息。
基因调控数据库则包含了基因调控相关的信息，如启动子、转录因子结合位点等。
2.蛋白质数据库蛋白质数据库包括蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库。
蛋白质序列数据库提供了蛋白质的氨基酸序列信息，用户可以通过序列相似性搜索找到相似的蛋白质序列。
蛋白质结构数据库则提供了蛋白质的三维结构信息，用户可以通过结构域、功能域等关键词搜索需要的蛋白质结构。
3.核酸序列数据库核酸序列数据库包括DNA序列数据库和RNA序列数据库。
ncbi使用方法
ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。
以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。
2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。
3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。
4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。
5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。
6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。
7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。
8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。
NCBI数据库使用方法快速入门!
NCBI数据库使用方法快速入门！
Taxonomy界面，会显示该物种的Nucleotide和Protein，选择“Protein
Protein界面，点击“RefSeq”（该数据库包括具有生物意义上的非冗余基因、转录本和蛋白序列，使用人类基因命名委员会定义的术语，并且包括了官方的基因符号和可选的符号）：
二、蛋白信息查询
、将该文件导入搜库软件，可对蛋白进行定性分析，继而得到差异蛋白。
在NCBI Protein”，并输入差异蛋白的Accession Number，点击“Search”：
Protein界面，就会显示该蛋白的信息（如氨基酸个数、蛋白名称、蛋白序列和序列等）：
一般情况下，如果蛋白质组所研究的物种已经被测序，推荐使用Uniprot数据库作为搜库的数据库，如果所研究的物种在Uniprot数据库中蛋白数据较少，推荐使用NCBI数据库进行搜库。
好了，今天的介绍就到这里，感兴趣的小伙伴们收藏起来吧~希望对大家有所帮助！。
ncbi使用指导
ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。
该网站由美国国家卫生研究院（NIH）建立，旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。
以下是 NCBI 的使用指导：一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具，包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。
这些资源对于生物学和医学研究非常重要。
二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站：https:///2.在主页上，你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。
你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。
3.在数据库或工具页面，你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。
例如，在基因序列数据库中，你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。
三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库（GenBank）：提供了全球各种生物的基因序列信息。
2.蛋白质序列数据库（Protein Database）：提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。
3.基因组数据库（Genome Database）：提供了全球各种生物的基因组信息。
4.生物学文献数据库（PubMed）：提供了全球生物学和医学领域的文献信息。
四、NCBI 的实用工具1.BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。
2.Entrez：用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。
3.Coffee Break：用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。
五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时，请遵守相关的知识产权和版权规定。
生物信息学NCBI的使用
生物信息学NCBI的使用生物信息学是一门交叉学科，将计算机科学与生物学相结合，旨在处理和分析大量的生物学数据。
美国国家生物技术信息中心（NCBI）是一个重要的生物信息学资源库，提供了广泛的生物学数据库和工具，供科学家和研究人员使用。
在本文中，我将介绍一些常用的NCBI资源和工具，以及它们在生物信息学研究中的应用。
首先，NCBI的核心数据库之一是GenBank，它是一个全球性的基因序列数据库，包含了各种物种的DNA序列、RNA序列和蛋白质序列。
科学家可以通过GenBank来查找特定基因或序列，并进行序列比对和进化分析。
此外，NCBI还提供了一些与GenBank相关的工具，如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool），可以根据序列相似性来和比对已知的序列，帮助研究人员找到相关的序列或标注。
除了GenBank，NCBI还维护着其他重要的数据库，如PubMed、PubMed Central和ClinVar。
PubMed是一个生物医学文献数据库，收录了许多科学期刊的摘要和全文。
研究人员可以使用PubMed来查找与特定主题相关的研究论文。
与此同时，PubMed Central是一个免费的全文文章存储库，提供了许多开放获取的研究论文。
而ClinVar是一个与遗传变异相关的数据库，其中包含了与疾病关联的人类基因突变信息。
此外，NCBI还提供了一些数据库和工具，用于分析和预测蛋白质结构和功能。
这些资源包括Protein Data Bank（蛋白质数据银行）和Protein BLAST。
蛋白质数据银行是一个用于存储三维蛋白质结构的数据库，提供了许多蛋白质结构的立体坐标和结构信息。
Protein BLAST是一个用于比对和比较蛋白质序列的工具，可以帮助科学家预测蛋白质的功能和结构。
总的来说，NCBI是一个重要的生物信息学资源库，提供了丰富的生物学数据库和工具，可以帮助科学家和研究人员进行各种生物信息学研究。
ncbi的使用方法
ncbi的使用方法
1.功能：
-在NCBI网站的主页上，可以找到一个栏。
在栏中输入关键词，可以特定的基因、蛋白质、序列或文献等。
-在结果页面中，可以使用筛选器（过滤器）来缩小范围，例如按照物种、文章类型、出版日期等进行筛选。
2.数据库浏览：
- NCBI拥有多个数据库，包括GenBank、PubMed、Protein、Nucleotide等。
用户可以通过点击导航栏上的“主页”选择相应的数据库。
- 在每个数据库页面上，用户可以找到相关的方法和信息。
例如，在GenBank数据库页面上，用户可以和浏览基因序列的信息。
- NCBI 的PubMed数据库提供了数百万篇生物医学文献的摘要和全文信息。
用户可以通过在栏中输入关键词来特定的文献。
- 在结果页面上，用户可以点击文章标题来查看摘要，进一步点击“Full Text”或“PDF”链接来获取全文。
一些文章可能需要订阅或付费获取。
- 用户还可以使用PUBMED Central（PMC）数据库来获取免费的全文文章。
4.序列和分析：
- NCBI 的Nucleotide和Protein数据库提供了大量的基因和蛋白质序列。
用户可以通过在栏中输入基因或蛋白质的名称、序列号或其他相关信息来相应的序列。
- NCBI还提供了一些序列分析工具，例如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool），可以对新序列进行比对和分析。
6.创建和保存历史：
7.利用NCBIAPI：。
ncbi使用指导
ncbi使用指导NCBI是美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）的缩写，是一个提供生物医学和遗传学相关数据和信息的数据库。
NCBI提供了许多工具和资源，以帮助研究人员在基因组学、蛋白质学、遗传学和生物信息学等领域进行研究。
以下是使用NCBI的一些基本指南：1. 访问NCBI网站：使用任何现代网络浏览器，打开NCBI的主页（https://）即可开始使用。
2. 搜索文献：在NCBI主页上的搜索框中，输入你要搜索的关键词，如基因名、疾病名或其他相关的信息。
点击“搜索”按钮，即可看到与你的搜索关键词相关的论文和研究。
3. 搜索序列：如果你希望搜索某个特定基因或蛋白质的序列，可以使用“基因”或“蛋白质”选项卡下的搜索工具。
在搜索框中输入你要搜索的序列信息，点击“搜索”按钮，即可找到与该序列相关的信息和研究。
4. 访问数据库：NCBI提供了许多数据库，如GenBank（基因组数据库）、PubMed（文献数据库）和BLAST（序列比对工具）。
你可以使用NCBI的导航菜单，选择你感兴趣的数据库进行浏览和搜索。
5. 下载数据：在NCBI的数据库中，你可以找到大量的基因组序列、蛋白质序列和其他相关数据。
你可以通过点击数据记录的链接，进入详情页，然后选择下载你需要的数据文件或信息。
6. 利用NCBI工具：NCBI还提供了一些生物信息学工具，如BLAST（序列比对工具）、Primer-BLAST（引物设计工具）和Gene Expression Omnibus（基因表达数据库）。
你可以使用这些工具进行基因序列比对、引物设计和基因表达分析等。
7. 阅读文献：NCBI的PubMed数据库是一个广泛的生物医学文献数据库，你可以使用关键词搜索文献，并阅读或下载全文。
你还可以使用PubMed Central（PMC）访问免费的全文文章。
总之，NCBI是一个丰富的生物医学信息资源，提供了许多工具和数据库，以帮助研究人员进行基因组学和生物信息学研究。
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Entrez 应用举例
输出相关序列3784条 有待进一步筛选：限制物种来源( 输出相关序列3784条，有待进一步筛选：限制物种来源(小鼠 Mus musculus)、限制分子为mRNA (排除未经实验验证的预测 musculus) 限制分子为mRNA (排除未经实验验证的预测 序列) 序列)。
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蛋白质序列数据库
世界主要蛋白质序列数据库
(3) TrEMBL (translation of EMBL) 建立于1996年，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的蛋白质数据库。 建立于1996年，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的蛋白质数据库。 相似的还有GenPept GenBank) 相似的还有GenPept (GenBank)数据库。
Entrez 应用举例
NM_148952： 小鼠E2F转录因子 NM_148952： 小鼠E2F转录因子-4。 转录因子-
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序列文件格式： 序列文件格式：FASTA 格式
GI号 号 登录号 名称 标题行
序列行
1. 2.
标题行：文件的第一行，以大于号“> 标题行：文件的第一行，以大于号“>”开始，不换行。内容可自 定义，包括基本信息和简单注释； 序列行：文件第二行起至结束，中间不得有空格。
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NCBI 数据库检索系统 Entrez
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Entrez 应用举例
检索主题：小鼠(mouse)转录因子 --E2F mRNA的核酸序列 转录因子(TF) 检索主题：小鼠(mouse)转录因子(TF) --E2F mRNA的核酸序列 检索过程：NCBI主页 Search对话框输入关键词 对话框输入关键词”E2F”， 检索过程：NCBI主页 All Databases 在Search对话框输入关键词”E2F”，
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核酸序列数据库
以核苷酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界三大核酸数据库
1. GenBank in USA ( ) 2. EMBL in Europe ( /embl ) 3. DDBJ in Japan ( http://www.ddbj.nig.ac.jp ) 1998年，GenBank, 1998年，GenBank, EMBL, DDBJ共同成立国际核酸序列数据库协会 DDBJ共同成立国际核酸序列数据库协会 (INSDC, )，实现了全球范围内的核酸序列的同步更 新和交换互享。
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NCBI 数据库检索系统 Entrez
Entrez为基于万维网 Entrez为基于万维网 NCBI数据库检索 的NCBI数据库检索 系统， 系统，通过输入关 键词， 键词，运用布尔算 可在NCBI NCBI所有 符，可在NCBI所有 数据库中进行文本 搜索。 搜索。
点击进入 Entrez主页 主页
生物信息技术应用
分子序列比对分析
Sequence alignment
Contents
1 序列数据库 2 成对序列比对与 成对序列比对与BLAST工具 工具 3 多重序列比对与 多重序列比对与Clustal工具 工具 4 序列比对的应用
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1 序列数据库 基本类型： 基本类型： 初级数据库 收录、存储序列的基本数据资源，如核酸（蛋白质）序列、 收录、存储序列的基本数据资源，如核酸（蛋白质）序列、 蛋白质空间结构及基因组信息。 蛋白质空间结构及基因组信息。 次级数据库 在初级库资源基础上进行整理和标注， 在初级库资源基础上进行整理和标注，为特定专业领域服 务的派生数据库，如表达序列标记、微列阵（基因芯片）、 务的派生数据库，如表达序列标记、微列阵（基因芯片）、 代谢和信号途径、遗传疾病数据库、免疫数据库等等。 代谢和信号途径、遗传疾病数据库、免疫数据库等等。
Research Collaboratory for Structural Bioinformatics
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GenBank
National Center for Biotechnology Information (NCBI) National Library of Medicine National Institutes of Health /
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蛋白质序列数据库
世界主要蛋白质序列数据库
(2) SwissProt 1986年始创于瑞士日内瓦大学 ，现由瑞士生物信息学研究所(SIB)和 1986年始创于瑞士日内瓦大学 ，现由瑞士生物信息学研究所(SIB)和 欧洲生物信息学研究所(EBI)共同管理和维护。 欧洲生物信息学研究所(EBI)共同管理和维护。 ( http://www.expasy.ch/sprot/ ) SwissProt数据库的特点：所有序列条目经过专家核实，可靠性与可 SwissProt数据库的特点：所有序列条目经过专家核实，可靠性与可 信度高；注释详细，包括蛋白质的功能、序列及结构域的结构、翻译后 修饰及其位点、突变体等
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Entrez 应用举例
最后命中168条 从中选中NM_148952，以待详细分析。 最后命中168条，从中选中NM_148952，以待详细分析。
直接进入序列文件，或点 直接进入序列文件，或点”reports”， ， 可选”Graphic”图形显示 可选 图形显示
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ห้องสมุดไป่ตู้
FASTA为最简单的序列（核酸或蛋白质）格式 FASTA为最简单的序列（核酸或蛋白质）格式
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序列文件格式： 序列文件格式： GenBank 格式
GenBank 格式注释信息丰富全面，属文本文件，包括4部分： 格式注释信息丰富全面，属文本文件，包括4 1. 头部：含名称、定义、识别码、物种来源等基本信息； 头部：含名称、定义、识别码、物种来源等基本信息； 2. 引文区：含相关文献信息。 引文区：含相关文献信息。 3. 序列特征表：含序列的编码区、非编码区、功能域、修饰或突变位 序列特征表：含序列的编码区、非编码区、功能域、修饰或突变位 点、翻译序列等众多注释信息 4. 序列区：序列本身 序列区：序列本身
TrEMBL、GenPept数据库的特点：序列条目来自核酸序列库的翻译， TrEMBL、GenPept数据库的特点：序列条目来自核酸序列库的翻译， 即时性强；但未经专家的注释、分析和核实，因而错误率和冗余度都较 高。
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蛋白质序列数据库
全球统一的蛋白质序列与功能数据库
UniProt (Universal Protein Resource, 通用蛋白质资源) 通用蛋白质资源) ( / ) 2002年，PIR、SIB、EBI合并了分属其下的PIR-PSD、Swiss-Prot和 2002年，PIR、SIB、EBI合并了分属其下的PIR-PSD、Swiss-Prot和 TrEMBL数据库，形成了统一的蛋白质数据库UniProt TrEMBL数据库，形成了统一的蛋白质数据库UniProt 截止2008年 月，UniProt共收录蛋白质序列 6,462,751个 截止2008年8月，UniProt共收录蛋白质序列 6,462,751个
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蛋白质序列数据库
以蛋白质氨基酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界主要蛋白质序列数据库
(1) PIR-PSD (Protein information resource-protein sequence database) PIRresourcefounded by NBRF of USA (美国国家医学研究基金会) in 1984 (美国国家医学研究基金会) ( / ) 1988年，日本国际蛋白质信息库(JIPID) 1988年，日本国际蛋白质信息库(JIPID)和德国慕尼黑蛋白质序列信 息中心(MIPS)加入PIR，合作成立了国际蛋白质信息中心（PIR息中心(MIPS)加入PIR，合作成立了国际蛋白质信息中心（PIRInternational）。PIR为较全面和权威注释的蛋白质数据库，具有非冗余、 International）。PIR为较全面和权威注释的蛋白质数据库，具有非冗余、 高质量注释和分类全面等特点。
头 区
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GenBank 格式
Locus 行信息： 行信息： 1. Locus name； name； 2. Sequence length; 3. Type of Molecule: DNA, mRNA, cDNA 4. Taxonomy：PRI – primate(灵长类) 、ROD – rodent(啮齿类)、 MAM Taxonomy： primate(灵长类) rodent(啮齿类) other mammalian (其它哺乳类)、VRT - other vertebrate(脊椎动物）、 (其它哺乳类) vertebrate(脊椎动物）、 INV – invertebrate sequences、PLN - plant, fungal, and algal; BCT sequences、 bacterial; VRL - viral, PHG - bacteriophage, SYN - synthetic; UNA bacteriophage, unannotated; unannotated; EST - expressed sequence tags … 5. Date: 上传或最近修改时间
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NCBI 数据库检索系统 Entrez
Entrez为基于万维网的NCBI数据库检索系统， Entrez为基于万维网的NCBI数据库检索系统，通过输入关 为基于万维网的NCBI数据库检索系统 键词，运用布尔算符，可在NCBI NCBI所有数据库中进行文本搜 键词，运用布尔算符，可在NCBI所有数据库中进行文本搜 索。