怎么查找质粒图谱
质粒图谱大全
（转载）一.九种表达载体Pllp-OmpA, pllp-STII, pMBP-P, pMBP-C,pET-GST, pET-Trx, pET-His, pET-CKS, pET-DsbA二.克隆载体pTZ19RDNApUC57DNAPMD18TPQE30pUC18pUC19pTrcHisApTrxFuspRSET-ApRSET-BpVAX1PBR322pbv220pBluescriptIIKS( )L4440pCAMBIA-1301pMAL-p2XpGD926三.PET系列表达载体ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETDsbFusionSystems39band40b ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETExpressionSystem33b ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETExpressionSystems ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETExpressionSystemsplusCompetentCells ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETGSTFusionSystems41and42 ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETNusAFusionSystems43.1and44 ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETVectorDNAProteinPurification?PurificationSystems?Strep?TactinResinsandPurificationKits四.PGEX系列表达载体TEcoR?pGEX-1I/BAPpGEX-2TpGEX-2TKpGEX-3XpGEX-4T-1pGEX-4T-2pGEX-4T-3pGEX-5X-1pGEX-5X-2pGEX-5X-3pGEX-6P-1pGEX-6P-2pGEX-6P-3五.PTYBsystemPTYB1PTYB2PTYB11PTYB12六.真核表达载体pCDNA3.1(-)pCDNA3.1( )pPICZalphaApGAPZαAPYES2.0pBI121pEGFP-N1pEGFP-C1pPIC9KpPIC3.5K如何阅读分析质粒图谱载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。
☆如何阅读质粒图谱
如何阅读质粒图谱最近由于实验需要,需要查阅载体图谱,到园子里搜罗一番,发现虽然有人问载体图谱阅读的问题,也有前辈回答,但都不详细,借自己也在琢磨这个问题的机会,将我学到的东西整理一下,于大家分享。
载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。
一、一个合格质粒的组成要素#复制起始位点Oril 即控制复制起始的位点。
原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。
而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。
＃抗生素抗性基因可以便于加以检测，如Amp+l ,Kan+＃多克隆位点MCS 克隆携带外源基因片段l＃P/E 启动子/增强子l＃Termsl 终止信号＃加poly（A）信号l 可以起到稳定mRNA作用二、如何阅读质粒图谱第一步：首先看Ori的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒）第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标记。
（1）Ampr 水解β－内酰胺环，解除氨苄的毒性。
（2）tetr 可以阻止四环素进入细胞。
（3）camr 生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。
（4）neor（kanr）氨基糖苷磷酸转移酶使G418（卡那霉素衍生物）失活（5）hygr 使潮霉素β失活。
第三步：看多克隆位点（MCS）。
它具有多个限制酶的单一切点。
便于外源基因的插入。
如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某种标志基因的失活，而便于筛选。
决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
第四步：再看外源DNA插入片段大小。
质粒一般只能容纳小于10Kb的外源DNA片段。
一般来说，外源DNA片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。
第五步：是否含有表达系统元件，即启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号。
这是用来区别克隆载体与表达载体。
克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。
选用那种载体，还是要以实验目的为准绳。
启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号＃启动子－促进DNA转录的DNA顺序，这个DNA区域常在基因或操纵子编码顺序的上游，是DNA分子上可以与RNApol特异性结合并使之开始转录的部位，但启动子本身不被转录。
质粒大全及质粒图谱
一.九种表达载体Pllp-OmpA, pllp-STII, pMBP-P, pMBP-C,pET-GST, pET-Trx, pET-His, pET-CKS, pET-DsbA二.克隆载体pTZ19R DNApUC57 DNAPMD18TPQE30pUC18pUC19pTrcHisApTrxFuspRSET-ApRSET-BpVAX1PBR322pbv220pBluescript II KS (+)L4440pCAMBIA-1301pMAL-p2XpGD926三.PET系列表达载体Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Dsb Fusion Systems 39b and 40b Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Expression System 33bProtein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Expression SystemsProtein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Expression Systems plus Competent CellsProtein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET GST Fusion Systems 41 and 42 Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET NusA Fusion Systems 43.1 and 44Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Vector DNAProtein Purification ? Purification Systems ? Strep?Tactin Resins and Purification Kits四.PGEX系列表达载体T EcoR?pGEX-1 I/BAPpGEX-2TpGEX-2TKpGEX-3XpGEX-4T-1pGEX-4T-2pGEX-4T-3pGEX-5X-1pGEX-5X-2pGEX-5X-3pGEX-6P-1pGEX-6P-2pGEX-6P-3五.PTYB systemPTYB1PTYB2PTYB11PTYB12六.真核表达载体pCDNA3.1(-)pCDNA3.1(+)pPICZ alpha ApGAPZαAPYES2.0pBI121pEGFP-N1pEGFP-C1pPIC9KpPIC3.5K如何阅读分析质粒图谱载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。
☆如何查找质粒图谱
如何查找质粒图谱编者小木虫论坛susizheng 经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了。
今天又看到几个求质粒图谱的帖子，突发奇想，就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子吧，希望对虫子们有些帮助。
这些方法，大部分是自己学习的过程中偶尔发现，也许总结得还不够全面，望其他虫友指正。
方法一：安装软件Vector NT做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化。
后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。
而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱（如下图，不是有虫子求pRS 系列质粒吗？如下图，数据库中本身就有很多）。
这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。
（这框软件的下载和使用说明书站内很多）方法二：查找质粒图谱的网站：这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很多人没看到，现在在此重新总结下。
1.Vector Database地址：https:///g?a=vdb这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如这个帖子/bbs/viewthread.php?tid=3103223&fpage=1，这个虫友求pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS，可以看到，之类质粒一共有三十多个。
找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了。
拿第一个质粒pRS413举例，如上图，质粒图谱是不是很难看，对，我也觉得很难看，没关系，看见view sequence了吗？点击进入，我们就得到该质粒图谱的序列了，如何得到比较好看的质粒图谱呢，看到GeneBank了吗？对，熟悉vector的筒子们肯定知道该如何做了，对，点击进入，如下图，复制所有的代码部分，新建txt 文件，粘贴上代码后，将文件扩展名由txt更改为gb格式，导入vector，你就可以在vector里面看到质粒图谱了。
质粒图谱查询方法
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如何查找质粒图谱
如何查找质粒图谱
[转贴]如何查找质粒图谱。
最好的图谱就是NCBI和公司里提供的了，
第一步去NCBI查找，一般常用质粒都有了。
然后以.db格式下载，再用Invitrogen的VectorNTI打开，就能得到一张很好的质粒图。
如果找不到，就去google，(baidu上比较不准)，最好加个pdf，找到公司的质粒介绍，那种图也不错。
如果还是找不到，就在google，baidu上查质粒的序列，把序列输入Invitrogen的VectorNTI，能够得到类似酶切的图谱，凑合着用吧，如果有序列信息，再自己添加也一样。
我就是这么查的，相信大家用的多数都是常用序列，查起来应该不难。
利用addgene查找质粒图谱
利用addgene查找质粒载体图谱生物工程杨翔2012718026 摘要：现如今的生物实验研究中，细菌质粒是重组DNA 技术中常用的载体。
在天然质粒的基础上，为了适应实验室操作而进行人工构建质粒载体。
与天然质粒相比，质粒载体通常带有一个或一个以上的选择性标记基因（如抗生素抗性基因）和一个人工合成的含有多个限制性内切酶识别位点的多克隆位点（MCS）序列，并去掉了大部分非必需序列，使分子量尽可能减少，以便于基因工程操作。
做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，然而如何准确迅速的查找到所需要的质粒图谱，是实验研究的基础工作，这里简单介绍一下应用addgene网站查找质粒图谱的方法。
关键词：质粒图谱，addgene一．Addgene简介Addgenen是一个全球科学家质粒共享非盈利组织。
它作为一个公益性组织，负责保存和提供质粒。
科学家发表文章如果涉及到质粒，会发一份到Addgene保存，其他科学家如果需要这个质粒，也可以向Addgene索取二．网站首页界面/点击此网址，进入addgene首页，可以看到如下界面。
菜单栏包括了：Home（首页），Deposit Plasmids（储存质粒），Find Plasmids（查找质粒），How to Order（如何构建），Plasmid Reference（质粒引用）以及最后一个About Addgene（关于Addgene）三．查找方法1.我们以常见的pRS质粒为列，点击菜单栏的Plasmid Reference，进入以下界面。
2.再点击下图中的Vector Batabase，进入载体数据库。
点击后会出现以下界面3.之后，我们可以根据界面中给出的四种搜素方法查找所需的质粒载体，包括：Plasmid Type（质粒类型）Source（质粒的来源）Bacterial Resistance（细菌抗药性）Selectable Marker（选择标记）我们也可以直接在搜索框中输入所需查找的质粒，如以pRS为列。
查询质粒方法汇总
如何查找质粒图谱之我见——plasmid map, Vector Sequence方法汇总经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了。
今天又看到几个求质粒图谱的帖子，因此决定就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子，希望对虫子们有些帮助。
这些方法，大部分是自己学习的过程中积累的，也许总结得还不够全面，望其他虫友指正。
方法一：安装软件Vector NT做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化。
后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。
而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱。
这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。
（这款软件的下载和使用说明书站内很多）方法二：查找质粒图谱的网站：这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很多人没看到，现在在此重新总结下1.Vector Database地址：https:///g?a=vdb这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如同样这个帖子求pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS，可以看到，之类质粒一共有三十多个。
找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了拿第一个质粒pRS413举例，如上图，质粒图谱是不是很难看，对，我也觉得很难看，没关系，看见view sequence了吗？点击进入，我们就得到该质粒图谱的序列了。
如何得到比较好看的质粒图谱呢，看到GeneBank了吗？对，熟悉vector的虫子们肯定知道该如何做了，对，点击进入，如下图，复制所有的代码部分，新建txt文件，粘贴上代码后，将文件扩展名由txt更改为gb格式，导入vector，你就可以在vector里面看到质粒图谱了。
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经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了。
今天又看到几个求质粒图谱的帖子，因此决定就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子，希望对虫子们有些帮助。
这些方法，大部分是自己学习的过程中积累的，也许总结得还不够全面，望其他虫友指正。
方法一：安装软件Vector NT
做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化。
后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。
而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱（不是有虫子求pRS系列质粒吗？帖子链接/bbs/viewthread.php?tid=3103223&fpage=1，如下图，数据库中本身就有很多）。
这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。
（这款软件的下载和使用说明书站内很多）
方法二：查找质粒图谱的网站：
这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很多人没看到，现在在此重新总结下
1.Vector Database
地址：https:///g?a=vdb
这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如同样这个帖子求pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS，可以看到，之类质粒一共有三十多个。
找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了
拿第一个质粒pRS413举例，如上图，质粒图谱是不是很难看，对，我也觉得很难看，没关系，看见view sequence了吗？点击进入，我们就得到该质粒图谱的序列了。
如何得到比较好看的质粒图谱呢，看到GeneBank了吗？对，熟悉vector的虫子们肯定知道该如何做了，对，点击进入，如下图，复制所有的代码部分，新建txt 文件，粘贴上代码后，将文件扩展名由txt更改为gb格式，导入vector，你就可以在vector里面看到质粒图谱了。
因为这个网站我经常用，并且和NCBI网站的运用方式一样，以及和Vector软件的配合使用，因此讲解比较啰嗦。
2.Vector DB
网址：/vectordb/vector.html
这个网站我也用得比较多，总结和分类都比较完整。
基本包括了所有表达系统的质粒信息。
不过唯一有一点不爽的就是，这个网站竟然没有搜索栏啊，太不人性化了。
那如何在那么多质粒信息中查找到我们所需要的质粒的信息呢？没关系，我们有网页字符查找功能，见红色标记部分。
方法是：网页工具栏编辑--------在此页上查找，然后输入你的质粒名称，就可以了。
比如：我们输入pRS，是不是就和搜索栏一样出现有用信息了？
点击我们需要的质粒进入下以页面，以质粒pRS303为例，如下图。
有用信息除了对该质粒进行的一些描述性语言外，最重要的要算是红色标记部分了，sequence link进入是该质粒的序列。
NCBI link，点击直接进入了NCBI，如何在NCBI中得到质粒图谱，下面将进行详细解释。
3．NCBI
网址：/
真不好意思，这么重要的网站，留到这时候才介绍，NCBI功能很广泛，其他功能我就不介绍了，重点介绍如何用NCBI查找质粒图谱信息。
如下图，search下拉框中选中Nucleotide，搜索栏输入质粒名称，拿pRS303举例：
search后，得到搜索结果，如下图，点击右边的send to，选中file，genebank 等选项，点击Create File选项，得到一个gb格式的文件，导入vector软件中，就得到了我们需要的质粒图谱了。
4．其他查找质粒图谱的网站：
寒梅砺剑阁（不是很全）
/5757561.html
bioask
/html/857.html
AddGene（西瓜版主提供，真的是个非常不错的网址）
这两个网站其实也很不错的，使用方法都是大同小异，就不特别介绍了，希望就放收藏夹就可以了。
方法三：一些重要试剂公司网页
其实也是一些网站，因为这些网站除了得到质粒图谱等信息，还可以得到关于质粒使用方面的信息，因此单独拿出来做一个分类。
做分子的虫子都知道，现在很多质粒，特别是应用比较广泛的质粒都一些公司商业化的质粒，基本是由一个质粒你就会联想到一个公司的名字。
比如简单的，克隆载体pMD18-T，TaKaRa，有木有；pGM-T，天根，有木有；一些表达载体，使用最广泛的，pET系列，Novagen公司（默克）的；有双MCS 的Duet系列载体，Novagen的；毕赤酵母表达质粒pPIC3.5k，pPIC9k，pPICZA，pPICZaA等等，都是invitrogen的；另外一些pYES酿酒酵母表达系统，也是invitrogen的，因此知道常见的质粒是哪个公司的，去他们公司网站上肯定可以找到该质粒的相关信息。
比如：这个虫子求pGM-T载体序列，见帖子/bbs/viewthread.php?tid=3081308，如下图，他们公司主页有吧。
另外：invitrogen公司：/site/cn/zh/home.html Novagen公司：/g.asp?f=NVG/pETtable.html 在他们公司主页搜索栏直接搜索质粒名称，得到质粒序列，图谱什么的都不成问题，而且可以下到表达系统操作手册，原核表达看完pET表达系统操作手册，真核系统看完毕赤酵母表达系统，一些表达方面的的知识你就是半个专家了，扯远了。
方法四：如何查找经过改造过的质粒的质粒图谱
有些质粒是经过改造的，所以通过上述方法不能查询到相应信息。
这时，可以在google scholar中输入质粒名称，可以直观地看哪些学者在何文章中使用了该质粒，从而可了解到质粒的来源；或者籍此向作者咨询或索取。
另外介绍下如何通过文献查找经过改造的质粒的图谱信息，
Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). "☆Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs." Nucleic Acids Res 38(6): e92. 这篇文献，介绍了一种大肠杆菌染色体整合的方法，文中介绍了三个质粒，是由作者自己改造了，如何查找到这三个质粒图谱了呢？
首先在PubMed中搜索到该文献，如下图。
很多人，找到文献，仅仅将文献下载下来就OK了，其实还有很多有用的信息，比如文章的supplementary，还有如上图右边的标记部分，Nucleotide，protein 都是一些很重要的信息。
点击右边的Nucleotide，进入如下页面，看，文中涉及到的六个质粒序列全都有，点击进入，按照方法二中，NCBI下载质粒图谱的方法就可以得到这几个质粒的图谱，当然，前提是该文章的作者已将将载体信息上传了NCBI。
[ Last edited by susizheng on 2011-4-20 at 20:06]。