肠道菌群研究方法进展_窦会娟
肠道菌群研究方案设计汇总
肠道菌群研究方案设计汇总肠道菌群研究方案设计汇总研究菌群与疾病，从整体上看，无外乎三种模式：关联关系探究、因果关系探究和应用菌群干预疾病的研究。
这三个方面相互关联且独立。
关联一、疾病与菌群关联关系类研究①特征菌群类研究此类研究的主要目的是客观地描述人体菌群组成的特征，解释某种疾病或现象与其共生菌群的关系。
研究思路包括确定研究目的，如研究长寿人群家族肠道菌群特征，收集严格明确的研究对象范围，并使用16S rRNA或宏基因组测序等方法进行研究。
此类研究方法相对简单，通过设立疾病组和健康组，对大样本量进行比较研究，确定特定人群的特征微生物组成。
目前，此类文章已经发表了很多，几乎各种疾病与肠道菌群的关系都有涉及。
想要发表高质量的文章，选题角度一定要新颖，需要的样本量较大，最好结合代谢组学等其他组学做多组学关联分析。
在找到差异菌群的同时，对差异的代谢通路进行关联分析，这样文章相对容易上档次。
②菌群影响因素类研究影响肠道菌群的因素有很多，如遗传、生活方式、饮食惯、运动、生活环境等。
例如，对新生婴儿菌群组成影响因素的研究，比如分娩方式、孕期饮食、喂养方式（母乳、提前添加辅食、配方奶粉）、早产儿等，研究对婴儿肠道菌群影响的因素，对后续指导和维护婴儿健康有重要的作用。
因果干预二、疾病与菌群因果关系类研究①细菌功能验证及疾病机理研究此类研究的思路包括确定一种或几种目标菌，利用动物实验对该菌进行验证，通过分析临床理化指标，探讨该菌与疾病的关系。
接着，收集处理后动物模型粪便样本，测序，探讨该菌如何影响肠道菌群致病或改善疾病。
最后，结合临床指标、理化结果、微生物结果，综合分析作用机制。
②疾病的发生发展与菌群相关性研究此类研究的思路包括研究疾病是否与微生物有关联，设计健康组和疾病组，通过比较健康组和疾病组的微生物组成，找出疾病与健康状态下差异的微生物，结合临床指标，确定与疾病显著相关的微生物。
接着，研究疾病与微生物之间的因果关系，通过比较不同疾病进程目标样本中微生物的组成，研究随着疾病的发展，微生物的变化趋势，找出随疾病进程变化一致的驱动菌，继而确定微生物对疾病是否有促进作用。
人类肠道菌群的研究进展
人类肠道菌群的研究进展肠道菌群，即肠道微生物，它是人类体内最为庞大的微生物群落之一，有着非常重要的生理和代谢功能。
正常人体内大约有100万亿（10^14）个微生物，其中包括数千种不同的细菌、真菌、病毒和寄生虫。
这些微生物主要分布在人体的肠道、皮肤、口腔、泌尿系统等部位。
在这些细菌中，大多数是有益的，并对人体的生理、代谢、营养吸收等多个方面发挥着关键作用。
人类肠道菌群的研究历程可以追溯到20世纪初期。
起初，人们只是对一些肠道细菌的分类、数量和分布进行了一些简单研究。
随着科技进步和技术手段更新，对肠道菌群的研究也迎来了突破性的发展。
下面就来介绍一下肠道菌群研究的最新进展。
一、微生物群落组成和多样性分析随着新一代测序技术的进一步发展，越来越多的研究发现人类肠道菌群的组成和多样性与健康状态密切相关。
例如，有些研究表明，肠道微生物的多样性与人体免疫系统的稳定性有着密切的关系，并可以预测肠道疾病的发生和发展。
近年来，越来越多的科学家和医生开始意识到人体与微生物群落之间的相互作用，并提出了以肠道菌群为重点研究的整体健康观念。
二、肠道菌群对人体代谢的影响人类肠道菌群的组成及数量可以影响人体内多种代谢反应的进行。
例如，有研究表明肠道细菌可以促进人体吸收微量元素和维生素、调节血糖、脂肪和蛋白质的代谢等。
肠道菌群也可以产生多种有益物质，如丁酸、丙酸等，这些物质对维护肠道健康和整体代谢有着重要的作用。
三、肠道菌群与多种疾病的关系肠道菌群与多种人类疾病的关系已经成为当前研究的热点。
一些研究表明，慢性肠道疾病、肥胖、糖尿病、心血管疾病等都与肠道微生物群落的异常有关。
这些研究的发现为疾病的预防、诊断和治疗带来了新的思路。
四、肠道微生物的功能分析人类肠道微生物可以为人体提供许多生理和代谢上的帮助。
例如，一些能够在人体内产生叶酸和维生素K的肠道细菌，可以帮助人体维持血液凝固机制的稳定性。
此外，肠道细菌还能够分解多种不易被人体消化的食物成分。
2024肠道菌群在强迫症治疗中的研究进展(完整版)
2024肠道菌群在强迫症治疗中的研究进展（完整版）摘要强迫症是—种病因未明的致残性精神障碍，其发生发展过程与肠道菌群的关联尚未被完全阐明。
虽然强迫症的确切发病机制尚不清楚，但现有证据表明脑肠轴通过免疫炎症、神经递质及内分泌等多条通路参与强迫症的发生发展。
本文综述了肠道微生物群参与强迫症病理生理学的新证据及其作为新的治疗手段的潜力，同时总结了目前脑肠轴研究的主要研究方法和不足。
探讨了益生菌和粪便移植等微生物重组策略在强迫症治疗中的潜力和挑战，并对未来的研究方向进行了展望，期待通过对脑肠轴的深入研究能够为强迫症的防治提供新的靶点和方向。
强迫症是—种以反复持久出现的强迫观念(obsession)和（或）强迫行为(compulsion)为基本特征的病因未明的精神疾病［1]。
世界卫生组织将强迫症定位为世界十大致残性疾病之—[2 ]。
据统计，强迫症的终生患病率为0.8%~3%[ 3 ] ，其发病呈双峰分布，第—个高峰在青春期前（平均年龄三11岁），第二个高峰在成年早期（平均年龄22~24岁1有关强迫症病理生理学机制的研究—直是精神卫生领域的焦点问题，学者们从神经解剖、神经生化、神经心理、免疫及基因遗传学等多学科角度开展了系列研究，但仍未达成普遍共识。
同时，由千已有的药理机制治疗—直处千较低的治疗反应率，因此可能还有其他的病因途径有待探索。
随着测序技术的进步，“微生物－肠道－大脑轴',(microbiota-gut-brain, MGB)轴逐渐成为各个领域的研究热点，有研究发现肠道菌群参与了自闭症、精神分裂症、情感障碍、帕金森病等疾病的发生发展。
但关千MGB与强迫症的研究，目前还处于起步阶段。
本文综述了肠道菌群参与强迫症病理生理机制的新证据和研究手段，并探讨其作为潜在靶点在新治疗方法中的作用，旨在为强迫症发病机制的研究和诊疗手段的选择提供新思路。
—、“微生物报5道－大脑＂轴肠道菌群是人类胃肠道中微生物的集合体，它在调节肠脑轴方面的作用似乎与心理健康密切相关。
肠道菌群与人类健康研究进展
肠道菌群与人类健康研究进展肠道菌群是生活在人体肠道内的微生物群落，与人体健康有着密切的。
近年来，随着微生物组学研究的深入，肠道菌群在人类健康中的作用逐渐受到重视。
本文将概述肠道菌群的概念、历史及其在人类健康中的重要性，并探讨近年来相关领域的研究进展及未来研究方向。
肠道菌群是由多种微生物组成的复杂生态系统，这些微生物通过与人体之间的相互作用，对人体的消化、代谢、免疫等方面产生影响。
早在20世纪初，科学家们就开始研究肠道菌群与人类健康的关系。
随着科学技术的不断发展，人们对肠道菌群的认识逐渐深入，肠道菌群在维护人体健康方面的作用也越来越受到。
肠道菌群通过影响人体的消化、代谢、免疫等方面，对人类健康产生影响。
研究表明，肠道菌群失调与多种疾病的发生密切相关，如肥胖、糖尿病、炎症性肠病等。
通过对比不同疾病患者与健康人的肠道菌群，科学家们发现疾病患者的肠道菌群多样性减少，有害菌增多，有益菌减少。
肠道菌群的调节机制主要包括遗传、环境、饮食等因素。
近年来，研究发现肠道菌群受到宿主代谢的影响，而肠道菌群也可以通过影响宿主代谢来调节人体健康。
例如，益生菌可以通过调节肠道屏障功能、影响脂肪和糖代谢、增强免疫功能等方式来改善人体健康状况。
益生菌是指对宿主有益的肠道微生物，如双歧杆菌、乳酸菌等。
研究表明，益生菌可以通过调节肠道菌群、增强免疫力等方式来改善人体健康状况。
益生菌还可以缓解抗生素使用引起的肠道菌群失调，减少抗生素相关腹泻等不良反应。
肠道菌群与人类健康之间的关系研究已经取得了一定的进展，但仍存在许多问题和争议。
不同研究之间存在差异，部分研究结果可能受到研究方法、样本选择等因素的影响。
肠道菌群与疾病之间的因果关系仍需进一步探讨，部分研究发现可能仅仅是相关性而非因果性。
益生菌的应用方面也存在一些问题，如益生菌种类和剂量的选择、益生菌的安全性等。
为了进一步深入探讨肠道菌群与人类健康之间的关系，未来的研究方向包括：进一步探讨肠道菌群的作用机制，特别是肠道菌群如何影响人体代谢、免疫等方面的研究；加强肠道菌群与常见疾病发生发展之间关系的研究，为疾病的预防和治疗提供新的思路；开展大规模、多中心的临床研究，以验证益生菌在改善人体健康方面的效果；研究不同人群肠道菌群的差异，为个体化营养和健康管理提供依据；益生菌的安全性及其对肠道微生态的长期影响，为益生菌产品的研发和应用提供科学支持。
使用生物大数据技术研究肠道菌群的技巧与方法
使用生物大数据技术研究肠道菌群的技巧与方法在近年来，随着生物大数据技术的发展和应用，研究人员们开始运用这一技术来探索肠道菌群的复杂生态系统。
肠道菌群是人类肠道中的微生物群落，包括细菌、真菌、病毒等多种微生物。
它与宿主的健康密切相关，并在多种疾病的发生和发展过程中发挥重要作用。
本文将介绍使用生物大数据技术研究肠道菌群的一些常用技巧和方法。
首先，研究肠道菌群的第一步是采集样本。
肠道菌群的研究样本通常包括粪便、肠粘膜组织、粪便样本较为常用，因为它们易于采集和处理，且能够代表整个肠道菌群的情况。
对于小鼠等实验动物样本，还可以通过剖腹手术获取肠道组织样本。
采集样本时应尽量避免污染，使用无菌器皿和工具，以确保样本的纯净性。
其次，对采集的样本进行DNA提取是分析肠道菌群的关键环节。
DNA提取的方法可以根据样本性质进行选择，常用的方法包括基于细胞壁的裂解方法、宏基因组提取方法等。
DNA提取过程中注意保持无菌操作，避免污染，确保获取到高质量的DNA样本。
接下来，利用生物大数据技术进行肠道菌群的分析与研究。
生物大数据技术包括16S rRNA测序（代表性的方法为高通量测序），以及宏基因组测序方法。
16S rRNA测序可用于分析菌群的组成与结构，通过对16S rRNA基因序列的测定，可以区分不同的菌属、菌种，并进行物种多样性和群落结构的分析。
宏基因组测序可以更全面地了解菌群的功能特征，包括其代谢能力、抗药性等。
这两种方法可以相互补充，提供对肠道菌群的详细描述。
在分析过程中，通常使用生物信息学软件进行数据处理与分析。
例如，可以使用QIIME（Quantitative Insights Into Microbial Ecology）或mothur等软件进行菌群的OTU（操作分类单位）分析，得到菌群丰度和多样性等信息。
此外，还可以使用PICRUSt（Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States）等工具进行功能预测，从而了解菌群在代谢和功能方面的潜在作用。
人类肠道微生物群落的研究进展
人类肠道微生物群落的研究进展肠道微生物群落作为一个与人类健康密切相关的领域，近年来备受关注。
肠道内的细菌、真菌和病毒等微生物，形成了一个近乎庞大的生态系统。
这个系统对人类身体健康的影响极为广泛，从保持肠道健康到调节免疫系统和影响情绪等等。
因此，对于肠道微生物群落的研究已经成为人类健康领域的一个重要分支。
人类肠道微生物群落与健康的关系肠道微生物群落在人类健康中的作用远远不止于和肠道健康相关。
它们还能通过多种途径，影响人类健康的方方面面。
消化系统：肠道微生物群落在消化过程中扮演了重要角色。
它们帮助我们消化食物，同时促进营养物质的吸收。
例如，肠道内的益生菌能够帮助我们分解并消化肉类和纤维素等难以消化的食物成分。
免疫系统：肠道微生物群落也与我们的免疫系统密切相关。
它们可以促进免疫系统的功能，保护我们不受感染和疾病的侵害。
同时，肠道微生物群落还能帮助缓解炎症和调节免疫系统平衡。
情绪：越来越多的研究表明，肠道微生物群落还能影响我们的情绪和行为。
例如，肠道菌群的失调可能会导致抑郁和焦虑等异常情绪的产生。
随着肠道微生物群落研究的不断深入，我们对其组成和作用的认识也不断提高。
以下是几个肠道微生物群落研究领域的进展。
肠道微生物群落的组成近年来越来越多的研究表明，肠道内的菌群的种类和数量会因为众多的因素而发生变化。
例如饮食、药物、生活方式、婴儿喂养方式、人类基因等，都会对我们肠道的微生物群落产生影响。
现在，我们已经知道了许多产生影响的因素。
例如，富含膳食纤维、抗氧化性物质的植物性食物可以促进肠道健康。
而反面例子是富含饱和脂肪、添加剂、含糖饮料等食品会破坏肠道内的微生物群落平衡，导致诸如炎症性肠病和代谢性疾病等疾病的发生。
肠道微生物群落与年龄、地点和文化的关系肠道微生物群落的组成也会因为人们的年龄、地点和文化等差异而发生变化。
例如，我们知道婴儿和成人的肠道微生物群落的组成不同，这是因为婴儿一出生后马上开始来自各个方面的微生物种类和数量上的变化。
肠道菌群研究思路和案例解析
肠道菌群研究思路和案解析1肠道菌群介绍目录216S测序技术介绍3肠道菌群的研究方向和案例分析PART1肠道菌群介绍肠道菌群介绍肠道菌群，顾名思义——生存在人的肠道里的大量细菌构成的集体。
其中包括：有益菌，也称之为益生菌，主要是各种双歧杆菌、乳酸杆菌等，是人体健康不可缺少的要素，可以合成各种维生素，参与食物的消化，促进肠道蠕动，抑制致病菌群的生长，分解有害、有毒物质等。
有害菌，数量一旦失控大量生长，就会引发多种疾病，产生致癌物等有害物质，或者影响免疫系统的功能（如：肺炎克雷伯氏菌等）。
中性菌，即具有双重作用的细菌，如大肠杆菌、肠球菌等，在正常情况下对健康有益，一旦增殖失控，或从肠道转移到身体其他部位，就可能引发许多问题。
常见的肠道菌群：（左上）双歧杆菌，（右上）乳酸杆菌，（左下）肠球菌，（右下）大肠杆菌肠道菌群与疾病肠道微生物参与宿主新陈代谢和免疫系统的调节，并与环境因子相互作用决定机体的健康和疾病状态。
已有大量研究表明，多种疾病与肠道菌群失衡有关。
1：肠道菌群与脑部相关疾病（肠脑轴，如：抑郁症、脑卒中、AD、PD等）2：肠道菌群与代谢性疾病（如：肥胖、糖尿病等）3：肠道菌群与肝脏相关疾病（肠-肝-免疫轴，如：肝硬化、非酒精性脂肪肝等）4：肠道菌群与胃肠道相关疾病（炎症性肠病、肠易激综合症等）5：肠道菌群与肾相关疾病（慢性肾病等）6：肠道菌群与肿瘤…肠道菌群与心血管疾病1：疾病人群和健康人群进行流行病学和队列分析。
2：临床水平疾病菌群和动物模型疾病菌群的表型比较。
3：临床疾病人群粪便进行粪菌移植（FMT ），模拟动物模型。
4：健康人群的粪便进行粪菌移植（FMT ），不会改善人群疾病的行为。
5：临床疾病人群进行干预治疗，可以改善疾病的行为。
肠道菌群常用研究方法短链脂肪酸是肠道菌群代谢产物中最主要的标志物之一。
短链脂肪酸是指碳链中碳原子小于 6 个的有机脂肪酸 ，主要包括 乙酸 、丙酸 、丁酸等 。
作为肠道菌群发酵的主要产物，对人体多个器官和代谢有较大的影响。
肠道菌群谱研究的应用前景
肠道菌群谱研究的应用前景肠道菌群是指人们肠道内生存的微生物群体，包括细菌、真菌、病毒等多种微生物。
这些微生物对人体有非常重要的作用，比如帮助消化食物、生产维生素、调节免疫系统等等。
最近几年，随着科学技术的发展，人们越来越关注肠道菌群的研究，并发现它在多种疾病的发生和治疗中都扮演着重要的角色。
下面，我们来具体探讨一下肠道菌群谱研究的应用前景。
一、肠道菌群谱研究的基本原理肠道菌群谱研究的基本原理就是通过对肠道微生物的高通量测序技术，来获得肠道内微生物的整体谱图。
这个谱图可以反映出肠道微生物的种类和丰度等信息。
然后通过对谱图的分析，可以获得一系列相关信息，比如肠道内微生物的多样性、是否存在菌群失调、存在的主要菌种等等。
二、应用前景1、胃肠道疾病肠道菌群与胃肠道疾病之间的关系一直备受科学家的关注。
肠道菌群的菌群失调与胃肠道炎症、肠易激综合症、炎性肠病、肠癌等多种疾病的发生和进展有着密切的关系。
在肠道菌群发生失调或异常情况下，这些菌群就会容易形成肠道菌膜，形成严重的肠内代谢紊乱和炎症反应。
通过肠道菌群谱研究，我们可以了解到哪些微生物相对应该疾病或这些微生物之间的相互作用。
甚至，通过调节肠道菌群来预防和治疗这种疾病也变得可能。
2、肥胖与代谢疾病肥胖和代谢疾病也是肠道菌群谱研究的另一个热点领域。
肥胖患者的肠道菌群和正常体重人士有所区别，体重过重的患者下丘脑的信号会发生改变，导致患者往往吃得更多。
而且，体重过重的患者还会消化和吸收更多的食物从而导致多种代谢疾病。
通过肠道菌群谱研究，我们可以了解到肥胖是由哪些微生物引起的，从而调节这些微生物的种群比例和种类，以达到控制体重、预防代谢疾病的目的。
3、精神疾病近年来，越来越多的研究表明，肠道菌群与精神疾病之间也存在着密切的关系。
因为大约80%的神经递质也存在于人体的肠道系统中，菌群失调和肠道菌膜让它们的功能被削弱了。
通过肠道菌群谱研究，我们可以了解到菌群失调与抑郁症、自闭症、阿尔茨海默病等精神疾病之间的关系。
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作者简介：窦会娟（1977-），女，硕士，副教授，从事微生物生态学方面研究，Email：douhj106@163．com通讯作者：窦会娟·综述·肠道菌群研究方法进展窦会娟，郭文涛，王婷婷，李林珂漯河医学高等专科学校，河南漯河462000摘要：肠道正常微生物在平衡人体健康和疾病的过程中起着重要作用，如何对肠道菌群的丰度与数量变化进行全面分析是开展肠道微生态研究的瓶颈问题。
通过查阅大量资料，总结了当前肠道菌群研究常用的方法及每种方法的优缺点，为进一步深入进行肠道微生态方面的研究提供参考。
关键词：肠道菌群；分离培养技术；基因检测技术；质谱技术中图分类号：Ｒ378文献标志码：A文章编号：1005-376X（2014）01-0119-03DOI编码：10．13381/j．cnki．cjm．201401032Progress on the research technology of intestinal floraDOU Hui-juan，GUO Wen-tao，WANG Ting-ting，LI Lin-keLuohe Medical College，Luohe462000，ChinaCorresponding author：DOU Hui-juan，Email：douhj106@163．comAbstract：Intestinal microorganisms play an important role in the maintenance of human health and prevention of disease．It is very important to analyze the intestinal flora well for further researches．Based on a number of refer-ence literatures，we summarized most of the methods used in studying the intestinal flora，as well as the advantages and disadvantages of each method，in order to provide useful reference for further studies on gut microflora．Key words：Intestinal flora；Isolation and culture；Genetic testing；Mass spectrometry人体肠道中的微生物有1000多种，总重量大约为1．0 1．5kg，总数在1014个以上，相当于人体所有组织细胞总数的10倍。
肠道正常微生物在平衡人体健康和疾病的过程中起着重要作用［1］，肠道微生物群落及其对人类健康的影响近年来已成为广受关注的热点。
肠道菌群分析是进行复杂微生态系分析的基础，如何对肠道菌群丰度与数量变化进行全面分析是开展微生态研究的瓶颈问题。
现将肠道菌群研究方法的进展做一综述，方便肠道微生态研究者进行参考。
1基于分离、培养的方法该方法一般是采用各种选择性培养基培养细菌，将各种细菌分离并根据染色、生化反应及血清学实验等方法对细菌进行鉴定，同时可进行倍比稀释和菌落计数来测定活菌数量。
此方法比较成熟，依然被许多进行肠道菌群的研究者采用。
例如陈琛等［2］研究了中草药对小鼠肠道的影响，在研究中采用分离培养、生理生化鉴定的的方法鉴定出了小鼠肠道菌群中的乳杆菌、双歧杆菌、肠杆菌、肠球菌。
李建婷等［3］采用选择性培养基分离培养细菌，研究了王氏保赤丸对小鼠肠道菌群的影响。
O'Keefe等［4］发现7α-去羟化菌在结直肠癌高风险人群肠道菌群中的比例显著高于低风险人群，而植物乳酸杆菌（Lactobacilli plantarum）在高风险人群肠道菌群中的比例则显著低于低风险人群。
对环境中获得的细菌菌株进行培养有助于全面、完整地研究细菌的功能和不同生长条件下的生理活性。
例如，Falony等［5］以果寡糖为唯一碳源，将长双歧杆菌株（Bifidobacterium longum）BB536分别与来源于人体肠道的丁酸盐产生菌株Anaerostipes caccae DSM14662和Ｒoseburia intestinalis DSM14610进行共培养，发现了这些细菌之间两种不同的交叉互养（Cross-feeding）模式，作者提示，这些行为的揭示有助于理解肠道微生态系统中各种细菌对营养成分的利用情况和各种细菌之间的互作。
但自然界中有90% 99%的微生物用传统方法无法培养出来，因此该方法只能对部分的菌群进行分析，而且耗时。
对于种类、数量如此巨大的肠道微生态系而言，只对部分菌群进行分析不够全面，也不能反映整个微生态系与疾病发生发展的关系，分析的结果与结论有一定局限性［6］。
2基因检测方法对于用分离培养方法不能检测的微生物，基因检测更显优势，常用的有基于分子杂交技术的分析方法、基于DNA指纹图谱的分析方法、基于DNA 测序的检测方法。
2．1基于分子杂交技术的分子标记法基于分子杂交技术的分子标记法，如荧光原位杂交、基因芯片技术等，可对微生物在特定环境中的存在与否、分布模式及丰度等情况进行研究，具有较高的灵敏性和特异性。
2．1．1荧光原位杂交（fluorescent in situ hybridization，FISH）该方法是将经过处理后的细胞固定在载玻片上，用有荧光标记的寡核苷酸探针直接与之进行杂交，杂交过程中要使短的探针渗透到细胞内的核酸，用荧光显微镜即可观察到带有杂交荧光标记探针的细胞［7］。
该方法优点是在保持组织结构和细胞的原貌情况下能特异性显示检测目标与组织细胞的结构关系，因此能在研究肠道细菌之间、肠道细菌与肠道组织的结构功能关系方面具有不可替代的优势。
2．1．2基因芯片技术基因芯片又称DNA芯片（DNA chip）或DNA微阵列（DNA microarray）。
其原理是采用光导原位合成或显微印刷等方法将大量特定序列的探针分子密集、有序地固定于经过相应处理的硅片、玻片、硝酸纤维素膜等载体上，然后加入标记的待测样品，进行多元杂交，通过杂交信号的强弱及分布，来分析目的分子的有无、数量及序列，从而获得受检样品的遗传信息。
基因芯片能够同时平行分析数万个基因，进行高通量筛选与检测分析，解决了传统核酸印迹杂交技术操作复杂、自动化程度低、检测目的分子数量少等不足。
利用肠道细菌16S rＲNA基因作为检测的靶基因，设计针对不同菌属的寡核苷酸探针以制备基因芯片，可以通过杂交反应来检测肠道菌群。
徐晓静等［8］利用16S rＲNA的恒定区和可变区设计制备的基因芯片在4h 内就能完成沙门菌属、志贺菌属、葡萄球菌属和耶尔森菌共4个菌属的23株肠道菌及相关细菌的杂交检测，每种细菌均呈现出具有各自特征的杂交结果，而且无其他探针产生阳性信号。
2．2基于DNA指纹图谱的分析方法DNA指纹图谱技术依据分子大小、核酸序列等特征的不同，将代表微生物群落中各物种的DNA分子标记物在凝胶上进行电泳分离，使代表不同物种的分子标记迁移到胶上的不同位置，最终得到的电泳图谱用于显示群落的组成结构。
DNA指纹图谱的最大优点是方便、快速、直观，常用于检测微生物群落结构的动态变化或比较不同群落之间的结构差异。
最常用的DNA指纹图谱技术有随机扩增多态性DNA技术（random amplified polymorphic DNA，ＲAPD）、扩增片段长度多态性技术（amplified restriction fragment-polymorphism，AFLP）、限制性片段长度多态性技术（restriction fragment length polymorphism，ＲFLP）和末端限制性片段长度多态技术（terminal restriction frag-mentlength polymorphism，T-ＲFLP）、单链构象多态性技术（single-strand conformation polymorphism，SS-CP）、变形梯度凝胶电泳（DGGE）、核糖体基因间区分析（ribosoma lintergenic spacer analysis，ＲISA）等。
近年来，16S rDNA的分子生物学技术大大促进了微生态研究的发展，特别是变性梯度凝胶电泳技术（DGGE），该技术利用含有变性剂（尿素和去离子甲酰胺）梯度的聚丙烯酰胺凝胶把相同长度但序列不同的DNA片段分离开来，并且能有效分析复杂微生物群落及其多样性且无须培养微生物。
在上世纪70年代末Fischer和Leman首次提出了DGGE技术，并把它用到医学上基因点突变的检测中，该技术可以分辨只有一个碱基差异的基因序列，可以分析微生物群落中优势类群或独特种群的遗传多样性，被广泛应用在微生物多样性和种群差异上，避免了传统微生物研究方法的局限性；DGGE还可以单独对胶中所感兴趣的条带进行分析研究，得到其序列可直接获得和该系统生态功能相关的微生物种群系统进化信息［9］。
2．3基于DNA序列测定的研究方法不同于指纹图谱技术，DNA测序技术的目的在于通过直接获取序列核酸信息的方法，对群落中各物种的进化地位作出判断。
目前，几乎所有已知细菌的16S rDNA碱基序列已被测定并存入基因库。
在肠道菌群的研究中，扩增产物经纯化后可直接进行测序或通过TA 载体建立16Sr DNA基因文库再进行全序列分析。
所得序列可通过（GenBank、EMBL、DDBJ、ＲDP及The EuropeanＲibosomalＲNA Database，ht tp：//rrna．uia．ac．be/ssu/）等数据库进行序列比较（用BLAST 程序）来确定其种、属。
并根据序列的同源性，计算不同物种之间的遗传距离，然后采用聚类分析等方法，将细菌进行分类，并将结果用系统发育树（phylogenetic tree）表示。
但序列测定相对费用较高，且全序列分析法不能进行准确的定量，只能定性得出菌群组成的多样性，而且核酸的分离、目标片段扩增、基因文库的构建和全部序列测定整个过程周期长、工作量大。
故在实际工作中常常与前述的DNA指纹图谱技术相结合，在用DNA指纹技术初筛后对某些特定条带进行基因克隆、测序，再对所得到的序列进行分析。
应用DNA指纹图谱技术的方法来分析肠道菌群极大地提高了目标菌鉴定的灵敏性和特异性，但是分析的前提必须是已知基因的微生物。
所以，肠道菌群的研究和分析由于手段的限制，尚未能真实全面地反映肠道菌群的生存状态。
2010年Qin等［10］初步完成了对肠道菌群基因的测序，这一结果虽然使人类在向肠道菌群的研究推进了一大步，但目前在全球范围内对肠道菌群丰度与数量准确变化的方法仍没有突破。