高级建模方法(第6-4节)-GaussView的使用
高级建模方法(第6-4节)-GaussView的使用
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第7节 GaussVi计算 ❖ 数据查找 ❖ Cp计算 ❖ 建模
数据查找
一.查错 以1，2-PCPT为例，用GaussView程
序打开高斯输出文件12.out,查看有无异常， 如图5。防止优化过程中，因初始构型不 正确，变化成为其它结构。
数据查找
二.查找数据 A. 用记事本打开12.out,查找，关键词
exact,看图6所示数据是否大于零，否则需 重新优化计算。
因为优化稳定构型时，不应该出现 负频。
数据查找
二.查找数据 B. 查找关键词freq三次后,查找关键词
scf,得到E值，如图7，复制数据填入表格 相应位置，见图8。
数据查找
二.查找数据
往下拖动页面，应次得到： Ehomo: 位于Alpha occ行最后一个数据，见图9。 Elumo：位于Alpha virt行第一个数据，见图10. 在Mulliken atomic charges下面，找取最负电荷，即q-,和氢电荷中最正的，
为H值，Sum of electronic and thermal Free Energies后为G值。 如图16所示，tot行对应着Eth、Cv、S值。
数据查找
二.查找数据
D. 查找关键词Mol, 区分大小写，如图17所 示，取cm**3/mol为单位的数值，类似查找10， 取平均值，即为V.
Cp计算
4、采用Gaussian03程序分别优化计算系列化合物各分子，查找分子 的结构、热力学参数数据。
5、采用SPSS程序建模，并对模型进行验证。
6、再采用上述计算方法，计算与本系列结构相近的、但没有实验数 据的5个分子的结构，采用步骤5中得到的模型预测这5个分子的 性质。
GaussView 画图技巧 ppt课件
GaussView 画图技巧
4. 显示坐标轴
点击右键菜单可以选择显示笛卡尔坐标 轴。显示坐标轴可以更准确地添加原子或虚 原子。
例子4.1：接上例，添加一个笛卡尔坐标 轴
5. 添加虚原子（构建晶体结构）
GaussView 画图技巧
点击上面图标“Atom List Editor”，点击 symbol选择一个任意重复的原子为虚原子。
GaussView 画图技巧
例子3.1：构造出环戊二烯，用删除工具删除 CH2的两个氢原子。再用加氢工具加一个氢 原子即可得到正确取向的氢，用点群工具将
该结构对称化为D5h点群（容差值为0.3）， 同时选中“Always track point group symmetry”。这样用键长工具将任一个C-C 键 长设1.44Å，键型设为“共轭双键”，则其余 四个C-C 键都拥有同等键长和键型。同时具 有原D点5h 点群对称性的环戊烯分子中心就是坐标
分裂基组 。最精确的方法是B3LYP/6311+G(3df,2df,2p)和B3LYP/6-31G(d),注意其 表示 用后一种方法优化结构,用前一种方法计 算能量及性质.这不是最昂贵的计算方法.
GaussView 画图技巧
1.4 弥散函数(Diffuse Functions) 6-31+G(d)基组表示的是6-31G(d)基组在
GaussView 画图技巧
GaussView 画图技巧
7、下一个为General，去掉所有的钩，再后 面的Guess（初始猜测）、NBO（成键轨道 分析）和Solvation（溶剂化）不用管。
GaussView 画图技巧
GaussView 画图技巧
8、点击Edit，提示保存作业，如下图所示：
-GaussView使用简介
（8）．单击Gview界面上 图标。然后点击与乙烷正对的苯上的C原子和H原子选择 “None”，乙烷上的C-H键作类似处理然后单击Gview上的 图标，点选工作窗口中的 两个氢原子，即将它们删去
至此分子构建已完成。
9）．Gview存储个人常用分子的功能。Gview中只有常用的一些环状分子和链状分子， 远不能满足研究特定体系的特殊需要。不过Gview有一个功能可以弥补这个缺憾：可 以把常用的分子或官能团存在制定的文件夹内。在需要时可以直接调用。双击view上 的 图标，在下面的对话框中键入相关项目，保存即可
(4)．双击Gview界面上的 图标。出现以下窗口点击氟的元素符号“F”，就选中氟原子。
(5).回到工作窗口在苯环上的任一个H上单击左键，将H置换成F。
但要注意此时仅是元素符号发生了改变，C-F间的距离仍是C-H键的距离。需要用建 长工具进行调整。单击Gview界面上 图标。 然后再点击工作窗口中的C原子和F原 子，看到被选中的两个原子于周围的原子再亮度上有差异此时会出现下面的窗口
View 这里面的选项都是于分子的显示有关的，如显示氢原子，显示键，显示 元素符号,显示坐标轴等
GaussView教程
所需软件:GaussView
步骤：
1．从GaussView打开目标体系的。
chk文件，如下图
图1
2逐步点选Results； surface,出现如下图对话框
图2
3。
其中Cube Actions…一项,选择New Cub,跳出下图对话框，kind一栏选择Total Density，然后点击OK
图3
4。
此时返回图2，稍等待空白栏中出现计算结果.Surface Actions…一项选择New Mapped Surface，跳出下图对话框,点击OK
图4
5.稍等，便出现下图漂亮彩色静电势图
图5
怎么样,简简单单就作出了漂亮的静电势图^—^
可能你作出来的和我的不一样，这是因为透明度不同，显示的效果不一样。
编辑显示效果,依次请点击File, Preferences，如下图示：点击Surface选项卡,Transparent就是用来调节透明度的。
图6
编辑制作：赵继阳，参考GaussView《help》。
GaussView基础教程
GaussView教程【1】——界面介绍Gview就是一个专门设计于高斯配套使用得软件,其主要用途有两个:构建高斯得输入文件;以图得形式显示高斯计算得结果。
除了可以自己构建输入文件外,Gview 还可读入Chem3D,HyperChem与晶体数据等诸多格式得文件。
从而使其可以于诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围。
开启GaussView会瞧到一大一小两个窗口,后面灰色背景得窗口为选择窗口,在里面选择要输入得分子或基团;前面紫色得窗口为绘图窗口,使用鼠标绘制想要绘制得图形。
菜单栏▪【File】主要功能就是建立,打开,保存与打印当前得文件▪【Edit】完成对分子得剪贴、拷贝、删除、抓图等▪【View】与显示分子相关得都在这个菜单下,如显示氢原子、键、元素符号、坐标等▪【Calculate】直接向Gaussian提交计算▪【Results】接收并显示Gaussian计算后得结果▪【Windows】控制窗体,如关闭、恢复等▪【Help】帮助快速工具栏【左面第一个】选择元素与价键,单击打开会瞧到一个元素周期表,通过它可以选择需要绘制得元素以及价态。
【左面第二个】环工具,作用与上一个差不多,只就是这里提供得都就是环状化合物残基;【左面第三个】提供常用得R基团模板,其中包括乙基、丙基、异丙基、异丁基等【左面第四个】氨基酸残基,使用它可以迅速绘制氨基酸【左面第五个】用户自定义基团,您可以将常用得基团存放到此处这条快速编辑栏中从左到右依次就是【键调整】|【键角调整】|【二面角调整】|【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原子】|【单个选择】|【框选】|【去除选择】|【全选】这里面得所有选项都可以通过在绘图窗口点击右键得到。
3、常用工具栏这两条条工具栏就是最常用得,几乎所有软件都有得新建打开等工具GaussView教程【2】——构建分子这里以构建一个间氟苯乙烷分子并从GaussView里递交计算为例来说明。
GaussView高斯软件教程PPT课件
将鼠标放在分子上，按左键左右或前后移动，可以调节分子的角度；将鼠标放在分 子上，前后移动，可以将分子放大或缩小。Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗口内平 移分子当工作窗口内有多个分子时[在构建大的分子时，这种情况很容易出现]这时可 用以下命令可以用Shift+Alt+鼠标左键组合移动想要移动的分子，以调节各个分子间 的距离。可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度，以调节各个分子 间的角度。Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和[将鼠标左键放在分子上，左右或前后移 动，可以调节分子的角度]这个功能连用。具体的好处需要自己去试
第6页/共38页
Result ：显示计算的结果，包括电荷，静电势表示的表面，振动,频率，核磁，势能面 扫描，优化等。注意有些结果只能 用检查点文件才能显示。
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பைடு நூலகம்
常用功能键的介绍
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View 这里面的选项都是于分子的显示有关的，如显示氢原子，显示键，显示 元素符号,显示坐标轴等
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可从Gview中直接向高斯提交计算。这是Gview作为高斯软件配套功能的重要体现。 从所给的对话框中可以选择工作类型Job Type（如优化，能量或频率等）;计算方法 Method（如半经验方法，HF方法，DFT方法，MP方法等，还可以选定组）;Title(对所 要做的计算给一个说明，以备以后的查看) Link 0（给检查点文件命名，还可以在此用 RWF命令设置临时数据交换文件的大小）； General,Guess,（这两个选项主要是给出体 系中各原子的连接关系及如何给出初始猜测）；NBO（可在此设定NBO计算）,PBC （可在此设定晶体的有关计算）, Solvation（可在此设定溶液中的计算，除了选择溶剂 外，还要选择模拟溶剂的理论模型）
三章：GaussView使用
第三章：GaussView使用：（3.1）用高斯进行几何优化后，在GaussView中发现断了根键（或者成键方式变化了），这是什么原因啊？（3.2）想固定某部分原子（键长、键角、二面角、相对位置、相对方向。
）怎么做？（3.3）GaussView怎么打不开输出文件？后续问题：我明明放在桌面上了啊，怎么会有中文路径呢？后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。
请问什么是路径啊？把对话框中的Library 改成你的GV 的安装位置比如，我的安装位置D:\ProgramFiles\gview4，那我就把CostomFragment中的Library改成“D:\ProgramFiles\gview4”（3.4）原子可以改变编号吗？怎么改？Quote:原子当然可以改变编号了，这在寻找过渡态的时候有大用处。
在GV 工具栏上有个A的按钮，【图10】打开它可以改变原子编号，还可以插入虚原子，改变原子坐标等等。
注意改变原子编号的时候要按顺序，比如从小到大，不要乱改。
论坛附件上传下载教程阅尽铅华，不再吱声回复引用报告道具 TOPyjcmwgk版主帖子179 精华3 积分57 威望5楼发表于 2010-2-18 11:17 | 只看该作者踩窝窝送礼物问候Ta第四章：其它问题（4.1）要查某个杂志属于哪个数据库，怎么查呢？后续问题：不能下载啊，听说是权限问题，怎么解决呢？Quote:对于大部分的大学和科研单位，由于资本有限，不可能购买很多数据库。
只能利用别人帮忙下载一些期刊文献，但总18 点金币331 枚贡献0 点讨论指数21 点麻烦朋友总不太好。
熟话说，求人不如求己。
下面我把我怎么获得免费文献的经验告诉大家，希望有所帮助。
首先我们要知道我们要查的期刊文献属于哪个数据库。
至于哪些文献属于哪个数据库,例如化学期刊所属数据库列表：/blog/user _content.aspx?id=10282接下来我们就要知道各数据库的地址，我在这里列一些比较大的数据库：SD: WILEY:http://www3.interscience.wil /browse/?type=JOURNAL ACS:/about.html RSC:/Publishing/Journals/ SPRINGERLINK:http://www.springerli/journals/ THIEME:http://www.thieme.de/connec t/en/product-type/journals.html等等......知道这些数据库，我们就可以搜索到具体文献的下载地址，当然绝大部分文献下载要权限．你采用下面方式快速的获取你所需要的文献。
Gaussview软件使用手册
Gaussview软件使用手册GaussView就是一个被设计来帮助准备输入进入高斯软件的文档以及以图形的形式来检验高斯软件完成并输出的结果的图形化的用户界面。
GaussView就是不在高斯软件的计算模块中,而就是以前端/后端的模式来协助高斯软件的运行。
GaussView为高斯用户提供了三种主要的便利。
首先,通过它先进的可视化工具,GaussView使得用户可以很快的做出大分子的结构图甚至就是很大的分子,然后旋转,在这些分子的基础上经过简单的搜寻操作来编译与放大。
它同样可以载入例如PDB类型的标准的分子结构文档。
第二,GaussView使得建立多种形式的高斯计算变得容易。
它使得准备为普通工作模式以及如ONIOM,QST2/OST3转变结构优化方法,CASSCF计算方法,周期边缘状态计算方法(PBC)以及其她的许多前沿方法的复杂的载入更加简单。
如果高斯软件被安装在了同一台电脑上的话,用户同样可以使用GaussView来进行工作。
最后,GaussView使得用户可以通过多种的图形技巧来检验高斯计算的结果。
高斯的计算结果中可以用图形来表示的有下列几种:1.经过优化的分子结构;2.分子轨道3.任何估算密度的电子密度表面;4.静电潜在表面;5.原子价;6.与振动频率相符的一般模型;7.IR,Raman,NMR,VCD以及其她的频谱;8.结构优化,IRC反应途径的后续,能级表面的扫描以及ADMP与BOMD轨道的模拟;9.整体能量的小部分以及其她来自于相同工作类型的数据;这本书为所有的GaussView结构提供了一个参考。
该软件的每一个程序的结构都被详细记录。
将项目按照一般目的分类。
在每一个分类中,项目就是按照逻辑结构来排列的,开始于最简单的项目,然后就是引用最广泛的项目,最后就是更加复杂与不经常使用的项目。
为了找出用户感兴趣的特殊信息,可以通过索引来打开有关主题或者就是特殊的对话框。
颜色收集以及对话在索引中的主题菜单下(下面直接中英语)显示了出来。
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内 容 提 要 绘制构型 高斯计算 数据查找 Cp计算 建模
数据查找
一.查错 以1，2-PCPT为例，用GaussView程 序打开高斯输出文件12.out,查看有无异常， 如图5。防止优化过程中，因初始构型不 正确，变化成为其它结构。
数据查找
数据查找
二.查找数据
D. 查找关键词Mol, 区分大小写，如图17所 示，取cm**3/mol为单位的数值，类似查找10， 取平均值，即为V.
Cp计算
一.输入文件制作
将高斯计算得到的输出文件(如12.out) opt freq至freq之间的内容删除后保存即可。
Cp计算
二. C P计算
把C P计算程序Thermo3.exe放在与刚才保存的文件
二.查找数据 A. 用记事本打开12.out,查找，关键词 exact,看图6所示数据是否大于零，否则需
重新优化计算。
因为优化稳定构型时，不应该出现
负频。
数据查找
二.查找数据 B. 查找关键词freq三次后,查找关键词 scf,得到E值，如图7，复制数据填入表格
相应位置，见图8。
数据查找
二.查找数据
数据查找
二Байду номын сангаас查找数据
C. 查找关键词zero, 如图14所示，即为ZPE值。 如图15， Sum of electronic and thermal Enthalpies后 为H值，Sum of electronic and thermal Free Energies后为G值。 如图16所示，tot行对应着Eth、Cv、S值。
谢谢！
2D-QSAR基本原理
2D-QSAR方法
活性数据 分子结构、热力学参数
实验方法
Gaussian 03W,DFT方法 建立模型 SPSS 12.0 for Windows
交叉验证,F 检验,VIF 评价
预测相关活性
课程作业内容及要求：
1、查找文献，选择一个系列的化合物及相关性质。化合物的个数 尽量在15-20个以上，但不能少于10个。 2、根据化合物分子的大小确定计算的基组和方法。通常，计算方 法采用B3LYP。 3、首先用Chemdraw 程序绘制化合物分子的平面构型，保存上述 文件格式为*.cdx。采用Chem3D 程序打开*.cdx文件，得到化合 物分子的立体构型，保存上述文件格式为*.gjc，用记事本方式打 开文件*.gjc,得到化合物的空间坐标，加上Link 0部分、限定多 核计算、计算执行路径部分。 4、采用Gaussian03程序分别优化计算系列化合物各分子，查找分子 的结构、热力学参数数据。 5、采用SPSS程序建模，并对模型进行验证。 6、再采用上述计算方法，计算与本系列结构相近的、但没有实验 数据的5个分子的结构，采用步骤5中得到的模型预测这5个分子 的性质。
往下拖动页面，应次得到： Ehomo: 位于Alpha occ行最后一个数据，见图9。 Elumo：位于Alpha virt行第一个数据，见图10. 在Mulliken atomic charges下面，找取最负电荷，即q-,和氢电荷中最正的， 即qH+,见图11 u:Dipole moment行，选tot值，如图12 α:Exact polarizability行选第1、第3和第6个数据，取平均值,如图13
为12THERMO.OUT即可。
建模
用SPSS 12.0 for windows打开前面数据查 找所得的Excel表格，得到如图18所示界面 。在工具栏中选择Analyze—Regression— linear,如图19，选择相应的自变量和因变量 ，采用Stepwise方法即可得到相关方程，如 图20和图21。
课程作业时间及格式要求：
1、11月23日布置。 2、12月7日检查查找的系列化合物和性质。 3、12月14日计算中遇到的问题答疑。 4、12月28日-元月5日提交作业。 5、作业的文件名：姓名-学号-建模课程作业 6、作业的内容，参照科技论文的写作格式：前言 （研究的性质的意义），化合物名称，计算方法， 参数，建模及验证，预测，结论，参考文献。
同一目录下，而后打开所有程序—附件—命令提示符， 输入DOS指令CD 来更改目录至C P计算程序
Thermo3.exe所在目录下 ，输入：thermo3 12.out, 确认
后出现“scale factor for frequency=?”,输入0.95，确认
后得到C P计算输出文件THERMO.OUT ，更改文件名