【CN110111849A】一种基于高性能计算平台的核酸适配体计算机辅助筛选方法及核酸适配体【专利】

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一种核酸适配体识别的肿瘤外泌体检测方法[发明专利]

专利名称：一种核酸适配体识别的肿瘤外泌体检测方法专利类型：发明专利
发明人：刘卫,史进进,张开翔,刘军杰,张振中,褚梦雨
申请号：CN202210238291.2
申请日：20220311
公开号：CN114634973A
公开日：
20220617
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：一种核酸适配体识别的肿瘤外泌体检测方法，利用发夹状探针H1、荧光分子FAM修饰的第一信号探针H2和TAMRA修饰的第二信号探针H3，肿瘤外泌体与发夹状探针H1的核酸适配体部分结合，打开发夹状探针H1，释放杂交链式反应所需的触发序列I，引发第一信号探针H2和第二信号探针H3发生杂交链式反应形成长的双链，第一信号探针H2的荧光分子FAM和第二信号探针H3上的荧光分子TAMRA在形成的双链上彼此靠近，并发生荧光共振能量转移，通过荧光分子FAM和TAMRA荧光信号比值即可对肿瘤外泌体进行定量检测。

检测特异性好，提高在复杂样品中的适用性。

且灵敏度较高，避免目前大多数外泌体检测所需要的繁琐分离过程及其可能引起的误差，有显著的社会和经济效益。

申请人：郑州大学
地址：450001 河南省郑州市高新技术开发区科学大道100号
国籍：CN
代理机构：郑州天阳专利事务所(普通合伙)
代理人：李松莲
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筛选核酸适配体的技术

筛选核酸适配体的技术嘿，朋友们！今天咱就来聊聊筛选核酸适配体的技术。

这玩意儿可神奇啦，就像是在一个巨大的宝库中寻找那颗最闪亮的宝石。

你想想看，核酸适配体就像是一把专门为目标分子打造的钥匙，而且是超级精准的那种。

要找到这把钥匙可不容易，得有一套厉害的办法。

首先呢，有一种方法叫指数富集的配体系统进化技术，这名字听起来是不是很高大上？其实简单来说，就是让核酸分子们在那里竞争，看谁能和目标分子结合得最好。

就好像一场激烈的比赛，只有最强的才能胜出。

这过程可不简单，得经过一轮又一轮的筛选和进化，才能得到那最优秀的核酸适配体。

还有一种方法呢，是利用噬菌体展示技术。

这就好比是把核酸适配体放在一个大舞台上展示，让目标分子来挑选自己喜欢的。

那些被选中的核酸适配体就有机会留下来，继续发光发热。

筛选核酸适配体的过程就像是一场冒险，充满了未知和挑战。

有时候你可能觉得已经找到了那把钥匙，但再仔细一看，哎呀，好像还差那么一点点。

但别灰心呀，继续努力，说不定下一次就成功了呢！你说这技术是不是很神奇？它能在那么多的核酸分子中找到最合适的那一个，就像大海捞针一样，但又比那更难。

不过咱科学家们可不怕，他们有着无穷的智慧和耐心，一点一点地攻克难关。

你知道吗，这核酸适配体的用途可广泛了。

它可以用来检测疾病，就像一个小侦探，能快速准确地发现问题。

还可以用来治疗疾病呢，把那些坏家伙都给抓住。

咱想想看，如果没有这些先进的技术，那很多疾病的诊断和治疗该有多困难呀！所以说呀，筛选核酸适配体的技术真的是太重要了。

咱再回到这个技术本身，它就像是一个魔法盒子，打开之后里面充满了惊喜和可能。

每一次的实验，每一次的尝试，都有可能带来新的发现。

这就是科学的魅力呀，永远充满了未知和挑战，永远让人充满期待。

所以呀，朋友们，让我们一起为这些伟大的科学家们点赞，感谢他们为我们带来这么好的技术。

也让我们一起期待未来，看看这筛选核酸适配体的技术还能给我们带来哪些惊喜！这不就是科学的魅力所在吗？让我们一起拥抱它吧！。

核酸适配体在病原微生物检测中的应用研究进展

核酸适配体在病原微生物检测中的应用研究进展王佳齐1，吴倩倩2，郑晓雪1，李倩11潍坊医学院医学检验学院，山东潍坊261053；2潍坊医学院附属医院摘要：核酸适配体是一段单链寡核苷酸分子，主要通过指数富集配体系统进化技术获得。

核酸适配体可以通过其独特的三维结构高选择性地与目标靶点结合，具有与抗原-抗体反应相类似的高亲和性、高特异性。

核酸适配体由于具有分子量小、无免疫原性、合成成本低、可通过化学修饰获得高稳定性等区别于蛋白质抗体的优点，成为病原微生物检测的研究开发热点。

核酸适配体可用于疟原虫、隐孢子虫、溶组织阿米巴寄生虫等寄生虫的诊断和靶向控制，核酸适配体用于大肠杆菌、肠沙门氏菌、霍乱弧菌等细菌的检测具有高特异性，核酸适配体应用于HIV、丙型肝炎病毒、H1N1病毒等病毒检测具有更好的病毒变异适应性，核酸适配体还具备应用于白假丝酵母菌、黄曲霉菌等真菌临床检测和治疗的潜力。

关键词：核酸适配体；病原微生物；寄生虫检测；细菌检测；病毒检测；真菌检测；指数富集配体系统进化技术doi：10.3969/j.issn.1002-266X.2021.09.028中图分类号：R446.5文献标志码：A文章编号：1002-266X（2021）09-0106-04核酸适配体是一种分子量较小的生物分子，通常为20～100bp的寡核苷酸分子，能够依靠自身的三维结构与相应的同源配体相结合［1］。

ELLING⁃TON和SZOSTAK首次提出了适配体的概念［2］。

同年，TUERK和GOLD也建立了指数富集配体系统进化（SELEX）技术，用来筛选核酸结合蛋白的高亲和力和高特异性适配体，进而开展快速简便的结合位点研究［3］。

核酸适配体可以通过其独特的三维结构高选择性地与目标靶点结合，具有与抗原-抗体反应相类似的高亲和性、高特异性。

同时，核酸适配体还具有分子量小、无免疫原性、合成成本低、可通过化学修饰获得高稳定性等区别于蛋白质抗体的优点，成为目前病原微生物检测的研究开发热点。

【CN110317812A】一组纳豆激酶核酸适配体及其筛选方法【专利】

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201910305002.4(22)申请日 2019.04.16(71)申请人中国科学院青岛生物能源与过程研究所地址 266101 山东省青岛市崂山区松岭路189号(72)发明人法芸　赵海杰　管明阳　王琦　刘会洲　(74)专利代理机构北京金智普华知识产权代理有限公司 11401代理人杨采良(51)Int.Cl.C12N 15/115(2010.01)C40B 50/06(2006.01)C12N 15/10(2006.01)G01N 33/68(2006.01) (54)发明名称一组纳豆激酶核酸适配体及其筛选方法(57)摘要本发明属于基因工程技术领域，公开了一组纳豆激酶核酸适配体及其筛选方法，纳豆激酶核酸适配体DNA序列为：SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：17；纳豆激酶核酸适配体的筛选方法将购置的纳豆激酶进行层析纯化，鉴定；应用纯化的蛋白进行适配体的筛选。

本发明的核酸适配体具有精准的特异性、高亲合力、便于化学修饰，可作为一种有效的分子识别工具用于蛋白质的高灵敏分析，基于核酸适配体的识别技术为NK测定和高效分离纯化的发展方向提供依据。

权利要求书3页说明书9页序列表4页附图4页CN 110317812 A 2019.10.11C N 110317812A权　利　要　求　书1/3页CN 110317812 A1.一组纳豆激酶核酸适配体，其特征在于，所述一组纳豆激酶核酸适配体DNA序列为：SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：17。

2.一种如权利要求1所述一组纳豆激酶核酸适配体的筛选方法，其特征在于，所述纳豆激酶核酸适配体的筛选方法将购置的纳豆激酶进行层析纯化，鉴定；应用纯化的蛋白进行适配体的筛选；具体包括：步骤一，建立适用于纳豆激酶适配体筛选的毛细管电泳分析方法，优化运行缓冲液、最佳检测波长实验条件，确定50mmol/L硼酸-硼砂缓冲液作为毛细管电泳的运行缓冲液和纳豆激酶样品的溶剂，检测波长为280nm；步骤二，利用CE和不对称PCR技术对筛选的PCR过程进行表征，不对称PCR的最优条件为：退火温度60℃；扩增循环数为30；下游引物P2的初始浓度为75μmol/L，上游引物P1与下游引物的浓度比为30:1；步骤三，设计和优化随机核酸文库，选用69nt-ssDNA随机文库与NK结合，通过不对称PCR制备次级文库；步骤四，利用优化的筛选条件进行筛选；筛选收集所得NK-ssDNA复合物为模板进行PCR 扩增，并对扩增产物进行毛细管电泳分析和表征、序列克隆鉴定，获得SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：17共17条候选适配体。

一种体外筛选PD-L1的DNA核酸适配体的方法及其应用[发明专利]

专利名称：一种体外筛选PD-L1的DNA核酸适配体的方法及其应用
专利类型：发明专利
发明人：娄新徽,李济远,任惜娇
申请号：CN202010875370.5
申请日：20200827
公开号：CN114107307A
公开日：
20220301
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明涉及一种体外筛选PD‑L1的DNA核酸适配体的方法及其应用，属于生物技术领域。

本方法为模块化‑SELEX，起始随机DNA文库包含两个随机序列区域和位于中间的固定区域。

本方法由三个筛选模块组成，分别为快速富集模块、特异性提高模块和兼容性提高模块。

模块化‑SELEX利用各种SELEX方法的独特优势，依次快速提高文库对靶标的亲和力、提高对主要干扰因素的特异性、提高对真实样本中靶标检测的兼容性。

Modular‑SELEX得到的PD‑L1的DNA核酸适配体成功用于多种癌细胞、正常人体扁桃体组织切片和非小细胞型肺癌组织切片上PD‑L1的表达水平的检测。

申请人：首都师范大学
地址：100048 北京市海淀区西三环北路105号
国籍：CN
代理机构：北京展翅星辰知识产权代理有限公司
代理人：王文生
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一种用于检测艰难梭菌的核酸适配体及应用[发明专利]

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 202011139723.1(22)申请日 2020.10.22(71)申请人大连理工大学地址 116024 辽宁省大连市高新园区凌工路2号(72)发明人刘猛　王佳懿　常洋洋　(74)专利代理机构大连东方专利代理有限责任公司 21212代理人周媛媛　李馨(51)Int.Cl.C12N 15/115(2010.01)G01N 33/569(2006.01)G01N 21/78(2006.01)G01N 21/77(2006.01)(54)发明名称一种用于检测艰难梭菌的核酸适配体及应用(57)摘要本发明公开了一种用于检测艰难梭菌的核酸适配体及应用，属于分析检测领域。

一种通过体外筛选获得的适配体检测艰难梭菌的方法，能够特异性识别艰难梭菌毒素B蛋白降解片段。

本发明还公开了一种利用上述适配体构建纸基分析器件的方法，用疏水蜡打印图案纸构建工作区域，在工作区域内以3D DNA适配体作为识别元件，通过其与蛋白降解片段特异性结合释放探针，引发滚环扩增反应，产物使底物颜色发生变化。

颜色信号与蛋白降解片段浓度之间存在线性关系，从而实现对毒素B的定量检测。

此方法灵敏度高，特异性好，可以对艰难梭菌毒素B进行有效测量，检出限为60pM，检测效果优于现有酶联免疫法检测试剂盒(150pM)，达到了快速检测的要求。

权利要求书1页说明书10页序列表6页附图9页CN 112266915 A 2021.01.26C N 112266915A1.一种用于检测艰难梭菌的核酸适配体，其特征在于，包括如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。

2.一种用于检测艰难梭菌的核酸适配体，其特征在于，包括如SEQ ID NO.10所示的核苷酸序列。

3.根据权利要求1所述的核酸适配体，其特征在于，所述核酸适配体的二级结构包含一个稳定的茎S1和位于两个单链区J1/2一侧的弱稳定茎环结构S2-L1。

鉴定桃果实离核性状的分子标记引物组合及其应用[发明专利]

专利名称：鉴定桃果实离核性状的分子标记引物组合及其应用专利类型：发明专利
发明人：焦云,刘丽琴,舒巧云
申请号：CN201910767716.7
申请日：20190812
公开号：CN110541044A
公开日：
20191206
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明公开了一组可以鉴定桃种质粘离核性状的分子标记引物组合及其应用，以期应用于桃粘离核性状分子标记辅助选择。

本发明提供一组可以鉴定桃粘离核性状的分子标记引物组合，为JYSNP‑1，JYSNP‑2，JYSNP‑3中任一个，可用于桃育种材料果实粘离核性状的快速鉴定。

本发明基于开发的分子标记引物组合提供用于辅助筛选优良桃种质资源的方法，在桃粘离核性状表型预测上有重要的指导意义，具有操作简单、高效快速、成本低、结果准确等优点。

申请人：宁波市农业科学研究院
地址：315040 浙江省宁波市鄞州区河清南路德厚街19号
国籍：CN
代理机构：南京苏创专利代理事务所(普通合伙)
代理人：王东东
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一种靶向结合CD133蛋白的核酸适配体及其筛选方法和用途[发明专利]

专利名称：一种靶向结合CD133蛋白的核酸适配体及其筛选方法和用途
专利类型：发明专利
发明人：朱栩杭,葛明华,那仁满都拉,黄萍,杨畅,李清林,兰霞斌,曹君,温庆良,黄煜庆,周菁楠
申请号：CN201811484443.7
申请日：20181206
公开号：CN109536503A
公开日：
20190329
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明提供了一种靶向结合CD133蛋白的核酸适配体及其筛选方法和用途，核酸适配体序列如SEQ ID NO.1，本发明采用细胞筛选的方法从ssDNA文库中筛选出靶向结合CD133蛋白的适配体，并对筛选出的ssDNA通过高通量测序的方法进行检测，最终通过流式细胞术等方法对所得序列的稳定性以及亲和性的分析，挑选出适配体AP‑1‑M。

然后通过免疫荧光法证明适配体AP‑1‑M能够特异性地靶向结合CD133蛋白，并和表达CD133蛋白的ATC细胞结合从而起到靶向输送的作用，为ATC 的靶向治疗提供新的思路和方法。

申请人：浙江省肿瘤医院
地址：310022 浙江省杭州市拱墅区半山东路1号
国籍：CN
代理机构：宁波鄞州全方专利商标事务所(普通合伙)
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(19)中华人民共和国国家知识产权局
(12)发明专利申请
(10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201910379241.4
(22)申请日 2019.05.08
(71)申请人北京市计算中心
地址 100094 北京市东城区东四南大街249
号
申请人北京理工大学
(72)发明人刘彤　屈锋　裴智勇　刘书霞　
陆晓娟　刘满姣　袁寒玉　杨杰　
(51)Int.Cl.
G16B 50/00(2019.01)
G16B 30/00(2019.01)
(54)发明名称一种基于高性能计算平台的核酸适配体计算机辅助筛选方法及核酸适配体(57)摘要本发明提供了一种基于高性能计算平台的核酸适配体计算机辅助筛选方法，涉及分子生物学检测技术领域，根据匹配原则查询筛选平台集成的数据库系统中是否有与目标蛋白匹配的蛋白结构，如果有则作为受体模板，如果没有则进行同源构建，通过分子动力学模拟和分子对接筛选得到初选的核酸适配体，最为核酸适配体候选物，具有高效、快捷、准确率高的特点。

该筛选方法可与“湿法”实验结合，减少“湿法”实验次数，节省实验成本，提高筛选成功率。

通过计算机辅助模拟分析得到适配过程中蛋白质与核酸分子间化学反应机理等信息，并将数据在终端进行展示，并在揭示相应生物材料与核酸分子间可能的相互作用机理方面提供数据支撑，因此具有重要
的研究意义和使用价值。

权利要求书2页说明书11页附图2页CN 110111849 A 2019.08.09
C N 110111849
A
权　利　要　求　书1/2页CN 110111849 A
1.一种基于高性能计算平台的核酸适配体计算机辅助筛选方法，其特征在于，包括：
步骤一，对数据库进行筛选，筛选出具有蛋白A相应结构的蛋白质数据库和核酸数据库，蛋白A为目标蛋白；
步骤二，对经过第一步筛选后的数据库进行下载，并对所述经过第一步筛选后的所述数据库中的数据进行数据处理，所述经过第一步筛选后的数据库和经过第一步筛选后的所述数据库中的数据存储录入筛选平台数据库系统中；
步骤三，搭建核酸适配体计算生物学筛选平台进行核酸适配体筛选；
包括：蛋白体系的构建：
所述蛋白体系的构建包括：
S01：根据匹配原则查询所述筛选平台数据库系统中是否有与所述蛋白A匹配的蛋白结构：
如果所述筛选平台数据库系统中具有与所述蛋白A匹配的蛋白结构，则下载所述蛋白结构作为受体模板；
如果所述筛选平台数据库系统中没有与所述蛋白A匹配的蛋白结构，则进行同源构建；
S02：根据所述受体模板或所述同源构建方法构建A蛋白三维结构；
S03：对所述蛋白A进行分子动力学模拟，获得A蛋白稳定结构；
S04：将所述蛋白A稳定结构与所述筛选平台数据库系统中的核酸分子进行对接；判断所述蛋白A稳定结构与所述核酸分子是否对接成功：
如果对接成功，则所述核酸分子为初选核酸适配体。

2.根据权利要求1所述的基于高性能计算平台的核酸适配体计算机辅助筛选方法，其特征在于，步骤二中所述数据处理包括：对经过所述第一步筛选后的所述数据库需求数据，从后台下载，对所述需求数据进行统一整合形成存储数据，存储录入筛选平台中数据库系统中。

3.根据权利要求2所述的基于高性能计算平台的核酸适配体计算机辅助筛选方法，其特征在于，所述存储数据包含蛋白的三维晶体结构序列信息、名称信息，将所述存储数据录入相应的后台数据库表格中，用以后续的存取、调用和删减操作。

4.根据权利要求1所述的基于高性能计算平台的核酸适配体计算机辅助筛选方法，其特征在于，所述S01步骤中是在所述筛选平台数据库系统中的所述蛋白质数据库进行查询；所述S04步骤中是与所述筛选平台数据库系统中的所述核酸数据库中的核酸分子进行对接。

5.根据权利要求1所述的基于高性能计算平台的核酸适配体计算机辅助筛选方法，其特征在于，所述S03步骤中所述分子动力学模拟过程包括：
S0301：构建所述蛋白A格式文件；
S0302：选择与所述蛋白A格式文件合适的力场文件；
S0303：提交所述蛋白A格式文件与所述力场文件，进行计算。

6.根据权利要求1所述的基于高性能计算平台的核酸适配体计算机辅助筛选方法，其特征在于，所述S04步骤中所述核酸分子对接过程包括：安装分子对接软件；
还包括：
S0401：构建与所述蛋白A进行分子对接的格式文件；
2。